2RSPA

Structure of the aspartic protease from rous sarcoma retrovirus refined at 2 angstroms resolution
Total Genus 25
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
25
sequence length
124
structure length
115
Chain Sequence
LAMTMEHKDRPLVRVILTNTGSHPVKQRSVYITALLDSGADITIISEEDWPTDWPVMEAAGIPMRKSRDMIELGVINRDGSLERPLLLFPAVAMVRGSILGRDCLQGLGLRLTNL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase(aspartyl proteinase)
molecule keywords RSV PROTEASE
publication title Structure of the aspartic protease from Rous sarcoma retrovirus refined at 2-A resolution.
pubmed doi rcsb
source organism Rous sarcoma virus
total genus 25
structure length 115
sequence length 124
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 1989-10-17

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 2rspA00
1MERA 5P0GA 5CONA 1APUE 1U8GA 5ENMA 3OXXA 2QZKA 4F75A 2P3BA 2OHKA 1T7KA 4FLGA 4K4PA 4Y57A 2J9JB 5OZHA 4EJKA 2JYSA 1FMXA 3OU1A 3ZL7A 4F76A 5P42A 3OXCA 3SACA 4R95A 2WEAA 3OAGA 1IZEA 4Q1YA 3UDRA 1BIMA 5P61A 1QBRA 1BBSA 3EKVA 2BQVA 1LYAB 5OYXA 2ER0E 2F8GA 4Y3LA 1EBWA 5P57A 3BXSA 5P1PA 4FSLA 1FG8C 5P2YA 5P2LA 3PJ6A 2QI6A 3IAWA 1DW6C 3MXEA 1SIPA 5P2JA 1KJ4A 5ENKA 5P8NA 4EHCA 5P5RA 5P7DA 2G26A 1EBZA 3RU1A 1WBMA 4R92A 5OZVA 1HSHA 3QP0A 2VNMA 4XX3A 3TOFA 4YD5A 3TPJA 3UDMA 3LZVA 4Y4ZA 1K6TA 4I0EA 4L6BA 2WL0A 3SAAA 3BVBA 2ZJNA 5P4BA 5P3EA 5P0SA 1FG6C 4PEPA 3WZ6A 5P8JA 4EYRA 1LYBA 1HWRA 2FS4A 5OZOA 4HDBA 3HD8A 4OC6A 2NXLA 3VF5A 6APRE 4Y35A 2QD7A 5P1AA 3K5CA 3BXRA 1MESA 4Y6MA 3D1YA 3UQUA 5P01A 4GIDA 5P5ZA 3SKFA 2G20A 2G1YA 2P4JA 5P79A 1ER8E 1BWBA 5P0CA 5I3XA 5P3GA 4EJLA 5P4IA 2FGUA 4Y37A 4Y3QA 3QIHA 5P53A 2F3EA 3B7VA 3IXKA 5C9FA 2A1EA 3URIA 5P1JA 5DQ5A 2AOGA 1NPWA 5P7IA 4Y3TA 2H6SA 5P2FA 3EL5A 5P4AA 1VIJA 2J9JA 5P1SA 9HVPA 5P7JA 5DR1A 5P6VA 5P69A 2WECA 1MT9A 5DQ1A 2QAKA 3NUJA 5OZWA 3O9GA 2QZWA 4R8YA 3VYEA 5COPA 4J1HA 1SDUA 3EM4A 3I8WA 1BXQA 2VIEA 1D4HA 1LYAA 3ZKGA 5P8LA 4GB2A 3T11A 4GJBA 1MTRA 2RSPA 4DUSA 1BVEA 5AGZA 4EXGA 1FMUA 5P76A 3G70A 4PYVA 2ZDZA 1BVGA 5OZ9A 5P47A 3PGIA 5P8MA 4A4QA 5HE5A 5P3QA 1RPIA 2BPZA 4Y3HA 1HVLA 3SA8A 3BUFA 2AVQA 3DJKA 1AIDA 3U71A 3U6AA 2QHCA 5I3YA 1GNMA 3NR6A 4J1FA 3NU6A 5PEPA 2WJOA 1B6MA 1IZHA 2G1NA 5P3VA 4MC6A 2QHZA 5OYSA 1T3RA 4J1IA 4I8ZA 1XL5A 5IE1A 2ZHUA 4D89A 3IVIA 3BC4A 4Y5MA 2HC0A 4Y51A 2NMZA 3I6OA 4H3FA 5P1NA 1LF2A 3PMYA 3SO9A 1ENTE 2G24A 2VA7A 5P4UA 2BJUA 5HU0A 3CYWA 1HPVA 5P5UA 3LPJA 2ZHVA 1B6LA 1BDRA 1T6EX 5P0PA 3QBFA 1MT8A 4Y4UA 5P50A 1E81E 5P4EA 5P6SA 2BKTA 5P59A 3TTPA 4ER1E 4QJ9A 1PPKE 1HSIA 2R9BA 3INEA 5P7WA 1KJFA 5P4DA 4HDPA 3VSWA 1TSUA 4ZPEA 5ER2E 5OYWA 4DJVA 3NUOA 3R2FA 4ER4E 3RVIA 3T3CA 3GI4A 2IS0A 5P2MA 4ACXA 5P1XA 1PSOE 4J17A 2VJ6A 1G0VA 3CKPA 4ZEAA 1B6KA 4ZE6A 1HVIA 5P63A 2R8NA 4Y5AA 5P2AA 4I0ZA 5DR4A 2R5QA 5OZIA 5P5VA 3UDHA 1C6XA 3OUDB 4EJ8A 2NPHA 5IVTA 5P7FA 2WF2A 1FF0C 2OAHA 3NU5A 5P75A 2XFIA 5P4HA 4YA8A 2WF1A 4HE9A 4HDFA 5OZPA 2Q54A 1FIVA 5P0JA 1A30A 5P40A 1M0BA 1EBKC 5P0KA 4ZIPA 3TPRA 5P29A 5P6AA 5P65A 3LIVA 1FQ5A 5P7SA 5P8OA 4HZTA 5P3XA 1AM5A 5P2SA 3S53A 2PSGA 5P5TA 3BRAA 3O99A 1YTIA 5P8VA 5P8PA 3ZKIA 4J1EA 5F00A 4CPQA 1KZKA 4AMTA 3OQDA 3UCBA 3DV5A 1W5XA 1ZSRA 1APTE 5P72A 5P2WA 5BRYA 1OD1A 3TPPA 1EC1A 1SMEA 4GZFA 4I0IA 2A4FA 5P83A 5JFUA 5P4VA 3KDDA 1D4IA 3NXNA 5P5KA 5OZJA 5UPJA 4FIVA 4DQHA 4OD9B 5P4WA 4D83A 4RRSA 5P5WA 4YDFA 3FNUA 5KQYA 3PSUA 5P0IA 3D1XA 4M8XA 5P0DA 3HAUA 4DQGA 2QZXA 3KDCA 2AOIA 2NTRA 3MSJA 2FNTA 3O9IA 1YT9A 1AAQA 3RSVA 3JVYA 1ZBGA 3VUCA 3WB4A 1EAGA 3ZPUA 4FM7A 1ODWA 2BPVA 4Y39A 3T7QA 5IVQA 1ZLFA 5P3MA 4Y4TA 4KE1A 2ZHSA 5OZBA 3EKWA 2SAMA 3BHEA 5P3DA 3ER3E 4Y5NA 1HIVA 3OUDA 2Q11A 1LV1A 4RGHA 3S56A 5P03A 3R0YA 3TOGA 4OBFA 2QI5A 1ZPKA 3L5BA 4EJDA 2AQUA 5P4ZA 2VIYA 4FS4A 5P4SA 2B60A 5P1VA 4RVIA 4DFGA 5OZSA 4GJ6A 2O4PA 1IIQA 5P66A 3VSXA 2QMGA 3L3AA 5P80A 4Y3YA 5P2IA 4Y4WA 2I0DA 5OZNA 4Y53A 3OXWA 3CICA 4HA5A 4TVHA 5P4NA 1HVRA 1MRXA 4J0YA 1AJXA 2AODA 5P6ZA 4ZSPA 4YD6A 5JG1A 5P8QA 3GGUA 3MSLA 4Y3XA 5P4GA 4R91A 2Q55A 5P5FA 4GJ7A 5P8EA 3L5FA 2HB3A 5BWYA 2O4SA 1HBVA 2ANLA 5P4MA 5P20A 2R43A 3UQRA 3O9FA 5P7MA 4DQCA 4QGIA 2I0AA 2F81A 6FIVA 4U7VA 1AZ5A 5P8DA 1MIQA 5P3BA 4DJOA 4YOAA 5P3NA 4Y3EA 1QDMA 1MRWA 5P6OA 4AA9A 5P7KA 1HXWA 2NR6A 4JECA 4EXHA 3OXVA 3QRVA 4Y48A 1YX9A 4XXSA 4EP2A 4JP9A 1QBUA 2QI7A 4I0DA 5ISJA 1TW7A 1SGZA 2V11C 4F73A 4LP9A 5B18A 1HTFA 3PBDA 4WY1A 5P0AA 2Z54A 3LPIA 1SIVA 3OOTA 1AJVA 1XE5A 5JFPA 5OYUA 4BFDA 4K8SA 4DVFA 3QBHA 5P7ZA 3ZKNA 5P02A 1ZSFA 5P1QA 1HIHA 5BS4A 5I3WA 5P7RA 2IRZA 4Z2ZA 1YTJA 3RTMA 1HPOA 2AVOA 4Y5EA 5P70A 2QHYA 3K5GA 2IDWA 2QI4A 3CIBA 3PSGA 3HAWA 4TVGA 3DCRA 2FMBA 4FM6A 5P0EA 5IS4A 3ZPSA 4AZYA 5P60A 1HPSA 3S2OA 5KR8A 3I7EA 2XYFA 5COKA 5HE4A 5P52A 2AZ8A 5P4FA 2QMFA 2AOHA 1RNEA 1TCXA 2ER6E 5P2HA 4J55A 1HVHA 2HS2A 4E43A 1C6YA 2HAHA 4R5NA 5P8UA 4Y3DA 3KMXA 3SM2A 5DQ2A 2Q5KA 2PWCA 1MVPA 2G1OA 5P34A 5P14A 1MT7A 1Q9PA 5E5JA 4DQEA 5P09A 4B1CA 5OYVA 5P86A 2APRA 2O4KA 3NU9A 5P3ZA 1HVKA 3T7PA 2I1AA 4U8WA 5HDVA 5P8CA 1GNNA 2QP8A 3IN3A 3L5DA 4YOBA 5P0BA 3O9CA 3HVGA 1UH8A 5P4RA 4CPXA 2IEOA 4ER2E 1UH7A 5AHBA 2P3AA 2PYNA 3O9HA 4Y5GA 3O9LB 4B1DA 4DJUA 3TNEA 5AH6A 4EP3A 3LINA 5SXNA 5P2DA 3PEPA 1D4JA 3KMYA 3DCKA 2RENA 5P6IA 3OHFA 5AH7A 5P43A 3VLBA 1D4LA 3LHGA 4J5JA 3LIYA 4PHVA 4K4RA 4CMSA 4I8WA 4I10A 2B42A 3IA9A 5P6MA 5C9BA 3UQPA 4LXMA 5DR3A 3HVPA 4Y4AA 3OQAA 2QD8A 4I0FA 3EMYA 4YD4A 2ASIA 5P8SA 5P7HA 3L5CA 4DQBA 3TL9A 5P5MA 5P4XA 5P7YA 2QU3A 4Y50A 4APRE 1D4KA 3K1WA 5ISKA 3VF7A 5P0HA 2JXRA 3WSJA 4FRIA 4ZSRA 3ZKXA 1EC2A 5P8IA 1EPLE 5OZYA 3INDA 3OU3A 4BFBA 5P78A 4S1GA 2ZE1A 2AOJA 1LF4A 2ZJKA 4I1CA 1ZP8A 3EL4A 5P3JA 5ER1E 4BEKA 4Y3ZA 3SA6A 3PHVA 5P1GA 3FNTA 4M8YA 2QNPA 1HEFE 3U7SA 1BV7A 1ZTZA 3EL9A 2IKUA 5P1DA 3R4BA 3DUYA 4WY6A 2QI1A 5OZLA 3SQFA 3GGAA 3O9EA 3CYXA 5P2ZA 2OHPA 2JJIA 1K2BA 2HM1A 3EKXA 3LZYA 3IXOA 2HIZA 1KJ7A 5P0ZA 3FSMA 1K6VA 4I0GA 3OU4B 5HU1A 1Z8CA 4Y4GA 2AOFA 3TOHA 3VCMA 3IXJA 3QVCA 5P0VA 1W5YA 5P2EA 5KR2A 1W6HA 4RCEA 5P5GA 3DOXA 4XX4A 1DMPA 5P5JA 3Q4BA 1DAZC 1F34A 5P1UA 5P10A 5P32A 5OZ5A 5HTZA 4J54A 5P25A 1JLDA 2B8VA 2QMDA 5P08A 4LL3A 2PWRA 3SKGA 3S8IA 3OUCA 3EL1A 5P7OA 3HZCA 1W51A 1BV9A 5P81A 3UDNA 4KE0A 5P3FA 5KOQA 5OYRA 3QN8A 5P4PA 5P6WA 2OHLA 5OYTA 5P5DA 4Y3SA 3IN4A 4OBZB 1F7AA 3OQ7A 4LHHA 5P31A 2CEMA 3Q6YA 2BB9A 5P00A 4Y5KA 3UTLA 2I4DA 2I4VA 1META 4J0PA 5TOLA 3G72A 4Y3MA 4OBJA 4H3GA 1FFIC 5IVRA 4LXAA 4Z50A 2IGXA 5P73A 4FRKA 5OZCA 4APEA 2BPXA 3KFNA 3RTNA 4RLDA 3MXDA 5P1LA 3OADB 2NMYA 2WF0A 3S45A 3VV6A 3KFSA 2WEDA 5P38A 4DPFA 5P58A 1G6LA 1EPNE 4Q1WA 3OGQA 5P68A 2ER7E 2FDDA 5KR0A 1IBQA 4CKUA 5P0XA 4JOOA 4Y9WA 4OBHA 2VNNA 3MSKA 5OYQA 1GNOA 1MSMA 1NPAA 4Q1NA 5P7CA 4XKXA 4GJDA 5HCTA 1T7IA 5P2GA 4GJ5A 1B6JA 1DPJA 2QD6A 1A8KA 3EM3A 3PBZA 4Y4EA 1ME6A 1NH0A 3UFNA 2PQZA 2Q63A 4L1AB 1Z1HA 5P48A 5KAOA 3FX5A 5SY3A 4NPUA 1B5FB 2ZGAA 4GMIA 5P3UA 3ZLQA 5DPZA 1EC3A 3H5BA 5P7EA 1CMSA 4DJWA 3KM4A 2NNKA 4LBTA 4FRJA 4FSEA 1DP5A 5P6QA 3UDPA 2FDPA 3TKGA 5P82A 5P46A 1AXAA 1FGCC 3EM6A 5P8GA 3SABA 5P6LA 3KDBA 3OGPA 1B11A 4OBZA 5P3CA 2XFJA 1A94A 1YM2A 5P0WA 2ZYEA 2FGVA 1HEGE 2QZLA 5P54A 1BILA 1C70A 5OZ3A 4J0TA 2CENA 1BDQA 4B0QA 4YHQA 3UDYA 4YCYA 4OBKA 3PWWA 3ZMGA 2VA5A 5OZZA 5P6PA 3HBOA 3LZUA 3CIDA 2V0ZC 2IENA 5P3AA 2I4XA 4DQFA 1BAIA 4Y5LA 5P18A 3VEUA 3D91A 3B80A 4X2LA 3TPLA 5P15A 5P3KA 3TLHA 2MIPA 5P3WA 3OADA 1T7JA 1HVJA 3UDQA 1PFZA 3UQWA 4CPWA 3NDXA 3KN0A 3SA3A 5P3SA 3GI0A 5P8AA 3OHHA 3OWNA 5P49A 8HVPA 5JODA 2XFKA 5P8BA 3RSXA 4JPCA 1GVXA 5P7LA 1M4HA 2NXMA 1N49A 5P44A 1YM4A 2V13A 1APVE 5P1ZA 5P5AA 1W6IA 5OZMA 1D4YA 5P17A 3T7XA 5P3HA 2PMAA 5C9DA 3MWSA 5DGUA 4PPHA 2QMPA 1IDAA 3PCZA 3PVKA 3PI5A 3WZ8A 2AZCA 4RROA 2JE4A 3LITA 3GW5A 5P4TA 5P51A 4I12A 5P5IA 4L1AA 1GVVA 5P7VA 5P2NA 4TRZA 3PCWA 1EEDP 2G1RA 2P83A 2BBBA 1ODXA 4UPJA 1FFFC 1GVUA 1FEJC 3GGVA 4Y4DA 5COOA 4YD3A 5P1FA 1KJHA 2IKOA 3CKRA 3K5FA 4RYGA 4Y4XA 2B7FA 3VFAA 5KQZA 4R93A 4Q5MA 5P04A 1A8GA 3OUBA 4KB9A 3OOZA 2QU2A 2AVMA 1QRPE 3M9FA 2WKZA 1UH9A 2BPYA 2O4NA 5P62A 3CMSA 4GJ9A 4QJAA 5P7UA 1HOSA 3QAAA 3SA7A 4HVPA 4B00A 3EKPA 2OHNA 1XE6A 4OD9A 5OZXA 5P1WA 3UDKA 5P7TA 2OHQA 2P3BB 5OZTA 3OQKA 3PI0A 1W5VA 3UPJA 1W50A 4AUCA 4Y3FA 3EKTA 3JVWA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1MER A;  5P0G A;  5CON A;  1APU E;  1U8G A;  5ENM A;  3OXX A;  2QZK A;  4F75 A;  2P3B A;  2OHK A;  1T7K A;  4FLG A;  4K4P A;  4Y57 A;  2J9J B;  5OZH A;  4EJK A;  2JYS A;  1FMX A;  3OU1 A;  3ZL7 A;  4F76 A;  5P42 A;  3OXC A;  3SAC A;  4R95 A;  2WEA A;  3OAG A;  1IZE A;  4Q1Y A;  3UDR A;  1BIM A;  5P61 A;  1QBR A;  1BBS A;  3EKV A;  2BQV A;  1LYA B;  5OYX A;  2ER0 E;  2F8G A;  4Y3L A;  1EBW A;  5P57 A;  3BXS A;  5P1P A;  4FSL A;  1FG8 C;  5P2Y A;  5P2L A;  3PJ6 A;  2QI6 A;  3IAW A;  1DW6 C;  3MXE A;  1SIP A;  5P2J A;  1KJ4 A;  5ENK A;  5P8N A;  4EHC A;  5P5R A;  5P7D A;  2G26 A;  1EBZ A;  3RU1 A;  1WBM A;  4R92 A;  5OZV A;  1HSH A;  3QP0 A;  2VNM A;  4XX3 A;  3TOF A;  4YD5 A;  3TPJ A;  3UDM A;  3LZV A;  4Y4Z A;  1K6T A;  4I0E A;  4L6B A;  2WL0 A;  3SAA A;  3BVB A;  2ZJN A;  5P4B A;  5P3E A;  5P0S A;  1FG6 C;  4PEP A;  3WZ6 A;  5P8J A;  4EYR A;  1LYB A;  1HWR A;  2FS4 A;  5OZO A;  4HDB A;  3HD8 A;  4OC6 A;  2NXL A;  3VF5 A;  6APR E;  4Y35 A;  2QD7 A;  5P1A A;  3K5C A;  3BXR A;  1MES A;  4Y6M A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 2VIZ A;  5P7P A;  3NWX A;  4H3J A;  3BUH A;  3UFL A;  5P1H A;  2P8H A;  2V12 C;  1GVW A;  2F3F A;  5HDZ A;  2UY0 A;  3SPK A;  1IZI A;  3Q5H A;  1DIF A;  1SBG A;  1LF3 A;  3INF A;  3APR E;  1GKT A;  5IVS A;  3OQF A;  1TQF A;  3VF3 A;  4YBF A;  5P6X A;  5P87 A;  3KFR A;  4CPR A;  5P2K A;  3H0B A;  5OZ2 A;  2FNS A;  1LZQ A;  3TKW A;  1TZS A;  4D85 A;  5P0N A;  2O40 A;  3INH A;  4N00 A;  3VG1 A;  4J0Z A;  4EPJ A;  2PSU A;  1NSO A;  2JJJ A;  5P5H A;  1HHP A;  2OHT A;  4Z22 A;  1WBK A;  4DI2 A;  3NWQ A;  3PB5 A;  4Y3J A;  4K9H A;  4PZW A;  5P6Y A;  1K6C A;  3HLO A;  5P0Y A;  4CPS A;  2V16 C;  5P89 A;  1MEU A;  3D1Z A;  3N3I A;  4YBI A;  1FQ7 A;  4NJS A;  2F3K A;  2QI0 A;  2QI3 A;  3O9D A;  3LIZ A;  3CKT A;  1EPQ E;  1YTH A;  3O9A A;  5DQC A;  5P4Y A;  5P77 A;  4Y54 A;  5P06 A;  5AHA A;  4D88 A;  5P1K A;  5OZQ A;  1HXB A;  4CP7 A;  5P0O A;  3UQX A;  3D20 A;  4OBG A;  1ZJ7 A;  3N4L A;  3BGC A;  3FIV A;  5P36 A;  3JW2 A;  3SA4 A;  1LYW A;  3S7L A;  5P3P A;  4TRY A;  3PRS A;  4Y58 A;  5P6R A;  1LEE A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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