2UPJA

Hiv-1 protease complex with u100313 ([3-[[3-[cyclopropyl [4-hydroxy-2oxo-6-[1-(phenylmethyl)propyl]-2h-pyran-3-yl] methyl]phenyl]amino]-3-oxo-propyl]carbamic acid tert-butyl ester)
Total Genus 15
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
15
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWQRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADDTVLEEMSLPGRWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQILIEICGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase (acid protease)
molecule keywords HIV-1 PROTEASE
publication title Structure-based design of novel HIV protease inhibitors: carboxamide-containing 4-hydroxycoumarins and 4-hydroxy-2-pyrones as potent nonpeptidic inhibitors.
pubmed doi rcsb
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 15
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 1996-03-04

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 2upjA00
3KM4A 5P4BA 3EL4A 4TRWA 4DQFA 4KE1A 3BXRA 5P67A 4I0FA 4CPTA 3IN4A 1BVGA 4Y39A 5P62A 3VUCA 3JW2A 2RENA 3R2FA 5P16A 5P1OA 2Q55A 5P6CA 3QVCA 2VIYA 4Y3RA 1W6IA 1HVLA 4GJBA 4Y3MA 2F3FA 4Y5BA 4L1AB 5P8CA 3SQFA 1KJFA 3LZYA 5P8PA 5I3XA 5IE1A 1FMXA 5P1SA 5P3QA 3PHVA 1T7IA 1YTHA 5OZBA 5TOLA 2PYMA 3TH9A 5OZ7A 2HB4A 4Y3YA 5P7ZA 1AJXA 2Q15A 4Y5EA 5P75A 5P6FA 1IVPA 1BWBA 1XL2A 5HCTA 3NWXA 3K5CA 4IVSA 5P36A 5P8BA 1AJVA 4CKUA 3PMUA 1CMSA 4GMIA 3VF7A 4L7GA 3QRSA 3IA9A 3NDUA 3VCMA 1FMUA 4B77A 3A2OA 5P6XA 1LZQA 1IZIA 5P0DA 5HDVA 3KT5A 4LXKA 5P7IA 4S1GA 5P6YA 4B72A 4Q1XA 5P3DA 3PM4A 4DJWA 5P4XA 5P3WA 3Q5HA 4GJ9A 5P5SA 5P5RA 4JP9A 4X2LA 5P3MA 3UQRA 3LIYA 4CPUA 4CPRA 3ZL7A 5P8AA 4DJPA 4DUSA 5P5HA 3LINA 5DR0A 1EPNE 1IZEA 4K4PA 2AOCA 2WKZA 3UQXA 1LYAA 2VNNA 3INHA 5P11A 5P0JA 1KJ7A 3GGAA 3SA3A 5KQXA 1HSGA 4BELA 1YM4A 3HDKA 4AA8A 5P6TA 5P04A 1HSHA 3EL1A 2NTRA 3UFLA 5P77A 3MXEA 5P5GA 1ODYA 4PYVA 2NMZA 5P70A 1RV7A 3CKRA 4Y45A 5P2RA 4CMSA 3UTLA 4OBHA 2FMBA 2G20A 3K5FA 4E43A 3I25A 4YHQA 4F73A 4RCDA 3OUDA 3VYFA 1HPOA 2NMYA 3LITA 3OQDA 3GI0A 4FS4A 4Y3NA 2AVVA 1MSNA 2G1SA 3NXEA 1BVEA 5OZ8A 4L7JA 1PPKE 4WY1A 5P7GA 3ECGA 3EM6A 2I4WA 5IVSA 5OYSA 5P2TA 5P33A 5P32A 3UQUA 3Q70A 5P80A 5P7AA 1HVHA 1KJGA 5P10A 1MESA 4DJXA 1W50A 1QBUA 2WEDA 4I0JA 5P2HA 5P6JA 6APRE 3O99A 1BBSA 1IVQA 4OBKA 4ACUA 3SA6A 1RNEA 1B5FA 3SA9A 5P64A 3CICA 3I8WA 3PBZA 2V10C 3EMYA 5P0LA 4EWOA 4KB9A 1BILA 5P4FA 4Z22A 5P6LA 5P3FA 4AZYA 3URLA 3Q6YA 3K5GA 2BKTA 3L38A 2OHUA 3EL9A 3MXDA 3HVPA 1PROA 1DW6C 1DPJA 2HC0A 3KFPA 2AQUA 2F3EA 4J1IA 5P0XA 3SABA 5P2QA 2B42A 5P4RA 5P1LA 5P76A 1B6PA 3EL0A 3WZ7A 3O9GA 2HB2A 3TL9A 4RRNA 2G1NA 5P8MA 2I1AA 5P4EA 3DM6A 5P7HA 4ZSRA 4M8YA 5P5QA 1NSOA 3EKQA 3OOZA 2WF3A 3UDRA 4ZLSA 3O9AA 4BFDA 4TRYA 1AAQA 3NU9A 5P45A 3KT2A 1FQ4A 5ISKA 5P0HA 1QDMA 4Y3LA 4Y3HA 4NJVA 3O9FA 4Y43A 5P2DA 4D85A 4EJKA 2IGXA 1PSOE 4H3JA 5P47A 3FNUA 3OOTA 2OHTA 1MTBA 1QBRA 4Y35A 4YCKA 1PFZA 3EKVA 2PH6A 5P8UA 3SM1A 2VIZA 4Y44A 2ZDZA 5P4YA 3DUYA 5EZXA 1AM5A 5I3VA 5P5AA 1HVSA 4PPHA 5OZYA 1BAIA 5P0VA 1EBYA 2G1OA 3T11A 5P38A 3NYGA 5P42A 3VYDA 1Z8CA 2I0AA 3R0YA 3UFNA 5P0OA 4EQJA 5P8FA 2QU3A 1ODWA 1TQFA 3ZPUA 3K1WA 3BUFA 4J1HA 3PWRA 2QI0A 2Q63A 5P5PA 5P3CA 1HRNA 4FM6A 5P3IA 3S54A 3AUPA 4JPEA 1NPAA 5C9FA 2ASIA 1OHRA 4EJ8A 4LL3A 7HVPA 5P23A 4Z50A 3LIXA 2QMFA 5P4KA 5P0MA 1LS5A 5P1VA 5I3WA 5OZGA 5OZ6A 4N00A 2QI1A 5P0WA 2OHQA 1GNMA 4A6BA 2J9KA 1K2CA 1HVIA 3PWMA 4F75A 5P15A 1FG8C 3SA8A 2ZJJA 3BRAA 2I4QA 2QMPA 1OD1A 1LF2A 1APTE 5P8SA 5P54A 2XYFA 3UCBA 4B70A 2HAHA 5P2VA 5P8EA 4OD9B 5P0FA 5P3PA 4Y4JA 2PSVA 3FX5A 3LPJA 5P1RA 2QD8A 5P7TA 5P03A 5P7WA 1OEWA 4QJ6A 1E82E 1DP5A 2VJ9A 1D4IA 3EKXA 5I3YA 1Z1RA 1LV1A 5P7KA 1BV7A 5P2CA 4FRSA 2VA7A 4FIVA 4LP9A 5P6OA 5P1DA 4DQHA 3NDXA 3NUOA 4DQCA 5P31A 4CPWA 2QNQA 2V0ZC 3IVHA 2R5QA 4PEPA 3UQPA 1ZTZA 2QD7A 3I6OA 4LC7A 4GIDA 5P1ZA 1LYAB 3INEA 3NXNA 4GZFA 4Y50A 5P6BA 4I0HA 5PEPA 4IVTA 1A30A 3B7VA 3LZUA 4KE0A 2QNPA 3NR6A 4Y5PA 5P19A 1IDBA 2VIJA 5P2BA 2WJOA 1GVXA 2ANLA 2H6TA 4AMTA 3S7LA 1HBVA 4FRJA 5P71A 2B60A 3NSHA 3H0BA 3QROA 5P6PA 3ZMGA 1D4YA 3S45A 2QK5A 8HVPA 1C6YA 2OHRA 5IVRA 5P7EA 5P6EA 3VLBA 3OUDB 4BFBA 4EXHA 2RKFA 5P82A 4QGIA 3HBOA 2EWYA 5OZ0A 3UDHA 4QLHA 1ZPKA 5P5WA 3O9DA 3TOFA 3D20A 5FIVA 3C9XA 3R0WA 4HVPA 5JG1A 3KDCA 5OYRA 1META 1T7KA 2AVOA 5T4SA 2PK6A 3FNSA 5OYVA 3UDJA 5P4DA 5P5FA 5OZHA 1A8GA 1RL8A 4FAFA 5HD0A 2FDEA 2QU2A 5KQYA 5OZ2A 1BDQA 3AIDA 5P4HA 5CONA 5P3BA 4ZIPA 5OZMA 4Y4XA 2V13A 3NLSA 4GJDA 3PCZA 5P06A 5ISJA 3CYWA 5HE5A 5P26A 3S53A 5AHAA 4Y5MA 5P27A 4YD5A 4YDGA 5P48A 3OADA 4NPTA 5P69A 2R9BA 5OZCA 1ENTE 5SY2A 3O9CA 5P29A 5OYTA 1T6EX 4HZTA 3TPLA 5DQ1A 3SO9A 1G35A 5P53A 5P0UA 1IDAA 5E5JA 5P1MA 3KFRA 1ZSFA 5P1GA 3BGCA 3QS1A 5OYYA 5P58A 2PSGA 3WZ6A 4FM8A 5OZSA 2WHHA 1DAZC 2I4DA 3IXKA 1D4SA 1HIHA 5IVQA 4GJ7A 2BPZA 2QI4A 4DI2A 1D4LA 4DJVA 5ER1E 4HDBA 4GB2A 1GVUA 1FEJC 1TCWA 1KZKA 5P12A 2R3WA 2HPEA 1HPVA 1EC2A 3SM2A 2BJUA 1TSQA 3SA7A 5P0RA 5P61A 5P5VA 3ZPTA 3BHEA 5P40A 1GNOA 3S2OA 4PHVA 3S7MA 3PSGA 2WF4A 5COPA 5P2XA 1B11A 2IGYA 1SH9A 1HTEA 6UPJA 3PCWA 3QBFA 5P7YA 3FSMA 2ZHUA 5P3VA 5P8RA 4Y54A 3TNEA 3S85A 4RCEA 3FNTA 5P05A 2MIPA 2BQVA 2QZKA 1EBWA 4Y4UA 3T7XA 4Y3GA 5P68A 3OGQA 5CLMA 4EJLA 5P78A 2H6SA 5DGUA 5P7DA 5C9DA 4ACXA 2ZGAA 3S43B 1YM2A 2O4KA 2F8GA 3VV6A 3URIA 3KDDA 1ZPAA 2P4JA 4X7IA 5OZXA 5P3HA 5P8JA 2J9JA 5P7UA 4FCOA 2P3BB 3WB5A 5P4AA 2G26A 3QN8A 4D83A 2VKMA 5SZ9A 1NPWA 4FRIA 3ZKNA 1LYWA 3UHLA 2IKOA 3RU1A 5OYWA 5P5IA 2FS4A 2QCIA 5P0BA 4DJOA 4Y36A 5P81A 1NH0A 3OU4A 4OD9A 1MT8A 2AOFA 3U7SA 5P5LA 1EAGA 3QBHA 4R92A 4ZSQA 3ZKGA 5P17A 3VEUA 2R5PA 5P4ZA 3HW1A 1CZIE 2JE4A 5P52A 5P3OA 2HS1A 1EC3A 4FRKA 4QJ8A 5P59A 3APPA 5BWYA 4ZPFA 3DCRA 5P8TA 4I8WA 4J0ZA 3RTMA 4H3FA 3SAAA 1E5OE 4Y5LA 3RSVA 2P3DA 5P73A 1SDTA 2PK5A 3FKTA 1MERA 4Y3ZA 1HTGA 3DK1A 2R38A 3MSKA 4APEA 5KR1A 2FDPA 1YTGA 5P1JA 5P5TA 3PSYA 1BDRA 5DQ4A 5P22A 7UPJA 2V16C 1G6LA 1U8GA 1C6ZA 2ER9E 2R43A 1D4HA 5P28A 1W5WA 3LHGA 2G94A 5OYUA 4RZ1A 3TPRA 1APUE 5OZIA 1XE5A 5F01A 1K6CA 4R93A 3IXOA 4Y3JA 5P49A 2NPHA 3GI4A 1NPVA 3KFSA 5AH8A 1T6GA 3ZLQA 4I1CA 1EPLE 4OBDA 5KAOA 3SPKA 5DPZA 4HDFA 2PWRA 2OAHA 5P8HA 4ZPGA 3NDWA 1SIPA 5P44A 5P6QA 1VIJA 5P8DA 2BKSA 2WF0A 5OYZA 1K2BA 4FSEA 3K5DA 2Q3KA 5OZ4A 3VG1A 2QI5A 3LIQA 1M4HA 1W5YA 1N49A 3CIDA 4Y48A 5P0ZA 3SFCA 5P7CA 2I4XA 1PPME 2PMAA 3OQAA 5P6AA 5P5JA 1GVTA 5P1CA 5P2OA 4J1KA 4HA5A 5P4UA 1FFFC 2P83A 4GJ5A 5P1HA 5P0PA 4U7VA 3INDA 5ENKA 3G70A 3PVKA 2XYEA 3PI5A 5P5MA 5P2IA 4QJ2A 5P0EA 4MC1A 3O9HA 1SIVA 3INFA 1B6LA 1D4KA 5P1QA 2AODA 2ZJIA 1C70A 1YTIA 5OZKA 4ZSMA 1YT9A 4DFGA 5P7XA 4CP7A 2VA5A 1CPIA 4RRSA 1HWRA 4TVGA 4Y5GA 3VV8A 1FLHA 3TOGA 4U8WA 5P8VA 5OZVA 3OADB 1GVWA 5P55A 4Q5MA 3NWQA 3SKGA 2QP8A 3GW5A 3WZ8A 1HVRA 2G1YA 3UQWA 1SMEA 2QI7A 2VS2A 3PJ6A 2B7ZA 1G2KA 5P25A 5P7QA 1MT7A 5P2LA 3T7PA 5P3EA 1UPJA 3OHHA 4PZXA 3KMYA 3IGBA 2ZJNA 1XS7D 1XE6A 2UXZA 3OU3A 5P4OA 5HDUA 1ZSRA 2Z54A 4Y5NA 1K1UA 5P3LA 3MWSA 5OZ1A 2AVQA 1HOSA 5P3YA 4OBGA 5P0GA 5C9BA 4Y3XA 2WF1A 4I10A 4FLGA 4DPIA 2NR6A 3EKYA 1E81E 1EPRE 3U6AA 1SGZA 4ER2E 3EM4A 1Z1HA 5OZJA 1EBZA 4DQBA 3QRVA 2OHLA 5P0AA 5P6ZA 3D1YA 5HCOA 2AOJA 3SA5A 1HIIA 1RQ9A 5P6WA 3CKTA 3S43A 4FGXA 5P24A 2AZCA 3N4LA 4MC6A 4NPUA 5P1UA 5P13A 3SKFA 5P7LA 5P7VA 3L5EA 5P2EA 1FF0C 4RLDA 5SXNA 1XN3A 3EKTA 5P5YA 4Q1WA 2BB9A 2P3BA 2NNPA 2F3KA 5OZ3A 5P6MA 1W5XA 9HVPA 4NJSA 1QRPE 2QZWA 5P4MA 4NJUA 3RSXA 4M8XA 4YBIA 5P4WA 2J9JB 3BVBA 4Y4GA 4NJTA 3UDYA 2BPXA 1HTFA 4J0PA 5P1FA 3DCKA 1ZBGA 1AVFA 3PRSA 1ZJ7A 2IEOA 3HVGA 4EP2A 5P01A 2Z4OA 3OAGB 3PLLA 2R8NA 1LYWB 4J54A 1M43A 3OGPA 2PQZA 3EC0A 5P34A 5P5UA 4LHHA 4XXSA 1EC1A 5P3ZA 1FIVA 3OU4B 5AH9A 4EPJA 5P3UA 2FLEA 3PGIA 4Y3SA 5P84A 2OHKA 5P1AA 4Y3QA 2CEMA 5IS4A 1IBQA 2HB3A 1WBMA 5P09A 3ZOVA 5P56A 4J55A 5ENMA 3TOHA 1BV9A 3N3IA 2QMDA 5OZWA 5P2FA 2A4FA 4KUPA 5P4VA 4OC6A 5AHBA 5P6UA 4Y41A 4FE6A 1BXQA 5P0CA 4Y6MA 4Y4ZA 5F00A 2AOGA 5P3RA 2WEAA 3PSUA 1MPPA 3L5FA 4Y3DA 5P5ZA 5P8QA 3DOXA 3EXOA 3T6IA 5IVTA 4JPCA 5P7RA 5P41A 5KR2A 5P5EA 4DJUA 4Y37A 3OHFA 3LPKA 2G69A 3OXXA 3IAWA 2FGUA 2OHNA 2O4NA 4Y3EA 4OBJA 5P1YA 3T7QA 2UY0A 4ZEAA 1HSIA 1MEUA 5E5KA 4U7QA 2G21A 4K8SA 4DH6A 2OHPA 2FDDA 3S8IA 1M0BA 4EHCA 2FXDA 5KR8A 1SDUA 5P08A 3QIHA 3KN0A 4RVXA 5P3AA 3ER5E 5P6VA 1ER8E 1GVVA 5P79A 2IDWA 3OUAA 3IN3A 1ZP8A 4I0EA 5JODA 2AOHA 4B1CA 3BUHA 1F34A 5P30A 5P86A 3TPPA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3KM4 A;  5P4B A;  3EL4 A;  4TRW A;  4DQF A;  4KE1 A;  3BXR A;  5P67 A;  4I0F A;  4CPT A;  3IN4 A;  1BVG A;  4Y39 A;  5P62 A;  3VUC A;  3JW2 A;  2REN A;  3R2F A;  5P16 A;  5P1O A;  2Q55 A;  5P6C A;  3QVC A;  2VIY A;  4Y3R A;  1W6I A;  1HVL A;  4GJB A;  4Y3M A;  2F3F A;  4Y5B A;  4L1A B;  5P8C A;  3SQF A;  1KJF A;  3LZY A;  5P8P A;  5I3X A;  5IE1 A;  1FMX A;  5P1S A;  5P3Q A;  3PHV A;  1T7I A;  1YTH A;  5OZB A;  5TOL A;  2PYM A;  3TH9 A;  5OZ7 A;  2HB4 A;  4Y3Y A;  5P7Z A;  1AJX A;  2Q15 A;  4Y5E A;  5P75 A;  5P6F A;  1IVP A;  1BWB A;  1XL2 A;  5HCT A;  3NWX A;  3K5C A;  4IVS A;  5P36 A;  5P8B A;  1AJV A;  4CKU A;  3PMU A;  1CMS A;  4GMI A;  3VF7 A;  4L7G A;  3QRS A;  3IA9 A;  3NDU A;  3VCM A;  1FMU A;  4B77 A;  3A2O A;  5P6X A;  1LZQ A;  1IZI A;  5P0D A;  5HDV A;  3KT5 A;  4LXK A;  5P7I A;  4S1G A;  5P6Y A;  4B72 A;  4Q1X A;  5P3D A;  3PM4 A;  4DJW A;  5P4X A;  5P3W A;  3Q5H A;  4GJ9 A;  5P5S A;  5P5R A;  4JP9 A;  4X2L A;  5P3M A;  3UQR A;  3LIY A;  4CPU A;  4CPR A;  3ZL7 A;  5P8A A;  4DJP A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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