The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
26
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sequence length |
119
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structure length |
119
|
Chain Sequence |
KRQVASGRAYIHASYNNTIVTITDPDGNPITWSSGGVIGYKGSRKGTPYAAQLAALDAAKKAMAYGMQSVDVIVRGTGAGREQAIRALQASGLQVKSIVDDTPVPHNGCRPKKKFRKAS
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Mechanism for expanding the decoding capacity of transfer RNAs by modification of uridines.
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
16S RRNA
|
| molecule tags |
Ribosome
|
| total genus |
26
|
| structure length |
119
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| sequence length |
119
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2007-03-01 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| K | PF00411 | Ribosomal_S11 | Ribosomal protein S11 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Nucleotidyltransferase; domain 5 | Ribosomal protein S11 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 4DUZ K; 1HNX K; 2VQE K; 4JI2 K; 4B3R K; 4X66 K; 2UUB K; 1N36 K; 4DV3 K; 4DV2 K; 4JI5 K; 3J7Y P; 4DR7 K; 4JI3 K; 4NXN K; 4LF6 K; 2UXD K; 4LF7 K; 5IT9 O; 4X62 K; 4DV7 K; 1HNW K; 1XMO K; 4B3T K; 4AQY K; 5LL6 Z; 4LFC K; 4X65 K; 2UU9 K; 5A2Q O; 2UUA K; 4LFA K; 5LMU K; 4JI7 K; 4GKJ K; 1J5E K; 2UUC K; 4X64 K; 4GKK K; 4DV4 K; 5AJ3 K; 1HR0 K; 2UXC K; 4JI6 K; 4DV6 K; 3J7A P; 4LF8 K; 4CW7 B; 4DUY K; 4B3M K; 4JYA K; 4DR4 K; 4JI0 K; 1IBL K; 4NXM K; 1IBK K; 4YHH K; 5BR8 K; 3JAM O; 4DR2 K; 4JV5 K; 4DR1 K; 4LF9 K; 4B3S K; 3J81 O; 4LF5 K; 4LF4 K; 4DR6 K; 1IBM K; 4DV5 K; 3T1Y K; 3T1H K; 1I94 K; 1XMQ K; 4YY3 K; 4JI1 K; 2ZM6 K; 1N34 K; 1XNQ K; 2E5L K; 2UXB K; 4K0K K; 5LMN K; 4DR3 K; 4JI8 K; 4LFB K; 1HNZ K; 1XNR K; 4DV0 K; 3OTO K; 2F4V K; 2HHH K; 3J80 O; 4OX9 K; 4DV1 K; 4V19 S; 1N32 K; 4KHP K; 1N33 K; 5FLX O; 4CVN E; 4DR5 K; 4JI4 K; 2VQF K; 1FJG K; 5IWA K; #chains in the Genus database with same CATH topology 4CEO A; 4E1J A; 3A2F A; 3AV9 A; 4UQG A; 3ZSO A; 3HPH A; 2VWJ A; 3CXC M; 4JKH A; 1NGD A; 3BZK A; 3CF5 L; 3CQ8 A; 1OH5 A; 5AZI B; 3CET A; 4DSK A; 1U04 A; 4BRL A; 3QNN A; 3TTD A; 4FZX C; 3NGY A; 3MCP A; 3OYA A; 1S5J A; 2G8V A; 1VSL A; 1L3T A; 4CGI A; 4HHT A; 1VK0 A; 1EXQ A; 3AGR A; 3L2R A; 1VQ8 N; 1BL3 A; 1T8E A; 4CEZ A; 3HM9 A; 1BDG A; 1HJR A; 4CZF A; 3BY5 A; 3CMA N; 1IKW A; 1LV5 A; 4LY7 A; 3EL2 A; 1VHX A; 3QML A; 2W6K A; 3SUQ A; 4RW4 A; 3A8Y A; 4FWK A; 4O0J A; 2FSN A; 2UXC K; 4H5R A; 4I9Q A; 3OYM A; 4JKF A; 2FSJ A; 5M1N A; 3CYM A; 5T7B A; 1X9W A; 3AA4 A; 4JNE A; 3I56 N; 4J2A A; 1KCF A; 3VF2 A; 2HW3 A; 1B9D A; 3P39 A; 4JKE A; 3QIC A; 4F8R A; 4HWI A; 5AZI A; 2ZE2 A; 4FLX A; 1TK5 A; 3VEW A; 3NVM A; 1IBM K; 1QHA A; 5FPE A; 1JLC A; 2PZS A; 4H0T B; 4YY3 K; 1U49 A; 3TAQ A; 2Q31 A; 4YDU A; 4WQ4 C; 1WNS A; 4O5B A; 1IJJ A; 3DOL A; 1YVU A; 3WEE B; 3CPE A; 4B1Y B; 3TTF A; 5D3G A; 3PO5 A; 4O55 A; 1UWB A; 2Q97 A; 4RW7 A; 2OPP A; 1RDA A; 3NE6 A; 2GV9 A; 1GLA G; 3FZK A; 4FJL A; 1RCH A; 3LAL A; 3P4I A; 5ADX A; 1QQN A; 1ZBS A; 2O8E B; 2JGU A; 3G71 N; 3NGI A; 4RTF D; 4JK7 A; 4DV2 K; 1WAF A; 4JI5 K; 1BGX T; 3KLI A; 4BR4 A; 3EZ5 A; 4DR7 K; 3MEG A; 4PHT X; 3D6R A; 1OKJ A; 1IG9 A; 2HHW A; 1W9H A; 1VRT A; 3ULD A; 3HXM A; 2YNH A; 3E1Y A; 4BRD A; 2NLX A; 5BRD A; 1S1T A; 5KTQ A; 3AVN A; 2Q2R A; 3CCU N; 4DWI A; 1DTQ A; 3HST B; 1HPM A; 1RDW X; 4TSX A; 1JXE A; 1O1W A; 3EYZ A; 2CGL A; 3AVG A; 1RTJ A; 5AFU H; 3RRG A; 1KFD A; 1NU0 A; 3IFR A; 2UUA K; 1V4T A; 3NCI A; 3SMP A; 3WEE A; 4BR9 A; 1J5E K; 4A5A A; 4Q0B A; 4CHO A; 3W3D A; 3OBY A; 1Q81 O; 1R0A A; 1C6V A; 4K43 A; 3AAR A; 4WQ5 C; 5AQK A; 3QNO A; 2HVH A; 1NOZ A; 2WON A; 3CC7 N; 4CEC A; 2P9S B; 4KH6 A; 2E6L A; 3ZET B; 1VQO N; 4I6M B; 1WBB A; 4YOU A; 3DJC A; 5HRS A; 1RNH A; 3DLB A; 3AO5 A; 4BR5 A; 1SUQ A; 4ID1 A; 1NJY A; 4K0K K; 3P5J A; 4JS5 A; 3DLK A; 1A5X A; 1U47 A; 5BN9 A; 5CHI A; 1QTM A; 4QCL A; 3WNF A; 4C1N K; 4N41 A; 2PBD A; 1XI1 A; 3O5B A; 4DTM A; 3ZX2 A; 1YJN N; 1JLE A; 1XC3 A; 3HP9 A; 4BE0 A; 4NLC A; 3L4I A; 1ZBL A; 4B1X B; 1YXQ A; 3V4I A; 1HQU A; 4FJM A; 2YKN A; 2Q0U A; 5AQW A; 5BPM A; 4FJG A; 3KLH A; 2F9W A; 4YDU C; 2HHQ A; 3NDK A; 3WXM B; 5FPM A; 4DCH A; 3BDP A; 4H03 B; 3ZET A; 1TK8 A; 4M45 A; 3T7Z A; 1Q7Y O; 3C95 A; 4I6M A; 4L3Q A; 3SCX A; 3ZYY X; 5DMR A; 4Y0W A; 2UXD K; 3I8B A; 5GAG P; 3H08 A; 1B9F A; 3H3N O; 1Z26 A; 4FWL A; 3ID6 A; 4MO5 A; 1GOB A; 3QEW A; 1ILY A; 3CC2 N; 2DY4 A; 3LM9 A; 5LL6 Z; 4H0O A; 2E2O A; 4UY8 O; 4BGB A; 3U9D A; 5LMU K; 3MN9 A; 2HOE A; 3UKR B; 3KVG A; 4WFB L; 1L5U A; 4FK0 A; 4FWR A; 4ISF A; 1BHL A; 3K59 A; 2Z1I A; 3KD5 E; 2HBL A; 3MXM A; 3FGU A; 4GV6 A; 1YJW N; 4AHC A; 3M6G A; 2FXU A; 3KHY A; 1QE1 A; 3HVR A; 4B9Q A; 4DR2 K; 3BP8 A; 3IUC A; 1TKT A; 3O8M A; 5GIN A; 4CJU A; 4I9L A; 3EO3 A; 3VTI A; 4CGD A; 1NNE A; 1CZB A; 3QEX A; 4FJ5 A; 3CIP A; 2NRZ A; 4JI1 K; 4IKF A; 3S3O A; 3TPQ A; 3OYH A; 2HMI A; 1JKH A; 1YT3 A; 4LFB K; 2QWQ A; 1VSH A; 4OGE A; 2QEX N; 1K73 O; 4CF0 A; 4OX9 K; 2R7Y A; 1NMN A; 4J8F A; 5LY3 A; 1JLG A; 4CVN E; 3OYC A; 3UKR A; 2QXF A; 4DR5 K; 3VF6 A; 1IH7 A; 4FWM A; 5IWA K; 5EY4 A; 3K2P A; 3BZC A; 1Q9X A; 4E7J A; 5AQT A; 3O3G A; 2RKI A; 4JK9 A; 3NH1 A; 4W5N A; 1DTT A; 4KB0 A; 3KZB A; 3SAF A; 4IXC A; 3K0S A; 4DSI A; 1QSY A; 1BUP A; 4CIF A; 4JLH A; 4DV3 K; 1WSI A; 4CJR A; 2E1Y A; 2E1Z A; 4KB1 A; 3M8P A; 4CGJ A; 3ZCM A; 5AQM A; 3TSU A; 4M63 C; 4E19 A; 4M3Y A; 1RFQ A; 2EWS A; 3D2F B; 3TR8 A; 2IOC A; 3CCL N; 1Q86 O; 3QEP A; 4IEI A; 5GAH P; 3WNH A; 2ITG A; 1VQ4 N; 1QZ5 A; 3MAQ A; 3M1F A; 4AQY K; 2YNF A; 1BCM A; 4OPJ A; 3SV4 A; 3DLL L; 2FF3 B; 5FPN A; 3GOI A; 4Z4H A; 1NKB A; 1HYZ A; 5AQS A; 4E89 A; 5C15 A; 4I2Q A; 1YI2 N; 2UUC K; 3LPU A; 3VEZ A; 2B4J A; 4BG8 A; 2IAJ A; 4DFP A; 1BQN A; 2UYT A; 4FVM A; 4K8X A; 5HRO A; 3C6T A; 1Y64 A; 2VWB A; 3ATU A; 2FBV A; 2FSK A; 4KKO A; 4EHT A; 2YHB A; 3GL1 A; 3AVM A; 1FK9 A; 5AQQ A; 2EHG A; 4YOT A; 4BDZ A; 3FZH A; 1RDU A; 2QTD A; 3ENH A; 5HL7 L; 3K9K A; 3SJH A; 2ZD1 A; 4FOE A; 3CD6 N; 3CCJ N; 4C8L A; 2YJF A; 2F8S A; 1FKP A; 5KPZ A; 2B5J A; 4CJF A; 1XHX A; 3TSP A; 1WSE A; 2ZGZ A; 3D2F A; 4GVM A; 4BRG A; 2HNY A; 3IG1 A; 3R1X A; 4DKW A; 5KRT A; 4RWT A; 3DXK A; 1S1X A; 4IOX A; 4CBW A; 4DV0 K; 2GUP A; 5HRP A; 2NRW A; 1M90 O; 4A2A A; 4EP5 A; 4ELT A; 3VA0 A; 5FLX O; 2D1K A; 4OPA A; 2XHB A; 4ISE A; 3NGZ A; 1C0U A; 4MLH A; 3DRP A; 3MMV A; 3V9X A; 3KK7 A; 4JKG B; 3NHG A; 4IBN A; 3AO3 A; 4IZ9 A; 1KAX A; 4JEP A; 1ZBH A; 4B9M A; 3KD1 E; 3TSQ A; 5JVH L; 4MO4 A; 1RT1 A; 4O8U A; 4H4O A; 2XRI A; 1GLL O; 5E26 A; 4CGG A; 2F7T A; 3FZL A; 4JI3 K; 4E1N A; 3S9H A; 1OVY A; 4FJJ A; 1S6P A; 1U2V B; 3HSC A; 4RW9 A; 4DSE A; 3JXU A; 5EU7 A; 3WXK A; 3L3V A; 4DV7 K; 3HOT A; 3O9R A; 1TKZ A; 1VQ7 N; 4CK1 A; 3ENO A; 2VGN A; 3V1O A; 3M8Q A; 3THW B; 3DWL A; 1BWF O; 3BF3 A; 4KHW A; 4BRE A; 1GLD G; 2AA4 A; 5J2Q A; 1L3U A; 2HBK A; 5AJ3 K; 2D0O A; 2Z1J A; 4KTZ A; 3G10 A; 4Z4C A; 2D0A A; 4JKG A; 4DHY A; 1TV6 A; 3MDQ A; 1BOT O; 1IKV A; 4AHT A; 3TAG A; 1M1K O; 4B3M K; 4PUO A; 4CZJ A; 4DLE A; 3AO4 A; 4PA1 A; 4DB3 A; 4CED A; 3CCV N; 1NGF A; 1IKY A; 4IJA A; 2RF2 A; 1VQN N; 1NJX A; 4JV5 K; 4QS7 A; 4OO1 J; 3SUO A; 3OS2 A; 4FOI A; 3K58 A; 4FJX A; 4JN4 A; 4XH4 A; 5JS2 A; 3V1Q A; 1U2V A; 3OYL A; 5DM6 L; 4MQ3 A; 4M3U A; 3LP1 A; 1KC8 O; 4CJ4 A; 3PSF A; 2P9U B; 3B8A X; 4KFB A; 3PV8 A; 3THY B; 4ILJ A; 3OBW A; 3CJC A; 3FLC O; 1EP4 A; 3RSE B; 1GLE G; 3TU5 A; 4QOZ B; 4NO7 A; 4DTO A; 3NF7 A; 2O8C B; 3V9U A; 2ETJ A; 2YHW A; 4DV1 K; 4IJN A; 1N32 K; 1KVB A; 1BA0 A; 5AQL A; 3THW A; 1D4X A; 3KIO A; 4K8Z A; 2CGK A; 2QWM A; 4DQQ A; 2OTL N; 2P9P B; 4CZH A; 3UE5 A; 1EX4 A; 1VSF A; 3T3F A; 1FKO A; 1RT6 A; 5HBM A; 4BGA A; 5M1F A; 4ELU A; 2A5X A; 5AQV A; 1MWK A; 4BR2 A; 3AVH A; 3AO1 A; 1HPZ A; 4HUF A; 4NYN A; 4J2E A; 4CZK A; 4OPK A; 4E1M A; 3LDL A; 4CJQ A; 4A61 A; 3JSM A; 1RT2 A; 5SZT A; 3RMA A; 1ZBU A; 1YIJ N; 5C25 A; 3SQ1 A; 2IGI A; 4WF9 L; 1XHZ A; 2WBN A; 1BIZ A; 3MCA B; 2P9U A; 4H4M A; 4CF8 A; 4E7L A; 1R59 O; 4JS4 A; 2Q1N A; 1VSJ A; 2VWK A; 1JCG A; 3KLG A; 3THY A; 1EWQ A; 2OPS A; 4DTJ A; 3FZM A; 3RSE A; 2Y1J A; 3SNN A; 2O8C A; 3QIP A; 2HMP A; 3U9Z A; 1NLV A; 2FBX A; 1WLJ A; 1BIS A; 4A2B A; 2QWR A; 3EZW A; 3E9P A; 1LW0 A; 4FWS A; 3VQP A; 1TL1 A; 2P9P A; 3KWG A; 4XEI A; 4JYA K; 3P31 A; 3R3L A; 4E7H A; 5C2F A; 2VCP A; 4DR4 K; 1G15 A; 4OKK A; 3F9K A; 1K6Y A; 3O9Q A; 5KPR A; 4OKJ A; 2Q0R A; 4WFN L; 4KHN A; 4B8C A; 3ZSW A; 1KAY A; 3I0R A; 3F2K A; 2YHX A; 3M5R A; 3ZT0 A; 5AQZ A; 4EHU A; 4XH1 A; 1BA1 A; 3W0L A; 4CER A; 3V9Z A; 5HOO A; 4PY5 A; 4DR3 K; 2ZJQ L; 1RTH A; 5AQI A; 3K5N A; 1YHQ N; 5KPT A; 3CFR A; 1YIT N; 2WC9 A; 5FRO A; 2OAN A; 3OTO K; 5BRF A; 3OA9 A; 2P9N B; 3VOV A; 3QFP A; 1ATS A; 3AA5 X; 3LAK A; 3SYZ A; 1W97 L; 4G1Q A; 4ILH A; 5LJV A; 4CJP A; 4WFA L; 2FF6 A; 4B3R K; 4FSV A; 1JLA A; 1WSG A; 1OVQ A; 4B1U B; 4BE1 A; 4B1V A; 2QWN A; 4KI6 A; 4IDH A; 1D9D A; 3LDQ A; 2F96 A; 3TI0 A; 1XUP O; 2QW9 A; 5J1E A; 1U6Z A; 2DFE A; 3TTC A; 4GV3 A; 3SBG A; 3LDP A; 4CJV A; 2XY6 A; 2I7N A; 3QFU A; 3MN5 A; 3OYF A; 4CJ5 A; 4N5S A; 1VQP N; 2W41 A; 4DLG A; 1RTI A; 4B1W B; 4QS8 A; 1JLF A; 3TWH A; 4CBX A; 5MLC Q; 3ZT2 A; 4CJS A; 4FLZ A; 1NM1 A; 4HCC A; 4A57 A; 1T03 A; 1RBT A; 1HLU A; 1TYQ B; 1GOC A; 3CFO A; 2P9N A; 4CBU A; 3AO2 A; 2YX6 A; 2QKK A; 4FWP A; 4FO0 A; 3C6H A; 2ASP A; 3LL3 A; 1Z25 A; 2GTD A; 1NOY A; 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4GKJ K; 4CEB A; 3C7N B; 4CIE A; 3R8E A; 3I33 A; 1SQK A; 1SKS A; 1T6D A; 4B8A B; 3THV A; 4NCG A; 2YNI A; 1VRU A; 4FVU A; 3JS6 A; 4ILG B; 4IO8 A; 1RBS A; 3SPY A; 2G8K A; 4FPB A; 4DU4 A; 4YHH K; 3AVF A; 2ZWH A; 2IIR A; 2RHK A; 3HO1 A; 3LZJ A; 2P5O A; 3EKS A; 4DMN A; 1RDD A; 5GAE P; 5M1K A; 4Z4E A; 4DV5 K; 1L3S A; 1BG3 A; 2A1R A; 1D8Y A; 4AHU A; 3LP2 A; 2VG5 A; 1E3M A; 3HI0 A; 4YOX A; 3GE1 A; 2HHH K; 3JYT A; 4JKC A; 1GLB G; 1NKC A; 2IVO A; 5GIP A; 4W5Q A; 1HNI A; 1J6Z A; 3V9W A; 3KKS A; 1SV5 A; 5HRR A; 5DM7 L; 1NJI O; 3C7N A; 4DSJ A; 2OZM A; 2J4R A; 1J5O A; 1I3A A; 4BVP A; 3FFK B; 4WCE L; 4JI2 K; 4O0I A; 3ZT3 A; 1CZA N; 3DMJ A; 5C42 A; 4CEQ A; 4H5T A; 5M1P A; 2QI2 A; 4NLB A; 4FLT A; 5JVG L; 1YTA A; 5B8H A; 3TAE A; 1I39 A; 3F73 A; 1NGJ A; 1RDC A; 3EY1 A; 5EX5 A; 3KTQ A; 4FZY A; 3AVB A; 4X62 K; 3CQY A; 4YNQ A; 3HP6 A; 2KHO A; 1S72 N; 4NCA A; 1CXQ A; 4LH4 A; 5C10 A; 4LSL A; 4X65 K; 3O9U A; 3R9P A; 1KRP A; 3HJF A; 4LFA K; 3O4W A; 4LC9 B; 4LSN A; 5AQH A; 3VQE A; 3OS1 A; 3LZI A; 1JLQ A; 1CLQ A; 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