2UVJA

Structure of a periplasmic oligogalacturonide binding protein from yersinia enterocolitica in complex with trigalacturonic acid
Total Genus 137
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
137
sequence length
404
structure length
404
Chain Sequence
EVNLRMSWWGGNGRHQVTLKALEEFHKQHPNINVKAEYTGWDGHLSRLTTQIAGGTEPDVMQTNWNWLPIFSKDGTGFYNLFSVKEQLDLAQFDPKELQQTTVNGKLNGIPISVTARIFYFNDATWAKAGLEYPKTWDELLAAGKVFKEKLGDQYYPVVLEHQDTLALIRSYMTQKYNIPTIDEANKKFAYSPEQWVEFFTMYKTMVDNHVMPSTKYYASFGKSNMYEMKPWINGEWAGTYMWNSTITKYSDNLTKPAKLVLGPYPMLPGAKDAGLFFKPAQMLSIGKSTKHPQESAMLINFLLNSKEGVEALGLERGVPLSATAVTQLRASGVIKDEDPSVAGLNMALELPHKMTTSPYFDDPQIVSLFGDAIQYIDYGQKTVQETAEYFNKQGDRILKRAMR
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Specific Recognition of Saturated and 4,5-Unsaturated Hexuronate Sugars by a Periplasmic Binding Protein Involved in Pectin Catabolism.
pubmed doi rcsb
molecule keywords ABC TYPE PERIPLASMIC SUGAR-BINDING PROTEIN
molecule tags Sugar binding protein
source organism Yersinia enterocolitica
total genus 137
structure length 404
sequence length 404
ec nomenclature
pdb deposition date 2007-03-10
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 2uvjA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 2uvjA02
2XXQA 3S9EA 1II5A 3M3KA 3HHFA 3Q27A 2A5SA 1Q1KA 1S9TA 4XTCQ 4JWOA 2A5TA 4I8CA 1LFGA 3T9XB 4H67A 5H8FA 3TPAA 4RY1A 1FQDA 4IO2A 4LATA 3F11A 3PPOA 4KCCA 2DXYA 1FW0A 4GVOA 1A8FA 1M5DA 3D4GA 1XHYA 2LAOA 3IOWA 3C36A 4UACA 1MXZA 3WAEA 3CSGA 3SEUA 1OLCA 3PUZE 2Z8EA 3W15C 3LSXA 1B3EA 1N3WA 3OMBA 4MFIA 4IY6A 1LBBA 3B6WA 1OIBA 5DVIA 3K02A 1BKAA 1B5JA 3K1PA 3EN3A 4PP0A 4ELRA 4OXVA 5I2NB 3OENA 1ZLQA 4ECFA 1D9VA 1URSA 3OO8A 4OMBA 1Y3PA 3S9MC 3KSJA 4AB6A 3MW0A 1IUDA 3TTNA 5H8QA 4PE5B 2Y7KA 4F19A 1B51A 3MUQA 4ELQA 1I6AA 4XXUA 2O51A 1OLAA 4KR5A 5I57A 2V3TA 1AMFA 5TP9A 1FTMA 3TZAA 3HO7A 3JYRA 4KQPA 4OHNA 4RNSA 3CG3A 4NMYA 4HW8A 4YB6A 4DIGA 4ESWA 3FVOA 2DQVA 4OWDA 1TT1A 4EXLA 4ZE9A 1FQCA 2HCAA 5CRYA 5CMKA 4R72A 3CSBA 1SDXA 2D5WA 2I58A 3MP8A 3RPWA 3EHUA 5DEXB 4NWDA 4FEBA 2Q9TA 1XOCA 1EZ9A 3EPEA 5H8NB 1PC3A 4F1VA 1BTJA 2RKMA 2ZXTA 2XXWA 3KG2A 1B9JA 1M5EA 3SEWA 1H45A 3MP6A 3BFTA 2YJPA 2DE4A 1QJMA 3HN0A 3BKIB 3H6WA 4GWOA 5F1QA 4PFYA 1PEBA 1XVYA 4IO7A 4GIZA 4KHZE 4R9GA 1LBCA 4LZ5A 1US5A 3OOAA 1A40A 1UTBA 3QXMA 5EYFA 2V3QA 3OD7A 4Q0CA 1M5FA 1JETA 5I59B 2Z22A 2OK2A 3IB1A 1H43A 2XHDA 1DTGA 1MXWA 1IIWA 4BDRA 1L5TA 3C33A 1B40A 3MVZA 3TEPA 2ZYMA 4F1YA 4M1VA 5H8SA 3RTWB 3SETA 1D4NA 4R6KA 1N0TA 1TFDA 4JSDA 3LBSA 1SW1A 4IO5A 4R74A 2H25A 4KYEA 5AA2A 3MBPA 1O7TA 4HTGA 3O9PA 4FAJA 5KZTA 1Y9UA 5B7DA 4JWXA 2IEEA 5CBSA 1I69A 4U22A 2Z23A 1HSLA 1IXCA 4ZDMA 3H4ZA 3I5OA 5HBCA 3KN3A 1B5HA 3PPQA 4QFNA 3TFLA 4U1ZA 3Q26A 3CRBA 1P1QA 1NH7A 4K3FA 1Y1ZA 1WDNA 3PMWA 2F6GA 1FTLA 4HCYA 1S50A 4G4PA 1MDQA 3KN7A 1JW1A 3HV1A 1NNTA 4ZEIA 4F31B 3L6HA 3U72A 5TPAB 4C0RA 1BIYA 1PBQA 1SBPA 4H65A 5JK4A 3CFLA 2I4BA 4XKNA 4XKRA 4G68A 5DTBA 4R2FA 3TQWA 4FE8A 2W7YA 4BDNA 3LR1A 4NE4A 1B6HA 1B7UA 4OVJA 3OELA 2BJJX 1USYH 3PUXE 2UVIA 3G3HA 4IB2A 4Z0IA 4L17A 1SD3A 2REJA 3VVEA 5DT6A 2HAVA 4GRKA 1P1NA 2HAUA 2I0BA 3LSFB 5KDTA 1MXXA 1B58A 1Z7ME 3C35A 1ZMGA 2XD2A 2F7CA 1SYHA 3IOTA 3TELA 2REGA 4G2ZA 1DMBA 1ELJA 2V3UA 2DOJA 3H3GA 4NWCA 1LAFE 4OETA 1O64A 3Q28A 1D9YA 3EHSA 5I56B 3QYTA 4RK2A 3VV5A 5HPQA 2PMSA 4EUOA 4YMAA 2Q88A 4N13A 4ESXA 2R6GE 3A3UA 2RC8A 3CVGA 2DE3A 1P1OA 4ZEBA 1B05A 1ZJLA 4PQJA 1P1UA 3FASA 1P1WA 1B3LA 1PBPA 1MQIA 1PDAA 3UORA 4R6HA 4G8NA 1B7ZA 2R9JA 2O68A 5I58A 1TWYA 3E3KA 5EHMA 2NWJA 3TYHA 1DTZA 1H44A 3H06B 1JQFA 4BDQA 4AB5A 1ATGA 3D4CA 1FQEA 1VR5A 2GHBA 3ZKLA 1TFAA 4H8IA 1OVBA 2V93A 3KSXA 4E0XA 4QFPA 3O6GA 4E0WA 2WKYA 3MVWA 2DVCA 2F8DA 1XC1A 3FXRA 1EU8A 1UTHA 2DS9A 1DOTA 3K1MA 1MG1A 4IO3A 2F36A 5A5XA 1LCTA 3VVDA 3IL1B 1PB7A 4MBPA 5H8FB 3C34A 3RQTA 4P0GA 3VDFA 3EF7A 2VGQA 1B3GA 3K4UA 4OZ9A 1SI0A 4DXBA 2XXVA 1GVCA 1KWHA 3JZJA 2DWJA 3VXCA 4JWYA 4ZS9A 1QKBA 3T9UA 2H5YA 1NFTA 3R6UA 3TDJA 4ZECA 3MWBA 4GXAA 2D3IA 2XXUA 1I6BA 4DLDA 4LQ5A 2RC9A 1B4ZA 4GXSB 2OCUA 3PPPA 4O3CA 4POXA 5M2VA 4ZEFA 1YTVA 2NUVA 3HSTA 1A55A 4JXIA 2CMOA 3UGWA 2RINA 4EXKA 3O66A 4EQ9A 4QFKA 4EQ7A 3T93B 3KN8A 3K6WA 4FIMA 3GLBA 5H8HB 2V25A 3ZSFA 2P1SA 4DXUA 3KGCA 2Y7WA 1URGA 3G3IA 2HEUA 2HQ0A 3K0VA 3GBAA 2VD2A 4H1XA 4KYDA 3MZBA 3QUFA 3TCFA 4LQ2A 3SESA 3FZVA 3LSLA 4U1OA 1Z7NE 1LAXA 2V84A 5DVJA 4O3AA 1POTA 5H8QB 3K6UA 2I3VA 4JB7A 2QS2A 4F3SA 3PUYE 3R26A 4R75A 3CG1A 3CFXA 5I2NA 1QW0A 3TMGA 5I57B 3N26A 3ODBA 4FEDA 1MQDA 3A09A 4G8MA 1A7LA 1MPBA 1N3XA 2ZNUA 3RNNA 1H3DA 1FQBA 1AH5A 2ZMBA 3RLFE 4DE8A 1NH8A 3C31A 4LONB 4R6YA 3KOTA 4MLVA 1GTKA 4EF2A 3H7MA 3QK6A 2F97A 3TCHA 3PUWE 1ZTYA 4OFOA 4RXLA 1CE2A 4GQOA 5K2YA 1NNFA 2O84X 2UVGA 1B0LA 3N6TA 4G68C 3DP4A 4KD5A 5DVFA 1YCJA 5L9MA 2AL4A 1US4A 3TTLA 2UYFA 4F18A 3SEYA 3TTMA 3CI8A 3O2AA 3N6UA 3H6TA 3DELB 3VXBA 4ZZEA 3B7DA 4GOTA 1QUIA 2UVJA 3MAMA 2PX1A 1LAGE 4H0WA 4XIGQ 4GLIA 3RGYA 2ZNSA 3FXQA 5DEXA 5AE4A 4OEUA 4P0IA 1M5BA 5I2KA 4H5GA 5H8NA 1MH3A 3GXAA 5F7VA 2OJTA 3V83A 2RCAA 2QSXA 3V8XB 1B1HA 1UTBB 3FVGA 4BDLA 1EH3A 4IGTA 4ZEKA 2FNCA 3EHTA 5JEIA 1MM7A 3WAFA 4POWA 3DP6A 1M5CA 4QFOA 1YAEA 1JVXA 4IO6A 4O3BA 3VVFA 3H03A 5CMMA 3T9HB 4X1DA 3K1NA 2FA7A 2THIA 4BLAA 1IXGA 4R2BA 3FV1A 3UP9A 1IEJA 3IO4A 3E13X 5I59A 5EHSA 2QPQA 4F29A 3RY3A 3Q29A 4OTEA 1B46A 3CIJA 5AA2D 2XXXA 5JTYB 3FUZA 1ZU0A 1PB9A 2Y84A 1D3KA 3THIA 3G3FA 3FV2A 3PUVE 3B6QA 3FVKA 1RYOA 4R9FA 4NF5A 5AA4B 2ZYNA 1Y3QA 2F34A 1AL3A 1CB6A 2XX7A 4TLMB 3OXNA 4NF8A 3C4MA 4YB5A 1SW4A 2Y7IA 2E0SA 2KLFA 2VOZA 4BDMA 1JEUA 3M8UA 1YPNA 3T96B 1OQHA 2RCBA 2OBGA 4U23A 3PV0E 5KCJB 1QULA 3S9LC 4LZ8A 4LP2B 1VSOA 2PVUA 4X1BA 3G3KA 1F9BA 2Q2AA 1N7WA 3DP8A 3MQ9A 1B3FA 2X7PA 1J1NA 5KDTB 1FTOA 4NF6B 3I6VA 4QSCA 1O63A 5TU0A 2GRVA 3UA8A 4ZE8A 2XXYA 5CC2A 3HCQA 1Y4CA 4TLLB 3FXUA 4U4SA 1MQHA 1NL5A 2H9BA 1LGBC 1LB8A 1LSTA 2VD3A 4GF8A 4N07A 1LFIA 3OSRA 3IB2A 3S9NC 3U93A 2O7IA 3U94A 3ILTB 1A54A 2ONSA 3FIRA 4RK9A 5ITOA 2AYSA 3IX1A 3RTFB 1HSEA 3FGSA 4QFLA 1Y1MA 2UVHA 3JV9A 4ZEDA 1LB9A 4DCXA 1FTKA 4GD5A 1T0KA 1S7YA 2E1SA 4NF4B 4YICA 2Z8FA 1AIVA 2D21A 2O7UA 5K2XA 3MPKA 2DYXA 5I56A 2XX8A 4X9TA 4PFUA 5ICTA 4YZZA 2Z8DA 3DLNA 4WKMA 3IJXB 4OENA 1DSNA 5CI5A 4I1DA 3UIFA 1P99A 2DXRA 4F2QA 5AA3A 2RC7A 1R9LA 1B52A 3K2DA 4FECA 4H5FA 3RUMA 1Y20A 2YPNA 2ONRA 1EZOA 2HZLA 2NVUB 2I48A 2HZKA 2H4IA 2P0SA 1UTHB 5ICQA 3KJTA 3HHGA 3T66A 5ELVA 4MLQA 3GZGA 1MRPA 4YU0A 5FHMA 2A5TB 3C9HA 4U21A 3K6XA 1FQFA 1B7HA 2PT2A 3VLVA 1A99A 1SQYA 4YKPA 1ZIUA 2I49A 4M4GA 3KEIA 3KJ7A 4C1UA 2G29A 1B32A 4I9DA 4ND9A 2O1LA 4EQBA 5DYHA 1NNPA 3VLWA 1SW5A 3GBBA 4RPNA 2X7QA 1IZ1A 4RJZA 3L6GA 1LCFA 3TODA 4ONYA 4FORA 1SYIA 2DWAA 3TKDA 1MS7A 4F3GA 4U4XA 3B6TA 3OSQA 2F6PA 1XVXA 4H6DA 4FATA 2ANJA 4QF9A 3S2VA 3AXFA 4OERA 1EZPA 2ZYOA 1ZBMA 3C32A 4TQUQ 3IOVA 3IB0A 5L9OA 2F35A 3R7XA 3TCGA 4IO4A 4Q30B 1R9QA 3V5AA 3LUYA 1GR2A 3IAZA 4GL8A 3FD3A 5FHOA 3MVYA 4YB7A 4AQ4A 1OMPA 4RYAA 2I3WA 1UQWA 1DPEA 3OO6A 2QL3A 1USYE 3Q25A 5LOMA 3PMXA 2HFBA 2AL5A 3ILUB 1IITA 4LUBA 2ONKE 5H8HA 2I0CA 3RN8A 1JEVA 2I4CA 4KPTA 1Q35A 4LVQA 3RT8A 3ZS6A 3FJGA 3MP1A 4R73A 5TP9B 1VFEA 3MC2A 3O6HA 2XX9A 4PETA 3SDFA 3MVXA 3PPNA 1ANFA 4Q8RA 1WODA 4F1UA 1MXUA 1QUKA 2Q2CA 1JW4A 3G3GA 4DDDA 3U92A 3KFMA 2RF1A 4THIA 2H98A 4OYVA 2PBWA 4UA8A 1XT8A 2XXRA 1JNFA 3W9WA 2O1MA 3BFUA 5IKBA 1FQAA 1HSJA 4OESA 1SVXB 4PFWA 2DE2A 2Y7RA 3TAJA 3CFZA 2F7AA 3G7WA 4GFRA 2O69A 3N5LA 3MJNA 2B3BA 4WEPA 2QRYA 1B4HA 2DWIA 5AA1A 3PD9A 4F3PA 3FATA 3ECRA 1NNKA 4G77A 3FJ7A 4RA1A 2Q8JA 1IXIA 2CZLA 3PD8A 3M3FA 1LAHE 4XKPA 3PPRA 2F78A 2B3FA 4JBZA 3SKPA 1QUJA 1MDP1 1MY2A 3OO7A 5I2KB 1VE4A 4QSDA 1MXYA 2XXIA 3TUSA 4IGRA 5ITPA 4OFJA 3IJOB 1B5IA 4YKJA 1AOVA 3BBRA 1BP5A 3N94A 3RT6B 2GHAA 4MH5A 1MH4A 2DSFA 2HXWA 3ZKKA 3P7IA 3MZ9A 2OWSA 1GV8A 3M3LA 4YMBA 1RKMA 2R71A 3VFJA 4F2OA 2H99A 2Q89A 5FTIA 2VP1A 4DXCA 1MY3A 1WVJA 1Y3NA 4XKQA 4Q5TA 1SW2A 3VE1B 1A8EA 1N7XA 1VFDA 2YLNA 3LSWA 2XXTA 5CM6A 5L9SA 4EDPA 2FYIA 1NMUA 1ZKBA 4ELPA 3KBRA 3SEVA 5I84A 1RYXA 2X26A 5B70A 1MY4A 1DPPA 4PFTA 2ALUA 1B3HA 3E9XA 2F5XA 1LLSA 3USDA 1JVYA 1R6ZA 5AA2B 3SERA 4DZ1A 1BLFA 1Y4TA 2DP8A 3IORA 3PMVA 4G8HA 1MQGA 2QJEA 2ZYKA 3SEXA 2O6AA 3MZ1A 4EF1A 4NF5B 1SI1A 3HPIA 3U1OA 3H6UA 4F3BA 4KCDA 3O97A 1MY1A 2UYEA 4JSOA 2OWTA 5ISUA 2OZZA 2XXHA 4F22A 3IK6B 3G3JA 5JTYA 3ONMA 4NF8B 3OO9A 4KI0E 3QIMA 4N6PA 1B2HA 4FJPA 3EQ1A 1MPDA 4C1TA 5FTHA 2DWHA 3IO6A 2QS1A 4G68B 1I6QA 3K6VA 1XS5A 1UIVA 5AA4A 1FTJA 2XD3A 1UIUA 1JW5A 3O6IA 1IQ7A 2GH9A 2VHAA 3OEMA 1POY1 4KFQA 5BUUA 4HS7A 2AIXA 3OEKA 4RPOA 1QKAA 2ABHA 4YAHX 4QRZA 3UN6A 2Y7PA 5CMCA 3I3VA 1MY0A 2UXAA 3MPLA 3S4UA 1OVTA 3KZGA 2G93A 5TPAA 3T9VA 2ZNTA 1GGGA 3UK4A 3CR9A 5J1DA 5KCJA 3KOSA 3TTKA 5FHNA 5IAIA 1MM6A 2I6EA 1N76A 4ZZAA 2QS3A 4LZ7A 3PGFA 4ISUA 1NKXA 3FJMA 3E4RA 4X48A 4QSEA 5HM4B 3PU5A 4NF6A 1QVSA 4ELOA 4BDOA 2NOOA 4YKKA 4WEDA 2NXOA 3TTRA 3IOUA 2GFEA 2P2AA 1OQGA 4HCWA 2M8CA 4OFLA 4Z7EA 1R1NA 4WXJA 4NEDA 4KYSA 1PB8A 4U2RA 4TOZA 1MPCA 4GL0A 4I62A 3V89B 2ESNA 5BWJA 1B1XA 2PT1A 3W9VA 1TXFA 3DM0A 5I58B 3K01A 1MQJA 5CBRA 1FCKA 2OLBA 1IXHA 3A3CA 3T22A 4JDFA 4OEVA 3IR1A 2PYYA 4NF4A 3QUJA 5L8DA 2IA4A 1N04A 4NTLA 3VLUA 1LFHA 1H76A 5CMBA 3H6VA 4H8JA 2B65A 1B0HA 3QSLA 3LC8A 2F7BA 1URDA 3U8QA 2XXPA 4LA9A 4DCYA 4QHQA 4F39A 4OQOA 4IY5A 2DVZA 4MF3A 5A5XB 3O28A 4YKIA 3FVNA 1N84A 2QS4A 1MXVA 2QMXA 4P11A 3QAXA 3O29A 3TQLA 3K00A 2QMWA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2XXQA 3S9EA 1II5A 3M3KA 4OVRA 3HHFA 3Q27A 2A5SA 1Q1KA 1S9TA 4XTCQ 4JWOA 2A5TA 4I8CA 1LFGA 3T9XB 4H67A 1LBYA 5H8FA 3TPAA 4RY1A 1FQDA 4IO2A 4LN5A 4LATA 4G61A 5A5LA 3F11A 2P3VA 4O7MA 3PPOA 4KCCA 3KBZA 2DXYA 1FW0A 4GVOA 1A8FA 1M5DA 3D4GA 1XHYA 4HE0A 2LAOA 3IOWA 3C36A 4PC9A 4UACA 1MXZA 3WAEA 3CSGA 3SEUA 1OLCA 3PUZE 2Z8EA 3W15C 3LSXA 1B3EA 1N3WA 2HXRA 3OMBA 4I40A 4MFIA 5FBPA 4IY6A 2OWZA 2KR0A 3CHGA 1LBBA 3B6WA 1OIBA 5DVIA 3K02A 4PTKA 5IZ1A 4I3YA 1BKAA 1B5JA 4PDDA 3K1PA 3EN3A 4PP0A 4ELRA 4OXVA 5I2NB 3OENA 1ZLQA 4ECFA 4JVDA 1D9VA 1URSA 3OO8A 4OMBA 1Y3PA 3S9MC 3KSJA 1FBEA 2HPGA 4I3EA 4AB6A 3MW0A 1FPKA 1IUDA 3TTNA 5H8QA 4PE5B 4N6DA 4XEQA 2Y7KA 4F19A 1FPBA 1B51A 3MUQA 1KA0A 4ELQA 1I6AA 4XXUA 2O51A 5ET6A 2QVUA 1OLAA 4KR5A 4PFBA 5I57A 2V3TA 1AMFA 5TP9A 1FTMA 3TZAA 3HO7A 3JYRA 4KQPA 4OHNA 4RNSA 3CG3A 4N15A 4NMYA 4HW8A 4YB6A 4DIGA 4ESWA 1IMEA 3FVOA 1EYKA 2DQVA 4OWDA 1TT1A 4EXLA 4ZE9A 4OVTA 1FQCA 2HCAA 5CRYA 5CMKA 4R72A 3CSBA 1SDXA 2D5WA 2I58A 3MP8A 3RPWA 3EHUA 5DEXB 4NWDA 5EYGA 4FEBA 2Q9TA 1XOCA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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