2UVJA

Structure of a periplasmic oligogalacturonide binding protein from yersinia enterocolitica in complex with trigalacturonic acid
Total Genus 137
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
137
sequence length
404
structure length
404
Chain Sequence
EVNLRMSWWGGNGRHQVTLKALEEFHKQHPNINVKAEYTGWDGHLSRLTTQIAGGTEPDVMQTNWNWLPIFSKDGTGFYNLFSVKEQLDLAQFDPKELQQTTVNGKLNGIPISVTARIFYFNDATWAKAGLEYPKTWDELLAAGKVFKEKLGDQYYPVVLEHQDTLALIRSYMTQKYNIPTIDEANKKFAYSPEQWVEFFTMYKTMVDNHVMPSTKYYASFGKSNMYEMKPWINGEWAGTYMWNSTITKYSDNLTKPAKLVLGPYPMLPGAKDAGLFFKPAQMLSIGKSTKHPQESAMLINFLLNSKEGVEALGLERGVPLSATAVTQLRASGVIKDEDPSVAGLNMALELPHKMTTSPYFDDPQIVSLFGDAIQYIDYGQKTVQETAEYFNKQGDRILKRAMR
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Specific Recognition of Saturated and 4,5-Unsaturated Hexuronate Sugars by a Periplasmic Binding Protein Involved in Pectin Catabolism.
pubmed doi rcsb
molecule keywords ABC TYPE PERIPLASMIC SUGAR-BINDING PROTEIN
source organism Yersinia enterocolitica
molecule tags Sugar binding protein
total genus 137
structure length 404
sequence length 404
ec nomenclature
pdb deposition date 2007-03-10
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 2uvjA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 2uvjA02
5J1DA 4JSDA 3TTLA 5H8NA 3VLUA 2NOOA 4X1DA 3H7MA 1B1XA 2A5TB 5KCJB 4H65A 5I84A 3H6UA 1BIYA 3IO4A 4U4SA 3LR1A 4NF4B 2XD2A 3MZBA 3KEIA 2F6GA 3P7IA 4EQ9A 1FQAA 3T9XB 1NL5A 3MJNA 3S9EA 4DXBA 1B6HA 2DP8A 5CM6A 2DVCA 2DE4A 2XXPA 2XXQA 3RTWB 4ZEBA 4M1VA 1I6AA 3ONMA 4EQ7A 1O7TA 3M3FA 1OLAA 1ZKBA 4IO4A 1JEUA 1B5IA 2F34A 4U21A 2I48A 1MQIA 2UYFA 3KSJA 1PDAA 3N26A 1N7XA 1MPBA 1JW4A 3G3KA 5ITOA 4KCCA 3G3HA 3C9HA 3DELB 3TDJA 3U94A 4RJZA 3B6TA 4WEPA 3T9HB 4DCYA 1PEBA 3PMVA 3GBBA 4LQ5A 3SETA 3LC8A 4NF6A 1FTLA 3K00A 2I0BA 5BUUA 5TU0A 2Z8FA 1UTBA 3ECRA 1MPCA 5DVFA 4FORA 4G68A 2AYSA 4PE5B 2UYEA 1NNTA 4MLQA 1QVSA 1O64A 5ELVA 3KN3A 3UORA 2F8DA 2XXHA 3S4UA 4FAJA 1LCTA 1HSEA 4POWA 4YICA 3USDA 3FUZA 1BKAA 1R1NA 3DP8A 3IOWA 5B7DA 3R7XA 4PQJA 4KCDA 4U22A 3PUZE 2HXWA 4QRZA 3RGYA 1MXWA 4ESXA 4PFWA 4Q30B 4I8CA 4GLIA 5K2XA 4L17A 3LBSA 2KLFA 1XS5A 3OSRA 4KFQA 1B7HA 3KJ7A 5KDTB 4POXA 3CRBA 1LGBC 4BDRA 3C36A 1OIBA 5CRYA 4Z7EA 3D4CA 2OLBA 1ANFA 3UGWA 4QSEA 1IUDA 1URDA 1FQEA 4YB7A 5CMBA 4F3BA 5IAIA 5CBRA 2GRVA 5AA2B 3TCHA 3Q25A 3OOAA 4QSCA 4R6KA 4EF1A 5I2KA 1MM7A 4AB5A 1B4ZA 5A5XB 4GD5A 3HPIA 4OMBA 2X7QA 1M5EA 3UA8A 1SQYA 3FXUA 3U92A 4PP0A 3V8XB 4F39A 3OO9A 5JTYB 3UP9A 3MC2A 2V3QA 4MF3A 1ZJLA 3GXAA 4RYAA 1S9TA 3EF7A 3C34A 4YZZA 1MQDA 1A8EA 3WAEA 4MFIA 4OEUA 4IO7A 3V83A 3TKDA 1MS7A 2THIA 1UIUA 2ZNTA 4H5FA 2F7BA 3TUSA 3CI8A 2ESNA 3Q26A 3A09A 3HHFA 1SI1A 1HSJA 2HCAA 3K2DA 3IJOB 3ODBA 4H8IA 4Z0IA 4ISUA 2OBGA 3K02A 4HCYA 4ZEDA 4BLAA 3QAXA 3OXNA 3THIA 4XIGQ 3E4RA 3SESA 3KSXA 4H5GA 1A55A 3ILUB 4O3AA 4O3BA 2VGQA 1SBPA 3BBRA 4DLDA 1EH3A 2VP1A 3PPPA 2I49A 3A3CA 1MM6A 5H8HA 2XXYA 3K0VA 3FVOA 5ISUA 3EHUA 4ECFA 2HAUA 4LVQA 1PBPA 4NTLA 2AL5A 2REGA 3TTKA 2VHAA 3OD7A 4WEDA 1M5FA 1SDXA 1EU8A 3MAMA 4RK9A 2OWSA 1N0TA 1VSOA 4FECA 4RY1A 2PX1A 1URGA 1LSTA 2XXUA 3TQLA 2Y84A 1Y9UA 2O7IA 4YKIA 4OZ9A 3EPEA 2B65A 4UACA 3PUWE 4F18A 4JB7A 1SD3A 1AH5A 1B5JA 3CSBA 2YPNA 3CG3A 1Y4TA 3MP6A 2V25A 1TT1A 1QUJA 1B3LA 4DZ1A 3GBAA 2O7UA 1B4HA 2HAVA 3M3LA 3O6HA 4R6HA 1D3KA 5L8DA 3I6VA 2I3VA 2ZYKA 3MVZA 2NXOA 4R9GA 3QIMA 3IAZA 4ZEFA 2Z8EA 4DE8A 1Y20A 3O29A 4RPOA 4FEDA 3U93A 3KGCA 5EYFA 1QW0A 4FE8A 5ICTA 1IEJA 4IO3A 4KYSA 4NEDA 2Q88A 3LSXA 3MPLA 3JZJA 5H8QA 4GIZA 3PD9A 5JK4A 2QS3A 1A54A 1NNFA 1MXZA 3K01A 1DOTA 3TYHA 3W9VA 3L6HA 4R72A 4P0GA 3PUVE 3SDFA 2OWTA 4OENA 1OQHA 4C0RA 1IXHA 3MZ9A 1JNFA 1P99A 4R6YA 2O1LA 1FQBA 2Q2AA 3T96B 3SKPA 1B0LA 1N3WA 3IR1A 2QS1A 4G8HA 1N84A 4ZZEA 2DXRA 2XD3A 4RPNA 3U72A 3VVEA 1VE4A 5I57B 4YAHX 3G3GA 4H6DA 4ZS9A 3UN6A 1LB8A 1NFTA 2ALUA 3TMGA 2GFEA 4FEBA 1II5A 2NWJA 2ONSA 3FXRA 1MY1A 1QULA 4ELRA 5HM4B 1VFDA 2Y7WA 4ESWA 1I6QA 4LZ7A 3QUJA 3FV2A 5EHSA 1SYIA 4G8MA 1IXGA 1QKBA 1RKMA 3ILTB 3TAJA 3N5LA 3G3FA 3IJXB 3PPQA 5L9MA 5I59B 4NE4A 1OQGA 3S2VA 1B3HA 4OTEA 2PT1A 4ELPA 3SERA 4IY5A 3N6UA 2I6EA 1WDNA 1NH7A 5AA2D 2HFBA 2HZKA 3Q27A 4FJPA 1GVCA 4XKQA 3QYTA 2D21A 2IA4A 1UIVA 2FNCA 1R9LA 2REJA 2B3BA 3SEXA 2RC8A 3HV1A 2Y7RA 3TPAA 5I58B 1JEVA 5AA4A 3O97A 4F1UA 4XKNA 1FTMA 1MH4A 5TP9B 1VR5A 1AL3A 2NUVA 4GL8A 4JWOA 1H43A 2ZYMA 4DCXA 2QJEA 4H8JA 3T9VA 3ZSFA 2VD3A 5ITPA 2UVJA 1B32A 1JQFA 4N6PA 1LB9A 3VXCA 1QKAA 1ZMGA 3SEYA 1USYH 3O9PA 3H6VA 3OO6A 1T0KA 3E3KA 3PMWA 2XX7A 1GR2A 3G3JA 3PUXE 4PFUA 3MZ1A 2HEUA 2F97A 1MQHA 2R6GE 5DEXA 1RYXA 1TXFA 3CFLA 4QFNA 5ICQA 2PVUA 4TOZA 4F2QA 2ZYNA 5DVJA 5TPAB 1Z7NE 2P0SA 3I5OA 4KYDA 3FZVA 4DXCA 2ONKE 1AOVA 2XXWA 4JSOA 4P0IA 3W9WA 2H9BA 2R9JA 1YAEA 4R9FA 3GLBA 2DE2A 2ZXTA 3CG1A 4IGTA 5H8NB 2V93A 2OZZA 1TFDA 4H1XA 3JYRA 4UA8A 3H3GA 2RC9A 2PT2A 1NKXA 1B3FA 1LFIA 5CBSA 1OVTA 3MBPA 2YLNA 3C31A 2O1MA 1YTVA 3BKIB 1QUKA 4R2BA 3RNNA 1MY2A 3VVDA 3RQTA 5I2NA 5DT6A 3RT6B 1M5BA 4OQOA 4F1VA 2PMSA 3V89B 5M2VA 2OK2A 1XOCA 2P1SA 3TQWA 3C35A 3G3IA 3Q29A 3B6QA 4QF9A 1MQJA 4C1TA 1US5A 1P1UA 4BDMA 4EXKA 4G4PA 1YCJA 4GF8A 2G29A 4U2RA 3TCFA 3VXBA 5I56A 3L6GA 3DLNA 4ZEKA 3T9UA 3T66A 4GXSB 4DDDA 4YKKA 1H76A 3U1OA 4F29A 1MY4A 4YMBA 3BFTA 3IO6A 3DP4A 5F7VA 3VV5A 5H8FA 1FQFA 4NF6B 3SEWA 4M4GA 1UTBB 4ND9A 4X1BA 4G68B 3PMXA 1Q35A 2W7YA 3TFLA 2ZYOA 3KG2A 1P1NA 2B3FA 3FV1A 5AA3A 2F7AA 3VE1B 2AL4A 1MRPA 1N3XA 2BJJX 4YKPA 5FHMA 4FIMA 1FCKA 5HPQA 4OFJA 3CFZA 3QK6A 1TWYA 1AMFA 1JW5A 1JETA 3KZGA 1B2HA 4TQUQ 3ZKKA 4Q5TA 2PBWA 3MWBA 4EF2A 4NWDA 3S9LC 4XKPA 4ZDMA 4NF5A 1LAGE 4GL0A 3C33A 4X9TA 3K4UA 1BLFA 5DYHA 1OMPA 3T22A 4LUBA 4HS7A 4YU0A 3FATA 4ELQA 5K2YA 1B0HA 1ZBMA 3M3KA 2H5YA 1D9YA 3MP1A 4QSDA 3O6IA 2WKYA 1DPPA 1EZOA 5I2KB 4ONYA 1URSA 1MY3A 3KJTA 4H67A 3A3UA 3RPWA 4R75A 3RUMA 2Y7IA 4YB5A 1B7ZA 4GWOA 2ZNUA 4DXUA 4KR5A 3C4MA 2V84A 1RYOA 1GTKA 1UTHA 4IO5A 4NF8A 1OVBA 3LSLA 2OCUA 4G2ZA 3TELA 1PB9A 1LBBA 2RC7A 3FIRA 2OJTA 3FD3A 3O6GA 4OFLA 3PU5A 2A5TA 4EDPA 4BDNA 4F22A 1DPEA 5KCJA 2H99A 4XKRA 4NF4A 1B3EA 2PYYA 2UVIA 3EHTA 1D9VA 3IX1A 4KI0E 1B9JA 4F1YA 4P11A 1IQ7A 1FTOA 2HQ0A 1H45A 2XXTA 1LAFE 3IORA 2Q2CA 3MW0A 4PETA 2D5WA 4RXLA 4YKJA 3IB1A 3OELA 1WVJA 3FJ7A 3IB2A 1B3GA 3QSLA 3K1NA 3RN8A 3MP8A 3RTFB 2Q8JA 5H8HB 1F9BA 3FJGA 2Z22A 3H4ZA 3FJMA 2G93A 3JV9A 5H8SA 3KFMA 3PUYE 4BDLA 2FYIA 3E13X 1XC1A 4JXIA 4HW8A 1B40A 4ZEIA 4GQOA 5EHMA 2LAOA 4I9DA 4OVJA 1NNKA 1N7WA 4OXVA 1SYHA 3RLFE 3BFUA 2O68A 2O6AA 1B05A 1D4NA 5FTHA 4WXJA 1P1OA 2DYXA 3C32A 2RCAA 1MXUA 2Y7PA 1SW2A 5CI5A 3TEPA 3TTMA 3IB0A 1LFGA 4HCWA 1JVYA 1JW1A 2GHBA 3VLVA 4KD5A 2X7PA 4KPTA 1TFAA 4G8NA 3LUYA 3R26A 3TTNA 4G68C 4RA1A 5FTIA 1B51A 3M8UA 3PD8A 2RCBA 4U4XA 4WKMA 3WAFA 1Y3QA 3O2AA 2Q9TA 3KOTA 3IK6B 5CMCA 4XXUA 4R74A 1PBQA 2F7CA 4THIA 3KOSA 3HO7A 1B7UA 4QFKA 4I1DA 3CVGA 3VDFA 3EHSA 3K1PA 4AQ4A 1MXVA 5KDTA 1DTZA 4PFYA 2I3WA 3DM0A 1N76A 4QFPA 1H3DA 4EQBA 4LP2B 4QHQA 1Y1MA 5H8QB 4IGRA 1FW0A 1Q1KA 4XTCQ 1A40A 3CR9A 5AA2A 4LZ5A 3OSQA 2H25A 2QRYA 2F36A 4F3SA 1B1HA 4TLMB 1Y4CA 5LOMA 5A5XA 1NMUA 1PC3A 4IO2A 1FQDA 2UVGA 2O51A 1IZ1A 2F78A 4RK2A 5JTYA 4EXLA 1R6ZA 4BDOA 3FVNA 3S9MC 3OEKA 4LQ2A 1SW5A 1ZIUA 2VOZA 2V3UA 1MDP1 2F6PA 2O69A 4JWYA 3TTRA 4G77A 2AIXA 2O84X 3AXFA 2ZNSA 3VFJA 2ANJA 1ATGA 1BP5A 1VFEA 1GGGA 2I4BA 3FXQA 3IL1B 3OMBA 1Y1ZA 5DVIA 4GOTA 1DTGA 1S50A 1ELJA 3S9NC 1MXYA 2XX9A 4OESA 2DSFA 2P2AA 2Y7KA 2H4IA 1LLSA 4IO6A 3IOTA 1BTJA 1WODA 4OYVA 1B5HA 1MG1A 3HN0A 1IITA 1Y3PA 1B58A 3OO7A 5BWJA 3VVFA 1N04A 1POTA 4KYEA 4U1ZA 4U23A 3FVKA 4LA9A 3FASA 2ONRA 1LAXA 3VLWA 2FA7A 1US4A 5L9SA 3H03A 5CMMA 3KBRA 2R71A 2DOJA 3PPOA 1PB8A 3B7DA 5CMKA 3MPKA 3TCGA 2XHDA 1DSNA 2IEEA 3CSGA 2GHAA 5AA4B 3K1MA 1AIVA 4GXAA 3N94A 3D4GA 2D3IA 2DS9A 4F3PA 1USYE 2Q89A 2I4CA 2Z23A 4F31B 3QXMA 1ZU0A 1ZTYA 3MVYA 1SW4A 1ZLQA 1P1QA 1UQWA 3TZAA 3HSTA 4GFRA 1SI0A 3O66A 1FQCA 2GH9A 5JEIA 3H6WA 1P1WA 1CE2A 1MPDA 5IKBA 1A8FA 3O28A 2DXYA 4ZZAA 2XXIA 3RT8A 2XXXA 4U1OA 1OLCA 1B52A 4OWDA 2QMWA 1NH8A 2CMOA 4N07A 3CFXA 3R6UA 1I6BA 2F5XA 3FVGA 3E9XA 3DP6A 5DEXB 1J1NA 3K6XA 4R2FA 4ZE9A 4PFTA 1IXIA 1SW1A 3OENA 5FHNA 1QJMA 4OFOA 3KN8A 4LONB 1MDQA 2Z8DA 4LATA 3G7WA 4MLVA 3SEUA 4E0WA 4OHNA 4I62A 2H98A 1NNPA 1KWHA 3U8QA 4F2OA 3OEMA 1QUIA 3UIFA 4QFOA 1MXXA 5F1QA 4F19A 4C1UA 5L9OA 2DQVA 4OERA 5CC2A 3EQ1A 3V5AA 4X48A 2UVHA 4GVOA 4TLLB 1SVXB 5HBCA 1EZPA 5DTBA 3PV0E 3MQ9A 4AB6A 2NVUB 2RF1A 1LAHE 1JVXA 3MVXA 2A5SA 5I57A 5I2NB 1POY1 3LSFB 3MVWA 1A7LA 3F11A 3H6TA 4FATA 1H44A 1M5DA 4LZ8A 2ZMBA 4GRKA 1XT8A 3K6UA 3KN7A 4MBPA 3PPNA 4KHZE 1XHYA 1LBCA 3I3VA 4Q0CA 2VD2A 1IIWA 5FHOA 2X26A 2QMXA 3PPRA 1IXCA 2E0SA 2DWAA 3ZS6A 4DIGA 2DWJA 5AA1A 1R9QA 3HCQA 5I59A 4KQPA 3IOUA 3UK4A 5I56B 2UXAA 2I58A 1PB7A 3W15C 1XVYA 4ZE8A 4IY6A 4RNSA 3ZKLA 4YB6A 4YMAA 1M5CA 4F3GA 3B6WA 3H06B 1YPNA 5H8FB 2QSXA 1HSLA 3QUFA 4Q8RA 5B70A 2RINA 2DE3A 4JBZA 2F35A 4H0WA 4OETA 3IOVA 2DWIA 1CB6A 3GZGA 5I58A 1A99A 3K6WA 1MQGA 4IB2A 2QPQA 4NWCA 5TP9A 1MY0A 4EUOA 2RKMA 4ZECA 3K6VA 2I0CA 3PGFA 3FGSA 3EN3A 1Z7ME 4JDFA 1I69A 3LSWA 4NF5B 3MUQA 4O3CA 2QS4A 2YJPA 4MH5A 2QL3A 2XXRA 4R73A 1DMBA 3SEVA 4QFLA 2QS2A 3HHGA 5AE4A 2ABHA 2XXVA 4HTGA 3CIJA 4E0XA 1MH3A 2XX8A 1XVXA 1Y3NA 2E1SA 4OEVA 1L5TA 2M8CA 3T93B 1LFHA 1O63A 1GV8A 3OO8A 1FTJA 4N13A 3N6TA 1EZ9A 2V3TA 4NMYA 1LCFA 4BDQA 2DWHA 2CZLA 5TPAA 1B46A 3Q28A 3TODA 1FTKA 4K3FA 5KZTA 4ELOA 1S7YA 2HZLA 2DVZA 1UTHB 3RY3A 4NF8B 4JWXA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
5J1DA 4JSDA 3TTLA 5H8NA 3VLUA 2NOOA 4X1DA 3H7MA 1B1XA 2A5TB 5KCJB 4H65A 5I84A 3H6UA 1BIYA 3IO4A 4U4SA 3LR1A 4NF4B 2WX9A 2XD2A 3MZBA 4N81A 3KEIA 2F6GA 3P7IA 4EQ9A 1FQAA 3T9XB 1NL5A 3MJNA 3S9EA 4DXBA 1IMEA 1B6HA 2PCRA 3E78A 1FPDA 2DP8A 5CM6A 2DVCA 2DE4A 2XXPA 2XXQA 4QXDA 3RTWB 4N4UA 4ZEBA 4M1VA 1I6AA 2WYPA 3ONMA 5ESYA 4EQ7A 4MNPA 1O7TA 3M3FA 1OLAA 4DI4B 1ZKBA 3QMFA 4IO4A 1JEUA 4LN5A 4N6KA 1B5IA 4OVTA 5EQ7A 2F34A 4PFRA 4U21A 2I48A 1MQIA 2UYFA 3KSJA 1PDAA 3N26A 1N7XA 1MPBA 1JW4A 3G3KA 1IMBA 1DCUA 5ITOA 4N8GA 4KCCA 3G3HA 3C9HA 3DELB 3TDJA 3U94A 4AS5A 2V4CA 4RJZA 3B6TA 4WEPA 3RPLA 3T9HB 4DCYA 1PEBA 2Q8MA 4X04A 3PMVA 3GBBA 4LQ5A 3SETA 3LC8A 4HE0A 4NF6A 1FTLA 3K00A 2I0BA 5BUUA 5TU0A 2Z8FA 1UTBA 3ECRA 1MPCA 5DVFA 4FORA 4G68A 2AYSA 4PE5B 2UYEA 2VPNA 1NNTA 4MLQA 1LEVA 1QVSA 1O64A 5ELVA 3KN3A 3UORA 4AS4A 2F8DA 2XXHA 3NOHA 3S4UA 4FAJA 1K9ZA 1LCTA 1HSEA 4POWA 4YICA 3USDA 5DW8A 3FUZA 4GWZA 4PAIA 4P3LA 1BKAA 1R1NA 3DP8A 3IOWA 5B7DA 3R7XA 4PQJA 4KCDA 4U22A 3IFCA 3PUZE 2HXWA 4QRZA 3ISPA 3RGYA 1MXWA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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