2UY0A

Two-carbon-elongated hiv-1 protease inhibitors with a tertiary- alcohol-containing transition-state mimic
Total Genus 15
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
15
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWQRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADDTVLEEMSLPGRWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQILIEICGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords HIV-1 PROTEASE
publication title Two-Carbon-Elongated HIV-1 Protease Inhibitors with a Tertiary-Alcohol-Containing Transition-State Mimic.
pubmed doi rcsb
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 15
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2007-04-02

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 2uy0A00
5P71A 1KJ7A 2AOCA 3VV8A 4N00A 5P7XA 1BAIA 5P06A 3UDPA 1T7IA 1XDHA 5P8VA 5P56A 5P0XA 5P1GA 1HTRB 4DV9A 4WY6A 3ECGA 4FAEA 4L7JA 2QU2A 4MC6A 4I0ZA 4R5NA 6UPJA 4M8YA 1UH8A 3NR6A 5DQ5A 3QRVA 3EL5A 4KE1A 4EHCA 3K5DA 2IEOA 2PWCA 5P3VA 3SKGA 1SDVA 3QAAA 2I1AA 5OZ6A 5P2NA 5P4EA 5P4PA 3HBOA 5P4HA 5P5GA 3HVGA 4J0ZA 2A1EA 1XL5A 5HCOA 3FNUA 5P4GA 5P7MA 1HIVA 5JFUA 1FMUA 5P05A 3VSXA 4NJVA 2BB9A 2UPJA 5P64A 2O40A 1EC0A 2ANLA 2OHLA 5P44A 4K4QA 3SLZA 2VNNA 4B77A 3OOZA 5KR1A 3KFSA 5P0PA 4B70A 3LPJA 2JJIA 3VCMA 5P73A 2EWYA 5P1WA 1K6TA 3QIHA 4R93A 5P4ZA 3S56A 1PPKE 4J5JA 3BXSA 2V0ZC 3BUGA 3R2FA 4Y3SA 4CKUA 2F3EA 2IDWA 5P7AA 1BBSA 4Y3LA 5P6JA 5P1DA 4Y4DA 3SABA 4KB9A 2BPXA 2WF4A 2IGYA 2Q63A 1APUE 2Q15A 2HIZA 5AH8A 5I3XA 5P5DA 1ZBGA 2AZ9A 2NNKA 5P24A 1WKRA 3ZMGA 3HZCA 2BPVA 2BKSA 1YM2A 4H3GA 5P41A 5DR0A 5P83A 3OU3A 3K5FA 5P65A 1BDRA 1HBVA 1QBRA 2FGUA 4U7QA 5P1OA 5DQ2A 1LYBA 5P3ZA 4D85A 1W5WA 4ZSPA 3ZPSA 3GI4A 4NJTA 4DJQA 2ZHUA 1K6CA 4Y5MA 2FNSA 4F74A 3G72A 2RENA 3SKFA 4Z22A 4Y47A 5P4KA 4OC6A 4ZSMA 4J1FA 4QGIA 2R9BA 4I11A 1EC2A 4Y5KA 3WB5A 5DR1A 2I4VA 5E5KA 3UQWA 5P37A 2QZXA 2RSPA 4J0PA 4XKXA 3S85A 4RZ1A 4Y48A 3B80A 4QJAA 5P84A 5P0RA 2QHZA 3TOFA 1HPOA 4PHVA 3KA2A 3T7PA 3EL1A 3OU1B 2WEZA 2AOEA 3JVYA 1GVUA 1FQ6A 3CYWA 5P7BA 1K1TA 4GJCA 5P6FA 4FM7A 1RL8A 1U8GA 1MTBA 1HVLA 1ENTE 1FQ5A 1KJGA 4I8ZA 4ACXA 4FM8A 5P63A 4DJOA 2PSUA 3IN3A 5P61A 5P3PA 4Y3QA 5HDXA 5OZDA 5P86A 5HDZA 4J17A 2J9JA 4Y57A 1APWE 4L7GA 1EC3A 2QI1A 1GVWA 2P3AA 3BC4A 3OU4A 5P7WA 5P4VA 2ZE1A 3VFBA 5P77A 5P7YA 4ZPGA 4DQHA 3OQFA 4YD5A 4OBFA 4E43A 5P7PA 4OD9A 1ODYA 3OADA 4YCTA 5P2KA 5P55A 1K2CA 5UPJA 5P3IA 5OZWA 2AOHA 5P59A 4XX3A 5P6HA 4TRZA 3PMYA 4HDBA 1YTHA 3N4LA 3PVKA 3ST5A 4IVTA 3NDUA 1YX9A 2WECA 3VUCA 5KOSA 4FCOA 2I4QA 3WB4A 4HZTA 3IXOA 4Y5EA 5ISJA 2FGVA 4Z50A 1E82E 4Y5LA 2QK5A 4D83A 4NJSA 3SM2A 1KJHA 4AUCA 1F34A 5P4RA 3Q4BA 1OD1A 1TSUA 3IGBA 5P07A 5P3GA 2IKOA 2R3TA 4OBZB 3B7VA 4I12A 3MSJA 3H5BA 2F3KA 1HXWA 2QMFA 3T3CA 5P5QA 3EKWA 5P3UA 1BILA 4J0VA 3O9HA 5P3YA 5P3KA 4I0IA 1EC1A 1MSMA 4CPWA 3D1YA 5P5LA 3O9FA 5P1JA 5P72A 4R91A 3SQFA 4Y38A 2BPYA 2WKZA 1DPJA 3NU6A 3EMYA 3GGVA 4NPUA 3TKWA 4B1EA 3O9CA 3IA9A 5P0MA 4AMTA 1MIQA 3PMUA 1AVFA 5P4CA 3WZ8A 2V11C 1E5OE 1ZSFA 3MSKA 5P1LA 3QPJA 1AJVA 1BIMA 4I0FA 1IZIA 3TPJA 3T11A 3BUHA 2B42A 5P11A 5P1XA 4B78A 3NDTA 5P47A 3EXOA 1G6LA 4Y3ZA 4X7IA 1MRWA 2VIJA 2FMBA 1Z1RA 1KJFA 2BQVA 5P2IA 4DJWA 1APVE 5F01A 4XX4A 3R0WA 2XYEA 3F9QA 5OZNA 3EKVA 3SM1A 5P1PA 2ZJHA 5TOLA 3FKTA 4Y4XA 2RMPA 2PSVA 5OZ2A 5P7RA 5P62A 3NU5A 5IVTA 3KN0A 4EJ8A 1HRNA 2O4PA 5IVSA 2VA5A 3TPRA 3ER5E 1IDAA 5P5PA 2ZJLA 5ER2E 5P8DA 3QVIA 4L1AB 1A9MA 1ZSRA 2UXZA 1VIKA 3LINA 3IXJA 3SA5A 2XYFA 3Q70A 3L59A 3EM6A 4X2LA 2WJOA 5OZQA 4YDFA 5OZ9A 4Y3FA 5P6AA 5P8UA 2P83A 5P6IA 2OHSA 5OYWA 2APRA 5OZRA 5DR8A 5P6CA 3Q5HA 3U7SA 5OZOA 5P3FA 5PEPA 2FDDA 4Q1YA 4I1CA 5P6LA 4GIDA 1E81E 5P8JA 2Q5KA 3ZKSA 2HB4A 4RRNA 5HDVA 1EPQE 2P3CA 2V10C 3A2OA 1RPIA 4S1GA 3OUDA 4ZE6A 5P4NA 2O4NA 3QROA 3TTPA 4DQBA 1IZHA 7HVPA 5P16A 5P3HA 3EM3A 4LP9A 5P14A 5P31A 3PB5A 4EQJA 3KFNA 5AH7A 3VV6A 2QHYA 5OZ5A 5T4SA 4Y3HA 4FSLA 3QBHA 2PYNA 4YD4A 2Q11A 2A4FA 1B6LA 5P2MA 1YG9A 5P5RA 4Y5NA 3TPPA 5ER1E 4DQCA 3NXEA 4Y4ZA 3HAUA 3TH9A 3ZOVA 1HEGE 3PWMA 4Y44A 4Y43A 5P6NA 5P7DA 3UQPA 5P2RA 3R0YA 4Y3TA 5P1FA 5BWYA 1TCWA 3G70A 4QJ7A 3PSUA 2JXRA 2UY0A 2G22A 2IL2A 5P2ZA 4FS4A 4HVPA 3INEA 3S43B 2SAMA 4GZFA 1D4JA 5P5XA 2I4DA 3L58A 5P5MA 1XN3A 3SAAA 3OGQA 4CPUA 3Q6YA 4B72A 5IVQA 1EPME 3D1XA 4FM6A 1WBKA 3BHEA 5P0JA 4Y58A 1UH9A 5P7QA 3L3AA 2CEMA 5OYQA 5P7TA 5P80A 5P7EA 2WF3A 5KQYA 4CP7A 4DPIA 1GNNA 1SGUA 3PRSA 3PLLA 5P4IA 4K4PA 4KUPA 3KDBA 3CIDA 5P2OA 1B6PA 5P0KA 5OZHA 3UDNA 3OOTA 3UDQA 2QMDA 3IN4A 5P46A 4TVGA 3OAGB 4B05A 4WY1A 3OQDA 3URIA 3LIXA 5P53A 3QN8A 2OHRA 4APRE 3PSYA 1MT9A 4ER4E 2ZJNA 2ZHSA 5P1QA 3KYRA 3LIYA 5HE4A 2AOIA 4FIVA 1RNEA 6FIVA 4Y4BA 5C9BA 2FLEA 5P0IA 3ZKMA 2NR6A 3TL9A 3OWNA 4Q1XA 4TVHA 1FGCC 1RQ9A 5P5HA 1FMBA 1UPJA 5P8AA 4CPTA 5P6ZA 2NMZA 5P1UA 3JW2A 3D91A 3OTYA 1DAZC 2JYSA 5P4XA 1ODXA 4HEGA 4I0EA 3OQKA 2R5QA 3VEUA 5P2TA 2JJJA 5P6UA 3SA8A 5P6QA 1D4IA 1RV7A 5DQ4A 4Y3WA 5P1KA 4RRSA 5P28A 1ZPAA 3BGBA 5P12A 3RSVA 1ER8E 5SXNA 4H3FA 5AGZA 5P85A 5P6YA 2HPFA 2J9KA 4LC7A 4EPJA 2G1RA 5P5WA 2J9JB 1PPLE 5P2AA 2VJ6A 1T6EX 1EPOE 5OZ0A 1TQFA 2AVQA 2QI6A 2R5PA 5OZTA 5P0FA 3ZKQA 3NWXA 2P3DA 3SACA 3U6AA 3KMXA 3L5EA 2FNTA 1DP5A 4B1DA 3OUBA 2G1OA 3LNKA 5P8TA 1A94A 2OAHA 2QMPA 5EZXA 4LHHA 3OUAA 3VLBA 3QBFA 2IKUA 4TRYA 4Q1NA 5P8SA 3VF3A 3EL9A 3GGAA 5P5ZA 3RTHA 4GJ7A 4F76A 5OYYA 4A6BA 5P0DA 2P3BA 4U7VA 1ZPKA 3JVWA 5C9DA 5HVPA 5P1EA 5OZ4A 5JFPA 5C9FA 3OXVA 3NLSA 3OHHA 5P0EA 3PM4A 1PSOE 3RTMA 4ACUA 1ZAPA 2IRZA 3GGUA 2VIEA 2PH6A 2BPZA 1LZQA 3SA9A 5AHBA 5P79A 4Y4TA 5P7KA 4CMSA 5P4BA 2WEBA 2OF0A 5KOQA 3IAWA 4QJ6A 1W5YA 2AVSA 4R95A 1SH9A 3OTSA 3KM4A 1SDTA 4Y3NA 2PK6A 2G27A 2RKGA 5P60A 1OEXA 5P2SA 5KR8A 4FAFA 2QI4A 3O9IA 2G24A 1W5VA 1EBWA 5KQXA 5P45A 1TSQA 1IZEA 4YBFA 3CKPA 2ZJMA 3D20A 3NXNA 1IVQA 3SA4A 5P6TA 3O9EA 1LYAA 4WTUA 2ZDZA 1DIFA 2O4LA 4LL3A 1T6GA 1FMXA 5P22A 2CEJA 5P6PA 3KFRA 5P4FA 4Q1WA 3PCZA 4L6BA 3FV3A 4Y53A 2Z54A 2G1YA 5P39A 5P0WA 5ENMA 5P0AA 4CPRA 5ISKA 5HD0A 4B0QA 1W6HA 3SA6A 2Q55A 5P0NA 5P8RA 5SZ9A 1ZJ7A 5P1SA 4Y51A 1KJ4A 2B60A 3DV5A 1IVPA 3HD8A 5P8QA 2PYMA 3OHFA 1ZTZA 2F3FA 2AOJA 2H6SA 1FG8C 2VJ7A 4DQGA 5F00A 3IXKA 1YTIA 5P4WA 3K5CA 1HVJA 1BXOA 6APRE 4FGXA 5P5CA 5DR3A 5P2UA 3DCRA 5AH6A 5P5TA 5COOA 1HVHA 2QNQA 3MWSA 2ZHTA 3VYEA 1N49A 4Y4GA 5P48A 2H6TA 4Y5CA 1D4KA 1ZP8A 4Y45A 2XFIA 3AUPA 4ER2E 3ZL7A 1PROA 5IS4A 4TRWA 3PLDA 4DQFA 3OXXA 1HSIA 2R8NA 1C6YA 5P15A 5P8OA 3TPLA 2WEDA 1Z1HA 2QAKA 4MC9A 1META 3NSHA 1XN2A 2G21A 4Y4UA 3LIVA 3QI1A 5P2JA 1APTE 5P40A 4I0GA 5P18A 2RKFA 5P5OA 2ZHRA 1MSNA 2HAHA 2IS0A 7UPJA 4Y3RA 2HB2A 4I0JA 2BKTA 4RVXA 2BPWA 3QP0A 2QI7A 1MERA 1FQ8A 5DR7A 3EKYA 2R43A 4Y50A 1MESA 4OBGA 3UF3A 5P6EA 1FG6C 3FNSA 1B5FA 1T3RA 2G94A 4YE3A 2IENA 3GGXA 1E80E 3FX5A 3DCKA 2ZHVA 5P1VA 5HCTA 5OZVA 1A30A 1LF4A 3NU9A 3WZ7A 1IDBA 4Y6MA 1HIHA 2WL0A 2V00A 1FEJC 3PHVA 3T7XA 2B8VA 3EM4A 1PSAA 3EKQA 1K6PA 3PBDA 5P7FA 5DPZA 3D1ZA 3EKPA 3LIQA 5P5NA 5P4LA 5P1IA 4FRKA 4ZPFA 5P35A 2NNPA 4DJPA 4Y3MA 4QLHA 4RYCA 1GVXA 5P2EA 1LYWB 3L5DA 3OU1A 1C6XA 5P3XA 2Q3KA 4BELA 3VYDA 5P19A 4B1CA 2QHCA 1OEWA 5P3JA 3K4VC 5OZZA 4DFGA 4Y5AA 1TZSA 5P7SA 2FXDA 3TOGA 5P74A 1FKNA 3MXDA 3VLAA 2B7ZA 2VNMA 4APEA 5P0SA 5P7ZA 1B6MA 2QI5A 2O4KA 3L5BA 4AA9A 3LITA 5P1HA 5P7LA 2IGXA 3ZPTA 2ZJJA 5P0UA 2QU3A 5P76A 2B7FA 1A8KA 1D4SA 3U71A 5OZGA 5DQ1A 2F81A 4YCYA 5DQCA 4Y41A 3TNEA 2V16C 1UH7A 4Y3JA 1HTFA 2AZ8A 5OZIA 5P4DA 5P0HA 3ZLQA 3O9GA 1W5XA 5P42A 1LF3A 4KE0A 4OBHA 3QVCA 4BFBA 1BDQA 4ZIPA 4YA8A 1BWAA 5OZPA 5CONA 2V13A 2PC0A 1HWRA 5P1NA 1C6ZA 5P5SA 5OZFA 1BXQA 3NYGA 1W51A 3BRAA 5P3AA 1AZ5A 5P3SA 3CICA 3MSLA 4YD3A 5OZKA 4Y39A 3VSWA 4EP3A 4M8XA 4U8WA 5P3NA 4JPEA 4I8WA 3CYXA 4YOBA 3S53A 4J1EA 4Z4XA 5HE5A 4DJXA 2AIDA 3LIZA 4JECA 3UCBA 5P0LA 1BV7A 2ER6E 8HVPA 2MIPA 5P2BA 3UDKA 4LXAA 3T6IA 5P3MA 3INFA 4PPHA 5OZ1A 5P8PA 1BWBA 4QJ9A 1MUIA 5P7VA 1DW6C 3UQUA 2FS4A 4OBZA 2PMAA 4JPCA 4RLDA 1GVVA 4FLGA 5P6MA 5HE7A 5P1AA 4CPXA 2AOGA 2HPEA 2IQGA 4Y9WA 4BEKA 3OK9A 3I8WA 1B6KA 4FE6A 1GKTA 4HDFA 4Z2ZA 4GJ5A 3PI5A 1NH0A 5P4UA 1FFIC 4FRIA 5P7CA 5P0GA 5P0VA 5P5FA 5OZUA 1LF2A 3S8IA 1AXAA 4CPSA 1BVEA 3IVHA 1EEDP 4ER1E 3CMSA 5OYSA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5P71 A;  1KJ7 A;  2AOC A;  3VV8 A;  4N00 A;  5P7X A;  1BAI A;  5P06 A;  3UDP A;  1T7I A;  1XDH A;  5P8V A;  5P56 A;  5P0X A;  5P1G A;  1HTR B;  4DV9 A;  4WY6 A;  3ECG A;  4FAE A;  4L7J A;  2QU2 A;  4MC6 A;  4I0Z A;  4R5N A;  6UPJ A;  4M8Y A;  1UH8 A;  3NR6 A;  5DQ5 A;  3QRV A;  3EL5 A;  4KE1 A;  4EHC A;  3K5D A;  2IEO A;  2PWC A;  5P3V A;  3SKG A;  1SDV A;  3QAA A;  2I1A A;  5OZ6 A;  5P2N A;  5P4E A;  5P4P A;  3HBO A;  5P4H A;  5P5G A;  3HVG A;  4J0Z A;  2A1E A;  1XL5 A;  5HCO A;  3FNU A;  5P4G A;  5P7M A;  1HIV A;  5JFU A;  1FMU A;  5P05 A;  3VSX A;  4NJV A;  2BB9 A;  2UPJ A;  5P64 A;  2O40 A;  1EC0 A;  2ANL A;  2OHL A;  5P44 A;  4K4Q A;  3SLZ A;  2VNN A;  4B77 A;  3OOZ A;  5KR1 A;  3KFS A;  5P0P A;  4B70 A;  3LPJ A;  2JJI A;  3VCM A;  5P73 A;  2EWY A;  5P1W A;  1K6T A;  3QIH A;  4R93 A;  5P4Z A;  3S56 A;  1PPK E;  4J5J A;  3BXS A;  2V0Z C;  3BUG A;  3R2F A;  4Y3S A;  4CKU A;  2F3E A;  2IDW A;  5P7A A;  1BBS A;  4Y3L A;  5P6J A;  5P1D A;  4Y4D A;  3SAB A;  4KB9 A;  2BPX A;  2WF4 A;  2IGY A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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