2UYEA

Double mutant y110s,f111v dntr from burkholderia sp. strain dnt in complex with thiocyanate
Total Genus 62
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
62
sequence length
215
structure length
215
Chain Sequence
DSFDPFASTRTFNLAMTDIGEMSVMPPLMEALAQRAPHIQISTLRPNAGNLKEDMESGAVDLALGLLPELQTGFFQRRLFRHRYVCMFRKDHPSAKSPMSLKQFSELEHVGVVALNTGHGEVDGLLERAGIKRRMRLVVPHFIAIGPILHSTDLIATVPQRFAVRCEVPFGLTTSPHPAKLPDIAINLFWHAKYNRDPGNMWLRQLFVELFSEAH
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title In Vivo and in Vitro Investigation of Transcriptional Regulation by Dntr.
pubmed doi rcsb
molecule keywords REGULATORY PROTEIN
molecule tags Transcription
source organism Burkholderia cepacia
total genus 62
structure length 215
sequence length 215
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2007-04-04

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00126 HTH_1 Bacterial regulatory helix-turn-helix protein, lysR family
A PF03466 LysR_substrate LysR substrate binding domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 2uyeA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 2uyeA02
1ZMGA 5KDTB 4U1ZA 1M5FA 3OELA 2PVUA 4WEPA 1N76A 3FXRA 1LAXA 3O2AA 1BLFA 2DVZA 1LB8A 1ELJA 5I59A 4FAJA 4KYEA 2H5YA 2Y7KA 3QYTA 5KCJA 2HCAA 4GFRA 1FTKA 1FTOA 1B40A 3V8XB 1PB7A 5AA4B 4ZEBA 1VSOA 4EQ9A 1SVXB 2I0CA 1QW0A 4ZEIA 4PQJA 1Y3NA 4YAHX 3DP6A 2F5XA 4R6HA 1AH5A 1MPCA 3MW0A 1VE4A 1B1HA 1UIVA 1B2HA 1OQGA 1B5IA 1OIBA 1A55A 4EF2A 4DE8A 4XKPA 4GF8A 4ZZEA 1POY1 4GL8A 3ODBA 3OEMA 3RLFE 1YTVA 2A5SA 3K02A 4YKJA 2GHAA 3HCQA 4KPTA 1VFDA 3K1MA 3QXMA 4KYSA 1RKMA 1SW2A 2AIXA 1FQAA 1TFAA 3MZ9A 5CC2A 5AA2A 2W7YA 1II5A 2NOOA 1O64A 3O9PA 3M8UA 2HZLA 2QRYA 2AYSA 3IAZA 1RYXA 2F97A 2QMXA 4FECA 5I57A 5DT6A 4MBPA 1MXUA 3V83A 3W9VA 2ZYNA 3K2DA 5F1QA 2O7IA 5ICQA 1SI0A 4NF6A 4DCXA 1VFEA 3N6UA 3R6UA 4KI0E 5LOMA 3S9NC 5EYFA 3I5OA 3KN8A 3MBPA 3N26A 2NVUB 1A8FA 1SDXA 1UIUA 2GHBA 4LA9A 5H8NA 3RY3A 1D3KA 2REJA 4JB7A 1B51A 2NUVA 3OEKA 1A99A 1MY0A 3GXAA 3CRBA 3IOTA 3T9VA 1Y20A 3T9HB 3KOSA 5HM4B 1A40A 1NH7A 4N07A 4H5FA 3KSJA 1SW5A 4DLDA 2D5WA 3MPLA 1IXGA 1JEUA 1HSLA 1LCTA 5ELVA 4X1BA 2AL4A 1MPDA 4NF4B 4RNSA 3H6WA 1MY1A 2V93A 3T93B 1VR5A 4E0XA 3ONMA 5ISUA 1Y9UA 1AL3A 1B05A 3TODA 3TYHA 1N7WA 1H43A 2I58A 3G3JA 3P7IA 2Y84A 1MS7A 4NF5A 1AIVA 3WAFA 1EZPA 2D21A 4F18A 5M2VA 1B4ZA 1CB6A 3HHFA 1SI1A 3OMBA 1ANFA 4OFLA 1OVTA 4EDPA 5FHNA 4THIA 4OENA 2HEUA 3FJGA 2UYEA 3FD3A 4LP2B 4Q30B 3JYRA 4YZZA 2NWJA 3IX1A 4H0WA 2UXAA 2HXWA 3PUZE 1B58A 1LBBA 1MQJA 3RUMA 3USDA 4O3AA 3VE1B 5JTYB 3KJTA 3T96B 4XIGQ 2OCUA 4HCWA 4DIGA 1B9JA 1N0TA 3E4RA 1FQCA 1MXXA 4O3BA 1Y4CA 5TPAB 4YKIA 5K2XA 1PEBA 2A5TB 5H8HA 1JW1A 3UN6A 1HSEA 3BBRA 1WODA 5IAIA 4YMBA 2VD3A 3N6TA 3FVKA 5DEXA 3T22A 4F2QA 3G3FA 5I56A 1DMBA 3U72A 1MH4A 4IGRA 3PUYE 2XD3A 3IK6B 1LAGE 2R6GE 5H8SA 3FJ7A 1M5BA 4PP0A 1AMFA 4WEDA 3M3LA 1XHYA 5I58A 1B1XA 2XX8A 3BKIB 5HBCA 5F7VA 4GVOA 3KG2A 5H8QB 3C32A 3S4UA 3K1NA 5DVFA 4H6DA 2X26A 3HV1A 2ZNSA 4LATA 4ONYA 2DS9A 2B3FA 4BDNA 2Q2CA 3K6XA 5CMKA 4GXAA 3KN7A 4KFQA 5CBSA 1NH8A 2THIA 2XXTA 1US5A 1BIYA 3GBAA 1MXVA 1XS5A 3JZJA 4TLMB 1SW1A 2VOZA 1QJMA 4F3PA 2DWAA 4O3CA 4ESWA 1FQBA 1YAEA 2Y7WA 4IO2A 5FHMA 3FVNA 4DXUA 3RPWA 1PB9A 3FVOA 4ZS9A 4YU0A 2QS4A 2XHDA 2YJPA 1BTJA 1Q1KA 1DSNA 2F35A 2OLBA 4LQ2A 3EF7A 3GLBA 3UK4A 3G3GA 4G68C 1FTMA 4H67A 5A5XA 5ICTA 4JWYA 3EHTA 3KSXA 3A3CA 4BDQA 3FJMA 3WAEA 3PPPA 5CM6A 4IO3A 2I3VA 4R72A 5H8FA 3UA8A 3CI8A 4RPOA 4PFUA 3SEVA 4ISUA 3LSWA 4K3FA 2Z8EA 2I49A 4U4SA 3CFXA 3PMWA 3QSLA 1ZTYA 3D4CA 4ZZAA 3V5AA 5KDTA 4MH5A 3ZS6A 5EHMA 3HPIA 3MPKA 1P1QA 1FQEA 2R71A 2DE2A 1DPPA 1MM7A 2PT1A 5CRYA 1B3EA 4BLAA 3OD7A 1B4HA 4NMYA 1Y4TA 4IGTA 1J1NA 2I0BA 3CFLA 4X1DA 2PT2A 4QFNA 5AA4A 2OK2A 5HPQA 2H99A 3LSLA 2P1SA 3H3GA 5J1DA 3MUQA 3G3HA 3OXNA 3OSRA 1MG1A 2F6PA 2V84A 2QPQA 2Q9TA 4R6KA 4FJPA 3O6IA 1UTHB 4POWA 3MZ1A 1R6ZA 4AB5A 4Z7EA 2ZXTA 4QRZA 4U23A 1FW0A 3A09A 2ABHA 3M3KA 2Q2AA 1B3LA 1MQIA 4OESA 2ZMBA 2QS2A 4KHZE 4KYDA 4NF8B 2RC7A 3VVDA 3O66A 1IXHA 2Z8FA 4JWOA 4KCDA 1B6HA 3KEIA 3EQ1A 4RK2A 1JEVA 4X48A 2HFBA 3KBRA 4YMAA 2O1LA 4H5GA 1ZU0A 4LVQA 3SESA 1EZ9A 1PBPA 3OO9A 3C35A 1M5DA 4WXJA 2H4IA 4UA8A 3MC2A 3QAXA 3CSGA 3T9XB 4QSEA 1DTGA 1URSA 4Q8RA 1A7LA 2P0SA 4PFYA 4F1UA 3IJXB 4G8HA 2Y7IA 3S9LC 2GFEA 3C31A 3U92A 1A8EA 2CMOA 4NWDA 3SEWA 2G93A 2E0SA 2DXRA 3MAMA 3KFMA 2DSFA 3K00A 1I6BA 4EXKA 3E3KA 3MP1A 3CSBA 3FVGA 3C9HA 3PMVA 1R9LA 1FQDA 1DPEA 4OEVA 3H6TA 1RYOA 2I4CA 3HSTA 3O28A 3C36A 4GD5A 4P0GA 3G3IA 2OBGA 1XC1A 3TUSA 1DTZA 1H45A 1LAHE 2QS1A 4OERA 3U93A 4GIZA 3DP4A 1MY3A 3MVYA 2RC8A 5I2KA 2IA4A 4PFTA 1B52A 3KOTA 4R2FA 1P1UA 1F9BA 4R73A 2X7PA 3N5LA 2DYXA 2F78A 3MVXA 2UYFA 3FASA 1NNKA 4F1YA 2F7AA 3VDFA 4ZEDA 2ANJA 2G29A 3KN3A 3SEYA 4R75A 1N7XA 2DQVA 3K4UA 3VLWA 1B7ZA 4LUBA 3CG3A 5H8NB 5AA2D 4M4GA 3BFTA 4F29A 4OFJA 3IOVA 4JXIA 1S50A 1EZOA 1NNPA 2OWSA 3K1PA 1ZBMA 4I9DA 4DXCA 2LAOA 5JTYA 4ESXA 1XVYA 5CI5A 3HHGA 4Q0CA 3UP9A 2Z22A 1FTJA 4I1DA 2DWHA 5TPAA 4POXA 3AXFA 1JW5A 1H44A 3QIMA 3PMXA 4EUOA 1PB8A 4EQ7A 3B7DA 2XX7A 4F39A 3O6GA 4QSDA 2PX1A 1Y3QA 3GZGA 1NNFA 2Q8JA 4DXBA 5IKBA 4XXUA 5DVIA 4YKPA 1MDQA 4C0RA 5KZTA 4KQPA 2V25A 1NNTA 4IB2A 2AL5A 4E0WA 4FORA 4XKRA 1D4NA 3B6QA 1UTBA 3IJOB 5H8QA 2UVIA 4BDMA 4ZE9A 2ONRA 3RTFB 4OFOA 2YPNA 1JQFA 4YB5A 4N13A 3TELA 4AB6A 3H06B 4F2OA 3Q26A 4G8MA 4TLLB 3SDFA 1QUJA 1P1WA 4RJZA 2F7CA 3LC8A 3PPRA 2XXHA 1PDAA 1SYHA 2UVGA 4EF1A 1Q35A 1B3HA 3H6UA 3IO6A 4GOTA 2XXIA 4DDDA 1XOCA 5TU0A 4G68B 3QK6A 3SEUA 1FQFA 3G7WA 4PETA 4LONB 3H03A 4I62A 4GRKA 2REGA 3A3UA 5DEXB 2XX9A 1Y3PA 4ND9A 3FGSA 3IB1A 1MRPA 3E9XA 4U22A 1USYH 1QKBA 3VLUA 2OWTA 2D3IA 4IY6A 4LZ8A 4M1VA 3TMGA 3TQWA 3R7XA 4F3BA 1S9TA 3KZGA 4U1OA 4U21A 2OJTA 1KWHA 4YB7A 4FE8A 2XXXA 3FXQA 1WVJA 3OOAA 2HAUA 3G3KA 5L9MA 3LSFB 3SKPA 3H6VA 4F3SA 4RPNA 2XXRA 3T9UA 3S9MC 2QJEA 4GLIA 5BUUA 3ZSFA 1MQHA 2F6GA 2B65A 2ONKE 3HN0A 1M5CA 1LBCA 1A54A 1YCJA 3GBBA 4FEDA 4UACA 5L8DA 3OSQA 4QFOA 1POTA 3FZVA 3TCFA 4TOZA 3Q25A 4YKKA 3IR1A 4ZECA 4FEBA 1QVSA 2ZYKA 2XXQA 4IO7A 4U4XA 5JK4A 3LBSA 4OHNA 4L17A 2O84X 5TP9B 1B3GA 1USYE 3KGCA 2RINA 2RF1A 4ZEFA 1EU8A 3TCHA 3ILUB 2VD2A 3FXUA 3O29A 3MP8A 3EHSA 5FTHA 4HCYA 3O6HA 1OLCA 4G4PA 2V3UA 3PUVE 5I2NB 1YPNA 4N6PA 3MQ9A 3OENA 2HQ0A 4C1TA 4ELRA 2DE4A 2DE3A 2X7QA 1GV8A 1ATGA 2V3QA 2DXYA 1B3FA 2Z23A 5A5XB 3MZBA 3VVEA 3LUYA 3C33A 1UTHA 1GGGA 4JSOA 5I84A 1JVXA 2Z8DA 5CMMA 5JEIA 1IXIA 2RCAA 3FUZA 3PUWE 3I3VA 2I4BA 2GH9A 4OYVA 3TDJA 3OO7A 2ESNA 3MVZA 3CR9A 4HTGA 3RT6B 2VP1A 1IXCA 1EH3A 1NFTA 2Q89A 4NF8A 1MPBA 2FYIA 1MXWA 3TPAA 3UIFA 1GTKA 2XD2A 2RKMA 1P99A 4R9GA 1ZJLA 3SETA 1B46A 1NMUA 4RK9A 1ZKBA 4EXLA 2VGQA 3RNNA 3DELB 1MQDA 2DWJA 4ELOA 4JBZA 4PFWA 1H76A 4RA1A 3PPOA 2QSXA 1B7UA 4MFIA 3TZAA 3LR1A 4FIMA 3MVWA 2HAVA 4R74A 5I59B 4OXVA 1O63A 2QMWA 3DP8A 3CG1A 3N94A 3PGFA 4TQUQ 5KCJB 4IO6A 5BWJA 4XKQA 1IEJA 4XTCQ 3ECRA 1L5TA 4LZ7A 2F36A 2V3TA 3E13X 3IO4A 4JDFA 1LFGA 2O7UA 4MF3A 1AOVA 2ALUA 2VHAA 2F8DA 2DOJA 1IZ1A 1HSJA 4I8CA 2I3WA 2ZYMA 3IOUA 2RCBA 5AE4A 2OZZA 3PPQA 4OZ9A 1MXZA 4EQBA 3K01A 3CVGA 2B3BA 3ZKKA 4ELPA 4XKNA 3B6WA 3DM0A 1BKAA 1Z7ME 4FATA 4X9TA 4NF4A 4H1XA 1M5EA 2R9JA 1SQYA 4GXSB 5AA2B 4KD5A 3TTKA 3RTWB 1XVXA 4G8NA 1QUIA 2RC9A 3K0VA 1S7YA 3U94A 5I57B 1TFDA 4OTEA 4JSDA 3JV9A 3O97A 2Q88A 4IO5A 3V89B 1IITA 2M8CA 4G2ZA 1SD3A 4NF6B 4C1UA 4KCCA 4P11A 1TWYA 4H8JA 5FTIA 3BFUA 2XXVA 3HO7A 4RXLA 3EPEA 1MY4A 4LQ5A 1OVBA 3TTRA 1O7TA 5CMBA 1SW4A 1Z7NE 3RN8A 3QUJA 3TKDA 1QUKA 2XXYA 4F1VA 3TEPA 3MWBA 3S9EA 5AA1A 3B6TA 1JW4A 4KR5A 2PMSA 4HW8A 2ZNTA 4IY5A 2ONSA 4DCYA 2WKYA 5I2KB 2ZNUA 1IQ7A 1B5JA 1LFIA 2UVHA 3VXCA 3TTMA 1SBPA 1N3WA 4ZEKA 3IB0A 1URGA 1OQHA 3DLNA 1MY2A 4JWXA 1LAFE 1P1OA 3CFZA 4YB6A 1I6AA 3CIJA 3MP6A 3Q29A 2FNCA 4HS7A 2A5TA 3MJNA 1P1NA 3ILTB 2UVJA 3K6WA 2CZLA 2DP8A 2I48A 4OETA 2IEEA 2QS3A 4MLVA 1B7HA 5K2YA 1LSTA 3TAJA 4NF5B 1N84A 4ELQA 3C4MA 2HZKA 1NL5A 3U8QA 4P0IA 1TXFA 1Y1ZA 3EHUA 4OMBA 4YICA 3FATA 1I69A 3PU5A 3VXBA 3F11A 2F34A 4NEDA 1URDA 2Y7RA 3Q28A 2O6AA 1PBQA 3U1OA 1MH3A 3L6HA 4G68A 3THIA 4IO4A 4ECFA 2PYYA 2DVCA 4QFKA 3QUFA 3KJ7A 3FV2A 1LCFA 3IL1B 4U2RA 1N3XA 4R2BA 4ZDMA 4OEUA 4AQ4A 3RGYA 1CE2A 1B0HA 3S2VA 4F3GA 2DWIA 2P2AA 3D4GA 2NXOA 2O1MA 5L9OA 1LB9A 2H9BA 1T0KA 1B0LA 5H8HB 3PUXE 4Q5TA 3PV0E 1UTBB 1D9YA 4QFPA 2XXUA 1BP5A 3PD9A 5AA3A 5I56B 3VFJA 1MDP1 1QKAA 2BJJX 1I6QA 4LZ5A 3TCGA 1IUDA 1GVCA 3ZKLA 3UGWA 2O51A 3IORA 4RY1A 5ITOA 1MQGA 3SERA 5DVJA 1OMPA 1FCKA 4G77A 4PE5B 4R9FA 3EN3A 3T66A 5I58B 4Z0IA 3FV1A 4F22A 3H4ZA 3M3FA 4H8IA 4ZE8A 3VLVA 2F7BA 1GR2A 1PC3A 5CBRA 3H7MA 2PBWA 1ZLQA 5TP9A 1IIWA 4QSCA 3PD8A 2GRVA 4QFLA 3R26A 4NE4A 3TQLA 3VV5A 1MM6A 1LGBC 2E1SA 4OVJA 1R1NA 3RQTA 3TTNA 1TT1A 4BDOA 3I6VA 3SEXA 1FTLA 1OLAA 4GQOA 1Y1MA 2XXPA 1DOTA 3L6GA 1N04A 1B5HA 4RYAA 5I2NA 1MXYA 1ZIUA 1JVYA 5ITPA 4DZ1A 1WDNA 1QULA 3FIRA 2O69A 3TTLA 4QF9A 5B70A 4H65A 1US4A 3TFLA 1NKXA 4F31B 2FA7A 1LFHA 1UQWA 1B32A 1LLSA 2ZYOA 2QL3A 1SYIA 5CMCA 4BDRA 3OO6A 4NTLA 4GL0A 4NWCA 4MLQA 2H25A 3IOWA 2Y7PA 1H3DA 4QHQA 4BDLA 1R9QA 5L9SA 3OO8A 3IB2A 3VVFA 3W15C 3LSXA 4R6YA 3W9WA 5B7DA 5EHSA 3K6UA 1XT8A 4OWDA 3Q27A 3UORA 5H8FB 2I6EA 3C34A 4GWOA 2KLFA 5DTBA 2O68A 4WKMA 5FHOA 1JNFA 3K6VA 3RT8A 4OQOA 3PPNA 2XXWA 2YLNA 1JETA 1D9VA 5DYHA 2H98A 4F19A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1ZMG A;  5KDT B;  1LEV A;  4P56 A;  4U1Z A;  4PAK A;  1M5F A;  3OEL A;  2PVU A;  4WEP A;  1N76 A;  3FXR A;  1LAX A;  4MAG A;  3O2A A;  1BLF A;  2DVZ A;  1LB8 A;  1ELJ A;  1AWB A;  4P3L A;  5I59 A;  1VDW A;  4NG7 A;  4FAJ A;  4KYE A;  2H5Y A;  2Y7K A;  3QYT A;  5KCJ A;  2HCA A;  4GFR A;  1FTK A;  1FTO A;  1B40 A;  3V8X B;  1PB7 A;  5AA4 B;  4PFR A;  4ZEB A;  1VSO A;  5J16 A;  2B4L A;  4EQ9 A;  1SVX B;  2I0C A;  1QW0 A;  4IR8 A;  4ZEI A;  4PQJ A;  1Y3N A;  1DK4 A;  5IGA A;  4PF6 A;  4YAH X;  3DP6 A;  2F5X A;  4R6H A;  1AH5 A;  1MPC A;  3MW0 A;  1VE4 A;  1B1H A;  1UIV A;  1B2H A;  1OQG A;  1B5I A;  1OIB A;  4GX3 A;  1A55 A;  4EF2 A;  4DE8 A;  2P3N A;  4MEV A;  4G61 A;  3LUZ A;  3RPL A;  4XKP A;  4GF8 A;  4ZZE A;  1POY 1;  4O8M A;  4GL8 A;  3ODB A;  3OEM A;  3RLF E;  1YTV A;  1FBC A;  2A5S A;  3K02 A;  4YKJ A;  2GHA A;  3HCQ A;  4KPT A;  5ESY A;  4HXV A;  3FBP A;  1VFD A;  3K1M A;  3QXM A;  4KYS A;  1RKM A;  1SW2 A;  2AIX A;  1FQA A;  1TFA A;  3MZ9 A;  5CC2 A;  2WYK A;  5AA2 A;  2W7Y A;  1II5 A; 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