The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
124
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sequence length |
383
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structure length |
366
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Chain Sequence |
YPAYMDNYLKEVINQVEQETGYNLLTTGMDVYTNVDQEAQKHLWDIYNSDQYVSYPDDDLQVASTVVDVSNGKVIAQLGARHSFGTNQAVETNRDWGSAMKPITDYAPAIEYGVYDSTATMVNDIPYNYPGTSTPVYNWDRAYFGNITLQYALQQSRNVTAVETLNKVGLDRAKTFLNGLGIDYPSMHYANAISSNTTESNKQYGASSEKMAAAYAAFANGGIYHKPMYINKVVFSDGSKKEFSDVGTRAMKETTAYMMTEMMKTVLAYGTGRGAYLPWLAQAGKTGTSNYTDYVAPDEMFVGYTRKYSMAVWTGYSNRLTPIVGDGFLVAAKVYRSMITYLSEGSPEDWNIPEGLYRNGEFVFKN
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Common Alterations in Pbp1A from Resistant Streptococcus Pneumoniae Decrease its Reactivity Toward {Beta}-Lactams: Structural Insights.
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
PENICILLIN BINDING PROTEIN 1A
|
| molecule tags |
Transferase
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| source organism |
Streptococcus pneumoniae
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| total genus |
124
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| structure length |
366
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| sequence length |
383
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| ec nomenclature |
ec
3.4.16.4: Serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase. |
| pdb deposition date | 2007-06-05 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| F | PF00905 | Transpeptidase | Penicillin binding protein transpeptidase domain |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | 3-Layer(aba) Sandwich | Beta-lactamase | DD-peptidase/beta-lactamase superfamily |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1PW1 A; 2J8Y A; 2EXA A; 4E6W A; 3NY4 A; 4OPQ A; 1GHI A; 5M1A A; 4QD4 A; 3UE0 A; 2WKH A; 3NIA A; 4JF6 A; 4P85 A; 3G32 A; 3VP0 A; 4OQG A; 2HDQ A; 2XGN A; 5FQM A; 3IQA A; 3IF6 B; 4C75 A; 3S1Y A; 5M18 A; 1YM1 A; 1H8Z A; 3FYZ A; 1OME A; 5E2H A; 5HAP A; 1K57 C; 1LI0 A; 2B5R A; 1EI5 A; 2V1Z A; 3NBL A; 3A3J A; 3HLC A; 4KZB A; 4YFM A; 2JE5 A; 4KQR A; 1NYM A; 3HBR A; 4Y7P A; 4EQI A; 2QMI A; 1YLW A; 1LLB A; 3SOI A; 4PM5 A; 5FI6 A; 3A3F A; 1KVM A; 5EOO A; 4FH4 A; 4IED A; 1ERO A; 4WM9 A; 4KZ7 A; 3WS4 A; 1ALQ A; 3MFD A; 1LI9 A; 4OOM A; 4E3N A; 1K54 A; 1G6A A; 1KGF A; 3OC2 A; 4DXC A; 3VP4 A; 3DWK A; 1J9M A; 3AGF A; 3HLD A; 3OZH A; 4HBU A; 4MBF A; 4OOY A; 5FAS A; 4JXG A; 3A3D A; 3HUN A; 4JPM A; 1YLY A; 3RJU A; 4EWF A; 5AQA A; 4UHU A; 4PPR A; 4R4S A; 4OP8 A; 5CHU A; 2RL3 A; 1FSW A; 2WAF A; 2XD5 A; 1K6R A; 5F1F A; 1HTZ A; 2H0T A; 2XFS A; 3SH8 A; 3HLE A; 5BOH A; 3HUM A; 2ZC6 B; 3ZGA B; 3V5M A; 1DJA A; 1NY0 A; 3N6I A; 4N9K A; 2IWC A; 1W7F A; 1YLT A; 3G35 A; 1WYC A; 1JTG A; 1K55 C; 2V20 A; 4ZAM A; 3UNW A; 2EXB A; 4DXB A; 1KE4 A; 3VOZ A; 1ES3 A; 2P9V A; 3Q82 A; 4OON A; 3IH8 A; 4S2P A; 1NZU A; 3M6H A; 4X53 A; 3IH9 A; 1E25 A; 2I72 A; 2XQZ A; 4HEF A; 4IVI A; 3PAE A; 4JKT A; 4GNU A; 5J8X A; 2WAE A; 5M19 A; 4K91 A; 1PW8 A; 4KZ9 A; 4ZJ3 A; 3A3I A; 3BLS A; 1L2S A; 2P74 A; 4FSF A; 5EUA A; 3LO7 A; 1KE0 A; 3UPP A; 5KZH A; 4EUZ A; 2Y55 A; 3Q7V A; 5EVI D; 2BLS A; 1ES2 A; 2HDU A; 1BLS A; 3C7U A; 3OPH A; 4WMC D; 3Q07 A; 5CGX A; 5FAP A; 4N9L A; 5G18 A; 4C6Y A; 2H0Y A; 3IWO A; 5CER A; 1QMF A; 4S2O A; 3CZD A; 3PBT A; 5GL9 A; 4KG2 A; 1S0W A; 3WS0 A; 3IWI A; 1N9B A; 3IXG A; 1XXM A; 3ZVW A; 1RP5 A; 3MZE A; 4FCF A; 4EBP A; 4N1X A; 4LV2 A; 2Y4A A; 4B4Z A; 4ID4 A; 4OPY A; 4UA9 A; 1ZC2 A; 4R23 A; 4WMC A; 2DCF A; 4QB8 A; 4UAA A; 4BL2 A; 3OPL A; 2WKE A; 3TG9 A; 2FFY A; 1K4F A; 1YMX A; 5JYP A; 1NXY A; 4PM6 A; 4WYY A; 3IXD A; 3V3R A; 1XGI A; 1GCE A; 2C5W B; 1ZG4 A; 4A5R A; 3D4F A; 3RXW A; 1ES4 A; 5A92 A; 2XEP A; 2ZD8 A; 2R9X A; 1C3B A; 5GHZ A; 4IVK A; 4U3T A; 4OLG A; 1MXO A; 5TR7 A; 2ZQC A; 3M6B A; 4OP5 A; 5E2G A; 2WZX A; 2ZQD A; 1ZG6 A; 5F1G A; 3BEB A; 1GHM A; 1PYY A; 1YLJ A; 3LEZ A; 3DWZ A; 1RCJ A; 2OLU A; 3QHY A; 3N7W A; 4BEN A; 1Y54 A; 3ZG5 A; 1IYO A; 1JWZ A; 3IWQ A; 4K0W A; 1CEG A; 5FQ9 A; 4GB7 A; 3G2Y A; 3LY3 A; 3BLM A; 4ZJ2 A; 4JLF A; 2EFX A; 3MBZ A; 2Y59 A; 4QY5 A; 3G2Z A; 3CG5 A; 3UY6 A; 5DF7 A; 4C3Q A; 4D2O A; 2DRW A; 1SDE A; 2J7V A; 4P87 A; 4KZA A; 4X56 A; 2WGV A; 3JYI A; 1ESI A; 4XXR A; 3RXX A; 4CPK A; 4E3M A; 1LL5 A; 1FQG A; 2ZQ8 A; 3WRT A; 3FKW A; 1E3U D; 1KE3 A; 2H5S A; 3HLW A; 3IHA A; 3SS4 A; 5FA7 A; 1L0D A; 3P98 A; 1CK3 A; 1BSG A; 3UPO A; 4PM9 A; 1NYY A; 2P9V B; 1TDL A; 1MPL A; 1XX2 A; 4MLL A; 5DVA A; 3IXB A; 4E3K A; 1CI9 A; 5FAT A; 4KG6 A; 3OCL A; 5AQ9 A; 1VM1 A; 4KZ4 A; 3UE1 A; 3UO9 A; 4Q8I A; 4ZDX A; 3QNC A; 2GDN A; 1IKG A; 1WE4 A; 1GHP A; 2HDR A; 2ZC5 B; 3C4O A; 4X6T A; 2HP5 A; 3BFF A; 3W4P A; 4M3K A; 2WYX A; 4GN2 A; 1E3U A; 3AGD A; 5DF8 A; 1JVJ A; 4E3J A; 1MKI A; 2IWD A; 2EX9 A; 4HBT A; 4XUX A; 1I2S A; 1HZO A; 2WGW B; 4B4X A; 3S4X A; 4OPZ A; 1PIO A; 1KVL A; 3SS3 A; 4WEJ A; 4JF4 A; 3Q1F A; 3ZFZ A; 3FZC A; 3MKE A; 4O7D A; 5EVI C; 1KGG A; 4GD8 A; 3N8L A; 3GQZ A; 5AQB A; 1QME A; 5D3O A; 3FV7 A; 4Y0T A; 4JBF A; 1RGZ A; 3G31 A; 5TGF A; 1YQS A; 1MWR A; 3HL9 A; 4DF6 A; 5EVI B; 2Y2J A; 4X68 A; 1BT5 A; 3N8S A; 5F82 A; 1K6S A; 5EEC A; 3MKF A; 4WEL A; 2QZ6 A; 1YMS A; 3BYD A; 4JXV A; 5EPH A; 4UA7 A; 5HW3 A; 1M40 A; 4FD8 A; 3FKV A; 4QHC A; 1I5Q A; 1KDS A; 4XUZ A; 5A90 A; 2EX6 A; 5CXW A; 2XDM A; 2XFT A; 1O7E A; 2Y2Q A; 1PZP A; 4PMA A; 1SHV A; 4F94 A; 3OCN A; 2FFF B; 2X01 A; 3TSG A; 3PBS A; 4S2N A; 1L0F A; 1JTD A; 2C6W B; 1ERM A; 2J9P A; 3N4I A; 1XA7 A; 4H8R A; 4JF5 A; 3ZHH A; 3WWX A; 5FAQ A; 3E2L A; 1GA9 A; 4OH0 A; 3CMZ A; 1DY6 A; 1VQQ A; 1YLP A; 5CHM A; 3AGE A; 2ZJ9 A; 3ZG9 B; 4NK3 A; 1ESU A; 3ITB A; 1TVF A; 2HP9 A; 2JC7 A; 4DE0 A; 1PZO A; 5FI7 A; 1FSY A; 2QPN A; 1S6R A; 4MNR A; 2XD1 A; 5GHY A; 1W5D A; 2XR0 A; 3ZCZ A; 4KZ3 A; 4GOG A; 2X71 A; 2WZZ A; 4WZ5 A; 4OKP A; 4GD6 A; 1MWU A; 2ZC4 B; 1BTL A; 4R0Q A; 2Y2O A; 1XA1 A; 3PAG A; 4IBR A; 1W8Y A; 3ZDJ A; 4P6B A; 5GLB A; 5TFQ A; 2XF3 A; 1NRF A; 2OV5 A; 1FCN A; 4RYE A; 3O88 A; 4EV4 A; 2XH9 A; 4R3B A; 1KGE A; 1K57 A; 4BL3 A; 3UPN A; 4S2I A; 2Y2H A; 1K54 C; 3Q7Z A; 2OSU A; 2E8I A; 3SH9 A; 1N4O A; 2HPB A; 3O3V A; 5CTN A; 4EBN A; 3V39 A; 4Y0O A; 1FR1 A; 2ZC3 B; 5EOE A; 5HX9 A; 1BLH A; 3ZG0 A; 5JYO A; 3B3X A; 1ERQ A; 4OPR A; 4Z9Q A; 3MZD A; 4N92 A; 5CGS A; 2Y2P A; 4FH2 A; 2Z2M B; 4N1H A; 1W8Q A; 1SDN A; 3G34 A; 3V3S A; 3V50 A; 5CED A; 2G2W A; 5AQ7 A; 2IWB A; 1XP4 A; 3VOY A; 1K38 A; 2PBY A; 2WGI A; 5E2F A; 3VSK A; 2UWX A; 4IBX A; 3W4Q A; 3ZNT A; 1Q2Q A; 2Z2L B; 3BFC A; 3I7J A; 3GR2 A; 2ZMA A; 4RA7 A; 3GTC A; 4S2N C; 4Y0U A; 4R1G A; 1NJ4 A; 5GLC A; 3ISG A; 4B88 A; 1K25 A; 1BZA A; 3NDG A; 1IKI A; 4WEK A; 5FQJ A; 4LV0 A; 5FAO A; 3C4P A; 4QY6 A; 3UDF A; 1NZO A; 1BUL A; 3N8R A; 4OQI A; 4U0T A; 3SH7 A; 4RVA A; 3UDX A; 3NI9 A; 4DE1 A; 1PWG A; 1K55 A; 2X02 A; 2ZQ7 A; 4BD0 A; 4S2K A; 3GMW A; 3IT9 A; 3M2J A; 4ZTK A; 3ZG7 B; 1Q2P A; 1FCM A; 3DTM A; 5CRF A; 2Y2G A; 3MZF A; 3NC8 A; 2HDS A; 4KEN B; 5HL1 A; 4WZ5 C; 5KSH A; 2WK0 A; 3PTE A; 3Q7V B; 4RX2 A; 1K4E A; 3VFH A; 4RX3 A; 3UN7 A; 3LCE A; 4BJP A; 5DF9 A; 1FCO A; 4GDN A; 3QNB A; 2Q9N A; 3PBN A; 2EFU A; 5EVL A; 3HVF A; 5CTM A; 1BLP A; 3BRM A; 5GLD A; 5FQI A; 1HVB A; 3GRJ A; 5FQK A; 1MY8 A; 2CC1 A; 2PU2 A; 5HFO A; 3UDI A; 4K0X A; 4MBK A; 4HES A; 5FQQ A; 1W79 A; 5KMW A; 1I2W A; 1IYP A; 4PM7 A; 4WZ4 A; 4WBG A; 3TOI A; 3NDE A; 1PI5 A; 3MXR A; 1K56 D; 3LY4 A; 2EX8 A; 4OQH A; 1PWC A; 3PBQ A; 1HD8 A; 4E3L A; 4OLD A; 3IXH A; 1ONG A; 1PI4 A; 5DTK A; 3WS1 A; 3GSG A; 3HLG A; 2Q9M A; 5KSC A; 4R4R A; 2WKI A; 2ZM8 A; 4BQM A; 1PWD A; 1IYQ A; 1CI8 A; 1H5X A; 4ZJ1 A; 4E3O A; 5L2F A; 3W4O A; 5CGW A; 2Y2K A; 4MEZ A; 1XGJ A; 2JCH A; 3BFG A; 1YT4 A; 2ZLY A; 1K56 A; 2ZM0 A; 3BFE A; 1MWS A; 4GDB A; 2JBF A; 4KZ6 A; 1G68 A; 1U60 A; 4U0X A; 4KZ8 A; 4UA6 A; 1MBL A; 3OPR A; 4X55 A; 2A3U A; 5CEB A; 1BUE A; 4YIN A; 4LV1 A; 1WYB A; 2R9W A; 3W8K A; 1XPB A; 3IHB A; 1EWZ A; 5FSR A; 2Y91 A; 3HLB A; 5CEC A; 3BFD A; 3S22 A; 4KG5 A; 1TEM A; 5GHX A; 1M6K A; 2Y2I A; 1BLC A; 4KQQ A; 3IF6 A; 4BD1 A; 2OLV A; 2VGK A; 4E6X A; 3PBR A; 4NET A; 4ZBE A; 5DTT A; 4P0M A; 3EQU A; 1E4D A; 2H10 A; 2RCX A; 2Y2N A; 1ZKJ A; 3GVB A; 4GZB A; 4L0L A; 5CHJ A; 2ZQA A; 1TDG A; 3WS2 A; 2PU4 A; 2XLN A; 1L0G A; 1ONH A; 4S2J A; 3G30 A; 5FI2 A; 2ZM2 A; 4LV3 A; 3NCK A; 3CJM A; 4OVD A; 5HAR A; 3FWL A; 4DDS A; 1CEF A; 1LL9 A; 4JXS A; 5F83 A; 3VFF A; 2WGW A; 1O07 A; 3EQV A; 4QU3 A; 5U47 A; 3VMA A; 3SS5 A; 4LCL A; 1ES5 A; 1L0E A; 1AXB A; 1JWP A; 1JWV A; 3Q81 A; 4E3I A; 1FOF A; 4S2L A; 3C7V A; 3O86 A; 5A93 A; 1YLZ A; 4X69 A; 4DKI A; 1SCW A; 3VSL A; 3WS5 A; 1MWT A; 3VP2 A; 2HP6 A; 5E2E A; 4BLM A; 4DE2 A; 3HUO A; 1LHY A; 1IYS A; 3A3E A; 3VP3 A; 2EX2 A; 3MXS A; 5FDH A; 4DE3 A; 5EVI A; 2WUQ A; 5EE8 A; 3IF5 A; 1RGY A; 3UE3 A; 4KQO A; 3ZG8 B; 4DRT A; 4PM8 A; 1DJB A; 2XK1 A; 4EBL A; 1IEL A; 5I94 A; 4QJG A; 3M2K A; 2ZQ9 A; 5GLA A; 4KZ5 A; 3E2K A; 2Y2L A; 3G4P A; 1H8Y A; 3HRE A; 1Z6F A; 5HAQ A; 3HLF A; 3BM6 A; 3PBO A; 5IHV A; 1GA0 A; 2V2F F; 4DDY A; 3VP1 A; 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