2V3QA

Serendipitous discovery and x-ray structure of a human phosphate binding apolipoprotein
Total Genus 116
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
116
sequence length
376
structure length
376
Chain Sequence
b'DINGGGATLPQKLYLTPDVLTAGFAPYIGVGSGKGKIAFLENKYNQFGTDTTKNVHWAGSDSKLTATELATYAADKEPGWGKLIQVPSVATSVAIPFRKAGANAVDLSVKELCGVFSGRIADWSGITGAGRSGPIQVVYRAESSGTTELFTRFLNAKCTTEPGTFAVTTTFANSYSLGLTPLAGAVAATGSDGVMAALNDTTVAEGRITYISPDFAAPTLAGLDDATKVARVGKGVVNGVAVEGKSPAAANVSAAISVVPLPAAADRGNPDVWVPVFGATTGGGVVAYPDSGYPILGFTNLIFSQCYANATQTGQVRDFFTKHYGTSANNDAAIEANAFVPLPSNWKAAVRASFLTASNALSIGNTNVCNGKGRPQ'
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Tandem Use of X-Ray Crystallography and Mass Spectrometry to Obtain Ab Initio the Complete and Exact Amino Acids Sequence of Hpbp, a Human 38kDa Apolipoprotein
pubmed doi rcsb
molecule keywords HUMAN PHOSPHATE BINDING PROTEIN
molecule tags Transport protein
total genus 116
structure length 376
sequence length 376
ec nomenclature
pdb deposition date 2007-06-20

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF12849 PBP_like_2 PBP superfamily domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 2v3qA02
3.40.190.260 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 2v3qA01
1PDAA 2ZXTA 3O28A 1US4A 2GHBA 4PFYA 4OETA 4FEDA 3OENA 1MRPA 2G29A 4F29A 4IB2A 2HEUA 4NEDA 1IXGA 5H8NA 2I49A 3M3FA 2AL4A 4RYAA 3FIRA 2F97A 4R75A 2E1SA 3M3LA 5TP9A 1B1HA 3TTMA 1B7UA 4JDFA 4KHZE 5CMCA 3GXAA 3Q25A 3OELA 4JSDA 1H44A 3OEMA 2RF1A 3V8XB 3GZGA 4H65A 2GRVA 1A8EA 1Q1KA 3GLBA 5ITPA 4G8HA 4F3BA 1BLFA 5H8NB 3H3GA 1ZKBA 3TZAA 1Y4CA 1XVXA 3ONMA 2D5WA 1FTJA 2V25A 3T9UA 5TP9B 3OXNA 1N3WA 2Y7PA 3HCQA 2W7YA 1RYOA 3TUSA 3T9VA 4GOTA 3SESA 1CE2A 4XXUA 1MPDA 4QF9A 4QHQA 1LCTA 5JEIA 3G3JA 4WXJA 5HPQA 2Y7RA 3RQTA 2HZLA 4YICA 1Y3NA 3CR9A 1BIYA 1B58A 2D21A 2P2AA 1O7TA 4ONYA 4H8JA 2H4IA 4QSDA 3N26A 4YKKA 2YJPA 2Q2AA 4OZ9A 3AXFA 1JNFA 2QRYA 2V93A 4H6DA 4R6KA 1Y9UA 4ZEIA 3IK6B 2F34A 1J1NA 3PV0E 1UTBA 2UVJA 3KEIA 2KLFA 2M8CA 4U1OA 3JV9A 1WDNA 1Y3PA 4LP2B 5CM6A 4OENA 1Q35A 1B0HA 4L17A 2ZNTA 1P1WA 3CVGA 3K6WA 4P11A 4ZEKA 2ONKE 1LAHE 2F8DA 3TFLA 1JW4A 1O64A 1GGGA 1UTBB 1AH5A 3A09A 4YAHX 2NXOA 1SW2A 3MVXA 1B51A 3ECRA 1IEJA 1XS5A 1QUIA 3E13X 3PMVA 3D4GA 3TTKA 1OIBA 3R7XA 1NMUA 4R9GA 4ISUA 2GHAA 1MQHA 1URDA 3CG3A 3KZGA 4EF2A 4H5GA 1M5BA 1BP5A 4YKJA 1FTMA 2XXRA 2FYIA 5FTHA 3IAZA 3SEXA 3TEPA 4JBZA 1SW4A 3TCHA 5DT6A 2ZNUA 4OFLA 2YLNA 1MQJA 3IORA 5I2KA 1M5CA 2XX7A 3ILTB 2Y7IA 3G3KA 1I6AA 4MFIA 3U1OA 3H6WA 2B3BA 1LCFA 3IR1A 4G2ZA 3T9XB 5EHMA 3MP8A 5FHNA 2ZNSA 2B65A 4OESA 5TPAA 5B70A 3QUJA 1IIWA 4Q30B 3Q28A 5DVJA 1FQBA 1N04A 1NNKA 3W9WA 3OO6A 3OSRA 2H98A 5L9MA 4F3GA 1USYH 3S9EA 2CZLA 4GL0A 4FORA 5I2KB 4RNSA 4I62A 1URSA 4C0RA 1VFDA 1II5A 3S2VA 4OQOA 4Z0IA 4EF1A 3SETA 1M5DA 2OK2A 3O66A 3U92A 3U94A 1NNTA 3K2DA 5BUUA 3GBAA 4POWA 5TPAB 3CIJA 5KDTA 5I2NA 3ZKKA 4XIGQ 1PB9A 4H1XA 3PPRA 2VGQA 1ZU0A 2NOOA 3LSWA 4NWCA 3K02A 4GD5A 2PX1A 3IB1A 3PPPA 1P1QA 3G3IA 2D3IA 3EQ1A 3M8UA 2YPNA 3JZJA 4GIZA 2XX9A 4MBPA 1N76A 3EPEA 1D9YA 3C32A 3UP9A 4R73A 4UA8A 4ELPA 5I2NB 2HCAA 2FNCA 1JW5A 5BWJA 2F5XA 3VLWA 4ZE9A 2I3WA 4F39A 4DIGA 4X1DA 3FUZA 4BDNA 4ND9A 4LQ2A 3VXBA 3KSXA 4PP0A 2ZYNA 4KQPA 4ESWA 1DMBA 3I6VA 3ZSFA 2THIA 5LOMA 3FXRA 5AA2B 1P99A 4Q5TA 2PYYA 3RUMA 4ZEBA 4X1BA 5AA1A 4AQ4A 4FAJA 1QULA 3TQLA 1HSLA 4OERA 3LSXA 4ZE8A 2DOJA 4MLVA 3PUZE 1NH8A 3MWBA 3PU5A 3DELB 3MVZA 4AB6A 5F7VA 5F1QA 3N6UA 4JB7A 2PBWA 4G8MA 1SW1A 2XXQA 4OFJA 3PPOA 4U23A 1A40A 3FXQA 3BBRA 3MPLA 2LAOA 2NUVA 1S7YA 2A5TA 3U93A 2F7BA 5AE4A 5ISUA 3IO4A 3MJNA 4LUBA 2RC8A 3TTLA 1FTOA 3O97A 3U72A 1QUKA 3VLVA 1DOTA 1AIVA 4F31B 1SW5A 4YMAA 3LBSA 5I59A 2F78A 4IO3A 4GFRA 4E0WA 2I3VA 2IA4A 1OVTA 3L6HA 1NFTA 3FJ7A 3KJ7A 2A5TB 5H8QA 4ZZAA 1XVYA 2QS2A 4MH5A 4NWDA 4ELRA 1B2HA 4KR5A 3E4RA 3FV2A 3H6VA 4GRKA 2ALUA 2DYXA 3VXCA 3WAEA 3EN3A 2OLBA 3RN8A 3FVNA 4ESXA 4PQJA 5I59B 2XXHA 4H5FA 1B5IA 3MAMA 4NF6A 2R9JA 1N84A 1OVBA 2VP1A 2ONRA 5IAIA 4BDLA 5H8QB 3UN6A 1B5HA 4BDOA 4EQBA 3K1NA 1ZBMA 4PFTA 1MXUA 1Y3QA 1P1NA 2REJA 1A54A 4JSOA 4KCDA 4KFQA 4OTEA 4DCXA 1SBPA 4X48A 1LFHA 1NL5A 1Y1MA 2H5YA 1LFGA 3K6VA 4G77A 3PPQA 1FCKA 1H43A 1EZOA 2OWTA 1QVSA 1TFAA 4GXAA 4TLLB 4MF3A 4NF6B 4TLMB 3OO8A 1UIUA 2Z8DA 5KCJA 3QYTA 1SDXA 3VDFA 4R72A 3G7WA 4OFOA 1QKBA 1OMPA 2RINA 4PFUA 1BTJA 1JVXA 3KOSA 3FATA 5IKBA 1ATGA 3FJGA 1GVCA 3MC2A 1MY0A 2V3QA 5I58A 3H6TA 1JEVA 3MPKA 2RC9A 1B3GA 4TOZA 2F6PA 3KOTA 1GV8A 3FVOA 4DZ1A 4IO2A 4M4GA 5I56A 3O29A 3EHTA 5JTYB 4ZEFA 5DVIA 3FVGA 2I48A 2ZYKA 4ZS9A 5KCJB 1NH7A 3K0VA 1I69A 4FIMA 2I4BA 2HXWA 3N5LA 3SKPA 4BLAA 4O3CA 1UQWA 1LB9A 4M1VA 2QSXA 1FTLA 1B3EA 2AL5A 5I58B 3H4ZA 3THIA 1IQ7A 3HN0A 2REGA 3HSTA 4GF8A 3VFJA 1NKXA 1R6ZA 5I56B 1ANFA 1QJMA 1FW0A 4BDRA 4RXLA 3I3VA 3FD3A 4IY5A 2OBGA 3MP1A 3FVKA 1VSOA 1H76A 4LA9A 2Y7WA 4RK2A 3K1MA 2PT2A 2E0SA 2FA7A 4DLDA 4F22A 4EXKA 5CMBA 3IX1A 1D9VA 1MXYA 4F1YA 2I0BA 3R26A 1ZTYA 2X26A 4U2RA 2QMWA 3QAXA 3N94A 1S50A 1A99A 3KN7A 2PMSA 5CI5A 2GFEA 1AMFA 1DPPA 3RPWA 4KYEA 1JVYA 4O3BA 2VD2A 1H45A 3UGWA 3WAFA 4YMBA 3CFZA 1D3KA 2ANJA 1B0LA 2XXPA 3SEUA 3C35A 1NNPA 1I6BA 4GQOA 4OMBA 1SD3A 4F3PA 1S9TA 1M5FA 2V3TA 1LGBC 1MPBA 3CFXA 4LZ8A 3SEWA 1F9BA 4QFNA 4DDDA 3CG1A 2HAVA 1WVJA 2DP8A 3UK4A 3QXMA 1PB8A 3IOUA 1LAXA 3PUWE 3EHSA 3FASA 3LC8A 4IGTA 4IO5A 2DVCA 2I58A 4WEPA 3BKIB 1DSNA 5H8HA 2UYFA 4UACA 1FTKA 2QPQA 3V89B 3MP6A 2HFBA 3MZBA 1SVXB 4X9TA 4OVJA 3IB2A 1PBPA 2ZYOA 2XD2A 3FGSA 2Q88A 1B3LA 2AYSA 4F1UA 3HV1A 3FV1A 1MG1A 4QFPA 1RYXA 3MBPA 3V5AA 2V3UA 3O6IA 2PT1A 3VVDA 5K2YA 4G8NA 4Q0CA 1PEBA 2XD3A 1Y20A 3T96B 2A5SA 4QRZA 4LATA 3Q29A 5H8HB 4HW8A 4R6YA 4FECA 4ZEDA 4XKPA 3G3FA 3ODBA 2DWIA 5ITOA 4R6HA 3H7MA 4ELQA 4EQ9A 3IB0A 2RKMA 3PMXA 4F3SA 1R9QA 2I4CA 2XXXA 1UIVA 3CSBA 1FQCA 1OLAA 5B7DA 4YU0A 2DVZA 4DE8A 1CB6A 2H25A 4F18A 4LVQA 3S9NC 3D4CA 4O3AA 2O7UA 5AA2A 4OEUA 4DCYA 1O63A 3G3HA 2QS3A 3VV5A 5CBRA 3KFMA 3ZS6A 3FJMA 1B9JA 4N07A 1MPCA 5H8FA 2RCBA 4G68A 2Z8FA 4OWDA 2O7IA 3PUXE 4YB5A 5DVFA 3I5OA 2DQVA 1A7LA 5DTBA 4THIA 3KSJA 3E3KA 2O51A 1MS7A 1B3FA 3TCFA 4RA1A 1B32A 3TKDA 2CMOA 3KN3A 4GVOA 2QJEA 1ZIUA 5L9SA 4JWOA 2DWHA 4OHNA 3O6HA 3P7IA 5CMMA 4K3FA 5H8FB 1PB7A 1B1XA 4G68B 2QS1A 4YKPA 2F36A 2OWSA 1MY1A 4ZECA 3KBRA 5ICTA 1VR5A 3MZ9A 2I0CA 4IO4A 5AA2D 4LONB 1JQFA 5H8SA 3B6TA 2F35A 1DTZA 2G93A 4G68C 3PUYE 3CRBA 1MH3A 1MQDA 4H8IA 3USDA 4P0GA 3KG2A 1MM6A 4IO7A 1JETA 1FQFA 2H9BA 3H03A 4BDQA 1ELJA 1P1OA 1LB8A 1LBBA 1B05A 4I8CA 4RPNA 5ELVA 3S4UA 3TCGA 4H0WA 2UYEA 3HHFA 4GLIA 4HCYA 4MLQA 1LAGE 2DWAA 5ICQA 3SEYA 4QFOA 5TU0A 2XXUA 4ELOA 3PD8A 2Q2CA 2Y7KA 2DWJA 4JWXA 3H6UA 5A5XA 3GBBA 4KD5A 2PVUA 2XXIA 5I84A 3E9XA 3DP8A 1ZJLA 1B5JA 2XXYA 2ZYMA 3UA8A 4U1ZA 5AA4A 3TELA 2VOZA 3C9HA 3Q27A 1XC1A 1MM7A 3RLFE 2X7QA 5KZTA 2UVGA 4PE5B 3PPNA 1L5TA 4LZ7A 5CC2A 2R6GE 1MQGA 1N3XA 4PETA 5A5XB 4YB6A 4NTLA 1JEUA 3B7DA 4KPTA 2ABHA 1B7ZA 3IJXB 1GTKA 1IZ1A 3CFLA 3TDJA 1EZ9A 1LSTA 1ZMGA 3DM0A 5JTYA 2O1MA 4YZZA 4U22A 5AA4B 3OSQA 1B40A 4QSCA 4N13A 1DPEA 4JWYA 1A55A 5FTIA 3TQWA 3MVYA 4EUOA 2QS4A 3RT8A 1N0TA 2OCUA 1DTGA 1SI0A 3B6QA 3VLUA 3BFTA 2IEEA 4C1UA 1POY1 1QUJA 2DE4A 1B46A 3K01A 1TXFA 1YPNA 1FQDA 3A3UA 2F7CA 1MQIA 3OD7A 4QSEA 3VVFA 2DE2A 4DXBA 3OMBA 3EF7A 1GR2A 1LAFE 1MY3A 3TPAA 3KJTA 4FE8A 1PC3A 1MH4A 5K2XA 3O6GA 3OO9A 3IJOB 1B3HA 2Z22A 4FEBA 5EYFA 3LSFB 2AIXA 1JW1A 1D4NA 1P1UA 3G3GA 3MUQA 3PGFA 2V84A 3IOWA 2DSFA 4FJPA 3K6UA 3PD9A 2B3FA 5I57A 1FQEA 1TWYA 1EU8A 4R2FA 3DLNA 3K00A 4YKIA 2UVIA 4EXLA 3DP6A 3CSGA 4XKNA 2ZMBA 1USYE 1R9LA 3RGYA 3KGCA 3BFUA 2P0SA 1H3DA 3FXUA 2F6GA 2ONSA 2BJJX 4PFWA 3MQ9A 5FHOA 2QL3A 4JXIA 3SEVA 2OZZA 2Q8JA 3T9HB 5I57B 2NVUB 2VD3A 1LBCA 4TQUQ 1IUDA 3UORA 1MY2A 2XXTA 3MVWA 3O9PA 1SI1A 1B4HA 3N6TA 1Y1ZA 3QK6A 3SDFA 1XT8A 3IOVA 2RC7A 1URGA 4GXSB 4H67A 3U8QA 3ZKLA 5CBSA 1UTHA 4IO6A 3T93B 1A8FA 3TAJA 4NF8A 3H06B 5J1DA 4IGRA 1R1NA 3T66A 4U4SA 1SYIA 3RY3A 3W15C 4DXCA 5L9OA 5FHMA 3SERA 3QUFA 3C36A 2HAUA 2Q9TA 3C33A 1B6HA 1MY4A 2WKYA 4R2BA 4HCWA 2GH9A 1EH3A 2ESNA 2QMXA 3IL1B 1B4ZA 3LSLA 1BKAA 1RKMA 3ILUB 1UTHB 3FZVA 2O1LA 2HQ0A 2XXWA 4U21A 1N7XA 2XXVA 4NF8B 2Z23A 1MDP1 1SYHA 1TFDA 3TODA 4KYSA 1EZPA 1ZLQA 4OYVA 4XKQA 1T0KA 2XX8A 1M5EA 3S9LC 4BDMA 4RJZA 4NMYA 4QFLA 3IO6A 3PUVE 3C34A 5CMKA 2RCAA 3OOAA 3TYHA 4KYDA 4LZ5A 1HSJA 1IXHA 5AA3A 3QSLA 4G4PA 1PBQA 4XTCQ 3VVEA 5L8DA 5JK4A 4C1TA 4NF4A 4QFKA 4I9DA 2VHAA 4NF5A 4EQ7A 4N6PA 4RPOA 4E0XA 1QKAA 1MXZA 4F1VA 3C31A 3F11A 3LUYA 1LLSA 2Y84A 3JYRA 3LR1A 3OEKA 1VE4A 4R9FA 1YCJA 1OLCA 3RTWB 3EHUA 1MDQA 4NF4B 4WEDA 5KDTB 2DS9A 4NF5B 5HM4B 2F7AA 2XHDA 3PMWA 2H99A 2P1SA 1XHYA 1Z7ME 3VE1B 3B6WA 4KCCA 3RT6B 3C4MA 3MW0A 1MXXA 3Q26A 3TMGA 3IOTA 4U4XA 4DXUA 4POXA 1POTA 1Z7NE 1MXVA 3MZ1A 2Z8EA 3OO7A 2O69A 1NNFA 1VFEA 4GL8A 2NWJA 4RK9A 2X7PA 4YB7A 3QIMA 4ECFA 2DXYA 2O68A 3RNNA 4ZZEA 1I6QA 4I1DA 5EHSA 1QW0A 1IXIA 4FATA 3RTFB 1HSEA 4R74A 2UXAA 5CRYA 4AB5A 1IITA 2DXRA 1IXCA 4EDPA 1B7HA 1FQAA 4OXVA 3W9VA 3HPIA 2UVHA 1AOVA 3TTRA 4Z7EA 1Y4TA 3CI8A 1US5A 3L6GA 4P0IA 3K4UA 1OQGA 1LFIA 3HO7A 5DYHA 4ZDMA 3M3KA 1WODA 4KI0E 3K1PA 4WKMA 4HS7A 1TT1A 4F2OA 4F2QA 3O2AA 5HBCA 1AL3A 1XOCA 3TTNA 3HHGA 4Q8RA 2R71A 2DE3A 3KN8A 2OJTA 5DEXA 1SQYA 1B52A 4NE4A 5M2VA 3T22A 2Q89A 4F19A 1YTVA 1MXWA 3A3CA 1N7WA 3R6UA 4GWOA 1OQHA 1KWHA 3UIFA 2O6AA 4IY6A 3DP4A 2O84X 2HZKA 4XKRA 3K6XA 4HTGA 4RY1A 4LQ5A 3V83A 3S9MC 4OEVA 5DEXB 2I6EA 1YAEA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1PDAA 2ZXTA 3O28A 4PGNA 1US4A 2GHBA 4PFYA 4OETA 4FEDA 3OENA 1MRPA 2G29A 4F29A 4O94A 4IB2A 2HEUA 4NEDA 1IXGA 5H8NA 2I49A 2CEYA 3M3FA 4PAFA 2AL4A 4RYAA 2CEXA 3FIRA 2F97A 4R75A 2E1SA 3M3LA 5TP9A 1B1HA 3TTMA 4PBQA 1B7UA 4JDFA 4KHZE 5CMCA 3GXAA 3Q25A 4OANA 3OELA 4JSDA 1H44A 2CZKA 3OEMA 2RF1A 5ET6A 1BK4A 1FBEA 3V8XB 3GZGA 4H65A 2GRVA 1A8EA 1Q1KA 3GLBA 5ITPA 4G8HA 4PGPA 4F3BA 1BLFA 5H8NB 4GWSA 3H3GA 1ZKBA 3TZAA 1Y4CA 1XVXA 3ONMA 4G61A 2V4CA 1EYKA 2D5WA 1FTJA 2V25A 3T9UA 5TP9B 3OXNA 1N3WA 2Y7PA 1D9QA 2W7YA 3HCQA 1RYOA 3TUSA 3T9VA 4GOTA 3SESA 4XF5A 1CE2A 4XXUA 1MPDA 4QF9A 4QHQA 2Y5KA 1LCTA 4GWWA 5JEIA 3G3JA 4WXJA 5HPQA 2Y7RA 3RQTA 2HZLA 5ESYA 4YICA 1Y3NA 3CR9A 1BIYA 1B58A 4PF8A 2D21A 2P2AA 1O7TA 4ONYA 4H8JA 2H4IA 4QSDA 3N26A 4YKKA 2YJPA 2Q2AA 4OZ9A 3AXFA 4AS4A 1JNFA 5IGAA 2QRYA 2V93A 4H6DA 4R6KA 4PBHA 1Y9UA 4ZEIA 3IK6B 2F34A 1J1NA 3PV0E 1UTBA 2UVJA 3KEIA 2KLFA 2M8CA 1FPLA 4U1OA 4N8GA 2CZIA 3JV9A 1WDNA 1Y3PA 4LP2B 5CM6A 4OENA 1Q35A 1B0HA 4L17A 1IMEA 2ZNTA 1P1WA 3CVGA 3K6WA 4P11A 3MYUA 4ZEKA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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