2V41A

Crystal structure of the c45s mutant of the peroxiredoxin 6 of arenicola marina. orthorhombic form
Total Genus 72
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
72
sequence length
220
structure length
220
Chain Sequence
GITLGEVFPNFEADSTIGKLKFHDWLGNSWGVLFSHPRDFTPVSTTELGRVIQLEGDFKKRGVKLIALSCDNVADHKEWSEDVKCLSGVKGDMPYPIIADETRELAVKLGMVDPDERTSTGMPLTCRAVFIIGPDKKLKLSILYPATTGRNFSEILRVIDSLQLTAQKKVATPADWQPGDRCMVVPGVSAEEAKTLFPNMEVKAVPSGKGYLRYTPQPKS
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title The Crystal Structure of the C45S Mutant of Annelid Arenicola Marina Peroxiredoxin 6 Supports its Assignment to the Mechanistically Typical 2- Cys Subfamily without Any Formation of Toroid- Shaped Decamers.
pubmed doi rcsb
molecule keywords PEROXIREDOXIN 6.
source organism Arenicola marina
molecule tags Oxidoreductase
total genus 72
structure length 220
sequence length 220
chains with identical sequence B, C, D, E, F, G, H
ec nomenclature ec 1.11.1.15: Peroxiredoxin.
pdb deposition date 2007-06-27

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00578 AhpC-TSA AhpC/TSA family
A PF10417 1-cysPrx_C C-terminal domain of 1-Cys peroxiredoxin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.1020.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Antioxidant, Horf6; Chain A, domain 2 Antioxidant, Horf6; Chain A, domain2 2v41A02
3.40.30.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Glutaredoxin Glutaredoxin 2v41A01
1EEJA 1SJ6A 3ZITA 22GSA 2FLSA 4MF5A 5DAKB 1ZYEA 4DVCA 1BAYA 5J9CA 4LA1A 1U88A 1O81A 3UMAA 4TXVA 4L5LA 1XOBA 3CYNA 5H5QA 1Y6EA 6GSXA 5E59A 3HYPA 2AHEA 1WWJA 2KP1A 3KMOA 2H1DA 4GTUA 5KN0A 3F4TA 1O8XA 1M99A 14GSA 3QOUA 1R4WA 3DD3A 3G7JA 3Q18A 3TRQA 1SU9A 1WP0A 3IV4A 2DJKA 3VWWA 4KB3A 1ZCPA 4HOJA 3E0UA 4K1FA 3BCIA 2H01A 1CQHA 5JWRB 2DSAA 4HUAA 4CDOA 3VPQA 1TP9A 4RI6A 2YZHA 2Z9SA 3A2XA 5J3RA 1CQGA 2VD0A 2H72A 5D93A 5E4WA 2YWOA 1GH2A 1MD3A 3VWVA 3BCKA 4ZBAA 3TJGA 4PGTA 5G2ZA 4WR4A 3TKPA 1XVQA 3A3TA 3UBLA 1J9BA 2MMOA 3D21A 3KGKA 1H4OA 2O7KA 4BWSA 4TXOA 3HD5A 3LORA 3UL3A 2R6KA 2B5YA 5G5FA 1QUWA 1T1VA 3EVIA 4I5QA 3ZYWA 1JHBA 3K8NA 2VL2A 2DC5A 5C00A 3EURA 5IOWA 2V32A 3VWUA 3GKKA 1NSWA 2LS5A 3L4NA 4TR4A 1EOHA 3E9JB 2KOKA 1U87A 4YAVA 3KEBA 2GSRA 1K0BA 5GAND 2J23A 2I81A 4TR1B 5EVOA 3TB2A 1EWXA 1TOFA 1GRXA 1PMTA 5ID2A 5KN2A 1SKSB 1XW6A 2PN8A 3GSSA 5GSTA 1T8EB 11GSA 1FOVA 2CT6A 4I2UA 3DIEA 3I6AA 5D73A 1XWKA 5F06A 3GMFA 3ZMKA 2XBIA 3IPZA 3DYRA 4Q5QA 2IMEA 5H5RA 5IMFA 3FZ4A 1E6BA 2H66A 4EO3A 4KSOA 3IAM2 3KM6A 1UVZA 1M7TA 2JSZA 1BEDA 4IGJA 5LNKe 1R5PA 4AJ8A 2LRTA 1K3OA 1PD21 3DMLA 4L0WA 3KTLA 5JCWA 4QL7A 1ZOFA 2RLIA 4NMUA 4MDCA 2CVBA 1GSSA 3IRAA 3VLNA 5ELGA 3ZTLA 1PKZA 4MJEA 1TKDB 1FVKA 4IELA 5HR3A 2B7JA 4TVEA 3SBCA 1A2LA 3LGCA 2VL9A 1SD9A 1SK2A 3ZVJA 1QQ2A 3TJFA 5DJMA 5JWQB 1FG4A 1V57A 1N2AA 4FYUA 2YANA 2I3YA 4OO5A 5B7CA 2F51A 4K9ZA 2O85A 2JU5A 1EZKA 3RBTA 2GS3A 5A4VA 4PURA 1JZDA 4L0UA 4MPFA 3F3RA 3VWXA 4NV5A 4KUNA 2LJKA 2CVDA 5HQPA 1O6JA 2GZZA 4O32A 1YF0A 2TRCP 5EPFA 3BOAA 5CO3A 3GTUB 5HR1A 4ZBDA 3VI7A 3APOA 4EC0A 3MWHA 2CV4A 4OFMA 4XCSA 2IPAA 3J7Yk 2G0FA 3ZREA 2C0GA 1ERTA 2CVKA 5FWGA 4QQ7A 3WGEA 3GFKA 1LBKA 2B5EA 1YDKA 1NHYA 2B3SA 1AUCA 2GSTA 2H73A 1OKDA 2IFQA 3KP8A 1PL1A 5CRDA 4V1Ap 1FVJA 4N0ZA 4LLRA 1AXDA 2MZCA 3G7YA 1V40A 4MJAA 2YN1A 5ECLB 1HNAA 2ZUPA 4I2TA 3QR6A 2EC4A 4XS4A 2WDUA 3BD2A 5GSSA 4MCUA 5IIZA 2HSYA 5HFGA 1MEKA 2VCTA 3WT1A 1C72A 4WBJA 5JCUA 3CSJA 5J9BA 2VCZA 2C0EA 3Q74A 2GGTA 5IPHA 4NV2A 5ECOB 3RPNA 1G7OA 2AYTA 5IQYA 4ACSA 5IPGA 3WT2A 3UAPA 2TRXA 1PGTA 1JFUA 3M3MA 4Q5FA 4MH2A 2DMLA 2DMMA 2LKUA 1THOA 1R5AA 3QFBC 2DIYA 8GSSA 4LMWA 4MF6A 4KDYA 2PU9C 4IQ1A 2HXKA 2F8FA 2REMA 5D9WA 3GHAA 4JR4A 4MP4A 5CRGA 2H0HA 2GDRA 3IE3A 3PR8A 3C73A 4JRRA 1URMA 1Z7PA 1GLPA 2H6YA 2KHPA 1A2MA 1EGOA 3D5JA 2FWGA 1XW5A 5INYA 4IN0A 2L4QA 1MDKA 2R3XA 1ABAA 4K6XA 4GWRA 2WCIA 3TDGA 3OR5A 1M9BA 1Z7RA 1JLVA 5D9VA 3MSZA 1GNEA 2K8SA 4GXZA 4IHUA 3ME8A 3DVXA 4G9HA 4ZB6A 4OFNA 13GSA 4NWYA 3ZLPA 1EV4A 2QKEA 1T00A 1TI1A 2WS2A 1FHEA 3KH9A 3IC4A 3FRCA 2KUCA 4EVMA 4HU9A 2N5AA 3FEUA 4YQVA 2TIRA 3TKQA 5D9TA 1RK4A 1SKWB 1PKWA 1YQ1A 2NPBA 1O7UA 2LEGA 4H86A 5KEJA 1X5CA 2CX4A 3W8SA 1GSEA 2XC2A 5DCGA 4Q5RA 3FZAA 5H5SA 2LNTA 3F6FA 2NBSA 1G6YA 1GTUA 4MLYA 4F82A 2C1YA 4ZL7A 4I8BA 3TKSC 3VPTA 6GSVA 3M8NA 1YY7A 4KX4A 3CSHA 2RUEA 4E8HA 4HZ4A 3TOTA 1RW1A 5IMCA 1A23A 3EE2A 2IN3A 3M0FA 2DJ1A 1F3AA 3GRXA 2LUSA 4MF7A 1VF3A 2IMKA 4TW5A 3NOFA 2F3MA 1TTZA 4GRFA 1BJXA 3APQA 3KMNA 9GSSA 2X8GA 1GTAA 3FKFA 1UA5A 2VCQA 3L9SA 2H76A 2H30A 4F9ZA 4N0VA 1GSUA 1IYHA 2O89A 3D4TA 4J57E 2HZEA 2ON5A 2IIYA 1K0CA 3Q19A 3EU4A 3H1NA 1W4VA 4ZILA 4K7NA 3GV1A 3H8QA 3PGTA 5DALA 2K8VA 2P5RA 2L5LA 4ZL8A 5J4UA 3EMPA 3KD0A 2O87A 4ECJA 2HRNA 5KN1A 1TRUA 4XIHA 2HFDA 2VLTA 3GIXA 1SJZA 1EP8A 2CAIA 3LXZA 2CZ3A 2O8VB 1K0DA 4J56E 4RQRA 4FYBA 1OC9B 1XVWA 4MMMA 4KCEA 3FR9A 4O5RA 1UN2A 4ILFA 4F2IA 5IOXA 1Q98A 2GQMA 4HU7A 1B4QA 3W6GA 4WETA 2ON7A 2YV7A 2M80A 2GTUA 3EYTA 3IK9A 3PINA 1IYIA 4YAPA 3APSA 3C1RA 1F3BA 4KDXA 3TJKA 4HQSA 1V98A 3ZVJD 3FY7A 4V2NA 2YCDA 1OC8A 3IBHA 3L0HA 2VOCA 2HE3A 2PPTA 2OACA 1M2DA 4OCEA 3GKMA 3S9FA 3GKXA 1TXXA 4PUFC 3HVXA 2L59A 1BYEA 1PQNA 1DBYA 1A2JA 2FWFA 5KN3A 2RIIA 1U3AA 5GAPD 4GSTA 4TRXA 2VO4A 3HJOA 4IBPA 4PQ1A 1XWAA 3G9BA 2CQ9A 2C3QA 3HCZA 5AIVA 2GSSA 4MK3A 4EDZA 3C71A 3ERFA 1X9MB 1VF4A 1KBNA 4IQAA 3LFLA 4BPYA 2X64A 5IMDA 3IHQA 4HJ2A 1A24A 6GSSA 2N5FA 4ML6A 1EP7A 1HD2A 4ML1A 2H1GA 2FUG2 4YH2A 2V6OA 4BL7A 1XBSA 3J7Yb 3EU3A 1JZOA 2PGTA 2FNOA 2EIQA 3CMIA 1AIUA 3ZIJA 10GSA 1SK0A 2DJ2A 2F8AA 2YNXA 1FW1A 2X8CA 3PH9A 3UJ1A 4BWQA 2MMZA 2VCXA 2C8UA 2L5OA 2YV9A 5AGYA 1GL8A 1SYRA 3E3EA 2XPEA 3QDNA 2XHFA 4KW6A 1K0OA 5ECSA 3TJJA 2OADA 1M9AA 2WRTA 2VIMA 2EIOA 4IJIA 3TRXA 1GLQA 2LQOA 5B6NA 4RQXA 2H71A 4GQFA 1AAZA 4FO5A 3US3A 1KTEA 1TK8B 2AAWA 2QGVA 4LL1B 2C0DA 3V1WA 4XS6A 1YJ6A 3HVVA 4BA7A 2M46A 1XWBA 2VM2A 3L9VA 3JCML 3ZL5A 3LWAA 3ERGA 1MDIA 3KJYA 2B6MA 1A0RP 5A4UA 4K7OA 2DBCA 2MYGA 1A8LA 1JZWA 1Y25A 5ECHB 1AQWA 1AQXA 1SK1A 3CBUA 1JZRA 4K7IA 4TXOB 5D96A 3RPPA 1SYXA 1XOAA 2GT5A 3O76A 2GSQA 4EXJA 4ZL9A 12GSA 2C3NA 1NW2A 4PQIA 1U3IA 2JACA 4KH7A 1GSDA 2E2GA 2F9SA 2H6ZA 2IWTA 3ZFBA 3W8JA 3KIJA 3F4SA 5B6MA 1GTIA 1BX9A 1TDIA 2LNSA 4LL4B 4P3YB 1I9DA 3A2VA 3ZZXA 4V1Ag 1VF1A 4AJ7A 4PUAA 2VD1A 3LYKA 3FK8A 4YQMA 5ID2B 1GNWA 1ML6A 3GYKA 3CTFA 3CTGA 3GNJA 3UARA 5CRWA 2FWHA 5ECIB 1F9MA 3GN3A 1PRXA 2EIRA 2FA8A 2IL3A 4K8MA 4GSSA 4TR3A 2I4AA 1RQMA 2VL3A 1PA3A 3ED3A 18GSA 2PERA 2H0GA 2AB6A 3HJMA 5CNWA 1AW9A 1SL0B 1K0AA 3L9UA 4RUVA 2YPMA 3ME7A 3QAWA 1QMVA 3CSIA 1WRYA 3RAZA 4NPBA 4X1UA 3TKSE 2P5QA 3UVTA 3WGDA 2FCHA 4TR0A 1XXUA 1SD8A 2OBKA 4DSSA 1TRVA 2D2ZA 3HA9A 2HNLA 2JZRA 4HS1A 3QCPA 1M2BA 4FH8A 2YJ7A 3M9JA 3KP9A 4YQUA 1VGLA 3GA4A 3UOMA 2YOIA 1HYUA 2LRNA 3DGQA 3UVHA 3P2AA 3H4KA 1K3YA 4IJ3A 4KAEA 4FIWA 1ILOA 2MMAA 3ERWA 4GLTA 1X0RA 1E2YA 4G10A 1Z5YE 2PUKC 4MJBA 2CA8A 4ZBBA 3CRTA 1ZL9A 3O6TA 4EDYA 3TKSA 3EMXA 4MA9A 4HEA2 2JZTA 3QFAC 1B4PA 4WF5A 4E8EA 1XFLA 2E7PA 4PX1A 1SENA 5G31A 3MNGA 2L57A 5ENUA 1W89A 3I9V2 4V2LA 5ABRA 4WBRD 5IM9A 3VI5A 19GSA 3TCOA 4MH3A 5B8AA 3IOSA 4BVYA 3GSTA 2HLSA 3F9UA 2K6VA 2WGRA 1T3BA 3F6DA 1DUGA 3VK9A 4BVXA 5JCGA 4OCFA 1Z9HA 2IFQB 1PN9A 2HRFA 3TOUA 1LJRA 1B8XA 5G5EA 1HNCA 2A2RA 4I6XA 1ERWA 2MMNA 1OKTA 1O73A 2CX3A 4XS4B 6GSTA 1KEBA 1ON4A 3ZMLA 3QAGA 2DIZA 1XPVA 4IKHA 4KNDA 5CP1A 2B1KA 5DBQA 4N11A 4OFTA 2DLXA 2YWNA 5HR0A 3DXBA 4WF4A 2PVQA 3C1SA 2H75A 4OWYA 1GULA 1MD4A 5DDLA 2NTOA 4NHWA 1PL2A 2H8LA 1YKAA 3P90A 1TU8A 4G2EA 2RM5A 1ACVA 4KGIA 5G1LA 1V2AA 1ERUA 1X9SB 2R5GA 4WR5A 2JL4A 1FB6A 4OMVA 1XCCA 1K0NA 1QXHA 2BTOT 2R2JA 4ZB9A 6GSWA 1TI3A 3FR3A 1AQVA 2OE0A 4GCIA 3M9KA 4KE3A 4KDUA 2FD3A 5GZZB 1GSYA 4LMVA 2R37A 1KNGA 5ELAA 4JR6A 3FR6A 3G7IA 4MPGA 5D8IA 5G30A 1VRSD 4PNFA 2IMFA 5DCHA 3TUEA 4JU5A 2WFCA 3LXTA 5J41A 3TRPA 1J0FA 2ALBA 4GSNA 3LYPA 4NAXA 3MDKA 2VCWA 3HKRA 4J2FA 7GSSA 1ZGNA 5JWOB 4F0BA 5DJLA 3LSZA 1PSQA 1ZYQB 3GL3A 1GUMA 16GSA 4K0GA 5L71A 2ZCTA 5CRHA 2C80A 2IMDA 3HXSA 1G0TA 3ISOA 3M1GA 2I1UA 3GKNA 4EUYA 4O7HA 2H6XA 5C04A 4PXOA 2YP6A 3R2QA 4KCAA 2BMXA 2HZFA 2L6CA 1WPIA 1M0UA 2AJQB 1PX6A 2H70A 2YWIA 1OE8A 4IP6A 5AN1A 2X8HA 2FA4A 3KH7A 5G1KA 2V2GA 1A8YA 1YEXA 5J5NA 5CAXA 4WEYA 2JSYA 4ZIJA 4AJ6A 2DJ3A 2NDOA 4O92A 4TR1A 4RI7A 3UIWA 2V1MA 3L78A 4MZBA 3D0ZA 1J08A 4JEDA 4IVFA 2DJJA 1S3DA 6GSUA 1EV9A 3CXGA 2VAFA 3HJPA 3GL5A 3UEMA 4POLA 3EINA 1OE7A 3U5RE 2BJXA 1I5GA 2H1AA 5F0GA 2OJLA 3O3TA 2N5BA 3UBKA 2FHEA 1LU4A 3D6IA 4D73A 4POMA 5F8BA 2L4CA 2HZEB 1WIKA 1NM3A 3WYWA 5AISA 5DALB 5B8BA 5ECQB 1TRWA 4N30A 1USBA 4QL9A 2HSHA 2PVOC 3I43A 3CRUA 1MTCA 3AY8A 3IK7A 4EF0A 4PQHA 2GQLA 3ZIVA 5IMAA 4POKA 1A0FA 2P0GA 3GH6A 2E0QA 5FT3A 2V6KA 4XRAA 3GUSA 4HI7A 6GSYA 4EE0A 2XBQA 4ID0A 3KTBA 4AGSA 2H74A 1NHOA 5CREA 3LQ7A 1OVNA 3KXOA 1Z6NA 20GSA 1VF2A 4KA0A 5AIXA 3KZQA 3VFIA 1QGVA 1ERVA 1EGRA 1X5DA 2QC7A 3DWVA 4GQCA 1F2EA 2LRCA 4ZXGA 1ZMAA 4AF2A 2FY6A 3GTUA 3SWLA 1GUHA 1TU7A 1N8JA 4I97A 2GVPA 3IAS2 2VM1A 2B1LA 5IMZA 2VLVA 4KSMA 1H75A 1XIYA 2LQQA 3HZ4A 4D73B 1SL2B 2ZNMA 1XZOA 2PBJA 2X99A 5CYYA 3F0IA 4IS0A 2OE1A 4V2MA 3LEFA 5D9XA 2M72A 1XW9A 1WOUA 2AV4A 1DE2A 3D4MA 4ZB8A 3GX0A 1Q4JA 17GSA 1O85A 3IXRA 2OE3A 4F0CA 3VURA 1T4YA 2VL2C 1FAAA 3FHKA 2K18A 5F07A 3ZRDA 1EEMA 2B5XA 1R26A 4WKWA 4JE1A 2MBTA 1UC7A 1GSQA 2OKAA 2GT6A 5ECNB 1THXA 2CZ2A 2VLUA 5IO2A 4ISDA 1AC1A 3QAVA 1B9YC 3IR4A 4ECCA 5FHIA 4L8EA 2P31A 1DE1A 1F37A 1YEPA 3FZ5A 2RM6A 4HJMA 2JADA 3GX8A 2FWEA 1BG5A 3LG6A 4GF0A 3I69A 2A2SA 5ECPB 4TOPA 3QPMA 1U6TA 1TJDA 2E2MA 4FYCA 3DRNA 3Q6OA 1BQ7A 2C0FA 4TKYA 5F05A 3WD6A 2I9HA 3P7XA 1XWCA 2A4VA 3D22A 4K2DA 1HQOA 1V58A 2LJRA 4EL1A 2MBSA 3RDWA 2YWMA 3HDCA 3HY2A 2PWJA 5ECKB 4X43A 2WB9A 3EC3A 3KCMA 1T4ZA 3A5WA 1YZXA 4PNGA 5HR2A 3A2WA 2JZSA 5EL8A 2VCVA 2V41A 1TRSA 3QD9A 1F6MC 1V9WA 5IO0A 4POBA 3C8EA 2OA7A 4DSRA 1Z6MA 5IMVA 4IW9A 3HZ8A 1T7PB 3F4RA 5DQYA 1FO5A 5HFKA 4NXIA 1HNBA 3GURA 4ECIA 1S3CA 5A5KA 1ZZYA 2HI7A 3DVWA 4WXTA 1SL1B 2PMTA 1GSFA 1ST9A 4X0XA 3FYGA 2GLRA 4Z7XA 1K3LA 3RHBA 1R7HA 4L5OA 3P8WA 1G7EA 2CAQA 2R4VA 1QFNA 2HT9A 1PX7A 4DEJA 1SKRB 1S3AA 2RUFA 3C7MA 5DVBA 1OC3A 2H0IA 1WE0A 1YF1A 2QSIA 3TJBA 4DSQA 2C3TA 2LV3A 2IJYA 3F63A 1X9WB 4IP1A 4EKZA 3ZFLA 1M2AA 2GZYA 2GQKA 5ECMB 4CW9A 3H79A 3F8UA 4DSSB 1GP1A 5A4WA 3IDVA 3DKSA 3GH9A 1GUKA 1XWGA 2IMIA 1GTBA 5LCZA 4XS1A 4Q5NA 3FW2A 3HHVA 2LJAA 2NVLA 3LJRA 4ECBA 4MZWA 5DAKA 4HQZA 4ULXA 4MJCA 2FGXA 2YZUA 2K9FA 4HZ2A 4CHSA 3IA1A 1DSBA 5COHA 2G2QA 3WGXA 3N9JA 1B48A 4OO4A 2WJUA 4NHZA 4MZCA 3TKRA 4K0NA 1Z3EA 4XTSA 1YKCA 3H93A 4G19A 2WULA 2OBIA 3N5OA 3FZ9A 5EY6A 1K0MA 1OC9A 1SJIA 3DEXA 2ES7A 3QMXA 2B7KA 1JLWA 5ECRB 1QK8A 3BBYA 4N10A 3NIVA 4OD7A 1TK0B 3EWLA 2DJ0A 3NZNA 1OAZA 4XHMA 4XRDA 4F03A 1EOGA 1GWCA 1X5EA 4JZQA 3TGZA 2J9HA 2XPDA 2LSTA 2LTKA 4HDEA 3RHCA 1MDJA 4JBBA 3HVSA 2AUVA 2YJHA 4MABA 2GZPA 3MAKA 3U6VA 5HFIA 5DQSA 2H19A 1WMJA 2HYXA 1OYJA 2KP2A 2C4JA 5LD0A 1TK5B 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chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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