2V51B

Structure of mal-rpel1 complexed to actin
Total Genus 122
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
122
sequence length
367
structure length
351
Chain Sequence
b'TTALVCDNGSGLVKAGFAGDDAPRAVFPSIVGRPRSYVGDEAQSLTLKYPIEHGIITNWDDMEKIWHHTFYNELRVAPEEHPTLLTEAPLNPKANREKMTQIMFETFNVPAMYVAIQAVLSLYASGRTTGIVLDSGDGVTHNVPIYEGYALPHAIMRLDLAGRDLTDYLMKILTERGYSFVTTAEREIVRDIKEKLCYVALDFENEMATAASSSSLEKSYELPDGQVITIGNERFRCPETLFQPSFIGMESAGIHETTYNSIMKCDIDIRKDLYANNVMSGGTTMYPGIADRMQKEITALAPSTMKIKIIAPPERKYSVWIGGSILASLSTFQQMWITKQEYDEAGPSIVH'
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule keywords ACTIN, ALPHA SKELETAL MUSCLE
publication title Molecular basis for G-actin binding to RPEL motifs from the serum response factor coactivator MAL.
pubmed doi rcsb
molecule tags Structural protein/contractile protein
total genus 122
structure length 351
sequence length 367
chains with identical sequence D
ec nomenclature
pdb deposition date 2008-10-01

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
B PF00022 Actin Actin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 2v51B01
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 2v51B02
3.90.640.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Actin; Chain A, domain 4 Actin; Chain A, domain 4 2v51B03
5BRDA 3CHWA 5CE3A 4CZJA 1GLDG 1P8ZA 3EO3A 2Q36A 3GDQA 1GLJO 2A5XA 3CJ1A 2GELA 3TU5A 3FZLA 4B1YB 3FZFA 4FOIA 5AZJB 1HLUA 3FZKA 3DXMA 2QWQA 5ELZA 2NZTA 3VETA 1RFQA 1RGIA 2IIRA 2GTDA 2FXUA 3VEYA 3DXMB 3A8YA 2ASMA 2P9LA 2PBDA 4M7YA 2P9LB 4GY2B 4BQZA 2QWMA 5AQJA 5AQIA 2QWRA 4BRFA 1BDGA 1XC3A 5B8HA 2P9KA 4IJNA 1T6DA 4AM6A 4EFHA 4HWIA 2P9KB 4BRGA 3ENOA 3KZBA 3VF2A 4FO0A 1U2VB 4ISEA 2E8AA 3A5MC 4B1VA 1T6CA 2D1KA 5BPNA 4BR9A 3QICA 3FZHA 4BGAA 1V4TA 5F2RA 3FZMA 1MWMA 2ZGZA 5AFUA 3EN9A 3MN6A 3MN9A 4JAXA 3MN5A 4WQ5C 2V7ZA 4WQ5A 3O08A 3BP8A 5EY4A 3SLCA 4H5VA 4B1ZA 3F9MA 1U6ZA 3HTVA 4IWVA 3W0LA 4B1UB 2HF4A 2Q97A 1BA0A 4K25A 5AQZA 4BRKA 2QWNA 4FWKA 3VEZA 5BRHA 5KQ8A 3ZX3A 3LDPA 5EVZA 3ZX0A 3VEOA 3UKUA 3WEEA 1NGHA 5AR0A 1LOTB 2QWOA 5FPMA 3UKUB 1BO5O 3AY9A 3WEEB 3VENA 5AQYA 4BRHA 1TUYA 4HTLA 4RCHA 3VF6A 1E4FT 4BG9A 5ADXA 3VERA 5KPTA 2UYTA 1KAZA 3MCPA 3ULEA 5AQPA 3DAWA 3MN7A 3H45C 5AQQA 1HUXA 1C0FA 3ULEB 4BR7A 1V4SA 3VEWA 2I7NA 4NB4A 3U8XA 4CZFA 1EQYA 4JNEA 2QWLA 3QFUA 2A6AA 5AQUA 3QBWA 1ATNA 2ZF5O 4C23A 4FWOA 4A2BA 2V7YA 3J8AA 2DPNA 1NGDA 2WUSA 3H3NO 3MDQA 2A40A 4CZEA 1GLEG 4JHDA 3WXKA 3GE1A 2GWJA 1IG8A 4BREA 4CBUA 5BREA 2FF3B 4QS9A 1DGKN 3M6GA 3QFPA 5F0XA 2H3GX 3CERA 1DKGD 2P9SA 4FWSA 4FPBA 2E88A 3O1BA 4O5FA 3VEVA 4PL8A 1GLAG 2E1ZA 1NGFA 2YJFA 2P9NA 1YAGA 2Q1NA 3CJAA 1BA1A 5AQNA 2P9NB 3IUCA 1XQSC 1SQKA 1C0GA 2E1YA 4H5TA 4JD2A 5AQMA 1MDUB 3BF3A 3ZX2A 3LM2A 4RTFD 1HPMA 2HF3A 1NGGA 3RSEA 3VGKA 2D0OA 5AQWA 3JS6A 4IO8A 4CZGA 3ENHA 2YHWA 1MA9B 1QHAA 5EOYA 4BRLA 3D2FA 1YUWA 2D4WA 2E2OA 1ZXOA 3WT0A 2YHYA 3D2FB 3MMVA 3P4IA 4BQLA 3HSCA 2YCHA 1BU6O 2ASOA 4FSVA 3WQUA 3HM8A 1QQNA 4BRIA 2BUPA 4CI6A 3LDLA 4BRMA 2FSNA 1NBWA 1NGCA 3HI0A 1NGAA 1NGJA 2FSKA 3M3ZA 1TYQA 4H0VB 2CGLA 2VYPA 4AM7A 2IVNA 4H5RA 4K43A 3B8AX 4A62A 3CQYA 4BRDA 3FE1A 3H6EA 2OANA 1R59O 4EAHD 4H5NA 3SK3A 3O5BA 2W40A 4FPAA 1CZAN 4E1JA 2EWSA 2Q2RA 5BN9A 2YI1A 4BC4A 2YHXA 4EHUA 2FLOA 3H1VX 5TKYA 1JCGA 3WXLA 4BROA 2D0PA 4RWTA 3WXJA 2Q31A 1LCUA 1WOQA 1D4XA 4B1WB 4CZMA 1JCFA 3WXIA 3CJ7A 4BR2A 2GEMA 3AAQA 5EX5A 3I8BA 3EZWA 5AQSA 5AQKA 3H3OB 3GG4A 3OHRA 3SMSA 4O8KA 1NGBA 2VCPA 2ZWHA 1X3NA 3CI5A 3QB0A 4BVOA 4MLEA 2YJEA 2E2NA 3R8EA 3ID8A 4DB3A 2IVOA 3VOVA 1QQMA 4ISGA 5LJWA 4LC9B 2P9UA 5AQOA 2KHOA 3CIPA 1ATRA 4BC2A 1DEJA 3GOIA 4QS7A 3O80A 2A3ZA 2P9IA 5LY3A 1H1VA 2BTFA 2P9IB 3QMLA 1S3XA 2I7PA 3ZEUA 5I9EB 3VF4A 5KQDA 3S41A 3BEXA 3DJCA 3ZEUB 1QQOA 2Q0UA 1IJJA 3WQTA 3KHYA 2AA4A 3ATUA 1E4GT 3VGLA 1GLLO 2A42A 4WYBA 4H0TB 3H46O 4XEIA 4JHDB 3G25A 3DXKA 3IMXA 3UE5A 5AFUH 4BR5A 4IJAA 2FSJA 3DXKB 3SMPA 2F9TA 4BRNA 3M1FA 3R6MA 2NLXA 2ZGYA 4FL9A 4GNIA 3VPZA 3UKRA 2P9SB 3LL3A 1K8KA 4CZIA 1HKGA 3UKRB 1X3MA 4B9QA 2J4RA 1K8KB 3R9PA 1NGIA 2V51B 3O8MA 1HX1A 4H03B 5AQTA 1T44A 1BG3A 2A41A 3CJBA 4CD1A 5AQLA 3UB5A 4H0XB 3AARA 4NO7A 3GL1A 2NRHA 4JD2B 2QXLA 3O6WA 4IZ9A 5E84A 1QZ6A 4PKHA 1YXQA 3JXUA 3RSEB 1NMDA 3CJCA 4H5WA 1BOTO 4F9OA 4CZHA 4CBWA 4H0YB 5JICA 3O4WA 2GUPA 5BR9A 3CETA 4XH4A 3L6QA 3QBXA 4BC5A 3KVGA 5ADXH 5FPDA 3FR0A 1G99A 5F1XA 1RDWX 4Y0WA 5AQXA 4M7XA 4I6MA 5AZJA 2QM1A 2CH6A 2V52B 2CGJA 2QW9A 4I6MB 3L0QA 5E26A 2HOEA 4A61A 1ZBSA 4K41A 4PKIA 5BPMA 3HZ6A 2P9PA 3ATVA 1TYQB 5AQVA 4DCHA 2P9PB 3BF1A 1KAXA 1SZ2A 1BUPA 3DWLA 1J6ZA 4JN4A 1Z05A 1U2VA 1Y64A 3GBTA 4FOEA 3IDHA 3CJ9A 2E2PA 1HKCA 2QWPA 4BRCA 4MO5A 1ATSA 4CD3A 4YDUC 5BN8A 3BUZB 4YDUA 5AQGA 1GLBG 1YVNA 2W41A 4J8FA 4FWPA 1KAYA 2ASPA 3AAPA 5AQHA 4BVPA 1KXPA 1MWKA 3C7NA 4FWLA 3C7NB 5KPRA 4BGBA 2E2QA 1S22A 4BR4A 4FWNA 4BR0A 4A2AA 3L4IA 4B1XB 4BG8A 3D2EA 1Z6RA 1NLVA 4ISFA 1ESVA 3FGUA 4L3QA 2ITMA 3EKUA 4CJ7A 4PL7A 3D2EB 3HBTA 1HJOA 5KPZA 3MK6A 3LDOA 2P9UB 4M63C 2AP1A 5JLFA 3FFKB 5FPNA 3O1WA 5JMVA 4FWMA 3WUHA 4EIAA 4QS8A 3VESA 3A0IX 3VEXA 1X9JA 5BPLA 4H0PA 4BRAA 4EHTA 3D7EO 3ZETA 4CZLA 3QDKA 4CBXA 3ZETB 4IXCA 2HMPA 1SAZA 5AZIA 3U4LA 4FWQA 1Q18A 2IVPA 2Q0RA 3LM9A 4H0OA 5AZIB 1JCEA 5EXWA 2FF6A 3SJHA 4BRQA 1TUUA 3TPQA 4Z94A 4BC3A 1WUAA 5LJVA 1ZC6A 4KBOA 3A5NC 4CZKA 4MLHA 3W3DA 3LDQA 4K42A 5FPEA 2F9WA 3EL2A 3LDNA 3C0BA 4MO4A 1GLFO 4DHYA 5BRFA 1GLCG 5AQRA 3H1QA 4FWRA 1XUPO 1NWKA 2GWKA 4WQ4C 1NGEA 4WQ4A 5JLHA 3U9ZA 4BRPA 3U9DA 5AQFA 4XH5A 3FLCO 4DQ8A 2CGKA 4PKGA 1HKBA 3EKSA 3I33A 3A5OC 1OKJA 1NM1A 3A5LC 2VWBA 4XH1A 1QZ5A 3CQXA 3IFRA 2E20A 3VGMA 2CH5A 1BWFO 2PAVA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3EE8A 1EX4A 5CE3A 3LP1A 1HJRA 1LW2A 1NK9A 3HP6A 5MLCQ 3C6AA 4WE1A 1GLJO 3TTDA 2KFZA 2O8DB 5JS1A 3FZLA 3QIPA 4HUEA 3KTQA 2HSTA 2QWQA 2Y1JA 3L2QA 1KFDA 4Q5VA 3KLEA 2ZJQL 2O8BA 3DOKA 5AQIA 4BRFA 5J2NA 5KRSA 3I55N 3CPWM 4IFEA 1T6DA 4IBNA 3AVNA 1QSLA 2E8AA 1T6CA 2D1KA 5LL6Z 3DOLA 4DFJA 3ZSQA 3WNEA 2AJQA 4CEBA 4CJQA 3K57A 3EEQA 3KWIA 5IT9O 4CEZA 2D0AA 3MN9A 4A57A 1C1AA 2V7ZA 1QS4A 4WQ5A 3O08A 3ZSYA 3SV4A 4YORA 1LWFA 1RCHA 1NK4A 3O3HA 3F9MA 2IOCA 4Z4CA 3LP0A 4IWVA 4B1UB 3V81A 5AQZA 1NK5A 3SAFA 4G1QA 4E7KA 3U3YA 3BY5A 1O13A 3S9HA 4PQUA 4K0KK 2NUBA 4E0DA 5EVZA 3ZX0A 3VEOA 5FPMA 3M8RA 1NKCA 4CEQA 3MXIA 2NRZA 1EO1A 3B6OA 2KQ2A 4O4GA 3QESA 3CXCM 4HTLA 4N56A 3CCJN 1KRPA 2QXFA 4RCHA 1U47A 3RR7A 4OLAA 1UA0A 1OH7A 4DR2K 3MN7A 2NRTA 3PSFA 3KJVA 4LH5A 5HRRA 3ULEB 1KCFA 1ASVA 2YHBA 4NB4A 2ZD1A 3U8XA 4CZFA 4DFKA 2WTUA 4DV3K 5J2MA 1ATNA 1T05A 2E5LK 1C6VA 4C23A 2OZMA 4LF4K 4A2BA 1NGDA 2WUSA 3H3NO 3MDQA 2A40A 1QQCA 4JHDA 4Z4HA 4JKAA 3RMBA 2PZSA 1UOCA 4CBUA 1OH5A 3DLGA 2FF3B 3LP3A 1DGKN 3M6GA 4OLBA 4FWSA 3OW2M 1SV5A 4O5FA 3VEVA 4PL8A 2EX3A 1NGFA 1YAGA 5FROA 3L3VA 4DLEA 1VQNN 4BE7B 1C0GA 4JI0K 3WXMB 4H5TA 5E41A 4FJIA 4RTFD 4FJ5A 2HF3A 3AO2A 2D0OA 1KC8O 3JS6A 4CZGA 4E19A 1IBKK 2YHWA 4FZZA 3T19A 4BRLA 3D2FA 4JKBA 2HVHA 2HW3A 1ZXOA 3ID6A 2BGGA 3NFAA 4FSVA 3O9SA 3SQ1A 1JKHA 1QVGM 2YHAA 3TTCA 4BRMA 2DY4A 5DMRA 4B9UA 3M3ZA 3BZCA 2KFNA 2CGLA 2VYPA 2A1SA 3ZT2A 2HHQA 4FLTA 3G10A 3FE1A 1SUQA 4KREA 3DRSA 3MXJA 4M45A 4IFVA 2Q2RA 1WB9A 3NF8A 4BC4A 2DFHA 4EHUA 4JLHA 2VQFK 4F2RA 5TKYA 3WXLA 3KLFA 4ICLA 3O4NA 1CLQA 4KHQA 1JCFA 4BR2A 2GEMA 3AAQA 3I8BA 1VSEA 3GG4A 3SMSA 2G8WA 1NGBA 4MLEA 1RDAA 2OTLN 2E4LA 4DB3A 2G8HA 4FJHA 1QQMA 3TAQA 2YNFA 1JLCA 2P9UA 4IOCL 2KHOA 3CIPA 4DQSA 1HNWK 3PO4A 1LV5A 1ZYQA 2P1JA 3V4IA 1VQ7N 4MFBA 1NU0A 1U04A 4CHNA 5H1SQ 4W5OA 2P9IB 1S3XA 1VQ6N 4JK7A 3T1AA 3S41A 4XIUA 2XY5A 4Q0BA 1RTIA 3DJCA 3THWA 2HBKA 4TSXA 3VQBA 1YVUA 1IBLK 4M3UA 3WQTA 1HPZA 3KIOA 3NVKA 1BHLA 3CMAN 4DFMA 3K59A 4FZXC 4JHDB 3G25A 3EYZA 4BR5A 4Z4IA 4RW8A 1IKWA 1TK0A 1VSHA 4H4MA 1TK5A 4BRNA 2O8EA 4GNIA 1S1WA 4OPAA 1K8KA 3HP9A 3O8MA 1S9EA 1HX1A 4H03B 3DMJA 2QI2A 5AQTA 4CD1A 3PX4A 5AQLA 3T69A 3GL1A 3HSTB 3F5TA 2JWKA 4NCGA 4DV2K 5E84A 4Z4EA 4PKHA 3JXUA 3IRXA 1S72N 1KVAA 3C6UA 2OZSA 3E01A 4XH4A 4IEIA 5FPDA 3J7ZO 1TKZA 4B3TK 3OYKA 4QCLA 1S9GA 5HRNA 3MEDA 4DQPA 2D0BA 4N76A 3LWMA 3D45A 3SJJA 1BQNA 2QW9A 4I6MB 3MX2A 3ZSOA 2RPIA 1B9DA 1SS6A 4B9TA 2HOEA 3LPTA 1K8AO 5BPMA 3OYLA 5AQVA 1C0UA 4IFYA 4G9ZA 3TAFA 1BUPA 3V1OA 4CJVA 4JN4A 1U2VA 2Z1GA 4FLVA 4DSIA 4FOEA 1HKCA 3OYBA 4BRCA 4MO5A 3MCAB 3BUZB 4E72A 5AQGA 1NJZA 2O8CA 2NRVA 2W41A 3EZ5A 4FWPA 3NCIA 3AAPA 4CJ4A 4FJ9A 3MEGA 1JLGA 1KXPA 1X9SA 1RILA 3VQ7A 4LY7A 4FWLA 4DU1A 1S22A 3OYIA 3L4IA 3QEVA 2I5JA 1SKRA 4CW7B 4PL7A 3PIOL 3LDOA 2P9UB 3AA3A 4DR7K 4GW6A 1N33K 1CXUA 4JI5K 4CHYA 5M1OA 4MQ3A 5JMVA 3HOSA 2OPQA 5SWMA 3VESA 1X9JA 4M3ZA 3G0ZA 5BPLA 4DTNA 3D7EO 3TANA 2GV9A 1W7AA 4NCAA 4CEAA 3KWGA 4IXCA 4IOXA 2DFEA 2XO7A 4HUGA 1SAZA 2UUCK 3U4LA 3OVNA 4FWQA 3LM9A 5I3UA 3CCMN 2NRWA 1L3VA 5CZ1A 1TUUA 3TPQA 2Q3SA 3J80O 5LJVA 3VQCA 1VQ9N 2E6MA 2F4VK 1JLBA 2RE2A 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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