2V51B

Structure of mal-rpel1 complexed to actin
Total Genus 122
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
122
sequence length
367
structure length
351
Chain Sequence
TTALVCDNGSGLVKAGFAGDDAPRAVFPSIVGRPRSYVGDEAQSLTLKYPIEHGIITNWDDMEKIWHHTFYNELRVAPEEHPTLLTEAPLNPKANREKMTQIMFETFNVPAMYVAIQAVLSLYASGRTTGIVLDSGDGVTHNVPIYEGYALPHAIMRLDLAGRDLTDYLMKILTERGYSFVTTAEREIVRDIKEKLCYVALDFENEMATAASSSSLEKSYELPDGQVITIGNERFRCPETLFQPSFIGMESAGIHETTYNSIMKCDIDIRKDLYANNVMSGGTTMYPGIADRMQKEITALAPSTMKIKIIAPPERKYSVWIGGSILASLSTFQQMWITKQEYDEAGPSIVH
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule keywords ACTIN, ALPHA SKELETAL MUSCLE
publication title Molecular basis for G-actin binding to RPEL motifs from the serum response factor coactivator MAL.
pubmed doi rcsb
molecule tags Structural protein/contractile protein
total genus 122
structure length 351
sequence length 367
chains with identical sequence D
ec nomenclature
pdb deposition date 2008-10-01

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
B PF00022 Actin Actin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 2v51B01
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 2v51B02
3.90.640.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Actin; Chain A, domain 4 Actin; Chain A, domain 4 2v51B03
1H1VA 4YDUC 1CZAN 4BC3A 1SAZA 1WOQA 2CH6A 3KHYA 5F0XA 2BTFA 3UB5A 3U9ZA 4CI6A 1T6CA 5EY4A 5AR0A 2Q31A 2EWSA 3VGLA 3WXKA 1HJOA 3WXJA 2P9SB 3UKRB 2E1ZA 2AP1A 1X3MA 1QQMA 1ZXOA 2HOEA 3HBTA 4A61A 3ZEUB 4CZFA 3MN6A 3DAWA 4CD3A 3AAQA 3D2EB 3HTVA 4MLEA 5FPMA 3UKUA 1QHAA 3KZBA 3L6QA 3ZETB 2J4RA 4HWIA 2V7YA 2YHWA 1GLCG 2HMPA 3O6WA 2A40A 4H5WA 3UE5A 3U8XA 2NLXA 4H0YB 2I7PA 4CZGA 4CZLA 2P9IB 4QS8A 3KVGA 4IXCA 4QS9A 4FL9A 3CERA 3QMLA 4JD2B 4WQ4A 1LOTB 2YHYA 4EIAA 1OKJA 4H5RA 1TYQB 2NRHA 2FSKA 2QM1A 3CJCA 4IWVA 5F2RA 2QWOA 3O4WA 3FGUA 5AFUA 5BR9A 2A42A 4MLHA 2FXUA 3ULEA 1KXPA 3W0LA 1WUAA 4FWKA 3GL1A 3M6GA 3HI0A 3WT0A 2QWRA 1IG8A 1BU6O 2GTDA 4BC2A 4FWRA 3R9PA 5LJVA 1MWMA 1IJJA 1QQNA 4FOEA 3ZX2A 5TKYA 3WXIA 4FWOA 1HPMA 2D0PA 2E2NA 3A5OC 1DKGD 1RGIA 2A6AA 1D4XA 2OANA 3G25A 4BRAA 4JAXA 4B1XB 3DXKB 2P9LA 4H0VB 2QXLA 3RSEA 1Y64A 4BRNA 1DEJA 1ZC6A 2CGLA 5LY3A 3QFUA 5KQDA 4BRPA 3BF3A 4BRDA 4PKGA 1ATSA 4YDUA 3A8YA 2P9UA 5JICA 2GWJA 1HUXA 2P9PA 3TPQA 3EL2A 3F9MA 5AQHA 2F9TA 2FSJA 2ZGZA 3C7NA 4BRFA 3UKUB 3WEEA 1QQOA 2Q0UA 3A5MC 3H1VX 4H0OA 4ISGA 4O8KA 4J8FA 3A0IX 1GLAG 2BUPA 5ADXH 1XQSC 5AZJA 4ISEA 1BA1A 2VWBA 4FO0A 4BGAA 4AM7A 4IJNA 2Q1NA 2VCPA 5KQ8A 3JS6A 1Q18A 4BVOA 1MDUB 4BR4A 3CJBA 3IMXA 4WYBA 1V4TA 2ASMA 2Q2RA 4GY2B 1HKCA 4M7XA 1ATNA 3VENA 3W3DA 5BRDA 2ZWHA 3GE1A 1BG3A 3OHRA 4BRCA 3ULEB 1NGGA 3MCPA 1U2VB 5JLHA 2P9NA 4HTLA 3EO3A 3SJHA 4BQZA 4XH1A 1MA9B 4H5TA 2CGJA 5EVZA 1BDGA 3DXMB 2IVOA 3U9DA 5BPNA 1NGDA 3VERA 5BRHA 4XH5A 2FSNA 1KAXA 1NGIA 3MDQA 4RWTA 2IVPA 3CIPA 2ASOA 1GLJO 3HSCA 3JXUA 2D0OA 2Q97A 5AQSA 2P9LB 4CZKA 3CHWA 4I6MA 4EHUA 3ZX3A 2HF4A 3L4IA 4BC4A 2QWPA 3ID8A 5BN8A 1Z05A 5ELZA 4NB4A 3LDPA 5AQJA 3VF6A 3WQTA 2P9UB 2FF6A 2A5XA 3CJ9A 2AA4A 3VEXA 2P9PB 4XEIA 4B1YB 1RFQA 3VGKA 4A2BA 5AQUA 4BREA 3O80A 3C7NB 2E8AA 4JHDA 1KAZA 3DJCA 3WEEB 1X3NA 4EAHD 2QW9A 3CJ7A 4CJ7A 1KAYA 1NMDA 3LM9A 4K42A 3FZLA 5AFUH 5AZJB 3CJ1A 3O1WA 4BR5A 2V7ZA 3CQXA 4BQLA 2D1KA 3GDQA 3IDHA 1S3XA 5FPEA 4PL8A 3AY9A 3VEYA 3QDKA 2H3GX 4B1WB 2ZF5O 3GBTA 1GLLO 5JLFA 1T6DA 3CETA 3LM2A 2FF3B 5AQTA 4CZEA 3B8AX 4IZ9A 4FWPA 3I8BA 3AARA 1U6ZA 2Q0RA 1YUWA 3I33A 2IVNA 5KPRA 3BF1A 4B1VA 1DGKN 2P9NB 2P9SA 3EZWA 3VOVA 3ENOA 3GG4A 2E2QA 4QS7A 5AQLA 2V51B 4BR2A 3FZKA 1C0FA 1GLBG 4CZMA 4K25A 2PAVA 2HF3A 4FWLA 2FLOA 1QZ6A 3H1QA 4RCHA 3A5LC 3MN9A 1Z6RA 3ZETA 4BRIA 3O8MA 5BPLA 4H0XB 3R8EA 2QWLA 5AQPA 3VF2A 1S22A 1X9JA 3H3NO 3QBWA 2GEMA 2YJEA 5AQXA 4CZIA 1K8KA 5BRFA 4H0TB 4I6MB 2A41A 3D2FA 2E88A 3VEVA 4JNEA 3O08A 5AQWA 4BRMA 3C0BA 5FPNA 1V4SA 1ATRA 1TYQA 2YHXA 1LCUA 2QWMA 3QB0A 4B1UB 1JCGA 3LL3A 3H45C 4GNIA 3WQUA 5AQKA 4JHDB 5F1XA 3ENHA 5E26A 2ZGYA 4A2AA 3S41A 5AQYA 1C0GA 3FZMA 1SZ2A 3GOIA 5AQGA 4XH4A 4BC5A 1E4GT 4CBXA 4MO5A 3LDOA 3MN7A 4PKHA 4K43A 2DPNA 1G99A 4H5VA 2CGKA 4CBWA 5BN9A 1BO5O 4BRQA 2E1YA 5EX5A 4F9OA 3MMVA 1NGBA 2YCHA 2W40A 2P9KA 5AQNA 4DQ8A 3U4LA 5AZIA 3HZ6A 5E84A 1GLEG 5AQRA 3RSEB 4B9QA 3FFKB 4CZJA 4NO7A 5AQVA 3VEWA 2ASPA 3BEXA 4LC9B 4BR0A 3ATVA 1RDWX 5AQZA 2KHOA 5BPMA 2E20A 3SMPA 3FR0A 3HM8A 2GWKA 3BUZB 5JMVA 3CI5A 3ZX0A 1NGJA 4IJAA 4WQ5C 5KPZA 1JCEA 1HKBA 1XC3A 4ISFA 2ITMA 3J8AA 1BWFO 1T44A 1NGHA 4Y0WA 1K8KB 4FWMA 2IIRA 3D2FB 3FZHA 4M63C 3SMSA 1E4FT 1R59O 1HLUA 4MO4A 4M7YA 4AM6A 1NGFA 3BP8A 1NM1A 3QBXA 4FPBA 5AQIA 2YI1A 2CH5A 2UYTA 3FLCO 4A62A 3VESA 1NWKA 2V52B 1NBWA 3CJAA 2VYPA 3H6EA 2WUSA 3DWLA 2E2OA 1EQYA 3ATUA 2W41A 5AQQA 2I7NA 2GELA 1BA0A 4K41A 1YXQA 2F9WA 3EKSA 3FE1A 3LDLA 5AQOA 1U2VA 4BG9A 5EXWA 5CE3A 3UKRA 3DXMA 3IUCA 4FWQA 5EOYA 3VETA 3CQYA 3P4IA 1GLDG 3ZEUA 4L3QA 3SK3A 1BUPA 1BOTO 1QZ5A 4BRKA 3H3OB 3D2EA 4BRGA 5B8HA 4BRHA 3VEZA 1XUPO 2PBDA 4IO8A 1TUUA 2GUPA 3M3ZA 2P9KB 3FZFA 4EHTA 5AZIB 1MWKA 4FSVA 3VEOA 4DB3A 3VPZA 2QWNA 2YJFA 5I9EB 4WQ4C 2QWQA 1ESVA 4C23A 3AAPA 2P9IA 3EKUA 4EFHA 3O1BA 4H03B 1NGAA 4FOIA 3LDNA 3R6MA 3SLCA 3MN5A 3WUHA 4BROA 4JD2A 2NZTA 4CBUA 1TUYA 1NGCA 2Q36A 3IFRA 3MK6A 5FPDA 1YAGA 5AQMA 4B1ZA 1JCFA 1SQKA 3QFPA 4RTFD 1YVNA 4FPAA 1ZBSA 4DHYA 4H0PA 5ADXA 3D7EO 4CZHA 1NGEA 4KBOA 1NLVA 4E1JA 3LDQA 3WXLA 3L0QA 4JN4A 4DCHA 4FWNA 3EN9A 4Z94A 3M1FA 4PKIA 4WQ5A 4BGBA 1HX1A 3VF4A 4CD1A 1P8ZA 4PL7A 5KPTA 5LJWA 1HKGA 4BR7A 5BREA 3QICA 2D4WA 3VGMA 3O5BA 4O5FA 4BR9A 4BRLA 3TU5A 3A5NC 4H5NA 2E2PA 4FWSA 4BG8A 4BVPA 5AQFA 3H46O 1GLFO 3DXKA 1J6ZA 2A3ZA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1H1VA 5DK5A 4X65K 4PWDA 2CH6A 5F0XA 3UB5A 3U9ZA 3MEEA 5AR0A 3TTFA 3VGLA 2XY8A 1FXXA 2AP1A 2HHQA 3NHGA 3MN6A 4CD3A 3HTVA 4ICLA 3UKUA 1VHXA 4L8RB 3ZETB 4CEOA 5J2PA 3CXCM 1T05A 5HRNA 1A5XA 1BL3A 3SV4A 4Z4IA 4KFBA 4O4GA 3WNHA 1SV5A 4LH5A 4FYDA 3CERA 4FJ7A 3O4QA 4WQ4A 2OCEA 4O55A 4H5RA 4CJWA 1TYQB 3BZCA 1OVQA 4IFYA 4CJRA 4B3OA 3BZKA 5BR8K 1KC8O 3ZT1A 2O4IA 3OBYA 4FJ9A 3FGUA 3LAMA 3ZSZA 3HPGA 2ZJPL 3ULEA 2WBNA 4FM2A 1IKVA 3NH1A 2UUCK 3P5JA 3HI0A 3O9RA 4C8LA 1JLAA 2QXFA 3R9PA 3CC4N 1HR0K 3NMUA 1VQON 4JK7A 3PLAA 5TKYA 1QVFM 4FWOA 1LWFA 1HPMA 1SL2A 1JJ2M 4OKKA 3ZSRA 1HPZA 1S1VA 5KRSA 1D4XA 4KHNA 1VSJA 3G25A 4NCAA 4JAXA 3DXKB 2DFFA 4BRNA 3OYJA 3SCXA 3CCQN 4YOWA 4DU1A 4DF4A 5DMRA 3QFUA 3G0ZA 4PKGA 3ZT0A 3NE6A 1ATSA 4YDUA 3CMAN 2HNDA 4FLZA 4B9NA 2HBLA 5HROA 2IC3A 3AVNA 4EP5A 3EL2A 4YOXA 1VQKN 3F9MA 2FSJA 3C7NA 1KVCA 3TAPA 2OTLN 1QQOA 1VSKA 2Q0UA 3H1VX 4ISGA 4N56A 1N8RO 4WFAL 4B9SA 2W6LA 2VG6A 5HP1A 4IOXA 1QQCA 3T1AA 2Y1JA 4W5TA 1YJ9N 3QESA 3SBTA 1N6QA 3NF6A 1Q9YA 2YNHA 2RHKA 5BRDA 2QEXN 3OW2M 2OPQA 1BG3A 1OH8A 3MCPA 2P9NA 4F2SA 3D6RA 3LP2A 5J2QA 1MA9B 1BI4A 1XMQK 2CGJA 3CFOA 5EVZA 1WLJA 3DXMB 3L2UA 2IDOA 3RR8A 2GUIA 3H08A 3L2RA 5KGWA 4KHUA 3E01A 5FRNA 4CIFA 2ATQA 1YITN 5I3UA 3AVHA 3HSCA 4O0IA 2Q97A 3EYZA 4FK2A 3IKMA 2YKMA 4I6MA 2O8CA 4BWJA 2HF4A 4BC4A 4DTSA 2QWPA 2X6SA 3ID8A 4JEPA 3HOTA 3NH2A 5AQJA 3VF6A 2QK9A 3V1RA 3VEXA 4OVLA 5SWMA 1RFQA 2XY5A 4DFKA 4JI0K 3T1YK 4F3OA 1KFDA 2ZE2A 4NXNK 1BISA 4JKGB 1YTUA 4FLXA 1HYSA 5AZJB 4O0JA 2V7ZA 3CQXA 1WBDA 1NJXA 3NGIA 3GDQA 1S3XA 4CJLA 1HRHA 3VEYA 5C10A 1OVYA 3GBTA 5JLFA 1BHLA 3LM2A 4WFNL 5AQTA 4FWPA 3OJUA 2IVNA 3OBWA 2RPIA 2VWKA 1DGKN 1LW0A 4CEDA 3GG4A 3EEQA 2V51B 2VG5A 3I0RA 3ZSWA 4BR2A 4KH4A 3ZSXA 4YOYA 1C0FA 3KK7A 2HF3A 3KD1E 3AVMA 4OKEA 3A5LC 1JL2A 3ZETA 1TKTA 4HTUA 3KLFA 1S1WA 1YJNN 3AO4A 4DU3A 4FK4A 3QEVA 2GEMA 2YJEA 3NVMA 1BGXT 3KK1A 3CCRN 1F21A 2A41A 4JV5K 1X1PA 4FCYA 1V4SA 4JI1K 1NMNA 5GAGP 5M1FA 4CESA 1XHXA 4GW6A 1TYQA 2YX6A 4PY5A 3QB0A 4B1UB 4OPHA 3LAKA 2NNWA 4GVEA 3H45C 1N34K 4JHDB 1M1KO 2ZGYA 2D0CA 5AQYA 3GOIA 2IAJA 4CGJA 3O4NA 1RT4A 4CBXA 3SBGA 2G8VA 2HHTA 4YY3K 1IBKK 4K43A 3PSIA 4O5BA 2IS3A 3HYFA 3VQ9A 3OYHA 3AVAA 4RW8A 5HRSA 2O8EB 4B9UA 3O9UA 4DQ8A 1TGOA 1XI1A 1S1UA 1VRTA 4N76A 3MWTA 5IWAK 3TAQA 1TK5A 2RN2A 4B9QA 4AHSA 3FFKB 4IFVA 3AVFA 1KSPA 3ULDA 2OPRA 4DSFA 3SNNA 2KKZA 1TVRA 1W2BM 3FR0A 3U3YA 3DOLA 5LL6Z 3AVIA 1I39A 3CCSN 2WFBA 5KPZA 4IJAA 1DT9A 4CF1A 4MFBA 4ELUA 4CHZA 1XC3A 1BWFO 4CFCA 1T44A 1O13A 4Y0WA 4FWMA 3S3OA 2IIRA 3NVKA 1E4FT 1R59O 5J1EA 1T03A 1NGFA 3BP8A 1S1TA 1B92A 3E9OA 3CF5L 2CH5A 2PZSA 3FLCO 3VESA 1NBWA 2LSNA 3CJAA 3RMCA 4CJKA 4LF8K 1JLQA 4CEZA 4Y1DA 3TSPA 2F9WA 2VWJA 3EKSA 3FE1A 2HNZA 5AQOA 3G10A 4MDAA 1VQ7N 4KI4A 3HVTA 3DXMA 2JLEA 4FWQA 3TI0A 3P4IA 2FBYA 4L3QA 5FLXO 4NYNA 1BOTO 1HNWK 2ZJRL 3VEZA 1RT5A 1XWLA 4FZYA 4M3YA 5M1KA 4CE9A 4JS4A 1IH7A 2O8DA 2P9KB 3TTDA 3FZFA 2UUAK 4FLYA 1YJWN 4DB3A 4C23A 4PQUA 3EKUA 1J54A 4EFHA 3O1BA 4N47A 4B8AB 1NGAA 2NRRA 3LDNA 3AVKA 2FBVA 1Z25A 3F9KA 4AHTA 3LDSA 5FPDA 4DLGA 1NKEA 2EX3A 4JKEA 1JCFA 1SQKA 1TK0A 1VQ4N 1N5YA 3QNNA 4CEFA 2FBXA 4A5BA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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