2V51B

Structure of mal-rpel1 complexed to actin
Total Genus 122
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
122
sequence length
367
structure length
351
Chain Sequence
TTALVCDNGSGLVKAGFAGDDAPRAVFPSIVGRPRSYVGDEAQSLTLKYPIEHGIITNWDDMEKIWHHTFYNELRVAPEEHPTLLTEAPLNPKANREKMTQIMFETFNVPAMYVAIQAVLSLYASGRTTGIVLDSGDGVTHNVPIYEGYALPHAIMRLDLAGRDLTDYLMKILTERGYSFVTTAEREIVRDIKEKLCYVALDFENEMATAASSSSLEKSYELPDGQVITIGNERFRCPETLFQPSFIGMESAGIHETTYNSIMKCDIDIRKDLYANNVMSGGTTMYPGIADRMQKEITALAPSTMKIKIIAPPERKYSVWIGGSILASLSTFQQMWITKQEYDEAGPSIVH
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Molecular basis for G-actin binding to RPEL motifs from the serum response factor coactivator MAL.
pubmed doi rcsb
molecule tags Structural protein/contractile protein
molecule keywords ACTIN, ALPHA SKELETAL MUSCLE
total genus 122
structure length 351
sequence length 367
chains with identical sequence D
ec nomenclature
pdb deposition date 2008-10-01

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
B PF00022 Actin Actin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 2v51B01
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 2v51B02
3.90.640.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Actin; Chain A, domain 4 Actin; Chain A, domain 4 2v51B03
4BRNA 4FOEA 3VGLA 5AQNA 1X3NA 4CZEA 2FLOA 2YHWA 4PKGA 3ULEB 4IO8A 5AQJA 5AFUA 4K42A 4CZLA 1NGBA 3QICA 2FF3B 4QS8A 5AQTA 3U4LA 3O80A 3TU5A 3O1WA 4BR2A 1HKGA 3O5BA 1WOQA 2P9SB 4CZKA 1S3XA 1TUYA 3JXUA 4PKIA 3CJAA 2QWNA 3H1VX 4JAXA 4IWVA 4JN4A 2A6AA 2YJFA 4CZJA 3WXJA 3QDKA 3IMXA 4IXCA 5AQZA 4CZFA 3CIPA 5I9EB 5LJVA 3OHRA 3H3OB 3ZX2A 3CQYA 5BPLA 2P9IB 3R6MA 4WYBA 5JMVA 1QZ5A 4GNIA 4H0TB 3HSCA 1NLVA 3O1BA 2VCPA 4XH1A 2Q31A 4QS9A 2E1ZA 4H5NA 1ZXOA 1GLJO 3CERA 3U9ZA 4H03B 2BUPA 5AQFA 3UKUA 4JD2A 2HF3A 3VETA 4BRIA 2YHYA 3ZX3A 3WUHA 2NRHA 3VF2A 4BRPA 3H6EA 4A2AA 1ESVA 2ZF5O 1CZAN 3IDHA 4H0OA 3WQTA 3H46O 5AQVA 4B1VA 2A3ZA 4XEIA 2P9PA 4XH4A 1JCFA 3R9PA 5AZJA 2OANA 3A0IX 5BPNA 2D4WA 3CQXA 5BPMA 3C7NA 1U2VB 3LDQA 4M7YA 2QW9A 3DXKB 4RCHA 5AR0A 3O6WA 2QWRA 1YVNA 2IVPA 4FWNA 4B1XB 2PAVA 4I6MB 4BRCA 2DPNA 3H1QA 3IUCA 3UKRA 2NZTA 2V7ZA 3DXKA 2ASOA 4IJNA 2IVNA 5EXWA 4WQ4C 2Q0UA 4ISFA 2NLXA 5KQ8A 1Y64A 3BUZB 1BWFO 1SQKA 5EOYA 2A5XA 4DQ8A 3UKRB 1ATRA 5ELZA 3VPZA 4CD1A 2YHXA 4O5FA 3VEWA 2GWKA 4EFHA 5KPTA 3MN9A 3DXMB 4K25A 3P4IA 4GY2B 1QZ6A 1NGIA 5AZIA 4BR0A 2YCHA 5FPMA 5FPDA 3VGKA 4BC2A 1XQSC 4CBXA 4H0PA 4BRAA 5JLHA 1KAYA 3U9DA 3U8XA 2P9UB 4BRKA 5KPRA 4JD2B 3EN9A 2W41A 3ENHA 3WQUA 4BR5A 3D2EB 4A62A 2GTDA 2WUSA 1MA9B 2CGLA 2QWLA 5EVZA 2W40A 2PBDA 1GLLO 2QWMA 1TYQA 2ITMA 3RSEA 3I8BA 3LM9A 3VEZA 4IJAA 1DKGD 1T6DA 2KHOA 3VENA 1YAGA 1T44A 2V52B 1H1VA 2YI1A 4H5WA 3SMSA 4BC5A 2CGKA 4BRQA 1U6ZA 1C0GA 2E2PA 4LC9B 1NGEA 4H5VA 1T6CA 2FXUA 3GE1A 4FO0A 3ZX0A 1BDGA 3BEXA 3D7EO 3GOIA 3WXIA 5AQUA 1QQOA 4WQ4A 4M7XA 2GELA 3FGUA 3BF1A 4RWTA 1MDUB 3GL1A 3GDQA 2Q1NA 2P9NB 4EIAA 5TKYA 4M63C 5ADXA 3GG4A 1QQMA 2J4RA 4QS7A 2QXLA 2GWJA 1LCUA 3KVGA 4FWSA 1GLBG 4MO4A 4WQ5A 2F9WA 4FWQA 3FLCO 3ZETA 5AFUH 2ZWHA 3FFKB 4BRGA 1DEJA 2EWSA 4FWRA 1BO5O 1NMDA 4F9OA 1K8KA 4H0YB 1HX1A 3DXMA 2HMPA 4CJ7A 5AQYA 4BROA 2CGJA 1LOTB 3L4IA 2P9KB 2VWBA 1BA1A 3FZLA 3ENOA 3L0QA 2CH5A 4CBUA 4MLHA 4BR4A 1BU6O 3AARA 4BG8A 3D2FB 4E1JA 3B8AX 5JICA 3MN5A 2P9PB 2P9KA 5AQXA 4NO7A 5AQRA 3AY9A 4FWPA 4PKHA 4XH5A 5KPZA 4AM6A 1NGHA 2F9TA 1V4SA 1QQNA 3A5OC 3C7NB 1E4FT 2Q97A 5F0XA 4DB3A 4YDUC 2FSNA 3C0BA 2E1YA 1ATNA 3AAQA 2IVOA 3VEOA 3VF6A 4ISEA 5LY3A 3A5LC 2D1KA 4BR7A 1BOTO 3F9MA 4H0XB 3JS6A 4H5TA 3A5NC 4O8KA 3WEEB 4BREA 1D4XA 2Q36A 1NGGA 5F1XA 5BRFA 4FPAA 1K8KB 1S22A 2CH6A 2P9LB 2AP1A 4CZIA 1DGKN 3CJ7A 3MMVA 2I7PA 1HLUA 1X3MA 5AQMA 4CZHA 3EKUA 5JLFA 4B9QA 4PL7A 3ZEUB 4JNEA 3FZHA 5AQIA 3HTVA 1SZ2A 3FE1A 3H45C 3QMLA 3VEXA 4CBWA 3HBTA 4FPBA 5BRHA 5LJWA 5FPNA 3WXLA 1ATSA 2V7YA 3CJ1A 2HOEA 3S41A 3SK3A 3UKUB 3KZBA 3O4WA 4BVPA 4Z94A 4A61A 3QFUA 1NM1A 3CI5A 1GLEG 4H0VB 3CJBA 3VOVA 4HTLA 5AQKA 1GLDG 3O8MA 2I7NA 3M3ZA 1NGDA 3ATUA 3H3NO 3AAPA 2D0PA 5AQPA 2P9IA 2A42A 2IIRA 2QM1A 4RTFD 5AZJB 5CE3A 5FPEA 2FSJA 3FZFA 1YUWA 2ZGZA 1RGIA 3VESA 1G99A 5KQDA 3LDLA 4FWLA 5AQGA 4BGAA 5AQQA 1JCEA 1YXQA 4FOIA 3HI0A 4WQ5C 1MWKA 3BP8A 3M6GA 1HPMA 2ASPA 1TUUA 3CHWA 4J8FA 3FZMA 3KHYA 1WUAA 3W0LA 1Z05A 3WXKA 4DHYA 4B1ZA 4CZGA 4A2BA 3ID8A 4I6MA 1NGCA 1J6ZA 4BVOA 1NWKA 4EHTA 4BC4A 3G25A 4BRLA 3DWLA 2UYTA 1EQYA 2QWQA 3GBTA 1XC3A 1BA0A 3BF3A 5F2RA 3DAWA 1U2VA 5AQOA 1TYQB 5BRDA 2E88A 1HKBA 1GLCG 2BTFA 1V4TA 5E26A 2H3GX 3QB0A 3LDNA 4K41A 2E20A 3L6QA 5B8HA 4EAHD 1ZC6A 4FL9A 5EX5A 2V51B 3MDQA 4IZ9A 4C23A 4YDUA 3I33A 3MCPA 3R8EA 3VGMA 1GLAG 3EL2A 4B1UB 1E4GT 3UB5A 1HKCA 4KBOA 4BRFA 3QFPA 4FWMA 4BRMA 1KXPA 4JHDA 4PL8A 4K43A 1XUPO 3WT0A 4Y0WA 4H5RA 1Z6RA 3ATVA 4CI6A 5AQLA 5BR9A 3SJHA 5EY4A 1KAXA 1ZBSA 4CD3A 2AA4A 5BREA 3CJCA 2A40A 1R59O 4EHUA 5BN8A 3LDPA 3MN6A 4ISGA 2Q0RA 3CJ9A 3QBWA 1RFQA 5AQSA 4L3QA 3VEVA 4BRDA 2FF6A 1HJOA 4FSVA 5AQWA 4BQLA 3EZWA 4FWKA 5BN9A 4NB4A 3MN7A 2VYPA 4BR9A 2E2QA 1OKJA 3VF4A 3O08A 1SAZA 4BQZA 4MLEA 1RDWX 3EO3A 2QWPA 4MO5A 2Q2RA 3FZKA 3ULEA 4B1WB 3LL3A 1HUXA 3VERA 4HWIA 3WEEA 4DCHA 5AQHA 1QHAA 1IG8A 4FWOA 1Q18A 3SLCA 4AM7A 4BG9A 3EKSA 3DJCA 2FSKA 2E2NA 3A5MC 2P9NA 4B1YB 3A8YA 2P9LA 2P9SA 2A41A 4BGBA 1NGAA 1NBWA 2E2OA 3ZEUA 5AZIB 1KAZA 2QWOA 5ADXH 3HM8A 3ZETB 1IJJA 3TPQA 4BRHA 4CZMA 3LM2A 1NGFA 1NGJA 2P9UA 2E8AA 3CETA 3LDOA 1JCGA 1X9JA 2HF4A 3QBXA 3SMPA 2GUPA 1MWMA 1BUPA 3M1FA 3D2EA 3FR0A 2GEMA 1C0FA 1P8ZA 3J8AA 2YJEA 3VEYA 3W3DA 5E84A 3HZ6A 2ASMA 3IFRA 4BC3A 2ZGYA 1BG3A 3MK6A 2D0OA 3UE5A 1GLFO 3RSEB 4JHDB 3D2FA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4KKOA 3VGLA 4OGCA 3ULEB 4CZLA 1NGBA 4CEQA 3QICA 5AQTA 3O80A 3ZT4A 3M8RA 4X66K 2P5GA 4BR2A 1XC9A 1K73O 4LF4K 4N56A 3AA4A 2P9SB 4CZKA 3V9WA 3M8QA 1C0UA 1ASUA 3LWLA 3AO1A 3EEQA 4HCBA 4JN4A 1OH7A 1HQEA 2A6AA 2YJFA 3WXJA 4E7JA 3TARA 3QDKA 4CK3A 3PSIA 5AQZA 3BZCA 3V9XA 3PV8A 3BY5A 4CZFA 3OHRA 3AVJA 4CVNE 4GNIA 1ZBIA 4K0KK 4AHCA 5M1OA 2VCPA 4QS9A 4KHPK 3CYMA 3CFOA 3U9ZA 4CW7B 3L8BA 4GKJK 4FJMA 1S9EA 4DR5K 3QESA 1U04A 2GUIA 5SWMA 2QA4N 3MEDA 3WUHA 3AVGA 1JXBA 3HPHA 3CCUN 1RT1A 4E3SA 2O8FB 3L2VA 4ID1A 3VF2A 3OYBA 4BRPA 2ZF5O 1CZAN 4DS4A 3IDHA 3WQTA 1WLJA 4EP5A 2XY8A 2A3ZA 4PA1A 4W5RA 5DK5A 1YI2N 4Z0UA 2OPQA 3OYKA 3TSQA 5BPMA 2VQFK 2QW9A 3DXKB 1S1TA 4OO1J 3O6WA 3LALA 1TAUA 5TKWA 3OY9A 1VQ5N 3E66A 1NK4A 1FKOA 2GX9A 2PAVA 4I6MB 3P5JA 5KGWA 4CHPA 5GIOA 5EXWA 3G4SN 4WQ4C 4ISFA 3VQ9A 1VRTA 2KZMA 3S3MA 1JKHA 4CEBA 3VPZA 2O8EA 1U49A 4RG8A 5KPTA 4BE1A 3ZLJA 3MN9A 3TAEA 1KSPA 3K5LA 3MWPA 5I42A 1YTAA 1U45A 1RDAA 4FK2A 2YCHA 3ZT2A 4V19S 1YTUA 4FLXA 1YVUA 1W2BM 4H0PA 4CJKA 4WE1A 4CECA 3U9DA 5C42A 3ZT3A 2KKZA 4BRKA 1IV0A 4JD2B 4E89A 5CHIA 5SZTA 3PUFA 4BR5A 4B3TK 1NKCA 2CGLA 2QWLA 1L3SA 4GKKK 1J5EK 1TYQA 1U48A 4OPJA 3I8BA 2D0BA 3ZSXA 3OYNA 3LM9A 3K5NA 4W5OA 4DTRA 4DKWA 2OPSA 3J7ZO 4LSNA 5GAGP 1YAGA 2IGIA 4H5WA 2F7TA 4BC5A 2CGKA 4LC9B 2VWJA 4H5VA 3T1HK 1T6CA 4FO0A 4CE9A 1RTHA 5C12A 2BH1A 3ISNC 3RRGA 4KHNA 3BEXA 1SV5A 3EE8A 1QQOA 3BF1A 2G8VA 1TVRA 1VQNN 3VN5A 3PX4A 2Q1NA 4EIAA 3GG4A 2J4RA 4QS7A 2QXLA 1TKTA 1BISA 4C8KA 4FWSA 1N33K 4DV5K 4DF8A 4QOZB 5E41A 5CZ2A 3ZETA 3FLCO 4IBNA 5AFUH 3L2WA 5CYQA 1DEJA 2BE2A 4FWRA 3VQDA 2HBLA 4F9OA 4WFAL 5HBMA 1NK6A 3KK7A 4BROA 5DM6L 3ENOA 4CBUA 2HNZA 4CIEA 3RTVA 3SQ0A 2HHTA 1BU6O 5GADP 2HSTA 3CXCM 3AARA 2FBYA 1XNRK 1A5VA 3K0SA 3AO4A 4CJLA 3MN5A 1UA1A 1NOYA 4A59A 4PKHA 3AVNA 1J9AA 4R79A 5J2MA 1T03A 3MEGA 3LPTA 3RWUA 4AM6A 5CY4A 1CLQA 2ZJRL 2F9TA 4XJXA 1V4SA 2UXBK 4LFAK 3C95A 3LWMA 1B9FA 4YDUC 1Z26A 3L2UA 1FK9A 2VQEK 1HPZA 3QINA 3A5LC 1BOTO 4H0XB 3JS6A 4BREA 4YOYA 1D4XA 4DTSA 1TKZA 4QAGA 4DFPA 3EYZA 4JK8A 1L5UA 4X62K 3NE6A 1K8KB 5HL7L 2O8CB 4CZIA 1DGKN 4IOAL 1VQMN 3VQCA 4CFCA 1RTDA 4FJ8A 3ZEUB 3NFAA 3LZJA 1NU0A 4DSLA 4CGGA 5H1SQ 4C8MA 1BHLA 1VSDA 3K2PA 5AQIA 1MU2A 3CCMN 5M1KA 3LP3A 3WXLA 4IO9L 3ITHA 3S41A 2KFNA 2NRZA 1RBUA 3O4WA 3HVRA 2ITGA 3QFUA 3AA5X 4BE0A 1HNVA 3O9RA 5AQKA 3LZIA 1GLDG 1L3VA 3M3ZA 3ATUA 4PY5A 1KVAA 2P9IA 2PZSA 4C1NK 5JS2A 3TTDA 2ZGZA 1D5AA 1XMOK 4F2SA 5KQDA 3CCLN 1RT3A 1IKXA 3M6GA 1HPMA 3ZSWA 1O1WA 2RE2A 1SS6A 1WUAA 4DHYA 3WXKA 1CXUA 2XO7A 5IWAK 2G8FA 1RBSA 1XHXA 3OYDA 4DTXA 1S6PA 1NWKA 5MLCQ 4EHTA 3V81A 4YOXA 2ZQBA 3ZSOA 3U3GA 3ZSQA 4QCLA 3SQ2A 3JSMA 4RW8A 3BF3A 5HP1A 1U2VA 4KPYA 2BTFA 1HMVA 1YJNN 3LDNA 2E20A 3L6QA 5B8HA 4IDHA 4LFBK 1N5YA 4C23A 1IKYA 3I33A 2IC3A 1GLAG 1S72N 1VQON 1HYVA 1A5WA 4LD0A 3HK2A 1IO2A 1YF5L 3CCRN 4BRFA 4HCCA 1KRPA 3VA0A 1XUPO 4DU1A 2F4VK 2RPIA 5A2QO 3KIOA 5HOOA 1X1PA 5HRNA 4OGEA 2VGMA 3LP2A 4CD3A 4O8UA 1Q86O 2AA4A 4JV5K 3CJCA 1VQ7N 4IG3A 2A40A 4FLYA 3CJ9A 3JAMO 4FYDA 4B3OA 3MWTA 3VEVA 2HNDA 2FF6A 4FSVA 5AQWA 4BR9A 4LF8K 1OKJA 1HYSA 1Y97A 3WNFA 4DR4K 3O08A 1WSHA 3EO3A 2QWPA 1CZ9A 2Q2RA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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