2V51B

Structure of mal-rpel1 complexed to actin
Total Genus 122
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
122
sequence length
367
structure length
351
Chain Sequence
TTALVCDNGSGLVKAGFAGDDAPRAVFPSIVGRPRSYVGDEAQSLTLKYPIEHGIITNWDDMEKIWHHTFYNELRVAPEEHPTLLTEAPLNPKANREKMTQIMFETFNVPAMYVAIQAVLSLYASGRTTGIVLDSGDGVTHNVPIYEGYALPHAIMRLDLAGRDLTDYLMKILTERGYSFVTTAEREIVRDIKEKLCYVALDFENEMATAASSSSLEKSYELPDGQVITIGNERFRCPETLFQPSFIGMESAGIHETTYNSIMKCDIDIRKDLYANNVMSGGTTMYPGIADRMQKEITALAPSTMKIKIIAPPERKYSVWIGGSILASLSTFQQMWITKQEYDEAGPSIVH
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Molecular basis for G-actin binding to RPEL motifs from the serum response factor coactivator MAL.
pubmed doi rcsb
molecule tags Structural protein/contractile protein
molecule keywords ACTIN, ALPHA SKELETAL MUSCLE
total genus 122
structure length 351
sequence length 367
chains with identical sequence D
ec nomenclature
pdb deposition date 2008-10-01

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
B PF00022 Actin Actin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 2v51B01
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 2v51B02
3.90.640.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Actin; Chain A, domain 4 Actin; Chain A, domain 4 2v51B03
3WXKA 5KPTA 5JLHA 2D1KA 3FLCO 3WQUA 3VERA 3CIPA 3O1BA 2A42A 3BF3A 5AQZA 3ZETA 4WQ4C 3I33A 2P9KB 4BVOA 1KXPA 2A5XA 2ZGZA 3A5NC 4BRAA 1ATNA 1ATSA 4BC3A 1ZXOA 1X3NA 3WEEB 2ITMA 2Q0UA 3M1FA 1MWKA 5EY4A 1NGCA 2P9IB 1NGAA 1LOTB 3WXLA 1YAGA 3AY9A 5FPNA 4WYBA 3R8EA 1HPMA 2FSNA 5AZIA 1ATRA 5F0XA 3RSEB 2V7YA 1BWFO 3RSEA 3AAPA 2F9TA 1U2VB 3FGUA 2YHWA 3MN9A 1RGIA 3U8XA 4BRMA 1J6ZA 3U9DA 1V4SA 5AQHA 4A61A 5AQUA 4QS8A 3VGKA 3D2EA 3MN5A 4BVPA 1R59O 1GLCG 3TPQA 2P9KA 5I9EB 3H3OB 3M6GA 2E1ZA 3F9MA 3IMXA 2BUPA 1RDWX 3D2FA 1X3MA 3ENOA 3R6MA 2P9NA 2F9WA 2P9NB 2QWPA 3AARA 4FWLA 4DB3A 3BUZB 1BO5O 1Y64A 2D4WA 1ZC6A 2YHXA 4BRFA 1BA1A 3QB0A 4H0OA 5F2RA 2YJFA 2ZGYA 4B1YB 1NGDA 4PL7A 2Q97A 3FR0A 4MO5A 4BR4A 4DCHA 3O4WA 4CBUA 3BP8A 2BTFA 4H03B 4BQZA 2ASMA 2I7NA 5AQNA 2FF6A 1HKGA 3VEYA 3VEXA 2GEMA 4H0VB 1HX1A 4BR0A 2E88A 1BUPA 1SAZA 2IIRA 4WQ4A 4CZFA 5LY3A 2P9PB 2E2PA 4XH4A 4FWQA 5ADXA 4BR2A 3CERA 2E1YA 2I7PA 4H0TB 5EOYA 3FZHA 1GLJO 3GL1A 2A40A 3WQTA 1GLBG 4FWSA 5AZJA 4RCHA 5AZJB 5BN8A 2A6AA 4K43A 5AQTA 4M63C 2E20A 1BU6O 2PBDA 4HTLA 4AM7A 4BRLA 3FZMA 2QXLA 2CGJA 4KBOA 3H1QA 3CJCA 4BC4A 1YUWA 3HBTA 4H0PA 3L6QA 4FWRA 4FWOA 2J4RA 3IDHA 2P9PA 5AQRA 5BREA 2QWMA 4BRIA 3P4IA 1GLAG 2PAVA 3O1WA 3LM2A 1Z05A 3CJ1A 1DKGD 4IWVA 4CBXA 1NM1A 3S41A 5AQFA 3A0IX 3UKRB 1CZAN 3ATVA 5AQMA 1U6ZA 3QICA 1SQKA 3OHRA 4O8KA 2P9UB 2ZF5O 2W41A 1QQMA 3L0QA 3MK6A 3R9PA 4PKGA 5AQKA 4M7YA 2D0PA 1ZBSA 4BRCA 1RFQA 2D0OA 1JCGA 1BOTO 1QHAA 4FOIA 2P9LA 1NWKA 3CJBA 2VCPA 4BREA 4BRPA 4WQ5A 3SLCA 3ATUA 3D2FB 1HKBA 3JS6A 3LM9A 4PKHA 4BGAA 3EL2A 5AQGA 3DXKA 4WQ5C 5BRHA 3WXJA 5LJVA 3QDKA 1GLFO 1K8KB 2YHYA 3ULEB 4CZHA 4JAXA 4LC9B 1NGEA 2AP1A 4BRKA 3MN7A 5AQIA 2WUSA 4M7XA 5EX5A 4CI6A 1MDUB 3FE1A 4EHUA 1IG8A 1X9JA 2ASPA 5KQ8A 3UE5A 2NLXA 2VWBA 5AQVA 3VF6A 4FL9A 3VENA 3FZFA 1C0FA 3SMPA 5KQDA 1ESVA 2QWOA 3EKSA 3EN9A 4H0XB 4ISGA 3SMSA 4EAHD 3O6WA 3H45C 4RWTA 1HUXA 5AQOA 3QMLA 3J8AA 2HOEA 5F1XA 3G25A 3LDPA 3U4LA 3ZEUB 4IZ9A 3O80A 5EXWA 4CZKA 2Q2RA 4BRNA 3CQYA 2ZWHA 1OKJA 4B1UB 2GELA 3FZKA 4XH1A 4NO7A 3SJHA 1GLDG 2QW9A 4H5RA 3B8AX 2IVPA 3H3NO 4BC5A 5B8HA 4B1VA 4H5WA 5E26A 5AR0A 3UB5A 3FZLA 4CJ7A 4JN4A 4MO4A 3DJCA 4BG9A 5BPNA 1NGFA 5TKYA 5FPDA 3HM8A 1WOQA 5AQQA 1NMDA 4MLEA 3ZEUA 3GBTA 1Z6RA 4FWKA 4EFHA 3CQXA 4CZMA 3A5LC 1KAYA 3UKUB 1T6CA 4EHTA 3EO3A 4BRGA 4E1JA 3JXUA 3QBWA 3AAQA 5AFUH 1YVNA 2P9UA 4MLHA 4A2AA 4Y0WA 2H3GX 3O5BA 1BA0A 1SZ2A 4A2BA 4A62A 3KHYA 4HWIA 4F9OA 5BRDA 2YI1A 4JD2B 4JD2A 1DEJA 5BR9A 3QFUA 1NGGA 4FWNA 3WEEA 1S22A 5AQYA 4PL8A 3LDOA 2P9IA 4J8FA 5KPRA 3KVGA 3BF1A 4JHDB 5FPEA 4JHDA 4CZIA 3A8YA 3IFRA 2E2QA 3C7NB 3C7NA 4I6MA 4I6MB 4K25A 3VF4A 3H1VX 3L4IA 3LDLA 3M3ZA 4DQ8A 1Q18A 4QS9A 4BC2A 3O08A 3LL3A 2VYPA 3MDQA 3ZX0A 2FLOA 2QWLA 3W3DA 5AQLA 4BR7A 3EZWA 3DWLA 4L3QA 1H1VA 1JCFA 1NGHA 1BDGA 1DGKN 3CI5A 1TYQB 2P9SB 1LCUA 1G99A 3ZX2A 2GTDA 2V52B 1HLUA 4AM6A 5AQWA 4FPAA 3U9ZA 4BR5A 3ZX3A 4O5FA 2FXUA 1KAZA 4PKIA 1BG3A 4QS7A 1T6DA 3A5OC 3D7EO 4BRQA 3VGMA 2HMPA 3GDQA 2V7ZA 4EIAA 3KZBA 3W0LA 3MN6A 5FPMA 3DAWA 3GE1A 5E84A 2QM1A 4CZLA 2E2NA 5BPMA 2KHOA 4GY2B 4BQLA 4DHYA 1D4XA 2GWKA 4FO0A 4XEIA 1XC3A 3VEOA 2CGKA 3VOVA 2CH6A 3WUHA 2IVOA 3VGLA 3VF2A 5EVZA 4FOEA 1E4GT 4RTFD 4CD1A 4B1ZA 4IO8A 5AQSA 3MCPA 1NBWA 2AA4A 3C0BA 3DXKB 1QQNA 4H5NA 5AFUA 4GNIA 3VEVA 1QZ6A 4CZEA 2Q0RA 2YCHA 2CGLA 5JMVA 2HF3A 1HJOA 4FPBA 4ISFA 1YXQA 3CJAA 4XH5A 3BEXA 4B1XB 3VPZA 3VETA 4CBWA 4FSVA 3O8MA 3D2EB 4IXCA 2GUPA 3WT0A 1WUAA 2NRHA 1C0GA 2A41A 4BRDA 1QQOA 1QZ5A 2QWNA 5AQJA 3TU5A 3VEZA 2P9LB 4BR9A 3MMVA 1S3XA 1EQYA 3HTVA 3I8BA 5AZIB 2NZTA 5JICA 2OANA 2E2OA 4H5TA 4JNEA 1TUYA 3ID8A 1U2VA 3VEWA 2QWRA 2EWSA 3SK3A 5ADXH 4BROA 1K8KA 3ULEA 5BN9A 1GLLO 2UYTA 3CJ7A 4IJNA 3UKRA 3WXIA 3CJ9A 2Q1NA 1T44A 4ISEA 5AQPA 1GLEG 1MA9B 3IUCA 3HI0A 3QBXA 4FWPA 2A3ZA 5AQXA 4BGBA 1NGIA 1MWMA 2W40A 5BPLA 2HF4A 2DPNA 5JLFA 3LDNA 1KAXA 3GOIA 5BRFA 3H46O 4H5VA 4YDUA 4K42A 5KPZA 3EKUA 4BG8A 1TUUA 3DXMB 3ENHA 5ELZA 3QFPA 3HZ6A 4CZJA 5LJWA 1JCEA 3LDQA 1P8ZA 4BRHA 3UKUA 2FSJA 1XUPO 2CH5A 3A5MC 3CETA 2YJEA 4CD3A 4FWMA 1E4FT 3ZETB 1V4TA 4CZGA 1XQSC 2Q31A 1IJJA 1TYQA 2P9SA 4B9QA 4C23A 2FF3B 2FSKA 2IVNA 4IJAA 4YDUC 5CE3A 3DXMA 2ASOA 2GWJA 3VESA 4B1WB 3GG4A 3HSCA 1NGBA 4Z94A 2Q36A 1NLVA 3FFKB 2V51B 4H0YB 4K41A 4NB4A 2QWQA 3H6EA 1NGJA 3CHWA 1HKCA 2E8AA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
5FRMA 2YNHA 3MEGA 3WQUA 3VERA 3HOTA 1TKXA 1BL3A 4X64K 4CF9A 5AQZA 3BF3A 4LY7A 5SZTA 2ZM6K 3G6EN 3VQ8A 3NF6A 4G9ZA 1KXPA 4BRAA 2G8IA 1RTJA 1WN7A 3ZSVA 1WSEA 4IOAL 3WXLA 3AY9A 4CJWA 2OCEA 4GVMA 3T1HK 2BDPA 4C8LA 4LFAK 1ATRA 3E9LA 4CGGA 1EKEA 2V7YA 1BWFO 4I9LA 1U2VB 1VSIA 1IKYA 3NE6A 4BRMA 4FZYA 3KLHA 3U9DA 3PY8A 5JENA 3EYZA 4HCBA 4CFAA 4QS8A 4FJJA 3C6TA 4O8UA 1REVA 4F8RA 3RTVA 4B3TK 2Q3SA 3MN5A 1GLCG 3K5OA 3H3OB 4AHUA 2E1ZA 3F9MA 2KZZA 2DFHA 2BUPA 4A57A 1U4BA 1N33K 2P9NA 2D0CA 5M1QA 4BE2A 3KLEA 4C8NA 4B3RK 4E0DA 2KTQA 1J9AA 1JLFA 1BO5O 1CZBA 2ZD1A 4E7JA 3TAFA 1YJWN 3HVRA 2LSNA 3QB0A 3O3HA 1A5WA 1NGDA 2AJQA 4B3OA 4KH4A 2ZQBA 5LMUK 4G1QA 4CEBA 4DCHA 1ZBFA 4CBUA 3BP8A 5CYQA 1WB9A 2XY5A 2BTFA 2I7NA 1NK7A 1JKHA 1HKGA 2FC0A 1ASVA 2R7YA 1SAZA 2IIRA 1T8EA 1RT1A 2E2PA 1T7PA 4RW6A 3CERA 3MXIA 2I7PA 4A5BA 1WSFA 4CJVA 1RT7A 5K14A 4K43A 3KK2A 2ZJRL 1VQKN 4DQSA 2E20A 2BH1A 3CG7A 4LF5K 2NNWA 2FBXA 4BRLA 1IH7A 3NF8A 4DSLA 4DLGA 3H1QA 3NAEA 4UY8O 5KGWA 4BC4A 1YUWA 2O8CA 4H0PA 1WBBA 3IDHA 1T03A 1TKTA 3G4SN 2FBTA 4JI1K 3P4IA 4BRIA 1NK8A 3P39A 4EP5A 5CR4A 4MQ3A 1Z05A 3DI6A 3BZCA 4IOCL 1NM1A 3VQDA 1G15A 2HHTA 1RBRA 1U45A 1HNVA 1EXQA 3OHRA 2O8DA 2P9UB 2ZF5O 1TL3A 2W41A 3SYZA 1QQMA 4DV5K 4NCGA 3R9PA 2XO7A 4PKGA 5M1OA 3P1GA 4LF4K 3WXMB 4JI7K 3HPGA 3U3GA 5IWAK 4FOIA 1BOTO 3CJBA 1NWKA 1VRTA 3D2FB 1LAWA 2RKIA 3LM9A 1LW0A 1YVUA 5DMRA 4ID5A 3J7YP 4CK2A 3SQ0A 1BQMA 3DXKA 5BRHA 5CY4A 4CHNA 2YHYA 4CZHA 3PLAA 4DU4A 4LC9B 1FW6A 4AHVA 3L2WA 1Q7YO 4EZ9A 1IG8A 4FJLA 4OO1J 1KD1O 2DFFA 5KQ8A 5AQVA 4CFBA 5KI6A 1C0FA 4H0XB 3ZT2A 4KB1A 3O6WA 5AQOA 3V1QA 3DM2A 3I8DA 5KGXA 5E41A 3M5RA 2QK9A 5F1XA 3G25A 1W0HA 4DTJA 4E19A 3OBYA 5FROA 4KHWA 3TARA 1SUQA 4FJ7A 4PY5A 2UUAK 2O8EA 4BRNA 4JRQA 1RTDA 1XWLA 4DR6K 3SJHA 4CEZA 4F3TA 3TAMA 4AILC 1GLDG 2QW9A 1JXBA 3CQ8A 2VQEK 3B8AX 2IVPA 3VQ6A 1QTMA 4H5WA 3TSQA 2PFUA 2HNYA 4RG8A 3UB5A 4CE9A 4ZHRA 3VQ4A 1NK5A 4CJ7A 4JN4A 2O8BA 5TKYA 3SQ1A 3ZSYA 3OYAA 3CCSN 1WSGA 5AQQA 3TSPA 4MLEA 3ZEUA 4ELTA 3THYB 4DUYK 4CEEA 3N4QA 4PA1A 1T6CA 4EHTA 2HNZA 3O3FA 3JXUA 5M1FA 3QBWA 4YOUA 1JLGA 3SI6A 1KRPA 4CJEA 2H3GX 2UU9K 4DQQA 3TTCA 4JD2B 4JK8A 3QFUA 1NGGA 4OPJA 1HQUA 4C8OA 4FJMA 1S22A 3RMCA 4PL8A 3LDOA 1W7AA 3OVNA 3DRSA 4KB0A 4J8FA 5KPRA 3KVGA 5FPEA 4JHDB 1DT9A 4JHDA 2OPPA 2F4VK 4CZIA 2NRVA 4W5TA 2E2QA 3C7NA 4B3MK 4ILGB 1BISA 3LDLA 1EO1A 5C2DA 3ZSXA 3MDQA 2FLOA 3BDPA 3W3DA 5J2NA 4Y1CA 4OKEA 3OYFA 3PX6A 4I2PA 3V1RA 4DQIA 1H1VA 4JKFA 1BDGA 2X6NA 3Q7BA 1RBVA 3CC4N 3SUPA 2GTDA 2OTJN 1NJXA 1HLUA 1HRHA 3RMBA 3AO3A 5GINA 3E01A 3SCXA 1JLAA 2FXUA 3S5TA 4PKIA 3OYLA 4CHQA 1T6DA 3D7EO 4YFUA 3GDQA 4I2QA 5SWMA 3KZBA 3MN6A 4C1NK 5E84A 4CZLA 3C94A 2E2NA 4E89A 5BPMA 1IKWA 3R3LA 4FO0A 2HVHA 3KWIA 3ZT0A 3ID6A 1OVYA 3G0ZA 1NJYA 3MCAB 4MFBA 4DQPA 2W6LA 4RTFD 2FBYA 4M3RA 4IO8A 3DXKB 1QQNA 3C6AA 1RDUA 1OH8A 1JJ2M 4J2EA 2QTDA 4NCAA 4CZEA 2WFBA 4RW8A 4KAZA 1ITGA 2HW3A 3SUQA 4Z4EA 2CGLA 4F4KA 4FCYA 4DFJA 5DM7L 1YXQA 3CJAA 2PYLA 3BEXA 4B1XB 4FSVA 4CF8A 3D2EB 4IXCA 1TKDA 3MX2A 4CEOA 3JAMO 1QZ5A 2KQ2A 2B5JA 2P9LB 3SPZA 4NCBA 3ISNC 2HHWA 2GUIA 3NF9A 5JICA 1RDBA 4B9TA 1JL2A 4KTQA 1U2VA 2HSTA 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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