2V51B

Structure of mal-rpel1 complexed to actin
Total Genus 122
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
122
sequence length
367
structure length
351
Chain Sequence
b'TTALVCDNGSGLVKAGFAGDDAPRAVFPSIVGRPRSYVGDEAQSLTLKYPIEHGIITNWDDMEKIWHHTFYNELRVAPEEHPTLLTEAPLNPKANREKMTQIMFETFNVPAMYVAIQAVLSLYASGRTTGIVLDSGDGVTHNVPIYEGYALPHAIMRLDLAGRDLTDYLMKILTERGYSFVTTAEREIVRDIKEKLCYVALDFENEMATAASSSSLEKSYELPDGQVITIGNERFRCPETLFQPSFIGMESAGIHETTYNSIMKCDIDIRKDLYANNVMSGGTTMYPGIADRMQKEITALAPSTMKIKIIAPPERKYSVWIGGSILASLSTFQQMWITKQEYDEAGPSIVH'
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Molecular basis for G-actin binding to RPEL motifs from the serum response factor coactivator MAL.
pubmed doi rcsb
molecule keywords ACTIN, ALPHA SKELETAL MUSCLE
molecule tags Structural protein/contractile protein
total genus 122
structure length 351
sequence length 367
chains with identical sequence D
ec nomenclature
pdb deposition date 2008-10-01

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
B PF00022 Actin Actin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 2v51B01
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 2v51B02
3.90.640.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Actin; Chain A, domain 4 Actin; Chain A, domain 4 2v51B03
5E84A 1ZXOA 2NRHA 3O80A 1GLBG 3LL3A 5BR9A 3DAWA 3FZHA 2IIRA 1JCEA 3VERA 4B1WB 4I6MB 3H1QA 4MLHA 4EHUA 1NGHA 2A6AA 3P4IA 1QQMA 2F9WA 1SQKA 4RCHA 4A62A 3FZFA 5AZJB 2E1ZA 3MN7A 2DPNA 1BA0A 3ZX2A 3DXMB 5BN8A 4CBUA 3ENHA 1RGIA 2V7YA 3ULEA 5KPRA 1NGIA 3A5NC 3H46O 1H1VA 4O8KA 2PBDA 4BR2A 4BRMA 2P9KB 4H03B 1GLEG 4JHDA 4XEIA 3LDPA 3HSCA 1MDUB 2ITMA 5TKYA 2E88A 3B8AX 3D2EB 2Q0UA 4M7YA 3C7NB 4FOIA 3H3NO 4B1ZA 3GL1A 4BRNA 4CZGA 4H0OA 5KPTA 4EIAA 4CZHA 5EVZA 4JN4A 3QMLA 1GLFO 4FPAA 3CJCA 1ATSA 3DXMA 3JXUA 3EKUA 2W41A 1BWFO 2P9SB 2FF6A 3WXKA 3D2FB 3H3OB 4MLEA 4L3QA 2QWMA 3CQYA 2VYPA 3O8MA 5F2RA 3A0IX 2P9KA 2QM1A 3UKUB 2FLOA 3EZWA 4CJ7A 3MCPA 1SAZA 2YHXA 2GELA 4BG9A 1LOTB 1IJJA 3ZEUB 2P9NA 3A5MC 2VCPA 2BUPA 2P9SA 4GNIA 2IVOA 3BF3A 3DWLA 3VEOA 3DXKA 1X3MA 1NMDA 1KAYA 3EN9A 3R6MA 4BRIA 4QS8A 4BC5A 1KAXA 5AQZA 3UKUA 3O1BA 1NGEA 3WEEA 2ZGZA 4H5NA 3U8XA 2QW9A 5AQNA 3A8YA 3RSEB 4CZKA 4H5WA 5AQKA 2IVNA 3VETA 1E4FT 2ZWHA 2QXLA 5BRFA 3MK6A 4BR7A 5BPMA 4H5VA 3ATVA 5EXWA 3ZEUA 1NGAA 4QS9A 3VENA 3FZKA 4IWVA 4H5RA 5FPNA 3FE1A 3LM9A 5AZIA 5BN9A 1TUUA 1GLLO 3D7EO 1XQSC 1GLJO 4JNEA 3UKRA 2F9TA 5CE3A 3KHYA 3O08A 4FWPA 3ZX3A 1QZ5A 5AQFA 1U2VA 2P9IA 3QBWA 1E4GT 1NGBA 2QWLA 1K8KB 1YXQA 5AQWA 3SJHA 3VEYA 1BA1A 4YDUA 4BQZA 2QWOA 3GDQA 3L0QA 4NO7A 2Q2RA 3MDQA 3U9DA 4PKHA 4C23A 3UB5A 4FWRA 1CZAN 3CJ1A 5AQTA 1BOTO 3IFRA 3MN5A 4KBOA 4MO5A 2QWRA 4B1UB 4BRAA 3SMSA 2FSNA 4CZLA 4Z94A 1U6ZA 4ISGA 4BQLA 4BRLA 2GTDA 2P9UA 4JD2A 1S22A 4BR5A 4PL7A 1BU6O 3VEVA 1ZBSA 3GG4A 5JMVA 1Y64A 5I9EB 3KVGA 5AQSA 5LY3A 5AQPA 5AQUA 4CZJA 5AQHA 3CERA 4FWSA 2J4RA 3MN6A 4PKGA 4FPBA 2QWPA 2NLXA 3SMPA 3CETA 4B1XB 5BPLA 5AQGA 2W40A 3CQXA 2E2OA 4CZMA 3CIPA 2HF3A 3VEXA 1T6CA 3SK3A 5FPEA 2E2PA 2E20A 1X9JA 3A5OC 3LM2A 4I6MA 4B1YB 3HTVA 5AQRA 3GBTA 3LDLA 1YUWA 5AZJA 5ADXA 5JICA 4FWNA 3AY9A 5JLFA 2YJFA 4JAXA 1S3XA 3QFUA 3VPZA 1BO5O 1JCGA 3ID8A 3KZBA 4EAHD 3M6GA 1NGFA 3EKSA 1HX1A 4K25A 2CH5A 2V7ZA 1MWMA 4WQ5A 1BG3A 2P9PB 2D4WA 2KHOA 4RWTA 3D2EA 4FWOA 3C7NA 1YAGA 3VF6A 4PKIA 3WQTA 4YDUC 4CZEA 2V51B 3MN9A 2I7NA 1HLUA 3J8AA 4IZ9A 1XUPO 1JCFA 3VEWA 3HM8A 3QDKA 3EO3A 2D0PA 3ZETB 4AM6A 3FFKB 3W0LA 2FSJA 3D2FA 3SLCA 3CJAA 4K43A 1NGJA 1C0GA 2QWQA 4K42A 3LDOA 2ASMA 4FWMA 2BTFA 3C0BA 3H6EA 2CGLA 1D4XA 2P9LB 3R8EA 1HJOA 2A41A 4BC3A 3CJ7A 2GWKA 1QQNA 4ISEA 5LJWA 4CZFA 1NGDA 1Z6RA 3HI0A 3VF2A 1C0FA 2YHYA 4H0PA 3BUZB 1HKCA 3L6QA 3QBXA 3CJ9A 5FPDA 1KAZA 1QQOA 2GUPA 4B1VA 4BVPA 1IG8A 4CBXA 1ATRA 4BR0A 4H0YB 4BG8A 3EL2A 3GE1A 2HOEA 5BRHA 3RSEA 2A5XA 3VF4A 2ASOA 3IMXA 1BDGA 3VGLA 4RTFD 1MA9B 1NLVA 2D1KA 1GLCG 1TYQB 2E8AA 4GY2B 4BGAA 1DKGD 4M7XA 4FO0A 1HKBA 3FR0A 1NWKA 3TU5A 1QZ6A 5EOYA 2HF4A 3FGUA 4FWLA 4BGBA 3WXJA 4WYBA 3U9ZA 5AQIA 4IO8A 1HPMA 5AQJA 4H0XB 3HBTA 5AQYA 3WQUA 4DB3A 4WQ5C 2E2QA 4BC2A 1HUXA 1ESVA 3CI5A 3WT0A 4FOEA 5AR0A 4ISFA 1K8KA 1TYQA 1V4TA 3ULEB 2Q31A 5B8HA 3GOIA 4BRFA 4IJAA 4H5TA 3TPQA 3FZLA 3JS6A 1NGGA 4JHDB 4K41A 1Q18A 1NBWA 4QS7A 4H0VB 2NZTA 2Q1NA 2FXUA 2ZGYA 5KQ8A 2A40A 4XH1A 4FL9A 4BRPA 5F1XA 1SZ2A 3VOVA 2YJEA 4PL8A 2OANA 3QFPA 3I33A 2H3GX 1T44A 3U4LA 5BREA 4E1JA 3R9PA 1RDWX 4IJNA 4A61A 5AQMA 1QHAA 2CGKA 5BRDA 2D0OA 3OHRA 4WQ4A 3ZX0A 2GEMA 4DHYA 3ATUA 4BREA 1P8ZA 2QWNA 5AQOA 4BR4A 2YHWA 1ATNA 3VESA 3L4IA 2WUSA 5EY4A 3WXLA 4A2AA 4BRDA 2CH6A 3AARA 2Q0RA 2ASPA 4XH5A 1J6ZA 1LCUA 1OKJA 3O4WA 2UYTA 4MO4A 2FSKA 1T6DA 4EHTA 3IUCA 4DCHA 2P9NB 1RFQA 4CD3A 5E26A 3VGMA 3CHWA 3DXKB 3VGKA 4BRHA 1Z05A 3F9MA 4Y0WA 3M1FA 4EFHA 4CBWA 4BVOA 3I8BA 3HZ6A 5AQQA 3WUHA 3FZMA 3WEEB 5AFUH 5FPMA 4M63C 1ZC6A 3WXIA 1R59O 3AAPA 3BEXA 1XC3A 2P9PA 4CD1A 4HTLA 3QICA 1G99A 3DJCA 4B9QA 4AM7A 2V52B 4H0TB 3H1VX 1MWKA 3LDNA 1DGKN 2A3ZA 1HKGA 4IXCA 5AQLA 5AQXA 3UE5A 4BROA 5ELZA 1GLDG 3O6WA 3IDHA 2FF3B 5AZIB 1NGCA 3H45C 1EQYA 3ZETA 3AAQA 2YI1A 3O5BA 5F0XA 5BPNA 4FSVA 3UKRB 2E1YA 4FWKA 3W3DA 3QB0A 4BRKA 2GWJA 2ZF5O 2AP1A 2I7PA 1U2VB 2P9IB 4HWIA 3O1WA 4BRGA 2P9LA 4XH4A 1WOQA 4NB4A 4LC9B 3LDQA 2YCHA 4J8FA 3A5LC 3CJBA 4O5FA 1BUPA 2VWBA 4A2BA 4F9OA 2AA4A 2HMPA 1KXPA 4BRCA 4DQ8A 5JLHA 4CI6A 3ENOA 1TUYA 2CGJA 5LJVA 5AQVA 2Q97A 4WQ4C 1GLAG 3M3ZA 2E2NA 4FWQA 2P9UB 5KQDA 4JD2B 5AFUA 1X3NA 2EWSA 1WUAA 3S41A 4BRQA 1NM1A 4BC4A 5EX5A 3BF1A 4BR9A 5ADXH 3VEZA 3BP8A 2Q36A 4CZIA 1YVNA 2PAVA 5KPZA 2IVPA 3MMVA 2A42A 3G25A 1DEJA 1V4SA 3FLCO
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4CJLA 3O80A 1K8AO 4ILJA 4KHPK 3LL3A 4F8RA 3DAWA 1HNVA 4W5NA 3KWGA 3KK1A 2PY5A 2IIRA 1JCEA 4I6MB 3H1QA 1YHQN 2A1SA 4EHUA 3E9LA 5AZJB 2HVIA 2E1ZA 3SUOA 4IG0A 3QERA 4RW4A 1LWCA 3ENHA 1HNIA 3AVKA 1NGIA 3H46O 2E5LK 1H1VA 2PBDA 4FXDA 1KD1O 3PY8A 3SV4A 4FJKA 3LDPA 4FK0A 3CCJN 5TKYA 2RE2A 4J2AA 3HYFA 1WAFA 3D2EB 3MEEA 4BRNA 3QESA 5KPTA 3QMLA 1KLMA 3A2FA 4FPAA 2FC0A 4CHOA 3JXUA 3EKUA 2W41A 4CJ5A 5GAGP 4FM0A 4A57A 5CR4A 1RT7A 4JKBA 4DFJA 3NMUA 1IKWA 4EZ9A 4LF9K 3CQYA 4M42A 4DV2K 5F2RA 3O4QA 2P9KA 3EZWA 3ZLJA 4NLCA 3J7YP 2O8DA 1QQCA 4KKOA 4DR1K 4DQPA 1LOTB 3K2PA 4QAGA 3CCRN 5I42A 2VQEK 2P9NA 1RBTA 4DQQA 1TK8A 4GNIA 3BF3A 3AVBA 1NMDA 4KREA 3R6MA 3U3GA 4B9UA 4JS4A 5AQZA 3UKUA 2ZGZA 4I9QA 3THWB 3L8BA 1BISA 4CJ4A 5AQKA 3VETA 4CK1A 4DV5K 3LZIA 4F4KA 5H1SQ 1Q81O 3ATVA 5EXWA 3ZEUA 4QS9A 4YNQA 3VENA 3FZKA 1JLFA 4H5RA 3FE1A 5AZIA 3NE6A 1C1AA 4X64K 4B9VA 3O08A 4OGCA 4FWPA 3ZX3A 4PHTX 4X66K 1NJXA 2HHXA 1U2VA 4RW6A 5CYQA 4KTQA 4Z4GA 3E9PA 2DTUA 1YXQA 3AA5X 3SJHA 4Z4EA 4YDUA 1QVGM 4BQZA 2QWOA 4YORA 1VHXA 2HHSA 1S6PA 1FW6A 4C23A 4M3ZA 3UB5A 4FWRA 5FRNA 4BECA 5A2QO 3QLHA 1IKXA 1BOTO 3IFRA 3MN5A 4BRAA 4Z94A 4Y1CA 2HHQA 4ISGA 2BH1A 4BRLA 3S3MA 4JD2A 3F5TA 3OS1A 4I2QA 5JMVA 3SQ4A 1Z26A 3J7AP 5LY3A 4M3XA 5AQUA 5LMNK 1BIZA 5AQHA 4G1QA 4U67L 4PKGA 2QWPA 3OYJA 3CETA 3HP6A 3SBTA 3AVGA 1S1TA 3VQ5A 4IFEA 3NDKA 4DV3K 3MAQA 1GOBA 4JKAA 3LM2A 2HHUA 4I6MA 3V6DA 3KD1E 3J81O 3LDLA 5AZJA 1YTUA 4FWNA 4OPJA 4YFUA 4DTSA 1Q9XA 4JK9A 3QNNA 3NGYA 2DY4A 4Z0UA 3QFUA 4DKWA 1RBVA 1JCGA 3KZBA 3CYMA 4EP5A 4EAHD 3M6GA 4OO1J 2IGIA 2B6AA 1YJNN 3T3FA 1NK5A 1ZBLA 4NXMK 4KO0A 3D2EA 3C65A 4CJSA 4JEPA 4PKIA 3KKRA 4YDUC 1GOCA 5AJ3K 1RILA 2NRZA 1XUPO 2QK9A 3EO3A 3J7ZO 4AM6A 1RTJA 3OY9A 4X62K 4FM1A 3W0LA 1KFDA 3CJAA 3ZCMA 1NGJA 1C0GA 2ASMA 3KLIA 3ZSRA 2FBXA 1DTQA 4DU4A 1D4XA 3U6FA 3CJ7A 4ISEA 1QQNA 2IS3A 5LJWA 1VQPN 4CZFA 1VSKA 4O5BA 1NGDA 4IOCL 4CCHA 1Z6RA 2YHYA 5I3UA 3CCVN 4FM2A 3VQ9A 4E7JA 4FYDA 5SWMA 1TK0A 4B1VA 4ILHA 1ATRA 3M8PA 5M1QA 1LW2A 4CEQA 4LF5K 3EL2A 4MFBA 2D0BA 3V81A 4CJWA 4IKFA 1D9FA 3THWA 1XHXA 3CD6N 1BDGA 2IC3A 4NYNA 3VGLA 3HPOA 4KHYA 1CLQA 4IFVA 2HHHK 2D1KA 1GLCG 1XC9A 1VQ6N 1RDCA 4GY2B 1C0TA 1KCFA 2OTLN 1S9GA 3FR0A 3T1HK 1TV6A 5EOYA 3I56N 1VQ9N 1T3VA 4WYBA 1IKYA 5AQIA 3TTFA 3RR8A 4IO8A 1HPMA 4H0XB 2E2QA 4BC2A 1HUXA 5HL7L 1OH6A 4ICLA 3L2VA 5M1NA 4J2EA 2KKZA 1BI4B 4ISFA 1VQMN 3ALYA 1TYQA 1V4TA 4CE9A 4CEAA 4CVNE 4JKHA 4O8UA 2D5RA 1NOYA 5M1KA 1KSPA 4G9ZA 4H0VB 5FDLA 1S72N 2NZTA 4C8OA 2HB5A 3SCXA 2A40A 3MECA 4XH1A 1QSLA 4C8NA 1SZ2A 4B3RK 3TAQA 3QFPA 1EXQA 2H3GX 3LANA 3C94A 5BREA 3AGRA 2GBZA 5GINA 3P83D 4OPHA 1W7AA 1NJYA 1RDWX 2D0OA 3Q7CA 1P8ZA 2QWNA 4DTMA 1F21A 5EY4A 3NH1A 2ZJPL 2KQ2A 2Q0RA 4B8AB 1I94K 1XNQK 1LCUA 3LDSA 2UU9K 1U4BA 4BEBA 2DFEA 4DCHA 3KWIA 1RDUA 3ISNC 5E26A 1KVAA 3VGMA 2QKBA 1RBUA 3DXKB 4BRHA 2BANA 3M1FA 3RRHA 4EFHA 4LFCK 1CZBA 3L3VA 4CBWA 3VQDA 4FLVA 1R59O 1A5XA 1WNSA 5M1OA 4E89A 1W2BM 3QEPA 2NRRA 3LDNA 1HKGA 3OBWA 1HR0K 4BROA 3MXJA 3HSTB 1TAUA 4AHRA 2FF3B 1NGCA 3H45C 2YI1A 2HSTA 4FSVA 4N76A 1XHZA 2G8FA 4E72A 1JLBA 1KTQA 4BE1A 1N32K 1YJ9N 1N8RO 5HROA 3K0SA 3V9WA 1VQ8N 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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