2V51B

Structure of mal-rpel1 complexed to actin
Total Genus 122
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
122
sequence length
367
structure length
351
Chain Sequence
TTALVCDNGSGLVKAGFAGDDAPRAVFPSIVGRPRSYVGDEAQSLTLKYPIEHGIITNWDDMEKIWHHTFYNELRVAPEEHPTLLTEAPLNPKANREKMTQIMFETFNVPAMYVAIQAVLSLYASGRTTGIVLDSGDGVTHNVPIYEGYALPHAIMRLDLAGRDLTDYLMKILTERGYSFVTTAEREIVRDIKEKLCYVALDFENEMATAASSSSLEKSYELPDGQVITIGNERFRCPETLFQPSFIGMESAGIHETTYNSIMKCDIDIRKDLYANNVMSGGTTMYPGIADRMQKEITALAPSTMKIKIIAPPERKYSVWIGGSILASLSTFQQMWITKQEYDEAGPSIVH
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Structural protein/contractile protein
publication title Molecular basis for G-actin binding to RPEL motifs from the serum response factor coactivator MAL.
pubmed doi rcsb
molecule keywords ACTIN, ALPHA SKELETAL MUSCLE
total genus 122
structure length 351
sequence length 367
chains with identical sequence D
ec nomenclature
pdb deposition date 2008-10-01

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
B PF00022 Actin Actin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 2v51B01
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 2v51B02
3.90.640.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Actin; Chain A, domain 4 Actin; Chain A, domain 4 2v51B03
4A61A 2QXLA 4CZMA 3ATVA 4AM7A 5AQJA 2CGJA 1SQKA 3QBWA 1KXPA 4IO8A 4GNIA 4JHDA 1HKBA 5BN9A 4BRMA 3MN9A 4EAHD 2E88A 1LCUA 4B1ZA 4ISGA 3D2FB 3VENA 3W0LA 1BDGA 4EHTA 4YDUA 3HI0A 3WEEA 2ZF5O 5AQOA 4H0TB 4BQZA 2QWLA 4BG8A 1K8KB 4GY2B 2W41A 2E1YA 3UKRA 3U4LA 3D2EA 2FLOA 3GDQA 3GBTA 2V7ZA 4DQ8A 2P9KA 4BROA 3VGKA 4BGBA 4HWIA 3M6GA 3WT0A 3SMSA 3C7NA 1HLUA 1MDUB 2FSNA 4LC9B 3A5NC 4BRQA 5BN8A 4YDUC 1TYQA 3O80A 4E1JA 3CJ7A 4F9OA 3VOVA 3H3NO 2A41A 4BC5A 1QZ5A 4B1YB 1NGEA 3UKUA 2P9SA 2P9NA 4K43A 2IIRA 1NM1A 3WQTA 2P9KB 5BRHA 1ESVA 2PAVA 1BA1A 3EO3A 3LDOA 3LDNA 3MN7A 2GEMA 4FSVA 2ZGYA 2P9UB 3DXMA 5BR9A 3SMPA 4H0PA 3VESA 3FZMA 4CZLA 4CZFA 4BQLA 4AM6A 2J4RA 1X3MA 3LM2A 4A2BA 1T44A 3R6MA 3UB5A 4BRLA 4CBXA 2P9IB 4PL7A 4O8KA 4BC2A 3KVGA 2GWKA 3ZX3A 4MLHA 2FXUA 3M1FA 3VF6A 3SJHA 3AY9A 2NRHA 3FGUA 5AQGA 1P8ZA 2A6AA 4QS9A 2YI1A 5LJVA 3EZWA 4CD3A 3KZBA 3VF4A 3BEXA 3ULEB 2E2OA 4M63C 4CI6A 2P9SB 1XUPO 4B9QA 4BVPA 4NB4A 3O6WA 2CH6A 4IJNA 4CJ7A 3OHRA 4BRAA 4BRGA 1RGIA 3VEWA 5FPDA 1NGFA 3CJCA 3ID8A 4RCHA 3DXMB 4FOIA 4JD2B 3ZX0A 3CJBA 2V51B 1GLCG 1NGCA 1QQMA 5AFUH 2WUSA 2YHWA 4MO4A 2V7YA 5AQRA 2YJFA 2A3ZA 2D4WA 3EKSA 4RTFD 1X3NA 2PBDA 5KQDA 1ATNA 2QW9A 4FOEA 4FL9A 4KBOA 4B1UB 3VF2A 4WQ5A 3AARA 2E2QA 2P9LA 4H0XB 3QICA 5AQHA 5BRDA 4K25A 4WYBA 1NGHA 1S22A 5BPLA 4FPBA 1CZAN 2D1KA 2YHXA 2IVPA 3O4WA 2FF3B 2HMPA 2NLXA 5TKYA 4CBUA 2A40A 1NGAA 3EN9A 3ZEUA 3ENOA 2QWRA 3BF3A 1NGDA 1YAGA 3A0IX 3H46O 4FPAA 1ZBSA 1V4TA 3JXUA 5AQTA 2Q0UA 3RSEA 1NGJA 3MDQA 3VGMA 1DEJA 4BR2A 2GWJA 1NGIA 5AQPA 3DWLA 5AQNA 3WXIA 4H5TA 5BPMA 3CETA 3U9DA 4WQ5C 4CBWA 1LOTB 3A8YA 3I33A 3DXKA 3O1WA 1MWKA 2P9LB 4CZJA 3GL1A 4XH5A 2I7PA 1XC3A 3VERA 3LM9A 3MCPA 4BRIA 2Q36A 3L0QA 1NLVA 1GLEG 3BP8A 1IG8A 4PKGA 5KPTA 4A62A 1IJJA 3VEVA 1C0GA 1DKGD 1XQSC 3O8MA 4QS7A 1TUYA 2KHOA 3CJAA 4JHDB 3ATUA 3FLCO 2E2NA 2CH5A 4XH1A 3MN6A 2YHYA 4BREA 5AR0A 5F0XA 5F1XA 3WEEB 3FE1A 1C0FA 1DGKN 3ZX2A 1Y64A 3ZETA 3WQUA 5F2RA 3UKRB 3D2EB 4BRNA 4H5RA 4FWLA 4L3QA 5B8HA 5LJWA 1E4GT 5AZIA 5AZJA 4BR4A 3ENHA 3EKUA 3A5MC 5E84A 2Q97A 1HKGA 1GLFO 2QWOA 3HBTA 3QFUA 1TUUA 3VPZA 1H1VA 2W40A 3C7NB 1GLAG 5ADXA 4BRCA 3VEZA 3VETA 3EL2A 3HZ6A 2CGKA 2V52B 2Q2RA 4H5NA 1GLLO 1ZXOA 2ZGZA 4FWKA 1TYQB 3FZKA 1WOQA 1SZ2A 1U2VA 4Z94A 2A42A 5EY4A 4H0OA 1KAZA 5BREA 5KPRA 3BUZB 5AQMA 1Q18A 3CQYA 1OKJA 4Y0WA 5AQIA 4EFHA 5KPZA 3O08A 4FWQA 3WUHA 4I6MA 3UKUB 5AQVA 1QQNA 2P9NB 3WXJA 3O1BA 4BC4A 4DCHA 3LDQA 2E8AA 3FZFA 2I7NA 2IVOA 4JNEA 1RFQA 1ATSA 1KAYA 3GG4A 2E20A 1YVNA 1T6CA 5ADXH 2NZTA 3LL3A 3MK6A 1WUAA 3H45C 1Z05A 3HSCA 2ITMA 2H3GX 3DJCA 1BUPA 4MO5A 2ASPA 2P9PA 3J8AA 5AQXA 3FZLA 1GLJO 1V4SA 3AAQA 3M3ZA 3MN5A 3O5BA 2F9TA 3VEYA 4MLEA 5JLFA 4BGAA 3H6EA 2BTFA 3UE5A 1T6DA 5BRFA 5AQZA 4K41A 5AQLA 2HOEA 3LDPA 4ISEA 5EVZA 4BR5A 3R9PA 4BR7A 3FR0A 5AQWA 4CZHA 3CJ9A 3VGLA 3AAPA 3IMXA 1X9JA 1HKCA 3D2FA 3QB0A 5LY3A 3VEXA 3LDLA 1K8KA 3H1VX 4BR9A 4HTLA 5JMVA 5JLHA 3H1QA 4FWOA 5AQSA 3W3DA 4IZ9A 1S3XA 2GUPA 3IFRA 1HX1A 4WQ4A 1HUXA 1BOTO 5KQ8A 3IUCA 4EIAA 1JCFA 2QWQA 2AA4A 3CIPA 1ATRA 3WXLA 2Q0RA 3A5LC 4PL8A 2VCPA 1BA0A 1D4XA 2QM1A 4B1VA 4BG9A 5BPNA 4IWVA 5FPMA 1ZC6A 1HJOA 2AP1A 3GOIA 3ZEUB 2HF3A 2YJEA 3B8AX 2GELA 2HF4A 4O5FA 4PKHA 4RWTA 1NBWA 4IXCA 5FPEA 4H5VA 3RSEB 5AQKA 4BRFA 5AQUA 4CZGA 3FZHA 5ELZA 3KHYA 4C23A 4WQ4C 5JICA 5EOYA 2E2PA 4B1XB 2E1ZA 1RDWX 2ASOA 1BO5O 2QWPA 3C0BA 1QHAA 4JN4A 1NMDA 3DXKB 1BU6O 2P9UA 3QMLA 4M7XA 2UYTA 4FWPA 4BRHA 3U9ZA 1G99A 2EWSA 4CD1A 3BF1A 3WXKA 3IDHA 4FWRA 3CHWA 1JCEA 3U8XA 3MMVA 2P9IA 4BRKA 1U6ZA 3L6QA 3HTVA 1J6ZA 3CI5A 1GLDG 3S41A 1HPMA 4BRDA 3CJ1A 4FWSA 2A5XA 5CE3A 3ULEA 4FWNA 2IVNA 1BG3A 2VWBA 3SK3A 2OANA 3VEOA 3CQXA 3H3OB 4PKIA 4EHUA 1NWKA 5EX5A 2FSKA 3ZETB 4JD2A 1BWFO 2QWNA 4FO0A 5AQQA 5AFUA 3QBXA 5EXWA 4QS8A 5AZJB 1KAXA 1SAZA 5AZIB 4CZKA 4A2AA 2Q31A 2ZWHA 3I8BA 1Z6RA 4XH4A 3TPQA 1GLBG 3D7EO 1NGGA 1QZ6A 4FWMA 3FFKB 3G25A 3A5OC 4CZEA 1EQYA 2CGLA 4XEIA 4JAXA 4B1WB 3QDKA 2YCHA 1QQOA 3HM8A 2GTDA 1YUWA 1U2VB 2ASMA 4NO7A 4K42A 4H0YB 4H03B 3R8EA 4BR0A 2FF6A 2F9WA 2FSJA 1E4FT 1NGBA 3SLCA 1MA9B 2QWMA 4I6MB 2VYPA 2BUPA 5E26A 1JCGA 3DAWA 4ISFA 5I9EB 2D0PA 4H5WA 3QFPA 3L4IA 4IJAA 5AQFA 3F9MA 3JS6A 4J8FA 4BVOA 3TU5A 5FPNA 4BC3A 5AQYA 4H0VB 1R59O 2Q1NA 1YXQA 4DB3A 3GE1A 3CERA 2P9PB 2DPNA 2D0OA 4DHYA 4M7YA 1MWMA 4BRPA 3P4IA 4CZIA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1RTHA 4LFBK 3OYEA 4CZMA 2QTDA 4DFMA 3ATVA 4IFVA 1SQKA 4FK2A 3CCSN 4LY7A 1RDDA 3C6UA 5BN9A 3BDPA 3VQ8A 2E88A 4CJ5A 4B1ZA 4MQ3A 1YJ9N 2X6SA 3W0LA 1UOCA 4EHTA 2ZF5O 2VGNA 3F5TA 2GUIA 1N36K 4BQZA 2F8SA 2DFEA 1HQUA 4GY2B 1YTUA 3I56N 3U4LA 4CGFA 4FVUA 1L3TA 2V7ZA 4DQ8A 2P51A 3E9LA 4A57A 4BGBA 2G8FA 3M6GA 1QSSA 3DM2A 3TR8A 3OYJA 1LWEA 3SUOA 3A5NC 4WF9L 4HTUA 4ID5A 4IEEA 4BRQA 4CEDA 1NOYA 1DTTA 1IH7A 4AHUA 1TYQA 4E1JA 3CCQN 5GAGP 1WAJA 3AVIA 5EU7A 5FLXO 2ATQA 1DLOA 4NCAA 3WXMB 3HSTB 2QA4N 4OX9K 4JRQA 4CW7B 2C1IA 5J2MA 2UUBK 3L3UA 1KTQA 1YJWN 4GVMA 3LAMA 4ZTJA 2HHIA 3E9PA 3SV4A 2P9UB 1UAXA 3DXMA 5BR9A 4RW6A 3OS0A 2OPPA 4IFEA 3PO5A 1VQNN 1BISA 1JLEA 3CYGA 4DSEA 4AM6A 2J4RA 4J2EA 3LM2A 1TKXA 1ZBHA 3R6MA 4WE1A 1ZYQA 4PL7A 5CZ1A 5T7BA 3LAKA 4BC2A 3VQ5A 4BY9C 2NRHA 1P8ZA 4QS9A 2XY8A 5JS1A 4LF6K 1C1CA 4LH5A 4CD3A 4BACA 3KZBA 5MLCQ 1J5EK 4CI6A 4DR6K 1YITN 4DR5K 4CF2A 4CJ7A 1IG9A 2HNYA 3DLRA 2ITGA 2NRXA 1RGIA 4BRGA 5FPDA 1LV5A 5HRSA 3ID8A 5M1PA 3DXMB 3IS9A 3ZX0A 1BCMA 1NGCA 2E5LK 4A5BA 2FBYA 4MO4A 3S3NA 3KLGA 1LW0A 2D4WA 1C0UA 3EE9A 3CM5A 1QSYA 1ATNA 4JK8A 1YJNN 4FL9A 4WQ5A 2HBMA 1BQNA 3O9QA 5BPLA 1S22A 3VTHA 4FPBA 3NGIA 5TKYA 2HMPA 3WNGA 1NGAA 3EN9A 3VQ9A 5GAEP 4B9NA 3BF3A 3O4NA 1NGDA 1YAGA 4DLGA 3A0IX 4O44A 2Z1HA 2A1RA 2C1GA 1JKHA 1V4TA 4FM1A 3O4QA 4C8NA 3TAPA 4BWJA 1VQ9N 4BR2A 4FZYA 1FKOA 4CJEA 5AQPA 3LANA 4KHPK 4H5TA 1JLQA 3NFAA 1N5YA 4DQPA 3ZT3A 3A8YA 3MWTA 2W42A 1TL1A 4FJLA 3NGYA 1T03A 4CZJA 3AVCA 3VERA 3LM9A 3MCPA 3BP8A 3MCAB 3CCJN 1RILA 1S1WA 1IJJA 1HPZA 4NXNK 3O8MA 1TUYA 2KHOA 3CJAA 4DQQA 3OW2M 1EO1A 4JRPA 3MN6A 4KTZA 4ILJA 3Q7BA 3NH0A 5FRNA 1VQ7N 4LSNA 3KKRA 4E19A 1C0FA 3C95A 1RTDA 4JK7A 4KH5A 3WQUA 3D2EB 2HB5A 4H5RA 2ZQBA 5B8HA 2G8WA 3ISNC 1RDBA 4DTXA 5E84A 3KLFA 3AVNA 3C7NB 4BRCA 3K0SA 1JJ2M 3HZ6A 3K5MA 2CGKA 4CK2A 2RE2A 3ASMA 3L8BA 1NJWA 4N76A 2QKBA 3LP0A 2HVHA 3AVJA 1NJIO 3K5NA 1SZ2A 4JI4K 4BECA 3OVNA 4CF1A 4CHOA 1NK5A 1Q18A 3CQYA 1GOAA 1OKJA 4EFHA 4FLXA 2E6LA 3O08A 4DR1K 3UIQA 4ICLA 3O1BA 5M1KA 3J7ZO 3CC2N 3VTIA 3LDQA 4OKJA 2VG7A 1WSEA 3C6AA 5KRTA 4DQIA 2IVOA 3KD1E 1XNRK 3PIPL 4A5AA 1T6CA 5ADXH 3LL3A 1Z05A 3IKMA 4KI4A 4CEZA 1S1VA 1WNSA 2ASPA 2OPSA 3PO4A 1XMQK 3L2RA 3KK3A 4YFUA 4BGAA 4OLAA 4KI6A 1C6VA 5AQZA 5AQLA 3LDPA 1FK9A 4JKGA 3R9PA 3FR0A 4GV3A 3AAPA 5KRSA 3LDLA 4CJFA 1K8KA 3LWLA 4F2RA 1I94K 3H1QA 2QK9A 3W3DA 3ZSXA 1TK0A 1S3XA 2FBTA 3ULDA 3H08A 5CY4A 1FJGK 4OGCA 5AJ3K 1ATRA 4CJQA 3TI0A 4KB1A 4PL8A 2UUCK 3A2FA 1BA0A 2ZJRL 4B1VA 1ILYA 3ZSVA 3I0SA 2AP1A 1SKSA 4LSLA 4CVNE 2HF3A 2YJEA 2XO7A 1W9HA 4O5FA 4Z4FA 3DLEA 4FM2A 5FPEA 4W5RA 3ZSYA 3QNOA 3RSEB 3BY5A 4JI2K 5AQUA 3PX6A 4C23A 3B6PA 3VQ7A 1VSFA 2E2PA 1Q86O 3NGZA 1W2BM 2O8BB 1RDWX 1XI1A 4B3RK 3NF6A 4E3SA 4FLYA 3HRGA 1QHAA 2X78A 4B9TA 2RN2A 3DXKB 5DK5A 3TANA 1BU6O 4M7XA 2UYTA 1VQLN 4BRHA 2D0CA 2EWSA 4YOXA 3N4QA 4FWRA 3PSIA 1F21A 4FW2A 5JVGL 1KVAA 4HCBA 1NJZA 2P9IA 4YOVA 3RMDA 3THYB 3ITHA 4AQYK 1J6ZA 3CI5A 1NG9A 4KPYA 1HPMA 4BRDA 1E3MA 4F3TA 1VQ5N 4FWSA 2A5XA 3ULEA 1T8EA 2G8KA 3RMBA 5FROA 4YHHK 3ZETB 4RW9A 3O9SA 1VSLA 1GOCA 1JLBA 2KFZA 4QS8A 5AZJB 1RT1A 4CZKA 5J2QA 2ZWHA 2RKIA 2HHQA 3T1AA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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