2V84A

Crystal structure of the tp0655 (tppotd) lipoprotein of treponema pallidum
Total Genus 119
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
119
sequence length
319
structure length
319
Chain Sequence
DVLYLYNWTYYTPTSLIKKFEQQYNVQVVYDDYASNEDMFAKLSIGASGYDLVVPSGDFVSIMKRKHLLEKIDLSKIPNVQFIKESVRARIAYDPKMEYSVPYYLGAAGIAVNKKAVPSYARTWSIFSRKDLAYRMSMMDDMREVMGAALASLGYNVNTKNEQELAQAAILVTDHWKPNLVKFDSDGYAKSFASGDFVVAHGFAEAFFAETPEAMHEHIDFFIPQDVASPVYVDSFCIPKGARNRDLAHAFINFFLEPAHYAEFLDTFGFPSTIHREAAAYQKKTPYYSEHDLERGTLKTDVGAAIEHYNAHWNAVRFR
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Structural and Biochemical Basis for Polyamine Binding to the Tp0655 Lipoprotein of Treponema Pallidum: Putative Role for Tp0655 (Tppotd) as a Polyamine Receptor.
pubmed doi rcsb
molecule tags Transport protein
source organism Treponema pallidum
molecule keywords SPERMIDINE/PUTRESCINE ABC TRANSPORTER, PERIPLASMIC BINDING P
total genus 119
structure length 319
sequence length 319
ec nomenclature
pdb deposition date 2007-08-02

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF13416 SBP_bac_8 Bacterial extracellular solute-binding protein
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 2v84A02
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 2v84A01
3FV1A 2E0SA 4I8CA 5AA1A 3RLFE 1B6HA 3FXUA 3FVKA 4R6HA 5I2NB 2OWSA 1USYE 3V83A 1I69A 4GWOA 2GH9A 1JNFA 1IXGA 1JVXA 1MXWA 1NH7A 1PBPA 2X7PA 4H8IA 1WODA 4F2OA 4JSDA 2D3IA 3EPEA 5F1QA 4PFUA 3TQWA 3O66A 1JW5A 2O1LA 4EF2A 5ELVA 1A55A 4POWA 1J1NA 4GRKA 1UIUA 3T9VA 4EQ9A 1SDXA 1N3XA 1GV8A 1A7LA 2DXYA 4TLMB 3C31A 5K2XA 2V93A 4YKPA 3UA8A 5BWJA 2Z23A 3FJ7A 3I3VA 2OWTA 2PMSA 1B7HA 3TTRA 4H0WA 5IKBA 2F5XA 1YPNA 5CM6A 1TT1A 3N6TA 4EDPA 3VLUA 3A3UA 3PUYE 4X1DA 2A5TA 4KI0E 4JB7A 1B5HA 3TFLA 3M3FA 1IXHA 4YKKA 1Y1MA 3ODBA 4RPNA 1VR5A 3H6WA 4NF4B 4ELRA 1LB8A 2NXOA 1TXFA 2Z8EA 3IK6B 4UACA 2O7IA 4NF8A 1Y4TA 2RC8A 4NWDA 2OK2A 1PB8A 2HZLA 4KYDA 2IEEA 3T9UA 5HPQA 1LAFE 1MXVA 4FAJA 1IQ7A 3CSBA 4H5FA 2I49A 3W9VA 3THIA 2XXQA 1ZJLA 5FTHA 1B05A 4AB5A 4EXKA 4YU0A 2V84A 1PDAA 2I48A 3BKIB 3Q28A 1JVYA 2OBGA 4BDOA 4U1ZA 3QUJA 4U2RA 3MVYA 1ZTYA 4MFIA 3S2VA 3KZGA 3FJGA 1AH5A 1MY4A 3TELA 2DYXA 1MG1A 2GFEA 2F8DA 2B3BA 4GFRA 4G68A 5KDTA 3GXAA 3G3KA 2O1MA 3K6VA 1URSA 4U1OA 5HBCA 3TEPA 4JWOA 3H6UA 2A5TB 4Z0IA 4F3BA 3IOTA 4LZ8A 2Q9TA 3K4UA 2O6AA 5FHMA 4YAHX 4QHQA 3M3LA 3OO6A 1Y20A 3OELA 4GF8A 4QSEA 3K00A 3U94A 1SI1A 2DWAA 1LFIA 3PU5A 4NE4A 4IB2A 4NF6A 5AA2D 3QSLA 2HXWA 3U93A 5K2YA 3S4UA 1N7XA 1GR2A 1UTHA 3KSJA 5CC2A 2DOJA 1IITA 5L8DA 3GLBA 1XVXA 3G7WA 4ZECA 3O28A 1R1NA 3JV9A 2OCUA 3PUXE 1HSEA 4LQ5A 2RC7A 3VDFA 2PT2A 4RK2A 1EZOA 2BJJX 3RT6B 1D3KA 3B6TA 2ZYMA 3R6UA 2ANJA 1A8FA 2QL3A 1MPBA 3MVXA 5CMCA 2HAUA 2THIA 3MZ1A 4I62A 3O6HA 4G68B 5KDTB 3OOAA 1SYIA 4NEDA 4U23A 4WEPA 3PD9A 4DDDA 1WDNA 4DXUA 4ND9A 5ITOA 5I59A 3B7DA 4BDNA 3VVEA 2V25A 2UYFA 3LSWA 4RK9A 2PBWA 1LBBA 2F34A 4ZZAA 1N84A 2ZYKA 3GZGA 3SKPA 5B7DA 5KZTA 4TQUQ 4HCWA 1MPCA 1XT8A 1N3WA 1NKXA 2DXRA 3A3CA 3TAJA 3SEYA 4NF6B 4NTLA 4ESXA 2ONKE 3FUZA 3RN8A 2VD2A 3MZBA 2VHAA 4F3SA 5DT6A 1UTHB 1PC3A 3TODA 3OMBA 4HTGA 1DTGA 2I3VA 1A40A 2F78A 4M4GA 3W9WA 4OHNA 1OQGA 1N7WA 1H45A 3HN0A 1ZIUA 2P2AA 1MS7A 3H06B 2V3QA 4ZEIA 4RNSA 3RT8A 1MY3A 3PPRA 3OEMA 4IO3A 3UGWA 4RA1A 1B4HA 3ZS6A 2YLNA 4C1TA 4IO6A 3CIJA 3FD3A 3FVOA 2OJTA 3QK6A 1FW0A 1GTKA 3O9PA 1MXXA 3K6WA 5KCJA 2O84X 4POXA 2H25A 3VFJA 4R73A 4QFKA 3TCFA 1YTVA 5DTBA 5I59B 1IEJA 1QW0A 4F29A 1IXCA 3K1MA 4OENA 5I56A 4DZ1A 1HSJA 1H76A 3S9EA 5AA3A 3N6UA 4OWDA 1B1HA 3G3GA 1OVTA 5ITPA 1NH8A 1M5CA 2P1SA 1P1WA 3U1OA 3IOVA 3FASA 4R2BA 4ESWA 3TDJA 4JBZA 2XXVA 3SETA 4JDFA 1NMUA 3VE1B 3MP6A 3CI8A 1Y3PA 4P11A 4R6KA 3KJTA 2Z8DA 2WKYA 5DYHA 3SESA 3V89B 3FXRA 4PE5B 3R26A 2HCAA 3CR9A 4H1XA 2R6GE 3JZJA 1AOVA 3O6GA 3ZKLA 3L6HA 3BFUA 3OEKA 2O51A 3QYTA 4I9DA 3T22A 2X7QA 3IOWA 1NNFA 4WXJA 3CSGA 1EH3A 4X1BA 1HSLA 4KYSA 4OYVA 2Q8JA 1QKAA 4K3FA 5KCJB 2Q2AA 2LAOA 1MQHA 3T9XB 4OTEA 3TMGA 2XXTA 4AQ4A 3SEVA 4QFLA 1Y9UA 2O69A 3BFTA 5I56B 4H65A 2D21A 3PPQA 2Y7IA 4QRZA 2AYSA 3IJOB 4EXLA 1II5A 3T9HB 1R6ZA 4OFOA 2DWIA 2ZYOA 3ZKKA 2PYYA 5AA4A 2G29A 2DWHA 1Q35A 3FGSA 5HM4B 1MQJA 1KWHA 1M5DA 3KN3A 2Q88A 2IA4A 3ILTB 3KOTA 1YAEA 3O6IA 3E9XA 4LP2B 4X48A 4YMAA 3K1NA 3OSQA 2RC9A 3IO6A 3OO7A 2XXIA 5I84A 5H8QA 2GHAA 4MH5A 1ZU0A 2AIXA 4GXSB 4XKRA 5I2KB 3OSRA 1MRPA 1JW4A 1RKMA 3RTWB 4JSOA 4DXBA 3ECRA 4LA9A 5CRYA 4R74A 3FXQA 4H6DA 1XVYA 2VOZA 1DTZA 4KQPA 4FEDA 3DELB 1OQHA 3N94A 2NWJA 4EF1A 4JWXA 3KG2A 1F9BA 2ONRA 2UVJA 2XXYA 2M8CA 5JK4A 3TYHA 3E13X 2W7YA 2F97A 1LFGA 4IY6A 1FQAA 3G3FA 4YZZA 3E4RA 2I6EA 1FQCA 5EHSA 2ZNTA 1OMPA 5AA4B 2XHDA 3MP8A 5L9OA 4WKMA 1TWYA 4R2FA 1DPPA 3PUZE 4XKPA 3OD7A 1Z7NE 4H67A 3UK4A 2Y7RA 3SEXA 3QUFA 3BBRA 4BDLA 3USDA 3IR1A 2V3UA 5H8QB 4KD5A 4R75A 1I6QA 5JTYA 1ELJA 1LCFA 1FTMA 1MY1A 1MQIA 3ONMA 1SVXB 4ZEKA 2F6GA 4R9GA 3PD8A 3TTMA 1WVJA 3DM0A 3LSLA 1DMBA 1IIWA 5ICQA 4PETA 4KPTA 3K6UA 5TP9A 3HHFA 1PEBA 3HCQA 1LBCA 4FECA 1Y1ZA 3LSFB 3VV5A 2Y7PA 4NF8B 4KR5A 1NFTA 1B3GA 4PP0A 1UTBA 2ZYNA 4FIMA 1T0KA 3VXCA 2Q89A 2UXAA 3EN3A 3VVFA 1JQFA 1B51A 1JEUA 3CVGA 2UVIA 4KYEA 5TU0A 1MDQA 2B3FA 4UA8A 4XXUA 4X9TA 4KCDA 3IB2A 4F3GA 1B40A 1OLAA 1QVSA 3KBRA 4FJPA 1JW1A 1B52A 1N04A 4U21A 4ZZEA 1O63A 5J1DA 3H4ZA 3VVDA 1URDA 3PPOA 1SW4A 3N26A 4GD5A 3OO8A 3IAZA 1MDP1 2I4CA 1MM7A 3EHSA 3MPKA 4LZ5A 5JTYB 5H8HA 4G4PA 1B58A 3LC8A 2OZZA 5ISUA 3RTFB 3FIRA 1R9QA 5L9SA 3HSTA 2XXUA 4F1UA 2KLFA 1AL3A 4GIZA 1B0LA 5TP9B 3H03A 3V5AA 2ZXTA 2PVUA 2DQVA 4Q30B 3V8XB 4Q0CA 1B3EA 1OVBA 4DCYA 3S9MC 5AE4A 1UTBB 5CMMA 2ABHA 1M5FA 4GVOA 1FTOA 1M5BA 2RINA 4HCYA 4TOZA 3DLNA 4RXLA 3T96B 4LZ7A 3A09A 2H98A 1SW1A 4G2ZA 1B0HA 4QF9A 4Q8RA 1H3DA 3IL1B 3IORA 1PBQA 2RCAA 3M3KA 2PX1A 3KSXA 5H8NA 2FNCA 2F36A 1URGA 3PMWA 2ESNA 4OEUA 4U22A 1D9VA 4WEDA 3DP4A 4ZEFA 3O29A 3RPWA 2GHBA 3PMVA 3IOUA 3MP1A 4RPOA 1LAGE 3KJ7A 1P1NA 5H8HB 4XIGQ 3EQ1A 1POY1 2DE3A 3MAMA 2E1SA 4G77A 3K02A 4F18A 3Q27A 2I3WA 3MZ9A 2UYEA 1US5A 1MY0A 4OFLA 1UQWA 4OERA 3VLVA 3UORA 3MUQA 4XKNA 3K6XA 4KHZE 4F1VA 1ZMGA 3CRBA 4OQOA 2XXWA 1Y3NA 3HPIA 1BIYA 1SQYA 2R71A 5H8FA 1B2HA 2YJPA 1I6AA 4G8HA 1QJMA 3VLWA 3TTLA 2DSFA 1QUJA 3H6TA 1LCTA 3K1PA 4DE8A 4BLAA 2XXRA 1I6BA 1GGGA 4XTCQ 1P1UA 3LR1A 2R9JA 3JYRA 1FQBA 4YICA 3SEUA 3VXBA 5IAIA 1N0TA 3PPNA 1P1QA 4DIGA 2V3TA 3UP9A 3KN7A 4C1UA 1CB6A 4BDQA 5H8NB 4GQOA 4GOTA 5EHMA 1B3FA 3P7IA 1VFDA 4MLVA 4XKQA 3U92A 2I0CA 3E3KA 2VGQA 4YMBA 4JXIA 1B46A 3Q26A 4ZEBA 2QMXA 4F2QA 5F7VA 4P0IA 3PPPA 4G68C 1USYH 3KEIA 4O3BA 1VSOA 1PB7A 3TKDA 3IX1A 3C35A 2FYIA 3KGCA 4LVQA 1LGBC 3HV1A 4U4XA 3C32A 4RJZA 4KCCA 4N07A 1S50A 1MH3A 4N13A 2VP1A 4YB5A 1MY2A 3C4MA 4OMBA 3WAEA 4Z7EA 3D4CA 3K01A 1SBPA 3I6VA 1ZKBA 4YB7A 4NMYA 3LBSA 4IO5A 3PGFA 5H8FB 4ELQA 2QS2A 4ELPA 3TCGA 3O2AA 4MF3A 1BKAA 2CMOA 2PT1A 3O97A 1L5TA 4GLIA 1RYXA 5FTIA 1AMFA 1B32A 4OFJA 5CMBA 5FHNA 1FQFA 4NF5A 1MXUA 1ZLQA 1S7YA 4O3AA 2XXHA 3TPAA 3IB1A 1VFEA 3MQ9A 4M1VA 3SEWA 4QSDA 2OLBA 3OENA 1SI0A 3C9HA 4PFYA 3FZVA 1B5JA 1Q1KA 1OLCA 2ZNUA 4FATA 1MPDA 2DWJA 3IO4A 1XHYA 1YCJA 4G8NA 1GVCA 1B3LA 3TUSA 1M5EA 5ICTA 1BLFA 5FHOA 2ZMBA 2I0BA 2QS1A 4HS7A 2REGA 2I58A 1XS5A 5I58A 3UIFA 1TFAA 4F19A 4QFPA 2DS9A 1LFHA 5BUUA 1XC1A 1IXIA 2QSXA 3L6GA 3U8QA 1PB9A 1B3HA 2AL4A 3RUMA 4PFWA 3I5OA 2F35A 2F7AA 1VE4A 2O68A 3F11A 3QXMA 3TZAA 4JWYA 5L9MA 1H43A 2FA7A 4GL8A 2RCBA 1DPEA 3FATA 5H8SA 3D4GA 1B5IA 2HFBA 4THIA 1H44A 3N5LA 3GBBA 1US4A 5CBSA 3MJNA 4IO4A 5B70A 3LSXA 3KFMA 3TTKA 3T66A 1MH4A 1SW2A 1DOTA 1FTJA 3OO9A 3IB0A 2XX9A 4NF5B 4R9FA 4E0WA 1EU8A 2Y7WA 4HW8A 4PFTA 3CFZA 3CFLA 4LONB 5DVIA 1LAHE 3K0VA 3Q29A 3IJXB 3B6WA 2HAVA 1IZ1A 3MBPA 1SD3A 4QFNA 3FVNA 4BDMA 4OEVA 1FCKA 3ZSFA 2HQ0A 1QULA 4P0GA 3S9NC 4Q5TA 4LUBA 5I58B 3MVZA 4DLDA 2DP8A 3U72A 3EF7A 3M8UA 3S9LC 4TLLB 1SYHA 2DE2A 3Q25A 5DVFA 1B7ZA 4ZE8A 1S9TA 2RKMA 4OZ9A 4O3CA 2VD3A 4H5GA 1B4ZA 1XOCA 2XX8A 2XXXA 1R9LA 3EHTA 3TTNA 4NWCA 4RYAA 5DEXA 4IY5A 3G3JA 1POTA 3H7MA 4DCXA 1OIBA 1N76A 4GL0A 2Q2CA 1MXZA 3RGYA 4QSCA 2XD3A 1B1XA 1Y3QA 4PQJA 2ZNSA 3KN8A 3G3IA 3PV0E 4QFOA 2O7UA 2QRYA 3H6VA 5JEIA 1ZBMA 3K2DA 3FVGA 4F31B 1O7TA 5TPAA 4F39A 2DE4A 3C36A 3MPLA 4I1DA 1EZ9A 2Y7KA 3CG3A 3ILUB 4U4SA 4R72A 4LATA 5I57A 4RY1A 2NUVA 1CE2A 1MM6A 3HHGA 5LOMA 3H3GA 2G93A 4ZS9A 4N6PA 1LSTA 4ELOA 1ATGA 2QS4A 1O64A 1FTKA 3RY3A 2RF1A 3MC2A 2F7CA 3WAFA 1NNKA 2Z22A 1IUDA 3MW0A 1BTJA 4F1YA 4YKJA 4DXCA 5DVJA 4OETA 1D4NA 2AL5A 1AIVA 2YPNA 2NOOA 2P0SA 1LAXA 1QUIA 5A5XA 3QAXA 1MXYA 3G3HA 2QMWA 1A8EA 4BDRA 5DEXB 4H8JA 1JEVA 4OVJA 2XXPA 2F7BA 1MQDA 2H99A 4F22A 3CFXA 3PUWE 3DP6A 3QIMA 1JETA 4FE8A 4IO2A 1BP5A 2Z8FA 4IGRA 5CBRA 3C34A 2I4BA 5EYFA 1Z7ME 1B7UA 3R7XA 4L17A 4R6YA 5TPAB 5CMKA 1FQEA 2UVHA 3KOSA 4ZE9A 4KFQA 4FEBA 4YB6A 2REJA 1LLSA 3T93B 1RYOA 5I57B 2ALUA 2QPQA 1LB9A 2B65A 1UIVA 3SDFA 2H4IA 3B6QA 2XD2A 3UN6A 4FORA 5AA2A 2D5WA 1FQDA 4ZEDA 3PUVE 4EUOA 2A5SA 1QUKA 1A54A 3DP8A 1B9JA 4OESA 2H5YA 5M2VA 3AXFA 4YKIA 4C0RA 1NL5A 5I2NA 2X26A 4ZDMA 1A99A 3RQTA 4IGTA 3MWBA 3C33A 2XX7A 5A5XB 2H9BA 3PMXA 1NNPA 4OXVA 3OXNA 3RNNA 3TCHA 1FTLA 1P1OA 3MVWA 4F3PA 3EHUA 1TFDA 2QJEA 3FJMA 1ANFA 4IO7A 2QS3A 3GBAA 4LQ2A 5CI5A 3CG1A 1SW5A 4ECFA 2DVZA 2ONSA 2GRVA 1EZPA 1D9YA 1P99A 4E0XA 3W15C 3LUYA 3SERA 4ONYA 5I2KA 2CZLA 2DVCA 2HEUA 3FV2A 4MBPA 1DSNA 2Y84A 2F6PA 3HO7A 4NF4A 1NNTA 4ISUA 4EQBA 1Y4CA 4G8MA 2NVUB 5AA2B 1MQGA 4MLQA 2UVGA 4EQ7A 3TQLA 1QKBA 4GXAA 4AB6A 2HZKA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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