2V93A

Equillibrium mixture of open and partially-closed species in the apo state of maltodextrin-binding protein by paramagnetic relaxation enhancement nmr
Total Genus 122
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
122
sequence length
309
structure length
149
Chain Sequence
GKLVIWINGDKGYNGLAEVGKKFEKDTGIKVTVEHPCKLEEKFPQVAATGDGPDIIFWAHDRFGGYAQSGLLAEITPDKAFQDKLYPFTWDAVRYNGKLIAINAASPNKELAKEFLENYLLTDEGLEAVNKDKPLGAVALKSYEEELAK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Transport protein
molecule keywords MALTOSE-BINDING PERIPLASMIC PROTEIN
publication title Open-to-Closed Transition in Apo Maltose-Binding Protein Observed by Paramagnetic NMR.
pubmed doi rcsb
source organism Escherichia coli
total genus 122
structure length 149
sequence length 309
ec nomenclature
pdb deposition date 2007-08-21

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01547 SBP_bac_1 Bacterial extracellular solute-binding protein
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 2v93A02
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 2v93A01
5KDTB 3PV0E 1LFGA 3RT8A 1OLCA 1MXXA 1IUDA 4EUOA 5TU0A 3MZBA 2DXRA 2Y7WA 3MQ9A 4YICA 3FVNA 1MH4A 3G3HA 1MQJA 1B40A 2V25A 5FHOA 4NWDA 4Q30B 1B46A 1IXIA 4GQOA 4IO6A 3FJ7A 3RQTA 2H25A 3MP8A 1H43A 3QYTA 3H03A 5EHSA 1NMUA 1RKMA 4C1UA 4NF5A 5IKBA 4EQ7A 4QSEA 2H4IA 4EXLA 1SD3A 3K6UA 4EQ9A 4EXKA 4MH5A 4I9DA 1MXYA 3OO8A 3N6TA 3V89B 4F29A 1Y4CA 2P2AA 2B65A 3K0VA 4MBPA 1EZ9A 3ZS6A 2NWJA 2D3IA 4QF9A 3K1MA 3ODBA 1N0TA 3V8XB 3N6UA 3FIRA 4Z7EA 2AL5A 2Z8FA 1WODA 3SEXA 2Y84A 1NNPA 1B5JA 1MXZA 3TCHA 3C32A 2QMXA 2VHAA 3H6WA 2OCUA 4BDMA 1LAHE 4THIA 4XKRA 3G3KA 5L8DA 3PMWA 4RY1A 2AIXA 1FQDA 1H3DA 5AA1A 4X1DA 1PC3A 4DXUA 4ONYA 5CI5A 3HHGA 4GXSB 4FIMA 5ITPA 1ZKBA 2HZKA 1XOCA 3Q27A 4R2FA 3UP9A 1QUKA 3FATA 1GV8A 2H9BA 3UK4A 4F3BA 2QL3A 1QUIA 3MP6A 2UYEA 3CR9A 3CSBA 3FVKA 2RC7A 5IAIA 1ELJA 2RKMA 3SEYA 5TPAB 1M5BA 4MFIA 2PT2A 4TOZA 3T22A 1LAFE 1Y4TA 2H98A 2O51A 3KN3A 4KFQA 5ITOA 4IO5A 1PEBA 2DXYA 3O6IA 1SW2A 3CG1A 1H76A 2XHDA 1BKAA 3TKDA 1ZU0A 1S7YA 1IQ7A 3CSGA 4DZ1A 1NH8A 4HCYA 3I5OA 5L9MA 1MPCA 2QS2A 1B3LA 2PT1A 3M3FA 3MVXA 4R74A 4YKJA 5EHMA 4YMAA 3SERA 4BDOA 1QKBA 2V84A 2NOOA 3KOSA 3L6HA 1NNTA 4KCCA 4R9FA 1POY1 4ZEIA 4PFUA 3CVGA 5CM6A 3IORA 3O28A 1B4HA 2I49A 4R9GA 3C33A 2HEUA 3OSRA 2YJPA 3LSWA 3IO6A 4R75A 3KOTA 1EZOA 4X1BA 1QJMA 3VLVA 1B3EA 2RCAA 4WEDA 4KD5A 2ANJA 2I4CA 2O7UA 1MPDA 2Z22A 1B3FA 2ZNSA 3TTRA 4G4PA 2Z23A 4FJPA 2F34A 2E1SA 4OVJA 4X9TA 1US4A 4ZE9A 4G77A 1LGBC 2A5SA 1JQFA 5I59A 4OEUA 3IOWA 5I57A 2F97A 2F7BA 3HV1A 4LATA 4NTLA 4ZECA 5I59B 1MQDA 4UA8A 3PD8A 2OBGA 4NE4A 4NMYA 3A3UA 3VE1B 3E13X 3EHTA 3HCQA 3S2VA 5M2VA 3EN3A 3KN8A 1GR2A 3MC2A 1D9VA 1AMFA 5CBSA 3SEWA 1CE2A 4PP0A 4BDLA 3I3VA 1ZLQA 3GBAA 4FEBA 5I58A 1M5FA 3UA8A 4GRKA 1LSTA 1AOVA 5I2NA 2ONRA 5I58B 1H44A 1S50A 4H5FA 5I2NB 1SDXA 4GWOA 2KLFA 4G8NA 4QFOA 3RY3A 3VFJA 3FVOA 4U4SA 2VGQA 3TEPA 1O64A 5FHMA 1OVBA 4ZZAA 3TTLA 3MVWA 1LB8A 4H1XA 3PUZE 2Y7PA 2B3FA 3MW0A 4O3BA 4XKPA 1FW0A 1B3HA 1R1NA 2I0CA 1EU8A 3B7DA 5DVFA 2R6GE 4ZEFA 2LAOA 5DTBA 3FVGA 2XX9A 4JSDA 2RC9A 2F6PA 4POWA 1MDQA 1UQWA 1PBQA 2P0SA 2F7AA 1JW1A 4KR5A 4OYVA 3M3LA 4R72A 1P1OA 3SEUA 2F8DA 5H8HA 2QS1A 4OFOA 4Q0CA 3GZGA 3VDFA 3KJTA 3ONMA 2UVHA 1URSA 2Z8EA 3MPLA 3W15C 1JW5A 3O29A 2F6GA 5H8HB 2PVUA 2H5YA 3PUYE 2I6EA 4GLIA 4OHNA 4GF8A 1ATGA 3FJMA 1B7UA 3THIA 3PU5A 3OSQA 3MWBA 4WXJA 1URGA 1HSEA 3BFUA 3OO7A 5TP9B 3IB1A 2QS4A 5L9SA 1IXGA 3T66A 2W7YA 3K01A 1MH3A 2HAVA 1A55A 3OMBA 2BJJX 1VE4A 2O1LA 3G7WA 1D4NA 1BLFA 3TTKA 3LSLA 4XIGQ 3C31A 1B7ZA 2H99A 2HQ0A 3SEVA 2QMWA 4TLMB 4EF1A 2UXAA 1B9JA 3FZVA 2HZLA 4N13A 4OWDA 4FE8A 4RPOA 4OTEA 3VXBA 5HM4B 4H0WA 5AA4A 4IY6A 3GXAA 4FORA 4H5GA 3FV2A 1LCTA 5AA2D 1SW5A 1FTJA 2Q2CA 2Q9TA 4YZZA 3OXNA 1DTGA 2ZYOA 2Y7KA 3R6UA 1B58A 1CB6A 1MQIA 2UVIA 2XXUA 2V3QA 3RT6B 1GTKA 1FCKA 2PMSA 2UVJA 2REGA 4ELQA 1B2HA 1Y20A 3N26A 1YTVA 4E0WA 4YB7A 3UGWA 3H4ZA 4R73A 4QSCA 4JWYA 3U1OA 3CFXA 4KYSA 1SW4A 3JZJA 4LONB 2HFBA 3GBBA 1DOTA 4UACA 3IOUA 3LSXA 1Y3PA 3SDFA 1MQHA 3K6VA 2DE4A 4ZS9A 4ELRA 4NF5B 4YKPA 4IO3A 2OWTA 4H65A 4QRZA 3WAEA 1PDAA 3C9HA 4YKKA 3VXCA 1SBPA 1FTKA 4G8MA 4IB2A 3D4CA 2CZLA 4GL0A 3MAMA 4DCYA 2VD3A 2GRVA 2VP1A 2HAUA 3PMVA 4YAHX 4F39A 1MY1A 1NKXA 3PPNA 4LVQA 2GFEA 1VSOA 5ELVA 3FJGA 5H8FA 5JK4A 3ZSFA 3N5LA 2NVUB 3QUFA 1UIVA 4F2OA 3FUZA 5H8FB 2ZMBA 1P1UA 3H3GA 1ZMGA 4AB5A 3W9WA 2ZNUA 4XKQA 2ONSA 5FHNA 4OQOA 1XVYA 3P7IA 3Q25A 2M8CA 4H67A 4JXIA 1MG1A 2XD2A 4IGRA 3T9UA 2DWJA 3GLBA 2XX7A 3FXQA 4PETA 3CRBA 3TTNA 4NF8A 1VFEA 3KN7A 1MQGA 3R26A 5AA3A 5I84A 5H8NA 3CFLA 4NF8B 1HSLA 2XXTA 3SETA 2PBWA 1MXUA 4ESXA 4OESA 4NF6A 3H6TA 3RUMA 4QSDA 4G2ZA 1A40A 3ZKKA 2XXXA 3KBRA 1PBPA 4NF6B 5DT6A 3FXRA 2DVCA 2DS9A 4G68A 3A09A 3C34A 3PPRA 2O69A 1Y3NA 4G68B 4RA1A 1R9QA 4F1YA 4F22A 1LBBA 4KQPA 4YB6A 1UTHA 4F3GA 5AA2A 1UTBA 2AL4A 4H8JA 3KZGA 4IY5A 4RXLA 4LZ5A 2O84X 4XXUA 5AA2B 1UTBB 5A5XA 3KG2A 4XKNA 4TLLB 1NL5A 1A8FA 4LP2B 3DP8A 3U92A 3K6WA 4LZ7A 3IAZA 4JBZA 2OJTA 4QFKA 3D4GA 2OK2A 1LFHA 5KZTA 1OMPA 3OENA 1LB9A 3U8QA 3VLWA 4ZE8A 2FA7A 3MZ9A 4WEPA 3FD3A 1N7WA 5ISUA 4ESWA 2YPNA 1SQYA 2HXWA 1FTMA 3MPKA 4PQJA 1LAXA 3CFZA 1WVJA 3MUQA 1OVTA 2QRYA 1FTLA 5CC2A 2ALUA 4Q8RA 1FQCA 3TDJA 4JSOA 3S9NC 3Q26A 5ICTA 1SW1A 3DLNA 1B1XA 1OIBA 3V83A 1YAEA 2Y7IA 3EQ1A 4U2RA 2QS3A 3FASA 3EF7A 4U23A 1D3KA 5DEXA 5ICQA 3IJOB 1MS7A 5DYHA 3TODA 5I57B 1US5A 1B5IA 4OZ9A 3RNNA 3Q29A 2ABHA 3QXMA 5DEXB 3H6UA 3VV5A 2GHBA 3U72A 1N7XA 1BIYA 1AIVA 1PB9A 3IR1A 4F19A 3MVYA 4KPTA 2O6AA 3E4RA 1B5HA 4C0RA 3HHFA 5FTHA 1MXWA 3MP1A 4HW8A 1M5DA 3K6XA 1M5EA 2UYFA 2REJA 4KI0E 4R6KA 4YMBA 3ILTB 1D9YA 3QK6A 3OD7A 4H6DA 1FQEA 1P1NA 4GOTA 1DTZA 3K1NA 3QUJA 4U4XA 1P99A 2FNCA 4X48A 3BKIB 2D5WA 3IX1A 4POXA 1DPEA 4OENA 5H8QA 5B7DA 1SYIA 4R6YA 3EPEA 3RTWB 1N76A 1XC1A 3KEIA 5H8QB 4GIZA 1LCFA 3PUXE 3RPWA 2PYYA 4ECFA 3TQLA 1TFAA 2B3BA 3UORA 3PD9A 2A5TA 3OO6A 5JEIA 1HSJA 3LSFB 3ILUB 4KHZE 2I4BA 2ZYNA 1XHYA 4EQBA 5H8SA 2A5TB 1FTOA 4MLVA 3RTFB 2V3UA 4L17A 3IOVA 2DSFA 1ZJLA 5K2XA 4JDFA 1MRPA 3TYHA 4FATA 3KFMA 2V93A 1SI1A 3TMGA 1J1NA 3KSJA 4ZEDA 3RLFE 4YKIA 2P1SA 2XD3A 4JWXA 4ZDMA 1DSNA 4O3CA 3OEMA 1XT8A 1UIUA 4QFNA 4XTCQ 3MBPA 3BFTA 1A99A 3IB2A 3RN8A 5CMKA 2QSXA 2UVGA 4EDPA 4NWCA 3K00A 3T9HB 4F18A 2XXWA 3K2DA 1I69A 1QKAA 4ISUA 2DQVA 1NH7A 3OO9A 5HPQA 3TUSA 4P0GA 1PB8A 1EZPA 1USYH 5DVIA 3TPAA 3SESA 5F7VA 1DMBA 2VOZA 4PFTA 1JNFA 4N07A 1IXCA 3EHUA 4GL8A 5HBCA 1NNKA 3TAJA 3G3IA 4ZZEA 4AB6A 2F78A 3OOAA 4F1VA 5AA4B 1MY3A 3ZKLA 1A7LA 1ZTYA 2RCBA 4OEVA 1RYOA 2I48A 5F1QA 3OEKA 3S9MC 1N04A 2F5XA 4PFWA 4LQ5A 4YU0A 4GFRA 3LC8A 4I62A 3O2AA 1P1QA 3HN0A 4FEDA 4DIGA 5CMBA 1B52A 3RGYA 4HCWA 1AL3A 2D21A 3B6WA 3PPPA 1B32A 1A8EA 5FTIA 4LA9A 3V5AA 1N3XA 2Q89A 2HCAA 4R2BA 2DE3A 1TWYA 3UN6A 4C1TA 3DELB 2VD2A 3T96B 1XVXA 1QW0A 2F36A 3CIJA 4JB7A 5EYFA 3O66A 1IIWA 3I6VA 5CMMA 3DP4A 4RK2A 1NNFA 1QUJA 1TXFA 1POTA 4U1ZA 4IO2A 2XXPA 1DPPA 1NFTA 1M5CA 2I58A 1R9LA 5AE4A 5BUUA 1YCJA 4QHQA 3U93A 3FGSA 1Z7NE 2Q8JA 3R7XA 2ZYKA 2DWHA 3FXUA 2XXIA 2NUVA 3IO4A 3SKPA 1SI0A 5KCJA 4P0IA 3C36A 4U1OA 4F31B 1Y1MA 1JVYA 4JWOA 4Q5TA 2OWSA 2DE2A 1Q35A 5KCJB 2Q88A 4Z0IA 2RF1A 2I0BA 1QVSA 2ONKE 3UIFA 1T0KA 1JVXA 2ZYMA 5CMCA 3O6HA 4MLQA 2GH9A 3LR1A 4PE5B 1O7TA 4OERA 2ZNTA 5J1DA 3TZAA 2XXVA 1FQFA 4KYEA 4IO4A 5B70A 3CG3A 3HPIA 4M4GA 3QSLA 5H8NB 1WDNA 4QFPA 1ANFA 4AQ4A 1F9BA 2G93A 3FV1A 2OLBA 1I6BA 1MY2A 1Y9UA 3KSXA 3O6GA 5TPAA 3K1PA 1B05A 1FQBA 4DXBA 3VVDA 3VVEA 3MJNA 3ECRA 4PFYA 4ELOA 1TT1A 1S9TA 1MPBA 3IL1B 1GGGA 1TFDA 3KJ7A 1PB7A 3F11A 4GD5A 3TCFA 4F3PA 1UTHB 4RK9A 1B7HA 1ZBMA 4IGTA 2DYXA 2PX1A 3S4UA 2IA4A 2AYSA 2DWIA 5A5XB 2ESNA 4LQ2A 4WKMA 3N94A 3A3CA 3K02A 4ZEKA 2GHAA 1B0HA 1LBCA 3PUWE 4KCDA 1JEUA 2FYIA 4BDNA 1II5A 1EH3A 2DWAA 2IEEA 2XXRA 1B4ZA 4ZEBA 2DP8A 1Y3QA 3QAXA 3K4UA 3TTMA 3DM0A 3C4MA 3MZ1A 1MXVA 3E3KA 4K3FA 1MY4A 1JW4A 3LBSA 1GVCA 2Z8DA 3TCGA 1IXHA 2CMOA 4E0XA 1O63A 2ZXTA 3T93B 4MF3A 1A54A 1AH5A 1LLSA 2QJEA 1YPNA 3IOTA 3M8UA 5CBRA 4O3AA 3VLUA 1RYXA 4TQUQ 2R9JA 4RNSA 4OFJA 3PPQA 3T9VA 5BWJA 1P1WA 2O1MA 2XX8A 3E9XA 3IB0A 4DDDA 2X7PA 3H06B 4U22A 4DE8A 3H7MA 1MM6A 3T9XB 4ND9A 5DVJA 2X7QA 4RPNA 1IZ1A 3H6VA 1BP5A 4YB5A 3HSTA 4LZ8A 5I2KA 4HS7A 4HTGA 2F35A 4OXVA 1Y1ZA 2YLNA 4OFLA 5I2KB 4RJZA 3JYRA 4FECA 2OZZA 3QIMA 3TFLA 1N3WA 2Q2AA 1SVXB 3CI8A 5I56A 1USYE 4I1DA 1I6QA 1B1HA 4IO7A 5I56B 4DXCA 1FQAA 1JETA 3L6GA 2O68A 4FAJA 4RYAA 1SYHA 3DP6A 3G3JA 1L5TA 1B51A 2THIA 3TELA 2DOJA 4R6HA 1I6AA 2XXYA 3W9VA 1Z7ME 2RC8A 1B6HA 1IEJA 3IK6B 2F7CA 3S9EA 2Y7RA 1VFDA 3O97A 3JV9A 4OMBA 3VVFA 1XS5A 5K2YA 3PGFA 5JTYA 3USDA 4GXAA 3IJXB 3S9LC 1KWHA 5JTYB 4H8IA 4G68C 4DCXA 3PPOA 3PMXA 1JEVA 1OQGA 4ELPA 4BDRA 4F2QA 2R71A 3WAFA 3U94A 4U21A 5LOMA 2DVZA 2I3WA 1N84A 3B6TA 4NF4A 3M3KA 4F3SA 1R6ZA 2X26A 1URDA 4DLDA 4NF4B 2E0SA 4BDQA 4BLAA 3EHSA 1OLAA 3B6QA 4EF2A 1Q1KA 4P11A 3PUVE 4OETA 1MM7A 3HO7A 4KYDA 4QFLA 1MDP1 2WKYA 4NEDA 2RINA 2XXQA 2NXOA 4LUBA 1BTJA 5TP9A 4G8HA 3BBRA 3TQWA 3Q28A 1IITA 3C35A 1VR5A 3G3FA 2XXHA 1B3GA 4F1UA 1H45A 1LAGE 2I3VA 2O7IA 1QULA 5L9OA 3G3GA 1MY0A 1B0LA 4M1VA 3MVZA 1LFIA 3O9PA 2G29A 2V3TA 2QPQA 4GVOA 3AXFA 3OELA 5KDTA 5CRYA 4I8CA 4N6PA 3KGCA 1ZIUA 1OQHA 3LUYA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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