2VA6A

X-ray crystal structure of beta secretase complexed with compound 24
Total Genus 85
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
85
sequence length
387
structure length
376
Chain Sequence
FVEMVDNLRGKSGQGYYVEMTVGSPPQTLNILVDTGSSNFAVGAAPHPFLHRYYQRQLSSTYRDLRKGVYVPYTQGKWEGELGTDLVSIPHGPNVTVRANIAAITESDKFFINGSNWEGILGLAYAEIARPDDSLEPFFDSLVKQTHVPNLFSLQLCGASVGGSMIIGGIDHSLYTGSLWYTPIRREWYYEVIIVRVEINGQDLKMDCKEYNYDKSIVDSGTTNLRLPKKVFEAAVKSIKAASSTEKFPDGFWLGEQLVCWQAGTTPWNIFPVISLYLMGEVTNQSFRITILPQQYLRPVEDVATSQDDCYKFAISQSSTGTVMGAVIMEGFYVVFDRARKRIGFAVSACHVHDEFRTAAVEGPFVTLDMEDCGYN
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords BETA SECRETASE 1
publication title Application of Fragment-Based Lead Generation to the Discovery of Novel, Cyclic Amidine Beta-Secretase Inhibitors with Nanomolar Potency, Cellular Activity, and High Ligand Efficiency.
pubmed doi rcsb
source organism Homo sapiens
total genus 85
structure length 376
sequence length 387
ec nomenclature ec 3.4.23.46: Memapsin 2.
pdb deposition date 2007-08-30

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 2va6A01
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 2va6A02
4DFGA 1AIDA 4E43A 4Q5MA 4Y58A 3URJA 4CPRA 3RTMA 2Q54A 5JFUA 1MERA 3O9GA 4L7JA 5P38A 4Y5PA 4Y4ZA 4L6BA 5P46A 5P2OA 3G6ZA 5DR8A 2V10C 4ZSMA 5P50A 5DR1A 4HVPA 4J0YA 1HXWA 3LZSA 1B6PA 2NNKA 3Q3TA 3WZ6A 2APRA 5P3GA 5P3ZA 1LZQA 1FQ7A 1FEJC 4Y4UA 1TCWA 3QBFA 4OBZB 5P4IA 4K8SA 4QJ2A 4Y5AA 2ZJKA 1BVEA 2ER7E 5OYWA 5P67A 3Q4BA 3JVWA 4A6CA 3IXJA 3UDYA 3BVBA 3R1GB 1WKRA 1HTFA 5OZDA 5P4CA 4YD4A 2WF2A 3LIZA 4Q1YA 2HS1A 1FG6C 1RPIA 2QI0A 4HDFA 3QAAA 2AVMA 1TW7A 4FSEA 2QI6A 3O9AA 2NXDA 5P5MA 4J1HA 5P0OA 4CKUA 1HOSA 2IGXA 3M9FA 5P3HA 4EQ0A 2OHQA 4YA8A 3WZ7A 3PMUA 3T11A 3SA5A 3DV5A 2PYMA 2Q5KA 3KDBA 3PWMA 2P3CA 5P1OA 4Q1XA 1QBSA 2BPYA 1DIFA 4RVJA 2OHPA 1AXAA 5P1LA 1UH9A 3OQDA 3EC0A 3KFRA 5IVQA 5OZGA 3GI6A 5P0UA 5P76A 3IXKA 1E80E 4FM6A 5OYXA 2AOHA 5P4DA 4B05A 1QBRA 3LPIA 2PQZA 2IQGA 3K5FA 3UTLA 3QS1A 3OUAA 2VJ7A 5P02A 1D4HA 4QJ8A 5P16A 3WZ8A 5KR1A 3R0YA 2ZJIA 3L58A 3RSVA 2O4PA 5P6FA 3TPRA 5P7CA 4I0IA 2NR6A 3TPJA 3OTSA 2FNSA 4ZPFA 3CMSA 4GJDA 5P2NA 3L5BA 4ZIPA 2AVVA 5P8PA 4J17A 3ZPSA 5P82A 3OU1B 4CP7A 5P5OA 1EBKC 2AZBA 4YHQA 4EWOA 2ZGAA 4DPFA 5P4VA 3Q70A 2QI1A 3KT2A 4DJQA 4KE1A 4R8YA 3AIDA 5P3SA 3SKGA 1G2KA 5P3EA 1META 4BELA 1W5WA 4OBJA 3VLAA 3OWNA 3HLOA 4KB9A 5P03A 1MIQA 5P6SA 5P0HA 5P5HA 2OHKA 1HIVA 3FNSA 3SFCA 5P3WA 3PI5A 4Y4XA 3QBHA 5P04A 2FXEA 5P6AA 2AOGA 3VYEA 4EJKA 5P81A 4XX3A 3VFBA 5P2HA 3UQWA 5P3VA 1RNEA 5P8RA 1DPJA 5P64A 2PSVA 3NDXA 3LIYA 3OK9A 2B60A 4LBTA 2I4VA 4NPUA 3RTHA 1HVLA 5P4EA 1GVUA 3D3TA 4Y3RA 5P4JA 4K4RA 5C9BA 2HB3A 1HVSA 2F8GA 4Z22A 5P4HA 3BGBA 3ZLQA 5P4LA 2QNQA 2V0ZC 4Z50A 1RV7A 3Q6YA 5P3MA 1SBGA 5OZFA 3OU4A 5SZ9A 1PSNA 5P1CA 5P22A 4XKXA 4JOOA 4XXSA 1KJ4A 3VYFA 3NDWA 2ASIA 2OAHA 5P3UA 1APVE 4CPQA 3UFLA 5P80A 5P31A 2OHMA 3O9IA 5E5KA 1HIIA 2VJ6A 2ER9E 5KQZA 5OZMA 4ZEAA 5P2IA 4BEKA 4D85A 3UDQA 2HC0A 2R3TA 3OHHA 4HDPA 3O9DA 3IN3A 4R92A 2EWYA 2I4XA 4FRJA 5OYTA 5P3AA 3PI0A 2B7ZA 1LYBA 1QRPE 3BXRA 2Q15A 5P6IA 5P4RA 5KR0A 2WEBA 5TOLA 3S7LA 2FDPA 3OAGA 1MT7A 4B70A 1HEGE 1ODXA 4FAFA 5P69A 4LC7A 2VNNA 2G1YA 3O9LA 1C6XA 1EBYA 4Y4GA 1NH0A 1HXBA 5P8OA 4Y56A 3DV1A 1FQ4A 4F73A 5I3VA 5P0PA 4YCYA 3RVIA 1G35A 5I3XA 1GNNA 4NPTA 2QU3A 5P30A 2BKTA 1SMRA 1FB7A 3VFAA 2A1EA 5P5QA 1IDAA 3OXXA 4KE0A 3NSHA 5P5GA 2QI3A 4L7GA 4K9HA 3KFNA 3UQRA 2HM1A 1GVTA 4Y41A 4HZTA 1BXQA 1B6KA 3DJKA 4BFBA 3SM1A 4R93A 1IZDA 2QMFA 3FNTA 4LAPA 1FLHA 4LHHA 5P3LA 8HVPA 4PZXA 5P7AA 4QLHA 4JECA 5P2EA 1SDTA 4Y3TA 5P4AA 3PLDA 4X7IA 1MT9A 4Y5BA 3HVGA 4Y9WA 5P4FA 5P6JA 4J1EA 5HVPA 2ZE1A 2QZKA 2CENA 2VIYA 4OC6A 1ZSFA 5P2KA 1SDVA 3NU4A 5P6PA 5P8EA 5P1HA 1FG8C 2JYSA 2QZWA 5P8MA 2BPVA 4F76A 1IDBA 5P1UA 4DJPA 2H6SA 3TKGA 3SM2A 5P8CA 2QMDA 3CIBA 4L7HA 2VA6A 1A8GA 1ODWA 5P47A 1AVFA 5OZRA 3KMXA 5ISKA 4ER2E 1EBWA 3D1XA 4CPTA 4J55A 5P2GA 3ZKIA 1MSMA 4RCDA 1SIPA 4Y4JA 2AODA 3HDKA 5P29A 3TOHA 1W5XA 2F3KA 5P7BA 5P65A 5P5NA 4PHVA 3INDA 3IXOA 4FGXA 5P4UA 4DUSA 3MWSA 4WTUA 3K4VA 5P0WA 1LYBB 3R0WA 4DQHA 1YM4A 5P2VA 1FMUA 4AMTA 5P1TA 4Y5KA 2R5PA 1BBSA 4NJSA 2J9KA 5P7IA 1CZIE 1HVHA 1FQ5A 2ZHSA 5P61A 5IVTA 2R43A 2WF4A 2G1NA 4Y38A 4FM7A 1SGUA 2F3EA 5P5AA 2VIEA 1EPOE 4Y39A 1T6EX 1LYWA 2QU2A 5P73A 3UPJA 5P5UA 6FIVA 5P8JA 4EJDA 3UDRA 5P8TA 4PYVA 5HCOA 2ANLA 2G27A 5OZ1A 4U7QA 3NWXA 1CPIA 4I0DA 4U8WA 3ZMGA 3S53A 4F75A 1HVRA 5P1AA 1TZSA 2AOJA 3INFA 1OD1A 3K1WA 1YG9A 4Y5EA 5P1XA 5P8NA 2G20A 3QPJA 4QGIA 5HDXA 4YE3A 5P3RA 4DJRA 2IEOA 5P7OA 3OQFA 3ZKXA 2XYEA 1HRNA 1CMSA 4Y3WA 3B80A 4EXGA 4EJLA 2AZCA 3KT5A 1SDUA 3S56A 5DR4A 5HU1A 1HWRA 5P0LA 3NLSA 4Y5CA 3EL1A 1PROA 4LXMA 2O4LA 4EPJA 2QNPA 2MIPA 3EKVA 2WEDA 4OC6B 4Y4EA 3DM6A 1AJVA 4OBHA 5BWYA 4DJVA 2HIZA 4Y3XA 1D4IA 3O9HA 5P0KA 2RENA 2BJUA 2QHYA 5OYZA 2I0AA 1WBMA 1D4JA 4RCFA 1BDQA 5HDUA 4GJ7A 2IS0A 2XFIA 3EM4A 3TL9A 5P72A 2JJJA 2ZJNA 1LF4A 4YD3A 3UQXA 5P8UA 5P2AA 2IKUA 4Y35A 4APRE 5P87A 4Y3JA 5P1KA 3SKFA 4PZWA 2NMZA 1XN2A 3IA9A 1EBZA 3ZKGA 5P8KA 1GNOA 2ER6E 1PPME 5P1ZA 3I25A 3PCZA 5EZXA 3ST5A 4EXHA 5P2ZA 5COKA 5SXNA 3DUYA 3SA6A 1A94A 3K5GA 1W5YA 3HZCA 5ER2E 4Z4XA 1FIVA 5JG1A 1MT8A 3OTYA 1FGCC 3LNKA 3LIVA 2R3WA 4RZ1A 5P1EA 5OZAA 5OZBA 5P2DA 4Y3YA 2ZHUA 5AHAA 5DQ4A 5P7RA 5P5PA 5P3BA 4L1AB 1BVGA 3JW2A 5P0RA 5P34A 1RQ9A 3KF0A 1IZIA 2QMPA 4DQGA 2VNMA 2P3BB 5P27A 5P25A 5CLMA 1AM5A 2IGYA 1ENTE 5B18A 5P7MA 1YTJA 2F3FA 1ZLFA 2IDWA 5DQ5A 5P28A 1QBTA 2QHZA 1TSQA 4Y3PA 5P8AA 2JE4A 5HTZA 4B1DA 2UY0A 3APPA 3AUPA 1OEXA 4FM8A 4RROA 5P7XA 1U8GA 2BB9A 1K1TA 4ZLSA 3BUFA 4DH6A 3H5BA 5P10A 1FFIC 1LEEA 5P79A 4CPUA 4DJUA 2PC0A 3PJ6A 3GGUA 5AH7A 1G6LA 1QBUA 2AVSA 3EKYA 2AVOA 1W6IA 1T7IA 5P6ZA 2P83A 4I12A 3S54A 1K6CA 3KFPA 3L5FA 2AZ9A 5P6WA 5P74A 1KJFA 3PB5A 5KOSA 2G1RA 4XX4A 1PPKE 3D1ZA 4RGHA 5P3DA 2VA5A 5P40A 3PVKA 3TOGA 5P68A 2AVQA 3UDKA 3S8IA 3MXEA 2OHRA 4RCEA 4MC2A 4D8CA 4ZSQA 2NXMA 4Y6MA 1PSAA 4PPHA 2HS2A 1HSGA 3OU3A 3S2OA 1EPRE 1M43A 4Y3SA 5P7TA 4H3JA 5P1IA 4U7VA 3QROA 4OBGA 2G1OA 1EPNE 5P42A 3RU1A 3PSGA 4RYGA 5AGZA 5AHBA 2WL0A 3GI0A 2FS4A 3QN8A 2PK5A 2Q64A 2H6TA 5P84A 5P8LA 3NUJA 4Z2ZA 3OQ7A 3L5EA 1HIHA 1D4SA 1K6VA 4HLAA 1SP5A 4YOBA 2I4WA 4B78A 2OHLA 2FMBA 3OUDA 1HPSA 5P0CA 4I0GA 3DCKA 3OQAA 5APRE 4NJUA 1MSNA 5OZTA 2FNTA 4D88A 2G26A 3CYWA 3T7XA 2BPZA 1TCXA 1EC3A 5P1FA 5P7PA 1A9MA 2QAKA 4LXAA 5P53A 1LF2A 3ZOVA 3T7PA 2JJIA 3HD8A 1B5FA 1ZSRA 3KFSA 5P2MA 4EP3A 5P58A 3SLZA 5P4YA 5P4TA 2P3AA 1DW6C 4FS4A 5P0BA 4I11A 5P2FA 1XL2A 2QCIA 4YDGA 5P5XA 3CIDA 3LITA 3K5DA 4I1CA 5P15A 1K2BA 3SA7A 1NPVA 5P3OA 4Y5GA 4GJ5A 3OXWA 5BRYA 2WJOA 3PSYA 1ME6A 4I8WA 4GJ6A 1BXOA 5OZ8A 2UPJA 3EKTA 4B77A 1UH8A 5IE1A 3TKWA 3R2FA 4Y4AA 5P5WA 5P4WA 4Y4WA 1E81E 5P2XA 4ZSPA 3DCRA 3GGAA 1HSHA 4Y51A 3PMYA 4R91A 4D89A 2Q55A 3EMYA 4YBIA 1VIKA 3PBZA 2AOEA 3TPLA 1EPLE 3PRSA 4DQCA 5IVRA 5AH9A 5P8SA 3ZKSA 4QJ7A 1D4LA 3BC4A 4EJ8A 5P36A 2PH8A 1ZTZA 5P1JA 5BS4A 2J9JA 3TNEA 5P7JA 5P5FA 1K6TA 2AOCA 2QI4A 5OZ2A 2QD6A 4OBDA 1IIQA 4FLGA 3I8WA 4Y3ZA 1C70A 5P07A 1BAIA 3B7VA 1KJGA 5P89A 4DJXA 4FSLA 4H1EA 2WEZA 5AH8A 4Y45A 5P7NA 3NU9A 2HB2A 3NYGA 5OZ6A 3OY4A 5DR3A 1XE5A 2BQVA 3VYDA 3URLA 1UPJA 5P5TA 3BRAA 3HVPA 1B5FB 5P7FA 5P51A 1N49A 2PSGA 5P5SA 3APRE 2ZDZA 5OZHA 2BKSA 2RKFA 4OBFA 5DGWA 2I4UA 1YTGA 3LZUA 4EHCA 1XN3A 5J25A 5P0EA 3VF5A 1APTE 3NU3A 1HTGA 3CKTA 1GVWA 4MC1A 1K1UA 3IVIA 2V00A 4YOAA 5T4SA 5KAOA 5C9DA 4RLDA 4FE6A 3T6IA 3OU4B 3I2LA 3PM4A 1ZP8A 5P14A 3Q5HA 5OZWA 1AZ5A 4R95A 4GYEA 5P4BA 1K2CA 2I0DA 3QVIA 4EYRA 5DQCA 1T7JA 3GGVA 3HAUA 5P2CA 5OYUA 1W5VA 3GW5A 2V12C 4ZPEA 5P3XA 5OZNA 3MXDA 2IENA 1XS7D 5P2LA 5P3TA 5P0GA 3DOXA 1GNMA 3LINA 1RL8A 3FNUA 5P3JA 4Y5NA 5PEPA 5P2SA 5P12A 5UPJA 4Y3DA 4I0JA 1B11A 2QNNA 5DQ2A 3PWRA 3IN4A 2Q63A 3K5CA 2NPHA 5HCTA 5HE7A 4EQJA 5OZXA 3VF3A 3OUCA 2NXLA 3OAGB 3WB5A 4AZYA 2HB4A 5P35A 1K6PA 1A8KA 5P83A 5OZ4A 5P6GA 5P0XA 2OF0A 2PSUA 1IZEA 3D91A 3O9LB 5P26A 3SQFA 4GJBA 2VIJA 3O9FA 4DV9A 3UQUA 5P4MA 5P4SA 1YTIA 1ODYA 3OADA 1DAZC 3QI1A 5P8BA 4Q1WA 5P85A 2NTRA 4RRSA 4OBZA 5P7LA 5P2QA 2WHHA 1YX9A 3O99A 3VF7A 4Y4DA 5P6BA 1QS8A 5F01A 4GJ9A 1MRXA 5P19A 5OZQA 5P7WA 2VKMA 4TRZA 4HDBA 1E5OE 5P6QA 4D83A 2R38A 5P5RA 1BIMA 1FQ6A 4DQEA 5P4XA 2NMYA 4NJVA 1ZPKA 1WBKA 3L5DA 4DQFA 5KR8A 3T7QA 4RYCA 5P48A 4YCTA 5DR0A 2Q3KA 2WECA 4RVIA 2R8NA 5P4KA 4Y53A 1HPXA 5P5EA 1MESA 4HEGA 5P60A 5P6CA 5F00A 1F34A 4PEPA 1FKNA 1HPOA 2CEJA 4CPSA 3TOFA 4Y47A 3VSWA 1EPPE 3EKQA 3UDHA 1D4YA 1JLDA 2QI5A 2V11C 4ACXA 5P24A 3QP0A 3VV7A 3OGPA 3EL9A 5P5YA 1IVPA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4DFG A;  1AID A;  4E43 A;  4Q5M A;  4Y58 A;  3URJ A;  4CPR A;  3RTM A;  2Q54 A;  5JFU A;  1MER A;  3O9G A;  4L7J A;  5P38 A;  4Y5P A;  4Y4Z A;  4L6B A;  5P46 A;  5P2O A;  3G6Z A;  5DR8 A;  2V10 C;  4ZSM A;  5P50 A;  5DR1 A;  4HVP A;  4J0Y A;  1HXW A;  3LZS A;  1B6P A;  2NNK A;  3Q3T A;  3WZ6 A;  2APR A;  5P3G A;  5P3Z A;  1LZQ A;  1FQ7 A;  1FEJ C;  4Y4U A;  1TCW A;  3QBF A;  4OBZ B;  5P4I A;  4K8S A;  4QJ2 A;  4Y5A A;  2ZJK A;  1BVE A;  2ER7 E;  5OYW A;  5P67 A;  3Q4B A;  3JVW A;  4A6C A;  3IXJ A;  3UDY A;  3BVB A;  3R1G B;  1WKR A;  1HTF A;  5OZD A;  5P4C A;  4YD4 A;  2WF2 A;  3LIZ A;  4Q1Y A;  2HS1 A;  1FG6 C;  1RPI A;  2QI0 A;  4HDF A;  3QAA A;  2AVM A;  1TW7 A;  4FSE A;  2QI6 A;  3O9A A;  2NXD A;  5P5M A;  4J1H A;  5P0O A;  4CKU A;  1HOS A;  2IGX A;  3M9F A;  5P3H A;  4EQ0 A;  2OHQ A;  4YA8 A;  3WZ7 A;  3PMU A;  3T11 A;  3SA5 A;  3DV5 A;  2PYM A;  2Q5K A;  3KDB A;  3PWM A;  2P3C A;  5P1O A;  4Q1X A;  1QBS A;  2BPY A;  1DIF A;  4RVJ A;  2OHP A;  1AXA A;  5P1L A;  1UH9 A;  3OQD A;  3EC0 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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