2VAFA

Crystal structure of human cardiac calsequestrin
Total Genus 72
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
72
sequence length
349
structure length
349
Chain Sequence
GLNFPTYDGKDRVVSLSEKNFKQVLKKYDLLCLYYHEPVSSDKVTQKQFQLKEIVLELVAQVLEHKAIGFVMVDAKKEAKLAKKLGFDEEGSLYILKGDRTIEFDGEFAADVLVEFLLDLIEDPVEIISSKLEVQAFERIEDYIKLIGFFKSEDSEYYKAFEEAAEHFQPYIKFFATFDKGVAKKLSLKMNEVDFYEPFMDEPIAIPNKPYTEEELVEFVKEHQRPTLRRLRPEEMFETWEDDLNGIHIVAFAEKSDPDGYEFLEILKQVARDNTDNPDLSILWIDPDDFPLLVAYWEKTFKIDLFRPQIGVVNVTDADSVWMEIPDDDDLPTAEELEDWIEDVLSGKI
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Characterization of Human Cardiac Calsequestrin and its Deleterious Mutants.
pubmed doi rcsb
molecule tags Metal binding protein
source organism Homo sapiens
molecule keywords CALSEQUESTRIN-2
total genus 72
structure length 349
sequence length 349
ec nomenclature
pdb deposition date 2007-08-31
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.30.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Glutaredoxin Glutaredoxin 2vafA03
3.40.30.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Glutaredoxin Glutaredoxin 2vafA01
3.40.30.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Glutaredoxin Glutaredoxin 2vafA02
1XVQA 4NAXA 4AJ6A 2VCZA 2H72A 3WT1A 2YJHA 1JLVA 1FO5A 1TU8A 4NHZA 1UVZA 5DVBA 1GNEA 3EMXA 2Z9SA 3W6GA 3TRXA 3S9FA 2O7KA 3F4RA 2D2ZA 4XS4B 3TRQA 3DWVA 3TKSA 1NHOA 1B9YC 1G7OA 4EDZA 1XWBA 1I9DA 2GQMA 1OVNA 1V57A 2C3QA 3RBTA 3GURA 4GCIA 5DCHA 5B8BA 2XBQA 5IPHA 4N30A 4MCUA 3HKRA 3D4TA 2LJKA 3ZZXA 3G9BA 3C1RA 4Q5RA 1G0TA 4Q5NA 3LSZA 3RPNA 2YCDA 4O32A 1XW5A 3ME8A 4HJ2A 1K0DA 4KW6A 2LJAA 2V41A 2XPDA 4K7NA 3IDVA 2OACA 1SKWB 4JEDA 3MSZA 2HI7A 3Q6OA 3KIJA 2C3NA 3EVIA 3EC3A 3FZAA 4ULXA 2H1AA 3Q18A 1WJKA 1A0RP 2IMEA 1GH2A 4AJ8A 1GSYA 2H01A 1K3LA 2R3XA 2CX4A 2H8LA 2X8GA 1ST9A 3PH9A 2H75A 3MNGA 2HRFA 2YZUA 4KX4A 3CTFA 2DSAA 3KZQA 1SK0A 1O85A 1UC7A 3DVWA 1H75A 2V32A 2OADA 2YV9A 4EXJA 2ES7A 2V6OA 4MF5A 2CVKA 2YWIA 1GTUA 4XRDA 5HR2A 5COHA 1F3BA 2C3TA 2LTKA 3EU4A 3NZNA 2E2MA 4DSQA 5D9XA 3A2XA 5IO0A 4PQ1A 3FR6A 5B6MA 2XHFA 2OJLA 1SU9A 1TKDB 1MD4A 3WGXA 2VIMA 1Z7RA 1ON4A 4XIHA 5CRDA 2MYGA 3KH7A 5ECKB 1EEMA 3CSIA 4GQCA 1X0RA 3C71A 3G7JA 4KA0A 3L78A 4IP6A 2C80A 2JSZA 3UMAA 3H79A 2HNLA 3F3RA 2PPTA 4MABA 1X9WB 3VI7A 2WJUA 1EV9A 3W8SA 3FZ4A 1S3AA 4I2TA 1FG4A 4XS1A 1PRXA 4ZBAA 2P5QA 5HQPA 3WGDA 1WOUA 4DSSB 2RM6A 1EGRA 3ZRDA 1THXA 1ERUA 1Z6MA 2DJ1A 4OFNA 1F3AA 2GZPA 1Z3EA 4KNDA 5E59A 3TKSC 4GTUA 1FW1A 4G9HA 1AXDA 5IO2A 5B6NA 4TR1A 3H93A 4LL4B 1GLQA 4NMUA 3UVTA 1M2DA 3H1NA 1ZYQB 3CXGA 1M0UA 2VCXA 2WFCA 4EDYA 2I3YA 2C1YA 4IJ3A 2GLRA 3P8WA 1Z6NA 1VF1A 1DSBA 3QAGA 1LU4A 1JZRA 5H5RA 1TI1A 1ERVA 3M8NA 5IOXA 3FKFA 4GRFA 3GH9A 3D0ZA 4TXOA 1USBA 1S3DA 4L8EA 5J4UA 2KHPA 5D9WA 4IELA 4ZIJA 2NVLA 2CVBA 2FWHA 1AW9A 3LYPA 3E9JB 2PWJA 4N10A 4RI6A 2LNSA 3IAS2 4WBJA 4F9ZA 2R5GA 3TJGA 3ZVJA 3EU3A 2H66A 2N5BA 1FHEA 4MJEA 2RM5A 1M2AA 4GSNA 2WDUA 1SJIA 2RUFA 4WR4A 3DGQA 5GAND 1TW9A 3IPZA 6GSSA 2DJKA 19GSA 2L5LA 1ACVA 3VWXA 4RQXA 2VCVA 4BVXA 2JSYA 3P90A 3MAKA 1T4YA 1Q4JA 5GAPD 4HEA2 1E2YA 5G31A 1HNAA 2NTOA 4NWYA 3APQA 3NOFA 2LV3A 2K8VA 4BL7A 5IMVA 2B5EA 5G5FA 1NHYA 3F4TA 3A2WA 5HR0A 1TP9A 3I69A 3QFBC 4K1FA 3WGEA 4Q5QA 4NV2A 3KP9A 2YPMA 1O6JA 2FA8A 4EO3A 4BWQA 2H73A 3EWLA 5HFIA 3KMOA 3I43A 1QXHA 3GV1A 4OD7A 1UA5A 4KUNA 4MJBA 5A4WA 3FR9A 1TXXA 5G30A 3M3MA 3GN3A 1EOHA 1TK0B 1OC9B 2YWOA 2FA4A 4JU5A 4MF7A 2GT5A 4LL1B 2IWTA 2B7KA 2GQKA 3DVXA 5IQYA 3RHBA 4WF5A 5CO3A 2PERA 2CZ3A 1H4OA 3A5WA 5EL8A 3VURA 1O7UA 3EE2A 4CHSA 1TTZA 3TCOA 1QQ2A 2FLSA 4ISDA 2OKAA 2IJYA 10GSA 1XOBA 4MH3A 2X64A 4CDOA 4D73B 4AGSA 4Q5FA 16GSA 4EE0A 3V1WA 4X1UA 3A2VA 1AAZA 1R26A 4V1Ag 4V1Ap 1T00A 3UBLA 4L5LA 2IPAA 3VPTA 2VUPA 2J23A 1ZL9A 1BG5A 1X9MB 2WS2A 2VL3A 1SYRA 5AISA 2FWFA 1TK5B 3GRXA 1KTEA 1X5DA 2H70A 3L9SA 2F8AA 1YY7A 2PGTA 2FHEA 4IBPA 4PX1A 1YJ6A 4AF2A 5F05A 2PU9C 3GX8A 3WYWA 3CSHA 1BAYA 2QKEA 4PQIA 3P2AA 3GH6A 4OO4A 4KCEA 2R37A 1J9BA 3KGKA 3LXTA 5LD0A 1T7PB 4F82A 4OO5A 5HR3A 2VM1A 2WGRA 2VLVA 1OKTA 4I6XA 3UJ1A 1GTIA 3BCIA 2B1LA 2M72A 2YWNA 1PKZA 1R7HA 1SD9A 3GTUA 2H0IA 1JZOA 5INYA 2TRCP 5G1LA 1A2LA 5DAKA 3GKMA 5F06A 5KEJA 3GSSA 4V2LA 4L0UA 1TJDA 2I9HA 3F6DA 4ML6A 4K7IA 2KP1A 1KBNA 2H1DA 4HDEA 5DQYA 2B5YA 2K6VA 3O76A 3C73A 5F07A 3QAWA 2YOIA 2B3SA 2C0EA 3L9UA 4TN8A 4I2UA 5F0GA 5KN3A 2AV4A 3RPPA 1R5AA 1AUCA 2IIYA 1F37A 4H86A 4BA7A 1E6BA 5GSTA 3QD9A 3GKKA 1B4PA 4G2EA 4K8MA 1QK8A 2KP2A 3DEXA 4I8BA 2PVQA 3IE3A 2JZRA 4RI7A 2JL4A 3IAM2 4ID0A 2C0FA 2H71A 2JADA 2VCTA 1X5EA 4JE1A 3M9KA 4MF6A 1YZXA 4MJCA 4POKA 1Z5YE 1FVJA 3JCML 1A8YA 1ZCPA 2H0GA 2R2JA 4PNFA 5C00A 5IOWA 1K0AA 1PL2A 1JLWA 2ZCTA 3SWLA 6GSWA 3HCZA 1ERWA 3M1GA 2BJXA 3DIEA 3FZ5A 4F2IA 4N0ZA 1LBKA 1U3AA 1V2AA 2QC7A 4ECJA 1K0CA 1XVWA 3F6FA 1DE2A 5IMDA 5ELAA 4ZL7A 3UL3A 2X8CA 4NV5A 5DBQA 3IV4A 2EC4A 3PGTA 2NPBA 2MZCA 4E8EA 3M9JA 2DIYA 5FHIA 1FB0A 4ZL9A 2V2GA 3H8QA 3TOUA 4RUVA 2O87A 5D8IA 2YNXA 3Q74A 4ECBA 4YQVA 2IMFA 4XTSA 3DKSA 1U88A 3KEBA 2BTOT 1OC3A 2O89A 1FVKA 1DUGA 3FY7A 3VPQA 2DBCA 5GZZB 2DJ2A 3ISOA 4IQAA 2GDRA 3CTGA 3CYNA 1JZDA 3TDGA 4DEJA 3G7IA 1DE1A 4MPFA 2LS5A 3C8EA 5ECRB 4FO5A 2A2SA 2HT9A 3F3QA 3ZLPA 3BOAA 4GWRA 1B48A 5IMCA 1GSSA 3FRCA 2PMTA 5E4WA 4MDCA 4DVCA 1T4ZA 4BPYA 1ZGNA 4JRRA 4IW9A 5ABRA 3GA4A 5DQSA 3ZIJA 1IYIA 4XS6A 4HQSA 4TR1B 4ILFA 3HZ4A 4TOPA 1HYUA 1A0FA 3LQ7A 3TOTA 4K0NA 2OE3A 2NBSA 2RIIA 1MEKA 4KCAA 5LCZA 1M7TA 3EURA 1HQOA 2FGXA 2AHEA 5JWOB 1XXUA 3P7XA 5EVOA 1XOAA 4K2DA 2AUVA 5H5SA 5FT3A 4IS0A 1R4WA 1XPVA 3CMIA 4TXOB 1WIKA 2L6DA 2PN8A 3ERFA 4N11A 1GTBA 2E2GA 3HA9A 1MDJA 3VWVA 5KN0A 1GL8A 5CRHA 1TRUA 3N9JA 3ZL5A 1ML6A 4GSSA 2CX3A 1X5CA 1YEPA 5ECOB 2P31A 2A2RA 5JCWA 3DXBA 1WMJA 1PA3A 2K9FA 3BD2A 3GX0A 3HJMA 5IIZA 1PGTA 5HR1A 5DCGA 1SK2A 4KDUA 4OCFA 2CVDA 5ECHB 1K0NA 4EF0A 1B9XC 4J57E 4RQRA 2IL3A 4K6XA 2L4QA 5ECPB 5IPGA 2OBKA 3D22A 3J7Yk 2GTUA 4G19A 5H5QA 2E0QA 5C04A 4FYCA 2L5OA 3FW2A 3UBKA 2FUG2 2VCQA 5B7CA 5IMAA 2REMA 4NHWA 1TOFA 1Z9HA 2LNTA 4DSRA 1DBYA 3MDKA 4PURA 3KMNA 1JHBA 4GXZA 1XW6A 4POMA 1GSEA 2GSQA 4IHUA 1TDIA 1OE8A 1PKWA 3QOUA 1Y25A 3IHQA 3HJPA 4YAVA 4ZB8A 6GSUA 1XWKA 1OKDA 3DYRA 1AQXA 2K18A 4PUFC 2VD1A 4OCEA 2H1BA 1CQHA 2HZEA 2DJ0A 2O85A 3ZREA 1VF3A 5CAXA 5CNWA 2E7PA 2F8FA 4HZ4A 1XWGA 1WWJA 1B4QA 3HD5A 2IFQA 1BEDA 5DALA 1NM3A 5G2ZA 3L4NA 3PINA 4HQZA 3GHAA 1SYXA 2C8UA 5EPFA 2LRCA 1MDKA 2A4VA 3NIVA 2VOCA 2ZNMA 4HZ2A 3R2QA 5A4UA 2MMZA 5CYYA 4ZL8A 4K7OA 1GNWA 5ENUA 3HVSA 4TR0A 1G6WA 2TRXA 4BVYA 1QMVA 4XCSA 1AQVA 4WETA 2GSSA 1Y6EA 5CRWA 1ZYEA 1EOGA 5GSSA 5IMFA 3KTLA 4KSMA 3FEUA 4MP4A 2C0DA 3TJKA 2CA8A 3GIXA 1BX9A 2F3MA 3CSJA 2HFDA 2JU5A 4JR6A 1GWCA 4GF0A 2VLUA 1AC1A 3VI5A 4GLTA 1GTAA 4CW9A 4TR4A 5JCUA 2H0HA 4MZBA 2H6XA 4O5RA 2YP6A 4J56E 5D73A 5ECLB 3GUSA 5D96A 3TJFA 1PQNA 1OC8A 1UN2A 5A4VA 1SD8A 4PQHA 4YQUA 4GQFA 4E8HA 2H1GA 2LKUA 1N8JA 1AIUA 1GSQA 2CT6A 1VF2A 3GNJA 1TK8B 4J2FA 2YN1A 4K9ZA 1T3BA 4IQ1A 5J3RA 3O6TA 4OFMA 4MMMA 1A8LA 2I81A 3GTUB 3ZITA 3TRPA 5DAKB 4IKHA 1A23A 2LSTA 2P5RA 3LWAA 5D9VA 3M0FA 5J41A 2EIQA 1V9WA 1HNCA 3KD0A 1Z7PA 4KDXA 5F8BA 1XWCA 2MMNA 3SBCA 2HSYA 4P3YB 2L4CA 1CQGA 3C7MA 1W4VA 3TGZA 2C4JA 1K0OA 4TRXA 3CBUA 1G7EA 2GZYA 1K3OA 4ZB6A 6GSVA 2WZ9A 3LFLA 1PSQA 3APSA 3IK9A 1YF1A 12GSA 1V40A 1SK1A 3FZ9A 2X8HA 1URMA 1EEJA 3ERWA 3LORA 1PX7A 3VWWA 4F0BA 2VL2A 3ZIVA 1F9MA 1Q98A 2ALBA 3GL3A 3D4MA 3TKPA 2H74A 3U5RE 2MBTA 2DJ3A 2HYXA 3E3EA 1RW1A 1GRXA 3VK9A 2I4AA 4I5QA 1ABAA 4K0GA 4ZILA 3BBYA 5D93A 3BCKA 4N0VA 5EY6A 3ZFLA 5DJMA 1U3IA 1HD2A 5ECMB 3APOA 3G7YA 5AIVA 6GSTA 1THOA 1YEXA 3ME7A 4AJ7A 3QAVA 1NW2A 4ZB9A 4FH8A 3RHCA 3ZTLA 4QL7A 4EUYA 1MDIA 4MA9A 5ID2A 3LG6A 2LQOA 2CAIA 1SL0B 4L5OA 4FIWA 4TW5A 17GSA 5AIXA 3E0UA 2HRNA 3J7Yb 5ECQB 4ECCA 4MH2A 4WF4A 2XBIA 3KXOA 2YV7A 4QQ7A 1SL2B 3DRNA 2XC2A 1HNBA 2RUEA 3L0HA 2WRTA 2DMMA 5ECNB 1GSDA 3UEMA 2X99A 5FWGA 4FYBA 2B7JA 1GSFA 3IBHA 3TB2A 2J9HA 3LXZA 1TRSA 4EVMA 3GMFA 3IOSA 5JWRB 3EYTA 4KB3A 2AYTA 1YF0A 4MZWA 4MLYA 4MK3A 1SJ6A 4XS4A 1VRSD 1ZOFA 3TKQA 4ZBBA 1GUMA 1X9SB 1TI3A 4EL1A 1FB6A 1EP7A 3DMLA 3W8JA 3O3TA 3UOMA 3ZVJD 2F9SA 4LMVA 2H76A 5LNKe 3EMPA 1WPIA 3HYPA 1VF4A 3GKNA 2HE3A 5JWQB 4TR3A 3TJJA 4XRAA 4I97A 9GSSA 4O92A 1B8XA 4PXOA 4IN0A 2YANA 1ZZYA 1PN9A 2H6YA 2EIOA 2JZSA 1BQ7A 1GULA 2LRTA 4TVEA 2YZHA 1IYHA 5HFKA 2LEGA 3HVXA 4L0WA 2GZZA 3EINA 1O8WA 2PBJA 4PNGA 2GGTA 3H4KA 4ZXGA 2WCIA 1TRVA 4NPBA 2DC5A 2G0FA 3US3A 2KUCA 1EWXA 1SENA 2R6KA 3LJRA 4JZQA 3ZYWA 1AQWA 3HXSA 3LEFA 3KH9A 1M2BA 4HOJA 4V2NA 2CZ2A 2VL2C 1GUKA 2C0GA 3VFIA 4TKYA 1TRWA 3I9V2 4V2MA 1BYEA 3RAZA 2HZFA 5A5KA 1WE0A 4MPGA 18GSA 1EV4A 1RQMA 2B5XA 3RDWA 2KLXA 1T1VA 1YQ1A 14GSA 20GSA 5J9BA 1SKSB 3KTBA 2LRNA 3ERGA 1QGVA 4LMWA 4G10A 1XFLA 3TKSE 1VGLA 3ZMLA 3GYKA 1V58A 1BJXA 4IP1A 3CRTA 2M80A 1MTCA 4OWYA 4XHMA 3F63A 3UAPA 1G6YA 2L57A 5AGYA 1QFNA 3FHKA 1S3CA 1O73A 2ON7A 2IMKA 2EIRA 2KOKA 1XW9A 4JBBA 1NSWA 2DIZA 3VLNA 5J9CA 2VLTA 3F8UA 3F4SA 1ILOA 2VAFA 2OA7A 4WXTA 3TJBA 4X0XA 2HSHA 1V98A 2LQQA 3KCMA 1JZWA 1OAZA 2CAQA 4Z7XA 3A3TA 1MD3A 1GSUA 2M46A 2B1KA 4DSSA 3ZMKA 3D5JA 3UARA 2HZEB 6GSYA 3IR4A 2K8SA 1OE7A 2VO4A 5KN1A 5DDLA 5HFGA 5ECSA 2N5FA 1F2EA 2OE1A 1XIYA 2P0GA 4HI7A 1XZOA 3F0IA 2LUSA 1EZKA 2IFQB 5DALB 1LJRA 3GSTA 1SL1B 1PMTA 3QPMA 3IK7A 5CRGA 1K3YA 1U87A 3L9VA 2VCWA 4KGIA 3VWUA 3D21A 2NDOA 4BWSA 2FD3A 1R5PA 2DLXA 3MWHA 3D6IA 1XWAA 1N2AA 4HUAA 1YDKA 3IXRA 4LLRA 2YWMA 4PUAA 4YAPA 2V6KA 4OMVA 4ZBDA 1T8EB 3PR8A 4WEYA 2H19A 5CP1A 2TIRA 3F9UA 1WRYA 2IMIA 2MMOA 5G1KA 2MBSA 2VM2A 3C1SA 2VD0A 3KP8A 11GSA 2R4VA 1M9BA 5D9TA 3K8NA 2QSIA 5IMZA 2FWEA 3GL5A 3N5OA 1I5GA 3KM6A 4YQMA 3LGCA 2H30A 3QFAC 5ECIB 3GFKA 4QL9A 5CREA 2V1MA 3HJOA 3GKXA 2ON5A 4KAEA 4HU9A 1C72A 2N5AA 1J0FA 1PX6A 5B8AA 1PD21 3QMXA 4YH2A 2IMDA 4IVFA 3FR3A 2AAWA 5G5EA 4ACSA 3ED3A 3QCPA 1YKCA 2FCHA 1A2MA 4JR4A 1A2JA 3TKRA 4TXVA 5AN1A 5KN2A 2PUKC 1XBSA 2RLIA 1QUWA 4EKZA 3BJ5A 1GUHA 2FY6A 3QDNA 4GSTA 2AB6A 2G2QA 2O8VB 3WT2A 1SKRB 4LA1A 2FWGA 4KSOA 6GSXA 4HU7A 1OYJA 4X43A 3QR6A 7GSSA 1EGOA 4POLA 4WBRD 1EP8A 5J5NA 1JFUA 1KNGA 4KDYA 2L59A 2FNOA 2OBIA 1XCCA 1RK4A 1TU7A 1J08A 3FYGA 3HY2A 2GS3A 4O7HA 4PGTA 2CV4A 3UIWA 2LJRA 2DMLA 1W89A 4HJMA 2CQ9A 1U6TA 2MMAA 2PVOC 1OC9A 2F51A 4NXIA 4F03A 22GSA 2VL9A 4POBA 1GLPA 1KEBA 1M9AA 3I6AA 1ERTA 4ML1A 2DJJA 1ZMAA 4IGJA 3ZFBA 2AJQB 2I1UA 4MJAA 5IM9A 4MZCA 1K0BA 1K0MA 3FK8A 3OR5A 4KH7A 3HDCA 1M99A 2JACA 2XPEA 3IA1A 3UVHA 1WP0A 3HVVA 1O8XA 3U6VA 4WR5A 2BMXA 2GT6A 2B6MA 8GSSA 4D73A 2JZTA 1PL1A 5DJLA 1A24A 3KJYA 4EC0A 3TUEA 1SJZA 1F6MC 4IJIA 3DD3A 1YKAA 2HLSA 3IRAA 2WB9A 2OE0A 5JCGA 3Q19A 3HHVA 4FYUA 2IN3A 5L71A 2GVPA 4F0CA 1GP1A 2YJ7A 2GSRA 5ELGA 2L6CA 4ECIA 2HXKA 3LYKA 1FOVA 2H6ZA 3AY8A 13GSA 2GSTA 2QGVA 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chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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