2VELA

Structure-based enzyme engineering efforts with an inactive monomeric tim variant: the importance of a single point mutation for generating an active site with suitable binding properties
Total Genus 88
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
88
sequence length
238
structure length
238
Chain Sequence
SKPQPIAAANWKSGSPDSLSELIDLFNSTSINHDVQCVVASTFVHLAMTKERLSHPKFVIAAQNAGNADALASLKDFGVNWIVLGHSERRWYYGETNEIVADKVAAAVASGFMVIACIGETLQERESGRTAVVVLTQIAAIAKKLKKADWAKVVIAYEPVWAIGTGKVATPQQAQEAHALIRSWVSSKIGADVAGELRILYGGSVNGKNARTLYQQRDVNGFLAGLKPEFVDIIKATQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Structure-Based Protein Engineering Efforts with a Monomeric Tim Variant: The Importance of a Single Point Mutation for Generating an Active Site with Suitable Binding Properties.
pubmed doi rcsb
molecule keywords GLYCOSOMAL TRIOSEPHOSPHATE ISOMERASE
molecule tags Isomerase
source organism Trypanosoma brucei brucei
total genus 88
structure length 238
sequence length 238
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 5.3.1.1: Triose-phosphate isomerase.
pdb deposition date 2007-10-24

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00121 TIM Triosephosphate isomerase
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 2velA00
3T7VA 1T0OA 1LORA 3GR7A 4Z1CA 2VFFA 1IIGA 5G4WA 2A7PA 1T99A 4AVFA 2Z0IA 3MP5A 3PC0A 2ZRXA 1H61A 5FEPA 2FQIA 2G97A 3FS2A 4KKXA 1S5VA 4EOUA 3W72A 1DHPA 3W73A 5G4EA 1ALDA 4BK9A 2PE4A 4PH6A 4IMDA 3DBPA 3TC7A 4UFMA 1KM6A 4M19A 1NAL1 3F03K 4DO6A 3TUUA 3GKAA 3E02A 2ZQ0A 2X30A 4AAJA 4PFMA 5LNVA 5I3HA 1VCFA 4NNAA 3W1QA 4HSNA 1LBMA 5AN7A 4UTWC 2VENA 2E6AA 3M0ZA 1H7RA 5FF2A 3EKZA 3W7GA 4UFHA 4BI7A 2TSYA 1D3GA 3KOFA 1UJPA 4NJIA 1K8XA 3LRKA 4IJBA 5E1QA 2P1FA 3G1HA 3SFKA 3NG3A 3LCHA 4S1FA 1M5WA 1LOSA 3OIXA 4ZVJA 3C2FA 1W3NA 4ADUA 1LOQA 3C2RA 4G1KA 1P1XA 2AGKA 3QQ0A 4NQ1A 3TE9A 3R2GA 3G1AA 4KWVA 4WXZA 2OZ0A 2OT1A 3G1DA 1MSSA 1R2TA 4UIOA 3IIZA 3ZFHA 2G95A 2V81A 4N02A 2GJLA 4YMZA 1H7OA 3UPWA 1GT8A 2AQWA 3A23A 5F4XA 4RJEA 3BLIA 4YL2A 4MOZA 4Q32A 4IXXA 1Y0EA 3NQVA 1YXYA 2TYSA 3MMTA 3DFSA 3NM1A 3NEVA 4ZQPA 3W7JA 5LGZA 3DHFA 2DZTA 1M6JA 1VRDA 3FLUA 3EWUA 3C56A 1EX5A 2X2GA 4JGDA 5LNRA 5EKYA 4JTTA 3H53A 5D2VA 1VLWA 4K8HA 3FKKA 3BVJA 4LVBA 3KVMA 3Q94A 3B4UA 1NVMA 2VFIA 3W1NA 1UUMA 2Z2UA 4BI6A 2QR6A 3DFQA 3O07A 4P61A 5G1YA 4Y90A 2Q8LA 4PTNA 3T4CA 2QJGA 5EPDA 5F1UA 3TX9A 2ZZ7A 3LBMA 2RDTA 5F4SA 1FCQA 4JTFA 2VFEA 4RLIA 2F7FA 1VS1A 4N9BA 1YADA 3STCA 5FEXA 5DBTA 1H7WA 1GZGA 3WJWA 1HL2A 1GYNA 3UYCA 2ZRYA 1G69A 1Q45A 4XUGA 3U6WA 4JYDA 4LNYA 3S1UA 2CU0A 3W2MA 3NR0A 1L6WA 2ZRUA 1PE1A 3W2JA 1U5JA 4K6AA 4TO8A 3W1PA 2CZDA 1IGSA 1XXXA 1IF2A 2ZCGA 4UR7A 3N14A 5AYZA 3LCGA 5D37A 3LXCA 3N3MA 2Y88A 2C1HA 1AK5A 3T40A 4CCEA 5HINA 5TBOA 4U28A 5AHMA 3LBCA 2ZA3A 1KM0A 1DKWA 2CLIA 3G0XA 1XBVA 5U7SA 3AO0A 2C16A 5L9FA 1H51A 1AMKA 3CT7A 4KFPA 2NXIA 3UD6A 3LGEA 3QFEA 3G1XA 1H7PA 4O57A 1KM4A 3LCWA 3IGSA 1FX6A 4Z0SA 1KTBA 3C4UA 1RR2A 3TJLA 1YTKA 1TPH1 3ANYA 4JTUA 1ZENA 1GG1A 1OG0A 5D2WA 5CKSA 3TK7A 4A29A 3NM3A 5FF0A 4LRSA 5D30A 2HSAA 1MEHA 5EL1A 1X1ZA 1NFBA 2CFFA 3QF0A 4TIMA 2NUYA 4RZ6A 3O1NA 2B7NA 2QUVA 1KA9F 5AB3A 3LI1A 1FBAA 3C3NA 5LKYA 2YW4A 1FXQA 4OWGA 3W7KA 3NYZA 3VI2A 4HNUA 2ZZ6A 4JTKA 3G0UA 3S1XA 4AMAA 3WJSA 3O63A 5LSMA 1F5ZA 4JYEA 2ZTKA 2VEPA 3O06A 4TU1A 3FJ6A 5DN1A 1J4EA 4HIBA 3FIGA 3IGXA 3NQAA 3HGOA 2ZBTA 4NJGA 4O4VA 1J5TA 4JD4A 3TMQA 4QNEA 4A22A 3S1WA 4LW7A 2DU2A 3LLFA 1Q6RA 2VOMA 3P7YA 1RD5A 1OFBA 3EWBX 1OHLA 2NWSA 2E77A 3USBA 1PCKA 4O17A 3THQA 3P8IA 3ABOA 3EKLA 5HUOA 3BV4A 2ISWA 3HG5A 2QF7A 5D32A 2QCGA 2Q3OA 3C61A 1O5KA 4ZQMA 1PHWA 2BSLA 1BKSA 3ZWTA 1W37A 4H6KA 4R34A 4P2VA 3LXBA 2ATMA 3IIVA 4BF9A 2C0AA 3HJZA 2GPTA 2TRSA 3IVTA 3LCIA 1Z41A 4LV4A 4X22A 1YDVA 4PODA 2ZZ5A 4QQ3A 4JX6A 3IIXA 3A9IA 3CU2A 3HO8A 1W8SA 3W75A 4ZQCA 1W56A 1THFD 2NX3A 1XL9A 3CLMA 3O15A 4GFSA 2RKXA 3RF9A 1L2UA 3B8DA 5C55A 5K4XA 3BO9A 3QQ1A 4OE7A 4IX2A 1SPQA 1KV8A 4WOZA 2QAPA 1FUYA 4FXSA 3ABRA 1VJIA 2DZWA 2FPYA 3I7QA 3NDOA 3B04A 1EEPA 2TMDA 3VCRA 1JUEA 5D02A 3CEUA 1TTIA 4UNLA 3W83A 1C9DA 3WJYA 4UTTA 5MHBA 1SQ7A 1GOXA 2E5DA 4OQVA 3FKRA 5IBXA 2A5HA 4CNOA 1XUUA 1LLWA 3BLFA 4QIUA 3EX2A 4WJEA 4E38A 1VCVA 5LGXA 3ABQA 5CGQA 3W3OA 4NNBA 1XC4A 1R46A 1B3OA 4DPQA 5J5RA 2PURA 1X8FA 3ATZA 4OV4A 1OX4B 1A5CA 4JXCA 2GQ8A 3DU0A 1ME8A 5EYWA 4FX7A 3UNDA 4JX4A 3HQ1A 1IXPA 1JULA 3TCEA 1K7EA 2CLOA 4O1BA 5KMYA 1GWJA 2XN2A 2CLKA 1TV8A 3VE9A 3TFCA 1PIIA 2FPVA 3DZ1A 1TRDA 2A6NA 4RV8A 4JIPA 4N4QA 5D33A 4ZL1A 4LS2A 3CEPA 2B7OA 1A5SA 3GKFA 1G4TA 1ZAIA 2PRHA 1ICSA 3BW3A 5F1VA 5FF4A 2Y6ZA 3B0UX 1ZAJA 1EWEA 2CLEA 3MYOA 4QAIA 1TMHA 1SSGA 1V5XA 1XUZA 4N2YA 5D04C 1VH7A 2NUWA 2JBMA 4JDYA 4NX5A 3W85A 3MHUA 5HWMA 5DCDA 3UQNA 5G5IA 1IIHA 4N4PA 5K3VA 3MWAA 4O15A 2YXGA 4ZZ9A 2JGYA 2W79A 2CLFA 3GNDA 4MUZA 4WY0B 4GNJA 1QOPA 1KLYA 1LRQA 3DENA 2WO5A 3LX9A 1BEUA 5KZMA 1I2RA 3M44A 2OMAA 1W3IA 3C2VA 1K8ZA 5U4NA 3B05A 2R91A 2ZRVA 1O5XA 4OU1A 3LHZA 3LTPA 2CZEA 5EY5A 3STGA 4RXFA 4H4IA 4AF0A 4EF9A 4UFKA 2ZRZA 5I3FA 3W7EA 2YW3A 3UZ5A 4DF0A 3KRUA 4TR9A 3S0CA 1NEYA 2EHHA 3M5ZA 2ZZ2A 5AC8A 3W1MA 3GDMA 3LHVA 3GIYA 3W7LA 1K03A 3KRZA 3IIPA 2YR1A 1FQ0A 1YPFA 2J88A 1CI1A 4K39A 3C8FA 4PA8A 4K7YA 3UWUA 1FDZA 5I3KA 4X9SA 1OF8A 5EA9A 2VFGA 4JY8A 1Q3NA 3WK3A 4BWLC 2V8ZA 4JDBA 4QITA 1UUOA 1MXSA 4A2SA 1RV8A 3PBYA 3F1QA 3CWOX 5BMWA 3TKFA 1ZJIA 2C13A 1OFQA 1VYSX 1FCVA 4TMBA 4GUJA 4MFEA 3L21A 1W5PA 2O7SA 3N73A 5FEZA 5G2HA 3NVTA 4LVDA 4FNRA 4N6EA 2DZXA 2QUUA 1L6YA 1TTJA 1PHQA 3HPSA 1KM1A 3W1RA 4EF8A 3F4NA 4LU0A 4NZJA 2WJZA 4FX8A 4O13A 4Z1DA 1GEQA 4DEFA 4LC8A 5KSWA 1WBHA 2V0TA 3M5VA 4CQAA 2HS6A 3FA5A 4OGZA 3I68A 3KRSA 2I1OA 3CIXA 4RX0A 3LLDA 4YCPA 3W23A 1UBSA 3O6YX 3P60A 4M5PA 2WNQA 1H7XA 8TIMA 2G96A 1BWLA 1AW5A 4KFNA 3G8RA 1JRCA 1OVDA 5K2ZA 3H54A 4HPJA 1DV7A 3LDVA 3SR7A 4JTSA 2R14A 4OT7A 1ICPA 3QW3A 4A21A 1CW2A 2PCQA 3LTYA 1JCMP 3PUOA 1JCNA 4XQ6A 5KINA 2B7PA 2A85A 4JICA 3EX3A 2BXVA 1JQXA 4DPPA 5CZTA 5HJLA 1H1YA 1VYRA 3LI0A 3IRDA 3QPYA 3MHFA 3TSMA 3CM4A 1Z44A 3P8JA 3QEZA 4YWIA 1H60A 2ALDA 3TR2A 3UY7A 1XDLA 4AXKA 3QPZA 3ZS4A 1SO4A 1JUKA 1VHCA 3PB0A 4O8RA 4WX2A 3OEXA 4NNCA 1PL9A 2Z6JA 1N55A 3M41A 3M7WA 4S2BA 4QSHA 2NX9A 3K30A 4CQ8A 3G24A 4UTJA 3GR8A 1KFLA 3BGJA 4DQWA 5KZEA 4YXGA 4IMEA 4Y9AA 4O28A 3GB6A 2VELA 2WSYA 4PL2A 2ISVA 3P84A 3DGRA 1IXQA 3L0KA 3S1VA 4E2BA 2AAMA 4JTLA 3B0VC 1Z48A 3P82A 4MVAA 1K02A 1YXCA 4ADTA 2QUTA 3PWAA 2JKPA 3Q2DA 4MIMA 3EXTA 1SZEA 3STEA 2CZFA 1K8YA 3QYQA 1TJPA 3MHGA 3O6CA 3T78A 3TNOA 4NXSA 3W2UA 1ZHAA 3NPWA 2HTMA 3M43A 4Y8FA 2YZRA 2E1DA 1JQVA 1P4CA 3S42A 3W7DA 1F6KA 4FIQA 1F7BA 3W76A 1XFBA 4O18A 1QO2A 2WKJA 2B0MA 2RHGA 3PUDA 2B7QA 3GAKA 4BFAA 3G1YA 3T44A 1H7NA 3QC3A 1OFDA 1G4SA 2UV8G 1O94A 2NUXA 1VZWA 4LS1A 3WK0A 4FNSA 1D9EA 3RU6A 3TIMA 4LY8A 1KLZA 5BOOA 4I7UA 4LUJA 5LNWA 4O0KA 4KFOA 1OF6A 3DFTA 3WJXA 1TTQA 3BG9A 3HF3A 3W7CA 4DO5A 4FNTA 4L4LA 4LC6A 4RZ4A 2EGZA 3OHIA 3PM6A 2RDWA 3JR2A 2YFNA 3E49A 2NWRA 3I7RA 4UFIA 3CQ0A 3ELFA 4IPJA 5FI8A 3PY2A 1GTHA 1SFLA 2FDSA 2ZYFA 1W54A 3DKJA 4GJ1A 5K4ZA 4TMCA 4AWTA 1M7PA 5F2MA 4UFJA 1OABA 2QJHA 3TSBA 4WQ6A 4UTTC 3N19B 3NXFA 4FX6M 2VEMA 4MJMA 5DLCA 4XZ9A 1EWDA 5KZDA 4UTLA 2J24A 3TXVA 1P5BA 2ZZ4A 1YDOA 2I14A 1G4PA 2ZZ1A 3V1PA 3NQ7A 3E96A 1W5NA 1FWTA 2DZSA 1W1ZA 3FYPA 4XTIA 3JRKA 4JX5A 4GUFA 5J5DA 1XM3A 3PSVA 4K7VA 3CHVA 2XFWA 5LHFA 1S5WA 3LRLA 4UFLA 3OVPA 2GQ9A 2YCEA 4AHQA 4ORMA 3P5ZA 3QSTA 3W7NA 1ADOA 1MEIA 4IWWA 4NVTA 2XN0A 2EPHA 5D2YA 1K7XA 1IXNA 4XWUA 5AHNA 3W6YA 3NOEA 1KFEA 3HPXA 4LVGA 2WV8A 5AC6A 3UXAA 5GVJA 3W22A 4B5NA 4I9AA 3R5EA 3S5ZA 2WNZA 2WNNA 3HG3A 1TREA 4RKAA 1KTNA 5CPOA 6TIMA 4CCDA 3MP3A 2WQPA 1TIMA 2H8XA 5AHLA 4O19A 3L0GA 1AW2A 1F73A 1KM2A 4Z1AA 5CPNA 2X16A 5G1TA 4IOTA 1A5BA 3TAKA 1JVNA 4O11A 4X2RA 3GVGA 4UTWA 1WDWA 3NAVA 3GNNA 4XTDA 1B4KA 3LTSA 2QAFA 3W1UA 2DZUA 5I3JA 3C0JA 3M5XA 1KTCA 4MLJA 3IGUA 4JIQA 3NQFA 3HOJA 1QMLA 2QEZA 3MP4A 2NX1A 5DCEA 3W7IA 3LM7A 4M7TA 5HR7A 4XKYB 2O7QA 2E5CA 3TROA 1JR1A 4RK8A 3P62A 5F2IA 3RK8A 5HR6A 4QM1A 2WSQA 1E51A 3I65A 3P80A 3W1XA 5CZSA 1EA0A 3PUEA 2YPIA 3L66A 3W7PA 2NV1A 2FJKA 3NO5A 1YTDA 1OFRA 4PCFA 3IVUA 1O60A 2E6DA 2BZNA 4LWWA 5K7JA 3FJLA 1G6CA 1KM5A 4HSOA 4YCOA 3A22A 4GUIA 4UCGA 2ATSA 2CLHA 2FFCA 3I6RA 1GJPA 4M6QA 5BW6A 3W7HA 2PRMA 3PBUA 1LDCA 5C6MA 3PS7A 3GAYA 3NZRA 3MI3A 3H55A 2YX0A 1EIXA 4QISA 1W31A 1QR7A 3VNDA 1V7YA 2XN1A 2I9EA 3A5FA 1WX0A 2JK2A 2KZHA 3EWXA 3S8HA 4ZQNA 3M16A 2Y62A 5AYYA 1G7VA 1OYAA 1DVJA 5DXYA 1TPUA 1EP3A 4LT9A 4XBSA 3U2OA 2JGQA 1LROA 1XBYA 3CWNA 3KX6A 4ZQOA 1XBXA 1UB3A 1IXOA 1JCLA 4POCA 3GDRA 4AWUA 2IQTA 4U4MA 4GXMA 4Y96A 3C2OA 4K37A 1GPWA 3M1ZA 4A2RA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
 2QJJ A;  4RDW A;  4QE5 A;  3GR7 A;  2DIJ A;  1GOM A;  4Z1C A;  3F5L A;  4ZOB A;  3MP5 A;  2YLA A;  5A8P A;  4FLR A;  2ZRX A;  1TX0 A;  3E2V A;  4FZI A;  2FQI A;  1S5V A;  4RW5 A;  1DHP A;  2EO7 A;  4LNC A;  5G4E A;  3B9A A;  4U33 A;  2PE4 A;  3GFX A;  2YB4 A;  4UFM A;  5HK4 A;  4DO6 A;  1W1I E;  1V3J A;  4PMQ A;  2X30 A;  2AAA A;  4E6M A;  2NT1 A;  3PZU A;  2ADA A;  5I06 A;  1QNS A;  1V3I A;  3TQP A;  4UTW C;  5FF2 A;  4GVI A;  3SM0 A;  1HVQ A;  3EKZ A;  4DN1 A;  3W7G A;  4UFH A;  2QF8 A;  4BI7 A;  3KOF A;  4DHG A;  2OGY A;  3GXM A;  4NJI A;  1DWA M;  5DAN A;  4J35 A;  2P1F A;  4FOU A;  4S1F A;  4F8X A;  2FHF A;  4PBE A;  1LUC A;  2CBI A;  1FFR A;  3BJT A;  4W7U A;  2AGK A;  2VC5 A;  1V08 A;  3G1A A;  1UG6 A;  1XWY A;  2OZ0 A;  2OT1 A;  2GL5 A;  3G1D A;  1MSS A;  3MCO A;  1V3M A;  2J62 A;  5C2G A;  2W62 A;  3ZFH A;  2V81 A;  4N02 A;  3KCJ A;  4YMZ A;  2PD5 A;  2AQW A;  3H4G A;  1GYM A;  4RJE A;  3WDJ A;  4P8W A;  1Y0E A;  5A6S A;  3FDG A;  3GSM A;  5I09 A;  2PB1 A;  3TNB A;  1XPY A;  1M6J A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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