2VFIA

Crystal structure of the plasmodium falciparum triosephosphate isomerase in the loop closed state with 3-phosphoglycerate bound at the active site and interface
Total Genus 93
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
93
sequence length
246
structure length
246
Chain Sequence
RKYFVAANWKCNGTLESIKSLTNSFNNLDFDPSKLDVVVFPVSVHYDHTRKLLQSKFSTGIQNVSKFGNGSYTGEVSAEIAKDLNIEYVIIGHFERRKYFHETDEDVREKLQASLKNNLKAVVCFGESLEQREQNKTIEVITKQVKAFVDLIDNFDNVILVYEPLWAIGTGKTATPEQAQLVHKEIRKIVKDTCGEKQANQIRILYGGSVNTENCSSLIQQEDIDGFLVGNASLKESFVDIIKSAM
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Isomerase
source organism Plasmodium falciparum
publication title Biochemical and Structural Characterization of Residue 96 Mutants of Plasmodium Falciparum Triosephosphate Isomerase: Active-Site Loop Conformation, Hydration and Identification of a Dimer-Interface Ligand-Binding Site.
pubmed doi rcsb
molecule keywords TRIOSEPHOSPHATE ISOMERASE
total genus 93
structure length 246
sequence length 246
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 5.3.1.1: Triose-phosphate isomerase.
pdb deposition date 2007-11-04

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00121 TIM Triosephosphate isomerase
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 2vfiA00
1GZGA 3M47A 1GQNA 1C29A 4NNCA 4EVZA 3G8RA 4DF2A 1ZY9A 5F4XA 3N14A 3QPYA 2WPBA 5FEXA 2GJNA 3W23A 4O12A 2TMDA 3GZ3A 5E1QA 2ZBTA 4QNWA 1TPVA 5FF0A 4NX5A 2V2CA 4FF7A 1NAL1 1XBXA 1K7XA 1P0NA 3E12A 1B9BA 1VCVA 2CZ5A 1BEUA 1VR6A 2ZA3A 4OU1A 2YFOA 3HQ1A 4BI5A 5CSRA 1RZMA 4UFKA 3BPWA 3IVSA 1QO5A 3NQDA 2AQWA 4TU1A 4ZQCA 2X16A 5CSSA 5HULA 1SSGA 4Z1DA 1ZAIA 1TSIA 1S3HA 3P82A 3G24A 5SWUA 1P1XA 3NPUA 2Z6JA 2B7NA 2Q8ZA 1SZNA 2R8WA 3DGRA 3DKLA 3D0CA 3NQVA 1W3IA 4IPIA 3FKRA 2CZDA 3W86A 1Q45A 4NNAA 1RD5A 5C55A 3EWXA 4ICNA 4WX2A 3HMJG 3UZ5A 3FLUA 3GK0A 3UZJA 3HGRA 3BW3A 1TPUA 3TSBA 3W87A 3CIWA 3EXRA 5FF4A 3UXDA 5F2IA 2C18A 2B7PA 3GR7A 2O7SA 1R47A 1UJPA 2BLEA 2ZYFA 4O14A 1SO5A 3LXCA 5LNWA 3PF3A 3ATZA 1D3GA 2G97A 1J5TA 3QC3A 1KV8A 3QW3A 1YPFA 3LXBA 5FEWA 1B57A 5A5WA 4DBEA 3BGJA 4UTUA 4UXDA 1TQXA 1VCGA 3SY5A 3UWVA 2E77A 4LY8A 4ZQOA 2Q8LA 1S5VA 1AW2A 1XI3A 4I7WA 3N2XA 3S5ZA 4NZFA 1ME9A 1VHCA 3EX4A 3NG3A 1QAPA 4M6PA 4GE8A 2E6YA 3U8GA 5EPDA 3S5YA 3UNDA 4ZVJA 1Q6QA 1A5SA 2YW4A 1F2JA 4LVDA 3L5AA 4FNTA 2V8ZA 4MJMA 4FX6M 1U5JA 3MUXA 1OYAA 3AO0A 1GPWA 3HGJA 5EL1A 5CPLA 1XC4A 1L9WA 3UPWA 4LRSA 5D2XA 2X1TA 4O0KA 5LNUA 1EX5A 2ZZ1A 4ALDA 1VYPX 3L67A 3W7KA 1XM3A 2X1SA 1QOQA 1OF6A 4UMAA 3MP4A 3DI1A 3QSTA 3EX1A 3T44A 4YL2A 1JCXA 4UTHA 1AMKA 3W7MA 1DJQA 5K3VA 4ZMGA 1TRDA 3CIXA 1SR9A 3DHFA 1ME8A 4MY1A 4KWVA 1TTIA 2GQ9A 5EA9A 4N9BA 4AWSA 3DFPA 4WY0A 3HPXA 4WOZA 1RPXA 1PCWA 1X8FA 4PL1A 2TRSA 3TXZA 3G18A 3DBPA 3TKFA 4A2SA 4TMCA 3L0GA 4JY8A 4HNVA 1SZFA 4M6VA 5FF3A 1Z42A 3E49A 3LCXA 4OHQA 5AHEA 5LKYA 1JCJA 3HG2A 4MZ1A 3V1PA 3G0XA 4XWUA 5CG7A 3QEZA 2J6XA 4RXFA 1LRNA 1OG0A 1GWJA 1H1YA 4JX6A 1SW0A 4PTNA 1ZNNA 2GQAA 3W85A 4JY9A 2VFGA 2WV8A 1DJNA 3DFTA 1XUZA 5LNRA 3VKJA 3W2UA 3CPRA 4NUWA 4UFJA 4P2VA 2NZLA 1N8FA 3QRHA 1I2NA 2ATSA 1VC4A 1TPEA 3C4UA 5DLCA 1LM1A 4WD0A 3UPBA 1AW1A 1G7VA 5D09A 1M5WA 3SSJA 3NQFA 3P74A 1OJXA 1P5BA 4MYAA 1KFJA 1NFBA 1YXYA 3QW4B 1OYCA 3N2MA 2P1FA 3I6RA 4PEKA 2DZPA 2W0UA 3DXIA 1QCWA 2FPVA 2QUVA 3C0JA 5CGQA 1UCWA 2E09A 4P61A 1FWTA 3L5MA 4IGHA 2YDAA 3T55A 4UNKA 2BTMA 2NUWA 2CU0A 4EWND 3GAKA 5K9XA 1TPB1 4CNOA 3TW7A 1VCFA 1TTPA 3QH2A 3W83A 2HMCA 3F1QA 1PL9A 2V5LA 5AHIA 4DEFA 1JCYA 1YDNA 3HO8A 3G22A 4JIPA 5HR6A 3MWAA 3EWZA 3PULA 1I4NA 2BZNA 5C54A 1PS9A 4H3DA 1QPNA 1O94A 4L4MA 1OABA 1F6PA 1LYXA 2FLIA 3MI6A 4GUHA 2R94A 3TH6A 1TV7A 3NQCA 1VJIA 2A7NA 4FX7A 4TMBA 5DCBA 5KINA 4O28A 5G2HA 2BXVA 4PH6A 4GRSA 1A50A 1LOSA 5G4EA 1VYSX 1FCBA 2V9DA 3TE9A 3HOJA 3TA6A 3LHUA 4RLIA 1AW5A 1FDZA 2ISWA 3LRKA 2V0TA 4OE7A 2ATMA 4LRTA 4EF9A 3W7OA 1TREA 1SZEA 3G1XA 1QPQA 1KTBA 3G3MA 3W1XA 3BG3A 2BX7A 3PUDA 3OA3A 2FTPA 4O1CA 6ALDA 4JYDA 3LHWA 5D2YA 1THFD 4RR4A 1GOXA 3EWYA 3JRKA 1D3HA 3NL6A 3M5XA 5DY2A 4O50A 3W1UA 1TYGA 2WSQA 4M6QA 2WQPA 3P84A 2QCNA 4J9JA 2Y70A 3EXTA 1S5WA 5CZ0A 4Y6GA 1F76A 3PVFA 3CC1A 3QF0A 3NQAA 2VEMA 2OT0A 5AFDA 2Y7DA 3M43A 4JTGA 1ML1A 1LLWA 4GUIA 4JICA 4S2CA 2NV1A 2QAFA 1SFLA 3QFEA 4IQLA 2J88A 1WDWA 2PRHA 3VFLA 3EKLA 3A24A 1YTKA 2DZTA 5DCDA 3NNTA 1HL2A 1GTHA 1QMLA 1LCOA 3TV8A 5F1VA 1TO3A 1JUKA 4QNEA 1QNVA 3OVRA 3MW7A 4K8HA 1ZCOA 2Y88A 1P4CA 3W2NA 3L2IA 1SO6A 1YXDA 2NV2A 1KFLA 1XBZA 4H6KA 1J4EA 1OFBA 5H91A 1PVNA 2QCHA 5D33A 1HUVA 2EPHA 1GG0A 1OHLA 2TSYA 2I1OA 1W5PA 2VFEA 1F6KA 1SW7A 3FS2A 3PSVA 1LBMA 1MEWA 3B04A 3IIXA 2NWRA 4NZJA 4O4VA 5D2WA 1TPWA 1ONRA 2Z6IA 4M7TA 4NT0A 4ORIA 4NJJA 4I7VA 3EX2A 3NVTA 1PCKA 1TJRA 4TIMA 2P10A 3B06A 4XTDA 4E2DA 4CLMA 2A21A 2F7FA 3LBCA 3ZR4A 2ABBA 1FWWA 3GB6A 3ABOA 3YPIA 1H7RA 3C56A 3F4WA 4LS1A 1ZALA 4HHPA 4O17A 2E68A 1R2TA 3GDKA 3W76A 3NPWA 3A22A 5D05A 4HPXA 3DENA 1AG1O 5CZJA 3WK2A 1O5XA 1PIIA 5AN7A 3FA5A 4O57A 7TIMA 2UV8G 2F84A 1KFEA 2Y85A 3DAQA 5K9CA 1I2QA 4NJGA 2Z2UA 3LB0A 2E1DA 2YXGA 2E5CA 4QAIA 3MHFA 1T0OA 2WJZA 5AHFA 2A85A 2VEKA 4IXXA 1EA0A 1KV5A 3LERA 3LTSA 2ABAA 2RFGA 1LLZA 1IIGA 1FCUA 1OFDA 3STFA 2ZZ3A 1H7NA 5DXXA 2H8XA 4BI7A 3L0KA 4NX0A 2CW6A 2HSAA 3P8IA 4O8RA 1IXPA 2NX3A 3LCHA 1W37A 2GVLA 3UWZA 1SSDA 2ZA2A 1GT8A 1YTDA 4WJEA 3SW6A 1K8YA 4OGZA 3F4NA 2NX9A 3BV4A 2DORA 1XL9A 1XKYA 2C14A 2ZRZA 2FPYA 3W7GA 4ML9A 1TMHA 3S42A 4WQ6A 1RQBA 1Y0EA 2G96A 4OV4A 1KTNA 1JCLA 3G1YA 3WJXA 4XKYB 2KZHA 2RDWA 3PSWA 3KRSA 3M5ZA 4NJKA 1XDLA 4RZ5A 3EB2A 5CPNA 2OT1A 1JRBA 1SO4A 3DU0A 4LV9A 2YYUA 3B8DA 2OJPA 2EHHA 3HIJA 3P81A 1MSSA 1QOPA 1W5NA 5CPOA 3NOEA 2YYTA 3TMLA 1BWKA 3G3DA 2EGZA 3RLUA 2VXNA 4ZQPA 2A6LA 5FESA 3QQ1A 3B05A 1WAUA 2PRMA 4CQ8A 4NXSA 2CZFA 5HINA 4FXSA 1V7YA 2WOQA 4M19A 4AF0B 4JR5A 1E51A 1YDOA 3EEGA 5U4NA 3LOTA 3QSRA 1Z48A 4LC6A 4UMCA 3UD6A 3LDVA 3MMTA 5E0KA 3W7LA 2VFHA 4RJEA 3SFKA 1LRQA 5KTLA 1GVSA 4QITA 1VLIA 5MHBA 3HGSA 1LORA 3B4UA 5I3GA 2ISVA 2YW3A 1O60A 1ZFJA 1K8ZA 4JN6A 3G1DA 3W71A 1FQ0A 1V5XA 4DBDA 1DL3A 1H5YA 3PB0A 2G5WA 1OK6A 2RH9A 3BGGA 3S9YA 4O13A 5LSMA 2DZVA 4WY0F 2NUXA 1FXPA 1R2RA 1M6JA 2QCMA 3WJYA 4KFOA 4GUJA 3CEPA 1WBHA 4YMZA 2HS6A 3EWBX 4A29A 1Q6OA 1WX0A 3THAA 3GDTA 4CQ9A 1C9DA 5A8GA 5IM51 4NJIA 4RCXA 2Y7EA 4QSHA 3K30A 2QCLA 3NR0A 1LOQA 4EF8A 4PCFA 4BR1A 1OFRA 3PR2A 4NNBA 1QWGA 4KFPA 4AAJA 2DU2A 1HO1A 5F4SA 1EPXA 5I3IA 2VFIA 4OQVA 2OCZA 3A23A 3P5ZA 3W22A 1GTEA 3KOFA 4UC5A 2QAPA 1WOBA 3NAVA 3TAOA 3WJZA 4AXKA 3C2VA 3NQ7A 4Z1AA 4JYFA 3TQVA 2NWSA 1P0KA 2J9XA 1VS1A 3W7RA 3E9AA 5F4WA 4WXZA 3SZ8A 1FX6A 3TSMA 3V75A 2J9YA 1B3OA 3T78A 1LZOA 4WOQA 1GG1A 2GVJA 1L6SA 4BK9A 3KFTA 3S1VA 1FWSA 2A6NA 5TBOA 1K7EA 4O19A 1FY6A 1WBJA 2QCCA 2B4GA 2FB3A 4DELA 3SI9A 3EWWA 3FOKA 4UCGA 2NX1A 4PODA 1YTEA 4UTKA 2QDHA 2FIQA 2V2HA 4NU7A 2V2DA 3NQ8A 3W7NA 5BMWA 3TSDA 3R2GA 4AWUA 4C1KA 4MJZA 4IX2A 3L21A 4LVAA 1H60A 2X2GA 2C1HA 5AC7A 3LHVA 4IMFA 3HG3A 4DPPA 3L65A 1G4PA 3CM4A 3CLMA 4ZL1A 5AHMA 1RV8A 4HT3A 2QJHA 2Q3RA 3W1RA 3NPXA 1W54A 1I2OA 4GUFA 4HN4A 2ZA1A 5HQEA 3T4CA 4JTEA 1PV8A 1LP6A 4JX5A 1R30A 4X9SA 4MOZA 1TTJA 1SW3A 2ZTKA 4UTMA 3IGXA 5HNRA 3NO5A 3W1NA 3KHJA 4O10A 3G1AA 4QM1A 4PA8A 1FCVA 3PY2A 1PHWA 3M1ZA 1OFEA 2Y89A 3BK0A 2ZRYA 4OWGA 3GVGA 3NQ2A 1OX6A 3IIVA 1T8XA 2DP3A 3MJYA 4Z1CA 2DZXA 5DBUA 3G0SA 3VNDA 3O05A 5D02A 3PBWA 3HG5A 2NLIA 1Q6LA 4GUGA 4UUIA 1QO2A 1WXJA 1K7FA 5FEPA 4N02A 4XQ6A 4ADUA 3GDLA 3BLFA 3BLEA 3W7CA 4MLRA 4RX0A 3RFAA 4I7UA 3QMRA 3DFSA 3S1XA 4AB4A 5HMSA 1H7OA 4ZQRA 1BTMA 3A5FA 5BNKA 2QCDA 1W0MA 5BMXA 3E96A 2VFFA 4YXGA 3O6YX 2G95A 3PS7A 5CZTA 2ZCGA 3W75A 2QKFA 3RLVA 1H51A 3UWQA 1VQTA 3M0ZA 4ONVA 5HR7A 6TIMA 4YLWA 2DJXA 4K6AA 4S2BA 4JTSA 2B7OA 4LUIA 4NQ1A 5GVJA 4N2YA 4O18A 3RU6A 4JDBA 3NM1A 2EF9A 3STCA 1JVNA 2DZUA 2C13A 3MHUA 2CLIA 3C2EA 4JEQA 1N7KA 3MHGA 3FIGA 3M16A 5BOOA 3W2LA 1OFQA 1XFBA 1L6WA 5EYWA 1TPFA 4RK8A 5J5DA 3BO9A 5D2VA 1PE1A 1YXCA 4JTFA 3DFNA 3GKAA 4JX4A 1DVJA 1NF0A 3I68A 2I14A 1D9EA 3B0VC 2YX0A 4HNTA 2GVGA 3PBYA 5CPMA 2Y6ZA 2CLKA 3VCRA 2I9EA 5F2GA 4FO4A 3PB2A 1C8VA 3I7RA 2FFCA 3W7PA 3FJLA 3DH7A 1FBAA 1MEHA 2Q3OA 3NYZA 4M5PA 2QDGA 4K7YA 5EKYA 3LCWA 3HJZA 2YGYA 4AHQA 3IGSA 3DFQA 3IIPA 3A5VA 4L4LA 1JCNA 3TDFA 3GYEA 3N19B 3IVTA 1F73A 1KTCA 4NVTA 3Q37A 4Q4KA 5K4ZA 3BVJA 3Q58A 2H3BA 3P62A 4MLJA 4R53A 3P80A 3W1LA 1PHQA 1Z41A 3M44A 4PC8A 4UFHA 2B7QA 2PURA 1GEQA 2GOUA 3H53A 5I3JA 4WUIA 4WZHA 1RQEA 3W07A 3OIXA 1K02A 4XZ9A 3HG4A 5AOUA 5C2XA 1HG3A 2WNQA 4E38A 4N9EA 1CW2A 1JUEA 3NZRA 1BKSA 1EUNA 1GVQA 4X2RA 1XBVA 3PC0A 5HJLA 1A5AA 3OHIA 3W7QA 1A5BA 3I65A 3PM6A 4X3ZA 3QQ0A 4FNPA 1G67A 5K2ZA 2RDUA 3W1QA 3NZ1A 1JQXA 3CQ0A 4MY9A 3W7HA 1JQVA 3C2FA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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