2VGQA

Crystal structure of human ips-1 card
Total Genus 160
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
160
sequence length
461
structure length
461
Chain Sequence
b'IEEGKLVIWINGDKGYNGLAEVGKKFEKDTGIKVTVEHPDKLEEKFPQVAATGDGPDIIFWAHDRFGGYAQSGLLAEITPDKAFQDKLYPFTWDAVRYNGKLIAYPIAVEALSLIYNKDLLPNPPKTWEEIPALDKELKAKGKSALMFNLQEPYFTWPLIAADGGYAFKYENGKYDIKDVGVDNAGAKAGLTFLVDLIKNKHMNADTDYSIAEAAFNKGETAMTINGPWAWSNIDTSKVNYGVTVLPTFKGQPSKPFVGVLSAGINAASPNKELAKEFLENYLLTDEGLEAVNKDKPLGAVALKSYEEELAKDPRIAATMENAQKGEIMPNIPQMSAFWYAVRTAVINAASGRQTVDEALKDAQTNSAMAFAEDKTYKYICRNFSNFCNVDVVEILPYLPCLTARDQDRLRATCTLSGNRDTLWHLFNTLQRRPGWVEYFIAALRGCELVDLADEVASVYQ'
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Crystal Structure of Human Ips-1 Caspase Activation Recruitment Domain
pubmed doi rcsb
molecule keywords Sugar ABC transporter substrate-binding protein,Mitochondria
source organism Escherichia coli
molecule tags Immune system/transport
total genus 160
structure length 461
sequence length 461
ec nomenclature
pdb deposition date 2007-11-15

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01547 SBP_bac_1 Bacterial extracellular solute-binding protein
A PF16739 CARD_2 Caspase recruitment domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.533.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Death Domain, Fas Death Domain, Fas 2vgqA03
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 2vgqA02
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 2vgqA01
4H5GA 4GL8A 2H98A 5A5XA 4RPOA 3OXNA 3V8XB 4FE8A 1US4A 4TQUQ 4FECA 4FEDA 5H8FB 3P7IA 3FVGA 1JNFA 2N7ZA 1DMBA 2OCUA 1L5TA 1PBPA 2YVIA 4GLIA 1MQHA 1DGNA 4P11A 4H67A 3MUQA 4HTGA 3H4ZA 5I58B 3HO7A 4U4SA 3I6VA 3LSLA 3OSQA 4POXA 1FQAA 4H5FA 5AA4B 1M5FA 4I8CA 2DWJA 1A55A 1MQIA 5K2XA 2R9JA 4OWDA 4M4GA 3KSJA 3EZQB 5IKBA 4F2OA 1DPEA 4O6XA 5KCJB 1FW0A 4XKRA 2ONSA 4RYAA 1UTBA 1QULA 4OQOA 3RTWB 4R6YA 3ECRA 3O6GA 4G8MA 4QFPA 1NKXA 3PMXA 3TQWA 2MS8A 1XS5A 1EZ9A 3O97A 2UXAA 2DE3A 3MJNA 3K1PA 4WEDA 4TLLB 1SW4A 4NMYA 3S9LC 3B6TA 2HXWA 1ZJLA 2Y7KA 1MXZA 4G4PA 5H8NA 3U94A 1B9JA 1HSLA 3A09A 2GH9A 2AL5A 2Z8DA 3QXMA 3TQLA 3A3UA 2IEEA 1GTKA 1B5IA 4P4HI 3TMGA 1MPBA 1Z7NE 4QF9A 4LP2B 2I3VA 1D9VA 3O66A 1DOTA 2VOZA 5AE4A 4ZEIA 3LR1A 3T9UA 3A3CA 3IJOB 5I2NA 3CSBA 1O7TA 1SI0A 5CI5A 2ALUA 5L9MA 1N3XA 4FAJA 2HAUA 1URGA 1ZBMA 2R6GE 4MLQA 5H8FA 2I48A 3RT6B 2ONKE 3K2DA 2BJJX 1P1WA 1B3FA 1Y4CA 4G68B 1YTVA 2BBZA 4H8JA 2NXOA 4QOBA 4N1KA 2XXIA 2F8DA 5I58A 3K6UA 2Q88A 2G7RA 4QSCA 4EWIA 1R1NA 1XT8A 4OMBA 1JVYA 5LOMA 1USYH 2IA4A 3R6UA 4EXLA 2DVZA 3I3VA 3T22A 3QYTA 1HSJA 1SDXA 4R6HA 1FQBA 3TTMA 1B1HA 5KCJA 3CIJA 1P99A 3IORA 3L6GA 4WXJA 2QMWA 2XXUA 1A1ZA 4LATA 1N84A 2L9MA 4H65A 4MFIA 4C1TA 3C4MA 3U1OA 2DBGA 2DQVA 1SD3A 1RKMA 4Q0CA 1Q1KA 3N5LA 3GZGA 1B40A 5AA2B 5K2YA 1SYIA 4OVJA 5F1QA 3V5AA 1MY1A 3KEIA 3S2VA 1OQGA 5TPAB 2FYIA 2P1HA 4NE4A 3Q28A 3BFUA 1P1NA 4YKIA 4RK9A 4YB5A 1A54A 3DP6A 3TELA 4O3CA 1I6BA 3PUZE 3EF7A 3ZKKA 1OLAA 2Z8EA 1OQHA 5ELVA 3QAXA 1MM6A 5DTBA 3RNNA 4F18A 5EYFA 4M9XA 1B46A 3HV1A 4IO4A 4FATA 4G68A 3R26A 3W9VA 4YMBA 4IGRA 4ZEDA 3YGSC 3UA8A 3G3KA 3PPQA 3SEVA 2ZMBA 3DP4A 1LAXA 4TLMB 3IO6A 4R75A 1H76A 4NF8B 2HEUA 5I56B 1D3KA 4OEVA 3B6WA 3U8QA 1PN5A 1QKBA 3KN3A 1QUJA 1PBQA 3M3KA 4JSOA 1VSOA 3BFTA 3K01A 2XXRA 3TAJA 4Q8RA 3C31A 4GXAA 1B3LA 1UIVA 3CFLA 5CMBA 3VXCA 3OO6A 1IZ1A 3H6VA 3EHTA 4GOTA 4MF3A 4RXLA 4FH0A 5AA2A 5M2VA 4QFLA 2AYSA 4U22A 2DSFA 5TPAA 4YB7A 4ELRA 5TU0A 2AIXA 4AB6A 2XXTA 4DXCA 2PBWA 4XKNA 4UZ0A 3MBPA 1MQGA 3T9XB 2DVCA 1B7ZA 1P1QA 1OMPA 2XX9A 4GFRA 1ZKBA 2QS1A 3KN7A 2MB9A 3O2AA 3FATA 4U1ZA 4F22A 2Q8JA 3EHSA 1LB8A 4IO5A 4MH5A 2RF1A 2F34A 3QK6A 4AB5A 2GHBA 2I3WA 2L6AA 5EHMA 4DDDA 1XOCA 1MG1A 1P1UA 3AXFA 4ZE8A 3T9HB 3QUFA 3SEWA 5FHOA 1MY4A 2F7AA 1TFDA 3PUYE 2VD3A 1FQDA 4NEDA 1FTJA 4JQWA 1LBCA 1NNPA 4M9SA 5I56A 1B5HA 2DBFA 3OO7A 1PEBA 1R6ZA 1S9TA 1IXGA 3V83A 2DS9A 4KR5A 3TCFA 2DOJA 1JW1A 1B51A 2LWDA 3FGSA 4F31B 4U23A 4GRKA 4F44A 3M3FA 2I58A 1NL5A 3DP8A 1SI1A 1LSTA 2DE2A 4RJZA 4BDNA 4F3PA 3K1NA 3WAFA 5CBRA 4FEBA 4IY6A 4OYVA 2GRVA 4R6KA 3C36A 3H7MA 1QJMA 1XHYA 1IEJA 2QPQA 3SDFA 4YKPA 1LFGA 3IL1B 3IK6B 4HS7A 3UN6A 1URSA 2E1SA 2O69A 4G77A 4ECFA 4H8IA 1Z6TA 1AOVA 4FJPA 1MQDA 4EF1A 3MAMA 3Q26A 1WMGA 2Q2CA 4F1UA 4OFOA 4O3BA 1MXYA 1DSNA 1VFDA 2XXXA 4PFWA 4QHQA 2VP1A 5BWJA 3HHGA 4WKMA 3FVOA 1A99A 3QSLA 3LSFB 1GGGA 3S9EA 1YCJA 3OSRA 2ABHA 4JUPA 1PB8A 1O64A 3TKDA 4NF6B 1B2HA 2E0SA 1MS7A 1XC1A 1PDAA 4NWDA 1TT1A 2QRYA 4P0IA 2UYFA 4F19A 3JZJA 2F1SA 4X9TA 1B1XA 4E0WA 1HSEA 1AH5A 1WVJA 3SETA 3E13X 2VGQA 4R2FA 3HSTA 1BKAA 4THIA 5L9SA 1B52A 1A8EA 2RKMA 4EQBA 2DWIA 3ONMA 1NGRA 2QMXA 1WH4A 3T96B 3OEMA 3G3JA 1D2ZB 2NAQA 4A2QA 3PMVA 4OTEA 4IO7A 4HCWA 4JWOA 4OERA 3VLWA 2Z22A 1MH3A 1I6QA 1WDNA 2D96A 1B4HA 4IZAB 1SQYA 1JEUA 2VD2A 1FTKA 3K6VA 3EN3A 2GFEA 2FNCA 1II5A 1N3WA 2H25A 4ONYA 2B1WA 1IQ7A 1MM7A 1MY2A 4NF5B 2I49A 2M5VA 1O63A 2F97A 4EUOA 2P0SA 1GVCA 4DCYA 3H6WA 4U1OA 5H8HB 4E0XA 1DTGA 1AMFA 1Q35A 4NWCA 1JW4A 5H8QB 4F3BA 4G2ZA 1FCKA 5I2KB 2MN4A 4PQJA 4JSDA 2RINA 2O84X 4YB6A 3T66A 3PGFA 3GLBA 3CRBA 3CFXA 2OK2A 1LAHE 4P0GA 2Q89A 1JQFA 3RY3A 3MVXA 2UVJA 2XX8A 1YGOA 5CMKA 1E41A 1JEVA 3HN0A 3IB2A 2QS4A 2GHAA 3RPWA 2I0CA 3CRDA 3TCHA 3IX1A 3D4CA 3CVGA 2P2AA 2DO9A 1B0HA 3K6WA 3LUYA 4IZ5E 3L6HA 2X7QA 3PU5A 3DM0A 5AA3A 4XIGQ 3D4GA 5AA4A 3VVDA 2V3QA 5I57B 2B3FA 2MS7A 2I4BA 3EZQA 5DYHA 3EQ1A 2PYYA 4KQPA 1NNKA 2Z23A 2XXVA 3K02A 3TDJA 2OWTA 4E9MA 4RHWE 1ZMGA 3QIMA 5BUUA 4GVOA 1ICHA 1SW2A 3IOTA 3VLVA 2DE4A 4X1DA 2LS7A 3PPRA 4ZECA 1OIBA 3TTRA 1LLSA 2G93A 2I6EA 1UTHB 2A5TB 1RYOA 4H0WA 2HQ0A 3MVYA 1Y3QA 2ZNSA 2QS3A 3IAZA 3HHFA 1MH4A 1POY1 1VE4A 2ZXTA 4O9LA 5FHMA 5DT6A 5H8QA 2DWAA 1I69A 4N1LA 1A7LA 1CE2A 3PD8A 5I2KA 1OVTA 4QSEA 2N97A 4TOZA 1B32A 2OJTA 2F7CA 4QFKA 4M9ZA 3IOVA 5DEXB 3RUMA 1UIUA 2Q2AA 4R74A 4LZ8A 3C32A 1POTA 3MOPA 1N76A 1Y1ZA 4DWNA 3THIA 4OEUA 3C33A 3MC2A 4AQ4A 4KD5A 4JWYA 2D5WA 5I59B 2OWSA 4XTCQ 1EH3A 1B7UA 4YMAA 1EZOA 2Y84A 3KJTA 1M5EA 1N04A 4Q30B 1YPNA 1QW0A 1IXHA 1NMUA 1RYXA 3IJXB 5FTHA 4IGTA 4BDLA 4LUBA 1LFIA 4C0RA 3RLFE 1N3KA 2RC8A 3RGYA 2AL4A 3I5OA 4ZZEA 2B3BA 4R73A 1MPDA 1SYHA 1N7WA 3GBBA 2X26A 2V84A 3S9MC 1I6AA 3KFMA 3LBSA 4DIGA 2NSNA 4OESA 4JBZA 3E4RA 5CMMA 3TCGA 1MY3A 4LZ5A 4F29A 3O29A 1UTHA 4DXBA 1B3EA 3LQQA 2O68A 4OETA 4ZS9A 3B7DA 4G8HA 3SEXA 1ELJA 4GQOA 4N07A 1FTOA 1FTLA 2N80A 1SVXB 3UP9A 2F36A 4U21A 3KN8A 3OELA 2V25A 2PMSA 3PPOA 4M1VA 4JDFA 3RN8A 1N7XA 3G3GA 5DEXA 4LONB 3OEKA 2HFBA 2HCAA 4QRZA 4F3GA 1QKAA 4NF4B 2NOOA 1MXXA 3OMBA 2W7YA 4X1BA 3PV0E 3TZAA 4OHNA 4YAHX 1Y3NA 5HM4B 4QFOA 1WODA 4I62A 4UA8A 5I59A 1MDP1 3IB0A 3FXRA 3IR1A 4KYEA 4OXVA 3N6UA 2XD2A 2XHDA 1AIVA 1EU8A 5AA2D 1LBBA 1ZU0A 3PUVE 3K0VA 4K3FA 4N13A 4NF8A 1OVBA 4F42A 1TWYA 1H45A 2O7IA 3SESA 4U2RA 5HBCA 4IO3A 5JK4A 3VE1B 1KWHA 2DXYA 2PT2A 3EHUA 5I84A 3MOPG 2DBDA 4Z7EA 2O1MA 2QJEA 4KCDA 3MW0A 2ZYMA 1QUKA 2ZYOA 3IO4A 1URDA 2UVHA 1CB6A 2O51A 1LGBC 1IIWA 3F11A 4QFNA 4I9DA 4YZZA 3MQ9A 3OO9A 2KLFA 3SEYA 5ICTA 3TUSA 2OBGA 2P1SA 1DPPA 1OLCA 1ZIUA 3VFJA 5H8SA 4LZ7A 4N6PA 4F39A 1B7HA 1J1NA 2A9IA 3FUZA 2HAVA 3FZVA 4KYDA 3H6UA 4EF2A 1ZLQA 2F5XA 4IO6A 1DDFA 3OOAA 3LSWA 1MXUA 4KFQA 3JYRA 3SERA 3H06B 4EDPA 3CSGA 2Z8FA 1JVXA 3JV9A 3IOUA 4HW8A 3KJ7A 3FXUA 2D3IA 3FASA 2XXYA 2RCBA 2H4IA 3K00A 2REJA 3G7WA 2X7PA 1EZPA 1D9YA 4IO2A 4JXIA 2ANJA 4NTLA 4EXKA 4PETA 1D4NA 4GL0A 3T6PA 5F7VA 4NF4A 1PC3A 4P4HA 4ZZAA 2F7BA 3ILTB 4KI0E 5JTYB 5I2NB 2NVUB 4FIMA 2Y7IA 2F6GA 4MBPA 1GR2A 2LWEA 1QVSA 4OFLA 3PUWE 1UQWA 1SW5A 5JEIA 2RC7A 1SW1A 4QSDA 2CMOA 4BDMA 3BKIB 1IUDA 2YPNA 2ESNA 1LB9A 3TPAA 4KCCA 2VHAA 1H3DA 4A2WA 3FJGA 3MVZA 4GF8A 2YJPA 3S9NC 1B3HA 3H6TA 2PVUA 3VVEA 3VVFA 1E3YA 2Y7WA 1M5BA 4JB7A 4I1DA 3B6QA 4Z0IA 1N0TA 3SEUA 4RPNA 1A40A 4PFTA 4BLAA 1MDQA 5DVFA 3VDFA 4ZE9A 5ICQA 1FTMA 3LSXA 5ITPA 2HZKA 1JW5A 1MXWA 4RNSA 3QF2A 2R71A 1LAGE 5J1DA 1C15A 4R72A 4RHWA 1F9BA 1IITA 2YLNA 3U92A 2H9BA 2OF5H 4N1JA 5B7DA 3V89B 1FADA 2Y7PA 3N6TA 1M5DA 3MPLA 5DVIA 3RT8A 1TFAA 1XVXA 2DWHA 1NFTA 1R9LA 4R9FA 4F3SA 4ELOA 5FHNA 3TYHA 3KG2A 3ZKLA 3QUJA 4ESXA 3R7XA 4RY1A 3N26A 2OF5A 3E9XA 4NF6A 3T9VA 1MY0A 3PPNA 4ZEBA 4DXUA 3FV2A 4KPTA 4YU0A 5JTYA 3KSXA 5KDTB 3N94A 2PT1A 4PE5B 4H6DA 4HCYA 2LAOA 1FQFA 4ZBWA 1LCTA 3G3IA 1CY5A 1BP5A 2M8CA 1BLFA 3IOWA 4BDRA 1CWWA 2OLBA 2RCAA 3C35A 1T0KA 2B65A 3T93B 5CBSA 4LA9A 3CFZA 2F78A 3KBRA 2XXHA 3TFLA 4ZDMA 3MZ9A 3O6HA 2BBRA 4YICA 3LC8A 2F6PA 2ZNUA 1D2ZA 1H44A 4Q5TA 4LQ2A 3O28A 4ND9A 5CMCA 2UVGA 3GBAA 1US5A 2N83A 4YKJA 3TTNA 4OENA 2IB1A 1P1OA 4ELPA 1QUIA 2V93A 2XX7A 1B0LA 1ANFA 2F35A 4NF5A 2QS2A 1ATGA 3PPPA 4RK2A 3M8UA 4OZ9A 4GIZA 1LAFE 1IXIA 4YKKA 4O3AA 3USDA 5CRYA 3MP1A 4DE8A 3MP8A 5H8HA 1A1WA 4IZ7B 3C34A 3KATA 5B70A 2HM2Q 4ELQA 4XKQA 4O7QA 2FA7A 4IB2A 4JWXA 4GXSB 2KN6A 2YQFA 1B3GA 3UK4A 2GF5A 4IY5A 3VLUA 1NH8A 1PB7A 3DELB 2XXPA 2NZ7A 2H5YA 3MPKA 1MXVA 3FJMA 1B6HA 2QL3A 5AA1A 2DP8A 5KDTA 1PB9A 4MLVA 3K4UA 4LQ5A 1IXCA 3FVKA 4DCXA 2A5SA 2ZNTA 2WKYA 3DLNA 2I4CA 2N1FA 1H43A 2DBHA 2D21A 1NNTA 4RA1A 2A5YB 2DYXA 1ZTYA 1BTJA 5I57A 1B4ZA 4WEPA 1VFEA 3ZSFA 1TXFA 2O7UA 3CG1A 3MZ1A 4OFJA 3OENA 5ITOA 1YAEA 3TEPA 5DVJA 4EQ9A 2NWJA 3S4UA 3E3KA 3U72A 4BDQA 4DLDA 1USYE 3HPIA 1Y20A 1Y4TA 1A8FA 3K1MA 5L9OA 2XXQA 1AL3A 1S7YA 3VV5A 4GWOA 4PFYA 5L8DA 3KZGA 2A5TA 4H1XA 4LVQA 3EPEA 4BDOA 3OD7A 4PP0A 3J63A 2ZYNA 3C9HA 1XVYA 3Q25A 3H03A 1Y3PA 3G3HA 2MPCA 1BIYA 2QSXA 2O6AA 2V3TA 4KHZE 4D8OA 3RTFB 3J6JA 3K6XA 5TP9B 4F2QA 2UYEA 2XD3A 1Y9UA 4POWA 5EHSA 5ISUA 3PD9A 1UCPA 3IB1A 4UACA 1B05A 3UGWA 3ILUB 1JETA 3FXQA 1GV8A 4X48A 4XKPA 1FQEA 1LCFA 2UVIA 1NNFA 4ESWA 4ZEFA 2RC9A 5IAIA 1MQJA 5A5XB 1MPCA 3W15C 4F1VA 5KZTA 4GD5A 4XXUA 3VXBA 1B5JA 3H3GA 2ONRA 4FORA 3TTLA 3PMWA 3O6IA 2YGSA 3Q29A 2HZLA 4ISUA 2ZYKA 3CI8A 3MZBA 1DTZA 3ZS6A 3WAEA 1VR5A 3CR9A 4F1YA 1LFHA 4L17A 3OO8A 3CG3A 3KOSA 3BBRA 2I0BA 4LWDA 3KOTA 3UIFA 1UTBB 3MP6A 3MWBA 2Q9TA 3CL3A 2OZZA 4KYSA 4PFUA 1MRPA 4C1UA 3FVNA 2YU0A 3YGSP 3G3FA 3PUXE 3W9WA 2N00A 3ODBA 2KM6A 2CZLA 1S50A 2G29A 4R2BA 3GXAA 3SKPA 3KGCA 4O9FA 2REGA 4I16A 4R9GA 3FIRA 2H99A 2O1LA 1M5CA 5H8NB 2O71A 3MOPK 5HPQA 1NH7A 3FV1A 4G68C 4G8NA 2V3UA 3HCQA 5CM6A 2THIA 1Y1MA 3TODA 4NQKA 3Q27A 5CC2A 3TTKA 1R9QA 3FD3A 3RQTA 3MVWA 5TP9A 3LQRA 1SBPA 1WXPA 4U4XA 4ZEKA 2PX1A 2XXWA 5FTIA 3FJ7A 3UORA 3U93A 1Z7ME 4DZ1A 1FQCA 2Y7RA 3M3LA 4EQ7A 2NUVA 1B58A 2DXRA 3O9PA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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