2VGQA

Crystal structure of human ips-1 card
Total Genus 160
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
160
sequence length
461
structure length
461
Chain Sequence
IEEGKLVIWINGDKGYNGLAEVGKKFEKDTGIKVTVEHPDKLEEKFPQVAATGDGPDIIFWAHDRFGGYAQSGLLAEITPDKAFQDKLYPFTWDAVRYNGKLIAYPIAVEALSLIYNKDLLPNPPKTWEEIPALDKELKAKGKSALMFNLQEPYFTWPLIAADGGYAFKYENGKYDIKDVGVDNAGAKAGLTFLVDLIKNKHMNADTDYSIAEAAFNKGETAMTINGPWAWSNIDTSKVNYGVTVLPTFKGQPSKPFVGVLSAGINAASPNKELAKEFLENYLLTDEGLEAVNKDKPLGAVALKSYEEELAKDPRIAATMENAQKGEIMPNIPQMSAFWYAVRTAVINAASGRQTVDEALKDAQTNSAMAFAEDKTYKYICRNFSNFCNVDVVEILPYLPCLTARDQDRLRATCTLSGNRDTLWHLFNTLQRRPGWVEYFIAALRGCELVDLADEVASVYQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Crystal Structure of Human Ips-1 Caspase Activation Recruitment Domain
pubmed doi rcsb
source organism Escherichia coli
molecule tags Immune system/transport
molecule keywords Sugar ABC transporter substrate-binding protein,Mitochondria
total genus 160
structure length 461
sequence length 461
ec nomenclature
pdb deposition date 2007-11-15

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01547 SBP_bac_1 Bacterial extracellular solute-binding protein
A PF16739 CARD_2 Caspase recruitment domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.533.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Death Domain, Fas Death Domain, Fas 2vgqA03
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 2vgqA02
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 2vgqA01
4F39A 4RK2A 3MC2A 4NE4A 3G3HA 1XS5A 2DP8A 3IAZA 5LOMA 2Q8JA 3CSGA 4MH5A 4Z7EA 3EZQB 1SW1A 2YGSA 1DDFA 2Y7IA 2VHAA 1NNKA 4LUBA 5AA3A 4G8HA 2A5TA 4M1VA 3OSQA 5KCJA 2DXYA 4KYDA 2MN4A 1H3DA 4GOTA 1OQHA 1D9YA 4QFOA 4ONYA 1FTOA 3IO6A 1USYH 1FTMA 1S50A 1MS7A 3HHFA 3LBSA 3LR1A 3K00A 3WAEA 3QK6A 3EF7A 3KOTA 2OJTA 2REGA 4ZEKA 3BFUA 1AL3A 1YPNA 5J1DA 1NNTA 3CL3A 3DP8A 4XKPA 4HTGA 2XD3A 5I59A 1P1UA 2O7IA 1US4A 1M5CA 2QL3A 4PETA 4KCCA 5L9OA 3KSXA 1B3LA 3ODBA 3JYRA 4N13A 3MPKA 5CMCA 2AL4A 2YPNA 4PFWA 1UTBB 1SW2A 3FV1A 4IZ5E 4EQ7A 4NEDA 4IY6A 5CRYA 4YB6A 3FVNA 3KJTA 1SW4A 2OWSA 1N3KA 1Z7ME 5ISUA 4EWIA 1BP5A 1I6QA 4QSEA 3FJGA 2REJA 3FZVA 5BUUA 1H43A 2PMSA 3HV1A 4NWCA 4QHQA 1B46A 3TELA 1JW4A 3SKPA 1M5BA 1P1NA 3HPIA 4OEVA 4QSDA 1H45A 1GV8A 5I84A 4ZECA 4BLAA 3SDFA 3USDA 2IA4A 1FQFA 4OZ9A 3J6JA 1LBBA 2N80A 1IXGA 4GFRA 3QIMA 2RC7A 2I3WA 5EHSA 4EF2A 4G2ZA 2R9JA 3V8XB 5ICTA 4IZ7B 1JVYA 3MUQA 2HM2Q 3V89B 5I56A 4EQBA 3IX1A 4YU0A 2ESNA 3FVOA 2QS3A 1B3EA 4JBZA 2OCUA 4ZEBA 3T6PA 2XXRA 3CSBA 2I58A 2F7AA 3IORA 1Y20A 3ZS6A 2ONSA 4QRZA 3KN3A 4BDMA 2O84X 3H7MA 2Y84A 5H8SA 4N6PA 4JXIA 3K6UA 4OERA 4R2FA 3PPOA 3TKDA 3C36A 3OENA 2D96A 2GH9A 5ICQA 3ECRA 3SEYA 3S2VA 4C0RA 1H76A 1A8EA 1FTJA 2LS7A 1FQAA 5I2KA 1B32A 1JW1A 2G29A 4KYEA 1N76A 1LBCA 2OF5H 1URDA 4NF4A 4POXA 2XX7A 3O2AA 1FW0A 2DBDA 4H8JA 4UACA 1B7ZA 4LONB 4IO7A 4NF8B 2YQFA 3O97A 1B05A 3K1NA 2D5WA 4HCYA 4ZDMA 1A1ZA 3T9HB 3QYTA 1UTBA 1VFEA 4LA9A 1B58A 3OMBA 3TCHA 3SEVA 3MW0A 1NKXA 1FADA 2FYIA 4AB5A 4RJZA 1B52A 2OZZA 2HAUA 2HEUA 1LAXA 1BKAA 4IZAB 3T96B 2I0CA 1Q1KA 4ELRA 1LFIA 5I58A 2BBZA 2I6EA 2Q89A 1MQJA 2N7ZA 3F11A 1SBPA 3DELB 3K6VA 4O3BA 2XXWA 3S4UA 3T93B 2XX8A 4PFTA 2UVIA 4F1YA 1I6AA 2PT1A 2HCAA 2VD2A 2H25A 3R26A 3OSRA 3O29A 3RT6B 1CE2A 1RYXA 4IO6A 4QF9A 2MPCA 4GRKA 5CBRA 2XD2A 1TFAA 4UA8A 2NZ7A 2HXWA 3B6TA 2KLFA 3PPNA 1Y3NA 4ZZAA 2ZYKA 4A2QA 3A3CA 1LLSA 1BLFA 1QKAA 4LWDA 4YMBA 1WMGA 1ICHA 4N1JA 4I62A 4EDPA 3TZAA 1YTVA 2LWEA 2IB1A 3LSLA 2PBWA 2P2AA 4D8OA 4F44A 3OXNA 5CMKA 2L6AA 4F2OA 4PFUA 4N1LA 2Q9TA 3PMXA 4DIGA 2DBFA 3FVGA 4F1UA 5I58B 2WKYA 2XXXA 1QJMA 1N3XA 5AA2B 1B5IA 4Q30B 4NF8A 3AXFA 2XXQA 4G68B 3O9PA 1QUKA 3ZSFA 3TEPA 3RLFE 1E41A 3K02A 3MVXA 1MQIA 3RTWB 4H6DA 4OMBA 1O63A 5H8QB 1URGA 5FHNA 1YCJA 3K0VA 3DM0A 1CB6A 3UORA 1JEVA 3T9XB 2UVJA 3PU5A 2Q2CA 4H5FA 2V3QA 4YB5A 1SQYA 2YLNA 3RN8A 4OQOA 2V93A 4QFPA 2P1HA 2YU0A 4DWNA 4O9FA 1EH3A 4AQ4A 2I0BA 3T9UA 2PT2A 4ZS9A 3VLWA 4M9ZA 1B3GA 1P99A 2N00A 3PUWE 1SYIA 4R6HA 1HSEA 2ABHA 3CRBA 4KFQA 1IEJA 2BBRA 4OESA 3K6XA 1UTHB 3BKIB 3OO6A 4ESXA 4P4HI 3GBAA 1S7YA 3JZJA 5JK4A 4R6KA 4TLLB 2A5SA 5K2XA 1II5A 1QUJA 4QFLA 5FTHA 3EPEA 3VVDA 4G68A 4DXUA 4LVQA 2UYEA 2Y7RA 2YVIA 3UIFA 1WVJA 3MZ1A 3H03A 3IOUA 4IO2A 3GZGA 1NGRA 2X7QA 4E0WA 5H8QA 2PVUA 5I57A 5H8HB 1YGOA 2HAVA 1JEUA 1D4NA 1NNFA 3C35A 2CMOA 1Z6TA 1P1OA 3MPLA 4LZ8A 5EYFA 5AA4A 4U22A 5ITPA 3K6WA 4FATA 2XXPA 1UQWA 4WKMA 3H6VA 3Q29A 4P0IA 4TOZA 1IZ1A 3TQWA 2NOOA 3C32A 3IB0A 2MS8A 1VFDA 4XKQA 4G68C 3U1OA 3S9EA 1PB7A 4JWOA 2A5TB 5A5XA 1PN5A 1ZU0A 1M5EA 5ELVA 2Z8EA 4NWDA 3G3IA 3TQLA 1A40A 3K01A 2DYXA 2N83A 2O1LA 3EHTA 3Q28A 3IL1B 4MLQA 4F18A 2M5VA 1FQBA 3CI8A 1MY0A 5F7VA 1MXUA 5TP9A 3SEUA 3MZBA 2RC8A 3TDJA 2GRVA 3PGFA 4DDDA 4OXVA 3VVFA 1TXFA 3LSXA 3MVZA 3T22A 4LATA 3G3GA 3ILUB 3MQ9A 4KD5A 4JWYA 2V84A 2Q88A 3LSWA 3FATA 3MP8A 3TTLA 2NWJA 4GWOA 4H65A 4NTLA 2DVZA 1BIYA 3FD3A 1O7TA 5HM4B 1PBPA 4F3BA 4RPNA 4X1BA 2QS2A 1D9VA 3L6HA 3TTRA 4BDLA 3OO9A 1ZIUA 1L5TA 1MM7A 4LZ5A 1J1NA 3ILTB 1USYE 3KATA 3VLVA 3N26A 1N7XA 5M2VA 1IXCA 3KG2A 3TUSA 2O51A 1EZ9A 2QPQA 2Y7KA 3CR9A 4H67A 4XXUA 5I57B 1QKBA 2RF1A 2Z22A 2RCBA 5IAIA 2H5YA 2DBGA 2X7PA 2O69A 4MBPA 3UN6A 2QMXA 1VSOA 1PEBA 1LB8A 3N6UA 1AIVA 1DTGA 2QS4A 5KZTA 2D21A 1PB8A 2I4BA 1FQCA 3H6TA 3WAFA 5TPAB 3B7DA 2ZNTA 2AL5A 4RXLA 3TCGA 4O6XA 3Q25A 4LQ2A 4WXJA 1WXPA 4E9MA 4JQWA 4XKRA 2B65A 1ZBMA 2LWDA 1FQDA 3PUVE 2FA7A 2RKMA 4A2WA 5CMBA 1IXHA 1SVXB 1Y3PA 4I8CA 2F7CA 4ZZEA 3TMGA 5DT6A 1XHYA 1MY4A 2DQVA 4FORA 4GQOA 1UIUA 4X9TA 2XXHA 4YKKA 4OFJA 3S9MC 1PB9A 4F29A 3QAXA 1N3WA 3IOVA 1D3KA 1URSA 4EQ9A 4UZ0A 4EXLA 3KBRA 5TP9B 4NF6B 3SESA 3IJOB 4JB7A 1P1WA 2F7BA 3SEWA 2UXAA 2VD3A 2Z8FA 3O6HA 5B70A 3H6UA 4RHWA 1FCKA 5AE4A 3A09A 1JVXA 4DXBA 4EUOA 3TFLA 3Q26A 4R73A 1B4HA 1B1HA 3I5OA 3E3KA 1Y3QA 2RINA 5JTYA 1OIBA 2X26A 4U1ZA 2DBHA 3U72A 4RY1A 3U94A 3LQRA 2A5YB 5DVFA 3C33A 3G3FA 3RPWA 1A1WA 4LP2B 1LAGE 1ELJA 5CC2A 5K2YA 4X1DA 3A3UA 1B0LA 1YAEA 3KFMA 3FXQA 3Q27A 1Z7NE 1ZMGA 2DS9A 1IQ7A 3G3KA 1XVXA 3SERA 3EQ1A 1B7UA 3FJMA 3LUYA 4IGTA 3ZKKA 2DSFA 2A9IA 4M9XA 1MY2A 4GL8A 1MRPA 1PDAA 2E1SA 2ONKE 2IEEA 2I48A 3E4RA 4R9GA 4GLIA 3E9XA 4ELQA 3PUZE 1XT8A 1B40A 5KDTA 3VXCA 3QF2A 4ZEFA 5FHMA 1ANFA 4PP0A 4U2RA 3CFZA 5CBSA 1AMFA 2XXVA 5IKBA 2F1SA 3VLUA 4QOBA 1B1XA 2HQ0A 5DVJA 1MXWA 4MLVA 1DMBA 2O6AA 3DP4A 1AH5A 3TTKA 1NL5A 4ZE9A 2R71A 4KPTA 4R6YA 3LC8A 2N1FA 4F3SA 1XC1A 3FXRA 3H3GA 4BDRA 3MP1A 3VV5A 3FJ7A 4PQJA 1MPDA 1B3HA 2NSNA 3KZGA 3FIRA 4F42A 3VVEA 4ECFA 4AB6A 2XXTA 3UA8A 2DOJA 1OQGA 1GR2A 3OO7A 4U21A 2NXOA 2HZLA 3C9HA 4NF5A 1N04A 3V5AA 3TTNA 3MVWA 3P7IA 3RT8A 5KDTB 1R9LA 4Q0CA 1MXXA 5AA1A 4DXCA 2OK2A 1P1QA 3ONMA 4HCWA 1SI1A 1LFHA 1MDP1 2OLBA 2I49A 3C34A 1QUIA 3CFXA 4IO5A 4I16A 3K4UA 3VDFA 5DVIA 3KN7A 3DP6A 1A55A 1B6HA 3UGWA 4R9FA 4P4HA 1IIWA 3TCFA 4HW8A 2OF5A 1O64A 2DVCA 4M9SA 4N07A 4K3FA 2QMWA 2ZNUA 4M4GA 4ZBWA 5H8NA 3TODA 3PUXE 3MOPG 2F34A 2Z23A 4ISUA 4YMAA 2ANJA 2QS1A 2QRYA 2YJPA 4RNSA 1WH4A 2DE3A 3D4GA 1Q35A 4N1KA 3O6GA 3N6TA 1I69A 3HHGA 2QSXA 3PUYE 1Y1ZA 1OVBA 4OHNA 2VP1A 1B5JA 3PD9A 2V25A 1B0HA 1H44A 3MOPK 1MQHA 2O1MA 3IJXB 1IUDA 3IO4A 3TTMA 1DSNA 3CVGA 1CWWA 1OLCA 3UK4A 3FGSA 5I2NA 2B3BA 3OOAA 3SETA 4WEPA 1I6BA 3GXAA 2DXRA 3PMVA 2Z8DA 1ZTYA 1MQGA 3RGYA 1LCTA 4H8IA 4GIZA 3RNNA 4QFKA 4BDNA 1LFGA 4RYAA 1TFDA 1MDQA 4OTEA 3N94A 2KN6A 1Y9UA 3QSLA 2UYFA 3EN3A 4YKPA 2MS7A 3K2DA 2W7YA 1MY3A 3EZQA 3IK6B 2MB9A 2NUVA 4NF5B 4U23A 4OFLA 4FE8A 4F22A 4IB2A 3OO8A 1A7LA 5TU0A 4BDQA 2DWAA 3TYHA 2XXYA 4ZE8A 2XX9A 4TQUQ 4FEDA 1FQEA 4IY5A 1VR5A 2XXIA 2GHBA 3EHSA 1WDNA 5H8FB 3QUFA 3M3FA 1RYOA 5DEXB 3VXBA 1SW5A 4ZEDA 3OELA 1B2HA 4Z0IA 2M8CA 4O9LA 5CI5A 1SD3A 3RUMA 4R2BA 2UVHA 2UVGA 1B51A 2DWJA 3BBRA 4KCDA 4FECA 1NH7A 1Y4TA 3IOWA 5AA2A 3CG3A 5H8NB 2DWIA 1JW5A 4C1UA 3G3JA 4OETA 4YZZA 3W15C 4ND9A 1SI0A 4IGRA 3B6QA 3CG1A 3IR1A 1OMPA 2G7RA 4YKIA 3KOSA 2O7UA 4PFYA 1R9QA 2H99A 4U4XA 2F6PA 4OEUA 1PC3A 1OVTA 1DTZA 3DLNA 1LAFE 3G7WA 5CMMA 3KN8A 3CIJA 2F8DA 3N5LA 2BJJX 1MG1A 3M8UA 4F31B 4YKJA 3U8QA 2XXUA 5I2NB 1F9BA 2ZNSA 4OVJA 1LSTA 4JWXA 3MAMA 4IO4A 3THIA 3IB1A 5H8FA 4RPOA 3EHUA 3K1MA 4R75A 3FUZA 3MJNA 3KSJA 4Q5TA 1TT1A 1Y1MA 4NQKA 1R1NA 4YICA 5BWJA 1A54A 4GVOA 4WEDA 1SDXA 2F97A 5L8DA 3PMWA 4GXAA 3L6GA 3KEIA 3IB2A 3PPRA 5I56B 4PE5B 2F36A 4IO3A 1LGBC 4KI0E 4R72A 2XHDA 4DE8A 5EHMA 5DYHA 2AYSA 2CZLA 2F6GA 5AA2D 1ZLQA 2HZKA 2R6GE 1B4ZA 1RKMA 3E13X 3V83A 4G8MA 1POY1 1GTKA 1NNPA 1B9JA 3W9WA 3C31A 5DEXA 1T0KA 2FNCA 2ONRA 1JQFA 4GXSB 4POWA 4G77A 2NVUB 4F1VA 5I2KB 2NAQA 3ZKLA 3UP9A 3RQTA 4FJPA 5AA4B 3QXMA 3VFJA 3YGSP 2I3VA 2F5XA 1GGGA 4NF4B 3CFLA 1B3FA 2I4CA 4X48A 1N84A 4ELOA 5CM6A 1B5HA 5JTYB 4GF8A 2THIA 2D3IA 3TPAA 3HO7A 3PV0E 3T9VA 2O71A 2GF5A 1CY5A 3CRDA 1MXYA 4U1OA 4DCYA 4JSOA 4G8NA 3B6WA 5A5XB 4JUPA 2V3UA 3J63A 2OWTA 3FXUA 2ZYOA 1MH3A 5F1QA 3BFTA 2H98A 5H8HA 4LZ7A 2F78A 4O3CA 3HCQA 4LQ5A 2N97A 1MQDA 2DE4A 1AOVA 3GLBA 4YAHX 3MWBA 2ALUA 1MXZA 4BDOA 4FH0A 4P11A 3FASA 3O6IA 1FTLA 3H4ZA 3FV2A 1MPCA 4U4SA 3S9LC 4TLMB 4F2QA 2PX1A 3KJ7A 3O66A 5FHOA 5HBCA 1XVYA 3I3VA 1ZKBA 4P0GA 4MFIA 2Q2AA 2G93A 2Y7WA 2RC9A 1NMUA 4XKNA 1US5A 1PBQA 3PPQA 4QSCA 3OEMA 1HSLA 3U93A 2QJEA 4GL0A 2L9MA 1WODA 3I6VA 2GFEA 3RTFB 2E0SA 4F3GA 3M3LA 3C4MA 4YB7A 4ZEIA 4R74A 4DCXA 4F19A 4JDFA 1DPEA 4XIGQ 1OLAA 4RHWE 2HFBA 5L9MA 1A8FA 1JETA 4H0WA 4O7QA 4DZ1A 3T66A 2H4IA 2H9BA 3M3KA 5HPQA 1DPPA 1KWHA 1LCFA 3LQQA 5JEIA 1N0TA 1M5FA 4EXKA 2DE2A 4JSDA 5TPAA 3KGCA 1LAHE 3FVKA 4L17A 1POTA 1NFTA 1EZPA 4E0XA 1MH4A 5FTIA 4EF1A 5L9SA 1DOTA 3JV9A 4KHZE 1Y4CA 4OYVA 1XOCA 2O68A 1R6ZA 3W9VA 4KYSA 2RCAA 1N7WA 4I9DA 3OEKA 3SEXA 2GHAA 1MXVA 1VE4A 1D2ZB 2ZYMA 3VE1B 4QFNA 1IITA 4NMYA 4THIA 4KR5A 3O28A 4G4PA 1C15A 5ITOA 4HS7A 4H5GA 2PYYA 1S9TA 4RA1A 4OWDA 3R7XA 2DWHA 4XTCQ 3GBBA 4C1TA 2VOZA 3PPPA 1MY1A 1JNFA 4NF6A 4KQPA 3R6UA 4DLDA 2LAOA 4O3AA 3HN0A 1SYHA 4F3PA 3S9NC 2VGQA 4ELPA 1HSJA 2ZYNA 1EZOA 3TAJA 3MVYA 1FTKA 2V3TA 4FIMA 4RK9A 4GD5A 4Q8RA 2P1SA 4OFOA 2AIXA 5KCJB 2F35A 2P0SA 1QW0A 1DGNA 3YGSC 1UIVA 4I1DA 1UTHA 4OENA 4MF3A 3U92A 1E3YA 3LSFB 2B1WA 3MOPA 3HSTA 1QVSA 1B7HA 1UCPA 1BTJA 1ATGA 1GVCA 1QULA 1ZJLA 5B7DA 2ZMBA 1NH8A 3PD8A 3OD7A 4FEBA 3H6WA 2B3FA 1IXIA 2ZXTA 3MZ9A 5I59B 4ESWA 1D2ZA 3K1PA 3RY3A 2Y7PA 3QUJA 4H1XA 3D4CA 1MM6A 1EU8A 2OBGA 4FAJA 3MBPA 1A99A 3IOTA 1LB9A 3MP6A 2DO9A 3H06B 5DTBA 1M5DA 2KM6A 1MPBA 1TWYA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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