2VGQA

Crystal structure of human ips-1 card
Total Genus 160
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
160
sequence length
461
structure length
461
Chain Sequence
IEEGKLVIWINGDKGYNGLAEVGKKFEKDTGIKVTVEHPDKLEEKFPQVAATGDGPDIIFWAHDRFGGYAQSGLLAEITPDKAFQDKLYPFTWDAVRYNGKLIAYPIAVEALSLIYNKDLLPNPPKTWEEIPALDKELKAKGKSALMFNLQEPYFTWPLIAADGGYAFKYENGKYDIKDVGVDNAGAKAGLTFLVDLIKNKHMNADTDYSIAEAAFNKGETAMTINGPWAWSNIDTSKVNYGVTVLPTFKGQPSKPFVGVLSAGINAASPNKELAKEFLENYLLTDEGLEAVNKDKPLGAVALKSYEEELAKDPRIAATMENAQKGEIMPNIPQMSAFWYAVRTAVINAASGRQTVDEALKDAQTNSAMAFAEDKTYKYICRNFSNFCNVDVVEILPYLPCLTARDQDRLRATCTLSGNRDTLWHLFNTLQRRPGWVEYFIAALRGCELVDLADEVASVYQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Crystal Structure of Human Ips-1 Caspase Activation Recruitment Domain
pubmed doi rcsb
source organism Escherichia coli
molecule tags Immune system/transport
molecule keywords Sugar ABC transporter substrate-binding protein,Mitochondria
total genus 160
structure length 461
sequence length 461
ec nomenclature
pdb deposition date 2007-11-15

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01547 SBP_bac_1 Bacterial extracellular solute-binding protein
A PF16739 CARD_2 Caspase recruitment domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.533.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Death Domain, Fas Death Domain, Fas 2vgqA03
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 2vgqA02
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 2vgqA01
4QFNA 1IZ1A 3IO4A 3OMBA 1NFTA 2ZNTA 2F8DA 5ICTA 2BJJX 3Q27A 4IY5A 1WXPA 1MS7A 2BBRA 3EN3A 3TPAA 1RKMA 4U1OA 2OF5A 3C33A 3FASA 3VDFA 2F7CA 1B0HA 3KN7A 4N1JA 4OETA 1Y1ZA 2I3VA 4YMBA 5CM6A 1VFDA 4BDMA 4H5GA 1FQAA 2QPQA 3OO7A 5CMBA 3CFZA 1O7TA 3A3CA 4H6DA 4F1VA 1ELJA 2XXHA 1OQGA 1DOTA 3C35A 3UN6A 1NH8A 5I59A 2RCBA 1DTGA 2F97A 1UCPA 1A8FA 3WAFA 4GVOA 4Z0IA 4XXUA 2XD2A 4LZ5A 4WXJA 2D21A 3LC8A 4KYSA 3LQQA 3V89B 3RNNA 1OIBA 3T66A 3E4RA 3IOUA 1FTJA 3E3KA 1LLSA 4NF8A 2VOZA 3EZQB 3ECRA 2QSXA 1Y3QA 3T6PA 2RCAA 2QS1A 5CC2A 3I6VA 4H67A 5I58A 4M9XA 2MN4A 1NNTA 3KSXA 1ATGA 3PU5A 4RXLA 4E0XA 3CI8A 3KN3A 5H8NA 3V5AA 4GD5A 2RINA 1Y4TA 1FTLA 4DE8A 4KQPA 5ISUA 4H65A 2H5YA 2VGQA 4F31B 2O7UA 3LSFB 3SEUA 5A5XA 1JETA 2RC8A 2OWSA 2H99A 4NWDA 3RUMA 4PE5B 4AB5A 2Q88A 1FQEA 3A3UA 3G3FA 1YPNA 2AYSA 4XKPA 3CFLA 2X26A 4KCCA 4LZ7A 2N83A 3TEPA 3MUQA 1B51A 2NZ7A 5AA2A 2G7RA 2O6AA 4FEDA 3T22A 2B3FA 2VD3A 1QUJA 4OYVA 2ZYOA 3CG1A 3DLNA 5H8QB 2D5WA 2OWTA 3FXQA 1B05A 1AOVA 4PETA 3MZ9A 1MH4A 1I6QA 2QS4A 2PT2A 4F1UA 3T93B 4ZE9A 1IXIA 4K3FA 1B2HA 2YQFA 4EF1A 1R9QA 3C9HA 1R6ZA 1D3KA 3TTRA 4G2ZA 2DBGA 4KHZE 3UGWA 2YVIA 4RHWA 1SQYA 2A5SA 2N97A 2XHDA 1IEJA 2CZLA 4KD5A 1B5HA 4DIGA 2THIA 3PD8A 5M2VA 1IXGA 1SW4A 4N1LA 2XXPA 4EUOA 2YLNA 3J63A 1FQBA 3L6HA 4DZ1A 1A55A 5BWJA 5DEXA 2A5YB 4XKQA 1URDA 4QFOA 1O64A 4KR5A 1B32A 3H7MA 4IZ7B 3VVDA 1VE4A 5L8DA 3T9UA 4AB6A 3O29A 1BLFA 4G68A 1MXWA 1MY0A 1A1ZA 3O9PA 4JB7A 1MY2A 2D96A 2I4CA 3T9HB 2PBWA 2GRVA 3DM0A 5J1DA 1SYIA 4IO3A 2H9BA 5TPAA 1UTHB 2DXYA 3H6TA 5DVIA 3IO6A 3M3LA 1LGBC 3TAJA 3J6JA 4OERA 1YGOA 1N84A 2I49A 3S4UA 4XKRA 4RA1A 1E41A 3KBRA 3RY3A 3FIRA 4JWOA 2HZLA 4FEBA 1IQ7A 2MPCA 3IB2A 3TZAA 1JW4A 1MQHA 2N1FA 1MPBA 4X1BA 1B5JA 1MRPA 1EZ9A 5AA1A 5KDTA 1B5IA 5HM4B 4OEUA 3QYTA 3ZS6A 2M5VA 4HW8A 1B52A 3QK6A 4JWXA 2RC7A 2DWHA 3VV5A 1LCFA 3HHFA 2UVJA 4PQJA 4F44A 4XIGQ 2ZXTA 1CB6A 2I58A 3PUZE 1OVBA 1SW1A 1FCKA 4RK2A 5HPQA 3Q26A 5EYFA 2A9IA 3MVYA 3RT6B 5H8FB 1Z7ME 4NF6A 2XXYA 4YU0A 3C31A 4JQWA 5K2YA 2NSNA 3LQRA 4ZEDA 2ZNUA 4FECA 5ICQA 2V93A 3OO9A 1S9TA 4F3SA 1LFGA 3OELA 1D4NA 4GOTA 1CWWA 3PMXA 1P1OA 4BDRA 3H6UA 4Q5TA 1QUKA 3ILTB 4YKPA 5AE4A 4KCDA 3EHSA 3H03A 4RNSA 1USYE 3MP1A 3K02A 3UK4A 1D2ZA 1DPEA 3TQWA 4NF5B 3OEMA 3TQLA 1B9JA 3TKDA 4ZEKA 3RLFE 4F19A 2GH9A 4KYEA 1JQFA 2O1MA 2H25A 5ELVA 1A7LA 5CBRA 1XVYA 3FJMA 4F2OA 5I2KA 5TP9B 3D4GA 2XXIA 3C34A 3T9VA 3TODA 2V25A 4KYDA 3U94A 1TT1A 4FIMA 4E0WA 1ZBMA 1MXZA 1TFDA 3CR9A 1URSA 1GR2A 1ZTYA 2Q2AA 2V84A 4PFWA 4RY1A 2V3TA 1Y1MA 1I6BA 1B0LA 3H6WA 3TTKA 3W15C 4L17A 1FTKA 4N6PA 4ESWA 3P7IA 3N26A 3EHTA 3ZSFA 5DTBA 1PBPA 3MZ1A 4GRKA 4NF4B 5CRYA 1MDP1 1WDNA 4IGTA 3OOAA 3IJXB 4ZECA 2RC9A 2QL3A 3SEXA 4YKIA 1HSLA 5BUUA 1BTJA 1EZOA 2KLFA 2Z22A 3PD9A 1SVXB 1XT8A 2YGSA 2XXWA 3S2VA 1FADA 5L9SA 2PVUA 3N6TA 3K1PA 3M8UA 3TTLA 4OFJA 4THIA 5K2XA 2O68A 4MH5A 4POXA 3G3GA 2XX8A 5H8SA 2IA4A 2OK2A 2AIXA 3KOTA 2E0SA 1UQWA 4QFLA 2B3BA 3CG3A 4OENA 3T96B 4ZS9A 1YTVA 1Y3NA 3TCFA 2GHBA 3RN8A 4XKNA 1B46A 3KG2A 3U1OA 3HSTA 3S9NC 3G7WA 2R9JA 3HHGA 2ESNA 3B7DA 4QFPA 4O3BA 3CIJA 1S50A 3CSGA 3FJ7A 3KJTA 1GVCA 4O6XA 1NL5A 3TELA 3F11A 4ECFA 1URGA 1D9VA 4MF3A 1R9LA 4P4HA 4DCYA 5CI5A 1MM6A 2HQ0A 4F1YA 3FD3A 4NF8B 1AMFA 3EZQA 1WH4A 3U92A 1Q35A 3GZGA 4JUPA 3YGSC 2UVGA 3PUXE 3K1MA 4I62A 4F3PA 2VP1A 5DVFA 3M3FA 1A8EA 1DDFA 3I3VA 4R75A 3GLBA 4C0RA 1LAGE 3O97A 4Q30B 5H8NB 1MPDA 4JXIA 3TTNA 4G8NA 2DO9A 2I4BA 5JTYA 1GV8A 3S9EA 1ZLQA 4BDOA 1M5BA 3QUJA 3IX1A 1LBBA 3MOPK 4QSDA 2F6GA 4BLAA 4DWNA 5AA2B 5KZTA 1SBPA 1DMBA 1M5FA 5FTIA 3ILUB 3U72A 3FVGA 2QMXA 3CVGA 4DXCA 2XX9A 3USDA 4O9LA 2NOOA 4DXBA 4R6YA 4FORA 3SDFA 1PN5A 3RGYA 1MQJA 3K6WA 4KPTA 1Z7NE 3PMWA 3B6WA 3VVFA 2O71A 4LVQA 4R72A 1XVXA 1FTMA 1QULA 4G4PA 4F39A 5AA4B 4OFLA 3MC2A 4QSEA 3GXAA 3R6UA 2B65A 1LB9A 2Y7IA 2I6EA 2DP8A 5FHOA 5EHSA 1B6HA 3MOPG 1XS5A 1POY1 2G93A 3IR1A 2PYYA 5L9OA 1B3LA 5ITOA 2P0SA 3TFLA 1JEVA 3A09A 4EWIA 3MP6A 1PBQA 1MPCA 4KI0E 2ANJA 4G68B 3JZJA 3UP9A 3ZKLA 4D8OA 1F9BA 1QVSA 3MPLA 1BIYA 1KWHA 1FTOA 3QUFA 3OSRA 1N7WA 1IUDA 1EZPA 4TLMB 2MS7A 1LAFE 4IZ5E 3TYHA 1LCTA 2XXTA 3LSWA 4RK9A 4ELPA 1LBCA 1IXHA 1ZIUA 5TPAB 5B70A 1N7XA 1JW5A 3N94A 1P99A 4OHNA 1II5A 4WEPA 2UVIA 3QSLA 3VFJA 2XXUA 4Z7EA 3EF7A 3S9LC 4TOZA 2F6PA 5I84A 3K6XA 4ELQA 1RYXA 1MQIA 2RKMA 2I48A 2O69A 4IO4A 3THIA 4Q8RA 3IOTA 2F35A 1YAEA 3K0VA 3CSBA 3FJGA 2ALUA 4I1DA 4U4XA 5KDTB 4IGRA 4O9FA 1J1NA 4LATA 4OTEA 4GFRA 2DVZA 3FATA 4YICA 2HEUA 1E3YA 3CFXA 2OLBA 3N6UA 3SEYA 2E1SA 4F3BA 1LFIA 4HS7A 4MFIA 3IAZA 1NKXA 2ONSA 3K01A 4ZEBA 1Z6TA 1FQCA 4OESA 3WAEA 1SDXA 4F3GA 4F18A 5H8FA 2YPNA 4NE4A 3JV9A 1Q1KA 3FVKA 2D3IA 1MM7A 5CMKA 4LONB 2VHAA 3PUYE 1JVXA 2P2AA 2R6GE 4LP2B 2DWAA 5ITPA 1P1QA 2HXWA 1GTKA 3IK6B 2F7AA 1AL3A 3QF2A 4MLQA 1H3DA 4DDDA 3T9XB 1MQDA 3O6HA 3U8QA 1N3XA 1POTA 3MW0A 4ONYA 1MG1A 1WMGA 3IJOB 4LQ2A 3EHUA 3HO7A 3O6GA 3BFUA 2FYIA 2H98A 4DLDA 1D2ZB 1R1NA 4KFQA 4R2BA 2UYEA 2I0CA 1NGRA 1O63A 4IZAB 1JNFA 4BDLA 2Y7WA 3MWBA 3O28A 2Z8FA 4BDQA 5L9MA 4IO7A 1FQFA 1A54A 2HAUA 2LAOA 5I2KB 5TP9A 2DSFA 4EQ9A 2LS7A 5H8HB 2HZKA 3GBAA 1N76A 1NNPA 3R26A 3AXFA 2ONKE 4PFUA 3ODBA 5LOMA 3OO8A 1YCJA 2QMWA 1SYHA 2P1HA 2P1SA 2F5XA 1B4HA 3QXMA 1N3KA 2NUVA 1QUIA 1N0TA 2UVHA 3RPWA 4UZ0A 4TQUQ 1SW2A 3IORA 1B3GA 1VR5A 3TDJA 4RJZA 2ZYNA 3MZBA 4NF4A 2OBGA 1M5CA 3KSJA 3G3KA 1EU8A 3E9XA 3RQTA 4U4SA 1B7ZA 3V8XB 2W7YA 4YKKA 3KGCA 3MVXA 4OZ9A 4RPNA 5CMCA 5I56B 1QKAA 3ONMA 3BBRA 3K6VA 3UIFA 5IKBA 1JVYA 1MXVA 1UTBB 4FAJA 4H8IA 4HCYA 1DPPA 3FUZA 4OFOA 1EH3A 2VD2A 4I16A 1HSEA 1ANFA 4DXUA 4FJPA 1MH3A 1A40A 3OENA 1PC3A 3FXRA 4IO6A 2F7BA 1B7HA 2F36A 3B6QA 4P11A 2Q2CA 4X9TA 1ZJLA 2NXOA 2XD3A 4NEDA 5AA3A 4ELRA 3G3JA 3CRDA 3E13X 4F22A 4QFKA 1P1UA 3CL3A 1SI1A 4U23A 4JSOA 4OEVA 1CE2A 4RHWE 4XTCQ 2M8CA 4ND9A 4H1XA 5TU0A 4GIZA 3OSQA 1P1WA 5FHNA 1B1HA 3DELB 1M5EA 2Y7RA 3MBPA 1USYH 5AA2D 1AH5A 4QRZA 5I57B 3OXNA 4M1VA 3K1NA 3PMVA 4NTLA 2O84X 3PPQA 3KEIA 4OMBA 2QRYA 3OO6A 2Y7PA 1ZKBA 3TTMA 4X48A 3H06B 5CBSA 2REJA 2N00A 3EPEA 3OEKA 1D9YA 5JTYB 2HCAA 2DYXA 1LSTA 4O7QA 3VE1B 1B3HA 4EQ7A 5KCJA 1US5A 4GQOA 5EHMA 3HCQA 2HFBA 4P4HI 2F34A 4G8HA 2Y7KA 3PGFA 1MQGA 4GWOA 3B6TA 4NMYA 2DE2A 1GGGA 2UXAA 3IL1B 5I2NB 2V3UA 3D4CA 4QSCA 5DT6A 3S9MC 4OXVA 1LAXA 1LB8A 2FA7A 1BP5A 3HV1A 1B58A 2A5TB 2NVUB 2NAQA 4M9SA 4POWA 1OMPA 3RTFB 3IB0A 3VVEA 5AA4A 4YMAA 3KATA 2REGA 1MDQA 2V3QA 2ZMBA 1XHYA 1TXFA 2DE4A 2OZZA 4EXLA 2N80A 3N5LA 4C1TA 4P0GA 1WVJA 1DGNA 3C4MA 3EQ1A 3OD7A 3TCGA 4ESXA 2ABHA 1TFAA 2OF5H 2DBFA 2G29A 4OQOA 3BKIB 1OVTA 4M9ZA 2Q9TA 4ZE8A 1B40A 2O7IA 3VXBA 3YGSP 2QS3A 1ZU0A 1PB7A 4QF9A 3PUVE 1VSOA 3G3HA 3M3KA 1IXCA 4F2QA 3H3GA 3PPOA 3QAXA 1C15A 2H4IA 5I59B 4H5FA 4PP0A 4EXKA 4R73A 1FQDA 4AQ4A 3KFMA 3R7XA 2L9MA 4LZ8A 4ZBWA 3SERA 3C36A 1MXXA 2I0BA 4BDNA 2CMOA 4U21A 1OLCA 2Y84A 2B1WA 1NNFA 2Q89A 3HPIA 3O66A 2Z8EA 4G77A 2PX1A 3IOWA 2ZYKA 3G3IA 3K00A 3PV0E 3TUSA 3KN8A 1DSNA 4YKJA 4WKMA 3MPKA 1A99A 1N04A 5I58B 5FHMA 3VLUA 2WKYA 4MBPA 2FNCA 4YAHX 4LQ5A 4R6HA 1DTZA 1US4A 1ZMGA 3FZVA 4I9DA 3LBSA 4P0IA 2XX7A 4A2WA 4UA8A 3C32A 4EQBA 5A5XB 4IO2A 4GF8A 3W9WA 4R6KA 3SESA 1M5DA 3TMGA 4ZEFA 4R9FA 1B4ZA 1ICHA 1SD3A 3QIMA 4ISUA 1XC1A 3VLWA 2GF5A 2DS9A 2LWDA 4WEDA 4A2QA 4GL0A 2F78A 3PUWE 2O51A 4NWCA 1QW0A 5H8QA 2Q8JA 1MXYA 3FVOA 1TWYA 4JSDA 2DQVA 3RT8A 4QOBA 4H0WA 4N07A 2X7PA 5DYHA 4UACA 4YZZA 3FXUA 1I6AA 3IOVA 2XXRA 2DWJA 3DP4A 5FTHA 4O3AA 2N7ZA 5B7DA 4YB7A 1T0KA 1IIWA 1I69A 3KJ7A 3RTWB 4E9MA 1Y4CA 3DP8A 4HTGA 5H8HA 2AL5A 2KN6A 1PEBA 2XXXA 4N1KA 1H44A 3H4ZA 4OWDA 4ZEIA 5DVJA 4RYAA 1AIVA 5DEXB 3KZGA 2OCUA 1FW0A 2DOJA 3V83A 3KOSA 2O1LA 5F7VA 4M4GA 4X1DA 2ZYMA 4YB6A 3PPRA 4I8CA 2YJPA 4LA9A 3LUYA 4GXAA 4PFYA 3SEWA 3MAMA 4EDPA 1NNKA 4GLIA 2NWJA 3MJNA 2DWIA 3K4UA 1MY3A 2Z8DA 1N3WA 1CY5A 2MS8A 4G8MA 2HM2Q 2KM6A 1B1XA 1Y20A 2YU0A 3LSLA 3VXCA 1UTHA 1LFHA 2QJEA 1MXUA 5I56A 2X7QA 2Z23A 3PPNA 4U2RA 4NQKA 3FVNA 1HSJA 1JW1A 4HCWA 3U93A 5IAIA 2ZNSA 5CMMA 2R71A 1RYOA 4IO5A 4RPOA 1UTBA 3I5OA 4FE8A 3L6GA 1OQHA 5HBCA 2GHAA 3Q25A 3Q28A 1UIUA 1P1NA 2AL4A 2PT1A 1QJMA 2DBDA 1A1WA 4H8JA 3FV2A 4FATA 4EF2A 1PB9A 4FH0A 3SETA 1VFEA 3K2DA 1LAHE 1PDAA 1SI0A 4MLVA 2L6AA 1UIVA 5JK4A 1Y3PA 3K6UA 3H6VA 4LWDA 1NMUA 3MVWA 4ZDMA 5JEIA 1QKBA 3TCHA 4O3CA 1B3EA 3FV1A 4JWYA 4GXSB 4JBZA 2DVCA 3O2AA 1WODA 2HAVA 4YB5A 2F1SA 2IB1A 3UORA 2XXVA 4NF6B 3MP8A 1L5TA 3UA8A 2I3WA 1IITA 1MY4A 2ONRA 2OJTA 2RF1A 3W9VA 3MOPA 3DP6A 5F1QA 4R74A 3VLVA 1H45A 5I57A 2UYFA 3FGSA 1Y9UA 3BFTA 2BBZA 3ZKKA 1S7YA 4N13A 2GFEA 2LWEA 3PPPA 4QHQA 4LUBA 2IEEA 4NF5A 3GBBA 4DCXA 4G68C 5KCJB 1NH7A 4C1UA 1H43A 4Q0CA 3MQ9A 1H76A 1SW5A 2PMSA 1B7UA 2QS2A 2DE3A 3Q29A 1B3FA 1PB8A 4IY6A 1JEUA 1OLAA 4GL8A 4F29A 3JYRA 3SKPA 4R2FA 2DXRA 4JDFA 5I2NA 2DBHA 4R9GA 3LR1A 4IB2A 4TLLB 4ELOA 2MB9A 3CRBA 4U1ZA 2A5TA 3LSXA 4ZZAA 1BKAA 4U22A 4PFTA 4F42A 2XXQA 1XOCA 3IB1A 3MVZA 4OVJA 3O6IA 3SEVA 1MY1A 3HN0A 4ZZEA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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