2VGQA

Crystal structure of human ips-1 card
Total Genus 160
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
160
sequence length
461
structure length
461
Chain Sequence
IEEGKLVIWINGDKGYNGLAEVGKKFEKDTGIKVTVEHPDKLEEKFPQVAATGDGPDIIFWAHDRFGGYAQSGLLAEITPDKAFQDKLYPFTWDAVRYNGKLIAYPIAVEALSLIYNKDLLPNPPKTWEEIPALDKELKAKGKSALMFNLQEPYFTWPLIAADGGYAFKYENGKYDIKDVGVDNAGAKAGLTFLVDLIKNKHMNADTDYSIAEAAFNKGETAMTINGPWAWSNIDTSKVNYGVTVLPTFKGQPSKPFVGVLSAGINAASPNKELAKEFLENYLLTDEGLEAVNKDKPLGAVALKSYEEELAKDPRIAATMENAQKGEIMPNIPQMSAFWYAVRTAVINAASGRQTVDEALKDAQTNSAMAFAEDKTYKYICRNFSNFCNVDVVEILPYLPCLTARDQDRLRATCTLSGNRDTLWHLFNTLQRRPGWVEYFIAALRGCELVDLADEVASVYQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Crystal Structure of Human Ips-1 Caspase Activation Recruitment Domain
pubmed doi rcsb
molecule keywords Sugar ABC transporter substrate-binding protein,Mitochondria
molecule tags Immune system/transport
source organism Escherichia coli
total genus 160
structure length 461
sequence length 461
ec nomenclature
pdb deposition date 2007-11-15

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01547 SBP_bac_1 Bacterial extracellular solute-binding protein
A PF16739 CARD_2 Caspase recruitment domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.533.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Death Domain, Fas Death Domain, Fas 2vgqA03
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 2vgqA02
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 2vgqA01
4NE4A 1PN5A 3BFTA 2H5YA 4G8MA 1M5FA 2M5VA 5AA2B 3KN3A 3KEIA 1B58A 1MY3A 4JSDA 4YKPA 4JUPA 2PT2A 2XXYA 3FATA 2QS3A 1OLAA 1IUDA 5KCJA 2DBHA 1KWHA 4DXCA 2IB1A 1JETA 3K6UA 1AL3A 4XKQA 3USDA 3MOPG 2YU0A 1MH4A 5I57B 2PX1A 3HN0A 2LAOA 4U2RA 1A8EA 3ONMA 4O3BA 1B9JA 1D2ZA 4IY6A 2FNCA 3TCFA 3N6UA 1UIVA 4O9FA 1QULA 3ILTB 2Y7WA 4G77A 4FAJA 2YVIA 1FW0A 2G93A 2F97A 3T9HB 2DP8A 2A9IA 5ICTA 2LWDA 2Y7RA 3K6XA 1QUJA 3W15C 1ATGA 4H67A 3OO6A 2XXHA 2REGA 1OVBA 3LQRA 3EHUA 4OQOA 4U4XA 5IAIA 4R2BA 4F3PA 4OFJA 3LC8A 2R9JA 3EN3A 5J1DA 1ZTYA 1N76A 2NOOA 5A5XA 4OYVA 1P99A 4IO6A 1UTBA 2XXXA 1P1QA 4QSEA 4RNSA 3L6GA 2E0SA 4R6HA 1S9TA 3QUFA 2Y7IA 5I56A 2O69A 5H8FB 3LR1A 3M3FA 4NF8B 1SD3A 1XS5A 3KOSA 5TPAB 5F1QA 3KOTA 5CMMA 4R73A 5CC2A 4UZ0A 3O29A 1UCPA 4E0XA 3O2AA 1E3YA 1A1WA 1P1NA 4IY5A 2X26A 4ZEKA 3FVOA 1QKBA 2NSNA 5K2XA 1NNPA 3K0VA 1Y20A 5KCJB 3Q26A 3PPOA 4C0RA 1SW2A 4YKIA 2VD3A 4RHWE 4M4GA 2ONSA 3K1PA 4F42A 4KYEA 4O9LA 4P4HI 1DPPA 1D2ZB 1PB8A 2XX7A 1UTHA 2RC8A 3MC2A 3TDJA 3CFLA 4GQOA 1IXIA 3VXCA 3G3GA 2QL3A 2PYYA 4LWDA 1N04A 1P1OA 3U1OA 4JSOA 3CG1A 5DT6A 1VR5A 3KZGA 3IOTA 1I6BA 1XHYA 3RTFB 1B0LA 3KN7A 4ZEDA 2I6EA 2P1HA 2XD3A 3IL1B 2QMXA 5A5XB 1MQHA 3QXMA 1UTBB 1LAFE 3MVWA 3IB1A 3VXBA 5I56B 4OENA 3CVGA 3IB2A 4KR5A 4Q8RA 3T9VA 1NGRA 4ZZAA 3TQWA 5TP9A 4WEPA 2N80A 3SERA 2HZLA 3Q28A 2XXPA 4BDLA 4F29A 5I2NA 4ESWA 3THIA 1I69A 2OF5A 3IOVA 3CSGA 4JB7A 3O66A 4TLLB 1MY4A 2XXQA 4YKJA 4ZECA 2REJA 1LLSA 2F7AA 1MXUA 3BKIB 5H8NA 4U4SA 4GF8A 3MOPK 4YAHX 1Y4TA 3SETA 4F2QA 3H4ZA 4M9ZA 5L9SA 3IAZA 4PETA 3H6UA 4OEUA 4R74A 4RXLA 2DOJA 5FHNA 1UTHB 4ELPA 3SEVA 3HPIA 1BKAA 2MS7A 3N6TA 1USYH 1URGA 4RY1A 1N84A 1B7ZA 2DXYA 4KCCA 4POWA 3E3KA 3QF2A 2XXWA 3CL3A 4RA1A 1FCKA 2DQVA 2H4IA 4EF1A 2BJJX 3V83A 1QUIA 2V84A 4NQKA 2NAQA 1MY1A 2DVZA 3JYRA 5I84A 4HTGA 1XC1A 3C31A 3D4GA 4BDRA 2R71A 1M5CA 3U93A 1AIVA 2WKYA 4WEDA 2QJEA 2Q88A 2A5YB 3FASA 5B7DA 1GTKA 1POTA 3YGSC 5IKBA 1D4NA 1EZPA 3T93B 1S7YA 2R6GE 2HFBA 4P11A 3RNNA 3IO4A 2RCAA 5TP9B 4PFYA 4YB5A 1NFTA 1M5BA 4LUBA 5M2VA 2M8CA 3B6TA 5I2NB 1B3HA 3MQ9A 5FTIA 2CZLA 3FXUA 3OEKA 3C34A 4DDDA 5AA2D 1QJMA 4MH5A 5H8NB 3KFMA 1GVCA 2D96A 4EDPA 4IB2A 4I62A 3IO6A 3OOAA 1NKXA 2H9BA 2XXRA 2RC9A 1OLCA 1DSNA 3LSLA 4GOTA 3MZ1A 5L9MA 2DE4A 2D21A 1NL5A 1FQCA 4OZ9A 4Z0IA 2DWAA 2Y84A 3PU5A 3H6VA 4JDFA 4DXBA 3WAFA 3GZGA 1P1UA 3IORA 1HSLA 3IOWA 2N00A 2ZXTA 4R2FA 1B3LA 3S9EA 3ODBA 4ONYA 2UXAA 1LCTA 1MXXA 3ILUB 3TZAA 4KHZE 1B1XA 4NF5A 3FGSA 4ELRA 1GR2A 2DBDA 1ZKBA 1HSEA 4H1XA 3TTKA 4F19A 1N0TA 1SVXB 2W7YA 3HSTA 2GHBA 1WXPA 1MPDA 1A1ZA 2I58A 1FTOA 3PUWE 4GXAA 1SW1A 3VFJA 4ZS9A 1JEVA 4OHNA 4I9DA 1BP5A 2UYFA 1BLFA 2I49A 1MPCA 2ZMBA 1I6QA 3V5AA 2CMOA 2BBRA 4N1KA 3W9VA 3JZJA 1XVYA 1VE4A 4EF2A 3MVYA 1O7TA 1S50A 4QFOA 3K1NA 4O7QA 3G3FA 4JWXA 2NZ7A 5ELVA 4OFLA 3I6VA 2VD2A 5KDTA 3PPPA 1YPNA 1B1HA 1NNFA 1SYIA 4PE5B 2Z23A 2F7CA 3OMBA 1M5EA 2HEUA 2B3BA 1A54A 4RPOA 4F18A 3BBRA 1B6HA 4QFNA 1LFHA 2E1SA 3FV1A 3EHTA 5CBSA 2HM2Q 4RK2A 1JW5A 3O28A 2ZYNA 3C36A 5EYFA 3TODA 2DWIA 1FTMA 2Z8DA 4FEBA 4U21A 4NWCA 1SYHA 3FJ7A 5DVJA 2D3IA 4LQ2A 1C15A 3K00A 2DSFA 4NF5B 4POXA 4ISUA 3M8UA 1LB8A 4H5FA 1TXFA 3UK4A 4RPNA 2F5XA 2VOZA 3PUYE 4F3GA 3DP4A 1JVXA 4PFWA 4DLDA 2HAVA 4MBPA 5JEIA 3D4CA 3DP8A 4GIZA 3TYHA 4F31B 1NH7A 2NUVA 2Q2AA 1IQ7A 3R7XA 4AQ4A 3KJ7A 1B4ZA 4JWOA 4MF3A 4QRZA 3S9LC 4NMYA 4RK9A 1Y9UA 3OELA 3T6PA 4P0GA 4ELOA 1RYOA 4PFUA 4BDQA 1H76A 1JVYA 2F8DA 3ZKLA 4NF4A 3Q29A 2HXWA 3RTWB 3MW0A 4ZEIA 5KDTB 2HQ0A 2DWHA 3J63A 4OWDA 2V3QA 3IX1A 3PPNA 3M3LA 2V3UA 1TFDA 1FTLA 4LZ8A 1RKMA 5HBCA 4DE8A 4UACA 4EQ7A 4IZ5E 4YZZA 1Q35A 3MVXA 4R6KA 3E13X 4FORA 4P0IA 3FZVA 2I0BA 5B70A 1I6AA 2DYXA 3RT8A 4KFQA 3RPWA 4ZE8A 1II5A 3MWBA 1MDP1 1US4A 4O3CA 4GD5A 4G2ZA 3EQ1A 1DTZA 3C35A 3FXQA 4QSCA 1O64A 3CRBA 3VDFA 1MG1A 1FQDA 3MP6A 2OLBA 4LQ5A 4X48A 2ZNUA 3IB0A 2UVIA 3OENA 1US5A 4F22A 3G3HA 3MPLA 4RYAA 3U72A 3KATA 2MN4A 2A5TA 4R72A 4X1DA 3H6WA 4G8HA 2PT1A 4DWNA 4OESA 3IK6B 3RN8A 4TLMB 3TCGA 2Y7PA 4THIA 2GHAA 1FTKA 4IO3A 3QIMA 2F6PA 4MFIA 2UVHA 3N94A 1IXGA 3S9MC 1B7HA 3IJOB 2AL4A 1UQWA 1B5IA 1WVJA 1MRPA 4WXJA 4I8CA 3H03A 2Q9TA 5TU0A 4NF4B 2AL5A 3A09A 1OMPA 1IIWA 2XXTA 3U8QA 2O7UA 2ONKE 3H3GA 4RHWA 1ZJLA 3MOPA 2DE3A 2I4BA 1F9BA 4OETA 1SBPA 4ZEFA 4F1UA 4DCYA 2GFEA 4XKNA 3VVEA 3HO7A 1FQAA 1NH8A 1NMUA 1LGBC 4XKPA 1MXYA 4KI0E 2P0SA 5ITOA 4R6YA 3CG3A 2H25A 1SI0A 4F2OA 1ZIUA 1R9QA 3E9XA 4Z7EA 3SDFA 4QFKA 1H44A 4OVJA 5CMCA 1QW0A 3OO7A 3MJNA 3PPQA 1NNKA 1MS7A 1A99A 2HAUA 1B5JA 2QPQA 4M1VA 3B6WA 1TWYA 2IA4A 3ZKKA 3QSLA 4LZ7A 3P7IA 3PV0E 2MPCA 1LFGA 4H8JA 2ABHA 2ALUA 3SEUA 3LSFB 4KYDA 4I16A 3S9NC 3UGWA 2ZYOA 5L9OA 4TOZA 2A5TB 3PUZE 4O3AA 1SI1A 1QKAA 1POY1 2XXUA 1N3KA 4Q30B 1Y3QA 2DE2A 3BFUA 1CY5A 1IXCA 1OVTA 1DTGA 2L6AA 2AYSA 3LSXA 3PGFA 2F35A 5F7VA 1Q1KA 4AB5A 1WH4A 1EU8A 3OD7A 4GL0A 2XHDA 4IZ7B 2RC7A 4A2WA 3C4MA 3O6HA 2N83A 2X7QA 1UIUA 1Z7NE 1LAHE 3ZSFA 1ZBMA 3UORA 4QHQA 2H98A 3QYTA 4DXUA 1N7XA 3U94A 4DCXA 1Y1ZA 3OEMA 1VFDA 3OSRA 3EPEA 1WODA 4IGRA 2GH9A 1H45A 3H7MA 3F11A 3TEPA 2KLFA 2Y7KA 1PEBA 2A5SA 2KN6A 1B7UA 3AXFA 4LA9A 4BLAA 5L8DA 3FVKA 4X1BA 1MDQA 2DS9A 5FTHA 4MLQA 2Q89A 1ANFA 3B7DA 4JQWA 1WDNA 2NVUB 1OIBA 1B05A 2RINA 4ZBWA 1PBQA 1MQDA 1B40A 3FD3A 1O63A 3JV9A 2QS4A 3DM0A 1FQBA 1FQEA 5CMKA 3LQQA 1AMFA 1ICHA 3R6UA 4FIMA 2LS7A 2ZNTA 2YPNA 2HZKA 5ITPA 3QK6A 1N3WA 1OQGA 1LBBA 1B2HA 1JW4A 4ELQA 3KSJA 1R6ZA 3S2VA 3TTRA 1Y4CA 2ZYKA 2GF5A 1LBCA 4IO4A 2RCBA 2Z8EA 4HCWA 1DGNA 4NF6A 1ZMGA 4HW8A 4F44A 5EHMA 2DWJA 3VLWA 5EHSA 5I59A 4H5GA 3VV5A 4ZEBA 3T66A 4M9SA 1B3FA 4Q5TA 1B0HA 5K2YA 4IGTA 3MUQA 4QFPA 1GV8A 3MZ9A 5LOMA 3CRDA 2YQFA 1MXWA 2F1SA 3G3KA 4PP0A 4G8NA 4EXLA 4EXKA 4L17A 2Z8FA 5I58A 3UIFA 3KBRA 2UVGA 1MY2A 4FH0A 3EF7A 4A2QA 3YGSP 2NXOA 3O6GA 4XKRA 1SW5A 4GWOA 4X9TA 1YGOA 3VLVA 3PMXA 4FECA 5ISUA 4R75A 3RLFE 4G68C 1A40A 4N07A 4FJPA 3TQLA 1IEJA 3C32A 5BUUA 2UYEA 5DVIA 3IJXB 1USYE 3K2DA 4U1ZA 2DVCA 2THIA 2O71A 2O6AA 2AIXA 3EZQA 1J1NA 4YU0A 3T9XB 1A7LA 4LVQA 1YAEA 1CWWA 2ZYMA 3MZBA 3CIJA 2QRYA 1LFIA 3MAMA 1B51A 4JWYA 2VP1A 1A8FA 3TTNA 2ESNA 5I2KA 3MPKA 3N26A 3FVGA 3U92A 3OXNA 1ZU0A 3FVNA 2Q2CA 3TCHA 1D3KA 3K4UA 4NTLA 1P1WA 4DIGA 1Z6TA 2HCAA 2GRVA 2ANJA 3RQTA 5HPQA 4YB7A 1MM7A 3PMWA 4NEDA 1LCFA 4NF6B 1XVXA 3HHFA 4FEDA 2XD2A 5I59B 3I3VA 1MQJA 2XX8A 4KYSA 1EZOA 1DPEA 4GLIA 3PD9A 4GXSB 3G7WA 4KQPA 4H0WA 4U1OA 5AA4A 3KG2A 3UN6A 4XXUA 1CE2A 2NWJA 1L5TA 1LAXA 5I58B 5KZTA 4N13A 3HCQA 3C33A 3IR1A 1BIYA 3IOUA 3KJTA 4UA8A 3CI8A 1E41A 1ELJA 3MP1A 1DMBA 1MH3A 4GVOA 3TFLA 3O97A 3GXAA 3R26A 4YMAA 5HM4B 5ICQA 5DTBA 2YGSA 1BTJA 1PC3A 1B3EA 2O51A 3KN8A 2ONRA 1URDA 3K02A 3MVZA 3T96B 3SESA 1PB9A 3KSXA 4P4HA 3C9HA 4QFLA 1QUKA 1DOTA 1EZ9A 1HSJA 5DYHA 3EZQB 3VVFA 3TELA 4OMBA 1B4HA 1N3XA 2PBWA 4ESXA 2OJTA 4WKMA 4I1DA 1SDXA 1LB9A 4C1TA 5H8QA 2OZZA 5I2KB 3RY3A 1MQGA 4IZAB 4U23A 1EH3A 3FIRA 4XIGQ 1R9LA 1OQHA 2OWTA 3TMGA 1Y3NA 2O1MA 3H06B 4DZ1A 3SEXA 3K01A 4AB6A 2DBGA 2O7IA 1ZLQA 2FA7A 1VSOA 2I0CA 3FJGA 4EQ9A 4XTCQ 5AE4A 4U22A 5CMBA 4O6XA 1M5DA 2V3TA 3RUMA 4H65A 1GGGA 3TPAA 3E4RA 4BDOA 3PMVA 4KD5A 1N7WA 3DLNA 4G4PA 3CFZA 3CFXA 3FV2A 3FXRA 3A3UA 2YJPA 1D9VA 4G68A 4GL8A 2B3FA 2N1FA 1JW1A 4GRKA 3N5LA 4KPTA 1H3DA 4OXVA 3ECRA 1CB6A 5AA4B 1SW4A 1IITA 3HV1A 5JK4A 4JXIA 2Q8JA 1DDFA 3VLUA 3QAXA 4YMBA 4N1JA 4K3FA 2P2AA 3L6HA 1B32A 4NWDA 1MPBA 1Z7ME 2H99A 3M3KA 2N7ZA 2G29A 5DVFA 2IEEA 3ZS6A 2RKMA 4H8IA 2I3WA 4QF9A 1QVSA 1T0KA 1H43A 4YKKA 3MBPA 2QS1A 3UP9A 5AA1A 4R9FA 5JTYA 4GFRA 4PFTA 1IZ1A 3TAJA 3WAEA 1MQIA 3CSBA 2F78A 2LWEA 3OSQA 4LZ5A 3B6QA 5H8QB 2VGQA 4JBZA 5BWJA 4LATA 4N6PA 1YTVA 3TTMA 2FYIA 3TUSA 2N97A 2L9MA 4HCYA 2I3VA 1PDAA 1MM6A 4ZDMA 3UA8A 2OCUA 5CM6A 1JQFA 2MB9A 1D9YA 4IO2A 1PB7A 2XXVA 2XXIA 3SEWA 1LAGE 3Q25A 3TKDA 2F34A 3PD8A 5CRYA 3SEYA 3J6JA 1AOVA 1URSA 3FJMA 4TQUQ 4E9MA 4IO5A 4G68B 2V93A 1MY0A 4H6DA 3I5OA 4F3SA 4F3BA 2B65A 3K6WA 3V89B 1B5HA 3G3JA 3PUVE 2F6GA 2QSXA 2I4CA 2PVUA 2RF1A 3HHGA 2QS2A 4EUOA 4IO7A 3RT6B 3PUXE 3V8XB 4ZE9A 5CI5A 2KM6A 4OEVA 4QOBA 1MXVA 2UVJA 4QSDA 1AH5A 1B46A 2P1SA 3GLBA 1SQYA 4LP2B 1TT1A 5H8SA 5H8HA 2B1WA 3EHSA 3FUZA 4MLVA 3VVDA 4ND9A 4KCDA 2F36A 5DEXA 4LONB 3LSWA 1B52A 2DO9A 4ECFA 4M9XA 1NNTA 2QMWA 4C1UA 3RGYA 1Y1MA 4YICA 4EQBA 2OK2A 4PQJA 3K1MA 1A55A 4F1VA 5JTYB 4F39A 2VHAA 3SKPA 1Y3PA 5CBRA 3K6VA 5AA2A 5FHOA 3OO8A 4D8OA 2O84X 4Q0CA 3GBAA 4EWIA 4FE8A 1YCJA 3MP8A 3TTLA 2I48A 4RJZA 4OERA 3LBSA 1FQFA 4FATA 1WMGA 4HS7A 5AA3A 2D5WA 3H6TA 4OTEA 4E0WA 3DELB 5I57A 3QUJA 2O68A 1FTJA 1IXHA 1TFAA 2OBGA 2XX9A 3O9PA 4N1LA 3Q27A 1MXZA 2DXRA 2ZNSA 2MS8A 3O6IA 3OO9A 3DP6A 4R9GA 1XOCA 2YLNA 3KGCA 2OF5H 4OFOA 2OWSA 4F1YA 1PBPA 3W9WA 3G3IA 4BDMA 1XT8A 2BBZA 3GBBA 3VE1B 2PMSA 4BDNA 5FHMA 4YB6A 2Z22A 1R1NA 3LUYA 3PPRA 2DBFA 2O1LA 3A3CA 2F7BA 5H8HB 2V25A 4ZZEA 3CR9A 5DEXB 3T22A 1JEUA 3T9UA 2G7RA 5H8FA 2X7PA 1FADA 4NF8A 1RYXA 1JNFA 1B3GA 5TPAA 1VFEA 1LSTA 3S4UA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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