2VJ7A

Human bace-1 in complex with 3-(ethylamino)-n-((1s,2r)-2-hydroxy-1-(phenylmethyl)-3-(((3-(trifluoromethyl)phenyl)methyl)amino)propyl)-5-(2-oxo-1-pyrrolidinyl)benzamide
Total Genus 98
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
98
sequence length
385
structure length
370
Chain Sequence
EMVDNLRGKSGQGYYVEMTVGSPPQTLNILVDTGSSNFAVGAAPHPFLHRYYQRQLSSTYRDLRKGVYVPYTQGKWEGELGTDLVSIPHGPQVTVRANIAAITESDKFFIQGSNWEGILGLAYAEIARPDDSLEPFFDSLVKQTHVPNLFSLQLCGGSMIIGGIDHSLYTGSLWYTPIRREWYYEVIIVRVEINGQDLKMDCKEYNYDKSIVDSGTTNLRLPKKVFEAAVKSIKAASSTEKFPDGFWLGEQLVCWQAGTTPWNIFPVISLYLMGEVTQQSFRITILPQQYLRPVEDVATSQDDCYKFAISQSSTGTVMGAVIMEGFYVVFDRARKRIGFAVSACHVHDEFRTAAVEGPFVTLDMEDCGYN
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords BETA-SECRETASE 1
publication title Bace-1 Inhibitors Part 2: Identification of Hydroxy Ethylamines (Heas) with Reduced Peptidic Character.
pubmed doi rcsb
source organism Homo sapiens
total genus 98
structure length 370
sequence length 385
ec nomenclature ec 3.4.23.46: Memapsin 2.
pdb deposition date 2007-12-06

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 2vj7A01
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 2vj7A02
2VIJA 3NUJA 1FQ7A 1FG6C 3JW2A 1WKRA 4Y3FA 1RPIA 5P5TA 3F9QA 5KQYA 5P3PA 3QAAA 3OAGB 2WHHA 2V10C 1B6PA 4ACUA 4ZSQA 5P6MA 5P2YA 4EPJA 2WF1A 3OQFA 1W5XA 4J0PA 5P7FA 5P7NA 5P4AA 5P3XA 1XS7D 2QI0A 5P2RA 4Y4EA 2Q15A 3KYRA 1QBRA 5J25A 3OGQA 2G22A 3HW1A 1ZP8A 4DQHA 2HS2A 1T6EX 2BKTA 3RTMA 3EM6A 3VFBA 5P83A 1FIVA 2QMDA 1U8GA 1B6MA 3IGBA 4DFGA 4YBIA 5P1AA 3FNUA 5P68A 4F76A 3O9DA 1W5WA 2FMBA 5P4MA 5COOA 3ECGA 3LZVA 1GVUA 3S43B 1G0VA 2WKZA 5P4IA 3PHVA 1AAQA 5P0YA 5OZRA 1QBSA 2XFIA 3OXCA 3NU9A 1IZIA 2VA5A 3UCBA 5ENMA 5P5BA 3CICA 1EBKC 3UQWA 2AVQA 3BGBA 2P8HA 4FAEA 2BPYA 5P0GA 3WSJA 1HPOA 2QHCA 4NJVA 4Q1XA 4XX4A 4B70A 3EL0A 5P6NA 4Y4ZA 4FGXA 5SY3A 3OUBA 4DQEA 2QHYA 3R0YA 2WL0A 1RNEA 1IBQA 2P3CA 1B6LA 5DR1A 5P8SA 5P3MA 2P3DA 3DV1A 4OD9A 3D3TA 3OU4A 2B7ZA 4Y5MA 1G35A 5KR1A 5P12A 3SLZA 3IXKA 5P09A 1W50A 3LZSA 5P0NA 3BVBA 5KQXA 4EJKA 3TLHA 3BRAA 5P2IA 2H6SA 5P8TA 2FLEA 1TSUA 5P2BA 5P2MA 5P5QA 2A1EA 1MRWA 2NNKA 3TL9A 2VJ6A 2AOFA 2VNMA 2QD7A 3PSGA 3UTLA 4HDFA 5P1JA 5HE5A 3HDKA 2JJJA 2BPVA 1WBKA 3NR6A 1BAIA 3L38A 4XXSA 1Z1HA 4Y5BA 1W51A 2VJ9A 1FFFC 3CKPA 3GW5A 5P5MA 4FRSA 5P7YA 5P3RA 3VF3A 1EBWA 2AODA 3S7LA 5P2NA 4ACXA 4WTUA 5P7DA 5OZUA 2OHTA 4GJCA 5P5JA 4Y3WA 3D1YA 5P06A 3SA4A 5P54A 5P6TA 1J71A 4Y39A 3UFLA 4PZXA 4JP9A 5P70A 5IS4A 5P5RA 3RSXA 3NSHA 3K5CA 1UH8A 5C9BA 4HVPA 5P43A 1FQXA 3N3IA 5P2VA 3MXEA 2PMAA 5OZ6A 5P0FA 1IZEA 2R8NA 3BGCA 5P32A 1CZIE 2G21A 5ER2E 3OUDB 4Q1YA 4ZPEA 2BBBA 1SH9A 4R8YA 2F81A 4H3GA 3UDRA 4EHCA 4Y50A 2OHQA 3I7EA 4Y38A 4L6BA 5P78A 4ZPGA 1LYWA 5OZHA 3PI0A 2VS2A 1MSNA 2R5PA 5PEPA 5KQZA 5P8EA 3S53A 1HVIA 3PJ6A 5HDUA 3VV6A 3U6AA 2NPHA 1K6TA 3PSUA 5DQ4A 3OUAA 5KR0A 2QHZA 5P3GA 5P7QA 2O4NA 3C9XA 4J5JA 4Y44A 5P8NA 3ZKSA 4PPHA 4Y3LA 4OBJA 4Y3GA 3KFSA 1AJVA 3JVYA 4GYEA 1APUE 4TRYA 1QDMA 3SKGA 5P51A 3VV7A 4EXGA 5P4NA 2IENA 5P53A 3NU5A 3URIA 5P3QA 3O9IA 3OQAA 4DJXA 1HRNA 4Y9WA 4J1IA 2I1AA 2ZHVA 2UY0A 4HA5A 5T4SA 5P7ZA 2I4XA 3TPLA 4FL8A 3FSMA 5P1WA 3G6ZA 5P0CA 5P5SA 3EL4A 5P8FA 2QI7A 3SO9A 3CMSA 3SA7A 3H0BA 1PSAA 3CIBA 2ZJNA 2ZJHA 3O9LA 4YBFA 1HBVA 3GI0A 4OD9B 5P8KA 5P6GA 5P4CA 4E43A 3EL9A 3VEUA 4JECA 4LBTA 8HVPA 3UHLA 1EC1A 4U7QA 3LZYA 3R1GB 2FXDA 1IVPA 5P81A 1KJGA 1OEXA 5P7LA 1IZDA 2VIZA 3CKTA 3WZ7A 3WZ8A 2OHKA 3DOXA 3IAWA 4FM6A 1IDAA 3UDJA 1W6HA 1DW6C 2HB3A 2JJIA 2VJ7A 5APRE 5P3HA 3TH9A 2PYMA 5P5HA 4OBFA 4Y5EA 1EC3A 5P66A 3BC4A 1HHPA 4FRIA 5BRYA 2QNPA 5DGUA 5P2KA 5P0SA 4GJ5A 5P50A 4QJAA 5P8PA 2Q64A 2F3KA 2IGXA 1NH0A 3SFCA 5P7AA 3LNKA 3T7PA 4Q1NA 5P73A 5P6WA 3PMUA 5P6BA 5P31A 2OHLA 5DR8A 3PI5A 3Q4BA 1BVGA 1YX9A 2JE4A 4XKXA 1GVVA 2ZJIA 1AIDA 2FNSA 4B77A 3OQ7A 4HZTA 5P2OA 1HSHA 1T7IA 2QD8A 3APRE 5P64A 5P8HA 5KOQA 4J1CA 1HVJA 5P3ZA 3U7SA 3GI5A 3S85A 1GNMA 1N49A 2WECA 1A94A 5HTZA 5P77A 4ER1E 5P1BA 4DJYA 3INHA 4RVJA 3HD8A 4OC6A 3D20A 1LYWB 5P37A 5P57A 2QP8A 3ZMGA 2IS0A 2IKOA 5P6SA 3SM1A 1EPOE 2ZJJA 5OZIA 5P36A 4EQ0A 4R92A 3MSLA 5DPZA 1A8KA 1FQ6A 5I3WA 1ME6A 3I2LA 1ZJ7A 5P29A 3BHEA 4DH6A 5ISKA 5P3SA 5I3YA 3ZKMA 3GI4A 1RQ9A 4YHQA 4J1FA 5P8CA 5AHCA 2R3TA 2ER6E 4EJ8A 5P7EA 5HDXA 5P1VA 3UQUA 4Y3EA 5KR2A 5P04A 5P0VA 2AZ8A 3NDUA 4YD5A 3KM4A 1K1TA 2AVMA 3EBZA 2UXZA 5I70A 1TW7A 5OYWA 5P6QA 5P65A 1K6VA 1ZSRA 4Y6MA 2QI6A 5P1XA 4EP2A 5OZFA 2AVVA 5OZPA 3O9LB 5DR3A 4F75A 3T3CA 4YDGA 5P6AA 5P38A 5OZZA 5P8IA 2QMGA 4FIVA 5P0BA 4Y3JA 4DJQA 5I3VA 3UQRA 2QD6A 1MT7A 3UDMA 3TOHA 1FQ8A 4ZPFA 3NXEA 3FNSA 1UH7A 3PSYA 5HDZA 2NMYA 1LF2A 2R9BA 3ZKGA 3IN3A 1C6ZA 2ZE1A 1E5OE 4F74A 3L58A 3SACA 3TOFA 5P1QA 5P3NA 2P3BA 3LHGA 2PH6A 4FAFA 4Y54A 4K4RA 5HE4A 2CEJA 5P8RA 3UPJA 4OBHA 4B1EA 1BVEA 4Y3PA 1MVPA 1UPJA 1FMXA 3KT5A 5P6XA 4YDFA 3KMXA 2HAHA 5P6KA 1NPVA 5P2JA 5ER1E 1M0BA 3IXOA 3PLLA 1ZPKA 2R43A 2FGUA 4KUPA 5P6EA 5P4PA 3TTPA 5OZEA 3HZCA 5P4BA 4NKKA 5P1RA 5P8UA 4S1GA 1Z1RA 5AHBA 2B8VA 3VV8A 2AOCA 3OXVA 3OGPA 5OZSA 4TRWA 5P75A 3SA8A 2BPZA 1EBZA 1D4HA 5P7PA 3H5BA 4K9HA 1D4IA 2G69A 2ER7E 4Y3TA 1M4HA 4WY6A 4OBDA 5BS4A 5P0EA 3INDA 1PROA 5P4ZA 2QU3A 5P3CA 2NXDA 3M9FA 3PVKA 5IVQA 1XL2A 4OC6B 4Y35A 5P5IA 1F7AA 2QZKA 1GVWA 1LYBA 2VNNA 5P8BA 3G70A 3VF5A 1HSIA 1EPNE 3KN0A 1KZKA 3GI6A 4HLAA 5IVTA 4Y37A 2APRA 3URJA 2OHRA 2QI4A 4Y5GA 3ZKXA 2O40A 4RROA 1EC0A 4OBZA 2FDPA 3OTYA 2O4SA 4U7VA 5P0JA 5P1UA 4QGIA 4TRZA 5JFPA 3MSJA 4FSEA 4Y4GA 3L5DA 3OHFA 2XYEA 2HB2A 4XX3A 1MPPA 3FKTA 2P3AA 2PWCA 5OZDA 3CYXA 5P3BA 5P1IA 3CIDA 2PSVA 5OZ5A 4F73A 5P0AA 5OZGA 3DM6A 5OZLA 3B7VA 2WF2A 5P0TA 5P4OA 5P79A 5OZ4A 3FV3A 3R4BA 3SABA 4IVSA 4Y56A 1T7JA 5P4TA 5P34A 5P52A 1W5VA 5P74A 3S45A 1IVQA 4Y3XA 5P4SA 2PYNA 2O4KA 1GNNA 5P7MA 2I4QA 3LIYA 2QZWA 3EL5A 4I12A 1HXWA 4EYRA 3K1WA 2V12C 4PEPA 2F80A 1BV9A 3RU1A 4CPXA 2VIYA 3LIXA 5P86A 1NPAA 4LHHA 1BDRA 4Y3MA 4I8WA 3UF3A 1WBMA 4MC6A 1SDTA 3ZPSA 1RL8A 3OOTA 3KT2A 1HOSA 2CEMA 4RCDA 1E80E 5P1FA 3T6IA 1FMUA 4QJ6A 5P85A 5P13A 3S54A 3UDYA 1TCWA 2P3BB 3NDWA 4EQJA 5BWYA 3L5BA 1LF3A 5OYSA 1BXQA 5OZ2A 5ENKA 4I0ZA 3QS1A 1ODYA 3OU3A 4GJ9A 2OHPA 4GJ8A 4X7IA 3UDHA 5OZJA 1BWBA 5OZTA 2FS4A 4Y58A 5OYXA 5P2CA 5P47A 3QBFA 5P4YA 3D1XA 4CPSA 4GJ6A 3VLBA 4BFBA 5P24A 1XN3A 5P2ZA 2V00A 5AHAA 2ZYEA 3EL1A 4EXHA 3KA2A 4DQGA 3NDXA 1HIHA 4AA9A 5OZQA 2AOJA 2Q5KA 2Q55A 3VYFA 3B80A 1AM5A 2B8LA 1HTEA 4Y3RA 2J9JA 5F00A 2J9KA 4J0ZA 5KAOA 4R5NA 3VSXA 4ZEAA 2ASIA 3QRSA 2RKFA 4LAPA 4I11A 4D89A 1LYBB 3OADA 2G24A 4I0JA 1LYAA 1K1UA 1KJ7A 4APEA 2NXLA 5P1MA 4DPIA 2A4FA 5P28A 2OHNA 3TKGA 2BB9A 5P7CA 4YD6A 5P6YA 1MIQA 2F3EA 1EPQE 1YT9A 3SA5A 5IVSA 2V0ZC 2PSUA 5P5XA 2HS1A 3BUFA 1VIJA 3I25A 3QVCA 4Z50A 3NWXA 3PWMA 5P3JA 3PMYA 5HU0A 4DVFA 3GGAA 3LPIA 1D4LA 2PSGA 2NR6A 4FM7A 5P17A 1MUIA 2F8GA 4NPUA 1HIVA 1MESA 4FCOA 5P0LA 4FRJA 3S56A 3TOGA 5C9FA 5B18A 5P4EA 4RGHA 3PM4A 5OZYA 3L5FA 5OZNA 4K4PA 5OYQA 4EP3A 3O99A 3KDCA 4Y5AA 2NTRA 2PK5A 5HD0A 5P0DA 5P76A 4I1CA 2AOGA 3PBDA 5P4VA 3IN4A 1KJFA 3QVIA 2OHUA 5P89A 1SP5A 5P1HA 1OEWA 1IZHA 2IGYA 5P8GA 4Z22A 3IXJA 1MSMA 1DMPA 1ZSFA 2FDEA 3APPA 5P5EA 5P7JA 2QI3A 4GIDA 5P7HA 1AXAA 2G26A 5P2EA 3OU4B 4GJDA 5I3XA 3DCKA 3OTSA 2Q3KA 3UQPA 5P0XA 5P7IA 5P0RA 4LC7A 5P7RA 1D4JA 5P22A 1LEEA 3EC0A 3RTNA 4Y5KA 1HIIA 3VG1A 1XE5A 3NDTA 5P88A 5P71A 1FB7A 1TQFA 4KB9A 2OHMA 5P35A 4Y5LA 4Y4DA 3I6OA 5AH7A 4D8CA 5P7VA 1BWAA 4ZSRA 5TOLA 5OZ0A 3ER5E 3ZLQA 4B05A 2AVOA 4Z2ZA 4GB2A 3HAWA 2I0DA 3PWWA 4J1HA 5DGWA 5P4UA 4IVTA 5P7XA 4D88A 2QAKA 3FIVA 3DK1A 5P0QA 1B6KA 4Y45A 1HSGA 2AZCA 3I8WA 4Y4XA 4L7HA 4K8SA 5P0HA 4Y5NA 1HWRA 3K4VC 4I0FA 3QN8A 5P2DA 1DPJA 5COPA 5P80A 5P7TA 1SGZA 2OAHA 5HU1A 4Y5CA 3KFNA 4D83A 1APVE 1D4SA 4KE0A 4DJWA 5OYVA 2Z54A 2J9JB 1QRPE 1C6YA 4Y4TA 4FM8A 3T7QA 1PPLE 1XN2A 1G6LA 5P3DA 4LXAA 4B00A 5P46A 4I10A 2VKMA 3DV5A 2G1NA 4B0QA 2IDWA 2G94A 4FS4A 4Y5PA 1MEUA 5HCTA 4Y4WA 1SDUA 3GGVA 3HAUA 2FDDA 3L3AA 2QK5A 3OADB 5P8VA 1LYAB 4RLDA 2VA6A 1ENTE 1HPXA 3SA6A 1T7KA 1QS8A 1BXOA 2HC0A 1YM2A 4J0VA 4B1CA 4J0YA 3KMYA 2AVSA 2RENA 4M8XA 3ST5A 5P41A 3OAGA 5P5AA 4AUCA 5P4DA 2ZHTA 4Y48A 1BBSA 5P3VA 3UDNA 2AOIA 3K5GA 3KDDA 2O4LA 3O9FA 5P5CA 1IDBA 5P40A 2XYFA 3RTHA 3OXWA 4DJRA 2F3FA 5P67A 5KQFA 5P19A 3OUCA 4ZSMA 4FSLA 5P0IA 1TSQA 3LINA 5P0PA 4CMSA 1NSOA 3IVHA 4NJSA 3HVPA 5P7WA 4J54A 4CP7A 4ZIPA 2HPFA 4NPTA 2ZDZA 5P7GA 5P2UA 3NU4A 2WEBA 1LS5A 2PWRA 5P1PA 5P0MA 4Y4UA 2I4DA 5P03A 4Y4JA 5P48A 2BPWA 5P2WA 5P4RA 4EJLA 5P20A 3INEA 5P1OA 1FLHA 3LZUA 3K5DA 4AZYA 5AGZA 5P3WA 5P58A 5AH9A 5P30A 2ANLA 1XL5A 1EBYA 1K2BA 5OZ3A 4K4QA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 2VIJ A;  3NUJ A;  1FQ7 A;  1FG6 C;  3JW2 A;  1WKR A;  4Y3F A;  1RPI A;  5P5T A;  3F9Q A;  5KQY A;  5P3P A;  3QAA A;  3OAG B;  2WHH A;  2V10 C;  1B6P A;  4ACU A;  4ZSQ A;  5P6M A;  5P2Y A;  4EPJ A;  2WF1 A;  3OQF A;  1W5X A;  4J0P A;  5P7F A;  5P7N A;  5P4A A;  5P3X A;  1XS7 D;  2QI0 A;  5P2R A;  4Y4E A;  2Q15 A;  3KYR A;  1QBR A;  5J25 A;  3OGQ A;  2G22 A;  3HW1 A;  1ZP8 A;  4DQH A;  2HS2 A;  1T6E X;  2BKT A;  3RTM A;  3EM6 A;  3VFB A;  5P83 A;  1FIV A;  2QMD A;  1U8G A;  1B6M A;  3IGB A;  4DFG A;  4YBI A;  5P1A A;  3FNU A;  5P68 A;  4F76 A;  3O9D A;  1W5W A;  2FMB A;  5P4M A;  5COO A;  3ECG A;  3LZV A;  1GVU A;  3S43 B;  1G0V A;  2WKZ A;  5P4I A;  3PHV A;  1AAQ A;  5P0Y A;  5OZR A;  1QBS A;  2XFI A;  3OXC A;  3NU9 A;  1IZI A;  2VA5 A;  3UCB A;  5ENM A;  5P5B A;  3CIC A;  1EBK C;  3UQW A;  2AVQ A;  3BGB A;  2P8H A;  4FAE A;  2BPY A;  5P0G A;  3WSJ A;  1HPO A;  2QHC A;  4NJV A;  4Q1X A;  4XX4 A;  4B70 A;  3EL0 A;  5P6N A;  4Y4Z A;  4FGX A;  5SY3 A;  3OUB A;  4DQE A;  2QHY A;  3R0Y A;  2WL0 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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