2VJ9A

Human bace-1 in complex with n-((1s,2r)-3-(cyclohexylamino)-2-hydroxy- 1-(phenylmethyl)propyl)-3-(ethylamino)-5-(2-oxo-1-pyrrolidinyl) benzamide
Total Genus 100
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
100
sequence length
389
structure length
374
Chain Sequence
EMVDNLRGKSGQGYYVEMTVGSPPQTLNILVDTGSSNFAVGAAPHPFLHRYYQRQLSSTYRDLRKGVYVPYTQGKWEGELGTDLVSIPHGPQVTVRANIAAITESDKFFIQGSNWEGILGLAYAEIARPDDSLEPFFDSLVKQTHVPNLFSLQLCGGSMIIGGIDHSLYTGSLWYTPIRREWYYEVIIVRVEINGQDLKMDCKEYNYDKSIVDSGTTNLRLPKKVFEAAVKSIKAASSTEKFPDGFWLGEQLVCWQAGTTPWNIFPVISLYLMGEVTQQSFRITILPQQYLRPVEDVATSQDDCYKFAISQSSTGTVMGAVIMEGFYVVFDRARKRIGFAVSACHVHDEFRTAAVEGPFVTLDMEDCGYNIPQT
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords BETA-SECRETASE 1
publication title Bace-1 Inhibitors Part 2: Identification of Hydroxy Ethylamines (Heas) with Reduced Peptidic Character.
pubmed doi rcsb
source organism Homo sapiens
total genus 100
structure length 374
sequence length 389
ec nomenclature ec 3.4.23.46: Memapsin 2.
pdb deposition date 2007-12-07

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 2vj9A01
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 2vj9A02
3F9QA 4GJBA 5AH8A 1D4YA 4OBGA 4GJ6A 5P61A 1YTJA 3OGQA 3GI6A 2G22A 5HD0A 2ZGAA 1WBMA 3NXNA 4HLAA 5P5MA 1MSNA 4Y3AA 5P5NA 5P8HA 4YBIA 5OYQA 2O4PA 4DFGA 4R91A 1HRNA 4Y5MA 1FKNA 3PSGA 4B70A 5P17A 5P67A 5CONA 2QHCA 3SABA 5P7TA 3LIVA 5P2UA 1WBKA 4FCOA 3INEA 2P3BA 3LHGA 1TSQA 3K4VA 1LV1A 3CKRA 5P83A 1Z1HA 5I3VA 5P2TA 1BWBA 2WKZA 3DJKA 3OU3A 5P1YA 3Q5HA 5P6SA 5P8GA 3OUAA 3QVIA 3PEPA 2R9BA 2HAHA 3O9FA 5P11A 1BIMA 1WKRA 1LS5A 4QGIA 1K2BA 2EWYA 3BGCA 5P0AA 3OTYA 1B5FA 2FNSA 5P6CA 3D1ZA 5P80A 5P87A 3OUBA 5P6VA 4Y44A 2HPEA 1RL8A 3K1WA 3RU1A 2FGUA 4FGXA 3O9GA 1M0BA 2VKMA 1JLDA 2AODA 2V0ZC 5IVSA 4QJAA 2AOFA 3UQUA 5OZOA 5HCOA 3UDYA 4U7QA 3NWQA 4D83A 1CMSA 3VSXA 3VYDA 1ZJ7A 5P1BA 2AOGA 5P3XA 1HTFA 5P5QA 2F3EA 4OC6A 2NR6A 5P1VA 5P6NA 5P58A 5P3SA 2FIVA 1HVRA 4I0HA 5T4SA 1B6KA 4L7JA 2BPZA 5FIVA 3UFLA 3QIHA 4D8CA 4GJCA 2Q64A 3ZKGA 2IKUA 2JJIA 4H3FA 3LITA 3QN8A 2CENA 4HZTA 5OZFA 2ZE1A 2HIZA 3LPKA 4RYCA 2BPYA 5JFUA 4J1EA 1SDVA 6UPJA 2G20A 4Y50A 3TPRA 5P5GA 5P6OA 2IGXA 3PWRA 3S2OA 5P3MA 3CYWA 4IVSA 5P0WA 4AUCA 3BC4A 4Y56A 2AZCA 1HPOA 2QD6A 2Q15A 4FL8A 3KF0A 1HBVA 5P71A 2PWRA 5P74A 4GJ7A 1HXWA 3SAAA 2APRA 1XE5A 2NPHA 3L5FA 1GVVA 2HS1A 5P0IA 3SA4A 3BHEA 2Q54A 3IN4A 3SPKA 4Y4AA 2FGVA 2PSGA 3SACA 5P22A 3HZCA 4OBZB 5HU0A 5P3GA 3RTNA 4I0DA 1PSNA 5P6FA 3OUDA 3KMXA 2B8LA 1SGZA 3D1YA 5P3PA 2QMGA 3QS1A 1E82E 5P54A 1YM2A 2VA6A 3JVWA 5P6JA 5HDUA 5P1IA 5P8IA 4DQBA 4FAEA 2V00A 3CIBA 5P4LA 3QRSA 3O9HA 1KJ4A 5P0UA 3TLHA 5P0GA 3UDMA 2V16C 5P23A 5HCTA 4TRWA 5IVTA 2QHYA 2UXZA 1YTHA 1MEUA 5P7SA 5P1AA 3T11A 2VNNA 4M8XA 4J55A 2P8HA 3U7SA 3KT5A 3OGPA 3RTHA 4XX4A 4Z4XA 3JVYA 5P8KA 4Y5PA 5P8MA 5DQCA 3FNSA 2IL2A 5P30A 4I8ZA 2WF0A 5P19A 3S43A 3LZYA 3SQFA 5P6MA 4FAFA 1E5OE 1MESA 5P1QA 4L1AA 4K4PA 1FQ5A 5OZSA 1FQ8A 2G26A 3I25A 4CPRA 4CPQA 5OZKA 4Y4DA 3ZLQA 3GW5A 4TRZA 5P0YA 5P0PA 5P55A 4ER4E 3UDPA 2AOJA 5P6BA 3NLSA 2HPFA 4Y3RA 4Y4ZA 1G35A 1FFFC 5P29A 2QZLA 4PPHA 5OZCA 3DV1A 3EM3A 1FFIC 5OZWA 2MIPA 1MT8A 5P5OA 2QI5A 4Y48A 1EPOE 2R3WA 5P53A 4Y4EA 3GI5A 5KR8A 5C9BA 1EPME 2Q11A 4N00A 1ZP8A 4EXGA 3BRAA 2WF4A 3PWMA 4GB2A 5OZUA 5P00A 1BXOA 3PSYA 5P82A 1DP5A 5P65A 5KAOA 1GNNA 5P7CA 1J71A 3PI5A 5P4QA 5P0XA 1MT7A 5P7QA 3MXEA 5HDZA 4I0JA 2AZ8A 4K4QA 4A6BA 1A9MA 2OHTA 2QMDA 5OZ0A 3R4BA 3UDRA 3APRE 3B7VA 4Y3QA 5P4TA 1W5WA 3OQFA 1D4HA 3ZKXA 2OHMA 3EKPA 1PPME 2P3BB 3OXCA 5P4VA 5P4MA 2VNMA 1BDLA 5B18A 1QS8A 5P89A 3NDTA 5P4DA 4Y5KA 2I4XA 2VJ7A 2O4KA 2P3CA 4DVFA 5P1CA 3UDQA 5P5BA 4Y3HA 3NU5A 4Y3PA 1AAQA 1EC0A 1EBZA 4B1CA 4Y54A 5AHCA 1B5FB 5P78A 4GJ5A 3IXOA 9HVPA 4J1KA 4CPTA 5AH7A 2HB2A 3HVPA 5P3QA 5P3IA 1HSGA 4DJYA 2I4WA 2RMPA 5P14A 4M8YA 4I8WA 4ZPGA 3S8IA 3URIA 2QI0A 5OZXA 5P5IA 3OAGA 4ACUA 1UH9A 4EPJA 1EBWA 1MUIA 5P0SA 5P2NA 5P13A 2G94A 3ER5E 3I6OA 5OZTA 5P6TA 4OC6B 2OHUA 3EKVA 4Y4UA 1OEWA 1SP5A 3LNKA 3NUJA 5P7PA 2PYNA 4JPCA 4Y3ZA 5P8CA 3TPJA 4EP2A 1TCWA 1GNMA 5C9DA 1TW7A 2G69A 4NJTA 2ZJKA 5P6RA 1HTGA 5P03A 1TQFA 5P60A 4PHVA 5P8OA 3IGBA 5P0MA 4EJ8A 4BEKA 3T3CA 4Y37A 1BWAA 2I4UA 5AGZA 1XL2A 1C70A 3KFPA 5OZJA 3ZKNA 1HSIA 2I4QA 1W51A 3I8WA 2ZHVA 1IZIA 2UPJA 3Q3TA 2OHPA 3OU4A 5P05A 1FF0C 2AVQA 5HU1A 1YT9A 5JODA 1SMEA 4FM8A 3PGIA 4J17A 4ZSMA 4DQFA 3PWWA 5P8LA 2NMZA 4I11A 1KJGA 4DV9A 2Q55A 2XYEA 5P57A 1RV7A 4GJ9A 4QLHA 1HPXA 2QI6A 4DJPA 2B7FA 3OHHA 5OZNA 4K9HA 4EQ0A 3SKFA 5P7HA 4CMSA 1IVQA 3NU4A 3NXEA 4Y4BA 4EJDA 5P3OA 4NPUA 2VIZA 4Y3SA 2VA5A 3BVBA 3IXJA 4QJ2A 3UDKA 3LZUA 3N4LA 3ZKIA 5OYVA 1BXQA 1G2KA 3NYGA 4LBTA 4Y35A 1XN2A 4B78A 3R0YA 4OD9B 4KE1A 3KDDA 3UDHA 5P6AA 4KE0A 4Q1WA 4J0YA 3ZOVA 3GI4A 5P5JA 3WB4A 4FIVA 5P37A 4EWOA 1HVHA 3R0WA 5P6IA 3LIXA 3S43B 1HEFE 1LYBA 1QBUA 4FE6A 4LP9A 4L1AB 5P6ZA 4E43A 2R5QA 5OZ3A 3GI0A 3QAAA 4FRSA 4B1DA 5OZ7A 3VFAA 5P3VA 2QHZA 3DK1A 3K5DA 5P81A 5P3WA 3VV6A 5HTZA 1GVXA 3TKWA 1NPWA 1D4SA 2O4NA 5P75A 5P7LA 1DMPA 3EKYA 2BB9A 4H3GA 5F01A 4ACXA 5EZZA 4LAPA 5P1WA 5P0VA 3K5CA 5IVQA 2V13A 5P86A 2IKOA 5P45A 1SDUA 5P1MA 4K4RA 3LIZA 1GKTA 4I0EA 2R3TA 5P6UA 4F73A 4BFDA 1SGUA 3INFA 3OQKA 5SY3A 1MTBA 3VYFA 3D3TA 3EL1A 3SFCA 2AIDA 3NDWA 3OU1A 2AZBA 1VIJA 5P4FA 1APVE 3UQXA 2ZJHA 3VG1A 1D4JA 5P0BA 5P1EA 3U6AA 4DQEA 3ZMGA 4PEPA 5P6QA 2BKTA 5P3HA 3SA8A 5P4YA 5P24A 3OXXA 5P6WA 6FIVA 3OQDA 3BXSA 2OHNA 5P3EA 1AJVA 1D4IA 1DPJA 5P0NA 5P34A 3MWSA 2AOEA 5P2CA 5P50A 2PK6A 2J9JB 5P2KA 1C6XA 5P20A 3LZSA 5P4XA 2AVMA 2NTRA 1HIIA 3PMYA 1QRPE 5P4JA 4X2LA 5P2LA 5P4ZA 4H1EA 2QI7A 1QBRA 5P4EA 4L7GA 5AH9A 2NXMA 3SM1A 3NDUA 4S1GA 1LEEA 3OAGB 4YDGA 3VF3A 1PFZA 3ZL7A 5OYSA 5P40A 4DUSA 4IVTA 4RRSA 1AIDA 3CKTA 2F8GA 4D88A 1DAZC 4COEA 4DQCA 1LZQA 1FG8C 3EKTA 5P5UA 2O4LA 1ZPAA 1KJ7A 5JG1A 1HVJA 2A4FA 5P2DA 2BPWA 2G1YA 3L58A 3QPJA 4J54A 5P6HA 5JFPA 1FQ4A 4MC1A 2ZHSA 5P5HA 5P7BA 3RTMA 4WTUA 2J9KA 4RVXA 4B72A 4QJ6A 4ZSPA 3QVCA 4Y3XA 1ENTE 5APRE 5P32A 2PC0A 1K1TA 4Y5LA 1IDBA 3EXOA 5OYYA 3EKXA 3PCWA 3UQWA 1YG9A 3LINA 4ZLSA 3S53A 4Y5EA 2RENA 4Q1XA 4RYGA 4JPEA 4APRE 4J5JA 3C9XA 5P4SA 4Y5AA 2WJOA 7UPJA 5P2WA 3KA2A 5P7DA 3OU4B 5DPZA 1KZKA 6APRE 2I1AA 2IS0A 4DQGA 3TNEA 4Y3LA 1MPPA 2PSVA 4R92A 4FSEA 4DPIA 1T7JA 5DR8A 2P3DA 3HVGA 3SA6A 4LL3A 5P3UA 4HEGA 2V12C 5P15A 1GVTA 1LYWA 2ZJJA 2ZHRA 4J1HA 2HS2A 3H5BA 1ODYA 5AHBA 3L5BA 1K6TA 2F81A 4DQHA 5P77A 4GZFA 2IRZA 1EC1A 2BPVA 3EKWA 5P2OA 5P49A 4YA8A 4J0VA 4L6BA 2ZJIA 4YD4A 3KFNA 5OZAA 5P3DA 3QI1A 4RLDA 5HVPA 1LF3A 5P44A 3HAWA 5P0HA 4EJLA 4NJVA 3HD8A 5OZ9A 1OHRA 5OZEA 2VA7A 3HAUA 1CPIA 5OZPA 3VFBA 4OD9A 5OYWA 2BPXA 5P0FA 4Y41A 4I1CA 3OXVA 4J0PA 4AA9A 4CPSA 4TVGA 5P01A 5IVRA 4I0FA 4LC7A 5P31A 5P8VA 1HXBA 4X7IA 2AOCA 5P7YA 1MTRA 3TKGA 4Y5CA 1HIVA 1BDRA 2WEZA 5I3WA 3FNUA 5P43A 2QU3A 3VCMA 1W5VA 5P5WA 1VIKA 3CKPA 1LYBB 5P7JA 5P3JA 2WF1A 1IZHA 4EHCA 5P79A 4Y3YA 4MC9A 2WF3A 4B77A 3PHVA 2G1RA 2RKGA 4FLGA 2I4DA 3SLZA 3G6ZA 4ZPFA 2AQUA 5P0KA 5P2ZA 1DIFA 5OZMA 5DR0A 5P7EA 2ER7E 2VJ6A 2HM1A 2QNPA 5DGWA 4JP9A 5P1FA 2IQGA 3LIYA 5P7GA 5OZ1A 5P64A 3GGVA 3VF7A 5P41A 1LF2A 4R95A 1SDTA 3GGXA 3QBFA 4DJXA 2BBBA 3TOGA 2WEBA 1YM4A 4ER1E 1HVIA 1NPAA 5P51A 4J1IA 1W6HA 4Y57A 4QJ8A 2ZDZA 4BELA 4A4QA 5P3YA 3T7PA 1B6PA 4OBFA 1BVGA 5P5SA 5P0JA 5P5YA 4U8WA 5BS4A 5P69A 1PPLE 3OY4A 5OZGA 3PCZA 3OU1B 1GVWA 3KT2A 5C9FA 1MERA 3S85A 4I0IA 1FQ6A 4Y6MA 2AVOA 1Q9PA 5P5VA 4ZIPA 5P1GA 4J0TA 4FS4A 3INHA 4YOBA 3IAWA 4OBJA 5TOLA 4B00A 5KR2A 3DCKA 2J9JA 3SA9A 4RVIA 3FNTA 3AUPA 1T6EX 4I12A 5P5PA 3ZPSA 2QZXA 3UFNA 2OF0A 2JE4A 3CMSA 4HDFA 3H0BA 1BILA 5P2QA 4QJ9A 3EL5A 3S7MA 3GGUA 2R38A 1PSOE 3KMYA 5P8PA 1EPQE 5COOA 4RROA 2QNNA 2VIYA 3L59A 4R8YA 5P5AA 4DJQA 5BWYA 4Y53A 5P8FA 4CKUA 4B05A 5P06A 3K5GA 5P4RA 3OQ7A 3S56A 3Q6YA 5ISJA 2FXEA 3MSKA 1HWRA 5P7AA 4GJDA 3MSLA 1IZDA 1OEXA 5P68A 1APTE 3DV5A 5P6EA 1XE6A 2QMFA 5P1TA 4JECA 5P1LA 3OQAA 2OHLA 4GYEA 1FEJC 4FM7A 2ER0E 5DQ1A 5P2VA 2AOIA 2R5PA 3L5CA 1PPKE 5P0QA 5P3RA 1A8GA 2Q3KA 3VSWA 4J1FA 2QZWA 3WB5A 3O9DA 4F74A 2O4SA 5P38A 2VIJA 4Y4XA 1KJFA 4HDBA 3FKTA 3SM2A 3K5FA 1B6LA 5HDXA 4FRKA 4Y3NA 3OWNA 5P3TA 1B11A 1ME6A 1BV9A 4Z2ZA 5P5ZA 5P8TA 2AVVA 5P62A 3BVAA 3CIDA 3VV7A 3MSJA 4ZEAA 5DR3A 3MXDA 1FIVA 5P8AA 5HDVA 4Y3FA 3QRMA 3O9BA 4YCYA 5P5RA 2PK5A 1K1UA 4A6CA 5P88A 5E5JA 1XS7D 1APUE 5OZQA 2NNKA 2ASIA 5P7ZA 1LYWB 5P8BA 5SY2A 4CPWA 2WL0A 3VLBA 1XL5A 3INDA 2AOHA 3O9CA 3I2LA 3RSVA 5KOSA 3D91A 3KDCA 5KQXA 5OZZA 3PI0A 3PB5A 4YD5A 3PRSA 4ZE6A 3EL9A 2IDWA 1EAGA 4LHHA 5P3CA 2FDEA 1APWE 3FIVA 2G27A 3FX5A 5P7FA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3F9Q A;  4GJB A;  5AH8 A;  1D4Y A;  4OBG A;  4GJ6 A;  5P61 A;  1YTJ A;  3OGQ A;  3GI6 A;  2G22 A;  5HD0 A;  2ZGA A;  1WBM A;  3NXN A;  4HLA A;  5P5M A;  1MSN A;  4Y3A A;  5P5N A;  5P8H A;  4YBI A;  5OYQ A;  2O4P A;  4DFG A;  4R91 A;  1HRN A;  4Y5M A;  1FKN A;  3PSG A;  4B70 A;  5P17 A;  5P67 A;  5CON A;  2QHC A;  3SAB A;  5P7T A;  3LIV A;  5P2U A;  1WBK A;  4FCO A;  3INE A;  2P3B A;  3LHG A;  1TSQ A;  3K4V A;  1LV1 A;  3CKR A;  5P83 A;  1Z1H A;  5I3V A;  5P2T A;  1BWB A;  2WKZ A;  3DJK A;  3OU3 A;  5P1Y A;  3Q5H A;  5P6S A;  5P8G A;  3OUA A;  3QVI A;  3PEP A;  2R9B A;  2HAH A;  3O9F A;  5P11 A;  1BIM A;  1WKR A;  1LS5 A;  4QGI A;  1K2B A;  2EWY A;  3BGC A;  5P0A A;  3OTY A;  1B5F A;  2FNS A;  5P6C A;  3D1Z A;  5P80 A;  5P87 A;  3OUB A;  5P6V A;  4Y44 A;  2HPE A;  1RL8 A;  3K1W A;  3RU1 A;  2FGU A;  4FGX A;  3O9G A;  1M0B A;  2VKM A;  1JLD A;  2AOD A;  2V0Z C;  5IVS A;  4QJA A;  2AOF A;  3UQU A;  5OZO A;  5HCO A;  3UDY A;  4U7Q A;  3NWQ A;  4D83 A;  1CMS A;  3VSX A;  3VYD A;  1ZJ7 A;  5P1B A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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