The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
36
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sequence length |
125
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structure length |
125
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Chain Sequence |
LYKSNHNVVYSCKYHIVWCPKYRRKVLVGAVEMRLKEIIQEVAKELRVEIIEMQTDKDHIHILADIDPSFGVMKFIKTAKGRSSRILRQEFNHLKTKLPTLWTNSCFISTVGGAPLNVVKQYIEN
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Mechanism of is200/is605 Family DNA Transposases: Activation and Transposon-Directed Target Site Selection.
pubmed doi rcsb |
| molecule tags |
Dna binding protein
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| source organism |
Helicobacter pylori
|
| molecule keywords |
TRANSPOSASE ORFA
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| total genus |
36
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| structure length |
125
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| sequence length |
125
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| chains with identical sequence |
B
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2007-12-13 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF01797 | Y1_Tnp | Transposase IS200 like |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Alpha-Beta Plaits | Transposase IS200-like |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 2F5G A; 2EC2 A; 2VIH A; 2XM3 A; 2VHG A; 2VJU A; 4ER8 A; 2XMA A; 2A6O A; 2A6M A; 2VJV A; 2VIC A; 2F4F A; 2XO6 A; 2XQC A; 2FYX A; #chains in the Genus database with same CATH topology 1X5T A; 5F41 A; 1O8B A; 3H90 A; 1KTQ A; 3HCX A; 1P9Y A; 3AXM A; 5CYQ B; 5THW A; 5IM0 A; 1RSC A; 1I5O B; 3CCZ A; 2DEI A; 2LLZ A; 2NXU A; 2UV8 G; 2UZA A; 2ZC4 A; 3DGV A; 2VQF J; 3IWX A; 4IOC Q; 2EC0 A; 2RIL A; 3BPS P; 2XSJ A; 3ISN C; 1ZA1 B; 3R6L B; 3CD7 A; 1S97 A; 3LOU A; 4FKY A; 4IFV B; 3T6B A; 2DHH A; 4ZHR A; 1VQL S; 1TKX B; 1Q16 B; 3EZU A; 4YR2 A; 4U67 Q; 3K5P A; 4C7Q A; 2IVM A; 4L3K A; 3KKF A; 4V1A k; 1LWF B; 1PSD A; 3MMC B; 3KNG A; 5D0G A; 1IJE B; 3PNI A; 3E01 B; 4Q7A A; 2CQP A; 3P49 B; 4AL6 A; 4ZVT B; 4OX6 A; 3TVK A; 4IOA Q; 4RPF A; 2QV6 A; 4ZP6 A; 2O01 C; 4IRC A; 2BE7 D; 4RBV A; 1DTT B; 2HGM A; 3CCU S; 5I42 A; 4JI0 J; 2ZZM A; 2IC3 B; 3AFG A; 4W92 B; 5B0A A; 2BUN A; 2GVZ A; 2YWG A; 1G7C B; 4I1T A; 4ZLL A; 2AJ0 A; 4USU A; 3HHD A; 1JNZ B; 4JI3 J; 1X5S A; 3BB5 A; 2LQ9 A; 3GU0 A; 2F9J A; 2CZV C; 4LRC A; 5EN1 A; 2HW3 A; 3VCD A; 3M05 A; 1YJ9 S; 3PJX A; 3OJU A; 5ADZ A; 1SQE A; 3MPD A; 4NLS A; 2ZD1 B; 1ZZN A; 2D41 A; 4ZJQ A; 3DLH A; 5C25 A; 2XS5 A; 1RK8 A; 5IV3 A; 1CSJ A; 5MLC V; 1XNQ J; 1FVS A; 2M88 A; 4FDF A; 2P6S A; 2R9L A; 2VG7 B; 4HHU A; 2NPI A; 3PFO A; 2EFN A; 1HWJ A; 4LF5 F; 3PRV A; 3Q8R B; 4Q0B A; 4NCB A; 2DR6 A; 3C2P A; 2HS3 A; 2B4V A; 2WB1 D; 2H4Y B; 3SV4 A; 5KFD A; 3W60 A; 1KWM A; 2UUA F; 2RHS B; 1XMQ F; 3I56 S; 4UQG A; 5D3G A; 1KEK A; 4KQZ A; 3D6F B; 3E2E A; 1XMO F; 4NPO A; 4C2M A; 3GV7 B; 2KVI A; 1UVI A; 5IT9 Y; 5A6P A; 4DU7 A; 2LEB A; 3W61 A; 2ZH1 A; 1RT5 A; 4DL7 A; 1YBT A; 3U1M A; 1QM9 A; 4LF6 J; 4ENO A; 2B8Q A; 3AJ2 A; 3SQG B; 3CCQ S; 4DR1 F; 5HQ8 A; 1S0O A; 5GAG U; 5F0W A; 2VPX B; 3MM5 A; 2ATL A; 3RAM A; 5JVH Q; 2ZZT A; 3OXG A; 1AFJ A; 5GAD I; 2BJ3 A; 3NCP A; 4ES3 A; 4MYT A; 1GXU A; 2UXC J; 4B3S F; 4C11 A; 2YWF A; 1IR1 A; 1CC8 A; 3BGL A; 5FJ4 A; 3MMA B; 4NLR A; 2LQJ A; 2N3L A; 2JLE A; 3TA2 A; 4NI2 A; 4FP9 A; 4OZN A; 2ASD A; 4WPA A; 2B0G A; 2HAI A; 2UXB J; 1DLO A; 1FNO A; 4JI2 J; 3B78 A; 2FY8 A; 4RO0 A; 2DNN A; 1DAR A; 1PIL A; 1R6Y A; 3HPO A; 5CYM B; 4LSN A; 3HHN B; 4DX7 A; 2KG1 A; 2HND B; 2LQB A; 1UVK A; 1F3F A; 1CJV B; 1E6Y B; 1MLA A; 2HVI A; 1X60 A; 2WBM A; 4JI4 J; 5KFJ A; 2QLF B; 5KFY A; 4C98 A; 2XNR A; 3JTN A; 2ZH3 A; 1UA0 A; 4DV6 J; 1S99 A; 3PVX A; 5KFA A; 3IM8 A; 3LP0 B; 4MFB B; 1CC7 A; 3OPK A; 1VK3 A; 3MCS A; 4DX8 H; 3HHK A; 1KLN A; 4DR6 F; 2VG5 B; 2G13 A; 4F4Z A; 2QYG A; 2JC1 A; 3M2R A; 3HHL B; 4DV1 J; 1TAU A; 4UOH A; 4ZVU B; 4OJG A; 5F8G A; 5CHC B; 1SJ3 P; 1YLX A; 2HG4 A; 4HDG A; 1S5Z A; 2HMI A; 4RUB A; 2F40 A; 2PA8 D; 4QBU A; 1IBK J; 3HZG A; 3MEE B; 4XDD A; 2I38 A; 2KRB A; 2XLK A; 1IVZ A; 4PEO A; 1YJT A; 3CDE A; 1SJR A; 4M5H A; 3W9J A; 3BO3 A; 3K5M A; 1FD8 A; 1S79 A; 1RWM B; 3NGR A; 1WTF A; 5KFE A; 2XUL A; 2B4O A; 4RBT A; 5K5M A; 2F65 A; 3W1Y C; 4J9M A; 3DYA A; 5C24 A; 3PCO B; 3AA8 A; 1FKP B; 3D1O A; 4EBE A; 4H54 A; 1RCX B; 1X5O A; 3VVU A; 2YQ0 A; 4KJI A; 1J5E J; 3UVJ B; 3M8R A; 3FFI B; 2AX1 A; 4NLV A; 4CQ1 A; 4YN3 B; 3T3F A; 2CJK A; 3D7S B; 4KPC A; 4ED7 A; 3T6J A; 3DRR B; 4NWB A; 1R27 B; 3I82 A; 1WWH A; 2C2D A; 4MYU A; 2CZ4 A; 4AL7 A; 1C2P A; 4K5S A; 3KUE A; 2QT7 A; 3LGN A; 4UY8 5; 1RT6 A; 3I0S B; 1HYS B; 1Q5Y A; 2KO1 A; 2VU5 A; 3ILI A; 3IAM 9; 1PJ7 A; 1SV5 A; 4RW6 A; 2VHG A; 2OML A; 3J7A 1; 2AGO A; 4JV5 J; 1ZPV A; 4B9U A; 1NDL A; 2E1M C; 4UUW A; 5D4L A; 1L3U A; 1UEV A; 3V4M A; 2WVC A; 1GAO A; 1N54 B; 2O67 A; 4TY8 A; 2QA2 A; 3VAH A; 4DFJ A; 2YNI A; 3GG0 A; 6FD1 A; 3D2W A; 2MKC A; 2M9K A; 3KG1 A; 3P5B P; 3K7R A; 1K9M T; 3B4M A; 3ET6 B; 2Y1J A; 1RT7 B; 2CPE A; 1DQ8 A; 1TQL A; 2DIU A; 3OLB A; 3EGZ A; 3JSM A; 3LTO A; 2DH7 A; 4TY9 A; 1LK7 A; 3LO3 A; 4RNF A; 3RG6 A; 3QZ7 A; 5E2Q A; 3T1H J; 3EZ5 A; 2BEF A; 5DQI A; 3FQL A; 2K06 A; 2V5H G; 3DGP A; 5IC6 B; 3PYG A; 2Z2M A; 3IM9 A; 1RHJ B; 5F8H A; 3JXO A; 3EE3 A; 2V67 A; 1AFI A; 1HHT P; 1AUD A; 3GFH A; 3D6T B; 1NXI A; 3OBI A; 3QIP A; 3DFE A; 1UWB A; 2ALZ A; 4DV0 J; 3R6G B; 2K7K A; 3DRS A; 1G6B A; 2HWT A; 3H8Y A; 3FCV A; 4ES2 A; 4P7T A; 2QFI A; 4CO4 A; 1S7I A; 1FRI A; 2P2C B; 1F6T A; 4FYY B; 4HTJ A; 4ZPC A; 2KFN A; 5J2P A; 3DOK A; 1V3S A; 1XNQ F; 4F8R A; 1WOP A; 4C8O A; 2IAJ B; 5HSP A; 5K8M A; 1VQ4 S; 3N79 A; 3AB2 B; 2KJW A; 3DRP A; 1BXN A; 1PBA A; 3SFU A; 3ZTO A; 3TVY A; 1H98 A; 1YIT S; 1TKT A; 4WP8 A; 4X4T A; 2J9E A; 1WSV A; 2V2Z A; 4X4V A; 2QYC A; 1KQK A; 5DQG A; 1FJC A; 2ZC3 A; 1TKZ A; 5CAA A; 4M5K A; 3N9U C; 3SCI E; 3OUY B; 5B0G A; 2HNY A; 3FDS A; 5U47 A; 1QAY A; 1RU1 A; 2JHE A; 3HK2 A; 1S1U B; 4X64 J; 3RU0 A; 1OYE A; 4A8W A; 3DU5 A; 4PRF A; 4F4A A; 4Y65 A; 2XYH B; 3QRQ A; 1V5I B; 2IBO A; 7FD1 A; 3CUN A; 1SIW B; 1PJ6 A; 1YHQ S; 1HWL A; 3TAQ A; 2BRL A; 2IPO B; 4Y00 A; 3H2L A; 4XPE A; 3H5X A; 3QAU A; 2UXC F; 4JI5 J; 2Q43 A; 4BLG A; 3CNQ P; 4DX5 A; 4RW8 B; 1NPR A; 2BQ3 A; 3B82 A; 4G65 A; 2ZOF A; 1LFP A; 3BPD A; 2DB1 A; 2VKR A; 1NK0 A; 5SZT A; 3BGU A; 2DCL A; 3IFE A; 3KYL A; 2VQE J; 2UXB F; 1WC0 A; 4O3P A; 3ISN D; 1FX4 A; 3K5O A; 3TRG A; 4RW4 B; 1J2V A; 3OR2 B; 4H4K A; 2CWK A; 1YGY A; 3K5N A; 5ITH A; 1U0H B; 2H54 B; 3OD2 A; 2BV3 A; 1JLG A; 3LP1 A; 2HBZ B; 2FJE B; 2NUH A; 2D7S A; 3JYT A; 4JI4 F; 4Z7C A; 3UDL A; 4KIA A; 1IKV A; 4DPW A; 4ZLP A; 2AEF A; 4X65 F; 1ZA2 B; 1UFK A; 3EVM A; 4DL3 A; 1YJW S; 1M1K T; 3U27 A; 5IM0 B; 2EBG A; 3EDR B; 1RQ0 A; 5L1I A; 2M2B A; 3ETO A; 2MYF A; 3SCL E; 1KLM A; 3VGV A; 4ZS6 A; 3HD1 A; 5KG6 A; 4ICL A; 3TW0 A; 1N32 F; 1VR6 A; 1UPP A; 1FFS B; 2XSJ B; 3D3C J; 2J9C A; 5HVH A; 2HFN A; 3LAK A; 4DV5 J; 1UVJ A; 2RF2 A; 5E0O A; 3HFZ B; 3UI3 A; 2W24 A; 4BC9 A; 4ZHR B; 4CO0 A; 4EYI B; 5C2C A; 1X9M A; 3OL9 A; 4KRW A; 5K9F A; 5M2R A; 4F02 A; 4NZ6 A; 2YH0 A; 4LQ3 A; 4DQP A; 2VBW A; 1IKY A; 2QLB B; 4DI6 A; 4K50 A; 2EFO A; 4ETZ A; 1SH0 A; 3MI7 X; 4KSE B; 4DHV A; 5F8J A; 3D6H B; 1IM4 A; 1BC6 A; 2VJV A; 2HEK A; 2D69 A; 3K2Y A; 3BR8 A; 2R7R A; 5AE3 A; 2MY8 A; 1NJZ A; 4EU0 A; 4CI0 B; 4K0K J; 4GC6 A; 2DR7 A; 1RAE B; 5GME A; 5I42 B; 2BBE A; 2RIJ A; 4ECR A; 2FJX A; 4I6W A; 3WX8 A; 3MR6 A; 1LWC A; 4P74 A; 2ADC A; 2GVZ B; 2FGC A; 4NEY A; 1OQ6 A; 4MIW A; 4A8Q A; 2NCK L; 4ZVS B; 1HA1 A; 2FVC A; 5CA5 A; 1SPB P; 2YPY A; 2HS0 A; 5B08 A; 1AYE A; 2KKH A; 1Q0N A; 4WTY A; 1FXD A; 1VIS A; 4BDP A; 3QNW B; 4XAK A; 2JFD A; 4LBH A; 4JV5 F; 4JV2 A; 4WYW A; 3WX4 A; 2AGP A; 4TKT A; 2J7W A; 1SJF A; 2B9E A; 1NJY A; 5C25 B; 3DU6 A; 2HYI B; 3ADA C; 1V6H A; 5GAD U; 5F8M A; 3LQV A; 2KXF A; 1BHN A; 5AJ3 F; 1ZH5 A; 2E5L J; 3DLK A; 2CNK B; 3JAM Y; 2JSX A; 4KH0 B; 3BKF A; 2ZKU A; 3R7B B; 4ZP7 A; 3THT A; 2C3O A; 3HLU A; 2B7B B; 4F0M A; 2J7K A; 4Q0B B; 3FNN A; 1ZS6 A; 1LV5 A; 3R5J B; 5LMU J; 3ULH A; 2W2N P; 2KH9 A; 1W26 A; 1FEH A; 3QT6 A; 2WRM A; 2D74 B; 1NAQ A; 4B3T F; 3MTJ A; 5D3G B; 3EWG A; 3VV2 B; 3P5T L; 2VOP A; 3T1Y F; 4KE5 A; 1S7H A; 2Z2Z A; 3T1H F; 4X4U A; 4DXL A; 2AD9 A; 2Z30 B; 3GB0 A; 1SC3 B; 4X66 J; 3OSN A; 5LM7 E; 2GHW A; 2G2Z A; 1VQ5 S; 3BS9 A; 1NDP A; 3H7H B; 3MM8 A; 1RT5 B; 2IJR A; 3TP2 A; 4N8O A; 5I3U A; 2VFU A; 4M5D A; 2DPJ A; 2W7P A; 1WOR A; 3FMW A; 4ILL A; 1LWE A; 1PYT A; 3IRW P; 3MM5 B; 5IQ6 A; 1YK9 A; 1JKH A; 3H5U A; 4XIU A; 2QO3 A; 3AJ1 A; 2F8E X; 3MR5 A; 5A8W A; 1IBL J; 2HRU A; 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1D0E A; 1L3T A; 4K4Y A; 4OLO A; 5BYR A; 2IHR 1; 3G8Q A; 3DYA B; 5C24 B; 4X62 F; 2RQM A; 4PUO A; 5KT5 A; 3EPI A; 3BH7 B; 4ECZ A; 2CAD A; 1H7X A; 3WHI A; 5EUH A; 2F4V F; 5IXU A; 1ZBT A; 3ITH A; 3VGT A; 4CWB A; 2LP4 A; 3BYR A; 1CPZ A; 1LW0 A; 4PPZ A; 4ETX A; 1ZPW X; 5C7P A; 2CG8 A; 4JI6 F; 4H4M A; 2KM8 B; 4LUB A; 2W01 A; 5KT7 A; 1Q79 A; 1RT6 B; 1S10 A; 4N7T A; 2W4C A; 4NL5 A; 3FSY A; 4DL0 C; 2EG1 A; 1HMV A; 2ZJP Q; 3I4P A; 1OS5 A; 4CLU A; 1R7I A; 2MLY A; 1RAG B; 3RTV A; 1SV5 B; 4QWB A; 3CT9 A; 4RW6 B; 2AZ1 A; 2BJ8 A; 2CQD A; 4WFN Q; 2PMZ D; 4FF2 A; 2DIT A; 4DUT A; 1LXJ A; 3MMB A; 1JLA A; 2HHW A; 3MMJ A; 2ROG A; 1KHV A; 2E1A A; 3AQP A; 3D0H E; 1RAD B; 4DV5 F; 2RKI A; 4G1Q A; 4TY8 B; 2DIV A; 4P10 A; 3PX6 A; 2C3U A; 1ELO A; 2MQM A; 4KH1 B; 1WC5 A; 3M30 A; 2YNI B; 4KAI A; 5B0F A; 4B17 A; 4PWD A; 1HI1 A; 2DHG A; 3SSQ A; 1MU2 A; 5EWG A; 2FJW A; 2GGP A; 3NKY A; 3EMT A; 4HT5 A; 3JSM B; 1GXL A; 1YJR A; 3GII A; 2K8G A; 4R0E A; 2QN6 B; 3DLJ A; 1WI8 A; 1XJW B; 2HWI A; 1UFW A; 2C3P A; 3DGP B; 4EO8 A; 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