2VKMA

Crystal structure of grl-8234 bound to bace (beta-secretase)
Total Genus 104
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
104
sequence length
389
structure length
389
Chain Sequence
GSFVEMVDNLRGKSGQGYYVEMTVGSPPQTLNILVDTGSSNFAVGAAPHPFLHRYYQRQLSSTYRDLRKGVYVPYTQGKWEGELGTDLVSIPHGPNVTVRANIAAITESDKFFINGSNWEGILGLAYAEIARPDDSLEPFFDSLVKQTHVPNLFSLQLCGAGFPLNQSEVLASVGGSMIIGGIDHSLYTGSLWYTPIRREWYYEVIIVRVEINGQDLKMDCKEYNYDKSIVDSGTTNLRLPKKVFEAAVKSIKAASSTEKFPDGFWLGEQLVCWQAGTTPWNIFPVISLYLMGEVTNQSFRITILPQQYLRPVEDVATSQDDCYKFAISQSSTGTVMGAVIMEGFYVVFDRARKRIGFAVSACHVHDEFRTAAVEGPFVTLDMEDCGYN
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase
molecule keywords BETA-SECRETASE 1
publication title Potent Memapsin 2 (Beta-Secretase) Inhibitors: Design, Synthesis, Protein-Ligand X-Ray Structure, and in Vivo Evaluation.
pubmed doi rcsb
source organism Homo sapiens
total genus 104
structure length 389
sequence length 389
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature ec 3.4.23.46: Memapsin 2.
pdb deposition date 2007-12-04

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 2vkmA01
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 2vkmA02
3F9QA 1G6LA 4Y38A 1E80E 2QI3A 5OYSA 3PWWA 4CKUA 1MT8A 5OZUA 4DH6A 4YE3A 5JFUA 5P7IA 3OUDA 2QHZA 4MC9A 3SFCA 1BDRA 5P0GA 3TNEA 2QD8A 3QVCA 1ZSFA 5P52A 3FNSA 5P38A 5P6MA 4J1KA 3TPLA 1EPME 4B1CA 4D8CA 3CIDA 3VSWA 3BXSA 3NUJA 2OHUA 2HB3A 3BRAA 2F3EA 5OZVA 1XL5A 4MC2A 1BV7A 5P1LA 4WTUA 1FEJC 5P4GA 1FMUA 3TOFA 4CMSA 5DGUA 3VF5A 1MSNA 5P4CA 1FQ6A 3EL0A 5P0XA 3TOHA 1TZSA 3VYDA 2OHSA 4Y3XA 1T7IA 4ZLSA 5P56A 2NTRA 5OZ9A 4Y58A 3LIZA 1FGCC 3EXOA 2ZJMA 4EQJA 5DR7A 2IKOA 3QAAA 1RPIA 1QBSA 3PM4A 1TCWA 1WBKA 4L7GA 1MESA 3OUDB 4DJPA 2F3FA 2UY0A 4I12A 3AIDA 1Z8CA 5P0BA 3PLDA 5P8DA 5P0EA 3M9FA 8HVPA 3QIHA 4CPTA 5P61A 1W5VA 5OZTA 4Y4DA 5OZXA 3ZMGA 3NU3A 3FV3A 2G1NA 5IS4A 3AUPA 5P35A 4X7IA 1CZIE 4J1CA 5P22A 2AVMA 4KE1A 2IDWA 1G35A 1HSGA 3HAUA 4S1GA 5P4JA 5P5UA 2PSVA 1MSMA 4PEPA 1PSNA 1B6LA 3T7QA 3T6IA 4TRYA 4K4QA 1HEGE 5OZ8A 4L1AB 2G94A 2R38A 5COKA 4A6CA 3R0WA 5F00A 1EPLE 4YCTA 1A94A 4I10A 3KMYA 4F73A 4EP2A 3LIYA 5P87A 4D89A 1UH9A 5P57A 5P1JA 5P1SA 5P8GA 3G70A 5P16A 1AJVA 5OYQA 1LF3A 4Y5CA 3LPKA 3WZ8A 2OAHA 5P1MA 5P4EA 3S43A 5HDUA 1XL2A 3RTNA 1FIVA 4E43A 3SA9A 1LF4A 1SMEA 3DV1A 3OUAA 1PPKE 4GJCA 1DAZC 5IVRA 1SGUA 1E81E 5P3ZA 3IAWA 4DI2A 2PWRA 1HRNA 5P34A 3FX5A 5P2AA 4ZSPA 5OZOA 1MIQA 4J0VA 4Y4AA 3EKWA 4DFGA 2PYMA 5DR8A 2WL0A 3NDWA 1EPQE 5P81A 3PB5A 7UPJA 5TOLA 2AZ9A 4ZEAA 4DQCA 3OWNA 3INHA 2JE4A 5P2KA 5P3JA 4CPRA 1MTBA 5P4IA 5P3LA 2QNQA 3NU6A 2H6SA 4QJ8A 5P2SA 3S43B 1W50A 1ZBGA 3VFAA 5P5OA 1HVHA 3KA2A 1FQ8A 4Q1NA 3LZUA 3JW2A 5DR3A 2QI4A 3R2FA 3S45A 1TSQA 4LBTA 5C9FA 3NXNA 5P6YA 1D4JA 5P15A 1D4IA 3NU9A 4N00A 5P4FA 5APRE 2G1YA 1EPNE 3TKGA 2FGVA 4Q1YA 1UH8A 1M43A 5HVPA 3K5DA 4CPXA 4GZFA 2QNNA 2AOIA 4NJVA 1E5OE 4R95A 2HPFA 5HU1A 5P2CA 4A4QA 1LYWA 4B77A 2WKZA 1IVPA 3UDPA 4Q5MA 2Z4OA 4FM8A 5P8MA 3PMUA 3R0YA 3OXVA 4RYCA 5P23A 2BPZA 3JVYA 3OHHA 1IBQA 3NU5A 5P2BA 2APRA 5P0ZA 4R92A 3SQFA 3G72A 3ZOVA 4B78A 5P6RA 4Y54A 4Y5EA 1G0VA 5P3DA 5P5XA 3IVHA 2IS0A 3PSGA 4Y35A 3OAGA 1HSIA 1BWBA 2A1EA 5OZ7A 4DV9A 2BPXA 5P29A 4ER4E 2XFJA 4GJ7A 5P13A 5P8EA 2Q54A 3UF3A 5OZWA 4TRZA 3CKPA 1RL8A 3OU4A 3HLOA 1BV9A 4Y53A 5P3YA 5OZ3A 5P5YA 5P3VA 5P43A 5IE1A 4OBZA 5P82A 1LYWB 3ST5A 4YD7A 5P7MA 3K1WA 1WBMA 2QD6A 5P3KA 2RSPA 2Q63A 5P4YA 1D4LA 5AHAA 3I2LA 4ACUA 2VJ9A 3KF0A 4B00A 1ZTZA 2NPHA 4FLGA 4Z4XA 1SMRA 4X2LA 3KFRA 3OAGB 2RENA 2WEDA 4NPTA 1YTJA 2VA7A 5P5RA 1XN3A 3K5CA 5P49A 4U7QA 2QHCA 2OHRA 3LZSA 2HC0A 4Y51A 5ER2E 3UCBA 5P8LA 2JJJA 1FMBA 5P2FA 5SY2A 2VA6A 4D85A 3OU4B 3QRSA 5P32A 1B6MA 4BFDA 3VV8A 5P4WA 1KJ7A 1XDHA 2ER9E 4OBZB 5HE5A 3RU1A 5P5PA 5OYXA 5P6FA 5P1QA 5OZDA 4HDPA 3UQUA 3BC4A 5P7DA 3URIA 6FIVA 1GVTA 5P6DA 3VFBA 3QI1A 5DR1A 3SACA 5KQXA 3KMXA 4GYEA 5P70A 4ZPGA 4D83A 5KR1A 5P20A 4HLAA 4J1FA 4L7HA 2NNPA 4LHHA 1HTFA 2CEJA 2WEZA 3SA8A 2FXEA 5P6HA 4DJXA 3SA5A 1MPPA 4Y3ZA 2AODA 5P1FA 2EWYA 2QZLA 5HCOA 3I6OA 1GNNA 1OEWA 2ZYEA 2QMDA 3KT2A 1CPIA 2O4SA 5P1EA 5P6KA 5KQYA 5ENMA 3UQPA 1AIDA 3K5GA 3PLLA 4F76A 4Y4XA 1MRWA 3D91A 1AM5A 2IENA 2I1AA 1EPRE 5E5KA 4Y3QA 5OZAA 4H3JA 5SZ9A 5P7WA 5DGWA 3RSXA 3Q70A 5OZBA 1BILA 4QJ2A 4IVSA 3PJ6A 4FSEA 5P5QA 4HEGA 3IVIA 5P8VA 2O40A 2F80A 3S85A 1YM4A 2FS4A 3PCZA 4EHCA 1LEEA 5OYRA 5P6QA 4I0DA 1YTHA 3DJKA 5P59A 2WEAA 2ZJKA 3MSJA 1A8GA 5P4NA 1G2KA 5OZSA 2VJ7A 2RKGA 2Z54A 5P5KA 1HVKA 4U8WA 3LIXA 5P3FA 3SKGA 2QHYA 4NKKA 4YCYA 3HZCA 5P10A 3HW1A 3DK1A 4YDGA 2O4LA 5P5JA 4DPFA 4ACXA 2BB9A 5P18A 1B11A 5P51A 3D1XA 2VIEA 2B8LA 2QK5A 5IVQA 2VA5A 4FRIA 2QU2A 4GJAA 1EBWA 4FM7A 5OZ2A 1B6JA 4LL3A 1VIKA 5P2RA 1QDMA 4I8ZA 3OXXA 4Y6MA 5P5EA 3UQXA 4ZSMA 1NH0A 2Q15A 3EKXA 1U8GA 3UFLA 1DP5A 1YG9A 4QGIA 2R43A 5P5NA 4YOAA 3DOXA 4I0EA 2HB2A 5P6SA 1MERA 3GGUA 4FCOA 3O9GA 2BPWA 3KDCA 5P0QA 5P2QA 1E82E 5P12A 5P6EA 1C6ZA 4OBHA 5AGZA 4KE0A 5P1DA 5OZ4A 5AH7A 4DQHA 1T6EX 4NJSA 4AZYA 5OZ5A 5P7FA 3OU3A 3PHVA 5P0CA 2P3BA 3NDUA 3GI5A 4B72A 5P0WA 4DVFA 5AH6A 5P2DA 5P8KA 5P6NA 3BVBA 3QBFA 5P58A 5KAOA 5P3QA 4Y44A 2ZGAA 1GNMA 1HWRA 4Y57A 3PRSA 3I7EA 3KM4A 4J0PA 3LIQA 1HPVA 1APVE 5I3XA 4J1EA 5P74A 4EJKA 5P02A 2HIZA 2JYSA 3OTSA 3U71A 5SXNA 5P2HA 1FFFC 5P1AA 5P3RA 5P6UA 3FNUA 2RKFA 1OEXA 3OOTA 1LS5A 3WZ7A 3EKPA 4H3GA 4RLDA 1B6PA 3DUYA 4I0FA 2PH8A 4JECA 5P53A 1M0BA 2FIVA 2G20A 5P75A 5P6PA 5P1BA 4R8YA 1T7JA 2VNMA 3R1GB 3D3TA 5P1KA 2B60A 3L58A 3I25A 3KN0A 2P3BB 5DR4A 4OBKA 3UHLA 4YD6A 2Q55A 3EMYA 3BHEA 5KR2A 4JPCA 4GJ8A 3DV5A 3FNTA 2B42A 5P6TA 5P4KA 5HD0A 1UPJA 1QBTA 4RROA 4L1AA 5P4TA 3PI0A 3DCKA 1Q9PA 5P48A 2HB4A 5P36A 5P7XA 5P5BA 2BKTA 3KFSA 4H1EA 4APEA 1K6TA 2HS2A 3OGQA 5BWYA 5P0AA 3VV7A 3N3IA 3QVIA 1YX9A 3O9CA 3OXCA 5P54A 3VCMA 3ZL7A 5P2NA 3PMYA 5P78A 4Y3DA 5OZYA 3O9BA 3APPA 4B0QA 3GGXA 4CPQA 2BPVA 5P19A 4JP9A 4K9HA 2I4XA 1PSOE 3SLZA 5P8PA 4Y3FA 4GMIA 1T3RA 2G27A 5P3EA 4EJ8A 5SY3A 2OHQA 3LNKA 1APWE 4EP3A 4H3FA 1GNOA 5P4HA 4I0IA 4PZWA 5FIVA 3G6ZA 5P7HA 3U7SA 5P89A 4A6BA 2ZDZA 2A4FA 9HVPA 2ZJJA 1SP5A 1FMXA 3ZPUA 5P24A 3L5EA 2P83A 5P8AA 4J5JA 1PPME 3TKWA 1C70A 4RVIA 3SA7A 5C9BA 1TSUA 1W5YA 2BQVA 5P0FA 2ANLA 2VKMA 4GJ6A 4Y3AA 5P09A 4CPWA 1ODWA 3EL9A 5P3TA 2WEBA 1FQ7A 4Y3PA 4RZ1A 5COPA 3BGBA 3CICA 2QI5A 1SDTA 3RVIA 2F81A 4Z50A 4BFBA 3TL9A 1GVXA 5P50A 4J17A 2Q64A 1RQ9A 1AAQA 1WKRA 5P0SA 1W51A 4R93A 2I4QA 1HVIA 1ZLFA 4J1HA 2PWCA 5OZPA 1APTE 5JODA 1MEUA 1MTRA 1IZDA 1TQFA 3TH9A 4FE6A 5P40A 3PVKA 5KOSA 3VLBA 3S2OA 3GI4A 2R8NA 5P84A 4GB2A 2R3WA 5P5AA 3KDBA 5P5CA 4YA8A 4Y3LA 2NR6A 5I3WA 2QMPA 2G26A 4GJ5A 3SPKA 1K6VA 5P31A 5HCTA 5P39A 5P6ZA 1EAGA 5P86A 5KQFA 3U6AA 3OOZA 2FGUA 5P6IA 5P0HA 5OZMA 1FQ5A 5P8RA 1IZHA 3VEUA 5P83A 3MXDA 3IXOA 3UDMA 5P5TA 2ER6E 1PROA 3PGIA 4FL8A 4ZIPA 4OBGA 3TLHA 3UDYA 1HOSA 2WJOA 3QRVA 2PSGA 5P1GA 3ER5E 5P5HA 4Y45A 4D88A 1PSAA 3L5BA 1ZPAA 5P7AA 4EYRA 2G1RA 5P2GA 2HM1A 3GGVA 4Y36A 1PFZA 3NDXA 2XFIA 2G1SA 4R91A 2I4VA 3EBZA 5P17A 3KYRA 4AMTA 5P62A 7HVPA 4CPSA 4EPJA 5P4OA 3VF3A 4EXGA 3CKTA 3PBDA 5ISJA 4J0YA 5P0OA 3QP0A 3TPPA 1FG6C 1QBUA 2UXZA 3S7LA 4YHQA 5P4QA 1DPJA 2QP8A 3L3AA 1DW6C 5DQ5A 1ME6A 3OUBA 4I1CA 5P1TA 4UPJA 4DQGA 2AVSA 3ZKMA 3MSLA 5P3MA 2B8VA 1EC0A 1FB7A 1B5FB 2ZHTA 3INDA 4LP9A 1VIJA 5P0PA 1HVSA 4DQFA 1HHPA 1K1TA 2WF4A 4BEKA 5P63A 4YD5A 2FNTA 1QBRA 4PHVA 2F3KA 5P4DA 1W5XA 2ZJNA 4YBFA 3HD8A 4Y9WA 1HPOA 3SO9A 3QRMA 2IRZA 3I8WA 3IA9A 3LHGA 4AA9A 4RYGA 5HDZA 1D4YA 1AVFA 1BVGA 4Y39A 5P7EA 2OHMA 5P26A 4Y41A 5HE7A 4EJDA 3Q4BA 4AA8A 5CONA 2AVQA 5P4RA 5P2JA 5P7JA 2P8HA 1D4SA 5P1RA 5F01A 1FQXA 4J55A 5P7UA 1ENTE 3H0BA 4FSLA 2OHPA 2VIZA 5OZEA 4CP7A 4XX3A 4NJTA 3UDRA 2AOFA 3IN4A 5P44A 3B7VA 5P7LA 3FKTA 1NPAA 5P04A 4JPEA 1A8KA 3Q5HA 4RVJA 2V10C 3ZLQA 1W6HA 5P5LA 5P4LA 5IVSA 5P41A 3HBOA 2NMYA 4GJ9A 2ZJLA 1KZKA 4Q1WA 2MIPA 5P47A 4DJWA 1AZ5A 5OZKA 2VJ6A 5P27A 4DJOA 3OADA 4Y5AA 1BAIA 5P2EA 2P3DA 4OBJA 5ER1E 2AOJA 2IL2A 5P1ZA 4TVGA 2IQGA 1ODYA 5HE4A 4J0ZA 4EWOA 5AHCA 5P8FA 1IZIA 2XFKA 3EM3A 4Y47A 5HTZA 1EEDP 3EKTA 4FRKA 3CKRA 4Y5KA 5P0VA 3PWMA 3K4VA 5P0LA 3EKQA 1XN2A 4Y3TA 1QS8A 4L7JA 3RTMA 3EM4A 5P6OA 5P1NA 3UDHA 4RVXA 5OZJA 1ODXA 3PCWA 5P4VA 1ZP8A 2G24A 5P1CA 5P1PA 4ER1E 1Z1RA 4OBDA 1C6XA 3QS1A 1ZJ7A 5KOQA 3OQ7A 1MRXA 1LYAA 2PK5A 5P03A 3OADB 5KR8A 1EPPE 4YOBA 2QZXA 5P76A 5P0MA 3O9HA 3ZPTA 4M8XA 4Y4ZA 3CYXA 2V16C 5P46A 3ZKNA 2ZHSA 1HVRA 4Z2ZA 3VV6A 4Y3GA 1NSOA 4K4RA 1A9MA 3EL4A 2FNSA 3UTLA 4ZSQA 4Y3RA 2P3AA 4B70A 2XYFA 5P2YA 2H6TA 1F34A 4F74A 5P6AA 5P08A 5P3BA 2PYNA 5P11A 3VLAA 5DPZA 1F7AA 5P3PA 3S54A 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3F9Q A;  1G6L A;  4Y38 A;  1E80 E;  2QI3 A;  5OYS A;  3PWW A;  4CKU A;  1MT8 A;  5OZU A;  4DH6 A;  4YE3 A;  5JFU A;  5P7I A;  3OUD A;  2QHZ A;  4MC9 A;  3SFC A;  1BDR A;  5P0G A;  3TNE A;  2QD8 A;  3QVC A;  1ZSF A;  5P52 A;  3FNS A;  5P38 A;  5P6M A;  4J1K A;  3TPL A;  1EPM E;  4B1C A;  4D8C A;  3CID A;  3VSW A;  3BXS A;  3NUJ A;  2OHU A;  2HB3 A;  3BRA A;  2F3E A;  5OZV A;  1XL5 A;  4MC2 A;  1BV7 A;  5P1L A;  4WTU A;  1FEJ C;  5P4G A;  1FMU A;  3TOF A;  4CMS A;  5DGU A;  3VF5 A;  1MSN A;  5P4C A;  1FQ6 A;  3EL0 A;  5P0X A;  3TOH A;  1TZS A;  3VYD A;  2OHS A;  4Y3X A;  1T7I A;  4ZLS A;  5P56 A;  2NTR A;  5OZ9 A;  4Y58 A;  3LIZ A;  1FGC C;  3EXO A;  2ZJM A;  4EQJ A;  5DR7 A;  2IKO A;  3QAA A;  1RPI A;  1QBS A;  3PM4 A;  1TCW A;  1WBK A;  4L7G A;  1MES A;  3OUD B;  4DJP A;  2F3F A;  2UY0 A;  4I12 A;  3AID A;  1Z8C A;  5P0B A;  3PLD A;  5P8D A;  5P0E A;  3M9F A;  8HVP A;  3QIH A;  4CPT A;  5P61 A;  1W5V A;  5OZT A;  4Y4D A;  5OZX A;  3ZMG A;  3NU3 A;  3FV3 A;  2G1N A;  5IS4 A;  3AUP A;  5P35 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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