2VL2C

Oxidized and reduced forms of human peroxiredoxin 5
Total Genus 41
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
41
sequence length
161
structure length
161
Chain Sequence
APIKVGDAIPAVEVFEGEPGNKVNLAELFKGKKGVLFGVPGAFTPGCSKTHLPGFVEQAEALKAKGVQVVACLSVNDAFVTGEWGRAHKAEGKVRLLADPTGAFGKETDLLLDDSLVSIFGNRRLKRFSMVVQDGIVKALNVEPDGTGLTCSLAPNIISQL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title The Crystal Structures of Oxidized Forms of Human Peroxiredoxin 5 with an Intramolecular Disulfide Bond Confirm the Proposed Enzymatic Mechanism for Atypical 2-Cys Peroxiredoxins.
pubmed doi rcsb
molecule tags Oxidoreductase
source organism Homo sapiens
molecule keywords PEROXIREDOXIN-5
total genus 41
structure length 161
sequence length 161
ec nomenclature ec 1.11.1.15: Peroxiredoxin.
pdb deposition date 2008-01-08

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
C PF08534 Redoxin Redoxin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.30.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Glutaredoxin Glutaredoxin 2vl2C00
1F37A 2GZPA 2AV4A 1FG4A 1G0TA 3MAKA 1LBKA 2HFDA 4HEA2 1GUMA 1K3LA 4KDYA 2FCHA 1F3AA 3QDNA 4WXTA 4OCFA 4IP1A 4F03A 1B48A 2I9HA 2IPAA 2H73A 2GZZA 2JZTA 1M2BA 3KTBA 4DSRA 3IOSA 3C1RA 3N5OA 4DEJA 1OC9B 3HDCA 1K0BA 1B8XA 2RUEA 1SK0A 3FZ4A 3UMAA 8GSSA 1F6MC 2H6YA 4I2UA 3QOUA 1NM3A 12GSA 2RM6A 3ZFBA 3DKSA 1EGOA 4TXOB 3G7JA 1GSYA 1GSQA 3Q18A 4OFNA 5HR2A 1M9AA 1ZL9A 4XTSA 5AISA 2HZEB 1RW1A 2B5YA 4OCEA 2JL4A 4ECBA 3ZVJA 3FRCA 2Z9SA 1SL2B 2HSHA 4JZQA 4J57E 4V1Ag 2N5FA 5D9WA 3ZIVA 1YZXA 4KX4A 4HZ4A 1XFLA 1VRSD 2KP2A 3QPMA 3TKSC 3MDKA 3NZNA 4TN8A 2NDOA 5IO0A 2FWEA 2C0GA 1X5EA 1FB0A 4EXJA 1YF0A 1SYRA 1G7OA 2WDUA 1YQ1A 5C04A 1SD8A 5COHA 3ZVJD 1OC9A 5B8AA 1Q98A 1PSQA 5HFGA 2PBJA 2B1KA 3WGEA 2DBCA 2FUG2 3GL3A 2CZ3A 3GX8A 1TI3A 4AF2A 5IMFA 2V1MA 2OJLA 3IRAA 4RQXA 4TXOA 1XVQA 1Z7RA 1O7UA 3QFBC 2E0QA 4TXVA 4ACSA 5IQYA 4F9ZA 3DD3A 3EU3A 3PINA 3HJOA 1WP0A 4NPBA 2B7KA 2WJUA 1GNWA 1QGVA 2VLUA 2PVOC 1A2JA 4ZB9A 2CX4A 4NAXA 4MPGA 1EV4A 4ECIA 4MF5A 1RK4A 2IMDA 2VCVA 1B9XC 4I2TA 2ZNMA 1YF1A 4O5RA 1G6WA 2LUSA 1T8EB 5AIXA 5KN2A 2L6DA 1ERTA 4DSSB 1GLQA 1ERVA 3EMXA 3HZ8A 3UBLA 1GNEA 3F4RA 5ECMB 2FNOA 4HU7A 2LV3A 1M0UA 5ABRA 3ZLPA 3UIWA 3H8QA 4KSMA 1G6YA 2LRTA 4XS4B 2YV9A 2LKUA 4ZBDA 2M46A 2GTUA 4YQMA 2O89A 4OD7A 1EEMA 1A0RP 4BVXA 1WPIA 4CW9A 3L0HA 3VI7A 2JZSA 1S3CA 5HR1A 3MNGA 5DAKB 2B7JA 2B3SA 1BQ7A 3VLNA 5JWQB 2H1AA 2ZCTA 4NWYA 1XWAA 1M2DA 2H72A 3CTFA 5KN3A 4WR4A 2DJKA 2FA8A 3VK9A 2K18A 4MLYA 1OVNA 1OKDA 2HNLA 3HCZA 1GRXA 3FYGA 4DSSA 1B4PA 1T4YA 4IW9A 1R26A 1GTAA 4BA7A 1OKTA 1Z6NA 2PPTA 3K8NA 4ZXGA 2DJ0A 5ELGA 3TJKA 4N0ZA 2DC5A 5IOWA 4POLA 1XWBA 2E7PA 2QKEA 3HVXA 1ZGNA 4BVYA 5AGYA 3FW2A 2I3YA 4XS4A 5DQSA 3ZIJA 4TR3A 1ST9A 2IL3A 2C0EA 5HQPA 4WBRD 2ON5A 4DSQA 2CX3A 2RIIA 5FHIA 1H75A 3WD6A 1BYEA 5G2ZA 1U6TA 6GSVA 1A8YA 1AAZA 1MDKA 4IGJA 1M9BA 2OE1A 2H70A 2A4VA 3FR9A 1T00A 5DAKA 4CHSA 4PNFA 3CYNA 4RI7A 5GZZB 1GLPA 4POKA 2FA4A 4IQ1A 1DBYA 2KUCA 4TR4A 1T3BA 4QQ7A 2P5RA 5G5EA 2REMA 4KNDA 1SENA 1GULA 2H1DA 3KH9A 17GSA 2YANA 4N10A 1J9BA 1NW2A 2V2GA 3DWVA 3KD0A 4YQUA 1PX6A 4K8MA 4XS6A 4MJCA 2VIMA 3L78A 2LS5A 2YWNA 1UN2A 2GSSA 1K0DA 3G7YA 4V2NA 1U3IA 5ENUA 2IN3A 4LLRA 1GSUA 1ABAA 2BJXA 1GSDA 3HD5A 4IS0A 4LL1B 2MYGA 4ZBAA 2VOCA 2G0FA 1Z6MA 1AUCA 4HI7A 14GSA 4OFMA 1X0RA 4J56E 3F4SA 2CAIA 2PN8A 1TKDB 1S3AA 3OR5A 4O92A 2K8SA 18GSA 1F3BA 1DE2A 3KJYA 4I97A 3WYWA 1XZOA 3IBHA 3U6VA 1QMVA 4MF6A 1FAAA 3GFKA 1EZKA 3EMPA 1O81A 1GSEA 1M2AA 4F0BA 2GSRA 5H5RA 1GL8A 2LJAA 2R4VA 5F05A 4PGTA 3W8JA 2R3XA 2DJ2A 3ERFA 3F8UA 9GSSA 4IJ3A 4Z7XA 2H6XA 3LSZA 3H93A 3TKSA 5CNWA 1ML6A 4K0NA 2B6MA 2V32A 2QSIA 4D73B 1GUHA 2YOIA 5EY6A 5DJLA 1EOGA 3GSSA 2I1UA 2M80A 6GSYA 1I9DA 1U87A 3I9V2 4ZIJA 5J41A 5ECRB 4KH7A 1X9SB 1MD4A 3D4TA 1JLVA 4POBA 2V6OA 1RQMA 1YDKA 1A2MA 1T7PB 1YY7A 2JADA 4FH8A 1J08A 4XS1A 5ECIB 3ISOA 4EDYA 6GSXA 1U88A 2CVKA 3G9BA 5G30A 3ERGA 4F2IA 2KOKA 1EP8A 3Q6OA 1WMJA 3J7Yb 3GTUB 1R7HA 1PL2A 3US3A 2LQQA 3KMNA 3VI5A 3DYRA 3W6GA 1VF3A 5EVOA 2LSTA 10GSA 4TR0A 1FVJA 2P5QA 1C72A 22GSA 3KP8A 3F3QA 4L5OA 2F8AA 4GWRA 3HJPA 3FZAA 4D73A 3GKMA 4GCIA 2IMKA 2P31A 4EUYA 5IMDA 1JZOA 2VM1A 4QL9A 4K6XA 2CVBA 3A5WA 2R5GA 1V98A 1SJZA 1B9YC 3TCOA 4JR6A 5JCGA 1AW9A 1V2AA 2RUFA 4P3YB 3IPZA 1TI1A 3QFAC 2B5XA 1XCCA 1YEPA 1TP9A 2AUVA 3TKPA 3M0FA 3CMIA 3D5JA 1HNAA 3C7MA 5J9CA 2WB9A 1MD3A 4L0WA 3N9JA 1IYHA 3GTUA 1ZYQB 1SKSB 3UVHA 4Q5FA 2H75A 3SWLA 5ECLB 2YWMA 1I5GA 2ON7A 3D6IA 3L9VA 2F9SA 3KMOA 1IYIA 2MMNA 1HNBA 1AQXA 4RI6A 2NTOA 2OA7A 5CRDA 1TK0B 1QQ2A 3IV4A 3FY7A 3RAZA 5JCWA 1YKCA 3F4TA 2VLVA 3GMFA 4GF0A 3EU4A 5A4WA 4N11A 4WR5A 3ZREA 5IPHA 4Q5QA 3TJJA 2H19A 2LJRA 5GAPD 2MBSA 4KAEA 5D96A 3GL5A 5IPGA 2TIRA 1HNCA 3QMXA 4QL7A 2WZ9A 1OC8A 3TOUA 1M7TA 1GSFA 5J9BA 4GQFA 1V9WA 2C0FA 1QUWA 5F07A 1ACVA 3F6DA 3P7XA 1AXDA 3RPPA 4KUNA 2EIRA 2JACA 3RBTA 1NHOA 1M99A 3QAGA 2XPDA 2VL3A 4PUAA 2YN1A 3M9JA 4HU9A 4OFTA 2O85A 1TU8A 3C8EA 1K3OA 3DMLA 2V41A 3E3EA 3IHQA 4PXOA 4OO4A 2LRNA 3E9JB 2HZEA 2VM2A 2X64A 5AN1A 2JSZA 3I43A 1XWKA 5GSTA 3APQA 4JBBA 3GN3A 1ILOA 3QAWA 1PX7A 4RQRA 4XCSA 1XOBA 3QCPA 3LWAA 1TRVA 3RHBA 5B6MA 4YH2A 4LMWA 2VD1A 1N2AA 4IQAA 3D4MA 3LJRA 3KXOA 5HFKA 1GTIA 3VWVA 2I81A 1A8LA 5DALB 3P90A 5G1LA 5CREA 3F63A 1Q4JA 1SJ6A 3ED3A 4MZBA 1EWXA 2C3TA 2MMAA 3L4NA 2R6KA 3DVWA 2OE3A 4KDXA 2VCZA 1TU7A 2E2MA 1GTUA 11GSA 3I69A 1XWCA 1TK8B 2PWJA 4IVFA 2VL9A 3LGCA 4L8EA 4I6XA 2M72A 3UEMA 2CQ9A 4E8EA 2LTKA 1TRUA 4GSSA 1GTBA 3KH7A 4MMMA 3VWXA 4NMUA 4F0CA 2ES7A 2RM5A 4O32A 4HOJA 1KTEA 1PN9A 2YZHA 4RUVA 1SJIA 3J7Yk 5J4UA 3AY8A 2LRCA 1Y25A 2K6VA 1WWJA 3G7IA 4JEDA 5KN1A 2IFQB 5DBQA 3ME7A 2VL2C 3UL3A 5DALA 2F8FA 2OBKA 1MDJA 4AJ7A 1ZMAA 4N30A 4K7IA 1PD21 3P2AA 5H5SA 2DJ3A 4OWYA 2GT6A 3ZMLA 4NV2A 2YJHA 4HQSA 5A5KA 2HRNA 5F06A 3BBYA 3ZZXA 3DXBA 4AGSA 4L0UA 2NPBA 2P0GA 1MTCA 3A2XA 2LEGA 2PVQA 3HXSA 4MCUA 3MSZA 1FW1A 2DSAA 2CV4A 5KN0A 1FOVA 1OE8A 4HZ2A 4KGIA 4MP4A 3ZTLA 4MJAA 4PX1A 4PURA 5B7CA 1O6JA 4GRFA 1GSSA 4FO5A 2AYTA 5ECOB 3H1NA 5CP1A 3DRNA 1DUGA 3CXGA 2CVDA 2H30A 5JWRB 4KW6A 2N5BA 4CDOA 2IFQA 1TDIA 4YAPA 1A24A 1XWGA 4EF0A 3VWUA 5B8BA 2I4AA 2WGRA 4WF4A 4X1UA 2KP1A 2LQOA 1X5DA 2HYXA 5HFIA 2IJYA 2K9FA 3GA4A 2YP6A 4G10A 3TGZA 2GQMA 1O85A 4ECJA 3UJ1A 2H0GA 1T4ZA 4EKZA 5CAXA 2L6CA 3TJFA 7GSSA 3UAPA 4BWSA 2X8GA 4X43A 1U3AA 4K1FA 3TRQA 5D9XA 4KCAA 2N5AA 2L59A 4IKHA 3HY2A 3APSA 1YJ6A 3LQ7A 2HI7A 3A3TA 5IMAA 3GIXA 1JZRA 3TJGA 1E2YA 1WRYA 1NSWA 1BEDA 5G5FA 1QK8A 4FYCA 2CT6A 3GRXA 2WS2A 4JR4A 3LXZA 2R2JA 3E0UA 2K8VA 2AAWA 1BG5A 3PR8A 4EC0A 1PL1A 5CO3A 4ULXA 2FWFA 3M3MA 4GSTA 4PQHA 3IR4A 3KGKA 4K0GA 1WE0A 3LFLA 4KCEA 2VCWA 1F9MA 1SYXA 2IIYA 5IMVA 3LG6A 1GH2A 1XVWA 4X0XA 2WFCA 5B6NA 1EEJA 2H1BA 2O87A 3M9KA 1SKRB 4XRDA 1CQGA 4GTUA 1AQVA 4WKWA 5DQYA 4EE0A 3FZ9A 2QC7A 5D93A 2H6ZA 5ECHB 3UVTA 1FB6A 1ON4A 3DVXA 1GP1A 3LXTA 2GSTA 4PQ1A 1AIUA 1YKAA 1SK1A 4ML6A 4IELA 2JSYA 5GSSA 4EDZA 1W4VA 1O8XA 3IE3A 3PH9A 4ISDA 4ML1A 2ALBA 3V1WA 2DIYA 5C00A 1S3DA 3LORA 3RPNA 4V2MA 2EIOA 1N8JA 2GQKA 2L4QA 3TKSE 1THXA 4TRXA 3ZITA 2DJJA 20GSA 1XOAA 5D9VA 1A23A 1K0CA 5J3RA 3M1GA 4EVMA 5CYYA 3IAS2 4WEYA 4LMVA 5ID2B 3IK7A 2J23A 4PUFC 4ZL8A 4G19A 2OBIA 1R5AA 2GSQA 4XRAA 3WGXA 1ZYEA 3WT2A 4KA0A 5H5QA 4MABA 1R4WA 5E59A 2HZFA 3EC3A 2YJ7A 2GLRA 1Z9HA 5FWGA 3TUEA 2H74A 1UC7A 4YQVA 3DGQA 4H86A 1TTZA 3GYKA 5IIZA 5FT3A 3HVVA 1XPVA 2VCTA 4GLTA 2VCQA 4GQCA 1SL1B 3C71A 3I6AA 2FWGA 3LYPA 1V40A 4IHUA 1LU4A 4I8BA 4MDCA 1KBNA 2NVLA 2H8LA 2LJKA 2OADA 2LNSA 4MZCA 3UARA 3VWWA 1EP7A 3MWHA 3KZQA 4E8HA 4ZBBA 4LL4B 2EC4A 3GKKA 1NHYA 1PGTA 3CRUA 3QR6A 5A4UA 3HYPA 5ID2A 1BX9A 3KP9A 5DDLA 4TOPA 4N0VA 2IWTA 1QXHA 2YNXA 1B4QA 5E4WA 3SBCA 4MH2A 3KTLA 2VUPA 3APOA 1A0FA 3EVIA 1K0OA 3UBKA 1HYUA 2VL2A 2BMXA 2YPMA 4G9HA 4K7OA 3LEFA 4AJ8A 1R5PA 5D73A 4V2LA 1VF4A 2GQLA 5G31A 4EL1A 1WIKA 2PGTA 5CRWA 4IJIA 4ILFA 1JZWA 2XC2A 3TDGA 4FYUA 3A2WA 3L9SA 5ECSA 3BOAA 2C4JA 3GKXA 4HUAA 2XHFA 4GXZA 4MJEA 2VCXA 3TRXA 3RHCA 2JZRA 4F82A 2O7KA 2GGTA 4IN0A 5HR0A 3KCMA 3HJMA 3F9UA 3IXRA 3ZYWA 1LJRA 1AQWA 1OAZA 5A4VA 3LYKA 2B5EA 4JRRA 4BPYA 2TRCP 4ZILA 3H4KA 3IDVA 2MZCA 2H0HA 1MDIA 4ZB8A 1QFNA 3EYTA 3GH9A 2WULA 2HXKA 2FHEA 1K0NA 2CA8A 4V1Ap 5ECQB 5HR3A 3F3RA 3EINA 3ME8A 1K0AA 3FZ5A 2VD0A 5LNKe 4MZWA 3D22A 2XBIA 2A2RA 4IP6A 3FK8A 4G2EA 3FHKA 2CAQA 4OO5A 4BWQA 1EV9A 5CRHA 3CBUA 3BCKA 2R37A 3CRTA 4HS1A 1EOHA 1UVZA 3O6TA 4PQIA 3QAVA 2AB6A 1JLWA 4L5LA 2GZYA 3GKNA 3HVSA 1X5CA 2FY6A 3TOTA 4NHWA 1K3YA 2L4CA 2DIZA 2X8HA 4MA9A 2F51A 3ZL5A 1GUKA 2OKAA 1DE1A 1Z3EA 3CSIA 4BL7A 3DEXA 4WF5A 1V57A 3O3TA 2CZ2A 2FGXA 4MPFA 2L5LA 1E6BA 2H76A 3BJ5A 1PA3A 2C80A 2HSYA 3H79A 19GSA 1ZZYA 5GAND 1YEXA 2X8CA 2OACA 1XXUA 2ZUPA 1UA5A 2H1GA 1KEBA 1SKWB 2H66A 3FR6A 1O8WA 5EPFA 1ZCPA 4ZL7A 1SK2A 4I5QA 2HRFA 1SD9A 1JHBA 1PQNA 4O7HA 2GVPA 1VF1A 2MMOA 4IBPA 4K9ZA 2VAFA 6GSSA 5EL8A 2F3MA 2FLSA 2HT9A 2O8VB 2RLIA 6GSTA 2WCIA 2YWOA 3P8WA 4NXIA 5AIVA 3EWLA 3GHAA 3IA1A 2KLXA 2IMEA 3CTGA 3ZFLA 2QGVA 3VPQA 3D21A 1MEKA 5ECPB 1TJDA 3KM6A 3GUSA 2YZUA 1Z5YE 3FKFA 3BCIA 1ERUA 5DVBA 1DSBA 1XW6A 6GSWA 5ECKB 1GWCA 1TRSA 5IO2A 2J9HA 3GSTA 1THOA 1TW9A 5IMCA 3HA9A 2KHPA 1XW5A 3NOFA 5JCUA 2WRTA 1V58A 1SL0B 1TOFA 3O76A 3ERWA 5D8IA 1PKZA 4TR1B 3PGTA 1Y6EA 5F8BA 1CQHA 2HLSA 5IM9A 4HDEA 4FIWA 1O73A 4TW5A 1T1VA 3S9FA 3RDWA 1BAYA 3Q74A 4Q5NA 4XHMA 2MBTA 2NBSA 4AJ6A 2L57A 5CRGA 2C8UA 2PUKC 2E2GA 2EIQA 5IOXA 3IAM2 1FO5A 2PMTA 5DJMA 3NIVA 1HQOA 1WOUA 2MMZA 1ZOFA 2HE3A 3R2QA 2PERA 1XIYA 3GH6A 4HJ2A 4FYBA 3FR3A 2FWHA 4LA1A 1J0FA 4KE3A 1H4OA 4ZL9A 2VLTA 1HD2A 2X99A 3UOMA 1OC3A 3TRPA 3GX0A 1G7EA 2IMFA 2VO4A 4OMVA 1PKWA 2YWIA 1FHEA 3KIJA 3JCML 3A2VA 1TK5B 3GV1A 1ERWA 1X9MB 3CSJA 2B1LA 2XPEA 4TR1A 3M8NA 3EURA 4K2DA 5ECNB 5IMZA 1XW9A 2FD3A 1EGRA 3TB2A 3GURA 1FVKA 3HZ4A 5LD0A 2DMMA 3QD9A 1VF2A 2C3NA 4WBJA 1F2EA 5LCZA 2H0IA 2YCDA 3IK9A 1TRWA 3WGDA 3D0ZA 4NV5A 2D2ZA 4JU5A 2AJQB 1SU9A 1X9WB 3EE2A 1K0MA 3IC4A 3TKQA 4DVCA 2DMLA 2IMIA 5D9TA 4MK3A 5DCGA 4YAVA 2PU9C 13GSA 5JWOB 16GSA 3KEBA 4MH3A 6GSUA 5J5NA 2BTOT 4XIHA 4TVEA 3U5RE 3HHVA 3TKRA 4GSNA 1JZDA 2TRXA 4Q5RA 2OE0A 2C1YA 2C0DA 5INYA 1URMA 1OE7A 3FEUA 3C1SA 2L5OA 3HKRA 2LNTA 1W89A 3DIEA 1TXXA 4MJBA 2C3QA 2GT5A 5DCHA 4K7NA 3VFIA 2V6KA 4ZB6A 5G1KA 1USBA 2G2QA 4TKYA 4WETA 1AC1A 1BJXA 4J2FA 3TJBA 4ID0A 4POMA 3WT1A 1OYJA 4MF7A 4KSOA 3F0IA 2H01A 3C73A 4HJMA 5L71A 3VURA 2JU5A 2GS3A 1PRXA 4KB3A 4PNGA 1JFUA 1A2LA 5F0GA 2A2SA 1XBSA 4KDUA 2DLXA 3W8SA 5KEJA 1PMTA 3CSHA 4NHZA 2AHEA 2DJ1A 3GNJA 4JE1A 3VPTA 1Z7PA 1WJKA 3BD2A 3L9UA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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