2VL3A

Oxidized and reduced forms of human peroxiredoxin 5
Total Genus 49
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
49
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
SAPIKVGDAIPAVEVFEGEPGNKVNLAELFKGKKGVLFGVPGAFTPGCSKTHLPGFVEQAEALKAKGVQVVACLSVNDAFVTGEWGRAHKAEGKVRLLADPTGAFGKETDLLLDDSLVSIFGNRRLKRFSMVVQDGIVKALNVEPDGTGLTCSLAPNIISQL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Oxidoreductase
molecule keywords PEROXIREDOXIN-5
publication title The Crystal Structures of Oxidized Forms of Human Peroxiredoxin 5 with an Intramolecular Disulfide Bond Confirm the Proposed Enzymatic Mechanism for Atypical 2-Cys Peroxiredoxins.
pubmed doi rcsb
source organism Homo sapiens
total genus 49
structure length 162
sequence length 162
chains with identical sequence B, C
ec nomenclature ec 1.11.1.15: Peroxiredoxin.
pdb deposition date 2008-01-08

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF08534 Redoxin Redoxin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.30.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Glutaredoxin Glutaredoxin 2vl3A00
3ME7A 2B5YA 1SL1B 5H5QA 1SJ6A 1OE8A 2CX4A 1XFLA 3KGKA 3IDVA 2WJUA 1R4WA 4IJIA 2H1AA 4GWRA 1Y25A 3GTUA 4OO5A 3KTLA 4K7NA 4LMWA 2FWGA 4ISDA 2GQLA 3IK7A 4MJAA 3F6FA 3DKSA 3IXRA 4MF6A 18GSA 3HVVA 4Q5FA 1A8LA 3VFIA 3DYRA 3HD5A 4AJ6A 4JR6A 1ST9A 4KAEA 5IPHA 1M2BA 3EC3A 4WKWA 1FAAA 1YDKA 5KN1A 2F8AA 1FVKA 3QMXA 4GXZA 2XPDA 2LQQA 3TKSC 3E9JB 3F63A 3TOTA 4GTUA 4L5LA 1A8YA 2BJXA 4K6XA 3KJYA 5KN2A 3IRAA 3NOFA 3ZIJA 3Q74A 2H0HA 1K3LA 2YWMA 3APQA 2H71A 2IMKA 5ABRA 5LNKe 2YCDA 4WF4A 3ZREA 3OR5A 5IMFA 4PURA 1PL1A 5ECSA 5IMAA 1JLWA 4HU7A 2E0QA 5CYYA 1QQ2A 1MD3A 3CSIA 4IN0A 1VRSD 4EDZA 1TDIA 1PRXA 2ALBA 2DJ0A 3FR9A 4OCEA 2JADA 5ECRB 4HQSA 1CQHA 2WGRA 2JZRA 3LXZA 2MZCA 1XPVA 1V2AA 1X5EA 4MH3A 3TJFA 2WZ9A 2IFQA 4GLTA 3VWVA 1U3IA 1H75A 4RUVA 1N2AA 1Z5YE 3D6IA 4TXOB 4N30A 3MDKA 2H19A 1HNCA 3J7Yk 4RI6A 4XCSA 4IVFA 3FYGA 1XVQA 4OFTA 5ECHB 3EMPA 3W8JA 3IHQA 4IW9A 3GIXA 2EIRA 2QC7A 1SKSB 5ID2A 3RHCA 2HNLA 2KHPA 2F3MA 4MP4A 4XIHA 3BD2A 4N0VA 2GSQA 3LORA 2DJ1A 2VUPA 2OA7A 5AIXA 5ECQB 1UVZA 3A2XA 1RQMA 4K0GA 5DAKB 4NHWA 2H73A 1FB0A 2GSTA 4IP6A 3W8SA 2DBCA 4AJ7A 2HZEB 4KDUA 1WPIA 2YWIA 5JCWA 1M9AA 3PGTA 4F9ZA 1T1VA 2GT6A 4GQFA 3D5JA 1MD4A 3U5RE 2HRNA 5G31A 2C3TA 3L0HA 1PA3A 3WT2A 2H1GA 1JLVA 2LNSA 3F4RA 1G7OA 3I9V2 2H6XA 1QFNA 2C80A 1ERWA 2QGVA 3VPTA 3F0IA 3TRQA 4ZIJA 3WGDA 2AUVA 2JACA 1XOAA 3KMNA 3HDCA 1USBA 3EVIA 2XPEA 1K3OA 3HVXA 4OD7A 5H5RA 1TK5B 17GSA 1OC9B 4PXOA 1GLPA 5IMCA 2L4CA 2C0DA 3I6AA 3FZ4A 2VM2A 1GSQA 2VCQA 3IV4A 2LSTA 4TOPA 2MMAA 3VPQA 1YJ6A 1LBKA 2EIOA 1EWXA 2VL9A 3ZVJA 4HZ2A 11GSA 3L9VA 3ZTLA 4BWQA 3GYKA 3FW2A 3C8EA 1TU7A 4TKYA 1V58A 1XWKA 1M7TA 4IGJA 1W89A 1KTEA 3IK9A 1HQOA 3P2AA 2HT9A 5EPFA 2M80A 4PQ1A 3IPZA 1GWCA 2GZPA 2IN3A 1AUCA 4JEDA 4PQHA 4L0WA 1GNWA 4FYBA 4OFMA 1GSYA 1VGLA 2YANA 3QAVA 5ECMB 1O8XA 2L5OA 3GX0A 4ILFA 1YY7A 2GSRA 3TKPA 2IL3A 3UOMA 1Z9HA 1G7EA 1SJZA 2EIQA 5GAPD 3RPPA 1AIUA 1YEXA 4XHMA 1TK8B 4LA1A 1T4YA 2VCZA 3EYTA 2LEGA 4JR4A 4YQMA 4LLRA 4O7HA 3DXBA 2RLIA 1FVJA 4PGTA 4LL4B 5J5NA 1WP0A 1MDJA 3P8WA 4TR3A 2L59A 3IAS2 4DSSB 1U6TA 1T3BA 3FZ9A 2NBSA 5A4WA 1AC1A 3WD6A 5JWQB 3ME8A 5HFGA 3ZIVA 5EL8A 5F05A 2P5QA 4V1Ag 3ZFLA 3Q18A 3RPNA 1K0OA 13GSA 2CA8A 4OCFA 3G7IA 2MBTA 4POKA 3ERGA 1JHBA 2H72A 2I3YA 1BYEA 3GFKA 5IPGA 5D9WA 3H93A 3UBKA 3FKFA 5ECNB 2L6CA 4POMA 2DJ3A 2A2RA 2KP2A 2H0GA 1A0RP 2TRCP 2L57A 2GQKA 2I1UA 2LJKA 4ULXA 1AAZA 2C1YA 4WBJA 2OE3A 5IM9A 2AYTA 1XBSA 3ZRDA 5J41A 1MDKA 4FO5A 3M1GA 3Q19A 1I9DA 2YPMA 3DRNA 2KP1A 1TI3A 3HA9A 2F9SA 1AXDA 1SYRA 4TR4A 5FWGA 1QUWA 4MZWA 3GX8A 3PH9A 2P5RA 3ED3A 5ECIB 1K3YA 3CTGA 2I4AA 3HJPA 3TRPA 4CDOA 3JCML 2WULA 5IO0A 4GSSA 4AF2A 3EINA 2LRNA 4KCEA 4J57E 1TOFA 3QAWA 3TJKA 4MA9A 2PU9C 1PSQA 2DIZA 5DJLA 2VCWA 3EURA 1LU4A 1GSFA 5ECLB 6GSYA 1M0UA 3ZLPA 2TRXA 2GDRA 2E2GA 4WF5A 4PX1A 4G9HA 2IMIA 3CRUA 3P90A 4YQUA 2ZUPA 3ZMKA 1V98A 1K0MA 1QXHA 2YV7A 4MLYA 3KD0A 3A2WA 2LTKA 2H6ZA 4EF0A 5CRGA 1A0FA 2H66A 3WYWA 4EUYA 2J9HA 2X8HA 2GLRA 1ERUA 4ID0A 3QPMA 3MSZA 5D96A 4MCUA 1GSSA 3TCOA 2XBQA 4TR0A 1X5CA 3P7XA 2YZHA 2QKEA 4G19A 1ZGNA 2RUFA 4ECCA 2PMTA 4I97A 4HQZA 3M8NA 4ZBAA 4V2NA 5B8AA 1PX7A 5AGYA 5G2ZA 4MJEA 1OVNA 5CAXA 2PN8A 3QOUA 4KUNA 5IMZA 2WCIA 5A5KA 3GHAA 2R6KA 4GQCA 2ZNMA 3TJGA 5HR2A 16GSA 1GUMA 2H8LA 1QK8A 2LJRA 9GSSA 3GKKA 3VK9A 1T8EB 4CHSA 5JCUA 4EC0A 4OFNA 2AAWA 3I43A 1J0FA 3QFBC 1DUGA 4TN8A 3DMLA 4EE0A 2VM1A 1ZYQB 3ERWA 1PX6A 4ZXGA 1EGOA 1THXA 3UIWA 4CW9A 1GP1A 1AQWA 1GH2A 2V1MA 4KSOA 1URMA 1YEPA 2MYGA 4ZILA 4N0ZA 5F8BA 2YN1A 4X43A 1XOBA 2X99A 4JZQA 3ERFA 3VWUA 2BTOT 1PKWA 1SK2A 4BVXA 5HFIA 4NHZA 2FHEA 2DMMA 3NZNA 1AW9A 1M9BA 1WJKA 2YV9A 2HRFA 3F3RA 3SWLA 4L8EA 2K6VA 2NDOA 4AJ8A 1FOVA 1GSEA 2DIYA 2FWEA 8GSSA 3KZQA 1ZOFA 4F0BA 4X1UA 1TP9A 3MWHA 3CRTA 1A2JA 1XW9A 2O85A 2DC5A 2PBJA 3BCIA 4ECJA 5J4UA 1Y6EA 2OE0A 3QAGA 2C8UA 1KEBA 1B8XA 1SJIA 3EMXA 5B7CA 4NMUA 1LJRA 1R7HA 1SK1A 3APSA 4RI7A 4KDXA 2Z9SA 5CNWA 4F03A 4KCAA 2I81A 4I5QA 1Q98A 3LGCA 1RK4A 2H1DA 1DSBA 1EOHA 5F0GA 1B9XC 1IYHA 3DGQA 2NVLA 2HI7A 4NXIA 1XVWA 2MMZA 4GRFA 5JWRB 2YWOA 3PR8A 1GTBA 1SK0A 5D9VA 2G2QA 1BG5A 2YWNA 5D93A 2YZUA 3TRXA 1TRVA 2P0GA 4TRXA 3O6TA 1ON4A 2HYXA 3SBCA 1KBNA 4MJBA 4TXOA 2LNTA 1NW2A 2GVPA 4HEA2 2L6DA 3LYKA 3FRCA 3D21A 4EXJA 1MEKA 6GSVA 2B5XA 3VURA 2GZZA 1OC8A 3MAKA 2OBKA 2PGTA 3LG6A 2GTUA 3GSSA 1GSUA 2FGXA 4FIWA 4IKHA 4N10A 3K8NA 2CX3A 4JRRA 3M3MA 1HD2A 3H8QA 1O8WA 4HI7A 4BPYA 1U3AA 3LXTA 4NPBA 3GV1A 5AISA 2XHFA 4Q5QA 4PNFA 2F8FA 2WFCA 3M9JA 5DAKA 2DJ2A 1V9WA 1JZRA 3R2QA 3H1NA 3UEMA 4I2TA 4FYUA 5G5EA 1UA5A 5G30A 4P3YB 2AB6A 4KB3A 1EP8A 1X9WB 1K0BA 1PN9A 1WE0A 4IHUA 2M72A 4XS4B 1F9MA 2R37A 4K2DA 5DALB 2KOKA 4DVCA 2TIRA 4O5RA 2JSYA 2VCTA 2YJHA 2FY6A 3RBTA 4IJ3A 5ECPB 6GSWA 3O76A 5KN3A 2VO4A 4K7OA 4ZL7A 3KMOA 3S9FA 3A5WA 2O87A 1RW1A 2YNXA 4XTSA 2CVKA 4GCIA 4GF0A 4DSRA 2X64A 3TJJA 2JZSA 1OC9A 2LRCA 2LJAA 2B7KA 4EVMA 3O3TA 2VAFA 1XW5A 1W4VA 3N9JA 4TVEA 3M0FA 3F9UA 4IP1A 1SENA 5J3RA 2PUKC 2LUSA 1GUKA 4G2EA 3CMIA 3VWWA 1WIKA 2YJ7A 3FZAA 5DJMA 3HY2A 3IBHA 3C1SA 2FWHA 2PERA 4QQ7A 1R5PA 3VI5A 5ELGA 3E3EA 5IMDA 5IMVA 2O8VB 3LSZA 1NHOA 1A24A 2AV4A 3GUSA 1ZMAA 3KCMA 3VI7A 3U6VA 3CTFA 2LKUA 2VLVA 1A2LA 3BJ5A 4KGIA 1EOGA 4ML1A 4AGSA 3QCPA 1SKWB 2C0EA 5CRDA 3L9UA 5ELAA 5GZZB 1J08A 3F3QA 3TOUA 3HJMA 5D73A 3W6GA 4J2FA 1O6JA 2OADA 3HKRA 4IBPA 2X8CA 1G0TA 3BBYA 4TR1A 5HR3A 5FHIA 1UC7A 4ZBBA 3GL3A 1ILOA 1XW6A 2HSHA 2IMDA 1O81A 3A2VA 4N11A 1TKDB 4MJCA 1O73A 5A4UA 5B6NA 1T00A 2N5AA 3D4MA 4F82A 3QD9A 7GSSA 4F0CA 2CAIA 1TU8A 5DCHA 1YKAA 2V32A 2VD0A 2H30A 4XS6A 2FLSA 2YP6A 2V2GA 2K8VA 3HZ8A 3ZZXA 4XRAA 3VLNA 4J56E 1ZL9A 4QL9A 2H0IA 1B48A 3PINA 1PGTA 2K9FA 3DIEA 2PPTA 1ML6A 3UMAA 1K0NA 1I5GA 4BWSA 3KP8A 2OACA 2VCVA 4XRDA 6GSSA 3F4SA 4WR4A 3FK8A 2DSAA 2LQOA 4WBRD 2B3SA 1TW9A 4WR5A 3DWVA 3C73A 1XWCA 4MZBA 4EL1A 1M2AA 2LS5A 3ZL5A 2X8GA 1B9YC 4DEJA 3CBUA 6GSTA 2B1KA 3LQ7A 1TI1A 1EV9A 3L4NA 4WEYA 4E8EA 2R5GA 1YKCA 4PNGA 3F6DA 2R2JA 5E59A 1FW1A 4D73A 1QMVA 1NSWA 2CT6A 2VD1A 3TB2A 2A2SA 4V1Ap 1XWBA 4PUAA 5F06A 1ZYEA 3AY8A 4L0UA 1K0AA 2PVOC 5DQSA 1HNBA 1XCCA 5J9BA 2K18A 1WOUA 2FD3A 1ERTA 4KW6A 3GTUB 1ACVA 4BA7A 2M46A 2O7KA 3H4KA 4I6XA 2YOIA 2V6KA 1V40A 1TJDA 5G5FA 5D8IA 4GSNA 3EU3A 2HSYA 1GULA 4YQVA 1O7UA 2B1LA 1U87A 2VLUA 4RQXA 1S3CA 3F8UA 1R5AA 1H4OA 5DCGA 3TJBA 4PUFC 3UJ1A 2NPBA 4OWYA 2B7JA 1K0DA 3QFAC 4JBBA 19GSA 1PKZA 1E2YA 5GAND 1BJXA 2A4VA 1OYJA 4NAXA 4Q5RA 2GGTA 3UBLA 4K1FA 1DE1A 3G9BA 5G1KA 4POLA 4ZL9A 5IO2A 1OAZA 4YAVA 3WT1A 5IOXA 1YQ1A 2K8SA 1FO5A 1GRXA 5L71A 4K0NA 4G10A 4ZB6A 1E6BA 3BOAA 3F4TA 4ZB9A 4O92A 4GSTA 1M99A 3E0UA 3GKMA 1TRWA 3LEFA 1NHYA 2CVDA 5CREA 1B4QA 3GSTA 5D9XA 1Z7PA 1BAYA 1HYUA 4O32A 2IFQB 4WXTA 2VIMA 3M9KA 1FHEA 5EY6A 3ZITA 1GNEA 1F37A 1AQXA 3D4TA 4DSQA 2WS2A 3RDWA 2HXKA 2KUCA 4HS1A 3D22A 3KXOA 1XXUA 2C0FA 5D9TA 2C4JA 4LMVA 5B6MA 2AJQB 1SYXA 3QDNA 2RM5A 2B5EA 1VF4A 1WMJA 1TTZA 3WGXA 2E2MA 2DLXA 1ZZYA 1XIYA 3KH9A 1JFUA 3RHBA 5ID2B 3CXGA 5COHA 3IC4A 2CAQA 4ACSA 2VL2C 4ECIA 2OBIA 4FYCA 1ERVA 3UL3A 4MK3A 1A2MA 2H1BA 3D0ZA 4MPGA 2ES7A 3UVTA 3KH7A 4K7IA 3GURA 2GZYA 2JZTA 5ECKB 3TKQA 2MMOA 5HR0A 3CSJA 4TXVA 3C7MA 20GSA 1G6WA 4HJ2A 3TUEA 3HXSA 2I9HA 3GNJA 5CRWA 2REMA 4MF5A 3IOSA 1YF0A 3US3A 2IJYA 5G1LA 2XBIA 1EZKA 1EGRA 1EEMA 3QR6A 1C72A 3KP9A 4OMVA 1GTAA 1O85A 4KA0A 1K0CA 5J9CA 2RUEA 1SD8A 2FWFA 4EKZA 1JZWA 5DBQA 1CQGA 1FG4A 2H74A 2L4QA 2DJJA 1XWGA 2LV3A 4Z7XA 2XC2A 1BX9A 3VWXA 4MPFA 4OO4A 3TGZA 5DDLA 10GSA 3FR3A 1SD9A 1WRYA 3EU4A 1YF1A 2B6MA 2GS3A 1GUHA 4Q5NA 4WETA 1WWJA 3GH6A 3ZMLA 1BQ7A 1Q4JA 2IMEA 1SL0B 2E7PA 3LFLA 2WDUA 5IQYA 4HUAA 5AIVA 4NWYA 5CO3A 4HZ4A 2WRTA 4EDYA 1EP7A 4KDYA 3MNGA 1M2DA 3GMFA 4JU5A 3V1WA 3HJOA 2KLXA 2CVBA 3IR4A 3G7YA 4HJMA 3I69A 5CRHA 3UVHA 3FY7A 3RAZA 3TKRA 5H5SA 2HZEA 3DEXA 2RM6A 4KX4A 5CP1A 2PVQA 3N5OA 5ECOB 4LL1B 1KNGA 6GSUA 5GSTA 1G6YA 1GTUA 1T4ZA 4MABA 1GL8A 5DVBA 2H01A 4F2IA 3LJRA 2FA8A 2ZCTA 5FT3A 2O89A 4YH2A 1AQVA 2DJKA 5GSSA 2C0GA 3GKXA 2IMFA 5HR1A 1SL2B 1BEDA 2DMLA 4L5OA 2CQ9A 2LRTA 4BL7A 1QGVA 2C3QA 2H70A 1MTCA 3FR6A 1F3AA 3CYNA 3FHKA 4BVYA 2GQMA 1VF1A 2FNOA 5E4WA 5AN1A 1VF3A 3APOA 3KIJA 3TKSE 4V2LA 3LYPA 3LWAA 1GTIA 2FA4A 1X0RA 3HYPA 3TDGA 1UN2A 2JSZA 2EC4A 5ENUA 4PQIA 3KTBA 1J9BA 1U88A 4XS4A 5DALA 5IIZA 1Z6NA 4ZBDA 3HHVA 1THOA 2G0FA 3DVXA 4NV2A 4I8BA 2JL4A 2JU5A 4ML6A 1OKDA 1F2EA 3ZFBA 3DVWA 4KSMA 4TR1B 4NV5A 3TKSA 3WGEA 14GSA 1PD21 2R4VA 1HNAA 1OKTA 2OE1A 4HU9A 3UARA 4JE1A 1OE7A 4RQRA 3DD3A 4MDCA 3Q6OA 5EVOA 5IOWA 4E8HA 5C04A 4IQ1A 1JZDA 1A23A 2F51A 1PL2A 2PWJA 3H79A 4KE3A 5A4VA 1Z3EA 4XS1A 1X5DA 4ECBA 2VL2A 1ZCPA 1T7PB 4YAPA 1GSDA 3GKNA 1YZXA 1S3AA 4KH7A 2QSIA 2HFDA 3KEBA 5B8BA 22GSA 3HZ4A 2OJLA 2P31A 2AHEA 4K9ZA 1X9MB 2V6OA 3IE3A 3UAPA 3HVSA 1EV4A 2HE3A 4HDEA 3C71A 5HQPA 4I2UA 4DSSA 1SU9A 3A3TA 3GN3A 2IPAA 1TXXA 3L9SA 5KEJA 1EEJA 2H76A 3NIVA 3EE2A 3ISOA 4IELA 4V2MA 2HLSA 3BCKA 3C1RA 3J7Yb 1F3BA 6GSXA 4D73B 3L78A 1TRUA 4KNDA 2IIYA 1S3DA 4EO3A 3IAM2 2GT5A 2MBSA 2WB9A 2GSSA 4MZCA 1MDIA 1GLQA 3CSHA 1DE2A 2J23A 2VL3A 3ZYWA 2H6YA 2CZ3A 2N5FA 4IS0A 1XZOA 3ZVJD 2FCHA 4IQAA 5LCZA 1VF2A 4MF7A 2BMXA 4H86A 2CV4A 2IWTA 2NTOA 2V41A 3EWLA 4POBA 1X9SB 2ON7A 4MMMA 2FUG2 5LD0A 3FEUA 3GRXA 5DQYA 1F6MC 2N5BA 1DBYA 1ABAA 2H75A 2VOCA 2L5LA 2C3NA 1TK0B 4QL7A 1NM3A 4ZL8A 1IYIA 1XWAA 5HFKA 5JCGA 4HOJA 3GA4A 1B4PA 3GL5A 5JWOB 2RIIA 2VCXA 1R26A 4FH8A 1Z6MA 2ON5A 2R3XA 2OKAA 1FB6A 2VLTA 4MH2A 2MMNA 3HCZA 4K8MA 1V57A 3GH9A 3IA1A 2CZ2A 2HZFA 5INYA 2D2ZA 5F07A 1SKRB 4X0XA 1PQNA 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#similar chains, but unknotted
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#similar chains in the pdb database (?% sequence similarity)
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