2VL3A

Oxidized and reduced forms of human peroxiredoxin 5
Total Genus 49
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
49
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
SAPIKVGDAIPAVEVFEGEPGNKVNLAELFKGKKGVLFGVPGAFTPGCSKTHLPGFVEQAEALKAKGVQVVACLSVNDAFVTGEWGRAHKAEGKVRLLADPTGAFGKETDLLLDDSLVSIFGNRRLKRFSMVVQDGIVKALNVEPDGTGLTCSLAPNIISQL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title The Crystal Structures of Oxidized Forms of Human Peroxiredoxin 5 with an Intramolecular Disulfide Bond Confirm the Proposed Enzymatic Mechanism for Atypical 2-Cys Peroxiredoxins.
pubmed doi rcsb
molecule keywords PEROXIREDOXIN-5
source organism Homo sapiens
molecule tags Oxidoreductase
total genus 49
structure length 162
sequence length 162
chains with identical sequence B, C
ec nomenclature ec 1.11.1.15: Peroxiredoxin.
pdb deposition date 2008-01-08

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF08534 Redoxin Redoxin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.30.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Glutaredoxin Glutaredoxin 2vl3A00
4ID0A 4WBRD 4AJ8A 5IOXA 4MJCA 1PKZA 2VO4A 3LJRA 2X99A 3TKSE 1YF0A 3ISOA 3RHBA 2JZRA 5D9WA 1GTBA 1QK8A 2EIRA 4EDYA 2Z9SA 2H6ZA 2V6KA 3LSZA 3IDVA 4JBBA 3HJOA 3KXOA 3CMIA 22GSA 4F0BA 1NW2A 4HEA2 2CAQA 2H72A 2IFQB 2IMIA 2C3NA 2FA8A 3A2XA 1ERTA 3D4MA 2PVQA 1TU7A 3GIXA 3UL3A 4ILFA 1X5DA 2VUPA 4V1Ap 3IPZA 2E2MA 1H75A 3TDGA 5INYA 5G5FA 3VWXA 4ZILA 3DVWA 2VM2A 3VWVA 2WULA 1V9WA 2LNSA 4OCEA 5IMAA 3IK7A 3IV4A 4HS1A 2H1BA 3E3EA 4PQIA 4ZB6A 3M0FA 3L9VA 4WEYA 2LEGA 2G0FA 1K0OA 1TW9A 2FUG2 1Z6MA 4FH8A 1FG4A 5EL8A 18GSA 3ZMKA 3EYTA 3QDNA 4V2MA 3MAKA 1Q4JA 1AXDA 5JCGA 2IN3A 2O89A 1G6WA 5FT3A 2X8CA 4GCIA 4KAEA 3GSSA 1ZGNA 3LORA 4LA1A 1SK2A 1U3IA 1SYXA 3KGKA 2XC2A 4NHZA 2NVLA 5AN1A 2P5RA 2JACA 4AJ7A 4J56E 2DJ2A 4XHMA 3L78A 3TKSA 2VIMA 3TKRA 2X64A 1J0FA 5IOWA 4MJEA 3W8JA 3NZNA 4WR4A 1M7TA 1GNEA 1ON4A 3HD5A 2C80A 4MZWA 4WF4A 1YEXA 3D4TA 4MMMA 3ZFLA 4ECCA 2RM6A 1G7OA 2F8FA 2L5OA 1ABAA 5B6NA 2HSYA 2AAWA 2H73A 3U5RE 5KN3A 4OO5A 3HCZA 4EF0A 1NM3A 2VAFA 4RUVA 1Y25A 4ZBDA 1T4YA 2I3YA 1UC7A 2ZCTA 2XBQA 2B3SA 1TP9A 5IIZA 4PQHA 4WETA 2YCDA 3DIEA 4GSTA 5CRWA 4POMA 2H71A 2F3MA 4MA9A 4PX1A 4GSNA 2JU5A 2K9FA 5DCHA 13GSA 2IMKA 3QFBC 3RPNA 1FVJA 3L0HA 3GL3A 5DAKA 1FO5A 2MMZA 3HVXA 2HI7A 2DJ0A 3GURA 9GSSA 1K3OA 3PINA 4DSRA 1MTCA 1TXXA 2E2GA 1HQOA 3IXRA 1URMA 4RI7A 4NWYA 3VWWA 4CHSA 2DJKA 4MP4A 3EVIA 4K9ZA 3LXTA 5ID2B 2KLXA 2C0GA 6GSWA 4I8BA 1U88A 3TOUA 1EOGA 2N5FA 4JZQA 4BVYA 2H1GA 2IIYA 3GYKA 2VCXA 3GHAA 2H70A 3QAWA 5CRDA 2N5AA 3DXBA 4POKA 1HNBA 1SYRA 4OFMA 3RAZA 2ALBA 4KX4A 1GRXA 4YH2A 4JEDA 3WGEA 4YQMA 4POBA 1XOAA 1QGVA 4NXIA 3IK9A 5ABRA 2FHEA 2ES7A 3BJ5A 5D96A 4PXOA 2LKUA 2C0DA 5DBQA 2B5XA 2C0FA 2IFQA 1AIUA 3KD0A 1X5CA 4TVEA 4V1Ag 3ME8A 1SJIA 4O92A 2YPMA 3QFAC 3UJ1A 2F51A 4KDXA 4QL7A 1PMTA 1W89A 4Q5FA 1EOHA 1JZRA 2QC7A 3UAPA 1A8LA 2VCQA 2YV9A 4YQVA 4GF0A 2MMNA 3ZIVA 3CYNA 2B7KA 4K7NA 2WGRA 3UOMA 2XBIA 1SENA 4YAVA 1HNAA 4OFNA 3HVVA 1G7EA 1KEBA 1BJXA 1YQ1A 1YKCA 4KDYA 1HD2A 1R26A 3MSZA 4TRXA 1Q98A 3C71A 4IP1A 3QCPA 2GSSA 1XCCA 3U6VA 4BWSA 3A2VA 3KM6A 2OKAA 4HU7A 3C7MA 3BOAA 3M9JA 4L5LA 1IYIA 3ZITA 3F6FA 2GSQA 2WZ9A 2WJUA 1O8XA 4N11A 2WFCA 2PVOC 4N0ZA 2OBKA 4MZBA 2N5BA 1WIKA 1V58A 2LQOA 3J7Yb 1XW6A 3HVSA 3HA9A 3K8NA 4JR6A 3ERWA 3UBLA 2IJYA 1GUHA 2YWOA 1M0UA 4G2EA 2KP1A 1ZL9A 1SL0B 2HRNA 5G2ZA 1AAZA 3PGTA 3F3RA 1Z3EA 2IWTA 4IN0A 3M8NA 2CVKA 4TXOB 1JZWA 4RQXA 3LG6A 5B8BA 1NHOA 4GWRA 2K8SA 3PR8A 4ZXGA 4EL1A 5B8AA 2TIRA 2GGTA 4J2FA 2L6DA 1GSYA 5CAXA 3TJGA 3ED3A 4P3YB 4Q5RA 4GLTA 3EWLA 1WJKA 1YJ6A 1DSBA 3FR3A 5A5KA 2FWGA 2GSRA 1GSDA 1M9BA 1I5GA 1RK4A 1XWBA 1ILOA 1Z9HA 3TRXA 4FYUA 4OMVA 5JWQB 1A0FA 1U87A 3H1NA 2PUKC 5G5EA 3GH6A 5ECPB 2MZCA 5KN2A 2I81A 3G7IA 4RQRA 4GSSA 4ZBAA 1PX7A 3H8QA 4KB3A 2DIZA 3TOTA 3UMAA 3L9SA 1KTEA 4H86A 2VD1A 4TR4A 3GH9A 3FZ5A 4F2IA 4JRRA 11GSA 2R2JA 20GSA 2YNXA 5ECHB 4CDOA 2R37A 1H4OA 2DJ1A 1B8XA 1SJZA 4MPGA 4DVCA 2HRFA 2K18A 1S3AA 5ENUA 3DRNA 4MPFA 1GULA 1T1VA 3I9V2 4KUNA 3EINA 1XOBA 3LWAA 4OO4A 3GL5A 4WXTA 4HQSA 1K3YA 3Q6OA 4ZL8A 1PKWA 3LYPA 4FYCA 3GX0A 4I2UA 1MDIA 1A2JA 3FY7A 2MMOA 1DE1A 1WP0A 2V2GA 5CREA 3HJPA 3LEFA 1OC8A 2V32A 2CQ9A 3KTBA 3HY2A 3DD3A 3DGQA 2NDOA 1AUCA 1TKDB 1R5AA 3FW2A 3WGDA 2FA4A 4ZIJA 5KN0A 3KJYA 4L0UA 4MH3A 3OR5A 3WT1A 1A24A 1DBYA 1XWKA 3ZFBA 1OC9B 4K7IA 2FWFA 1F6MC 1TDIA 6GSTA 1E6BA 2LQQA 2FY6A 2MYGA 1X5EA 1M9AA 5JWRB 3VK9A 1KNGA 1SKSB 3WGXA 4QQ7A 3RHCA 5IMZA 2YJHA 3H79A 4TW5A 2BMXA 4ZL9A 2YOIA 2VD0A 2H1AA 5F0GA 3RDWA 4MCUA 5ECQB 2KHPA 3D21A 1A2LA 2IMDA 3CXGA 5IO2A 3HDCA 1U3AA 1GSUA 1YDKA 1Z6NA 4FIWA 5E4WA 3F9UA 2XHFA 12GSA 1THOA 4KH7A 3KEBA 2HT9A 2YN1A 4L8EA 2WDUA 4K6XA 2FGXA 3FEUA 3EMXA 2LS5A 4NPBA 4EVMA 2QKEA 1M2DA 4XRDA 2DMMA 5J3RA 4HJMA 3GKXA 4L5OA 5DQYA 4PNFA 1I9DA 3ME7A 2WB9A 1YY7A 1GLQA 4TXOA 4MH2A 2VLVA 2R4VA 1O7UA 1SKWB 2XPEA 1OAZA 4ACSA 3KP9A 3GX8A 3NOFA 2KOKA 3F63A 3IA1A 3HZ4A 4ECBA 3D5JA 4LMVA 4Q5NA 1B4QA 1GSFA 14GSA 3QAGA 3QOUA 3US3A 2MBTA 2NBSA 2GDRA 3FYGA 5C04A 2J23A 4AJ6A 4HZ2A 2P5QA 1USBA 3QPMA 4BPYA 3S9FA 3CRUA 2O7KA 1TU8A 1GWCA 2VCWA 4K0GA 5GAPD 1XXUA 1B9XC 3QD9A 1PL2A 4I2TA 3GKKA 4EE0A 1YEPA 3IAS2 2CX4A 2QSIA 2VL2A 1XWAA 5F05A 3F3QA 4ZBBA 4MF5A 1ZMAA 4E8EA 3LGCA 4G9HA 3CSJA 2O87A 2GZZA 2H8LA 3P8WA 4ML1A 2HYXA 6GSVA 1TI3A 1O73A 2HZFA 3DVXA 5CP1A 3ZYWA 2JADA 4MDCA 1ERVA 4MF6A 4NAXA 2L6CA 1QFNA 2OADA 2LRCA 16GSA 2GLRA 4LL4B 2R3XA 2V6OA 4JR4A 3VI5A 4HDEA 2H0GA 2H01A 2TRXA 2ZUPA 2WCIA 1J9BA 4XTSA 2MMAA 5HR1A 5CRGA 1QQ2A 3W8SA 3KH7A 3EC3A 3QR6A 2K8VA 4IBPA 2KP2A 5C00A 3ZL5A 3EMPA 1JLVA 3GN3A 5A4UA 2J9HA 5AISA 4BWQA 4MLYA 2IL3A 4KNDA 3DEXA 3CRTA 2H76A 2AB6A 4BVXA 1G0TA 3Q18A 4TR1B 4PQ1A 2RIIA 2I1UA 3M1GA 3LXZA 5HFIA 2ON5A 1SL1B 5D93A 1O8WA 3TB2A 4MJAA 3G7YA 2AYTA 3F0IA 4IQAA 3H4KA 1PX6A 2I9HA 1MDJA 5IMFA 3TKQA 5D8IA 2JL4A 1X0RA 1OC9A 1OYJA 4F03A 3VFIA 1VF4A 3FHKA 4HU9A 3H93A 4PUFC 2YWMA 1ST9A 1TI1A 4XS1A 4OD7A 3EURA 1K0MA 1F3AA 2P0GA 4K8MA 3WD6A 1GUKA 3KTLA 3QMXA 4WF5A 2HXKA 2YJ7A 1UVZA 2PPTA 1VGLA 3M9KA 1TJDA 3KMOA 1WOUA 2ON7A 4ULXA 2C1YA 5HFKA 4PURA 3WYWA 3SBCA 5D9VA 3APQA 3VI7A 4TXVA 4XS4B 4X0XA 4EO3A 1HNCA 1PQNA 2IMEA 3GTUB 1XW5A 3TUEA 2NTOA 3MDKA 2FD3A 5H5SA 1PL1A 3DKSA 3O3TA 3TGZA 5JCUA 2LSTA 1M2BA 4K0NA 5ELAA 3DMLA 4BA7A 1QMVA 1VF2A 1EGOA 1W4VA 3FZ9A 3TKSC 4IGJA 1Z5YE 1TK8B 3EE2A 1O6JA 3IHQA 4IS0A 1YF1A 3HHVA 4ZB9A 2FCHA 4V2NA 3N9JA 4Z7XA 2DSAA 2WS2A 1GTIA 1PD21 4OCFA 2PU9C 1QUWA 1JLWA 4TR3A 1ZOFA 4IP6A 1OKDA 5D9XA 3ZLPA 5IM9A 5G1KA 1EV9A 1C72A 2C3TA 4EUYA 3HXSA 4KW6A 3P2AA 3DYRA 2DC5A 1OVNA 5AIVA 1GSSA 2V1MA 1MDKA 5ECKB 1ERWA 4KDUA 2IMFA 2VLUA 3EU4A 2AHEA 5ECSA 4HQZA 2VL2C 2OE0A 1G6YA 4TN8A 1BQ7A 2K6VA 4ECJA 3R2QA 5G1LA 3RPPA 4F82A 4DSQA 1PSQA 4KA0A 5LCZA 3FRCA 1EEJA 3APOA 2AV4A 3O76A 5F8BA 1F2EA 5LD0A 5B6MA 4JE1A 5J9BA 1TRSA 2DJ3A 2R6KA 2PMTA 2DJJA 1IYHA 3C73A 1AW9A 2JSYA 2AUVA 1OE8A 3ERGA 1UA5A 3A3TA 1TRUA 2EIQA 5ID2A 5IQYA 4OWYA 2C0EA 2KUCA 4O32A 2A2SA 6GSUA 3F4RA 1PGTA 5A4WA 2GT6A 2M72A 4MABA 4KCEA 2YV7A 2RUFA 2ZNMA 4NV5A 2H0HA 2O8VB 5AIXA 5J4UA 3ZVJD 3IOSA 2VCZA 3ZTLA 1UN2A 3I69A 1XBSA 1F37A 3JCML 1HYUA 2C8UA 1XWCA 1BG5A 2LJRA 1LBKA 5DALB 2I4AA 1TOFA 3AY8A 4LLRA 1T7PB 4YQUA 5EY6A 2L4QA 1ZYEA 3NIVA 2CV4A 1V2AA 3GUSA 4F9ZA 4IHUA 4HOJA 4HJ2A 1AC1A 3E0UA 3CTGA 17GSA 4IQ1A 1B4PA 2VL9A 2H6XA 3KMNA 2GSTA 4TOPA 1WMJA 4ECIA 2OE3A 1O85A 1MEKA 3P7XA 3WT2A 2JSZA 3LQ7A 1K0DA 3ZMLA 3BD2A 4O5RA 4F0CA 4TR0A 2AJQB 4G10A 3HZ8A 1K0CA 1N8JA 1K3LA 3BCKA 3CSHA 2B7JA 3TJBA 2OBIA 5IMDA 3BCIA 3V1WA 4DSSB 2RM5A 1SD8A 4XS4A 1JZDA 1Z7PA 3HYPA 1ZCPA 3GTUA 1FW1A 1THXA 5HR2A 2L5LA 2GZYA 6GSSA 2B5EA 3TJKA 3TJFA 5IPGA 2PGTA 2H75A 1E2YA 1OE7A 3CSIA 4BL7A 3KP8A 2NPBA 1M99A 2CZ3A 2R5GA 5J9CA 5ECRB 1XVWA 1BX9A 2GTUA 5HR0A 3I43A 4XIHA 1V40A 1SL2B 1WRYA 2MBSA 3W6GA 3TCOA 5G31A 3M3MA 3VLNA 3FR6A 3F4SA 1SJ6A 2VL3A 2GS3A 1MD4A 1N2AA 1GH2A 5DDLA 4EKZA 2A2RA 4IJIA 2WRTA 1Y6EA 3G7JA 3GSTA 4X1UA 4N10A 4Q5QA 1R7HA 1WWJA 4IJ3A 2EIOA 1MD3A 1GSQA 4MJBA 1VRSD 1XW9A 1Z7RA 5CYYA 4HZ4A 2CT6A 1T4ZA 2H30A 4ZL7A 5ECIB 1PA3A 3D22A 1T00A 3J7Yk 4E8HA 2CA8A 4ML6A 3TRQA 2F8AA 5CRHA 3FZ4A 4KSOA 5IMCA 3KCMA 2DMLA 2YZUA 1GTAA 1EEMA 3F4TA 4IW9A 2JZTA 3ZVJA 3L9UA 2X8GA 4ISDA 5KEJA 2HZEB 4K1FA 1A8YA 4KGIA 5FWGA 3APSA 5HFGA 2M46A 5L71A 3L4NA 2VLTA 4FO5A 3UEMA 2YWNA 1VF3A 3ZZXA 1FB6A 4I5QA 2OJLA 4J57E 4MF7A 1FHEA 1OC3A 1SD9A 3FR9A 4G19A 5EPFA 4NV2A 5ECLB 5AGYA 3UBKA 1BYEA 2X8HA 2E7PA 4NMUA 1AQXA 3D0ZA 5GSSA 4AF2A 2DIYA 3QAVA 1BEDA 2HNLA 4EDZA 8GSSA 3UVHA 1VF1A 3N5OA 1JFUA 3IE3A 2OACA 1A0RP 1XIYA 1S3DA 2JZSA 5J41A 5CO3A 4PNGA 2PN8A 4NHWA 1FOVA 2HSHA 2REMA 1AQVA 1PRXA 1EV4A 7GSSA 5HR3A 5DALA 1TK5B 3CTFA 4IELA 5F07A 1EZKA 5ECNB 3SWLA 4WKWA 2H0IA 2VCTA 4ZB8A 2DBCA 4GQFA 3BBYA 3C8EA 1U6TA 2QGVA 1WE0A 3VPTA 1KBNA 2LRNA 5J5NA 2HFDA 4GXZA 1O81A 2B1LA 4XCSA 2OE1A 1QXHA 1K0BA 4D73B 4HUAA 2FNOA 4O7HA 5GAND 4EXJA 1ZZYA 3FK8A 1RW1A 2M80A 2GVPA 3GMFA 3ERFA 2YP6A 4N30A 1ZYQB 1M2AA 2P31A 1EWXA 2CX3A 3GNJA 3EU3A 3MWHA 4OFTA 1SK1A 3TJJA 5JWOB 1TK0B 4LMWA 2EC4A 5H5RA 4DSSA 4AGSA 3VPQA 1TRWA 1ACVA 3ZRDA 4KSMA 1K0AA 4GRFA 1R4WA 2H19A 1FAAA 1LJRA 3KH9A 3TKPA 3C1SA 3HJMA 1S3CA 5CNWA 5COHA 5DJMA 1XWGA 3F8UA 1AQWA 4FYBA 4MK3A 1YZXA 3UVTA 1DE2A 1T3BA 4MZCA 2GQLA 2FWHA 3F6DA 2B1KA 2BJXA 4KCAA 1JZOA 2A4VA 3TRPA 4XRAA 1T8EB 1EP8A 3KZQA 2LTKA 2B5YA 2HLSA 4IVFA 2L57A 2FLSA 4RI6A 2VCVA 3GKNA 2PWJA 3KIJA 1ERUA 1BAYA 1RQMA 4V2LA 2C3QA 5HQPA 3MNGA 5DJLA 3G9BA 5ECOB 5GSTA 2IPAA 3D6IA 1TRVA 3Q74A 2F9SA 1GUMA 1SKRB 4K7OA 2VM1A 5DQSA 3A5WA 2CVDA 2CAIA 2L59A 2YANA 2LUSA 4QL9A 1B9YC 5F06A 3E9JB 2VOCA 1SU9A 2GQKA 2YZHA 4WBJA 5JCWA 1LU4A 4YAPA 1X9SB 2C4JA 1ML6A 2GQMA 2B6MA 3GA4A 4I97A 3C1RA 4XS6A 3GKMA 2HZEA 1XPVA 1CQHA 2OA7A 3GFKA 1XVQA 1X9MB 1NSWA 4HI7A 5IPHA 1GNWA 2RUEA 5G30A 4DEJA 5DCGA 1GP1A 2LV3A 3IC4A 3CBUA 5D9TA 5FHIA 2V41A 1GSEA 3IRAA 5IO0A 3FZAA 1JHBA 4JU5A 5DVBA 1F3BA 4PGTA 2LJKA 1J08A 3IAM2 6GSXA 2TRCP 1R5PA 2H66A 3IR4A 3VWUA 5E59A 4TKYA 3UARA 1GL8A 1EP7A 3LYKA 2G2QA 3PH9A 2PBJA 5ELGA 2LNTA 3I6AA 4GTUA 1EGRA 1B48A 4IKHA 4N0VA 2L4CA 1A23A 3GRXA 1SK0A 1PN9A 5B7CA 1WPIA 1DUGA 3HKRA 3DWVA 3VURA 4WR5A 3IBHA 2H74A 2H6YA 4EC0A 3FKFA 1XFLA 2CVBA 2BTOT 5GZZB 5D73A 2XPDA 1F9MA 19GSA 2DLXA 1V98A 6GSYA 3A2WA 4LL1B 4K2DA 4I6XA 2D2ZA 5LNKe 1A2MA 5IMVA 4X43A 4CW9A 1FB0A 4D73A 4L0WA 5DAKB 1X9WB 5KN1A 4TR1A 5A4VA 2O85A 10GSA 2LRTA 2CZ2A 3O6TA 4PUAA 2GZPA 2HE3A 5EVOA 2FWEA 3Q19A 5ECMB 2H1DA 3GV1A 5H5QA 1TTZA 3UIWA 1NHYA 2YWIA 3LFLA 2GT5A 1FVKA 3P90A 1K0NA 4KE3A 2LJAA 1OKTA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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