2VL9A

Oxidized form of human peroxiredoxin 5
Total Genus 23
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
23
sequence length
161
structure length
161
Chain Sequence
APIKVGDAIPAVEVFEGEPGNKVNLAELFKGKKGVLFGVPGAFTPGCSKTHLPGFVEQAEALKAKGVQVVASLSVNDAFVTGEWGRAHKAEGKVRLLADPTGAFGKETDLLLDDSLVSIFGNRRLKRFSMVVQDGIVKALNVEPDGTGLTCSLAPNIISQL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule keywords PEROXIREDOXIN-5
publication title The Crystal Structures of Oxidized Forms of Human Peroxiredoxin 5 with an Intramolecular Disulfide Bond Confirm the Proposed Enzymatic Mechanism for Atypical 2-Cys Peroxiredoxins.
pubmed doi rcsb
source organism Homo sapiens
molecule tags Oxidoreductase
total genus 23
structure length 161
sequence length 161
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature ec 1.11.1.15: Peroxiredoxin.
pdb deposition date 2008-01-11

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF08534 Redoxin Redoxin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.30.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Glutaredoxin Glutaredoxin 2vl9A00
4I5QA 4ECBA 2CVBA 2V41A 3E0UA 2DJ1A 1QXHA 5E59A 9GSSA 4BL7A 2GQLA 3VI5A 1K3LA 4AJ7A 2C4JA 3CSJA 4MK3A 4PQHA 3E9JB 4ZL9A 17GSA 5G1LA 2VL2A 1E2YA 5G30A 2P0GA 4E8EA 2M80A 2L4QA 4E8HA 3ZMKA 4MJEA 5DALA 4MF5A 4O32A 4NXIA 2HT9A 2VCVA 1NW2A 4PQ1A 4TXVA 2GGTA 3RAZA 1U3AA 4G19A 3F3RA 4AJ8A 4KX4A 4ZBBA 3GMFA 5IMCA 3VPTA 3FR3A 2HRFA 3C71A 2NVLA 1FAAA 4GF0A 1PKWA 4TKYA 3Q19A 3TUEA 3EMPA 1R26A 3UBKA 4Q5FA 1ERUA 1V40A 4TR0A 1W4VA 2LJKA 1PKZA 4K6XA 2IMDA 2OBKA 1EOHA 4HDEA 1R5PA 4K9ZA 6GSYA 2G2QA 2ALBA 1SKRB 5HFIA 2C8UA 2L6DA 4RQRA 1NHOA 2JU5A 5F07A 4TXOA 5B8BA 3F6DA 1T7PB 4ZB6A 2L4CA 1EP8A 4ID0A 3TKSA 1ZYEA 1FG4A 5FT3A 3BCKA 5G5EA 3ZMLA 3EYTA 3G7YA 4O5RA 1UVZA 2VLTA 2H1BA 4NV2A 2R37A 2KHPA 3WYWA 5DQYA 5LNKe 3C1RA 3HYPA 2H30A 2AV4A 1S3AA 2LUSA 1T3BA 5CREA 3ZVJA 2I9HA 1GSQA 1UC7A 2M46A 2JSZA 1M7TA 4MPGA 4P3YB 1O81A 4I6XA 4XS4B 2VAFA 4NV5A 5C04A 3RHCA 1BYEA 3HVXA 5J3RA 3A2XA 3HJOA 5LD0A 2F3MA 3VWUA 2WZ9A 1BQ7A 5GSTA 2B5EA 1O85A 2CVDA 6GSXA 3D4TA 3FHKA 2YN1A 3Q6OA 4K2DA 4I2UA 4WBJA 4K1FA 1PA3A 4HU9A 4PURA 5D9XA 4ZL8A 3EVIA 3HXSA 2QGVA 2HZEB 1YF0A 1SL0B 3M9KA 1GUMA 4K7IA 4Q5NA 3UARA 2H70A 1Z7PA 1EOGA 1AW9A 1UA5A 1SK0A 3EU4A 2BJXA 2ON5A 1OE8A 5DQSA 3O6TA 4POLA 2I81A 4POKA 5F05A 3H93A 1GTAA 2L5LA 1WOUA 4XIHA 3L9SA 5CP1A 1K3OA 4ZIJA 2FD3A 4F82A 4L0WA 1B9XC 4V1Ap 4OFMA 3RPPA 2JACA 2LV3A 1BJXA 3KMOA 2RLIA 4EE0A 1YKCA 2HSHA 5IO2A 1USBA 14GSA 2VL2C 2V32A 1U88A 2E7PA 3UBLA 4RI7A 1J0FA 3I43A 3BD2A 5ELGA 4HS1A 2DC5A 2AHEA 3DVWA 4KSOA 4XS1A 5DDLA 2FWEA 1KNGA 3GKKA 1XXUA 1TOFA 1VF1A 2IPAA 3FKFA 1GL8A 5INYA 3LORA 2MYGA 3ZL5A 3WT1A 5J4UA 3HD5A 1WP0A 3IAS2 3TKRA 1AC1A 2P5QA 3ED3A 3JCML 2ON7A 4BPYA 2IIYA 4POMA 4PQIA 4ULXA 4WR5A 3UVHA 2N5AA 1G0TA 5AN1A 4AJ6A 4J2FA 1AXDA 2K8SA 4OCFA 4I8BA 4IW9A 1X9SB 3TKSE 4KDXA 1A0FA 2C3TA 5EPFA 4YQVA 3UAPA 3IPZA 1A23A 1XW6A 2X8CA 2L57A 3TKSC 4WR4A 4L0UA 1GSUA 3KP8A 4XTSA 3GA4A 1URMA 1TU8A 2HFDA 3EC3A 5KN1A 2C0EA 3W6GA 2XHFA 2OE1A 3RHBA 3EURA 2XPDA 1A2JA 3K8NA 4IHUA 4N0VA 1XPVA 2C0GA 2FWFA 3GSTA 4PNFA 3DWVA 1M2AA 1WJKA 4DSSB 1Z6MA 5CNWA 4KNDA 3A2VA 2I1UA 4TN8A 1WRYA 2WJUA 2I4AA 3VURA 2MMAA 1TDIA 3O3TA 2DIYA 3IHQA 2O85A 1OC8A 2O89A 1B4PA 2C0DA 1SJZA 2HE3A 3GN3A 1XOAA 2MMOA 3RPNA 5ELAA 1Q4JA 1TRVA 2VD1A 5D8IA 1U87A 2IMIA 2WFCA 4YQMA 3D4MA 3LGCA 4ZB9A 2CVKA 2TRCP 4X43A 4KE3A 1O8XA 4POBA 5HFKA 4IN0A 1XOBA 4IKHA 4L5OA 1QFNA 4LMVA 4O7HA 2OADA 2DJKA 1BX9A 5ECKB 1KBNA 2F8AA 1Z6NA 3ZVJD 2PPTA 3TRQA 4AGSA 3Q18A 1SK2A 4EL1A 4XS4A 3ISOA 2C3QA 3FR9A 4KDYA 2MBTA 4HJ2A 4JBBA 1OE7A 3LWAA 3W8SA 3ZTLA 2DJ0A 3UMAA 3J7Yb 2V6OA 6GSSA 1GTIA 2HZEA 2AB6A 2H6XA 1MDIA 3ZIJA 3FZ5A 1TRWA 3L9VA 1J9BA 2FLSA 2NTOA 2I3YA 3D22A 5JWOB 1U3IA 3HHVA 4CW9A 1ON4A 3IOSA 1YEPA 3RBTA 1MD3A 2CZ3A 4K0NA 5D96A 3WT2A 3CXGA 1XWGA 2EIRA 2YV9A 4ML1A 1THOA 3WGEA 4HZ4A 1ML6A 4IVFA 4MZCA 5KN3A 4MJAA 1V58A 2YCDA 3DKSA 1I5GA 5A4UA 1MDJA 1O8WA 1EV4A 5AIVA 5ECLB 3VWVA 2B1LA 3I6AA 2H1GA 3IAM2 4X0XA 3GIXA 4OWYA 4MH2A 4XCSA 1SL2B 3CTGA 3DEXA 5H5SA 1ZYQB 2MBSA 2GQMA 2BMXA 1PGTA 3HVVA 4QL9A 3GHAA 1ERWA 4QQ7A 5AIXA 1TU7A 1OVNA 2A4VA 5B6NA 1PL1A 3C8EA 1HNAA 4IJ3A 5EY6A 5ENUA 1THXA 4TR1B 1PX6A 4KGIA 4WF5A 1B9YC 3LFLA 4ECJA 2REMA 1G7EA 4OFTA 4JR6A 1HD2A 2GTUA 4V1Ag 3MWHA 4ZXGA 2O8VB 4YAVA 2FCHA 1F3AA 2GT6A 3LJRA 3R2QA 2C0FA 2H1DA 1LJRA 3Q74A 2OA7A 1XZOA 5H5QA 2LQQA 2DBCA 1I9DA 2NDOA 1SYRA 5G1KA 2IWTA 4JE1A 4QL7A 1SD9A 4BA7A 2VL3A 3ME7A 1EP7A 1GSFA 2VLUA 2H75A 4MZWA 3UOMA 2LRTA 1QK8A 5HQPA 3KM6A 5J5NA 4F03A 5D9TA 2P31A 3VPQA 3ZYWA 2YV7A 3G9BA 3GH6A 4DSSA 1T4ZA 2LNSA 5IOWA 1GWCA 2LKUA 3NZNA 1QQ2A 4MP4A 4OMVA 1WPIA 1F9MA 2B7JA 10GSA 5KEJA 3VFIA 3ZFLA 2RM5A 2PBJA 3GYKA 1WIKA 1J08A 3C73A 2PMTA 3EWLA 4GCIA 2NPBA 2FNOA 3C1SA 2GLRA 3CMIA 1ZOFA 3F4SA 18GSA 4KH7A 2GSQA 2HI7A 1T1VA 7GSSA 1A8LA 2Z9SA 3KIJA 3FZAA 3F9UA 5AGYA 3N5OA 4K7OA 3PGTA 1M2BA 3QAWA 3M3MA 1HYUA 2K6VA 5CRDA 3CRTA 1XWCA 4ACSA 4WBRD 3N9JA 5GZZB 3APSA 3FZ9A 3EINA 5D9WA 5HR2A 4IQ1A 4KW6A 3IBHA 3QCPA 2H76A 1GUHA 2R6KA 1EGRA 4YQUA 1A2MA 1GUKA 1F2EA 2LRCA 2B1KA 1SD8A 3CYNA 4KUNA 4N10A 3KXOA 2V1MA 4DSQA 3GX0A 1GLPA 1HNCA 4PGTA 3KTLA 2IMFA 3TRPA 1MDKA 2L59A 2IFQB 3BJ5A 3A2WA 1OAZA 3MSZA 4KCEA 1EV9A 4GLTA 1KTEA 2H0IA 2GS3A 1XVQA 3UEMA 1XIYA 2O87A 1PSQA 5CYYA 1R5AA 1XWAA 4MF7A 1TJDA 3LYPA 2CX3A 5HFGA 4H86A 2PVQA 4KSMA 3KD0A 2HRNA 2DMLA 1PD21 1FOVA 2TIRA 2CT6A 1FVJA 1N2AA 5J41A 1JZRA 4JEDA 4LMWA 4KDUA 2GSRA 3LYKA 3DIEA 1SKWB 1ACVA 4ZBAA 2GZZA 4WEYA 4BWSA 2CX4A 4F2IA 4MJBA 6GSTA 1GSEA 3UL3A 1RW1A 4DEJA 3IE3A 4IJIA 2XPEA 2PU9C 4RI6A 4V2MA 1GTBA 5EL8A 1GSDA 3DD3A 3P90A 3LEFA 2KOKA 2H8LA 2JZRA 2DJ2A 2DMMA 5DAKB 3M9JA 3VI7A 4JR4A 2LSTA 2AJQB 1K0OA 3SWLA 3HJPA 2LJAA 1YKAA 2R3XA 3F3QA 3GX8A 2KUCA 3P8WA 3J7Yk 2HSYA 2GSSA 2VCZA 2A2RA 4TR1A 3KMNA 2XC2A 5LCZA 5JCWA 3ERFA 5D93A 3MDKA 4EC0A 5G2ZA 3F8UA 2LQOA 2CQ9A 4ZILA 1O6JA 1YY7A 2FWGA 2IMKA 1M99A 2LNTA 4NPBA 4GSNA 3IDVA 3E3EA 2IN3A 2ZUPA 3GL5A 6GSUA 2K9FA 1LU4A 3VK9A 3GKNA 2VCXA 1T4YA 5FWGA 1ZMAA 3HA9A 2QSIA 3MAKA 5KN2A 2ES7A 5CRWA 4F9ZA 2JZSA 4ECCA 2H6ZA 5DVBA 3HVSA 2CAQA 3O76A 1EGOA 3GKMA 1YF1A 3VWWA 1YJ6A 1RQMA 2H66A 1OYJA 3QAVA 3ZFBA 4EF0A 5ECRB 1GNEA 4XHMA 2HXKA 3F6FA 2PWJA 2PVOC 3APQA 2H72A 2MZCA 1SYXA 4HEA2 2N5BA 1DBYA 3D6IA 2LEGA 1SU9A 3OR5A 4KAEA 3P7XA 5F0GA 1A2LA 4ILFA 1JHBA 5IM9A 4BVXA 1Z9HA 1R7HA 2GQKA 5HR3A 2WB9A 4IGJA 2MMNA 4TXOB 2CA8A 1H4OA 5IPGA 1OKDA 4GSSA 4WXTA 1XWKA 2WULA 4K8MA 2B3SA 4J56E 3FEUA 1WWJA 4HZ2A 3M1GA 4G9HA 2H6YA 3F4RA 1N8JA 3TGZA 1O73A 3TJJA 3TOUA 2RUFA 3L4NA 4TW5A 4PUAA 3QD9A 4ML6A 1ST9A 3BCIA 3GH9A 3M8NA 1TW9A 2ZNMA 1VF3A 5DJMA 2YZUA 4EKZA 1FB0A 3PH9A 3HCZA 13GSA 5E4WA 4Q5QA 1PRXA 1X5EA 3GTUB 2C3NA 1X5CA 3H1NA 1BG5A 3DXBA 2E2MA 4IBPA 4IQAA 4TRXA 2IJYA 1XW5A 1YDKA 5DCHA 3TKPA 1O7UA 4RUVA 2YPMA 2IFQA 3QFAC 5DJLA 1EEMA 1K0AA 1G7OA 4GQFA 3VWXA 2FA4A 1TRUA 3GFKA 3U5RE 5B6MA 3LXZA 2WRTA 3FR6A 2CZ2A 4GSTA 5IMDA 5DBQA 2R4VA 5C00A 3H8QA 4MABA 2RUEA 5ECSA 5A5KA 2JL4A 4EO3A 4MLYA 4HOJA 2H71A 1F3BA 4LLRA 2XBIA 4XRDA 4GWRA 1WE0A 1GP1A 4GXZA 1K3YA 3I69A 2V2GA 3DYRA 4OO5A 3F0IA 3BBYA 4KB3A 3U6VA 3D21A 1XW9A 2GZYA 2AAWA 5IO0A 4MMMA 2H01A 1GULA 2H0GA 2K8VA 4GQCA 4D73B 4GTUA 4WKWA 1HNBA 1KEBA 2AUVA 3QPMA 2MMZA 3KH9A 3NIVA 1XCCA 5ECOB 3TKQA 3WD6A 1K0BA 4GRFA 4K7NA 5DAKA 3IRAA 4NHZA 3LXTA 1IYIA 1JZOA 5F8BA 4TOPA 4O92A 2VLVA 5HR0A 2KP1A 2F8FA 3H79A 2B5XA 4OCEA 3HKRA 1CQHA 3F4TA 2VIMA 1E6BA 1TI1A 4FYCA 5F06A 5FHIA 1A8YA 5B8AA 1M2DA 5DCGA 3QMXA 3NOFA 3LQ7A 4EXJA 2JADA 1XVWA 1H75A 5IMFA 4YAPA 2YJHA 1OC9B 5IPHA 1YZXA 2NBSA 3ZLPA 2H0HA 1V98A 2WCIA 4ECIA 1GLQA 2FUG2 1SK1A 3ME8A 4ZL7A 4Z7XA 2E2GA 2VM1A 2DJJA 1QUWA 3QFBC 3QR6A 3ZRDA 4NHWA 2R2JA 1G6YA 1EZKA 5ABRA 2FHEA 4Q5RA 5EVOA 4EDZA 5IMAA 4AF2A 2YNXA 2X8GA 2JZTA 4MPFA 3P2AA 2PN8A 1UN2A 1VGLA 3ZZXA 3I9V2 3GSSA 2L6CA 5D73A 1ABAA 1LBKA 3CSIA 3TJKA 2E0QA 4MJCA 1K0DA 1NHYA 1MD4A 1TTZA 5ECMB 4PXOA 2VL9A 3UJ1A 1ZGNA 2X99A 4TVEA 5IMZA 3GKXA 1PMTA 2EIQA 3DGQA 2GDRA 1VF2A 1ERTA 1NM3A 4XS6A 2OJLA 4CHSA 4NWYA 3ZREA 2IMEA 1TK5B 1TK8B 5G31A 2EC4A 3G7IA 1SENA 1GTUA 1GH2A 4EVMA 2R5GA 2H73A 2B6MA 1QGVA 1X0RA 4F0CA 3QDNA 3QAGA 4EUYA 4MH3A 2L5OA 3M0FA 3A3TA 4MA9A 5B7CA 1Z3EA 4IS0A 2WGRA 3TJGA 3CSHA 2GVPA 1R4WA 1T00A 3GTUA 2D2ZA 3ERGA 3KZQA 4N0ZA 1RK4A 5ECHB 2X8HA 2KP2A 3IC4A 1DE2A 2B5YA 2OE3A 1U6TA 4MDCA 1DUGA 2IL3A 4RQXA 3FYGA 3IV4A 4CDOA 1A24A 1JZDA 3D5JA 3LSZA 5IQYA 2FWHA 3L0HA 5JWQB 3US3A 1B48A 2TRXA 2YANA 1MTCA 1XFLA 4PX1A 3VLNA 3TJFA 1ZL9A 2VD0A 5A4VA 4K0GA 5GAPD 2A2SA 1T8EB 1W89A 2O7KA 2C80A 1AUCA 5CRHA 11GSA 5ECNB 1SL1B 4EDYA 5G5FA 4MF6A 1K0NA 5GAND 2JSYA 3TCOA 3W8JA 2YWIA 4FH8A 4V2LA 5ID2B 2VCQA 2LS5A 3A5WA 1MEKA 4KCAA 2RIIA 3EU3A 2VOCA 3WGDA 2OKAA 3DRNA 1HQOA 4ZBDA 16GSA 2H19A 1SJIA 1TRSA 4D73A 2CV4A 3HDCA 2VO4A 4N30A 1OKTA 4WF4A 2LRNA 2LJRA 1M9BA 4NAXA 1TXXA 1EWXA 4FYUA 3BOAA 5ECQB 5A4WA 1DE1A 2YJ7A 4MCUA 2HZFA 1YEXA 3RDWA 4L8EA 4DSRA 1X5DA 4V2NA 1VRSD 4OD7A 2PGTA 3FW2A 2OE0A 3ERWA 1WMJA 1EEJA 3APOA 1TI3A 3KEBA 2OBIA 4MZBA 6GSVA 2J9HA 4NMUA 4F0BA 2YWOA 3DMLA 4IP1A 4BWQA 4X1UA 4LL1B 3ZITA 1B8XA 1YQ1A 5DALB 1TP9A 5IOXA 1OC9A 3KH7A 5JCGA 4TR3A 1Z5YE 2YP6A 5IIZA 3IR4A 4OFNA 4BVYA 20GSA 2GT5A 5IMVA 2VUPA 2VM2A 1FB6A 2FY6A 3FK8A 3V1WA 4J57E 2PERA 1XBSA 2F9SA 2B7KA 1V57A 5H5RA 4HQZA 2K18A 3CRUA 2HNLA 1JZWA 4IP6A 3CBUA 3LG6A 8GSSA 3FY7A 1JLVA 1V9WA 4JRRA 3EE2A 2PUKC 3SBCA 3TJBA 1AQXA 1GRXA 2YWMA 1Q98A 5ECIB 4WETA 3UVTA 2F51A 1AQVA 2RM6A 1A0RP 2H74A 1Y6EA 3HY2A 2CAIA 2X64A 3KTBA 1BAYA 5CAXA 2DSAA 4HU7A 3UIWA 2V6KA 3EMXA 2GSTA 1AAZA 2DJ3A 1JFUA 1DSBA 3CTFA 4G10A 2DLXA 5CRGA 4L5LA 1AIUA 4FO5A 1Y25A 1AQWA 4PUFC 1S3CA 3GRXA 2P5RA 19GSA 4N11A 3PR8A 1GSYA 2WDUA 3AY8A 3QOUA 1IYHA 1ERVA 2YWNA 4G2EA 3KGKA 5AISA 3GL3A 1M0UA 2YZHA 3IK7A 1SJ6A 2FGXA 1F6MC 4IELA 1CQGA 4DVCA 2XBQA 5JWRB 1Z7RA 4I97A 2WS2A 2HYXA 4I2TA 1ILOA 1OC3A 2KLXA 1GSSA 4KA0A 1FO5A 3TOTA 3WGXA 4LL4B 2H1AA 3KJYA 1ZCPA 22GSA 3KCMA 5COHA 4ZB8A 3DVXA 4HQSA 3MNGA 1GNWA 3HZ4A 4JU5A 1PL2A 1SKSB 3F63A 1TK0B 3H4KA 1QMVA 3IA1A 2OACA 3D0ZA 2QKEA 12GSA 4XRAA 5ECPB 3HZ8A 1FW1A 1XWBA 2AYTA 3TB2A 1PN9A 1F37A 1JLWA 3G7JA 1NSWA 4TR4A 1X9MB 1PX7A 3IK9A 2DIZA 2QC7A 2VCWA 4OO4A 4YH2A 3PINA 2M72A 1S3DA 3L78A 3GURA 1X9WB 4HJMA 5KN0A 3GUSA 2N5FA 5CO3A 5J9CA 2J23A 3HJMA 5D9VA 3ZIVA 1K0CA 3GNJA 2C1YA 3FZ4A 3FRCA 4FIWA 5HR1A 2LTKA 2YOIA 5JCUA 3TDGA 5ID2A 2FA8A 1V2AA 3KP9A 2VCTA 3IXRA 1TKDB 1M9AA 4JZQA 1FHEA 1G6WA 1ZZYA 2G0FA 4ISDA 2GZPA 4LA1A 1B4QA 3TRXA 1FVKA 4PNGA 4HUAA 3L9UA 2BTOT 3C7MA 1BEDA 2EIOA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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