2VNMA

Human bace-1 in complex with 3-(1,1-dioxidotetrahydro-2h-1,2-thiazin- 2-yl)-5-(ethylamino)-n-((1s,2r)-2-hydroxy-1-(phenylmethyl)-3-(((3-(trifluoromethyl)phenyl)methyl)amino)propyl)benzamide
Total Genus 100
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
100
sequence length
385
structure length
374
Chain Sequence
EMVDNLRGKSGQGYYVEMTVGSPPQTLNILVDTGSSNFAVGAAPHPFLHRYYQRQLSSTYRDLRKGVYVPYTQGKWEGELGTDLVSIPHGPQVTVRANIAAITESDKFFIQGSNWEGILGLAYAEIARPDDSLEPFFDSLVKQTHVPNLFSLQLCGASVGGSMIIGGIDHSLYTGSLWYTPIRREWYYEVIIVRVEINGQDLKMDCKEYNYDKSIVDSGTTNLRLPKKVFEAAVKSIKAASSTEKFPDGFWLGEQLVCWQAGTTPWNIFPVISLYLMGEVTQQSFRITILPQQYLRPVEDVATSQDDCYKFAISQSSTGTVMGAVIMEGFYVVFDRARKRIGFAVSACHVHDEFRTAAVEGPFVTLDMEDCGYN
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase
molecule keywords BETA-SECRETASE 1
publication title Second Generation of Hydroxyethylamine Bace-1 Inhibitors: Optimizing Potency and Oral Bioavailability.
pubmed doi rcsb
source organism Homo sapiens
total genus 100
structure length 374
sequence length 385
ec nomenclature ec 3.4.23.46: Memapsin 2.
pdb deposition date 2008-02-05

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 2vnmA01
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 2vnmA02
4BELA 5IE1A 3NDWA 3RSXA 3PLDA 1C6YA 5P1QA 4BFBA 4JP9A 5P8LA 3SA4A 3KDCA 4JECA 5IVTA 4OC6B 5P2DA 2QZLA 3G6ZA 3VCMA 5DR8A 4FM6A 3OQDA 5P0CA 2R3TA 1FG6C 5P3YA 5BWYA 2O4SA 4DPIA 5JFPA 2IQGA 5P73A 5P41A 5DQ4A 4PZWA 5HD0A 5P58A 3S43A 2BPZA 4LBTA 5I3WA 5BS4A 3LPKA 1IDAA 1QBSA 1CMSA 5P0HA 2AVOA 1MSMA 1BXOA 3ZL7A 3VF7A 3CIDA 3OQAA 3BUGA 5P89A 5P76A 5P2RA 5P7AA 1PSAA 2WF1A 3CYXA 4GJ6A 5P0JA 2V00A 5P5BA 5IVQA 3PCWA 3OXVA 3CKRA 3OGPA 1N49A 4YD6A 3SA9A 3KT2A 5OZ3A 2OHRA 3RSVA 5P1TA 4M8YA 1U8GA 3FNTA 1APTE 1FQ4A 1FMBA 3APRE 5P6VA 3RTNA 4B78A 5OZ5A 4CPQA 6FIVA 4D83A 2ZJNA 5P8OA 4I12A 3NLSA 1CZIE 2VA7A 3S53A 3CYWA 3ZPSA 2PK5A 5JFUA 2B8LA 3O9IA 1EPLE 1SP5A 3APPA 3PEPA 5P63A 2FXEA 5P7XA 5P8PA 5J25A 3HVGA 4MC1A 4B1EA 5AGZA 4B77A 5P1LA 3NU9A 1ZSFA 4DUSA 3URJA 3KFRA 3VG1A 1HHPA 4PHVA 2AOGA 4Y47A 5P00A 2AZCA 2MIPA 2F3FA 1B5FA 5P0KA 4YBIA 2VJ6A 4NJTA 4PEPA 5P7EA 3OHFA 5P5GA 2QNPA 5P8SA 1MUIA 4GJDA 3TPRA 1KJHA 5OZWA 5P3OA 5OZHA 1K6PA 5IVRA 5P22A 3IXOA 4Y45A 3BUFA 3PGIA 5P4ZA 1AAQA 1APUE 4KB9A 3QROA 5P7FA 3K5CA 5P1FA 4LL3A 5P83A 4RLDA 5JODA 4B72A 4OBKA 3HVPA 5HU1A 5P5UA 3H5BA 3I25A 5SZ9A 1BDQA 4TRZA 3PI0A 2ZYEA 5P02A 3OOTA 4XX3A 1LF2A 2JE4A 3N4LA 1BIMA 5OZRA 4EJ8A 4I0IA 4K9HA 1MT7A 5P8VA 5DR3A 4GJBA 1SDTA 4B00A 5OZFA 5DQ2A 2IRZA 3LIVA 5AHCA 1K1UA 2WEZA 3ZKSA 1SBGA 2OHUA 4DJVA 3MWSA 3NR6A 5P2XA 4Y3TA 1FQ8A 4DJQA 1HVCA 3OADB 5P4OA 5P6DA 3GW5A 3QIHA 5OZ6A 4RYGA 5OYTA 3BRAA 2NMYA 3S85A 5P54A 2V11C 2FLEA 3EL1A 4OBHA 4RYCA 3SKFA 5P7GA 4Y3QA 1BWAA 3IN3A 4DJOA 5P3IA 5P59A 3PMUA 2ZHTA 2AOCA 1BILA 3QS1A 5P20A 4EXGA 3PB5A 3SQFA 4FCOA 1D4YA 3HD8A 2QMDA 3I2LA 4CPRA 3EM6A 5ISKA 2NXMA 1JLDA 5P71A 4B0QA 3LPJA 1G0VA 1UH9A 1W5WA 1B6PA 2P83A 5OZ0A 4HE9A 5P8UA 3K4VC 5P8KA 5SXNA 5P2OA 5OZJA 5P4AA 5P6GA 3INDA 7UPJA 3L59A 5P1NA 1BV7A 1E80E 5P51A 2HPEA 3BXSA 2QZXA 2G1OA 3BUHA 3PSUA 1GNOA 4J0PA 4Y4TA 3HLOA 5P27A 4FAEA 4Y5KA 4E43A 2VIYA 2FGUA 2VJ9A 1META 2FDDA 3CMSA 2WJOA 1RPIA 3UFLA 3UQUA 1M4HA 3EL9A 2B7FA 1YTHA 2QAKA 2EWYA 4GB2A 2G1YA 1MEUA 2HB4A 4H3JA 3DK1A 5CLMA 3BGBA 3EBZA 1FFFC 4I0DA 4Q1YA 1PPLE 1QBTA 2PSUA 3SABA 3LNKA 5P2NA 3ER3E 3O9EA 1LF4A 3LHGA 4X2LA 1RL8A 3LINA 2IKUA 4K4QA 3PCZA 2VIEA 3KFPA 2PC0A 4APEA 3O9GA 4AUCA 2XFIA 5P7YA 3INFA 1HVJA 5P5QA 3LITA 2F8GA 5P2TA 2IENA 4Y35A 1LYBA 2PH6A 4CKUA 1DP5A 2AOJA 4Y3SA 4Y51A 5P3KA 3FKTA 4J0YA 3NU6A 2WL0A 1YM4A 5DR7A 1RQ9A 4ZSPA 3GI0A 4Y44A 1Q9PA 1HTFA 5P31A 4J1EA 4FE6A 4YCYA 3D20A 5P18A 1YTJA 4Y5AA 5P1DA 1ZTZA 1BDRA 1E82E 4YOAA 3VV8A 1Z8CA 5P4QA 5P1HA 3TPJA 1ODWA 1EPNE 4DQEA 2IKOA 1FG8C 2VNMA 2IL2A 3OU4B 5OYUA 1AJVA 1F34A 2ANLA 4J1HA 2V10C 4Y4AA 5P6AA 5APRE 2OF0A 1AIDA 3HAWA 3UF3A 2O4NA 1PFZA 1YG9A 3DV5A 2AVVA 1XL5A 4GJ8A 1PPKE 4I8ZA 5P2VA 1TSQA 3CICA 4Y3GA 5OZUA 5P4EA 5F00A 1YTGA 4AZYA 4EP3A 1EC0A 3O99A 3PSGA 1EBWA 1SH9A 5KR8A 5KOQA 2AVSA 3EKPA 4Y3XA 5P8EA 3L5BA 4OBZB 4CPWA 1W50A 2PWCA 1C6ZA 4GZFA 5P4GA 1EPRE 3UDJA 1PROA 5P7RA 1YX9A 5JG1A 5P7KA 1IVQA 5OZNA 3UDYA 2HS1A 3LZUA 4LXMA 4QJ6A 5P2CA 3OU4A 4EJDA 1EPME 1XN3A 1Z1HA 1TQFA 5OYVA 2ER0E 1IZHA 4CPXA 2BKSA 5P6UA 2AVMA 5P5TA 2OAHA 5P85A 2ZHUA 3INEA 4RRNA 5P3RA 1GNNA 5P09A 1IDBA 2APRA 5P8JA 2QZWA 5P42A 4DQHA 4CP7A 3R0YA 5ENMA 4WY1A 5OZ2A 4MC9A 2B42A 3VFAA 4M8XA 4H3FA 5OZXA 5P2FA 4Y39A 4I0HA 3L3AA 4J55A 5P3AA 3I7EA 1NSOA 5OZYA 1FF0C 2BBBA 5P0AA 5HTZA 2QI3A 2WKZA 4Y4DA 5IVSA 4D89A 2B8VA 5P87A 5P2WA 3BC4A 2QHYA 3S45A 3G72A 4ZEAA 5P8HA 1HTEA 5P5RA 2I1AA 3UDHA 3QN8A 3OXWA 4B1CA 1YM2A 4Y6MA 3TL9A 5B18A 1KJ4A 5P67A 5DPZA 1HVRA 5P0UA 3WSJA 3PBDA 3S7MA 4Y4XA 2G20A 5P2IA 3OU3A 2QHZA 3OK9A 3VSXA 3GGUA 2JJIA 3K5GA 5P7VA 5P4NA 4COEA 5P2UA 4QJ2A 4FSEA 3LIXA 4CMSA 5P04A 2ZJLA 2QU3A 3VYFA 5P4YA 5P8FA 3JW2A 3UTLA 1HPOA 4TVHA 9HVPA 3TH9A 4ZPGA 5P3DA 5DQ1A 5TOLA 4Y4ZA 5P3WA 5P5JA 1SIPA 2BPWA 1D4LA 3DCKA 5DR0A 4K4PA 5P65A 2OHSA 3Q4BA 5HCOA 1AM5A 3VUCA 3R0WA 1QBUA 5P1CA 4Y5EA 1MPPA 3OUCA 5P2AA 1MTBA 4RGHA 4NPUA 5P28A 2O4PA 4Y5CA 1T6EX 5P8DA 1TSUA 1J71A 4Y56A 5P8GA 2HB2A 4J17A 4Y3NA 5HE4A 4J0TA 2O4KA 3HAUA 4R91A 3L5DA 5P5OA 4Y9WA 5I3XA 1BV9A 1HVHA 2NMZA 5P23A 4A6CA 1ME6A 1LV1A 3KN0A 3EKQA 4J1IA 2Q5KA 2P8HA 1M0BA 5P5SA 4NJUA 1NPAA 4RCFA 3WZ8A 1HIVA 3PHVA 1W5YA 1MIQA 5P07A 1TZSA 2AVQA 4D85A 4Y36A 3PWMA 1OEWA 5T4SA 1FFIC 1B5FB 5AH6A 3T7QA 2G22A 4QJ7A 2PWRA 1SMRA 2QI4A 5P3BA 5P0QA 4UPJA 4Y3YA 3QAAA 5P5XA 3ZKIA 1F7AA 3O9AA 3ZKQA 2WEAA 3NSHA 5P68A 2V0ZC 5P5NA 5OZ7A 2PQZA 4JPCA 3EXOA 5KQFA 2P3BB 5P6MA 5DQCA 5P84A 5P2ZA 5P55A 5OZQA 1K6TA 2F81A 4R92A 3ZKNA 1E81E 2FDPA 2I4DA 5P61A 1T7JA 1D4HA 3NXNA 5P8BA 4TRWA 1FGCC 1OD1A 3MSLA 1EPOE 3NWQA 4J1FA 4LAPA 3TKGA 3OQFA 4U8WA 5HVPA 3UQRA 5P3HA 4U7QA 5P69A 3VF5A 2ZHRA 1BBSA 5P3LA 5P53A 3MXDA 4FS4A 3GGAA 4L1AB 4S1GA 5P1JA 4FIVA 1IIQA 5OZEA 4F74A 4IVSA 5P7NA 3B7VA 5P62A 1ZPAA 4FM8A 1PPME 5OZPA 4Y3HA 5P5MA 2ZJJA 4H1EA 4PPHA 5P2YA 2R9BA 4F75A 2Z54A 4YD4A 4Y4BA 2R38A 5P3ZA 4Y5GA 4FGXA 3TKWA 1HXBA 3T3CA 1UH7A 5P6JA 1SGZA 5P3VA 1BAIA 4R8YA 2P3BA 2V13A 1HSIA 2ASIA 1IZEA 2QI0A 5OZAA 2OHTA 3MXEA 2RENA 1EAGA 5P72A 1DMPA 5P64A 4FSLA 5P88A 5P3FA 1GVWA 4RCDA 5P56A 4Y3MA 3RTMA 5P7UA 3TOGA 2WF0A 5OZSA 3QRMA 4J1CA 4YA8A 4GMIA 4L1AA 5P6IA 4Y3WA 3WZ7A 1A30A 2I4WA 3IXJA 1YT9A 5P5IA 1K1TA 5P2MA 4Y3PA 5OZOA 1BWBA 3NDUA 3SA8A 1GKTA 3QPJA 4YE3A 1NPVA 2VJ7A 3S54A 1SDUA 3NDTA 5P01A 2AOEA 3M9FA 1ER8E 2XYEA 4WY6A 1FIVA 3OOZA 1FKNA 1YTIA 5OZDA 1MERA 1AJXA 2AOFA 4L7GA 3QP0A 1IBQA 5PEPA 5KR2A 5P4WA 5P50A 1DIFA 5P7IA 3QI1A 2OHMA 4LXAA 5C9DA 1EPQE 4DQGA 1FEJC 2BQVA 2I4UA 5P25A 3EM4A 5P3GA 5P16A 5P7CA 3VF3A 1SDVA 5COPA 1ZAPA 5P45A 3I8WA 4RRSA 5P8MA 3PLLA 4Y53A 4XKXA 4I0FA 1HEGE 2AZBA 3EKYA 3QVIA 4EQ0A 5P4KA 5P7OA 2FDEA 2FNSA 2ZGAA 5OZBA 4A6BA 3FV3A 2O40A 5P14A 1A94A 1LYBB 1ZSRA 4R5NA 4CPUA 3LIYA 1G35A 2JJJA 3T6IA 3OWNA 2I0AA 4YHQA 3UQWA 1C6XA 4Y5PA 5CONA 5P0XA 5SY3A 1XL2A 4KE0A 5KAOA 3UDKA 3IA9A 5OZIA 1W6IA 5P13A 1FLHA 1BVGA 2CEJA 5P3JA 4DQCA 4I11A 4HDBA 1HVSA 1IZIA 5OZ4A 5P33A 2AOHA 4HEGA 1HOSA 1HVKA 4LP9A 3OU1B 4WTUA 3JVWA 5P4FA 2QNNA 1ZBGA 2NXLA 2F3KA 1SMEA 2P3AA 5P6YA 3SM1A 3TTPA 5DR4A 5P4VA 3HBOA 3F9QA 5KQYA 5P03A 4DFGA 3QRVA 1EC2A 5P5WA 2FNTA 4B1DA 5P0GA 5P8TA 2HAHA 5P1YA 3B80A 4ZIPA 3NU3A 5AHAA 4RVIA 5P6BA 2QI7A 5P1UA 3HZCA 4Y54A 3QVCA 3ER5E 5P5ZA 5P5CA 3KM4A 2WF3A 2JYSA 1E5OE 1FQ6A 5E5JA 3TPLA 3U71A 5P79A 3EM3A 1A9MA 2QHCA 3OU1A 3SA6A 1HTGA 4I8WA 4Y3ZA 4YOBA 1W51A 2IGXA 4DPFA 5P1WA 4LHHA 4Y4WA 5P3QA 5P36A 4Y5LA 3CKTA 3UPJA 5OZVA 1HRNA 4HLAA 5EZXA 3S2OA 5P19A 5P8NA 3WZ6A 4DQFA 3T11A 2OHQA 3OUDB 4PZXA 3FSMA 2PSVA 3OTYA 5DGWA 4Y3LA 5P44A 5P6CA 2J9JA 3IVIA 2CEMA 5P0RA 2H6TA 2WF4A 5P3XA 3BXRA 5HU0A 4CPSA 4TVGA 5P5KA 1GVVA 1G2KA 2ER7E 7HVPA 3BVBA 4H3IA 3RVIA 2G26A 3D1YA 3L58A 5ISJA 3TNEA 3PSYA 3PI5A 3R1GB 3PJ6A 5P1PA 1HTRB 5OYZA 3VV7A 4LC7A 4BEKA 4LXKA 3D1ZA 2RMPA 5OZMA 3NUJA 2HIZA 1D4IA 3VLAA 3UDRA 2R5PA 3AIDA 1SGUA 1GVTA 5HCTA 4OBDA 4DJXA 3IVHA 5P1IA 5KR0A 1LEEA 5OZZA 5P8IA 4FLGA 5P1RA 3VV6A 3OUDA 3URLA 2B60A 4A4QA 2ZE1A 1LF3A 1MSNA 1FQ5A 1RV7A 5COOA 5P70A 4QJ8A 5P0YA 5SY2A 5P6OA 5P80A 5P0SA 5OZKA 4EP2A 4Y4UA 4KUPA 5OZTA 3PWWA 4I10A 5P2BA 4B05A 5P3EA 3Q6YA 5P5LA 1UPJA 1WBKA 2FS4A 5OZCA 5P38A 4L6BA 3EKWA 1D4KA 4L7HA 2G27A 3HDKA 1BVEA 3NU4A 4H3GA 5P1AA 5P47A 3K5DA 3UHLA 3O9CA 5P0NA 3KF0A 5HDUA 5P7PA 5P1KA 2HS2A 4FRJA 4OBGA 2UXZA 5P4UA 1MT8A 2WEDA 2PSGA 2QU2A 3NDXA 4FRKA 5P0TA 5P4PA 4YDFA 2BPYA 5C9FA 3EKTA 3KMYA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4BEL A;  5IE1 A;  3NDW A;  3RSX A;  3PLD A;  1C6Y A;  5P1Q A;  4BFB A;  4JP9 A;  5P8L A;  3SA4 A;  3KDC A;  4JEC A;  5IVT A;  4OC6 B;  5P2D A;  2QZL A;  3G6Z A;  3VCM A;  5DR8 A;  4FM6 A;  3OQD A;  5P0C A;  2R3T A;  1FG6 C;  5P3Y A;  5BWY A;  2O4S A;  4DPI A;  5JFP A;  2IQG A;  5P73 A;  5P41 A;  5DQ4 A;  4PZW A;  5HD0 A;  5P58 A;  3S43 A;  2BPZ A;  4LBT A;  5I3W A;  5BS4 A;  3LPK A;  1IDA A;  1QBS A;  1CMS A;  5P0H A;  2AVO A;  1MSM A;  1BXO A;  3ZL7 A;  3VF7 A;  3CID A;  3OQA A;  3BUG A;  5P89 A;  5P76 A;  5P2R A;  5P7A A;  1PSA A;  2WF1 A;  3CYX A;  4GJ6 A;  5P0J A;  2V00 A;  5P5B A;  5IVQ A;  3PCW A;  3OXV A;  3CKR A;  3OGP A;  1N49 A;  4YD6 A;  3SA9 A;  3KT2 A;  5OZ3 A;  2OHR A;  3RSV A;  5P1T A;  4M8Y A;  1U8G A;  3FNT A;  1APT E;  1FQ4 A;  1FMB A;  3APR E;  5P6V A;  3RTN A;  4B78 A;  5OZ5 A;  4CPQ A;  6FIV A;  4D83 A;  2ZJN A;  5P8O A;  4I12 A;  3NLS A;  1CZI E;  2VA7 A;  3S53 A;  3CYW A;  3ZPS A;  2PK5 A;  5JFU A;  2B8L A;  3O9I A;  1EPL E;  1SP5 A;  3APP A;  3PEP A;  5P63 A;  2FXE A;  5P7X A;  5P8P A;  5J25 A;  3HVG A;  4MC1 A;  4B1E A;  5AGZ A;  4B77 A;  5P1L A;  3NU9 A;  1ZSF A;  4DUS A;  3URJ A;  3KFR A;  3VG1 A;  1HHP A;  4PHV A;  2AOG A;  4Y47 A;  5P00 A;  2AZC A;  2MIP A;  2F3F A;  1B5F A;  5P0K A;  4YBI A;  2VJ6 A;  4NJT A;  4PEP A;  5P7E A;  3OHF A;  5P5G A;  2QNP A;  5P8S A;  1MUI A;  4GJD A;  3TPR A;  1KJH A;  5OZW A;  5P3O A;  5OZH A;  1K6P A;  5IVR A;  5P22 A;  3IXO A;  4Y45 A;  3BUF A;  3PGI A;  5P4Z A;  1AAQ A;  1APU E;  4KB9 A;  3QRO A;  5P7F A;  3K5C A;  5P1F A;  4LL3 A;  5P83 A;  4RLD A;  5JOD A;  4B72 A;  4OBK A;  3HVP A;  5HU1 A;  5P5U A;  3H5B A;  3I25 A;  5SZ9 A;  1BDQ A;  4TRZ A;  3PI0 A;  2ZYE A;  5P02 A;  3OOT A;  4XX3 A;  1LF2 A;  2JE4 A;  3N4L A;  1BIM A;  5OZR A;  4EJ8 A;  4I0I A;  4K9H A;  1MT7 A;  5P8V A;  5DR3 A;  4GJB A;  1SDT A;  4B00 A;  5OZF A;  5DQ2 A;  2IRZ A;  3LIV A;  5AHC A;  1K1U A;  2WEZ A;  3ZKS A;  1SBG A;  2OHU A;  4DJV A;  3MWS A;  3NR6 A;  5P2X A;  4Y3T A;  1FQ8 A;  4DJQ A;  1HVC A;  3OAD B;  5P4O A;  5P6D A;  3GW5 A;  3QIH A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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