2VOCA

Thioredoxin a active site mutants form mixed disulfide dimers that resemble enzyme-substrate reaction intermediate
Total Genus 29
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
29
sequence length
110
structure length
110
Chain Sequence
AIVKATDQSFSAETSEGVVLADFWAPWCGPSKMIAPVLEELDQEMGDKLKIVKIDVDENQETAGKYGVMSIPTLLVLKDGEVVETSVGFKPKEALQELVNKHLLEHHHHH
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Thioredoxin A active-site mutants form mixed disulfide dimers that resemble enzyme-substrate reaction intermediates.
pubmed doi rcsb
molecule keywords THIOREDOXIN
molecule tags Electron transport
source organism Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168
total genus 29
structure length 110
sequence length 110
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2008-02-13

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00085 Thioredoxin Thioredoxin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.30.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Glutaredoxin Glutaredoxin 2vocA00
2LKUA 3IBHA 3VWXA 5CRDA 4MZCA 3ZVJA 3E9JB 2HXKA 1HNBA 1YDKA 4OFTA 4G9HA 3IXRA 5AIVA 2OADA 5ABRA 4DVCA 5J41A 5J9BA 5KN0A 5DQYA 5FHIA 5D9XA 3BCIA 1TRVA 3TOUA 4IQAA 2L4QA 2VLVA 2MBTA 5IO0A 3KIJA 3MAKA 3FZAA 2BTOT 4OMVA 3P2AA 2LJKA 4RI7A 3ZMKA 4MJBA 2I9HA 5IMFA 3ZTLA 3F6FA 5J9CA 3CTFA 1TK0B 2B5EA 3HYPA 2QKEA 3GYKA 5GSSA 1BG5A 1TW9A 2OBKA 4E8EA 1WOUA 1BX9A 4EXJA 2VCVA 3HVVA 3GH6A 5JWQB 4MF6A 2GZPA 4KSOA 4HEA2 2IIYA 1FB0A 2K18A 2H75A 2C8UA 2X99A 1A2MA 4CHSA 3GIXA 1GNEA 1VF1A 3QMXA 2LNTA 1A8LA 3ME8A 1RK4A 4CW9A 2YOIA 2L5LA 1VGLA 1X9SB 3MWHA 1K0AA 3GKMA 5H5QA 3UMAA 4O7HA 2C3QA 2LQOA 1EOHA 1V9WA 3TDGA 1A2JA 1SKWB 2IWTA 2JU5A 2GVPA 2BMXA 6GSYA 1ILOA 4K0NA 13GSA 5IOXA 2IN3A 3SWLA 4NAXA 2C0DA 1TTZA 3V1WA 1ACVA 2YANA 5DAKA 1KTEA 4PQIA 4N30A 4TR0A 4HQSA 5HR3A 1JZWA 5ECHB 4ZL8A 4KUNA 4YH2A 2NTOA 3GKKA 2DIYA 1W89A 2B5YA 1YZXA 2YWOA 2K8SA 2XHFA 2OE0A 3H8QA 1F37A 1QGVA 4AGSA 2YNXA 4EUYA 2L4CA 4PUAA 3HZ4A 3WGDA 2G0FA 2LNSA 4FIWA 1N8JA 2H1BA 4FO5A 3CXGA 2VLUA 3CMIA 5J5NA 3O3TA 2H0HA 3TJJA 1Z3EA 5G5EA 5E4WA 1I5GA 1FG4A 4JR6A 2PVOC 2AUVA 2O85A 1LJRA 4Z7XA 3LXTA 3CBUA 5JWRB 3TJGA 5IQYA 3L9SA 4F0CA 1A0RP 1X5DA 1XWGA 3APSA 3G9BA 4L0UA 3UJ1A 5F8BA 4XS6A 5DCGA 2J23A 3D22A 2KLXA 5GAND 1UVZA 3F3QA 2O89A 5G2ZA 4YAPA 1H4OA 4OCEA 1XW5A 3TRXA 1AQVA 2LS5A 4MA9A 1RW1A 4IELA 1G0TA 5KEJA 2GQKA 2RM5A 1FB6A 1K0OA 4PXOA 5A4UA 2VM2A 4KDUA 2XPDA 4D73B 4ZIJA 3VLNA 2NBSA 4WF5A 1XOBA 1GNWA 1ZGNA 3UL3A 1XXUA 1T4YA 8GSSA 1S3AA 2JL4A 3IV4A 2H8LA 4ECJA 3LYKA 4PQ1A 2RM6A 3VPTA 4QL9A 1SU9A 1SKSB 5HFGA 3ERGA 5INYA 1RQMA 1SK1A 2CX4A 1JZDA 1F2EA 3ZRDA 4V2LA 4I97A 4NV2A 4L5OA 2IFQA 2MMZA 1C72A 4QQ7A 2VL3A 3HVXA 1GTIA 2X8CA 5ELAA 4JR4A 5ECRB 2GZYA 3F4TA 3D6IA 2CA8A 5D9VA 1AUCA 5G5FA 4F2IA 18GSA 3I43A 4I5QA 3F4SA 3U5RE 5EVOA 1IYIA 3VWWA 1OKTA 1QK8A 5IPGA 1MDIA 3FZ4A 1YEXA 1Q98A 3EMPA 3MSZA 4TOPA 1BJXA 4Q5NA 3A2XA 3L78A 1B4PA 4KE3A 5B6NA 2CV4A 2N5AA 1T1VA 1G7EA 3TKSE 4POMA 4JE1A 4XS4B 5GAPD 3FK8A 2MMOA 4LL1B 1V57A 2JZRA 3HHVA 4ACSA 4GQCA 3KMOA 2PBJA 2DJ3A 4ISDA 3HY2A 3IOSA 1O7UA 3NZNA 2FWFA 3DKSA 2OE1A 3PINA 2CQ9A 1OKDA 3F3RA 1GSQA 1O85A 3GX8A 1GSYA 1NHYA 3ME7A 3G7YA 3DD3A 5LD0A 3D4TA 1GLPA 3C1SA 4K8MA 2CVDA 2EIRA 3DWVA 2HE3A 1KEBA 2L6DA 1FOVA 4WETA 3VURA 2R4VA 5F05A 3QCPA 2I81A 4IHUA 4PUFC 1UN2A 1EP7A 3D5JA 3EMXA 4POLA 3GURA 2CVKA 1K3LA 1N2AA 3O76A 2RIIA 3M9JA 4EL1A 2QC7A 3BOAA 2BJXA 2AAWA 1NHOA 3WYWA 3UVTA 5JWOB 4N10A 1XOAA 3IPZA 5A4WA 1ON4A 1O8WA 1YEPA 3GL5A 1SJZA 3GKNA 3PH9A 2XBIA 2TRXA 4HZ4A 4JU5A 3A2VA 2YZHA 3D0ZA 1E2YA 4MH2A 1A8YA 5DQSA 2YV7A 4MPFA 2B3SA 3QR6A 5D96A 3C8EA 4K2DA 2B1KA 2X8HA 1SKRB 3NIVA 4G19A 2H01A 4JRRA 1PX7A 1IYHA 6GSXA 3W6GA 14GSA 2HZFA 3FKFA 5CRHA 3TKSA 2NPBA 4N0ZA 3SBCA 3KP8A 1A24A 3KTBA 2LQQA 1HNCA 4EF0A 3GNJA 2P0GA 2VL9A 2GQLA 4Q5RA 3EWLA 1JHBA 3UVHA 5KN2A 2FWHA 3A3TA 3N9JA 2OA7A 3FYGA 4KNDA 2GSTA 4RI6A 1CQHA 1O8XA 1Z6NA 2KUCA 5IO2A 1K0CA 2EIOA 1FVJA 2DC5A 2DJ2A 2F8FA 1YKCA 2O8VB 1U3IA 1B9YC 4HQZA 1URMA 1AAZA 5G31A 1AC1A 1ABAA 2GGTA 1AXDA 1A0FA 2XC2A 1GSEA 1SYXA 5D8IA 1M2AA 1VF2A 4BL7A 2GS3A 3TGZA 1PD21 2WFCA 4IJIA 3ZVJD 3H1NA 4NV5A 4TR1B 2Z9SA 3RHCA 1TU7A 3KXOA 4J57E 2IMIA 2N5BA 2LSTA 4BA7A 3KD0A 4IP1A 1YY7A 1BYEA 3HD5A 1U88A 1PA3A 1TRWA 4Q5QA 3US3A 3NOFA 1GTUA 3JCML 4ZL9A 4N11A 2B7KA 2VCTA 1I9DA 2VCQA 3RDWA 1F3AA 4K0GA 4GF0A 2YWMA 5IMZA 3LEFA 2L57A 1A2LA 1YF0A 1FO5A 2MYGA 4V1Ag 3F6DA 4LA1A 3P7XA 3IK9A 3QPMA 1FAAA 2H1DA 1ERTA 4NHWA 4ML1A 1VRSD 2YN1A 1B9XC 3GTUA 2R6KA 4TXOB 4XHMA 3FHKA 4BVYA 2YWIA 1OC3A 4PX1A 4HU7A 5H5SA 4KW6A 1GLQA 4ZB6A 2XBQA 2RLIA 4PQHA 4MPGA 4N0VA 2G2QA 5CYYA 2C80A 3HA9A 2WZ9A 4LL4B 1B8XA 3ZFBA 4IJ3A 2PVQA 3QFAC 1OE7A 2KHPA 3TJBA 2MZCA 2JACA 2FA8A 1S3DA 5CNWA 1F9MA 3UBLA 2WS2A 3FEUA 1R26A 1THXA 4XIHA 4AJ8A 3DGQA 2H76A 4PGTA 1SK0A 3GSSA 2DJ0A 4GXZA 2V2GA 1GSUA 1B4QA 3LQ7A 1GUHA 5FT3A 5IM9A 4GSTA 4L5LA 4BWQA 4EE0A 3KEBA 1JLWA 4V1Ap 3FR3A 2IL3A 2DSAA 2YZUA 6GSWA 4WXTA 3TB2A 2AHEA 2V6OA 5AIXA 5ECPB 3ZITA 5LCZA 2CX3A 2B6MA 2AB6A 2IPAA 2VUPA 5CP1A 3IE3A 2PPTA 1ERUA 5ECIB 2JADA 4OD7A 2CZ2A 4HS1A 2JZSA 1K0MA 3CYNA 2HSYA 2YV9A 1E6BA 1HQOA 6GSVA 2YJ7A 4JZQA 3C7MA 4EC0A 4E8HA 3LWAA 3E3EA 16GSA 1X9WB 1X0RA 3QOUA 4O92A 2O87A 2WDUA 2P5RA 1EGOA 1GULA 1TK5B 2NVLA 3HJOA 2LRTA 3HCZA 3KZQA 4DSSA 2FNOA 2FWGA 4MLYA 4XRAA 2HI7A 4IQ1A 3WD6A 4HU9A 1M9AA 4K9ZA 4TRXA 4ULXA 5E59A 4KDYA 4I2UA 4HI7A 1HNAA 1U87A 1T00A 3FY7A 2V6KA 2WGRA 3C71A 5EL8A 4BPYA 3FR9A 1GUMA 3EYTA 1Q4JA 3E0UA 1M2DA 1T8EB 2JZTA 1PL1A 2R5GA 1WJKA 3IAM2 4MABA 3WGEA 1Z5YE 5B7CA 3LYPA 2PERA 1J08A 4PNGA 4Q5FA 2FUG2 3Q18A 3GA4A 1OC9B 3F0IA 2CT6A 5G30A 1R7HA 3L9UA 4KCAA 2HT9A 3APOA 2HNLA 5HFIA 1X9MB 5D73A 3FR6A 2GSQA 2E7PA 5AISA 1VF4A 5HR2A 3GX0A 2PGTA 3P90A 3AY8A 1FHEA 4KA0A 2OKAA 3U6VA 1JZRA 2O7KA 1MDJA 1X5CA 4QL7A 3FZ5A 4ML6A 3EURA 4X0XA 1XZOA 3K8NA 3KH9A 1ZYQB 1NM3A 2EC4A 4ZXGA 5J3RA 3TRQA 1SD8A 1GUKA 4RQRA 1QXHA 1EV4A 4ZB8A 2VD0A 4O5RA 3TRPA 5DVBA 3EU4A 5ENUA 1TU8A 3ISOA 1AQWA 2M72A 1USBA 5D93A 5DCHA 1JFUA 3RPPA 1M2BA 3WT1A 3WGXA 2OACA 2C0GA 2L59A 1EGRA 3FRCA 4ECBA 1H75A 4J56E 2YCDA 4MCUA 4V2NA 2NDOA 5HQPA 2VL2C 12GSA 1V2AA 2LUSA 1ZOFA 3C1RA 3LORA 2RUEA 2E2MA 2HFDA 1HYUA 4CDOA 3KM6A 2J9HA 4G2EA 4WBRD 1EEMA 5D9TA 1A23A 1WWJA 3ZMLA 4YQUA 2WJUA 2FWEA 4TR4A 1UC7A 1T3BA 4YAVA 3RPNA 2VCZA 5JCWA 2F8AA 3O6TA 4NHZA 4POKA 1F6MC 2A2SA 5CREA 3LSZA 1GTAA 2V1MA 1QMVA 5IMVA 3GKXA 4OO5A 3HDCA 2LV3A 2DJJA 4WR4A 3VI5A 1QFNA 1XBSA 3TKQA 4MP4A 4KH7A 2E2GA 3ZREA 3I6AA 2PMTA 2C0FA 1Y25A 4TN8A 4K7IA 1KBNA 1OC8A 1YQ1A 1XW9A 4TXVA 3IC4A 5DAKB 2GSRA 1PKWA 3TOTA 4OO4A 5C04A 1OYJA 4AJ6A 2WULA 4FYBA 3RAZA 3ZFLA 1PX6A 4YQMA 4F03A 4IW9A 1VF3A 3P8WA 3I9V2 2P31A 1GSDA 2FD3A 1WP0A 4X1UA 1M9BA 3KCMA 4MK3A 2B5XA 11GSA 4JBBA 4L8EA 1YF1A 1X5EA 4DSQA 1THOA 3H79A 5IOWA 2OBIA 1TKDB 2QGVA 1TOFA 3ERFA 1K3YA 3EE2A 4FYCA 5ECKB 3BCKA 3D21A 3BBYA 1XW6A 2C3TA 3TUEA 3TCOA 1G7OA 1KNGA 5F07A 2GTUA 1SYRA 5A5KA 2ZCTA 2YJHA 3BD2A 3HJPA 1S3CA 3LG6A 1G6YA 4F0BA 2LEGA 1GL8A 1OVNA 4D73A 5F0GA 2F9SA 2IMKA 3W8SA 4GQFA 3QD9A 1PRXA 3L9VA 4G10A 3KGKA 4MJAA 4EVMA 3M8NA 4IS0A 3N5OA 2X64A 1TRUA 2FGXA 2YP6A 1TK8B 5DJLA 3DVWA 4HDEA 5DDLA 3RHBA 1WE0A 2L6CA 3VFIA 1Y6EA 1U3AA 2XPEA 3DIEA 2PUKC 4WF4A 9GSSA 2H1GA 1XWAA 5IIZA 2GT6A 2GZZA 4GWRA 2DIZA 4AF2A 3CRTA 4ZL7A 3APQA 5HR1A 5JCGA 3HKRA 2K8VA 4TKYA 4I6XA 1OE8A 3HVSA 4JEDA 2CZ3A 3PGTA 1EWXA 4H86A 1PN9A 2VLTA 1GP1A 2VOCA 3G7JA 2M80A 22GSA 5DALB 1O6JA 4KX4A 2R3XA 4KAEA 5HFKA 3M3MA 5C00A 1LU4A 1EV9A 1V98A 2IFQB 3DRNA 3S9FA 1MTCA 1XWCA 4F9ZA 3GL3A 2H0IA 4OCFA 1T4ZA 3D4MA 3VI7A 4P3YB 2A4VA 1WPIA 2LTKA 3QDNA 4PURA 3H4KA 1TI3A 4K7NA 5H5RA 2HZEB 2I1UA 1TDIA 1SD9A 1NSWA 4EO3A 3GN3A 1XIYA 5G1LA 2DJ1A 1PL2A 4XS4A 4IBPA 1WMJA 2GT5A 5EPFA 4LMWA 3ZL5A 2DBCA 4OFNA 3IDVA 3KH7A 2GLRA 1Z9HA 4OFMA 5G1KA 1XWBA 4EDYA 1R5AA 3W8JA 2MBSA 3A5WA 3LJRA 4IKHA 4KCEA 3ZIJA 3GMFA 1XWKA 2EIQA 4IVFA 3IAS2 1GRXA 3F9UA 2H72A 3UARA 3UEMA 2LRCA 2HSHA 3F4RA 5KN3A 2FY6A 3BJ5A 2ON5A 4KB3A 3CTGA 2IMEA 5ELGA 5IMDA 3F63A 4XCSA 2VAFA 3RBTA 3ERWA 3ZIVA 1OAZA 1BQ7A 3KTLA 3G7IA 2C4JA 1SJIA 1XVWA 3UIWA 5IMCA 2PWJA 3I69A 2TIRA 1R5PA 4IGJA 2VCXA 4TR3A 4XRDA 2REMA 1K3OA 1SL1B 1U6TA 5EY6A 1TI1A 1EZKA 3FZ9A 5KN1A 4DSRA 1MEKA 1ZL9A 1GH2A 3PR8A 3ZYWA 1EOGA 4ZILA 4O32A 2FHEA 2H6XA 1K0NA 3QAGA 1K0BA 3HXSA 3HZ8A 6GSTA 1TXXA 4KDXA 1LBKA 2HLSA 2IJYA 4IP6A 4ZBDA 1AIUA 3VWUA 5A4VA 1XPVA 2ALBA 1R4WA 2I4AA 4X43A 5J4UA 2C0EA 4BVXA 2FLSA 3DEXA 4FYUA 1JLVA 1QQ2A 3FW2A 3M9KA 4XS1A 3ED3A 1Z7PA 4TVEA 1DE1A 1SK2A 2DMMA 4NMUA 2FA4A 4K6XA 1UA5A 1GWCA 2ON7A 1XVQA 2F3MA 3KMNA 3L0HA 6GSSA 2GSSA 10GSA 1WRYA 5AN1A 3DYRA 4J2FA 1Z7RA 3QAWA 1ERWA 3UAPA 1ML6A 2H71A 3DVXA 3GV1A 2V32A 5ID2B 1WIKA 3TKRA 1SJ6A 3QAVA 3WT2A 3DXBA 3C73A 2HYXA 1F3BA 2H0GA 4MZBA 3GHAA 1YJ6A 2H1AA 3L4NA 3LFLA 2K9FA 1JZOA 2JSZA 3CSJA 3TJFA 2DMLA 4F82A 4BWSA 1T7PB 2CVBA 4MZWA 3Q74A 3HJMA 4WR5A 3DMLA 1EEJA 5IMAA 1BEDA 2YPMA 5GSTA 1MD4A 4FH8A 3EU3A 1G6WA 4WBJA 5JCUA 3MDKA 5CRGA 5ECMB 4HZ2A 4TR1A 5DALA 4GSSA 2N5FA 5CAXA 2FCHA 1ERVA 2B1LA 4LLRA 3CRUA 5ECSA 4GSNA 2JSYA 4EKZA 2K6VA 1HD2A 1MD3A 2LJAA 4OWYA 4WKWA 2V41A 2VCWA 3GH9A 2H6ZA 2H6YA 4ZBBA 3GRXA 5CRWA 4DEJA 2LJRA 3LXZA 3GUSA 3R2QA 3EVIA 3UBKA 3ZLPA 6GSUA 3IK7A 4HJMA 2VD1A 3TKSC 1YKAA 4HUAA 2AV4A 1V58A 1GSFA 2HZEA 4HOJA 2H19A 5B8AA 4EDZA 5F06A 2CAQA 2HRNA 2MMNA 1DE2A 3IHQA 4MJCA 3IRAA 4NPBA 3J7Yk 1O73A 2YWNA 1GTBA 2F51A 1ZZYA 3UOMA 4TXOA 2MMAA 5L71A 3EC3A 3VK9A 5CO3A 5HR0A 4IN0A 2R37A 2H73A 5B8BA 5B6MA 1SL0B 4I8BA 3M1GA 1Z6MA 1ZCPA 3F8UA 1TRSA 4PNFA 4V2MA 1B48A 1MDKA 4YQVA 1M0UA 4XTSA 2WCIA 2KP2A 1DSBA 4NWYA 3GTUB 1SENA 1PSQA 3EINA 1QUWA 2HRFA 5GZZB 2LRNA 3J7Yb 3QFBC 1BAYA 3LGCA 5IPHA 2A2RA 2H70A 5ECLB 1XCCA 1DBYA 2KP1A 4K1FA 4MF5A 4NXIA 2VO4A 4ECCA 1XFLA 1FVKA 5FWGA 2IMFA 2ZUPA 4TW5A 2CAIA 2PU9C 5COHA 4ECIA 2E0QA 2X8GA 4GLTA 3GSTA 17GSA 3H93A 2KOKA 1M7TA 4LMVA 1PKZA 2D2ZA 4GCIA 4K7OA 20GSA 4WEYA 2ZNMA 5D9WA 1NW2A 4ID0A 2H30A 1EP8A 4HJ2A 4RUVA 3TJKA 2GQMA 2I3YA 1ZYEA 4ZBAA 5ECOB 2P5QA 1W4VA 2QSIA 7GSSA 1O81A 4RQXA 5DJMA 2IMDA 2PN8A 1AW9A 4KSMA 2GDRA 5AGYA 2DJKA 1ST9A 5DBQA 4GTUA 3CSIA 3IA1A 2WB9A 1ZMAA 4ZB9A 1TP9A 4MH3A 4ILFA 3VWVA 3ZZXA 2OJLA 3A2WA 5ID2A 3KP9A 4MMMA 3OR5A 2OE3A 3VPQA 1GSSA 5ECNB 4L0WA 1PQNA 4MF7A 1CQGA 1M99A 4AJ7A 4MJEA 2VIMA 3TKPA 4DSSB 3CSHA 4I2TA 3Q6OA 2B7JA 2R2JA 1TJDA 2L5OA 1FW1A 3IR4A 2ES7A 2WRTA 1J9BA 2M46A 2RUFA 2H74A 3KJYA 5ECQB 1DUGA 3M0FA 2C3NA 1V40A 2VL2A 19GSA 1K0DA 2C1YA 2AJQB 4GRFA 4POBA 2DLXA 3MNGA 3GFKA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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