2VS2A

Neutron diffraction structure of endothiapepsin in complex with a gem- diol inhibitor.
Total Genus 78
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
78
sequence length
329
structure length
328
Chain Sequence
STGSATTTPIDSLDDAYITPVQIGTPAQTLNLDFDTGSSDLWVFSSETTASEVQTIYTPSKSTTAKLLSGATWSISYGDGSSSSGDVYTDTVSVGGLTVTGQAVESAKKVSSSFTEDSTIDGLLGLAFSTLNTVSPTQQKTFFDNAKASLDSPVFTADLGYHAPGTYNFGFIDTTAYTGSITYTAVSTKQGFWEWTSTGYAVGSGTFKSTSIDGIADTGTTLLYLPATVVSAYWAQVSGAKSSSSVGGYVFPCSATLPSFTFGVGSARIVIPGDYIDFGPISTGSSSCFGGIQSSAGIGINIFGDVALKAAFVVFNGATTPTLGFASK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
molecule keywords ENDOTHIAPEPSIN
publication title The Catalytic Mechanism of an Aspartic Proteinase Explored with Neutron and X-Ray Diffraction
pubmed doi rcsb
total genus 78
structure length 328
sequence length 329
ec nomenclature ec 3.4.23.22: Endothiapepsin.
pdb deposition date 2008-04-17

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 2vs2A02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 2vs2A01
5P3FA 1LYBA 5HDZA 2R5QA 4I0IA 1QBTA 1YTIA 2P3CA 3N3IA 5P3LA 3LIXA 3PLLA 1LYBB 4CMSA 4KUPA 2IGXA 3EC0A 4PPHA 3EL5A 1FG6C 2BPXA 1ZLFA 3R1GB 4GMIA 4BFBA 1B5FB 2R3WA 4YD5A 3FIVA 1Z1RA 2P3DA 2FGUA 2O4PA 5OYWA 3KDBA 2ANLA 1HVLA 3OXXA 3IA9A 2VIJA 3O9AA 1MPPA 4Y51A 5P7DA 2I0AA 4Y4GA 5P1NA 4A4QA 4MC9A 5P1UA 1ZP8A 3PM4A 4J1KA 2WECA 3UCBA 5P88A 4LAPA 2QHYA 3PSUA 5P0LA 4Y38A 2VA5A 4I0HA 5P5NA 5IVQA 3VV7A 4R95A 2F8GA 5P56A 5E5KA 3FNSA 3GGVA 3UDMA 5P1HA 5BWYA 4GB2A 3VV8A 3SA3A 5P3JA 1SMRA 4D88A 2AODA 5JFPA 4Y43A 3BXRA 5OZZA 5P3GA 1EC2A 2V16C 5P6OA 1HRNA 2P3AA 5SZ9A 3GGUA 5P3QA 3S85A 3PCWA 4K4RA 3BXSA 5P4UA 4XKXA 1SIVA 2VA7A 1G35A 1ZSRA 5P8JA 3ZKGA 5P4XA 4B05A 1FEJC 5P2HA 3SKGA 2V13A 1J71A 1UH8A 4B0QA 3APRE 1BV7A 4PHVA 1LS5A 3INEA 3LIVA 2NTRA 4B78A 2QK5A 1HVHA 4B1CA 2WKZA 5P1VA 5P0IA 4Z22A 4A6BA 2WEAA 2AVVA 3S54A 3O9DA 4F75A 2HM1A 5OZTA 4Y44A 3NUOA 3D1XA 5CONA 4GJDA 3PCZA 5P7JA 2BPWA 6FIVA 1IZIA 2AOJA 2BB9A 5P86A 4FLGA 1OEXA 4ER4E 5P5KA 5HD0A 5P40A 5P5RA 4OBKA 5P49A 2AVMA 2UXZA 4LHHA 4J17A 2Q15A 1APVE 5OZHA 3DCRA 5P00A 1BIMA 3OQKA 3UQWA 5P4FA 5J25A 5P20A 5P37A 2O4SA 1ME6A 5P29A 4OC6B 5P26A 5IS4A 1T7JA 3DOXA 4DH6A 4FRKA 4Y4ZA 1HWRA 1MTBA 1YT9A 5P7OA 4EP3A 2G1SA 1UH9A 2QI5A 3KFNA 5P83A 4GJ6A 4Y53A 5OZ2A 5P70A 2QI1A 2B7FA 2NMYA 4HEGA 3GI6A 5OZBA 2H6TA 1Q9PA 5P0MA 3TPJA 3SACA 4DQEA 1EC0A 2QZLA 1FLHA 5P2XA 3ZPSA 1T6GA 4YOBA 5P0SA 5HE5A 2JJJA 3OXWA 4A6CA 1UPJA 4Y3MA 5P5WA 4Y5CA 2B8LA 2AZ9A 3SM2A 5P4BA 5P2WA 2RKFA 3IAWA 5ENMA 5P0PA 2QI3A 2QZKA 4EPJA 3Q70A 1FKNA 4ER1E 1WKRA 5OZ6A 5P65A 1GVUA 2Q5KA 2G1RA 5P2EA 4J1IA 4ZSRA 2QU2A 1HPOA 5C9FA 1MT7A 5P0CA 5P6YA 2OHPA 2VJ6A 4RROA 4GJCA 2ZJHA 1HTEA 5P33A 3KDDA 4EJKA 4X2LA 5P4WA 3SA5A 1E80E 2QU3A 5P5DA 1HIIA 3N4LA 3LHGA 3APPA 3UFNA 3ZMGA 4GIDA 5P7PA 2G20A 4H3JA 2XYFA 5P87A 1NPWA 2AOHA 4Y4XA 1XL2A 5OZMA 5P6NA 4Y5BA 5P18A 3KM4A 5JG1A 3QAAA 2JE4A 5P3CA 4I0DA 2WF2A 2P8HA 2O4LA 4Y3LA 1BDRA 5P2TA 3GI0A 3UDPA 5P4KA 3OTYA 5P8FA 3EBZA 3HW1A 4HVPA 3SA7A 4Y3QA 5P5BA 5OZ7A 5P7QA 5OZRA 1HVIA 5P6KA 3QRVA 5P6AA 5JFUA 4I8WA 5P7NA 5DR4A 4COEA 5OZYA 5P6IA 4ZLSA 4HLAA 2HAHA 2FDPA 4F74A 1QBUA 3OY4A 2ZDZA 3VCMA 2VNNA 5P17A 5P0UA 3PB5A 2B60A 3OTSA 5COPA 5OYQA 3KFSA 2B7ZA 4RVXA 5P6ZA 2AZCA 4U8WA 2QP8A 4HE9A 5P85A 4HDBA 2QD6A 2O40A 3O9GA 5ER2E 5P7IA 1D4YA 5P6MA 1LYWA 3DCKA 1HVJA 3OUBA 1LYWB 5DGWA 1NSOA 5I3XA 4J5JA 2PMAA 4FM7A 3S2OA 4DJXA 2OF0A 5P4VA 5P39A 3PJ6A 4GJAA 3PWRA 1K6PA 4H3FA 2NNKA 3QI1A 1FQXA 2IDWA 5P3SA 5OZCA 3HVGA 3L5FA 5P12A 5BS4A 4GJ5A 5KQZA 5P4MA 5KOQA 5P41A 4I11A 1EPNE 1FQ5A 3QN8A 5C9BA 5TOLA 1TSUA 2A1EA 2A4FA 2ZJKA 3KN0A 1T6EX 3LZYA 2I4UA 5P13A 5P1LA 5P07A 1BDLA 2OHRA 5P5GA 4FL8A 1EC1A 5P0BA 3ZPUA 4Y54A 4K8SA 4J0VA 5P4PA 5P4QA 2V00A 4TRZA 2WEBA 3UQXA 5P5OA 5P1ZA 3T3CA 2PSUA 4ZPEA 2QI4A 5AH7A 5P8NA 5P4EA 5P44A 3IXOA 5P31A 4BELA 2AOEA 2F3EA 2JJIA 3TKGA 2XFKA 5P5EA 4I1CA 2BJUA 3LZVA 3UPJA 1PROA 5P0YA 1W5XA 5AH8A 5B18A 2AOGA 3T6IA 2PWRA 1UH7A 4Y4WA 1SH9A 3QRSA 5P2LA 4Z2ZA 2OHSA 3UTLA 3SFCA 2WJOA 3L59A 1YTJA 5P0JA 2R43A 5OZJA 5P24A 5P0TA 5P6EA 3NDXA 5DQCA 1T7KA 5P78A 3BGCA 5P72A 5P71A 4YBFA 1FQ6A 3KYRA 3SA8A 3JVWA 5P6UA 1T7IA 3SM1A 1TCWA 4DQGA 2XFIA 4Y4UA 4RYGA 4L7GA 5P2AA 2HB3A 4FRSA 4JOOA 5DGUA 3TOGA 2PK6A 3FNTA 2QD7A 2UPJA 5OZSA 4Y3EA 5P7VA 4ZSQA 5HCOA 5P4TA 1NPAA 2IKUA 5APRE 3MXDA 4EJ8A 5P22A 2PSGA 5AGZA 1BXQA 2WHHA 1QDMA 5OZ1A 3K5GA 3TKWA 1F7AA 4EP2A 2ZGAA 2NPHA 1K1UA 1RL8A 1RPIA 1IBQA 5P1AA 4ZIPA 5I3WA 1B6KA 4WY6A 4D8CA 5P3NA 1MEUA 4Y3FA 3NDWA 3HZCA 4CPTA 2JYSA 3PMUA 4XXSA 3OU1A 1W6HA 4EJLA 3K1WA 5P5JA 5P8GA 3UQPA 5P3PA 3OHHA 1AJVA 5P55A 5OZEA 3CKRA 5P3OA 5P3IA 1ZAPA 1B6MA 3NU3A 1PPLE 4Y3NA 3URLA 5P1MA 5I3VA 5P01A 4Y37A 1A8GA 3EKWA 4Y3HA 2WF3A 5ISJA 5AHCA 5OYYA 3IN4A 3VF3A 4DUSA 4Y3RA 3EKTA 1YM4A 5P36A 5KQXA 3OGPA 2Q3KA 3WB4A 2G1NA 1OHRA 2I4QA 5P1KA 5P0VA 4L1AA 3D1ZA 3KFPA 5P48A 4L1AB 3OQ7A 2Z54A 5CLMA 5P7HA 4OD9A 4RZ1A 3ST5A 3S45A 5SY2A 1YTHA 4OD9B 2G22A 2QMDA 1FF0C 1PFZA 5OZ9A 4CPQA 5P6QA 5P79A 3PBDA 4D83A 2QZWA 5P0DA 1B5FA 3VYDA 5IVRA 4Y36A 4YCKA 1ZJ7A 3B7VA 2VKMA 5KR0A 3MWSA 5HU1A 2ER0E 3I7EA 5P3TA 3T7XA 1HHPA 3O9FA 4X7IA 3RTNA 5OZ8A 2QNQA 1IZEA 4J55A 4Y5PA 3OOTA 1FMXA 2CEMA 5P54A 5P6HA 1KJ7A 1YX9A 9HVPA 5P2GA 2FXDA 4XX3A 4Y6MA 1MUIA 2HC0A 4Y39A 1YG9A 3ZKQA 4B72A 3QROA 5P8DA 4JPCA 1N49A 3QPJA 5BRYA 4I0JA 5P8PA 5HVPA 1EAGA 3EL1A 4DJYA 1W5YA 4Y4EA 3PVKA 2PK5A 5DR8A 5P5ZA 1E81E 5P5XA 5P0RA 1WBMA 1PPKE 3EL4A 2I4WA 4Y56A 5P89A 3IN3A 4DQFA 4YD7A 3G72A 1GVTA 2AOIA 1SIPA 3MSJA 2FGVA 2ZHVA 2BBBA 2Q11A 3TPLA 1VIJA 3H0BA 5P3ZA 5P47A 5P4HA 4OBGA 4B70A 3UDRA 3I8WA 5ENKA 5P1BA 3S43A 5P58A 5HDUA 3BRAA 5PEPA 3EM3A 5P82A 1AZ5A 3S43B 4RYCA 4IVTA 1RQ9A 2VJ9A 5DR0A 2HPFA 2G69A 3IGBA 2HS1A 3WSJA 2HS2A 1BDQA 3VF7A 3T11A 5P66A 5P11A 5OZ3A 3INHA 2R3TA 5P2CA 1W51A 4Y41A 3KDCA 4F73A 1M43A 2AZ8A 5P1CA 1BVGA 3BC4A 3SO9A 2SAMA 1XE6A 4FM6A 3VSWA 5P6SA 5OZ4A 4EHCA 5HDXA 3TPRA 2QMPA 2IL2A 3LZSA 4M8YA 1DP5A 3ZKNA 5I3YA 1EPME 3BHEA 4Y3JA 4Y35A 3ZPTA 4YE3A 3VFBA 4Y4JA 1MESA 1C6YA 2BPVA 5P5FA 3ZLQA 4DI2A 1FQ8A 4EJDA 2QCIA 2J9JB 4DJVA 4OC6A 3I25A 3EXOA 4DV9A 5OZUA 1OD1A 2HB2A 3VSXA 2ZJJA 3VV6A 3RVIA 2AQUA 4RCFA 4LL3A 4YD6A 5P62A 5DR7A 5P6XA 3WZ7A 2FS4A 4APEA 3A2OA 1GVVA 1LEEA 5P4CA 3EKPA 1FB7A 1BVEA 1ODYA 3GW5A 5P52A 1BWBA 2IEOA 4CPXA 4YHQA 4DJWA 1ODXA 1QS8A 2PH8A 1HVSA 3ZKXA 4H1EA 5P5PA 2HPEA 4NPUA 1FMBA 3VYFA 1NH0A 5P2UA 5P0XA 3EMYA 3FV3A 3UDNA 2G26A 5P5IA 2NXLA 3UDHA 1T3RA 1CZIE 5P2QA 1LYAA 3SA6A 4CPSA 4WY1A 4OBDA 1LYAB 3ZKSA 3OU3A 1EPPE 2ZJNA 1W6IA 2IENA 5SY3A 5OZLA 5P6RA 1PSNA 2EWYA 1IVPA 4ER2E 3HVPA 5IE1A 5P14A 8HVPA 5OZ0A 2QNNA 2NR6A 5AH9A 2HB4A 2ZHTA 1MRXA 5OZFA 1HXWA 3ZKIA 1XE5A 5P8BA 5OZNA 5EZZA 3LPJA 2I4DA 2QI7A 4NKKA 4Q1XA 4TVGA 3UF3A 3TTPA 4NJVA 5P74A 3R2FA 4FM8A 3ER3E 4K4PA 3BUGA 1BV9A 1QBRA 1XS7D 2Q64A 5OZQA 3OU4B 2VJ7A 4RVIA 5P8CA 3OUCA 5P51A 1DIFA 5OYTA 3MSLA 5P3KA 3D91A 4DVFA 2PQZA 3S53A 4Y3AA 1HTRB 5P8MA 4NJTA 3SA9A 2G94A 2HIZA 4ZE6A 3CYWA 2QD8A 1HEGE 3QVCA 4JP9A 3RSVA 4ZPGA 5P0HA 5P4GA 4R5NA 1M4HA 2IKOA 4RGHA 4DJRA 5P03A 5P76A 1C6XA 5COOA 2NXMA 4BFDA 5P2ZA 1HVKA 1SBGA 3K5CA 2BQVA 5P5AA 5P3YA 3ER5E 1E82E 3NUJA 2G1OA 5P3DA 5P32A 1EBWA 5P8RA 3HLOA 2PWCA 5P0WA 5P6DA 3TL9A 1OEWA 5HU0A 1KJ4A 5P38A 2QI6A 4DJQA 1SDTA 1FFIC 5P4OA 4APRE 3D3TA 2AZBA 5KQFA 1K2CA 3TPPA 3O9CA 4EWOA 5IVTA 2I4VA 1LF3A 5P42A 3U7SA 1KJGA 1XN3A 3I2LA 2WEDA 3FSMA 3OUDB 4YD3A 1U8GA 4K9HA 5DQ4A 1AAQA 3FNUA 5F00A 1FIVA 4EXGA 4GJ9A 3L5DA 3T7PA 4QJ9A 4QJ8A 1AVFA 5P6GA 5P2OA 4ZSMA 3I6OA 4Y5KA 3EM4A 2OHNA 3OAGA 1DPJA 3ZL7A 3OUAA 3ZKMA 3OAGB 3K5FA 5P1FA 3UDKA 2B42A 5P0NA 2VIEA 7HVPA 5P2IA 3TOFA 2QNPA 4Y5EA 5P1YA 4OBJA 3KF0A 3VLBA 2R9BA 4FSLA 2IGYA 5P2JA 2I4XA 1HSIA 5P6JA 4PYVA 3FX5A 4RVJA 3HDKA 1G6LA 2IS0A 4RCEA 1XN2A 1HPVA 2BKTA 5P5YA 5DPZA 4IVSA 5DR1A 3IXJA 3VYEA 3QP0A 4FE6A 3UDQA 5P7MA 5P81A 4LP9A 2V0ZC 3HD8A 2OHLA 3LPKA 3SQFA 1CPIA 4Y3SA 5P16A 3SABA 1MIQA 3NU9A 5P2BA 4Y5NA 4J1EA 1W5VA 4J1HA 5P3WA 1WBKA 1K6TA 3TH9A 2NXDA 1C70A 4J1CA 3S56A 1MSNA 3RSXA 5P8UA 1IZHA 3VLAA 5P35A 3IVHA 1EPLE 3PI5A 3CKPA 5P1RA 5P3EA 5OZWA 1EPOE 2R5PA 5P7EA 1EBKC 2NNPA 3K4VA 3NDTA 3BGBA 2WEZA 5F01A 5P2KA 4LXMA 1PPME 4I0FA 4KE1A 5P3RA 5P4RA 5P6FA 1FMUA 5OZIA 5OYSA 3DM6A 3UFLA 4DJOA 2APRA 5P2YA 4Y47A 2G27A 3O9HA 3RTHA 4EXHA 3EM6A 4L7HA 1AM5A 5E5JA 4H3GA 3GGXA 4BEKA 1APUE 2RENA 2ER6E 2RKGA 5KR8A 1IDAA 2ZHSA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5P3F A;  1LYB A;  5HDZ A;  2R5Q A;  4I0I A;  1QBT A;  1YTI A;  2P3C A;  3N3I A;  5P3L A;  3LIX A;  3PLL A;  1LYB B;  4CMS A;  4KUP A;  2IGX A;  3EC0 A;  4PPH A;  3EL5 A;  1FG6 C;  2BPX A;  1ZLF A;  3R1G B;  4GMI A;  4BFB A;  1B5F B;  2R3W A;  4YD5 A;  3FIV A;  1Z1R A;  2P3D A;  2FGU A;  2O4P A;  5OYW A;  3KDB A;  2ANL A;  1HVL A;  3OXX A;  3IA9 A;  2VIJ A;  3O9A A;  1MPP A;  4Y51 A;  5P7D A;  2I0A A;  4Y4G A;  5P1N A;  4A4Q A;  4MC9 A;  5P1U A;  1ZP8 A;  3PM4 A;  4J1K A;  2WEC A;  3UCB A;  5P88 A;  4LAP A;  2QHY A;  3PSU A;  5P0L A;  4Y38 A;  2VA5 A;  4I0H A;  5P5N A;  5IVQ A;  3VV7 A;  4R95 A;  2F8G A;  5P56 A;  5E5K A;  3FNS A;  3GGV A;  3UDM A;  5P1H A;  5BWY A;  4GB2 A;  3VV8 A;  3SA3 A;  5P3J A;  1SMR A;  4D88 A;  2AOD A;  5JFP A;  4Y43 A;  3BXR A;  5OZZ A;  5P3G A;  1EC2 A;  2V16 C;  5P6O A;  1HRN A;  2P3A A;  5SZ9 A;  3GGU A;  5P3Q A;  3S85 A;  3PCW A;  4K4R A;  3BXS A;  5P4U A;  4XKX A;  1SIV A;  2VA7 A;  1G35 A;  1ZSR A;  5P8J A;  3ZKG A;  5P4X A;  4B05 A;  1FEJ C;  5P2H A;  3SKG A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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