2VURA

Chemical dissection of the link between streptozotocin, o-glcnac and pancreatic cell death
Total Genus 232
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
232
sequence length
584
structure length
584
Chain Sequence
VLVPNLNPTPENLEVVGDGFKITSSINLVGEEEADENAVNALREFLTANNIEINSENDPNSTTLIIGEVDDDIPELDEALNGTTAENLKEEGYALVSNDGKIAIEGKDGDGTFYGVQTFKQLVKESNIPEVNITDYPTVSARGIVEGFYGTPWTHQDRLDQIKFYGENKLNTYIYAPKDDPYHREKWREPYPESEMQRMQELINASAENKVDFVFGISPGIDIRFDGDAGEEDFNHLITKAESLYDMGVRSFAIYWDDIQDKSAAKHAQVLNRFNEEFVKAKGDVKPLITVPTEYDTGAMVSNGQPRAYTRIFAETVDPSIEVMWTGPGVVTNEIPLSDAQLISGIYNRNMAVWWNYPVTDYFKGKLALGPMHGLDKGLNQYVDFFTVNPMEHAELSKISIHTAADYSWNMDNYDYDKAWNRAIDMLYGDLAEDMKVFANHSTRMDNKTWAKSGREDAPELRAKMDELWNKLSSKEDASALIEELYGEFARMEEACNNLKANLPEVALEECSRQLDELITLAQGDKASLDMIVAQLNEDTEAYESAKEIAQNKLNTALSSFAVISEKVAQSFIQEALSFDLTLI
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

molecule tags Hydrolase
molecule keywords O-GLCNACASE NAGJ
publication title Chemical Dissection of the Link between Streptozotocin, O-Glcnac, and Pancreatic Cell Death.
pubmed doi rcsb
source organism Clostridium perfringens
total genus 232
structure length 584
sequence length 584
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.2.1.169: Protein O-GlcNAcase.
pdb deposition date 2008-05-29

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF02838 Glyco_hydro_20b Glycosyl hydrolase family 20, domain 2
A PF07555 NAGidase beta-N-acetylglucosaminidase
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.58.460 Mainly Alpha Up-down Bundle Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 Hyaluronidase post-catalytic domain-like 2vurA03
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 2vurA02
3.30.379.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Chitobiase; domain 2 Chitobiase/beta-hexosaminidase domain 2-like 2vurA01
1EH9A 4HA4A 3TP4A 3U7VA 5E70A 3GDBA 4MNJA 3WF2A 1JF5A 3POHA 3W37A 2CBVA 1OIMA 1V6VA 3AHTA 1MQQA 1VFFA 5DFAA 9CGTA 2VZTA 4GI6A 1C3FA 1BFNA 4Q22A 3VIFA 2XIIA 4GI8A 1YQ2A 4J27A 2YLLA 3SUSA 1HT6A 3CZEA 1NWTA 1Y7VA 5AC4A 2W62A 2VX5A 3E1F1 3AS0A 3WEMA 4RL3A 1K9DA 2OSXA 1V0MA 1BLIA 4R5EA 4J7RA 2WHJA 2UWFA 3B9AA 4QAWA 4GXPA 2XFYA 1E0VA 5D9PA 2JF7A 3BAIA 3A6OA 2BXYA 3CUFA 2G3JA 2QV4A 4PN2A 4QLJA 4XV0A 3MUZ1 1X6NA 1GUVA 1W9VA 3WNOA 5CG0A 2CESA 3ZJ7A 2FH8A 1UD2A 4HZ7A 1HJQA 2AOSA 3K4AA 1HIZA 3L4VA 4W8AA 3WH8A 1PX3A 1UWUA 4HZ6A 3BCFA 3ARUA 4X9YA 1TMQA 3OG2A 4GZIA 1AQMA 2JFEX 4U2ZA 5JBEA 2CITA 3SEPA 1ZS2A 3VU2A 2BY1A 1YHTA 4W88A 1JGIA 1XV8A 3AS3A 1CZ1A 1J0IA 4PSPA 1ISXA 1G0CA 4D6JA 3U5UA 5A6AA 1E4LA 1JFXA 5A6JA 2WWDA 1PZ2A 2W4XA 4S3JA 5DF0A 1J0JA 3UERA 4D72A 3T0BA 1CGXA 4AD2A 2DSVA 2CHNA 5A1AA 4J28A 3THCA 2C8NA 2CKRA 4P7NA 1A47A 2WBGA 1UR4A 4UQDA 2VZUA 1HJWA 1PIGA 1CXLA 2X09A 1VEPA 3OB8A 2OWWA 3PZQA 3PN8A 2BS9A 1K9FA 3DYPA 2XVLA 1E3ZA 2E8YA 4NSBA 4MDOA 3ARVA 2ZUNA 5A6MA 4PMXA 3WQ4A 1VRXA 1JI1A 4CD5A 1HVQA 4DWSB 5KEZA 5JBFA 4MB5A 3WQ8A 4CN1A 1HKJA 1OT2A 4MJ2A 1ZJBA 1D7FA 1QW8A 1CGWA 1C8XA 4CU8A 4QCFA 5GPRA 3BLPX 2AAAA 1JNEA 3OLEA 3SCTA 4X0NA 3AXIA 2WNWA 1HJUA 1E4MM 3B9DA 3EDFA 1R87A 3VIIA 4F8XA 4GPNA 5A8QA 1NOWA 4H2CA 2VMFA 4MNMA 2G41A 5GQBA 3T08A 1CXEA 4PMRA 1C91A 3VDAA 1KXQA 3ZJKA 3WDJA 4PMOA 3BAXA 3WF3A 3WY1A 4TUFA 4DUVA 3W4RA 3RPMA 2WHLA 2DT0A 5FCZA 3NDYA 1WDQA 3FAWA 1TUXA 3GXDA 1CXFA 1LQ0A 2PWHA 3CZLA 1US3A 1GQLA 3II1A 2CERA 5BXTA 1V08A 2YL8A 1VBRA 1J18A 1ITCA 4RE2A 1HJVA 3AICA 1WO2A 2VNCA 3M6DA 1LG1A 4CVUA 4JZ5A 2WKLA 2YBTA 4DM2A 4WSKA 1HX0A 4M56A 1UD6A 4D6IA 4CD7A 3QGVA 3VDBA 4ZE5A 3SCPA 3ZM8A 3GNPA 1CIUA 1H2JA 5LYRA 2GFTA 5FL0A 1V6UA 4MDPA 4B3LA 3MMUA 2ZUMA 3CZGA 2PBOA 4PMNA 3VOCA 2J7CA 2XSBA 3LPFA 2J7FA 3FHQA 3GXMA 4D6HA 4WF7A 2EPNA 3VD3A 4UQCA 3WN6A 3VDCA 5A69A 1VF8A 1VIWA 2NW0A 1UZ1A 1R8LA 3RILA 3W81A 1E70M 3SUWA 1J0HA 2C0HA 2D20A 3VMPA 2WC7A 1WKYA 1W32A 5M5DA 3GH7A 1DWIM 4D6CA 3WQWA 4BQ3A 2W5FA 3WFZA 4GKLA 5A6SA 4WLCA 1BYBA 3IJ9A 1IT0A 2JEQA 1MXGA 3AHXA 1ISYA 1AMYA 3ARZA 1TCMA 5FKYA 5EB8A 4GI9A 2WK2A 2GK1B 1CWYA 4HA1A 2J77A 2ZXBA 1V02E 2Z1SA 3PZVA 1JG9A 2PWGA 1UD3A 4X0VA 3L4XA 4W8BA 1CTNA 2BHUA 4EE9A 2CBIA 1ZJAA 2XJ7A 4U5IA 3ZOAA 4J3XA 3RM4A 1VAHA 4CCDA 1V0LA 2DT2A 4Z2IA 3QHMA 1XCWA 5FIPA 1CGYA 1H3GA 2WSKA 4CCEA 3NDZA 3PZNA 4W5ZA 3ARPA 4D6FA 3L4ZA 5CQ1A 2X1IA 2J62A 2VUYA 3T0AA 1MW0A 3UR7A 2VURA 2EO7A 1KGWA 3SIMA 2VCAA 3CO4A 5CPQA 4OJYA 4B16A 5AC5A 5BXPA 1NWRA 2A3HA 4E8CA 3AZSA 1E6QM 6CGTA 6A3HA 1XH1A 3IK2A 1FFRA 4MTVA 4H41A 5C8BB 4XX6A 1XSKA 4GIAA 4C7DA 4ACZA 4WKAA 2GDUA 1WZKA 2WCSA 2W61A 3RIKA 5C71A 4HMCA 2VZOA 4J3UA 1R7AA 3I3EA 1ZBKA 1GW1A 2X2YA 3OBAA 4J3VA 1V3HA 3DYOA 1OGSA 3WF4A 5E6ZA 2OYLA 1LLOA 2QMKA 2D22A 1GORA 3OGSA 5ABEA 1QNRA 2XGIA 4YPJA 3EDEA 4FLSA 1Q4NX 3VKKA 7TAAA 5A95A 2G3NA 1QW9A 4NF7A 1XH2A 3DECA 1BVZA 1US2A 3HU7A 1UD4A 5D4YA 4UZUA 4CUCA 1VEOA 5LA0A 2PWEA 4C91A 1E6RA 4IPNB 3TOPA 2WVVB 5A8MA 3W6LA 3WL1A 4HOWA 3BSHA 1UR1A 2F2HA 2WMGA 4FLQA 1GOKA 2GJPA 4UOJA 5D9NA 3ALFA 2WZEA 2DSUA 2BXZA 2BNJA 2NSXA 3DHUA 2RGLA 3SUVA 1JFHA 1P6WA 3AIVA 4RE4A 3SCNA 4R27A 2X0HA 1W2VA 2Y8KA 4DUWA 1QI2A 3CH9A 5CPSA 2WVSA 3VD4A 1MXDA 1KXVA 3UCQA 4OOUA 4HOXA 1RH9A 2QPSA 5DMYA 1UR8A 1ZL1A 4JL1A 3GM8A 1UKQA 4MADA 3AS1A 3WBAA 4JL2A 1CGTA 3AXHA 4WK9A 5AY7A 3WQ5A 2WVTA 1V3MA 1U30A 5I23A 3F4VA 3GH4A 3WH9A 1WZLA 2VC9A 3MV11 4Z2GA 1EHAA 1B90A 1JZ3A 1J0ZA 5A2BA 4A3HA 1TZ7A 1B2YA 4UFIA 4JIEA 4UR9A 8A3HA 4D71A 1R7OA 5A2CA 3SCUA 3VGDA 1JDDA 4WKHA 1GJWA 4B3KA 1E6XM 2FH6A 2WBKA 2VVSA 4KMQA 3WUFA 1GNXA 1E71M 3VGBA 2O9RA 3A3HA 4P8XA 3SURA 2XUCA 1AQ0A 4EAMA 2UY5A 3WDQA 1DWFM 3NSNA 3FN9A 1EO5A 2WCAA 4W86A 3UEQA 5HOSA 2VOTA 1W9XA 1CPUA 1V3LA 3NUKA 5DT5A 1W1PA 2ZE0A 3LPGA 1GONA 1JDCA 4OOZA 1GJUA 3NCOA 4NRSA 3BC9A 2DIJA 3WNPA 4XB3A 1M03A 1ZU8A 1KBKA 1XGZA 4GZEA 1MFUA 4P8UA 2F61A 5D9MA 1E6ZA 4Z2LA 3G6MA 2DSKA 3GH5A 5CZKA 2WMIA 2VRQA 4P8WA 5A6LA 1MQRA 2UY2A 3MO4A 3AYSA 3RO8A 2VCCA 1CXKA 1CENA 3L2MA 4AW7A 1DWHM 2FGLA 2V38A 4GO8A 5I0DA 2J7BA 2VR4A 1RP9A 1WP6A 2YL9A 3K8LA 2V5CA 3AIBA 1K9EA 4W7UA 3TONA 1KXTA 4UCFA 3RDKA 2CNCA 1UQZA 5KZ6A 7A3HA 1PIFA 3POCA 2D0HA 2D1ZA 3F5KA 2XVGA 3WBEA 4HTYA 4L4PA 1C7SA 1W1TA 2G8ZA 3MMWA 3I3BA 3AOFA 1JXJA 2YOCA 3WL0A 4H8VA 3AISA 1R86A 3VD7A 3NSMA 2WCGA 1OIFA 4QLLA 4ZEPA 1UWQA 3OLIA 2WM0A 3GTNA 4BQ4A 1B30A 4U5KA 1KWGA 4HOZA 5IXEA 1L8NA 3PTKA 1CGVA 2ZUTA 3AFBA 1EQPA 1UKPA 4PEEA 3WD4A 1NM9A 5DEZA 4CKQA 4AC1X 3AIRA 4ZFMA 4U31A 3DC0A 4TVCA 4MAVA 4TTGA 2VTFA 2DDXA 5I5RA 5IFPA 1UA7A 2J8GA 1E15A 1BAGA 2WWCA 4XZWA 1W9BM 4KH2A 3MUIA 3GZAA 5I2UA 3AIEA 4W7WA 3FXYA 1OINA 3SCSA 4AZ7A 2CXGA 4CCCA 3AMDA 5DT7A 1KR1A 3QOMA 2ZUWA 3GBEA 2O9OA 2ZXAA 1VFMA 3NJ3A 2CCRA 3FNDA 5EFDA 5JIPA 2VX7A 1W3KA 2FHFA 1TVPA 1UQYA 1E72M 3ZT6A 4W84A 2WSPA 3WF1A 4OBRA 4HMEA 1J10A 1JZ6A 1UYQA 4BCEA 1HN1A 1NWUA 3A4AA 1H4PA 1HJSA 4K68A 5E6YA 1M53A 3VD5A 2QPUA 1DWJM 4PMVA 3VM7A 4LXFA 4AZCA 1UA3A 2VR5A 3CUGA 2EXOA 2WB5A 3K4DA 1NOFA 1E1FA 3WNLA 5A94A 1ITXA 3N18A 1V0KA 2QF8A 3L4WA 1A3HA 5TD4A 3RM8A 3ARQA 1TG7A 3WUGA 3VX1A 4H8HA 4M81A 1WDPA 1KGUA 5EBAA 1OSEA 2OYKA 4W93A 1E3XA 4UOQA 4S3KA 4M24A 2BVYA 5ABGA 4AY1A 2W91A 3AZTA 4PMDA 1WPCA 3L4TA 1V6XA 1BF2A 1X6LA 2GVYA 3W25A 4C7GA 5BXRA 1CBGA 1WDSA 1EQCA 1XH0A 3AQUA 4PSRA 4P7QA 1Q6FA 1UH3A 1MYRA 3PZTA 1JYVA 1J0YA 3IJ7A 6TAAA 3OZOA 2FDMA 4KWUA 2O92A 3A4WA 3ZJ8A 3AMKA 3GYCA 3DHPA 1KCLA 2AMGA 4HA3A 1KGXA 4AZ6A 4BS0A 1BTCA 3ZSTA 1BSIA 2OYMA 1NARA 4UFLA 5I78A 3ARWA 3S6TA 3BXWA 2XVNA 2DQXA 3A4XA 4UOZA 3N1AA 2WYSA 4BA0A 2DPEA 1C7TA 4PBGA 2YDRA 1H09A 1Q6EA 3UG4A 2J7DA 4M29A 3VMOA 3J7HA 3N17A 1OB0A 3WNMA 4AZHA 1JXKA 1OD8A 5A2AA 3K8KA 1W9DM 2VZSA 2FHCA 4W5UA 2BY3A 3K1DA 4OUEA 5CXPA 2F8QA 3VO0A 3WMCA 1GHSA 5AYIA 4AWEA 3HN3A 3EBVA 2ZUUA 3T0DA 2CYGA 2ZX6A 1PJ9A 2QMJA 3QHNA 3VIHA 4BQ2A 1DWAM 3IAQA 1JIBA 1EA9C 1QNOA 2ZWYA 2WZHA 2PI6A 3ZSSA 5A8NA 4IISA 2IUZA 1G9HA 5IFTA 4YHEA 2VVNA 1ISZA 1H41A 1BGAA 3ZJ6A 3PBGA 2JIWA 4MJ4A 1AVAA 2E9LA 1HKIA 4H7VA 3L4UA 2J4GA 4PTWA 1SYTA 3AMCA 3CGTA 4A4AA 3A47A 2BFGA 4EKJA 4MNLA 3U7BA 4W89A 1W9UA 1E73M 2WC3A 1WNOA 5CGTA 3FW6A 1JF6A 3WD2A 3K46A 5E09A 3WD3A 1S46A 2PWDA 4AZ5A 4HMDA 3UG3A 4ATDA 1UWIA 4DUXA 3PZOA 4P8VA 1UKOA 4HPGA 1V6WA 2EPKX 3ZT5A 3AI0A 2CBJA 1U33A 3ZR6A 3SCVA 1VFOA 4ACZB 1NOUA 2VZVA 4Z2KA 4LYRA 1GOOA 3UG5A 5HDRA 4U3CA 5I24A 3RJYA 2JF6A 3D3AA 4NRRA 4P7LA 5BWFA 5E0FA 3LPPA 1XSJA 5ABFB 4AEEA 3PZUA 3EMCA 2D24A 5LA1A 1KQZA 5D8ZA 3VIGA 3WSUA 3W24A 4CN4A 1M7XA 4FF5A 2BHZA 4M1RA 1OT1A 3AHYA 3N11A 1V3JA 5I77A 4LGXA 3BH4A 3NSXA 3BGAA 1J0KA 2A3AA 4OKDA 3VGEA 5IDIA 3WEOA 3WNNA 1HVXA 2WW5A 1LWJA 1MFVA 5F7UA 4HPHA 1QNPA 4C7FA 1UR9A 1NQ6A 1BG4A 3BMVA 1HKMA 2VCBA 3S2CA 3CUHA 3F5LA 2J75A 2CPUA 2Y5EA 5IHRA 1XCXA 3WDRA 3PHAA 1G1YA 1ECEA 1R85A 3IAPA 2DSWA 2E4TA 5BCAA 2X0YA 3B8SA 4GQRA 4PMZA 1DHKA 3KL5A 3PZ9A 4AZGA 1UH2A 3AXXA 1NWSA 1KXHA 4FLOA 1E4IA 4NZCA 1CXIA 1QHOA 1W3HA 2E0PA 3WD0A 1TA3B 3W29A 3HMCA 2FHBA 1ISWA 2A3CA 5A8PA 1F4AA 1I1XA 5ABFA 2D3NA 1GHRA 3ZMRA 2PB1A 1LF1A 3W53A 2CBUA 2BY0A 2GUYA 4DWSC 3BMWA 4YN5A 4A3YA 1UUQA 2WMHA 4AIEA 4D1IA 2YJQA 1ZB5A 1E5NA 3VD9A 1EHNA 2J7HA 2VQUA 3N04A 2UY4A 3ARTA 3QR3A 1O7AA 4AD5A 4KGJA 4UFHA 3MV01 1SR0A 3SCRA 1LJYA 5E0CA 5CGMA 5HPOA 4JCLA 1JI2A 4ZE4A 1Q6DA 3EYPA 1B31A 1J9YA 1JYNA 3VIOA 4W85A 2XVKA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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