2VVSA

Btgh84 structure in complex with pugnac
Total Genus 236
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
236
sequence length
588
structure length
580
Chain Sequence
LQPPPQQLIVQNKTIDLPAVYQLNGGEEANPHAVKVLKELLGMLISIGEKGDKSVRKYSRQIPDHKEGYYLSVNEKEIVLAGNDERGTYYALQTFAQLLKDGKLPEVEIKDYPSVRYRGVVEGFYGTPWSHQARLSQLKFYGKNKMNTYIYGPKDDPYHSAPNWRLPYPDKEAAQLQELVAVANENEVDFVWAIHPGQDIKWNKEDRDLLLAKFEKMYQLGVRSFAVFFDDISGEGTNPQKQAELLNYIDEKFAQVKPDINQLVMCPTEYNKSWSNPNGNYLTTLGDKLNPSIQIMWTGDRVISDITRDGISWINERIKRPAYIWWNFPVSDYVRDHLLLGPVYGNDTTIAKEMSGFVTNPMEHAESSKIAIYSVASYAWNPAKYDTWQTWKDAIRTILPSAAEELECFAMHNSDLGPNGHGYRREESMDIQPAAERFLKAFKEGKNYDKADFETLQYTFERMKESADILLMNTENKPLIVEITPWVHQFKLTAEMGEEVLKMVEGRNESYFLRKYNHVKALQQQMFYIDQTSNQNPYQPGVKTATRVIKPLIDRTFATVVKFFNQKFNAHLDATTDYMP
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule tags Hydrolase
source organism Bacteroides thetaiotaomicron vpi-5482
publication title Elevation of Global O-Glcnac Levels in 3T3-L1 Adipocytes by Selective Inhibition of O-Glcnacase Does not Induce Insulin Resistance
pubmed doi rcsb
molecule keywords O-GLCNACASE BT_4395
total genus 236
structure length 580
sequence length 588
ec nomenclature ec 3.2.1.169: Protein O-GlcNAcase.
pdb deposition date 2008-06-11

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF02838 Glyco_hydro_20b Glycosyl hydrolase family 20, domain 2
A PF07555 NAGidase beta-N-acetylglucosaminidase
A PF18344 CBM32 Carbohydrate binding module family 32
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.58.460 Mainly Alpha Up-down Bundle Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 Hyaluronidase post-catalytic domain-like 2vvsA03
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 2vvsA02
3.30.379.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Chitobiase; domain 2 Chitobiase/beta-hexosaminidase domain 2-like 2vvsA01
4Q22A 2YL8A 4P8WA 1UKOA 5BRPA 2YA1A 5KZ6A 4D1IA 4BQ3A 3W81A 2DSZA 3IJ8A 1QNRA 4W93A 3ARYA 4IPNB 3W82A 2PWGA 3VD3A 4NSBA 3AMGA 1DWGM 1J0YA 2YBTA 1E4IA 4WIWA 3W6MA 1CXEA 2Y24A 2TAAA 2WCAA 2GSJA 3ARUA 3ARXA 1JL8A 5F7UA 4V27A 1UR9A 5D9NA 5EBAA 2BY2A 2WMHA 1FFQA 1W9DM 1U30A 1MVYA 2E4TA 4NF7A 1MW3A 1LLOA 3W38A 2CITA 3BCDA 5BRQA 2BNJA 4W89A 4H8UA 3WD3A 2WW5A 4X9YA 4N42A 5IHSA 2CXGA 3ZT6A 1OWQA 2XGBA 3WIJA 3WQVA 3RDKA 1NP2A 1HL8A 2YLLA 4CCCA 3CZKA 3T0AA 5I77A 2CETA 3L4UA 3AIEA 1R86A 1EIBA 1B0IA 3PTQA 4HOWA 5FL1A 2WWCA 1JZ7A 1B3VA 3WENA 3B8SA 4ZXLA 4D6HA 1Q6EA 2YLAA 1HP4A 3T2OA 5D8ZA 2JE8A 4MDPA 1TG7A 2G3NA 2XFYA 3EDKA 1LL4A 3CLWA 4UQEA 2J7GA 2NW0A 3CMGA 1MW0A 1LQ0A 1BVNP 4UQCA 4HMCA 2BHUA 4P8UA 1BVZA 2VO5A 3PBGA 4P8XA 2DSVA 3N12A 4L4OA 4URIA 2DIEA 3ZSTA 1JZ6A 2NT0A 2CBVA 5AC5A 1UUQA 3DYMA 3GH7A 4CD7A 3WBAA 1JNEA 4PEEA 3BAKA 4W7VA 3NSNA 1FA2A 4QAWA 2WMJA 2XVGA 4GZJA 5CSUA 4UZUA 1G0CA 1ZBVA 1R7OA 5ABEA 1W32A 3F5LA 2EXOA 1TCMA 4AZ6A 1V6WA 3WF0A 1DWFM 3EBVA 1CENA 1WDPA 3ZR5A 4RE2A 2GJRA 3WUGA 5EFFA 3U5UA 2F8QA 3SCWA 2D0FA 3VVGA 4UQDA 2WXDM 2WC3A 4HZ6A 1CGUA 4ML4A 2AAAA 2ZXQA 3OA5A 5E6ZA 3WQ5A 1GHSA 6TAAA 4JFSA 1IT0A 2DEPA 4UCFA 1KR0A 3ZOAA 1EXPA 3TA9A 4J3TA 4GO8A 4WLCA 3VM5A 2A3HA 4D6JA 2E9LA 5EFDA 3WH9A 4UNIA 5I78A 3ZIZA 2WC4A 3AFBA 3PZ9A 4GIAA 3VOCA 1NWTA 1E6XM 4IUGA 3T0DA 4XZBA 5A2BA 5CGTA 1C90A 1V0MA 5EMYA 1JXKA 2BY1A 2PF0A 2HISA 4V28A 2PB1A 1CGWA 1GONA 4ZENA 3AS1A 1C93A 2E8YA 4UOJA 1BYAA 4U31A 1CPUA 5FL0A 2PBOA 3MUZ1 3SCTA 5DT7A 1ODUA 3GXFA 3WNPA 1ITCA 4UQAA 2XWEA 5CPQA 4TUFA 4U33A 4JCLA 1RP9A 1GW1A 3VMOA 4PMQA 1E3XA 4S3KA 1QHPA 2J7EA 3WMBA 4A3YA 1LWHA 4UQBA 2UY2A 2C8NA 2VQUA 1J18A 2WHLA 5BWFA 1NH6A 3KZSA 2QF8A 1E6PA 2XFFA 3N15A 2E9BA 1OB0A 2D23A 4CUCA 1E56A 3PTMA 2OSXA 4PN2A 2YIHA 2CNCA 2V3GA 2YA2A 3OZOA 5DT5A 1UHVA 2JIEA 3WFLA 3GNPA 4Q7NA 3S6TA 2D1ZA 3LPOA 2X0HA 1PIGA 4CCEA 2X1IA 4XUYA 2WSPA 3IAPA 3WDRA 1QVBA 3PZOA 1H5VA 3HMCA 1XH2A 4E4PA 1NM9A 4UFLA 4U3AA 1UR1A 1E6NA 2WMKA 5CXPA 3VIOA 3GYCA 4HA4A 3ZJ8A 5M03A 2Y4SA 3II1A 1OGSA 3AIWA 1E6RA 2ESCA 2XVPA 4AWEA 4J3SA 4PUDA 1X6LA 5I5RA 1US2A 1UH3A 4AD5A 3GH5A 3PZNA 1ZS2A 3BH4A 2VOTA 4BF7A 3ECQA 1UZ1A 3FW6A 3KL0A 2V38A 2W91A 1UR0A 3UESA 1UWRA 4KGJA 3DC0A 1QW8A 1MQPA 4WKFA 1TA3A 3L4ZA 4C7FA 1QHZA 1E1EA 1AQ0A 1BG9A 1W3HA 3F4VA 3T0BA 5I6SA 3FY1A 3W4RA 4MPKA 3UETA 4ATDA 1UG6A 2PWDA 1E40A 2BXZA 2GJXB 3CBWA 2OYLA 1JIBA 2JIWA 3RJXA 4MNMA 2EPNA 5JBDA 3ALFA 1J10A 5I23A 3RM4A 5I3DA 2QPUA 3I3EA 5ABFA 1R8LA 4L4PA 1GPFA 2WSKA 4TVCA 3ZMRA 2EQDA 1QBAA 1N82A 2Y8VA 3VDBA 4JFUA 1LL7A 1EOMA 4KRTA 3CMJA 1UA3A 3VGHA 1NP0A 1NWUA 2FGLA 2PWEA 3EMZA 3AMLA 2ZUSA 2CPUA 3N1AA 1UYQA 2BXYA 1UR8A 2ZUNA 1I75A 3WNNA 3VGBA 5BXPA 4HOXA 2BVTA 1UWTA 3IJ7A 4CN6A 2EPMX 3B9EA 3SCOA 3HJEA 2VI0A 4P7OA 3BLKA 2J77A 2XG9A 3VINA 4D6IA 3MMDA 1ECEA 3VO0A 5A8OA 3MU7A 2CERA 2XM1A 1ESWA 4GQRA 1XCXA 2OSWA 2GDUA 4YHGA 5DO8A 2VRQA 4U5KA 3RILA 5E09A 1TVNA 4PMDA 3ZT5A 4QLLA 1BYCA 1GVIA 1EDTA 3I3BA 1OCQA 2F2HA 1W2PA 4GPNA 1B3ZA 4JFWA 2VMFA 1XRVA 5CGMA 4AIOA 2VX5A 3L2LA 3WNLA 1JYWA 1XH0A 4PYSA 2WAGA 3AXIA 1HJSA 3RJYA 2YOCA 1NARA 2V5DA 3IANA 3SCPA 1CNVA 1E1FA 2VZOA 2WKGA 4PCSA 1CGVA 1ISZA 1WAWA 1PX8A 2BHYA 3W26A 3FNDA 3MMWA 1LWJA 1GUVA 1E6QM 1MW1A 2GK1B 2ZX8A 3IAQA 4W5UA 3CPUA 3VIFA 3TTYA 2BY3A 2YA0A 8CGTA 4AEFA 2ZUUA 4KH2A 4ATWA 3AZTA 3AROA 4AZCB 1V6UA 1PX3A 1GQLA 3ZM8A 1OD0A 3OLDA 2DSKA 3F5KA 1KGWA 2RGLA 1VAHA 1GVYA 1C7SA 2WZIA 3QHMA 2VRJA 3PZIA 1VFFA 4WKHA 2VZVA 2EEXA 1D2KA 1HKKA 4DWSA 3JUGA 1E71M 1WKYA 4AD2A 2CIPA 4PTWA 1HVQA 4YPJA 3OLGA 4H2CA 3A3HA 3PZQA 1W9VA 1A47A 3WY1A 1SMAA 1E43A 1PX4A 4LPCA 4CU8A 3AISA 1HJWA 4KMQA 2ZIDA 4CU6A 2Y8KA 3VIHA 2FHFA 1EQCA 3D5HA 4TXEA 1XGZA 4U5IA 4JL2A 1VBRA 1D3CA 1BLIA 3A6OA 1UD2A 4HP5A 1VFMA 4W8AA 3DECA 4PSRA 3POHA 2OLHA 2ZWYA 3WD4A 3WQ8A 1TFVA 1JF5A 1US3A 4A4AA 2FHCA 4JKMA 1AQMA 4PMUA 5A6KA 3OGRA 2G3MA 3QHOA 3MS8A 1M7XA 1I1XA 3HU7A 5IHRA 2ZUWA 4AXNA 1CTNA 1ISVA 3GNOA 1JZ4A 1TE1A 2XUCA 4M8UA 2DDXA 5GNYA 3GXMA 7TAAA 4WSJA 3AOFA 4D71A 3WQWA 3UR8A 5I2UA 3BGAA 1YQ2A 3MUAA 2BVYA 2UY5A 1E0VA 1GCYA 4QLJA 5EB8A 3WUEA 2YBUA 3IJ9A 2XIBA 1KGXA 3FHAA 4AISA 5E9AA 3NCOA 1MFUA 2J8GA 3VX1A 4CD5A 1J11A 1XYFA 4DM1A 2GDVA 4HU0A 3RMEA 2G41A 5D4YA 1QW9A 4FF5A 2WCGA 4Z2KA 4U2ZA 2VX4A 4B3KA 3OG2A 4B9ZA 4BQ5A 2B31A 3CZLA 3VDCA 3CZ8A 1BF2A 1F4AA 4W87A 1ZL1A 3W29A 4EK7A 3O6AA 3EDEA 4KRUA 3GDBA 3VMPA 1W9XA 1B2YA 3LPPA 4HMEA 3OLIA 1RD6A 4J3UA 3U5YA 4R27A 3VX0A 1EQPA 4E2OA 2ZXDA 1BYDA 1KXTA 1OT1A 1CBGA 4OBSA 4PSPA 3TONA 3VIJA 9CGTA 1TMQA 1UKPA 3AIQA 2QV4A 1KXVA 3L4VA 2QLYA 2ZUVA 4BCEA 3WH8A 1CXHA 4Z2LA 3L4YA 2WBGA 3B9DA 1OBAA 2FH8A 3M6DA 5CQ1A 4M80A 1JI2A 1OIMA 4IM4A 1HXJA 4OIFA 1B90A 1M01A 3WH6A 4UTFA 2DSUA 2DT1A 3BSGA 4ACZB 1E72M 5FCZA 3CO4A 5ABHA 3J7HA 3VKKA 1XSJA 2GUYA 2D2OA 1QHOA 4P7QA 4F9DA 4J28A 5BXRA 2WHKA 1BQCA 5A3HA 1XD1A 2W4XA 1E55A 1ZBWA 4ACYA 2AMGA 1JI1A 4UQ9A 2FGZA 4UFHA 2YKKA 5A8NA 2ZX6A 5C70A 2JEPA 7A3HA 4M1RA 4OOUA 4EANA 3ZO9A 1ZB5A 2J62A 1JAKA 5E0CA 4PTMA 1OIFA 4AD4A 2W62A 3ARRA 2Z1SA 5CPTA 2VVSA 3KL5A 4LYPA 1J0HA 4WKAA 2WMIB 3OZPA 1GJWA 3RM9A 5DF0A 1W1PA 3AHVA 2JFEX 3EMCA 4J3XA 1HJUA 4FLOA 4LYRA 1VF8A 2HVMA 1CLVA 1OINA 3CHEA 4TX6A 3B9AA 4OUEA 1X6NA 1CECA 3W6LA 2WVSA 3SUUA 3BMWA 4D6CA 3OBAA 5A6BA 3ARTA 3WN6A 4PMZA 1KBBA 2X0YA 1HVXA 1JZ8A 5BXSA 3MANA 5DFAA 1AQHA 1W2VA 1GOMA 4AYSA 1BHGA 3OB8A 4GI6A 5LYRA 2Z1KA 4JHOA 1R85A 3VGGA 1KXQA 3O2LA 1B31A 5GQBA 2IXVA 1LL6A 2OWWA 3W37A 1PIFA 2XJ7A 1R87A 2F61A 4DM2A 5M3WA 4W7WA 4HPGA 5BCAA 4AMCA 3NUKA 1CXKA 1GOOA 3W53A 2Y2WA 2OWCA 3NSMA 3BAYA 3WFZA 3CZEA 2D0HA 1U2YA 4MADA 4HTYA 1IZJA 2O9PA 2A3EA 1XD0A 3VMNA 5CPSA 3DYOA 2XPKA 3KEHA 4RE3A 4W84A 2WVVB 4E8CA 2XSAA 2O9TA 4PUEA 1UKSA 3WH5A 1E4NA 4CD4A 3WEMA 3QOKA 1HNYA 2YL9A 3SEPA 3NIYA 2RGMA 2J8FA 2WM0A 4GI9A 4YN5A 2X2YA 1PZ3A 2CCRA 2OWXA 3VIKA 1KWGA 2YDRA 5LA1A 1FFRA 1GORA 5I24A 1OM0A 1W9PA 1CDGA 2ZXBA 3ARPA 1C3FA 1H2JA 3ARVA 4AZBA 4CKQA 4D6EA 3AIUA 1LG2A 1BGAA 2DGAA 1G1YA 2C0HA 3E1F1 3SCVA 5DMYA 3WF1A 2G3IA 1G9HA 4C7GA 3IK2A 4QLKA 2X05A 3MUY1 5D9MA 1V3HA 3WL1A 4H04A 4P7NA 2WVTA 4TOQA 1F4HA 4JFVA 1V08A 2WHMA 4BQ4A 3AHTA 3T09A 4NRSA 1FH7A 1JD9A 1VIWA 3WDHA 3FAWA 3HN3A 4MDOA 1V6VA 1MWOA 1HJQA 1K6AA 3VM7A 4MAZA 1Q4NX 2BVDA 3U57A 4C91A 4MB5A 4AD1A 3BCFA 2BHZA 7CGTA 1Z32X 4ZEPA 4HMDA 1KWKA 3VPLA 2WZHA 2CHOA 1GQIA 3KL3A 2VURA 1J01A 1B9ZA 1V0KA 2FHBA 4JZ5A 4EE9A 1JYNA 3WDQA 2XIIA 2ZX9A 4B3LA 3AS0A 3W28A 1M04A 3T08A 5HBFA 1FH8A 1UH2A 1Q6GA 5JBFA 5HPCA 1QPKA 1OGGA 2NSXA 1MQRA 2D20A 2VR5A 1OD8A 3PTKA 4P8VA 1RPKA 4GZIA 3WD2A 4HZ8A 1H0IA 1M03A 3KWXA 4LX4A 1FP9A 2E0PA 3QHNA 2WK2A 2XWDA 4ZFMA 1B3WA 1VEOA 4JCMA 3OLEA 1FHDA 4DWSD 1IV8A 1E70M 4PMYA 1WZLA 4D72A 5A6AA 4Z2GA 2PWFA 3ARWA 4UR9A 4PCTA 1DHKA 4GKLA 3WD0A 5A6LA 1LJYA 3VIPA 1JDDA 4H8HA 4F79A 1QNQA 2J7BA 1QNOA 3ZJ7A 2CBIA 3VDAA 3AMCA 3WL0A 3UG4A 4MAVA 3AXXA 4CGTA 2CBUA 3WEOA 4ZXOA 5A95A 1MFVA 1TUXA 1E0WA 2VX6A 2FDMA 4AEEA 1B1YA 1MYRA 2A3AA 3VIGA 2PBGA 4P7RA 2CBJA 4Y7EA 3SUTA 1OGBA 3AHYA 3CGTA 1UOKA 3NYDA 2VUYA 4N0RA 1G94A 2J7CA 3ZR6A 4E8DA 3WNOA 3A4AA 3WQ6A 4HA3A 4TTGA 3MKKA 2VJXA 5BXTA 3CTTA 3K8LA 1ITXA 3SURA 4W86A 5LA2A 2G8ZA 2UY4A 3VIIA 2W63A 5M5DA 3L4WA 4BS0A 3PZTA 2YJQA 5LA0A 4KGLA 1C7TA 2EPOA 4CD6A 2WYSA 1H09A 5CSYA 1VFUA 3BMVA 1EH9A 1HKMA 1K9EA 3A47A 1K9DA 1ODZA 2IUZA 2J7FA 1UQYA 4BA0A 2OSYA 3VGDA 3W27A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
 4Q22 A;  2YL8 A;  4P8W A;  1UKO A;  5BRP A;  2YA1 A;  5KZ6 A;  4D1I A;  4BQ3 A;  3W81 A;  2DSZ A;  3IJ8 A;  1QNR A;  4W93 A;  3ARY A;  4IPN B;  3W82 A;  2PWG A;  3VD3 A;  4NSB A;  3AMG A;  1DWG M;  1J0Y A;  2YBT A;  1E4I A;  4WIW A;  3W6M A;  1CXE A;  2Y24 A;  2TAA A;  2WCA A;  2GSJ A;  3ARU A;  3ARX A;  1JL8 A;  5F7U A;  4V27 A;  1UR9 A;  5D9N A;  5EBA A;  2BY2 A;  2WMH A;  1FFQ A;  1W9D M;  1U30 A;  1MVY A;  2E4T A;  4NF7 A;  1MW3 A;  1LLO A;  3W38 A;  2CIT A;  3BCD A;  5BRQ A;  2BNJ A;  4W89 A;  4H8U A;  3WD3 A;  2WW5 A;  4X9Y A;  4N42 A;  5IHS A;  2CXG A;  3ZT6 A;  1OWQ A;  2XGB A;  3WIJ A;  3WQV A;  3RDK A;  1NP2 A;  1HL8 A;  2YLL A;  4CCC A;  3CZK A;  3T0A A;  5I77 A;  2CET A;  3L4U A;  3AIE A;  1R86 A;  1EIB A;  1B0I A;  3PTQ A;  4HOW A;  5FL1 A;  2WWC A;  1JZ7 A;  1B3V A;  3WEN A;  3B8S A;  4ZXL A;  4D6H A;  1Q6E A;  2YLA A;  1HP4 A;  3T2O A;  5D8Z A;  2JE8 A;  4MDP A;  1TG7 A;  2G3N A;  2XFY A;  3EDK A;  1LL4 A;  3CLW A;  4UQE A;  2J7G A;  2NW0 A;  3CMG A;  1MW0 A;  1LQ0 A;  1BVN P; 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