2VW0A

Crystal structure of the nanb sialidase from streptococcus pneumoniae
Total Genus 192
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
192
sequence length
657
structure length
657
Chain Sequence
SPIFQGGSYQLNNKSIDISSLLLDKLSGESQTVVMKFKADKPNSLQALFGLSNSKAGFKNNYFSIFMRDSGEIGVEIRDAQKGINYLFSRPASLWGKHKGQAVENTLVFVSDSKDKTYTMYVNGIEVFSETVDTFLPISNINGIDKATLGAVNREGKEHYLAKGSIDEISLFNKAISDQEVSTIPLSNPFQLIFQSGDSTQANYFRIPTLYTLSSGRVLSSIDARYGGTHDSKSKINIATSYSDDNGKTWSEPIFAMKFNDYEEQLVYWPRDNKLKNSQISGSASFIDSSIVEDKKSGKTILLADVMPAGIGNNNANKADSGFKEINGHYYLKLKKNGDNDFRYTVRENGVVYNETTNKPTNYTINDKYEVLEGGKSLTVEQYSVDFDSGSLRERHNGKQVPMNVFYKDSLFKVTPTNYIAMTTSQNRGESWEQFKLLPPFLGEKHNGTYLCPGQGLALKSSNRLIFATYTSGELTYLISDDSGQTWKKSSASIPFKNATAEAQMVELRDGVIRTFFRTTTGKIAYMTSRDSGETWSKVSYIDGIQQTSYGTQVSAIKYSQLIDGKEAVILSTPNSRSGRKGGQLVVGLVNKEDDSIDWKYHYDIDLPSYGYAYSAITELPNHHIGVLFEKYDSWSRNELHLSNVVQYIDLEINDLT
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

molecule tags Hydrolase
molecule keywords SIALIDASE B
publication title Crystal Structure of the Nanb Sialidase from Streptococcus Pneumoniae
pubmed doi rcsb
source organism Streptococcus pneumoniae
total genus 192
structure length 657
sequence length 657
ec nomenclature ec 3.2.1.18: Exo-alpha-sialidase.
pdb deposition date 2008-06-13

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF02012 BNR BNR/Asp-box repeat
A PF02973 Sialidase Sialidase, N-terminal domain
A PF13088 BNR_2 BNR repeat-like domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.220.10 Mainly Beta Beta Barrel Intramolecular trans-sialidase; domain 3 Intramolecular Trans-sialidase; Domain 3 2vw0A03
2.60.120.200 Mainly Beta Sandwich Jelly Rolls Jelly Rolls 2vw0A01
2.120.10.10 Mainly Beta 6 Propeller Neuraminidase Neuraminidase 2vw0A02
2H0BA 3D5OA 3ATGA 4ATEA 2HT5A 1UZZA 3POYA 1SLIA 2B8HA 4XTPA 2D3PA 2P3IA 4HANA 2XB6C 1U0AA 4U36A 5EWSA 1QNWA 3ALWA 4MWWA 2X9MA 1SCRA 4AGGA 1C1FA 3AZXA 2PELA 1INHA 1VCUA 3AXDA 3UL2A 3O9KA 2W38A 1AF9A 1W6QB 2SBAA 1IVGA 1X50A 3GALA 4FOYA 1SBFA 2CTVA 1GZWB 1DIMA 2VW0A 2A3WA 4M4VA 2QWGA 4X4AA 2NM1A 3DUIA 3OGGA 1LJ7A 4U2AA 3LSEA 2A6XA 1N1VA 3FUOA 2OUHA 3A0NA 4WEFA 5L73A 1SLBA 4XBNA 4XJ8A 1Z78A 2DVAA 4AVSA 4FPJA 1LOEA 1A78A 4DS0A 1JBCA 4Q26A 3FLPA 1QKQA 1QOOA 1R1ZA 1N3PA 1HQWA 2D6LX 3PJQA 2JJ6A 4XHBA 3V65A 2HTRA 3QCWA 1I1EA 1H9PA 4MWXA 4R9AA 2ZHMA 1MS9A 1F8DA 2VH9A 4XJRA 3A0KA 4WVVA 1CPMA 5IT6A 3PVOA 4BPZA 4WA4A 1W6QA 2R0HA 4Y22B 3IKWA 1WBFA 3MW2A 3VV1A 1VLNA 1F5FA 3AFKA 4K1JA 3KQRA 4MZAA 3T2TA 1GZWA 5CBLA 1ULCA 1V3CA 4YG6A 1DGLA 2E6VA 4MWUA 1OFSA 3WUCA 3C2UA 1LOAA 2D6NA 2YDPA 2DWRA 1A8DA 2XG3A 2ZAAA 1NXD1 2EXKA 4FPFA 2XZJA 3OPZA 2ZACA 3PVNA 1SBEA 1HDKA 1INGA 1SLLA 4M01A 1A3KA 2ERFA 1ENSA 3ZXFA 3N7LA 1IVDA 1S0FA 2NP0A 4K1KA 2W20A 2DUOA 2D3RA 4Y24A 2ZGRA 1Z4XA 1V0ZA 5DUVA 5JDBA 3POSA 3WG2A 5IUQA 5T55A 3M2MA 2A6VA 3L2YA 3RMXA 2GNMA 1W6MB 3O0VA 1LU1A 5HUGA 4YM2A 3H71A 4PBPA 3M3QA 5DUUA 1W6PB 4MJVA 1E8UA 4H55A 4YM0A 4YZ2A 1MS8A 1QNYA 5FRAA 3BOPA 1FAYA 4M00A 5JOWA 2A6WA 3CL0A 2HTUA 2NN8A 3FBYA 3WG1A 4Y22A 4B7JA 1OKQA 3NV3A 4YM1A 3WDUA 5JOYA 4QN3A 1CONA 2CWSA 3T1MA 4XJZA 4M3CF 2DTYA 3TAYA 4XIOA 3ZSMA 2WSUA 5CNAA 2ZGTA 3N36A 4JCKA 2ZABA 2VK7A 4GWNA 4MJUA 1Q8PA 2W5NA 3D6EA 4ATFA 1HQLA 3OY8B 1S0CA 1W0PA 1A14N 3FFZA 3O0WA 1ONAA 4R9DA 2VW2A 3RRDA 3ZPYA 3W58A 4YGEA 4P14A 4YZ5A 1WD3A 2ZGUA 1INFA 1V6OA 2A71A 3CL2A 2ZGMA 1JHNA 4WA5A 4LBMA 2VXRA 2KM2A 1Q8VA 2A3YA 3JUUA 3V64A 1INVA 1GYKA 3NSSA 1WCSA 4R9BA 3B3QE 1FNZA 2CNAA 2D7FA 1W6PA 2DYCA 4RA0A 1ULEA 5GZDA 2GN7A 1CPNA 3BODA 2W52A 4XJQA 1V6IA 5F9TA 4AVVA 1N1TA 4YZ4A 2VU9A 4JC1A 2D6PA 2R16A 1QOTA 2D44A 3NN9A 3ZSJA 1B9TA 1RINA 2E7TA 2C9AA 2F11A 2QWFA 3NWKA 2DUPA 1WW7A 1MZ6A 1L7GA 2BERA 2WSVA 3AZVA 1A4GA 4B7RA 1GANA 2AH2A 5DG2A 3OY8A 1PZ7A 2DUQA 5DUWA 2C4LA 2DVGA 1UN1A 4GWMA 1N3QA 4M3CB 3UJQA 4ISRA 3KM5A 3USUB 2YA5A 1J1TA 1SLTA 2UWAA 2QWCA 2F13A 1C57A 5B2DA 2HU4A 1LGBA 1LHUA 1G9AA 1MS5A 1NMCA 1XOEA 1NMAN 4QNPA 1WW6A 1FX5A 4GZSA 3PMEA 1NNAA 1IS4A 5IK7A 3LCPA 3WG3A 3K36A 1VAVA 2ZHNA 1VAMA 2W68A 1GNZA 2BQPA 2OUJA 4WZFA 4FPCA 1DYPA 4MC7A 4FQ4A 1QDOA 5DZEA 4GB1A 1JYIA 4ZXKA 1H9WA 1AXYA 4KS1A 1B09A 3IM0A 2GDFA 2YA7A 2ZZJA 5T52A 2YA4A 4MYEA 4HZXA 4X47A 5H9PA 3B7EA 2D3SA 1UX6A 2TEPA 3WZ1A 1Q8QA 4BOWA 4PF5A 3SH3A 2VWDA 3PVEA 4KS2A 3CYEA 1E8TA 1W8OA 1GBGA 5CA6A 4M3CA 3USUA 3TI8A 2CYFA 2LTNA 4XBQA 5GZFA 1LU2A 4HZYA 2XZKA 3H73A 4YW1A 2PHFA 1G9FA 1W6OB 4XJAA 2UU8A 1DQ4A 3IPVB 1PZ8A 5GZCA 4Q1RA 4FPYA 2A5ZA 1KDMA 2F26A 2HTWA 4FOWA 4RL7A 4YG0A 2HTQA 3UK9A 4JF7A 5KXDA 1LOBA 4W65A 3AYDA 1NN2A 1S0DA 2D6KA 2CY6A 4Q2FA 4DQAA 2QWAA 2YV8A 4LBLA 1CR7A 3ILFA 3ILRA 4F83A 3O0XA 4XIKA 2ZBJA 2Q5TA 3RG0A 4C1XA 2C4AA 1KDKA 3WDVA 2WT0A 2D6OX 5GLWA 2VSKA 3D4KA 2F24A 1DBNA 3WCRA 4B7NA 2SILA 5T54A 4M4NA 1NNCA 4FPLA 3SH4A 1RIRA 3B9CA 1HLCA 3NV4A 4FP3A 2EIGA 4XXAA 5JYYA 1LOFA 2BZDA 2DVBA 3WCSA 4R9CA 5DZFA 2BF6A 3APBA 2QWEA 2V73A 1IVFA 2F0ZA 3B01A 4Q27A 3ZSKA 1SFYA 2UWCA 4ZKTB 3IPVA 4DRRA 4P9XA 3DGTA 1CN1A 3AP7A 4FPOB 3MEPA 1BQPA 5GLTA 2ZA9A 3ALXA 3BIWE 1CIWA 4Y1VA 1B9VA 1V6NA 3JU4A 1SACA 4GEZA 4FPGA 1LODA 1DILA 1AJKA 1LHVA 4MX0A 4Q6KA 4WA3A 4XTMA 3TI5A 2GALA 1IKPA 2R49A 1Z4WA 1QGLA 1L7FA 3NV1A 1V00A 2C5DA 1FATA 3RMYA 5DUXA 4XE9A 4MWJA 1LENA 1JYCA 4YW3A 1Q8SA 1YI7A 3WV6A 2F28A 3N7MA 4K3YA 1G86A 1S0EA 2QWBA 1YIFA 5KXBA 2VUAA 4Q8LA 1ULDA 2QWHA 3N3HA 3GVJA 4L8QA 4WV8A 3ZXJA 3SLIA 5HUKA 5NN9A 5E8AA 3ZYPA 4LBNA 5AVAA 4GJTA 1SCSA 2EF6A 4FVVA 1LHNA 3WVJA 1W20A 1I3HA 1AX1A 5CB7A 3K37A 2D43A 1EURA 5GM0A 4XJUA 1INYA 1YRZA 3O9JA 1LEMA 1QU0A 1USXA 3W59A 2YY1A 1FV2A 2ENRA 4XZPA 3AZYA 4CPLA 3WDWA 2ZMLA 3ZXEA 4XJ9A 4P9WA 1KQRA 1F31A 3WG4A 1IS3A 4GKYA 4UW3A 5HX0A 2XCYA 5T5PA 5T5JA 1YYNA 1EUTA 4FZHA 1BJQA 1XQNA 4GDIA 4GZPA 1MR5A 4FOQA 1HKDA 3HMYA 1S0JA 2WLQA 5JOXA 1GV9A 3AYCA 2HU0A 3SISA 4AGRA 3SNMA 1SLAA 1SLCA 1W21A 3AZWA 3NV2A 3ILNA 4YFZA 1AX2A 4K20A 4GKXA 1KRIA 1C1LA 2HT7A 1F8EA 4LBJA 2WJSA 4DGRA 4MWLA 3M3CA 4ISQA 2VW1A 1S0GA 1NNBA 1LEDA 2YROA 2SIMA 1EPWA 3R4UA 3HN1A 1DQ6A 4YZ1A 4YGBA 2D6MA 5T5LA 3AYAA 2UURA 4UW5A 1E8VA 1W6MA 3M1HA 2ZGSA 1V3EA 4MWYA 4WEGA 1G7YA 4CPMA 3FLRA 5GLUA 4CRQA 1D2SA 1CQ9A 3UJOA 5EYXA 2P34A 3ASIA 4YM3A 3D12A 3A4UA 1MS4A 3K39A 2F27A 3I8TA 1AXKA 3N7JA 5T5OA 5GLZA 3SITA 1GICA 2GMMA 5M1ZA 3T1LA 4K1HA 3WDTA 3IMNA 4NCSA 3MW3A 4I30A 1GNHA 2DTWA 2E51A 1DHKB 1NCDN 1V0FA 1MVEA 1DIWA 1LCLA 1N3OA 1N1YA 3INBA 4Y1XA 4UW6A 1LOCA 1BJIA 3TI4A 2EXJA 2AUYA 3VKLA 4XBLA 3WOGA 2VK6A 2AREA 1Z4ZA 2I2SA 1VIWB 1DZQA 4WVWA 4MWVA 4YW4A 3AP9A 3A71A 5KXEA 1F8CA 3FUQA 4ITCA 1AVBA 1JOJA 3IN9A 2P37A 3K3AA 1WLCA 4CZSA 1NSBA 4BM8A 2R1BA 4FP2A 2PHXA 5IK4A 1UAIA 2FHRA 2ZMKA 4IQPA 3ZYRA 1UL9A 2LALA 4GZWA 3VUOA 2NMNA 3R05A 1SO7A 1GZ9A 3TICA 4YG3A 4FPEA 2WNEA 1GZCA 3VKFC 1FYUA 3WNXA 2YA8A 3AP4A 3POWA 2YZ4A 3AJYA 2YXSA 2AEPA 5T50A 2DVFA 2WQZC 4H53A 3V0AB 2A6YA 1INWA 1LESA 2A70A 5HUNA 1EUUA 1N1SA 4MZEA 1FNYA 3HR9A 3INAA 4HL0A 4LBQB 3H0OA 3O5SA 1W8NA 2EXHA 5JOZA 4Y1YA 1AX0A 3MW4A 5HCBA 2YA6A 1NCCN 1UPSA 1V6KA 2ZKNA 1MS0A 2DU1A 3SH5A 1ZM1A 3TIBA 2NZ9A 1MS3A 5B2CA 1PZ9A 4CPYA 3Q9OA 1GKBA 4QN4A 1WUVA 4Q8KA 3ZXKA 2F29A 4Y26A 4XDQA 1Z4VA 4DRVA 2Z42A 4CPOA 3U4XA 1JN2P 3RS6A 5HUMA 2GMEA 4CPNA 1CVNA 1LULA 2PHTA 4FQZA 5DXDA 1UKGA 1BZWA 2RKCA 1XOGA 1APNA 5HCAA 2VVZA 5H9SA 3SILA 3RSJA 2JDZA 1V6JA 3V0BB 1VCJA 1QF3A 1Q8OA 2W5OA 2PHRA 3V0AA 2ZHKA 2QWDA 1FV3A 1D0HA 4C1WA 2W39A 4Y1UA 2W08A 4PCRA 1V2IA 4I00A 1S0BA 1H30A 3WLUA 4LBQA 3H72A 3OBRA 2GNBA 2A3XA 1GSLA 3GVKA 4AYUA 4AVTA 1O4YA 2WT2A 2YDTA 3R4SA 4K1IA 3MPPG 3RQ0A 1WLDA 4YFWA 1W6OA 1KJRA 3AXEA 4GDJA 1LGCA 1W6NB 5GZEA 4XXPA 4J9TA 5E89A 5GJ6A 1W1XA 1V3DA 1IOAA 1C4RA 3B69A 1BYHA 4PBOA 5BYNA 5H9QA 4YGDA 4NC5A 3BEQA 5IK5A 3ENRA 3JU9A 4YZ3A 1ZA4A 4QN6A 1G9BA 1DYKA 7NN9A 4XHXA 2AR6A 2PHWA 1TEIA 2E7QA 1V3BA 2SLIA 3CKZA 3M3EA 2UWBA 1CJPA 2XZIA 2R1DA 1QOSA 4X6KA 3V0BA 3GNEA 4AGVA 3OYWB 4HIZA 1YO8A 2DV9A 1DQ5A 5LK5A 3SALA 2V5YA 3M3OA 4P9YA 4UW4A 4XYXA 1QMJA 1Y7BA 3B00A 1MZ5A 5EYYA 5H9RA 1ULGA 2OVUA 5FREA 1QDCA 3TIAA 3AP6A 1MS1A 1IVCA 2WKKA 4YLZA 4BMBA 1W6NA 1SBDA 2ARBA 2CWMA 2EAKA 2HYKA 4GZQA 1LHWA 5IK8A 4Q1PA 1USRA 2JKBA 3T1EA 2FMDA 1Z0HA 4DFSA 3I4IA 2F12A 5KXCA 4NOTA 1ENRA 5HCFA 2ZGQA 2BATA 1AZDA 4B7QA 3WUDA 4MWQA 1ENQA 4M3MA 2GNTA 1LOGA 2ZB5A 4HZVA 2CL2A 2GMPA 4GALA 4B7MA 3TB0A 2YMZA 2HTYA 2QWKA 1LTEA 3QLQA 2NYYA 4HZZA 3OYWA 2QWIA 3AJZA 4SLIA 1W0OA 2EXIA 2VY0A 4PQ9A 4Y20B 3WDXA 3WHTA 1LECA 4CPZA 1AJOA 2AENA 3ZSLA 3ZXLA 1JXNA 1OQ1A 1L7HA 1WW5A 1UMZA 4Z8BA 1V0EA 1G9DA 1BKZA 4NN9A 4BBWA 2P3JA 2GN3A 4XMIA 1V6LA 2F10A 1GLHA 1S0IA 4K1YA 2P3KA 4ASMB 3VKNA 4BQ1A 2JECA 4GXLA 1UZYA 4KS3A 3ZVXA 4KBBA 2EALA 4Y1ZA 3LSDA 5DG1A 1JW6A 3AX4A 1V6MA 2R0FA 4KS4A 5JMCA 3CNAA 5GZGA 1G9CA 2ZGKA 1NMBN 5F5QA 2CMLA 2ZMNA 4TYSA 2OW4A 2WT1A 1IS5A 1DQ0A 4XMAA 1NCAN 2PHUA 4LBOA 2DU0A 4FVKA 4HZWA 1LGNA 1N47A 1VALA 3FLTA 5GALA 2ZGPA 4Y20A 4LBQD 1DQ1A 2HTVA 1ULFA 1S1AA 4GZXA 3O12A 3AP5A 2GNDA 2NMOA 4TZDA 3TI3A 1NSDA 4OZXA 1WCQA 4CTEA 1MVQA 4D69A 1Q56A 1Z4YA 1MWEA 5JLVA 1WW4A 1KITA 1SNTA 2AGSA 4M3CE 4JRAA 4YW5A 4KS5A 1NLSA 3K38A 1LHOA 1RITA 3WHUA 1O4ZA 6NN9A 3H6JA 4GZTA 1LOFC 5DZGA 2RHPA 1NCBN 5GLVA 2VSMA 3A72A 1G8WA 2DURA 1A4QA 4FJ6A 3BTAA 3TI6A 4QN7A 1BXHA 4D8SA 4BLJA 4MWRA 1CESA 3W09A 5E88A 1INXA 3N35A 3OBTA 4FOVA 4H52A 4UF7A 3WDYA 4NO4A 3N7KA 1URXA 2ZGLA 4GZOA 2F25A 4FPHA 3VKOA 2A75A 2A6ZA 2B7YA 4YGCA 4XJWA 1Z50A 3OJBA 3GVLA 2JE7A 1YXWA 4XOGA 2P2KA 2ZHLA 4XILA 1EUSA 1NSCA 2AEQA 5EXOA 2DVDA 2JD4A 2ES3A 1DQ2A 3AZZA 1MACA 4X49A 1IKQA 1KJLA 1IVEA 4LBKA 1IVBA 4M4UA 4BLIA 2JE9A 1WD4A 2AYHA 2A7AA 2ZB6A 4FPKA 5CAZA 4DPNA 1F8BA 4K1ZA 2HT8A 1WLWA 2G4IA 1F9KA 5JVVA 2VK5A 4QN5A 4AWDA 3AYEA 1AXZA 2ZGNA 2ARXA 3D11A 4GA9A 1DLLA 4K21A 3AK0A 3VKMA 3SANA 1IS6A 1WBLA 5SV8A 2E53A 2ZGOA 4YW2A 1JUIA 2QWJA 4BMEA 1DFQA 1B9SA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2H0BA 3D5OA 3BVCA 4AHXA 4LJHA 1ZGKA 5JI9A 3H1WA 5CGJA 3POIA 1RWIA 5FYTA 2WA3A 5DDJ3 3ATGA 5A7PA 4HHQA 1RVF3 4ATEA 2HT5A 1UZZA 3K4DA 3POYA 1RHI1 1JYTA 5EFUA 3GZTB 1QJX1 4OLLA 4R4XA 1SLIA 1X7NA 1UYZA 5D8AC 3ZLIA 5LASA 2BPA2 1F15A 4YVSB 2B8HA 1HB2A 3RZMA 1QH7A 4JQRA 4XTPA 2D3PA 2P3IA 1NPEA 2FQPA 3V65B 1VMFA 1NCRC 4HANA 4BQYA 2XB6C 1U0AA 4U36A 4OZOA 4E4HA 1O3RA 5BNPA 4PDWA 5EWSA 1QNWA 4AH4A 3C7GA 5FNRA 3MF6A 2XBO1 5FQ0B 3SKJE 2Y0OA 4RGGA 4UFHA 3H7YA 5FYMA 4CU7A 3ALWA 4MWWA 4ZZ8A 2VTFA 5F5IA 5J96B 2N7GA 2X9MA 1E57A 5L7OA 1BEV1 4KG8A 2Y6GA 1XE0A 5J09A 4IE0A 3HNMA 3E5XA 1SCRA 1EV12 2Y38A 4AGGA 3T09A 1C1FA 4HMZA 3AZXA 4N1BA 3NJYA 2PELA 3FE5A 2ZZKA 1INHA 4WM7B 3VBSB 1VCUA 1J1LA 3AXDA 3K3OA 3UL2A 1RTVA 2UY9A 5BPXA 3VBFB 1BK1A 2W38A 2RS52 1AF9A 1W6QB 4PLOA 2SBAA 4BH9A 3FZ3A 4MLOA 1SDDB 2Y0IA 1IVGA 3RGBA 2RMU2 5FY1A 3SOBB 1X50A 5C9AA 4LORA 2QQWA 3AKQA 3GALA 1EAH2 4FOYA 2GC3A 2ZXQA 1Y9GA 3K4AA 4QXHA 3ZYHA 1SBFA 2AC1A 3M8LA 2CTVA 2A1XA 1GZWB 4ZZ5A 1PNFA 3LFIA 3W20A 3HWJA 1DIMA 3PIGA 2VW0A 2VXJA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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