2VW1A

Crystal structure of the nanb sialidase from streptococcus pneumoniae
Total Genus 184
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
184
sequence length
658
structure length
658
Chain Sequence
ISPIFQGGSYQLNNKSIDISSLLLDKLSGESQTVVMKFKADKPNSLQALFGLSNSKAGFKNNYFSIFMRDSGEIGVEIRDAQKGINYLFSRPASLWGKHKGQAVENTLVFVSDSKDKTYTMYVNGIEVFSETVDTFLPISNINGIDKATLGAVNREGKEHYLAKGSIDEISLFNKAISDQEVSTIPLSNPFQLIFQSGDSTQANYFRIPTLYTLSSGRVLSSIDARYGGTHDSKSKINIATSYSDDNGKTWSEPIFAMKFNDYEEQLVYWPRDNKLKNSQISGSASFIDSSIVEDKKSGKTILLADVMPAGIGNNNANKADSGFKEINGHYYLKLKKNGDNDFRYTVRENGVVYNETTNKPTNYTINDKYEVLEGGKSLTVEQYSVDFDSGSLRERHNGKQVPMNVFYKDSLFKVTPTNYIAMTTSQNRGESWEQFKLLPPFLGEKHNGTYLCPGQGLALKSSNRLIFATYTSGELTYLISDDSGQTWKKSSASIPFKNATAEAQMVELRDGVIRTFFRTTTGKIAYMTSRDSGETWSKVSYIDGIQQTSYGTQVSAIKYSQLIDGKEAVILSTPNSRSGRKGGQLVVGLVNKEDDSIDWKYHYDIDLPSYGYAYSAITELPNHHIGVLFEKYDSWSRNELHLSNVVQYIDLEINDLT
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

molecule tags Hydrolase
molecule keywords SIALIDASE B
publication title Crystal Structure of the Nanb Sialidase from Streptococcus Pneumoniae
pubmed doi rcsb
source organism Streptococcus pneumoniae
total genus 184
structure length 658
sequence length 658
ec nomenclature ec 3.2.1.18: Exo-alpha-sialidase.
pdb deposition date 2008-06-13

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF02012 BNR BNR/Asp-box repeat
A PF02973 Sialidase Sialidase, N-terminal domain
A PF13088 BNR_2 BNR repeat-like domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.220.10 Mainly Beta Beta Barrel Intramolecular trans-sialidase; domain 3 Intramolecular Trans-sialidase; Domain 3 2vw1A03
2.60.120.200 Mainly Beta Sandwich Jelly Rolls Jelly Rolls 2vw1A01
2.120.10.10 Mainly Beta 6 Propeller Neuraminidase Neuraminidase 2vw1A02
1V6LA 2ZBJA 3M2MA 2ZHKA 3USUA 1NSBA 3N7KA 4PBPA 4HZYA 3HMYA 1CONA 3AZWA 2GNMA 1ULCA 5EXOA 5DUVA 5H9QA 3QCWA 4DQAA 1C4RA 3B9CA 5T5PA 4Q8KA 4XIOA 1APNA 3T1LA 3VUOA 5JDBA 1LCLA 3B7EA 4CPYA 1F8CA 2AYHA 3WZ1A 2F10A 4FPLA 3ZXEA 3D12A 2ZGOA 4H55A 2F27A 4PBOA 3WDVA 3SLIA 2R0HA 5GZFA 1E8UA 4WA3A 3VKMA 4FOWA 2XG3A 4AVSA 1IOAA 1A14N 4I00A 3FLPA 2UWBA 5HUNA 2ZMKA 1LHNA 1QMJA 1NNCA 4UW5A 2GNTA 1JUIA 4DRVA 2BATA 1JYCA 1LGBA 1B9VA 5HCAA 1LOBA 2D6PA 1G9FA 5AVAA 3ZXFA 4MWUA 4QN5A 4MWXA 3C2UA 4GALA 1SLAA 5EYYA 1W6MA 4U2AA 2EXIA 3ZYPA 1MACA 2ZGUA 1N3OA 2ZB5A 1SBDA 3WDWA 4XDQA 2DU1A 1WW5A 1URXA 2YV8A 1CESA 5DG1A 4GEZA 1AJOA 4LBLA 1EUUA 1PZ8A 3VKNA 4AYUA 1L7GA 5H9SA 4FOYA 3OY8B 3I4IA 1UN1A 2AREA 3VKOA 1INVA 4YGCA 4WVWA 1IVGA 1NCBN 3D4KA 1W0PA 1INFA 4QN4A 2QWFA 3ZSMA 2DU0A 3N7JA 3WCSA 2D6OX 3B00A 1MS1A 5L73A 1F5FA 4YW3A 3UK9A 4YGBA 4FOVA 2VSKA 1UKGA 3IPVA 1DFQA 1WCQA 3UJQA 3LCPA 1W1XA 1U0AA 1IVCA 3N7MA 3VKFC 1CVNA 1VIWB 5GLTA 3IM0A 4GZPA 1MR5A 3NV2A 1N47A 2OW4A 1GKBA 3O5SA 4SLIA 1CQ9A 4YZ4A 1A8DA 3A4UA 3AP5A 4LBQD 3VKLA 4Q26A 4YZ5A 3SH4A 1KITA 4I30A 1EURA 2WJSA 2ZHLA 1CPNA 1LHVA 4ITCA 1A4GA 1GNZA 2CYFA 4K20A 2WT2A 2PHUA 5IT6A 1G9BA 4K1JA 2NZ9A 1ULDA 3V0BA 1SLTA 1MVQA 4YM2A 1F8EA 4GZTA 2QWHA 2ENRA 2VY0A 1S0GA 1V6IA 1IS3A 4MC7A 5CAZA 2VUAA 1MS0A 3D6EA 5B2DA 3N36A 4FVVA 4YZ2A 4NOTA 4OZXA 3H73A 1VAMA 3APBA 4AVVA 3K38A 5T54A 2GNBA 1DIMA 1NSCA 4FPFA 1SLIA 3W58A 3AP6A 4NCSA 4GWMA 1GV9A 1F31A 4GZXA 3MEPA 1JXNA 1L7HA 3AYDA 1KDMA 5FRAA 2C9AA 3ZSKA 2ARBA 2GMEA 4Y22B 4MZAA 3SISA 2VW0A 3USUB 5KXEA 4WEGA 4R9BA 4GZWA 1O4YA 1B09A 2QWAA 4XYXA 1I1EA 1LESA 3SITA 1DQ5A 3B69A 1FV3A 2A7AA 2ZGMA 5GLUA 4J9TA 4WV8A 1DYPA 3O0VA 5DXDA 2F29A 1A78A 5GZCA 4DFSA 1IVFA 4YG3A 3RQ0A 4ATEA 5BYNA 2B8HA 3WVJA 1G7YA 1SNTA 3ENRA 2E51A 4YG6A 2VSMA 4GWNA 1V6NA 3ZSJA 4XTPA 5F9TA 1KDKA 3UL2A 5CB7A 1ENSA 2EAKA 4Q2FA 1DQ2A 5T5OA 5KXBA 2XZKA 2HU0A 1SLCA 3OBTA 2CWMA 1V0FA 2ZGLA 2DTYA 2EXJA 5JOZA 1C57A 1MZ6A 4TYSA 2ZACA 4GZOA 1Q8PA 1SACA 1TEIA 1GANA 2ZABA 4K1HA 4B7JA 1AX1A 1WLWA 1SO7A 3AJZA 1S0EA 1BKZA 5FREA 5HCBA 3N3HA 1W21A 3ILFA 5T5LA 1NNBA 1LECA 2OUHA 2CNAA 2F24A 2HTRA 7NN9A 3Q9OA 5GJ6A 2C4LA 4JF7A 1SCRA 1AVBA 5E88A 3POSA 1VCJA 3SALA 1BXHA 1MS5A 3L2YA 3GVJA 4UW6A 3M3QA 4Q1PA 3T2TA 2YA4A 3V65A 2ZA9A 1DGLA 2B7YA 3O9KA 1D0HA 3R4SA 2A6XA 4Y24A 2TEPA 1YXWA 3V64A 2DV9A 1WW7A 3T1EA 3IPVB 3WG4A 2AR6A 4MJVA 2CMLA 1ONAA 1WW6A 4XJ8A 4XXPA 3AXEA 4CTEA 2ZGSA 1ZM1A 2Z42A 2ZHNA 3M3CA 1H30A 2DUOA 3UJOA 4CRQA 1VALA 2NM1A 1G86A 1I3HA 1V6KA 3CYEA 2FMDA 2I2SA 3MW3A 4ISRA 1V6JA 2E53A 2D3RA 2NMOA 1LOGA 2ZHMA 4R9CA 1NCDN 4UW3A 2SIMA 2ZMNA 4Y1XA 3TAYA 1LGCA 4MJUA 3HR9A 4IQPA 2F26A 5HCFA 3TI4A 3WOGA 4DGRA 2UURA 3V0BB 5H9PA 2ZGRA 1IVEA 2DVAA 3WV6A 1QF3A 4H53A 1DILA 4Y22A 2D7FA 1AX2A 4HANA 1ULFA 1LU1A 2JKBA 5HUKA 4AGGA 1NLSA 3AYAA 3INBA 1KQRA 1AX0A 2DYCA 3AZXA 2W5OA 1XOEA 5DZGA 4GDJA 1CPMA 1WUVA 1KRIA 4ZXKA 2HTUA 2YDPA 1A3KA 3RSJA 2WLQA 3OGGA 1W6PA 4LBJA 1HQWA 2EXKA 3AZZA 1D2SA 4M3CF 4UW4A 3H72A 4F83A 4NC5A 2YA7A 1RIRA 1NXD1 1V3EA 2XB6C 5JLVA 2PHXA 1BJQA 1FV2A 1LOEA 4WA5A 2A75A 1LOFC 4MWRA 4XJAA 2ZGTA 4XJ9A 2XZIA 5JOYA 2UU8A 4HZZA 3AJYA 1HLCA 1DQ0A 4B7QA 4PF5A 5E8AA 1WLCA 2UWCA 4UF7A 2GALA 2A6WA 1UL9A 4Y1ZA 1F9KA 1INYA 1IVBA 4XIKA 5IUQA 2JD4A 3O9JA 1DIWA 1CJPA 1V3BA 1SBEA 1GICA 3FLTA 5DZFA 1S0BA 2ERFA 1MZ5A 3LSEA 1A4QA 5B2CA 2VW1A 2A6VA 4JC1A 1V3DA 1C1FA 2W39A 4FVKA 2GDFA 1IKPA 2HT7A 4BQ1A 1AXKA 2F13A 1Z4ZA 1ZA4A 1S0FA 2DWRA 1LOAA 4C1XA 3NV1A 4K1IA 3SNMA 5GM0A 1G9CA 3CNAA 1LULA 1N1TA 2ZGNA 5T50A 3BOPA 2WNEA 2D3PA 4YZ3A 3WLUA 4M3CB 1JYIA 2R1BA 1S0IA 4MWLA 2LTNA 1INXA 3OJBA 4CPZA 3BEQA 1LGNA 2WQZC 2P34A 1LEDA 4FPOB 1OKQA 2YA6A 4YFWA 4XJZA 2DUQA 1SCSA 2PHWA 4K1YA 2E7QA 1GSLA 2GMPA 2XZJA 1AF9A 3GVKA 3ASIA 1S0JA 5DUWA 3ZSLA 2D44A 4BOWA 1L7FA 1JW6A 1BYHA 1UZYA 2HTYA 1JHNA 1USRA 2CL2A 2PHTA 1V00A 2ES3A 4ZKTB 2W5NA 1S0CA 2GMMA 2VU9A 3FUQA 4BM8A 1QGLA 3PVNA 2F0ZA 1QOOA 4X47A 4XE9A 2WSVA 2V73A 3ILRA 2HT8A 1B9TA 3WG2A 2AGSA 1HQLA 4GJTA 1UMZA 5JVVA 1BQPA 3ZVXA 5NN9A 1BZWA 4MZEA 5DUXA 1QDCA 2D6NA 3O12A 2WT0A 3FFZA 1GZWA 3BIWE 5DZEA 2YA8A 1FATA 2ARXA 4QN7A 4FPGA 4RA0A 1W6PB 4P9YA 4FPEA 3R4UA 3W59A 4KS4A 2W20A 1N3QA 4XTMA 3FBYA 4H52A 4YW5A 2C4AA 4M00A 2UWAA 4FPHA 3M3OA 3WNXA 2ZAAA 5F5QA 1FNYA 4FQZA 3A71A 1ULGA 1KJLA 5M1ZA 3WG3A 2C5DA 1Q8SA 4GXLA 3OPZA 1QOSA 3GVLA 1OFSA 1W6OA 1DZQA 4KS5A 1V6OA 1LHWA 3RRDA 1C1LA 4AGVA 4CPMA 2CTVA 4YM0A 2P2KA 4L8QA 1GLHA 2D6LX 3CKZA 2QWBA 2AUYA 4XMIA 3K37A 1R1ZA 2AENA 1IVDA 2WSUA 4LBNA 3MPPG 3WUDA 2X9MA 4MWJA 2BF6A 2ZB6A 3TI8A 4JRAA 4M01A 1NCAN 3JU4A 2GN3A 3ZYRA 5IK5A 3PJQA 4K21A 3AP4A 4P14A 3PVOA 4Q1RA 3WDXA 4YW4A 2D6MA 1FNZA 2KM2A 1YYNA 2DVDA 4M3CA 3NN9A 1UX6A 4XHBA 4KS1A 4WVVA 1AJKA 2HYKA 2YDTA 3AP9A 2D43A 1MS8A 4X4AA 3O0XA 2OVUA 1GZCA 4GKYA 1WLDA 4HZVA 5T55A 4X6KA 4XILA 1WD3A 4BPZA 3PMEA 3WG1A 2R49A 4YW2A 4M3CE 1W6NA 4MWVA 1PZ7A 2QWCA 4LBOA 4K3YA 2A6ZA 1N1SA 4FPKA 4YG0A 3AZVA 1INHA 1Q56A 4B7NA 3INAA 1GZ9A 1ENQA 2VXRA 5DG2A 1VAVA 1EPWA 1ULEA 2DUPA 5IK4A 1LU2A 2XCYA 1W0OA 4XBNA 1LENA 3MW4A 1Q8QA 1INWA 2PELA 2EXHA 2WKKA 4NO4A 3JU9A 3AXDA 2G4IA 4YW1A 4XBLA 5KXCA 4Y20B 3TICA 5GZEA 3A72A 4AGRA 4Q6KA 4D8SA 5IK8A 2Q5TA 2VW2A 3VV1A 3TIAA 1NCCN 2WT1A 1W8NA 3BODA 1WBLA 1DQ6A 1Y7BA 2DVGA 2VVZA 4R9AA 3CL2A 1IS5A 4Q8LA 4KS3A 3N7LA 4KBBA 4K1ZA 5H9RA 3IKWA 3DUIA 2BQPA 2GNDA 3T1MA 1H9PA 2QWEA 1LHOA 1RINA 1LTEA 1VLNA 3RMYA 1JBCA 2EF6A 1S0DA 1J1TA 4WEFA 5HUGA 2PHFA 5GZGA 5KXDA 1DQ1A 2BZDA 2VWDA 2E6VA 4RL7A 2P3KA 3NV4A 5CNAA 2A70A 4GZQA 4DRRA 4CZSA 2YY1A 4XHXA 4QN3A 1W8OA 4MWQA 4FPYA 1N1YA 3OBRA 1IS6A 3CL0A 1W6QA 3HN1A 1V0EA 1S1AA 3GALA 1GZWB 3MW2A 1NMBN 3POWA 2W68A 1HDKA 2W38A 5GLZA 3ILNA 3SANA 4MX0A 3POYA 2R16A 2ZKNA 3TI6A 2V5YA 2VK7A 3W09A 3AK0A 5DUUA 3I8TA 4BLIA 3ZXLA 5GZDA 2AEPA 1BJIA 3RG0A 3V0AA 2H0BA 3AYCA 3H6JA 4FPJA 2VK5A 4M4NA 2JE7A 1UPSA 4DPNA 4MYEA 2JJ6A 2R0FA 1LJ7A 4YGEA 1W6OB 1GNHA 4BMEA 1UZZA 2HTQA 1W20A 2F25A 3TI5A 2F12A 4XMAA 1AXZA 1NSDA 2A3YA 2W52A 1IKQA 6NN9A 2F11A 4FP3A 2RKCA 2AH2A 3TIBA 1IS4A 1YO8A 2D6KA 3OYWA 1N3PA 4GKXA 2LALA 4FZHA 3TB0A 4CPNA 4XJRA 2AEQA 1F8BA 5E89A 2VH9A 2VK6A 4YFZA 2QWKA 2ZMLA 3NWKA 4AVTA 1Z0HA 2BERA 4LBQA 4X49A 2JE9A 1EUTA 3H0OA 3R05A 4P9WA 1QOTA 3SILA 1YRZA 1Z78A 4GZSA 4DS0A 2EALA 5EWSA 3AZYA 2YROA 1DQ4A 4HL0A 3KQRA 4HZXA 1W6NB 3A0KA 3B01A 4M4UA 4Y20A 1CIWA 2P37A 2HU4A 4TZDA 4FP2A 2HTVA 3TI3A 5HUMA 3NSSA 2DVBA 3AP7A 1SBFA 1Z4WA 1Q8VA 1Z4XA 3WDUA 5SV8A 4BLJA 1DBNA 1LODA 5JOWA 2RHPA 1NNAA 1SLBA 2NMNA 4LBMA 3WDYA 2D3SA 5JMCA 3N35A 1FX5A 1RITA 1AXYA 1AZDA 5T5JA 2QWIA 4XBQA 1QDOA 1Z4YA 1G9DA 4XJUA 3QLQA 1QKQA 3WHUA 4D69A 1WW4A 1EUSA 2YMZA 4Z8BA 2CWSA 2NP0A 5LK5A 2QWDA 5IK7A 1DLLA 4YZ1A 4MWYA 2YZ4A 1ENRA 2A5ZA 1NN2A 4LBKA 1V0ZA 2R1DA 4FOQA 4XOGA 3D11A 4Y26A 1V6MA 1QU0A 1LEMA 4Y1YA 2E7TA 2P3JA 3M1HA 4HZWA 1V2IA 3WHTA 3LSDA 2A6YA 4XJWA 4M3MA 1XQNA 3SH5A 3K3AA 3IN9A 1JOJA 2P3IA 2ZGQA 1F8DA 1H9WA 1MS3A 3ALWA 2CY6A 4QNPA 4FPCA 3K36A 5EYXA 2W08A 3ZXKA 2HT5A 2JECA 4YLZA 3FLRA 5T52A 5CBLA 1DYKA 4YM1A 1NMCA 2A3WA 2ZGKA 2SBAA 2NN8A 4NN9A 1W6QB 1E8VA 3WUCA 3RS6A 5JOXA 3GNEA 2DURA 2JDZA 3OY8A 3ALXA 1E8TA 1QNWA 4M4VA 4ISQA 4K1KA 1JN2P 4WZFA 1KJRA 1Z50A 1Z4VA 1N1VA 1INGA 4Y1UA 1NMAN 4B7RA 4GA9A 4GDIA 4XJQA 3RMXA 3V0AB 1X50A 1W6MB 4W65A 1XOGA 1LOCA 5HX0A 3IMNA 1LOFA 2A3XA 4CPOA 4C1WA 2GN7A 1PZ9A 3NV3A 1CR7A 2SLIA 1VCUA 4BMBA 1G9AA 3ZPYA 3ZXJA 1Q8OA 2OUJA 3DGTA 4YM3A 4Y1VA 4AWDA 1MS9A 3SH3A 3B3QE 5GLVA 2YXSA 5GALA 1WBFA 4QN6A 1WCSA 4YGDA 1SFYA 1MVEA 3OYWB 4B7MA 4XZPA 3KM5A 3JUUA 4WA4A 1GBGA 4Q27A 4PQ9A 3AFKA 3WCRA 3WDTA 1YI7A 1USXA 4MWWA 1YIFA 4BBWA 4KS2A 1UAIA 5CA6A 3AYEA 4HIZA 4FQ4A 4ASMB 1GYKA 1LHUA 4LBQB 4CPLA 3PVEA 2HTWA 3U4XA 3AX4A 2NYYA 2A71A 2SILA 2ZZJA 3ATGA 3K39A 3M3EA 1QNYA 2F28A 2PHRA 3O0WA 3A0NA 1WD4A 2DTWA 5JYYA 4GB1A 1OQ1A 4ATFA 1FAYA 2ZGPA 1CN1A 4P9XA 3H71A 4JCKA 1V3CA 1SLLA 4R9DA 1G8WA 1DHKB 1MWEA 4PCRA 2FHRA 2QWGA 3BTAA 2YA5A 1MS4A 3D5OA 2DVFA 1FYUA 1O4ZA 3FUOA 4U36A 1B9SA 5GLWA 2EIGA 1HKDA 2QWJA 4FJ6A 4XXAA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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