The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
35
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sequence length |
133
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structure length |
128
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Chain Sequence |
EDEDVKARKQEIIKVTEQLIEAINNGDFEAYTKICDPGLTAFEPEALGNLVEGMDFHRFYFENAKPIHTIILNPHVHLVGDDAACIAYIRLTQYMDGSGMPKTMQSEETRVWHRRDGKWQNVHFHRSG
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Structure of the Camkiidelta/Calmodulin Complex Reveals the Molecular Mechanism of Camkii Kinase Activation.
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
CALCIUM/CALMODULIN-DEPENDENT PROTEIN KINASE TYPE II DELTA CH
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| source organism |
Homo sapiens
|
| molecule tags |
Transferase
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| total genus |
35
|
| structure length |
128
|
| sequence length |
133
|
| chains with identical sequence |
B, C, D, E, F, G, H, I, J, K, L, M, N
|
| ec nomenclature |
ec
2.7.11.17: Calcium/calmodulin-dependent protein kinase. |
| pdb deposition date | 2008-10-28 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF08332 | CaMKII_AD | Calcium/calmodulin dependent protein kinase II association domain |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | Roll | Nuclear Transport Factor 2; Chain: A, | Nuclear Transport Factor 2; Chain: A, |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 4WP5 A; 2Z7A A; 4HVN A; 1DMQ A; 2Z77 A; 5D83 A; 4HM0 B; 1BUQ A; 1OF5 B; 3OWS A; 1ZX2 A; 3CPO A; 3Q90 A; 1UUW B; 2GEY A; 4L7K A; 5IG5 A; 4I4K A; 1WQL B; 7STD A; 1GS3 A; 3RGA A; 4HM8 B; 1OHP A; 3B4P A; 3F7S A; 4N3V A; 3G8Z A; 1NWW A; 1O7P B; 3BLZ A; 5BVB A; 3VGN A; 3IPT A; 1QMA A; 3DXO A; 5IF6 A; 3GWR A; 4PEJ A; 4U13 A; 3GRD A; 1W00 A; 5HGR A; 1OGX A; 3T8U A; 3NXJ A; 3G16 A; 1TUH A; 2BMQ B; 1JN5 A; 1TP6 A; 4K1V A; 3STD A; 3FZW A; 1C7H A; 4HZ9 B; 1JN5 B; 3FF0 A; 3B4O A; 4LEH A; 2R4I A; 3LYG A; 1ULJ B; 2YFI B; 1AR0 A; 2RGQ A; 5EVH A; 1NU3 A; 3FH1 A; 1UUV B; 1W02 A; 4XBX A; 3MG1 A; 3F7X A; 5CF1 A; 1Q40 B; 3F14 A; 3A76 A; 4J8T A; 1E97 A; 4CDL A; 1OHS A; 3M8C A; 1W6Y A; 3FSD A; 2BMR B; 5KP3 A; 1NDO B; 4R9L A; 3S5C A; 2XSH B; 2QGU A; 4XDW A; 8CHO A; 4RZM A; 1JB2 A; 5KP1 A; 2JQ5 A; 4L8P A; 3EN1 B; 3SED A; 3NV0 A; 3VSY A; 3WMD A; 2A15 A; 3NM2 A; 5JPP A; 2W2C A; 4K1U A; 3I0Y A; 3EBT A; 4FCJ A; 6STD A; 5IEN A; 1ZO2 A; 2XR8 B; 2B1X B; 3HK4 A; 1S5A A; 2YFL B; 3K7C A; 1IDP A; 1JB4 A; 1Z1S A; 3BB9 A; 1GY7 A; 2PZV A; 3EX9 A; 1OPY A; 2CKF B; 5CF2 A; 3JUO A; 4HM5 B; 3SOY A; 1E3V A; 3MHE A; 4XM4 A; 3HX8 A; 3CU3 A; 1DMM A; 1OHO A; 5DRV A; 1Q42 A; 3F40 A; 3KKG A; 2HMM B; 5FW5 A; 4FCM A; 4HM2 B; 4STD A; 4X2O A; 3ROB A; 3FLJ A; 2HMN B; 4HZB B; 4HJL B; 3NBR A; 4OVM A; 3MG2 A; 1A2K A; 1JB5 A; 2K54 A; 4XDV A; 3EHC A; 3B8L A; 3UNL A; 3H51 A; 2QIY A; 1OCV A; 1O7W B; 3KZT A; 2RFR A; 4GB5 A; 2BNG A; 5IEO A; 3F8H A; 2GEX A; 5IEP A; 1O7N B; 2F86 B; 4XBY A; 3CNM A; 1OUN A; 1EA2 A; 5IG4 A; 1ISK A; 3MG3 A; 5G2G A; 3OWY A; 5D81 A; 3EF8 A; 4IIA A; 5IER A; 2HMJ B; 1VZZ A; 1JKG A; 3MSO A; 3KE7 A; 5AEW B; 5JPU A; 2XSO B; 4HM7 B; 4R9K A; 5BXQ A; 4X2H A; 2I9W A; 1ASK A; 3SOA A; 2HML B; 2HMO B; 3H3H A; 4WYK A; 5CLK A; 4HM4 B; 3ER7 A; 3FGY A; 2YFJ B; 3NV0 B; 3CNX A; 5CK6 A; 1O7G B; 3EC9 A; 3GZX B; 5AI1 A; 4LGQ A; 3G0K A; 3EJV A; 2INX A; 3JUP A; 3D9R A; 3EBY A; 3DMC A; 4J9A A; 3EQQ B; 5DRE A; 2GBW B; 3OWU A; 3F9S A; 4L8O A; 1OF5 A; 2UX0 A; 5TGN A; 5AII A; 3F8X A; 5STD A; 5CXO A; 1QJG A; 3JUN A; 4HM6 B; 1CQS A; 5IG3 A; 1GY6 A; 2CHC A; 1O7H B; 2STD A; 2BMO B; 2F98 A; 4R1K A; 3MYT A; 3UJM A; 1W01 A; 4KVH A; 4HM1 B; 4ORL A; 4XB5 A; 5AIG A; 3T8N A; 1U5O A; 3KSP A; 3ECF A; 3B7C A; 3GZY B; 3OXA A; 4HKV B; 1OH0 A; 4XBT A; 3GZR A; 2RCD A; 2XRX B; 3JUM A; 1O7M B; 3GZB A; 4H3U A; 3HZP A; 5KP4 A; 1SJW A; 3OV4 A; 1Q40 A; 1JKG B; 2GBX B; 5AEU B; 2B24 B; 2Z76 A; 1E3R A; 2GXF A; 1STD A; 4HM3 B; 2HMK B; 3NUV A; 3DUK A; 3LZA A; 4OUQ A; 4LMI A; 3FKA A; 4WWU C; 3E99 A; 1K41 A; 3DM8 A; 2OWP A; 5D82 A; 4Q53 A; 1GY5 A; 3OX9 A; 4MJD A; 4WYK B; 5AIF A; 3DZL A; 1ULI B; 1EG9 B; 3NHX A; 5AIH A; 2IMJ A; 3MKI A; 1HKX A; 2F99 A; 5IG0 A; 1GYB A; 3RGR A; 1OGZ A; 3EN8 A; 3JUQ A; 3FF2 A; 1DMN A; 3K0Z A; #chains in the Genus database with same CATH topology 1K8A 4; 4WP5 A; 2Z7A A; 4HVN A; 3O8Y A; 1DMQ A; 1IYY A; 1BNJ A; 2Z77 A; 1LNH A; 2FXT A; 5D83 A; 3T0U A; 1JBT A; 3BNB A; 4NRE A; 4HM0 B; 1BUQ A; 1BNS A; 1YNV X; 4OK0 A; 1OF5 B; 3OWS A; 1QAF A; 3WHO A; 1ZX2 A; 1QAL A; 4N6U A; 2FNQ A; 1KQS 2; 3CPO A; 3NX0 A; 4N6T A; 4RNY A; 3DGN A; 1S72 3; 3L0R A; 1B21 A; 1FGR A; 3RNT A; 3Q90 A; 1DET A; 1UUW B; 2GEY A; 1Y4K A; 3MWZ A; 1LQM B; 2BIR A; 1PU4 A; 4L7K A; 3X3X A; 1B20 A; 5IG5 A; 3LTB A; 1N8Q A; 1I3F A; 3LOY A; 4I4K A; 1WQL B; 1NNV A; 2YX9 A; 7STD A; 1R4Y A; 1GS3 A; 4JRF A; 3RGA A; 1UDI I; 2KXG A; 4EV5 A; 1FUT A; 1F8N A; 1I2G A; 1JRQ A; 1OHP A; 3B4P A; 2XGL A; 4HM8 B; 4N6N B; 3F7S A; 4N3V A; 4AEQ A; 3X41 A; 3G8Z A; 1NWW A; 2SAR A; 1BIR A; 1IV7 A; 1A90 A; 1O7P B; 1YGW A; 3BLZ A; 5BVB A; 2K3D A; 2CFW A; 1RGF A; 1IU7 A; 2L1S A; 2ZDJ A; 3VGN A; 3IPT A; 1QMA A; 1W6C A; 3DXO A; 1GSP A; 3RDE A; 3WDG B; 5IF6 A; 3URP A; 4LYL B; 3GWR A; 1Q82 4; 1RMS A; 1TIJ A; 3PS8 A; 1T2H A; 4PEJ A; 3BND A; 4U13 A; 2CFG A; 1GMQ A; 2XF3 A; 3CXC 2; 2WO0 A; 3GRD A; 1RHL A; 1W00 A; 4MMX B; 1OGX A; 5HGR A; 1STF I; 3NXJ A; 4MEI A; 5LC6 A; 3G16 A; 3T8U A; 1M90 4; 1TUH A; 2BMQ B; 1JN5 A; 1TP6 A; 4EYC A; 4K1V A; 1WNH A; 3STD A; 3FZW A; 1I2F A; 2BT3 A; 1IK3 A; 1C7H A; 3QRD A; 2IUJ A; 4HZ9 B; 3KFQ C; 4BL3 A; 1FUW A; 3HIG A; 1JN5 B; 1KD1 4; 2CK3 H; 1VQ4 3; 1B2X A; 3FF0 A; 4HYZ A; 5BIR A; 3B4O A; 6GSP A; 4LEH A; 3G6E 3; 1W7C A; 3PYJ A; 1B2U A; 2R4I A; 3LYG A; 1WMN A; 1ULJ B; 1VQ8 3; 1YI2 3; 3NBB A; 1V57 A; 1TRQ A; 4G1M B; 2YFI B; 1AR0 A; 2FGT A; 2RGQ A; 1NU3 A; 3FH1 A; 5EVH A; 1UUV B; 1NJI 4; 3HI7 A; 1W02 A; 4XBX A; 1N9J A; 2D1W A; 1VQK 3; 3MG1 A; 3F7X A; 3PCS A; 5LC7 A; 5CF1 A; 2KRT A; 1Q40 B; 1IVX A; 1KWI A; 1J2B A; 3F14 A; 1Q9E A; 1GD3 A; 1NB5 I; 1I2E A; 3A76 A; 4J8T A; 1E97 A; 4RNZ A; 4CDL A; 2CFK A; 2OOV A; 3CPW 2; 1OHS A; 3K9M C; 1Q7H A; 2W9P A; 4BTY A; 2CC3 A; 3M8C A; 1W6Y A; 3DGO A; 3FSD A; 1BRI A; 2BMR B; 2CIU A; 2CG0 A; 3V99 A; 1BUJ A; 1IT8 A; 2P09 A; 5KP3 A; 3CC7 3; 1JZO A; 1NDO B; 2KF6 A; 2XGN A; 4R9L A; 1BVI A; 4N6M A; 1BRS A; 4KZ1 A; 2IYJ A; 3S5C A; 2XSH B; 1TJD A; 2QGU A; 4XDW A; 5HOH A; 2Z6B A; 8CHO A; 2W0Q A; 4RZM A; 2L4V A; 1ROA A; 1WMO A; 1M9G A; 1JB2 A; 1QAK A; 5KP1 A; 1TFO A; 1BGS A; 2JQ5 A; 1ROV A; 4L8P A; 3EN1 B; 4GHO A; 4BTW A; 1AV4 A; 3SED A; 1R4C A; 3NV0 A; 1VQO 3; 3VSY A; 4BU4 A; 3WMD A; 2W9Q A; 1LOY A; 2A15 A; 2CWT A; 5EEO A; 1BAO A; 3NM2 A; 3V92 A; 5JPP A; 1BSE A; 3ZG5 A; 2W2C A; 4K1U A; 1TU5 A; 3AMO B; 2OQE C; 3I0Y A; 8RNT A; 1B2S A; 1PY3 A; 3EBT A; 4FCJ A; 1VQ5 3; 1UCI A; 1W5Z A; 2P0M A; 3HOH A; 6STD A; 1I0X A; 1ZO2 A; 5IEN A; 3CCE 3; 3KII A; 3CCV 3; 1RNT A; 1M1K 4; 2XR8 B; 1NO3 A; 4HAA A; 2B1X B; 3K5T A; 3CME 3; 2BHM A; 4H61 A; 4AKY A; 1C54 A; 1ZGX A; 1FUS A; 3HK4 A; 3LXU X; 1S5A A; 1T3B A; 5G1K A; 2YFL B; 3K7C A; 2W56 A; 4NPB A; 1IDP A; 4WHA A; 4EV2 A; 3KCH A; 2RNT A; 3CCQ 3; 4TX4 A; 4GL6 A; 1JB4 A; 1PYL A; 1Z1S A; 3CC4 3; 3BB9 A; 1GY7 A; 3ZG0 A; 2QEX 3; 1JNQ A; 3PXM A; 1VQL 3; 2GU1 A; 2PZV A; 3EX9 A; 1YJW 3; 1OPY A; 2ZL8 A; 2CKF B; 5CF2 A; 2D42 A; 3JUO A; 1ZS7 A; 3KSE D; 2H0I A; 4HM5 B; 1N9E A; 3SOY A; 4FMB A; 1I0V A; 2HOH A; 3KN4 A; 1E3V A; 4HOH A; 4IT7 A; 1RCK A; 3MHE A; 4ZM8 A; 4XM4 A; 3LH4 A; 3HX8 A; 1IQY A; 3CU3 A; 1DMM A; 1OHO A; 5DRV A; 1DE3 A; 3NBJ A; 3CC2 3; 1YJ9 3; 3I55 3; 3LTC A; 2F4Y A; 1Q42 A; 3F40 A; 3KKG A; 1RTU A; 5IW9 A; 1BNG A; 1FGT A; 1MOL A; 1W2Z A; 2HMM B; 2F56 A; 5FW5 A; 1VQ6 3; 1BNR A; 1JZD A; 3D5I A; 4FCM A; 4FMD A; 4HM2 B; 2XFT A; 4MMY B; 4STD A; 4X2O A; 3ROB A; 3FLJ A; 2KF4 A; 3WOD G; 1FW7 A; 3GAX A; 1GMP A; 1B27 A; 1MGW A; 2HMN B; 1IQX A; 1UGI A; 1L5G B; 1EQK A; 3TDG A; 4HZB B; 4HJL B; 2QA4 3; 1BU4 A; 1FYS A; 2C11 A; 2IA7 A; 3NBR A; 4OVM A; 1JBR A; 2KCD A; 1N5P A; 1MWR A; 3MG2 A; 4CCV A; 1HYF A; 1A2K A; 1BRN L; 1RRH A; 1RGK A; 1JB5 A; 2K54 A; 4XDV A; 3EHC A; 1GOY A; 1LOW A; 2E2U A; 3AGN A; 1QVG 2; 4EXR A; 2E2V A; 3B8L A; 1RDS A; 1SIH A; 2E2T A; 1FGM A; 3Q2P A; 1KC8 4; 1VQ9 3; 1US1 A; 1OAC A; 1VQN 3; 3J7Y d; 3UNL A; 1CYV A; 1DYU A; 3S28 A; 4BIR A; 1MNL A; 2RBI A; 3OW2 2; 1RSN A; 2QIY A; 2CFL A; 2WGO A; 3H51 A; 4CPK A; 1YIT 3; 1OCV A; 1O7W B; 4N6O B; 5JBS A; 3KZT A; 4O02 B; 2W03 A; 1RJO A; 2RFR A; 2R41 A; 5AYR B; 3PCR A; 1BSD A; 4GB5 A; 3X3Y A; 2BNG A; 5IEO A; 1YJN 3; 2BO9 B; 3F8H A; 2AAE A; 1K28 A; 1I70 A; 2GEX A; 1K73 4; 5IEP A; 1AY7 A; 1O7N B; 4FCZ A; 2F86 B; 4XBY A; 1QVF 2; 1X1W A; 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