2W4X | Genus

Total Genus 229

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	229
sequence length	586
structure length	579
Chain Sequence	SLQPPPQQLIVQNKTIDLPAVYQLNGGEEANPHAVKVLKELLSGMLISIGEKGDKSVRKYSRQIPDHKEGYYLSVNEKEIVLAGNDERGTYYALQTFAQLLKDGKLPEVEIKDYPSVRYRGVVEGFYGTPWSHQARLSQLKFYGKNKMNTYIYGPKDDPYHSAPNWRLPYPDKEAAQLQELVAVANENEVDFVWAIHPGQDIKWNKEDRDLLLAKFEKMYQLGVRSFAVFFDDISGEGTNPQKQAELLNYIDEKFAQVKPDINQLVMCPTEYNKSWSNPNGNYLTTLGDKLNPSIQIMWTGDRVISDITRDGISWINERIKRPAYIWWNFPVSDYVRDHLLLGPVYGNDTTIAKEMSGFVTNPMEHAESSKIAIYSVASYAWNPAKYDTWQTWKDAIRTILPSAAEELECFAMHNSDLGPNGHGYRREESMDIQPAAERFLKAFKEGKNYDKADFETLQYTFERMKESADILLMNTENKPLIVEITPWVHQFKLTAEMGEEVLKMVEGRNESYFLRKYNHVKALQQQMFYIDQTSNQNPYQPGVKTATRVIKPLIDRTFATVVKFFNQKFNAHLDATTD

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

molecule tags	Hydrolase
source organism	Bacteroides thetaiotaomicron
publication title	Structural Insight Into the Mechanism of Streptozotocin Inhibition of O-Glcnacase. pubmed doi rcsb
molecule keywords	O-GLCNACASE BT_4395
total genus	229
structure length	579
sequence length	586
ec nomenclature	ec 3.2.1.169: Protein O-GlcNAcase.
pdb deposition date	2008-12-02

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF02838	Glyco_hydro_20b	Glycosyl hydrolase family 20, domain 2
A	PF07555	NAGidase	beta-N-acetylglucosaminidase
A	PF18344	CBM32	Carbohydrate binding module family 32

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
1.20.58.460	Mainly Alpha	Up-down Bundle	Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1	Hyaluronidase post-catalytic domain-like	2w4xA03
3.20.20.80	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Glycosidases	2w4xA02
3.30.379.10	Alpha Beta	2-Layer Sandwich	Chitobiase; domain 2	Chitobiase/beta-hexosaminidase domain 2-like	2w4xA01

3AIBA 1WE5A 3OLGA 2BY0A 4AEFA 5FL0A 3AS3A 2DIJA 4B16A 2DSVA 4KWUA 4EKJA 1WZKA 3WL1A 2G3IA 2WVSA 4ZE4A 1GOMA 3WQ5A 3EMZA 3KL0A 2UY2A 4QLJA 4UOZA 1BLIA 1UWTA 3AHVA 4ATLA 3TTOA 2PWGA 3NJ3A 3DECA 2V3DA 4WKFA 3ZIZA 1ISZA 1EOMA 2X0YA 3WQVA 3SURA 4PUDA 1KQYA 2WWCA 5EBAA 3ALFA 3LPFA 4M80A 3U57A 2ZXBA 4NSBA 4UNIA 5DFAA 3SCVA 3AQUA 3AMLA 4HP5A 4MJ4A 2XG9A 1V03A 1XH1A 4HZ8A 1RPKA 1QNSA 4M24A 2WK2A 1UA3A 4J3TA 4RE3A 1UD4A 4B3KA 1V0NA 1Q6FA 3WEZA 4BS0A 1UA7A 3VOCA 3A4XA 3L4VA 2ZUTA 3HN3A 4FLQA 1NM9A 2UY3A 1NP0A 1TE1A 4PTMA 2WZHA 4XZBA 4IUGA 1FFQA 3KL3A 2XWDA 3IJ9A 1FOBA 4TX6A 1HX0A 5A8OA 3IJ8A 2IXUA 2FHFA 1JAEA 1G1YA 1BQCA 1U33A 2W63A 3RCNA 3W29A 3W25A 4HZ7A 3WF4A 1JI1A 3CHCA 4QCFA 2QPUA 1QVBA 3WBEA 3TA9A 3OA5A 1IZKA 3PZNA 5E70A 5LYRA 1CGVA 4MB1A 1O7AA 1KCKA 2ZX6A 1H11A 1JL8A 4KGLA 4QP0A 3VIHA 4GZIA 1UWIA 3MUY1 3VIMA 1Q6DA 2FHCA 1K9TA 3VDBA 4MNKA 3AXXA 1CENA 4OOZA 3WF0A 3OLDA 4LYPA 1C8QA 2O9TA 3VUPA 3W26A 3FY1A 3GBEA 4FLSA 1M01A 4AD5A 2WVUA 1WZLA 2D2OA 2QF8A 3ZOAA 3VX1A 2ZOXA 2A3AA 1E3XA 4NRSA 5BWFA 4M56A 1W9XA 3WDRA 5FL1A 1LWHA 1JZ5A 1WZAA 1VIWA 3K1DA 1C91A 1DP0A 2DIEA 4JCMA 4W8LA 3BAXA 2ZIDA 2XFRA 3WY1A 3WDQA 4NZCA 2G3JA 1KB3A 1XHGA 4HA3A 3VGFA 4AZCB 3WD3A 1ODZA 2OLHA 4MPKA 3CIVA 1V3IA 4XB3A 1JD9A 3WSUA 4DWSA 3U5UA 1NWRA 3RO8A 2E8ZA 4MB3A 4NI3A 2VI0A 2DT0A 1BSIA 4ACYA 8A3HA 2J7DA 4M8UA 1W3KA 2A3BA 4W7WA 5A2BA 3U5YA 1EHNA 1CGUA 1UD3A 2YBTA 3RM8A 4JCLA 1TVNA 2J74A 3CUIA 2VX7A 2CCRA 2YLAA 5A6BA 2J62A 1FHLA 4C91A 2XVGA 3BCDA 2W4XA 2D24A 2PWHA 3PZUA 3CUHA 3NSMA 5HNNA 1W1PA 2J77A 2GK1B 3TP4A 1EA9C 4AISA 4P8VA 4CVWA 5BCAA 4LYRA 1HVQA 4K68A 1GQJA 3AROA 5A1AA 3FXYA 5A6SA 2CYGA 4PYSA 2J8GA 4V27A 4H2CA 3ZR6A 1BYCA 1R86A 1E71M 3F5KA 1JXKA 1KXTA 1H2JA 1SMDA 5GPRA 1WKYA 4C7FA 3DYMA 5M17A 3OGSA 1B1YA 1CXFA 5C70A 3EDFA 4A4AA 2YDQA 2GJPA 3BSHA 3WNNA 2VMFA 1VFMA 4LXFA 5I77A 2J7BA 4BQ5A 4PCSA 2WC7A 3ARSA 2VO5A 1JDAA 2BY2A 4ZXLA 2WVVB 3CHDA 1XH2A 3VIKA 1CGWA 1YHTA 1KXVA 4EE9A 3UERA 5A8QA 3WNMA 1OINA 1XV8A 2JALA 1NWTA 1JZ6A 3WUGA 4ZXOA 4AIOA 2ZUVA 2VZTA 5E6ZA 3WUBA 4PMOA 4H8HA 1JDCA 3ECQA 2BY3A 3IK2A 1C8YA 2GFTA 4L4PA 2J4GA 4UFIA 4AYSA 1H1NA 1UR4A 2EPMX 1XH0A 4UFLA 4J28A 2NT0A 4DUWA 3AXHA 3MSDA 3BMWA 4MDOA 3AHXA 1E6ZA 2BVDA 1QNPA 3CZEA 4H41A 2DPEA 4W5UA 4GI8A 1ITCA 4GQQA 1TMQA 1ECEA 2CPUA 1HT6A 3ZJ6A 1B3WA 4EANA 2VX6A 1WO2A 3ZT6A 2X0HA 3K8KA 1QBAA 4QCEA 1BAGA 3SCWA 5HPCA 3G6MA 4PMYA 2BNJA 1GCYA 1B90A 4AXNA 4BQ2A 1EO7A 4OKDA 4E8DA 3RDKA 3T0AA 3EMCA 1OGSA 2WMKA 2VVNA 3WH7A 1J11A 3W6MA 1C8XA 2D23A 1UD2A 3BSGA 1KBKA 1CNVA 5A6KA 1QBBA 3M6DA 2WHJA 5E6YA 4Z2GA 1B3VA 1G94A 2XIBA 2GJXB 3GXMA 2CETA 2FGZA 1DWIM 4CCEA 4AEEA 3WNLA 5E0CA 3NCOA 3OZOA 1E55A 1NP2A 1MQQA 4KRTA 3VINA 4AY1A 3CZGA 2GVYA 1ZBVA 4P8XA 4C7DA 3RILA 1R8LA 1HL8A 2CHOA 1DWFM 5A2AA 1UR1A 1MW1A 3AMGA 1GOKA 4HA4A 3ZMRA 2J47A 1WDQA 5A6LA 3DYOA 4PRWA 5JUVA 4V28A 4CUCA 1W9UA 4J3WA 4PMZA 5A3HA 1UR0A 1E6NA 5D9MA 1F4HA 2WZIA 3WNKA 5AC5A 4J7RA 4TVCA 1MXGA 1E1FA 3VDAA 3A6OA 2G8ZA 1I75A 1JNEA 4LQ1A 3J7HA 5ABEA 3F4VA 4M1RA 3POCA 1V6WA 4WJXA 1UZ1A 1R7AA 1UKQA 5I23A 1EIBA 2XM2A 3O6AA 4D6IA 4J27A 5LA0A 1G0CA 5BXSA 2E9BA 2VRQA 3ZJKA 1ZJAA 1LG2A 4C7GA 3ZT5A 1EDQA 3LPOA 4AZGA 2NT1A 2E3ZA 5HPOA 1WCGA 4AZBA 3AIQA 3KWXA 2OWWA 4YHGA 2XSBA 3ARTA 4XX6A 6A3HA 2WMIB 5FIPA 1WZMA 3ZJ7A 3W24A 2J7EA 2VX4A 1N82A 4F9JA 1SMAA 5IDIA 1AQMA 3PTKA 2Y2WA 2G3MA 2W66A 1JIBA 3N12A 4AZCA 5E0FA 1VBRA 2WB5A 3AHYA 3LPPA 1EXPA 3OLIA 3UR8A 1E73M 2J75A 1YQ2A 1UD6A 5BXPA 3W6LA 2WBKA 2PWEA 1KQZA 1M04A 1JAKA 3SUSA 1E0WA 1VJZA 4W8AA 1E43A 3VDHA 4JIEA 1J9YA 4GO9A 2J7HA 2BHYA 3THDA 1HP4A 5JIWA 2V3GA 2HISA 3CPUA 1NWUA 1LL7A 2GSJA 4F8XA 4U33A 2VX5A 3MSGA 2PF0A 2VURA 4D71A 3GNOA 4YHEA 5BYWA 1L0PA 5BRPA 3RJYA 1K9EA 2RGMA 3N18A 5CGMA 4N42A 4W89A 1BPLB 4DM1A 1J12A 4B3LA 1UG6A 4JFUA 1JYWA 3WDJA 4F66A 3VIJA 4CGTA 1ZBWA 4ACZB 5JBDA 3W27A 1AMYA 1JZ2A 2VRKA 4LYQA 1V3KA 4Z2KA 1Q6CA 3L4TA 3T2OA 2DH2A 3K46A 1H49A 1FP9A 2O9OA 2Y5EA 2CKSA 3UG4A 3PZGA 1CTNA 5CPSA 5EFFA 3GBDA 1JYXA 4X0VA 5AYIA 1LJYA 3AXIA 3WENA 5HXMA 1CWYA 4UFHA 3WF2A 4P7LA 4W93A 1WB0A 4UR9A 5CXPA 1E0VA 4PSPA 1GW1A 1CXHA 4HMDA 3MO4A 1BYBA 3BAKA 4MNLA 1ZB5A 2WMGA 2BVYA 3GH7A 2EPNA 1HJQA 3SCTA 1UH3A 1XC6A 1GQLA 1VAHA 3ALGA 4AZIA 5GNZA 1CBGA 3BAWA 2XM1A 3FW6A 1UKTA 1WDRA 3UG3A 2VCCA 5A6JA 3SCNA 1US3A 2CKRA 1PAMA 1GJUA 1HKJA 2HVMA 2W92A 1TVPA 4HU8A 1R87A 3DHUA 1UYQA 1V6XA 2CNCA 3POHA 3ZR5A 3WMBA 1C7SA 4PMVA 3WNOA 2C0HA 4JFVA 2VQTA 5KEZA 1CPUA 3FHAA 1FHDA 3QR3A 4LGXA 4MTVA 5E09A 1GNXA 4WKAA 4CU6A 1Q4NX 1E1EA 3MV11 1BG4A 5HBFA 2E40A 4JHZA 3ZSTA 1I1XA 2C7FA 2VZVA 2VC9A 2EPKX 2ZUUA 1Z32X 1OD8A 1PBGA 1TA3B 1V02E 1MXDA 3GNPA 2Z1KA 4OOUA 2VR4A 4UQAA 3PZVA 4J3UA 2UY4A 1EQPA 2BY1A 2OSYA 2XUCA 4QAWA 3ZM8A 1QI2A 3WDIA 2CHNA 2GJXA 2XGBA 3M7SA 1CIUA 1TUXA 3WF1A 3GXFA 1V0KA 3WDPP 3AIRA 4CD5A 1B3YA 4GPNA 2V5DA 1NOFA 3AISA 3WH6A 3ZT7A 3KEHA 4B9YA 1V3MA 1XGZA 3SUUA 6TAAA 4AWEA 4OJYA 3ARWA 4BZYA 1OWQA 2BHZA 5CSUA 4D1IA 4TVUA 3CZKA 3VM5A 2XTKA 5A6AA 5A8PA 1W9PA 3B9AA 3WNPA 4JHOA 1WDSA 5I24A 3PZOA 4FLRA 4W8BA 4JL2A 4WK9A 1X6LA 1RP9A 1V08A 5C8BB 4D6HA 4GINA 2VZUA 4HPHA 1XYFA 3CGTA 3WDHA 3SCPA 5DO8A 1JDDA 3WH8A 1FFRA 1LLOA 2ZUMA 3I3DA 1NWSA 3LMYA 4UOJA 2V3FA 3KZSA 3CZJA 3EMQA 2VJXA 3ARXA 4A3HA 5FD0A 1DEDA 2WPGA 3W4RA 3DHPA 2JIWA 2OWXA 3VGEA 1D7FA 4QFUA 4HMCA 8CGTA 4H04A 4HZ6A 3RIKA 1ISVA 4W7UA 1CXLA 3NUKA 1OB0A 1FP8A 2V5CA 4H8VA 3WEOA 1OD0A 4W85A 2WSPA 3WMCA 3BCFA 1GVIA 3ARQA 4HPGA 5CJ5A 3PZQA 1HJWA 1V3LA 3S6TA 1KR0A 1E40A 3AS1A 3B9DA 4CN1A 3CMGA 1AQHA 2J79A 3MMWA 2WHKA 1R85A 1DWAM 5CSYA 5D4YA 4WLCA 3EDJA 1VBUA 4D72A 4F79A 1NARA 2XHYA 3NIYA 4ZENA 3UR7A 2EXOA 1TG7A 4DUVA 1HKIA 3IAQA 4H8UA 2YDRA 1PIFA 1MFUA 4MADA 1BTCA 1JI2A 4Z2IA 2WSKA 5CG0A 4P7OA 1J0YA 4PCTA 3D5HA 3PTMA 1H3GA 1LWJA 1NQ6A 2JFEX 1G01A 2CEQA 2D22A 4OBSA 3HJEA 1C7TA 3CZ8A 3VD5A 2PWDA 2E9LA 1DWHM 3SEPA 3WMSA 1OIFA 3BLPX 2WC4A 2E8YA 3MUIA 2YA0A 4UZUA 1E3ZA 6CGTA 5FOOA 3TTQA 2D20A 1XSJA 4U31A 3WD0A 4OBRA 1E4LA 3RMEA 2WMHA 3A4AA 3AJ7A 1PJ9A 3U7VA 1JZ8A 2X09A 1UKOA 3VM7A 3N1AA 1KGXA 3OIHA 4JKMA 3VILA 2CESA 3UG5A 2CXGA 1E5JA 1UR9A 1V6VA 4ATDA 4J3XA 4X9YA 4CKQA 1NOWA 4OZOA 1KWKA 4PBGA 1QI4A 3VVGA 1JF5A 1E6PA 2CBUA 1QI0A 1XYZA 1XCXA 1R7OA 1MWOA 4YPJA 4CD8A 2VT0A 1AVAA 4D1JA 2WLZA 3VIGA 4FLOA 3UCQA 4TTUA 3WQ8A 4R27A 2G4FA 1CGYA 5CGTA 4D6GA 5EMYA 5DMYA 1HXJA 1HKMA 2NW0A 3K4DA 1F4AA 5AY7A 3BXWA 2Y4SA 2G41A 1VEMA 3AIUA 5I2UA 3I3BA 1ZS2A 3WH9A 2YBUA 4TXEA 2XWEA 4D6DA 3EDKA 4U2YA 5EFDA 3S2CA 5M3WA 1H5VA 4W5ZA 1GQKA 1XCWA 1VEOA 1EH9A 4WSJA 5I5RA 1LF1A 3CO4A 1OCQA 4A3YA 1BHGA 5D8WA 4W86A 1JFXA 2O9RA 2DSZA 1HL9A 1CECA 4AZHA 1GORA 1OSEA 3FHQA 1TFVA 1KWGA 3N9KA 2DGAA 2DT2A 4TUFA 2QPSA 5FKYA 1B0IA 4WF7A 2ZUWA 3VDCA 3AYSA 2ZWZA 1ISYA 2WHLA 1J18A 2WBGA 1UKSA 4AIUA 4UOQA 3L4ZA 1EQCA 2DQXA 1HN1A 2E9MA 1HVXA 3N17A 2XSAA 5I3DA 1PX3A 3A4WA 4IISA 4DWSD 3ARYA 4MNJA 1PPIA 4KGJA 5A8NA 4NRRA 3F5JA 5LA1A 4AIEA 4RE4A 1J0HA 2BVTA 4UCFA 2DH3A 2YOCA 1KR1A 1CZ1A 5CPQA 4AC1X 5HOSA 2X1IA 1JF6A 2ZX7A 4GXPA 3VTRA 1C3FA 3MUAA 3AMKA 5A6BD 2BXZA 3AI0A 4AW7A 1PZ3A 5A94A 3L4XA 1UH2A 2ZXAA 3O9NA 2DT1A 4FF5A 3GNRA 1JNDA 4GIAA 1DTUA 2D1ZA 2X8RA 3U7BA 4EAMA 1PEZA 1B2YA 3WQ6A 4JL1A 2VRJA 3JUGA 3VD9A 3A47A 4M81A 4PMXA 1XSKA 4KMQA 3THCA 2Y8KA 2WW5A 3E1F1 4UQBA 1Y7VA 4GI9A 4HMEA 3CUGA 3SCRA 1IV8A 1OT1A 4MAVA 1UQYA 2ESCA 1L8NA 1UH4A 5D9OA 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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2W4XA

Total Genus

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