The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
97
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sequence length |
359
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structure length |
359
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Chain Sequence |
GKTFSNVEIFDPPTNYRDPQVLYARPLELSDGTLLGTWENYSPEPPNVWFPIVKSKDGGKTWKEISKVKDTQNNWGLRYQPQLYELPRAFGKYPKGTVLCSGSSIPSDLSETLIEVYASRDKGYTWEFVSHVALGGEALPNPGLTPVWEPFLMTYKEKLILYYSDQRDNATHSQKLVHQTTTDLKKWSKVVDDTKYADYYARPGMPTVAKLPNNEYIYVYEYGGGPNPPAGSDYWFPVYYRLSKDPQKFLNKAHHQIVSNDGTTPAGSPYVVWTPYGGKNGTIVVSCGTRSEIFTNQALGDASAWKKWDVPQPTAYTRSLLTFQKDPDLLMIMGAGILPPAGGKNTVSASVVRLSEVMK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule tags |
Hydrolase
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| molecule keywords |
ALPHA-L-ARABINOFURANOSIDASE
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| publication title |
Molecular Basis of Arabinobio-Hydrolase Activity in Phytopathogenic Fungi. Crystal Structure and Catalytic Mechanism of Fusarium Graminearum Gh93 Exo-Alpha-L-Arabinanase.
pubmed doi rcsb |
| source organism |
Gibberella zeae
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| total genus |
97
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| structure length |
359
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| sequence length |
359
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| ec nomenclature |
ec
3.2.1.55: Non-reducing end alpha-L-arabinofuranosidase. |
| pdb deposition date | 2008-12-11 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | 6 Propeller | Neuraminidase | Neuraminidase |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1A14 N; 1NSB A; 2F13 A; 1XOG A; 2QWD A; 5HUG A; 4XIL A; 3GVK A; 1L7H A; 4H52 A; 5HUN A; 3GVL A; 2HTY A; 1A4Q A; 1MS0 A; 4MJU A; 4KS5 A; 1NCC N; 1B9T A; 3TI5 A; 4FOV A; 1IVD A; 4CPM A; 1MR5 A; 2VW1 A; 1EUR A; 2SIL A; 3A72 A; 3A71 A; 4XMI A; 4QN5 A; 2XZI A; 2XZJ A; 1MS8 A; 4WA5 A; 4FP2 A; 1NSC A; 3H72 A; 1EUS A; 1NMC A; 1NN2 A; 1NNC A; 4KS1 A; 3TIA A; 4GZX A; 4FPE A; 2AEQ A; 1NSD A; 2VW0 A; 2QWI A; 1W1X A; 2HTU A; 4MWJ A; 2YA5 A; 2BZD A; 4GZQ A; 1S0I A; 4YZ4 A; 1V2I A; 4HZV A; 4XJQ A; 2YDP A; 2F27 A; 2FHR A; 3O9K A; 4MZA A; 4H53 A; 2XZK A; 2HTW A; 4WEF A; 1INF A; 3ALX A; 4J9T A; 4WEG A; 1V3B A; 2X9M A; 4XE9 A; 1S0J A; 2HTV A; 2C4L A; 4K1I A; 4GZO A; 2AH2 A; 2BAT A; 1Z4Z A; 4M3M A; 1B9S A; 1WCS A; 2HTQ A; 4M4N A; 1W20 A; 3K37 A; 3CL2 A; 1BJI A; 4FPC A; 4FPK A; 4KS4 A; 2VWD A; 3TI8 A; 3K36 A; 4CPO A; 3NSS A; 4YZ5 A; 3OPZ A; 1MWE A; 4YW5 A; 4GZT A; 4MWW A; 1W21 A; 4GDJ A; 4GEZ A; 1V3D A; 4K1K A; 2ZB6 A; 1N1V A; 4XOG A; 4YW4 A; 1MS3 A; 4X4A A; 1V3C A; 4MZE A; 2QWE A; 4GZP A; 2VVZ A; 4B7M A; 2YA7 A; 1E8U A; 3JU4 A; 2AGS A; 3CKZ A; 2QWG A; 2ZB5 A; 2CML A; 1NNA A; 3K38 A; 4QN4 A; 3SAN A; 4FPJ A; 2VK7 A; 1F8C A; 1VCJ A; 3SIL A; 1N1S A; 1INV A; 3TIC A; 4HZY A; 4NCS A; 1NCB N; 5HUM A; 2HT7 A; 1VCU A; 4K1J A; 4XIK A; 3NN9 A; 4WA4 A; 4YW2 A; 4FJ6 A; 4NC5 A; 3SLI A; 4QN6 A; 4XJW A; 5HUK A; 4BBW A; 3CYE A; 4XJU A; 1F8B A; 1Z4W A; 2HU4 A; 1EUT A; 2VW2 A; 4MWV A; 5B2C A; 4XJZ A; 3BEQ A; 1V3E A; 1NNB A; 1DIM A; 2F12 A; 3O9J A; 4FPY A; 4YZ3 A; 4YZ2 A; 1MS5 A; 5HX0 A; 4UF7 A; 1W0O A; 1NCD N; 3B7E A; 1SLI A; 4MJV A; 2VK5 A; 1W0P A; 4HIZ A; 2RKC A; 4HZW A; 2QWA A; 4B7R A; 1SO7 A; 5JYY A; 1INX A; 4MWL A; 1SNT A; 1KIT A; 2VK6 A; 1F8D A; 4X49 A; 4MX0 A; 4XYX A; 1F8E A; 1Z4X A; 4KS2 A; 6NN9 A; 1MS9 A; 2HT5 A; 4MWX A; 4JF7 A; 1E8T A; 4XJR A; 2F29 A; 2YDT A; 1Z4Y A; 1IVB A; 4B7N A; 3K39 A; 3H73 A; 3PJQ A; 2W5O A; 4I00 A; 4CPY A; 4XHX A; 3TI6 A; 4D8S A; 2YA6 A; 4SLI A; 5B2D A; 2QWC A; 2JKB A; 2YA4 A; 2A75 A; 4QN7 A; 1Z50 A; 1V0Z A; 4QNP A; 4GZW A; 4CPZ A; 1USR A; 4Q6K A; 1NCA N; 2QWK A; 2C4A A; 4XIO A; 2F11 A; 1MS1 A; 1W8N A; 5M1Z A; 3SAL A; 4FOW A; 2QWB A; 3D12 A; 4B7Q A; 2F10 A; 7NN9 A; 1IVF A; 4DGR A; 4HZZ A; 1SLL A; 4MWQ A; 2F0Z A; 4MC7 A; 1N1Y A; 3H6J A; 3W09 A; 1EUU A; 2QWJ A; 1INH A; 1INY A; 5F9T A; 4X6K A; 1A4G A; 4GJT A; 2F26 A; 4FP3 A; 1E8V A; 4FQ4 A; 1N1T A; 3D11 A; 4B7J A; 1IVC A; 4XHB A; 1DIL A; 4XJ9 A; 3TIB A; 1MS4 A; 2F28 A; 4XJA A; 3B69 A; 4FZH A; 4FPL A; 1NMB N; 2SIM A; 3H71 A; 4GB1 A; 1XOE A; 2F24 A; 3ALW A; 1MZ6 A; 4MWY A; 2XCY A; 4FPO B; 3K3A A; 2W38 A; 5NN9 A; 4FPG A; 4M4V A; 2B8H A; 1L7G A; 4CPL A; 4MWU A; 2AEP A; 4XMA A; 4MWR A; 4YW3 A; 4FOQ A; 2HTR A; 2VSM A; 2QWH A; 1MZ5 A; 2VSK A; 3GVJ A; 4GZS A; 4FVK A; 3INB A; 4WA3 A; 4KS3 A; 4YZ1 A; 2SLI A; 2YA8 A; 2W20 A; 4CPN A; 4NN9 A; 1IVE A; 2BER A; 2F25 A; 4FOY A; 1Z4V A; 1WCQ A; 2HU0 A; 4GDI A; 1V0F A; 1NMA N; 1INW A; 4FPF A; 1L7F A; 4K3Y A; 4FPH A; 1V0E A; 3CL0 A; 3T1E A; 1B9V A; 4QN3 A; 1IVG A; 4M4U A; 1ING A; 3TI3 A; 2HT8 A; 2BF6 A; 2W5N A; 4X47 A; 4XJ8 A; 4HZX A; 1USX A; 4YW1 A; 3TI4 A; 2QWF A; 4K1H A; 1W8O A; #chains in the Genus database with same CATH topology 5GX5 A; 1A14 N; 1NSB A; 2F13 A; 4GN8 A; 1XOG A; 2QWD A; 5HUG A; 4XIL A; 2GHS A; 3GVK A; 1L7H A; 4H52 A; 5HUN A; 3GVL A; 2HTY A; 1A4Q A; 1MS0 A; 3S2K A; 4MJU A; 4KS5 A; 4C1Y A; 1NCC N; 1B9T A; 3TI5 A; 4FOV A; 1IVD A; 3V64 C; 4CPM A; 1MR5 A; 2VW1 A; 1EUR A; 1PJX A; 2SIL A; 3A72 A; 3A71 A; 4XMI A; 4IQK A; 4QN5 A; 1C9U A; 2XZI A; 4A0P A; 2XZJ A; 1MS8 A; 4WA5 A; 2G8S A; 4FP2 A; 1NSC A; 4CH9 A; 5FZN A; 3H72 A; 3KYA A; 1EUS A; 1NMC A; 2H2N A; 1NN2 A; 1NNC A; 4KS1 A; 3LI3 A; 4Q1U A; 3TIA A; 4GZX A; 2IVZ A; 4FPE A; 4IFN X; 3NO0 A; 2AEQ A; 3AMS A; 1NSD A; 2VW0 A; 2FP9 A; 2QWI A; 5FWW A; 1W1X A; 5D9B A; 2HTU A; 4MWJ A; 2YA5 A; 3S94 A; 2BZD A; 4GZQ A; 5GTQ A; 2IAS A; 2ZZK A; 1S0I A; 4IYG A; 4YZ4 A; 1V2I A; 4HZV A; 3A9H A; 5FZJ A; 3Q6P A; 4XJQ A; 2YDP A; 4L7D A; 3I1C A; 2F27 A; 2FHR A; 3O9K A; 4MZA A; 2IAX A; 4H53 A; 2XZK A; 2HTW A; 4WEF A; 1INF A; 5EO7 A; 1CRU A; 3HLI A; 3ALX A; 4O5S A; 4J9T A; 4PWZ A; 3ZGD A; 2IAU A; 4WEG A; 1RWL A; 2ZW9 A; 1CRZ A; 3WDZ A; 1V3B A; 2X9M A; 4XE9 A; 1S0J A; 2HTV A; 2C4L A; 2IAP A; 4K1I A; 4GZO A; 2AH2 A; 2BAT A; 4YY8 A; 1QLG A; 1Z4Z A; 4M3M A; 1B9S A; 1WCS A; 2HTQ A; 4M4N A; 4GN9 A; 4AGI A; 1W20 A; 3K37 A; 3CL2 A; 1BJI A; 4FPC A; 4FPK A; 1ZI0 A; 1RWI A; 3FVZ A; 4KS4 A; 2VWD A; 3TI8 A; 4ZGC A; 2Z32 A; 3K36 A; 3NSS A; 4CPO A; 4YZ5 A; 5CGJ A; 3OPZ A; 1MWE A; 4YW5 A; 1V04 A; 3VNG A; 4GZT A; 3ADE A; 1W21 A; 4MWW A; 4GDJ A; 4GEZ A; 4CHB A; 1V3D A; 4K1K A; 2ZB6 A; 5EX7 A; 1N1V A; 4XOG A; 4YW4 A; 1MS3 A; 4X4A A; 1E1A A; 1V3C A; 2VPJ A; 4MZE A; 5EO8 A; 3SOQ A; 2QWE A; 4GZP A; 2VVZ A; 4B7M A; 2YA7 A; 1E8U A; 3JU4 A; 2AGS A; 4GNC A; 4D52 C; 3CKZ A; 2QWG A; 5D9C A; 4G3N A; 2ZB5 A; 2CML A; 1NNA A; 5FNT A; 3K38 A; 4QN4 A; 5GX2 A; 3SAN A; 4FPJ A; 2VK7 A; 1F8C A; 2DG1 A; 4XMB A; 1VCJ A; 3SIL A; 4IFL X; 1N1S A; 1INV A; 4D4U A; 3TIC A; 3FW0 A; 4HZY A; 4NCS A; 1NCB N; 2GVX A; 5GX4 A; 5HUM A; 2HT7 A; 1VCU A; 4K1J A; 4XIK A; 3NN9 A; 1QBI A; 4WA4 A; 4YW2 A; 4FJ6 A; 4NC5 A; 3SLI A; 4QN6 A; 4XJW A; 4O5T A; 1SUU A; 1C5K A; 4JML A; 5FNR A; 2FPB A; 5HUK A; 2XN4 A; 1K32 A; 3SRG A; 4D52 B; 4BBW A; 3CYE A; 4XJU A; 1F8B A; 1S1D A; 1Z4W A; 2HU4 A; 1EUT A; 2VW2 A; 2POO A; 3WW9 A; 3HLH A; 4MWV A; 5B2C A; 4XJZ A; 1OFZ A; 3BEQ A; 1V3E A; 4IN4 A; 3ZGC A; 1NNB A; 1IJQ A; 3G4E A; 1DIM A; 2F12 A; 3O9J A; 4FPY A; 4YZ3 A; 4YZ2 A; 1MS5 A; 5HX0 A; 4UF7 A; 1W0O A; 1NCD N; 3B7E A; 1SLI A; 4MJV A; 2VK5 A; 3LI4 A; 2FPC A; 3TC9 A; 1W0P A; 4L7C A; 1NPE A; 4HIZ A; 5F72 C; 1N6F A; 2RKC A; 4HZW A; 2QWA A; 4AGT A; 4B7R A; 1N7D A; 1SO7 A; 2H2U A; 5JYY A; 1INX A; 4MWL A; 1SNT A; 1H6L A; 1KIT A; 4GN7 A; 3L6V A; 2VK6 A; 1F8D A; 4HHO A; 2W8B A; 4X49 A; 4MX0 A; 4L7B A; 4XYX A; 1F8E A; 1Z4X A; 4KS2 A; 6NN9 A; 3DR2 A; 4C1Y B; 1MS9 A; 3G4H A; 2HT5 A; 4MWX A; 5FNU A; 1X2J A; 4JF7 A; 1E8T A; 4XJR A; 2F29 A; 2YDT A; 1Z4Y A; 3II7 A; 1IVB A; 4B7N A; 2ISM A; 3K39 A; 3H73 A; 2QE8 A; 3PJQ A; 2W5O A; 4I00 A; 4CPY A; 4XHX A; 3TI6 A; 1IUB A; 4IFJ A; 4D8S A; 5GX1 A; 1X2R A; 2YA6 A; 4SLI A; 4GNB A; 3SOB B; 5B2D A; 1WP5 A; 2QWC A; 2JKB A; 2YA4 A; 2A75 A; 3WWA A; 2IAR A; 3DAS A; 4ASC A; 2GVV A; 4QN7 A; 2DYH A; 1Z50 A; 1CQ1 A; 1V0Z A; 4QNP A; 4GZW A; 4CPZ A; 1USR A; 4AHA A; 5D9D A; 4Q6K A; 1NCA N; 2QWK A; 3A9G A; 2C4A A; 4XIO A; 2F11 A; 1MS1 A; 1W8N A; 3E5Z A; 4ZLR A; 3UC1 A; 5M1Z A; 1S18 A; 3SAL A; 4FOW A; 5GX3 A; 1POO A; 2QWB A; 3D12 A; 4B7Q A; 2F10 A; 7NN9 A; 1IVF A; 4DGR A; 4HZZ A; 1N6D A; 1SLL A; 1Q7F A; 2F0Z A; 4IMB A; 4MWQ A; 1IUC A; 4MC7 A; 3AMR A; 1N1Y A; 3H6J A; 4AH4 A; 3V1S A; 3W09 A; 1EUU A; 2QWJ A; 1INH A; 1INY A; 5F9T A; 4X6K A; 1A4G A; 4GJT A; 2F26 A; 2HQS A; 4FP3 A; 1E8V A; 4FQ4 A; 2IAV A; 1N1T A; 2W8B B; 3D11 A; 4B7J A; 1IVC A; 4XHB A; 1DIL A; 4XJ9 A; 3TIB A; 1MS4 A; 2F28 A; 3VNH A; 4XJA A; 4UOU A; 3B69 A; 4FZH A; 4FPL A; 1NMB N; 2SIM A; 3LI5 A; 3S8V A; 3S8Z A; 3U0S A; 2WOZ A; 3SRE A; 3H71 A; 4GB1 A; 2VAQ A; 4GNA A; 1XOE A; 4N1B A; 2F24 A; 2IAQ A; 3BYC A; 3ALW A; 4ZY3 A; 1MZ6 A; 1ZGK A; 4MWY A; 2XCY A; 2FP8 A; 3Q6T A; 4FPO B; 5FNQ A; 3O4P A; 3K3A A; 2GVW A; 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