2WC9A

Crystal structure of the g2p (large terminase) nuclease domain from the bacteriophage spp1 with bound mn
Total Genus 49
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
49
sequence length
177
structure length
177
Chain Sequence
VVPFENLQIEEGIITDAEVARFDNIRQGLDFGYGPDPLAFVRWHYDKRKNRIYAIDELVDHKVSLKRTADFVRKNKYESARIIADSSEPRSIDALKLEHGINRIEGAKKGPDSVEHGERWLDELDAIVIDPLRTPNIAREFENIDYQTDKNGDPIPRLEDKDNHTIDATRYAFERDM
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

molecule tags Viral protein
source organism Bacillus phage spp1
publication title Structural Basis for the Nuclease Activity of a Bacteriophage Large Terminase.
pubmed doi rcsb
molecule keywords TERMINASE LARGE SUBUNIT
total genus 49
structure length 177
sequence length 177
ec nomenclature
pdb deposition date 2009-03-10

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF17288 Terminase_3C Terminase RNAseH like domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.280 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 2wc9A00
4DKWA 2WC9A 2WBNA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3TSQA 3PO4A 2ZGYA 3A0IX 1NGBA 4N5SA 4H03B 2LSNA 3ENBA 3OS2A 3U3YA 1N6QA 4AHSA 3LWMA 1RDCA 4EZ6A 4GNIA 1Q9YA 4CJ7A 2NZTA 4H0XB 3SMSA 4CZLA 2V52B 1N8RO 3QBXA 2ZWHA 4DQRA 3M8PA 4KB1A 4B08A 3AV9A 1RBSA 2WOMA 3HVTA 3SMPA 3OYKA 2D0CA 4PKGA 1Y97A 4PL7A 3L2QA 3VEZA 4PL8A 3SCXA 2NRHA 4FZYA 3EO3A 3NVKA 4YDUA 5AQYA 4FO0A 4BC2A 4FJ7A 2IS3A 3SPYA 3KVGA 4K42A 3BEXA 3CQ8A 3A5MC 4E7IA 1K9MO 5J2NA 4O8UA 4DUZK 4HCCA 3V9XA 3VQ4A 2WBNA 2HNZA 5ADXH 4KHWA 3OYLA 3SZ2A 1SL2A 5AQQA 3VQAA 4KHSA 5E41A 3CJ7A 3IDHA 5M1NA 1WAJA 3H1QA 4CZEA 5TKWA 3SBGA 1RTJA 4WFBL 4DF8A 5FPNA 3O4NA 1A5XA 1VSIA 1HMVA 4IZ9A 1J54A 3KKSA 3OBYA 3D2FA 3M3ZA 3KK1A 1HNVA 3EN9A 1ESVA 4ID1A 5KI6A 4YOUA 1XWLA 1B92A 2PFUA 4ID5A 2QM1A 3GBTA 3S3NA 1YJWN 4R5PA 4CD1A 1TL1A 2VWBA 3CJ9A 3J7AP 3L4IA 2A1RA 3F2KA 4RG8A 3MWPA 4F4KA 3CM6A 3SQ4A 1QHTA 1Z6RA 1YUWA 5LL6Z 3HL8A 1NJZA 3CERA 4I2QA 1S5JA 3V9WA 4JI7K 1NBWA 2XY6A 2FXUA 4GV6A 2QWMA 3QIOA 3ZETA 1RBUA 4RW7A 3MX2A 1TAUA 3EYZA 2O8DB 4BRKA 2I7PA 3VEVA 1BCMA 1IJJA 1JLAA 1WBBA 4KH6A 4MFBA 2Z1IA 1N32K 1JXBA 4O55A 1W0HA 2FF6A 4JI8K 2ZJQL 3P5JA 4MQ3A 3JYTA 3NHGA 3NGIA 3TAQA 1W7AA 4LF7K 1VK0A 1XMOK 3HVRA 2KW4A 4BGBA 1GLDG 5M1PA 4LF6K 5GAGP 1JCFA 4KI4A 1OVYA 1JCGA 4AF1A 1E4GT 3CD6N 4H4MA 4KRFA 4FK4A 4DR6K 2F4VK 4A59A 2YCHA 1C0UA 3AO3A 2GELA 3D7EO 4AILC 3QEWA 1NGHA 4E0DA 1LW0A 4H0PA 2VCPA 1HKCA 3PSIA 4BR7A 5LMUK 3FZLA 1EKEA 2E1ZA 3U4LA 3CJBA 1QSSA 3GOIA 1K8KB 5CR4A 4BG8A 1WUAA 1NK6A 3CCRN 4I6MB 1KAYA 1X9JA 4DSKA 4E3SA 4EP5A 2AJQA 4FJNA 3RWUA 2IVPA 3AGKA 3LDNA 4BVOA 1VRUA 5FROA 4OKEA 4GW6A 3HBTA 4DTNA 4G1QA 2P9SB 2NNWA 3SV3A 4BVPA 4JS5A 3CMEN 3VQEA 3ZT3A 4AHUA 3PSFA 3R8EA 4FSVA 3PX4A 2GBZA 3MECA 4M42A 4FJXA 3AAQA 2JGUA 3G4SN 4JRQA 3IS9A 4MO4A 4JHDA 3ZSYA 2Z1GA 1VQ8N 1RT3A 4NYFA 3NH1A 4FZZA 4E89A 4KKOA 2HHUA 2E5LK 2KKZA 3VQ5A 4CJKA 2GWKA 2QTDA 4JKGB 2OPQA 3MN5A 1RBTA 1WNSA 2NRRA 3UKUB 4Q5VA 1VSJA 4CK3A 4K0KK 3V1QA 3KK3A 3S3OA 4OVLA 5M1QA 1VQPN 4CJ3A 4GY2B 1VRTA 1D9FA 1JXEA 1C0TA 3N4PA 1NK8A 3LALA 3I8BA 1QVFM 5CHIA 4KH4A 1J5OA 4CIEA 2O8CB 2QWLA 5AQUA 5CE3A 4E7LA 3L8BA 2QW9A 1SKRA 3L2VA 1QSYA 4KH5A 1TK0A 3HJFA 4DKWA 1SV5A 3QEIA 1I3AA 5C0YA 3LP2A 1S3XA 2HHVA 4YNQA 3RMDA 4CJFA 4C23A 5F0XA 3H6EA 4E7JA 3CF5L 4BR0A 2ZGZA 5JVGL 4CF0A 5AQSA 4DSLA 5J2MA 2ITGA 1ASUA 4MLHA 1ZBHA 2IVOA 4UQGA 3MAQA 2BH1A 5ADXA 2NRWA 4IO9L 2JWKA 1T05A 3LDPA 1C0FA 5HRSA 2DY4A 3OS1A 5EVZA 4DR7K 3OYFA 4F2SA 4FXDA 2HNYA 4H4OA 2VYPA 3SBTA 5LMNK 2F9TA 3DXKB 3L2RA 3O4WA 4JKFA 3S3MA 3D45A 1ZBSA 2FBTA 3AVGA 5J1EA 1QSLA 4FJHA 5B8HA 4J2DA 2HVHA 1ASWA 1IKYA 4JD2B 4RTFD 4FYDA 4DSEA 3KD5E 4DTPA 4C8NA 3AVFA 4MDAA 5FPDA 3PIPL 4H5TA 1SZ2A 3WNEA 3K5NA 3MXJA 5FPMA 3ZT1A 3LDSA 4BRHA 1E4FT 2FBYA 2E88A 4LSNA 3OYCA 3I55N 2VG7A 5HP1A 3OJUA 4GV9A 2UXBK 4BRAA 3HPOA 2ASPA 4QAGA 4Q0BA 3WQTA 3VEWA 1RDUA 1D8YA 2RE2A 4B9SA 1GLEG 4IEEA 4BRPA 4B1UB 3QBWA 3LP3A 4WFAL 1NJIO 1JLBA 4CZHA 1P8ZA 1CXQA 1Q81O 3IRXA 2WFBA 3VGMA 1KLNA 1RT1A 1WSFA 4DV4K 3DJCA 2JWLA 1BCOA 4I7FA 3HM9A 4HWIA 2FSJA 3BGRA 1NGJA 4FPAA 3HRGA 2VGNA 3CPWM 1RBRA 4B3MK 4DV0K 3OYEA 3ZT0A 4JS4A 3SUQA 1HNIA 3TABA 1ATSA 5BRHA 1VSMA 1VSKA 4JKAA 4CHZA 4DU3A 1C1BA 3G0ZA 4C8KA 5BREA 1EETA 4B1YB 3VGLA 3B8AX 4CERA 3CCQN 1QZ6A 3I8DA 2BUPA 2NRVA 4CESA 3AA3A 4H0TB 3CCUN 3CG7A 1T3VA 1B9FA 1MWKA 5FPEA 4FWPA 5HBMA 1KQSM 4A5AA 2Z1JA 3T3FA 3TAMA 1OH8A 5GAHP 3CXCM 4FJKA 4NCAA 1L3UA 1HKBA 1S1WA 3CCLN 4IKFA 4FVUA 4CBUA 3KLFA 4BE1A 4CFCA 1QS4A 3OYBA 1QQOA 3VERA 1TAQA 4EP4A 2BTFA 3THYA 4HTLA 3H1VX 4U7BA 5BPMA 4UY8O 3CFPA 3AA2A 4E1NA 1NK7A 3ENHA 3P4IA 3M6GA 1JLQA 1KVCA 4BRGA 4JAXA 5CYQA 5AQWA 2P9PB 3U9ZA 4B9TA 1WAFA 4CZGA 1RCHA 3KJVA 1NK0A 5HL7L 1JL2A 4XH5A 4JV5K 1J5EK 1FKPA 1VQ6N 2NLXA 1GLFO 3O9SA 4B8AB 1RFQA 4QS9A 4BR5A 1RT6A 4O8KA 4CZFA 3VF6A 1HNXK 2KFZA 2BDPA 2HBKA 4TSXA 4HVJA 4KHPK 3E1YA 2BANA 3ISNC 4O0IA 3AA5X 2W6LA 5GIOA 3J7YP 3LDOA 4FJ5A 3MCPA 4DS5A 2E1YA 3IAYA 4B9MA 1VSFA 4BRMA 4GKKK 4DF4A 1WSHA 2FBVA 5K14A 4CFDA 4CZIA 4A57A 4N41A 3RR8A 2CGKA 3CJAA 3GE1A 3WNGA 1IBLK 2GX9A 1JLCA 3DOLA 1HX1A 3CQYA 2PAVA 2O8DA 2A3ZA 3ULEA 5GINA 4QCLA 2OPRA 4EFHA 3LDLA 4DG1A 2FBXA 4ICLA 1TVRA 3VQ6A 4ZTFA 4B3TK 3LM9A 4JK9A 4Z94A 1C0MA 1XUPO 2XY8A 1S1TA 4IOCL 2W42A 2ZJRL 3NGZA 3VQBA 1UA1A 3ZLJA 4DSIA 3H08A 1UA0A 4NXMK 2ITMA 4EAHD 2HBJA 3VETA 4FJ8A 1IG8A 3RMAA 4K41A 3TAFA 1BDGA 1U48A 3FFIA 3W3DA 3NF6A 2KZMA 4CJSA 4IXCA 1JJ2M 1BQMA 1Q86O 5BRFA 2Z1HA 3MEGA 1VHXA 1NOYA 4DS4A 3DI6A 4JI0K 1K8AO 5AQVA 1HQEA 1ZBUA 5HRRA 4JYAK 5KGXA 4B1VA 4CF9A 2DTUA 3TAPA 4DLEA 5AQIA 2HHHK 2FC0A 3THWB 3CM5A 1K8KA 3BY5A 4OPAA 4CJPA 2D0PA 4M3YA 1YJNN 5DM6L 4CE9A 1BISA 3OJSA 4JEPA 5HROA 1ZYQA 2WUSA 4FW1A 2P9SA 1HNZK 1CZAN 3DRPA 4AM6A 3HT3A 2P9IB 2Y1IA 1TKTA 3MX5A 1NKEA 3QMLA 4ILJA 4KTQA 1P90A 2W41A 3M5RA 3K58A 4H0YB 1XHZA 4GVEA 4EZ9A 4FCYA 4J2BA 3DXMB 4DR4K 4J8FA 3T1AA 4WQ5C 3OVNA 3O3FA 3QLHA 4R79A 3KLHA 4FJMA 1VQMN 3JAMO 1B9DA 4JKGA 1JLEA 4IJAA 1TKZA 3HTVA 1DKGD 3VPZA 2P9NB 1YAGA 1EXQA 1NK4A 3VOVA 3NGYA 2P9UA 4HUGA 4LD0A 3SAHA 3K5OA 1HYVA 3AVMA 4FWSA 3L0QA 1OH5A 1WSGA 4M41A 3MN9A 3P83D 1NJYA 4DWIA 2HB5A 2FSKA 4BRIA 2DFFA 4FM2A 4LF5K 1YXQA 1JKHA 3G25A 2NRTA 2XY7A 4JN4A 2ASOA 2O8CA 1ZXOA 1SKSA 5AQFA 1BO5O 2F9WA 3SPZA 3MEEA 1LW2A 1DTTA 5CZ1A 4AH9A 2A5XA 3HM8A 4M3UA 3CYMA 4CJLA 3E9LA 3I56N 4E7KA 4BY9C 3ZEUB 4X66K 1FK9A 2YNIA 4DTXA 3HI0A 1ATNA 1N5YA 3SUPA 3HXMA 2CGJA 4QS8A 1EX4A 2G8HA 5FDLA 4F8RA 4IBNA 5HOOA 3AVIA 2EX3A 3HP6A 1IKWA 4KHNA 1K6YA 1BUPA 3PUFA 3AVNA 4A62A 4AHTA 2UYTA 1T6DA 5AQNA 2A40A 3SAGA 4N56A 4YOXA 4CFAA 1EWRA 4V19S 4CJWA 3HO1A 4CCHA 2QA4N 3CCSN 5AQMA 4OKKA 3ATVA 3Q7BA 4Z4EA 1R59O 5T7BA 4LF9K 4H8KA 3J7ZO 4H0VB 2QI2A 5AQJA 5AQXA 3S41A 3CHWA 1IG9A 3DXKA 2QWPA 1LAVA 3I0RA 1RTHA 5KTQA 4LF8K 4PY5A 4YOTA 4F2RA 4U67L 3IMXA 1JL1A 4JD2A 2HMIA 1QE1A 4DTSA 2AP1A 4LH5A 3L3UA 2HNDA 3NVMA 3L3VA 3Q7CA 1WLJA 3OY9A 1WSIA 1E3MA 1U6ZA 3VEXA 2X74A 4BDZA 5MLCQ 1D4XA 1FXXA 1VSLA 4ISEA 2J4RA 2IOCA 4FPBA 3CC2N 4JKBA 4E7HA 4DV2K 4LC9B 3AA4A 3AGRA 4F3TA 4G9ZA 3CCJN 3FLCO 3V81A 3A8YA 1BU6O 3M8QA 4K8ZA 1Q8IA 4FM1A 1OH6A 1KD1O 3GDQA 2P9LB 3B6PA 2IGIA 2CGLA 3NF8A 4JI3K 5SZTA 2FSNA 3O9RA 1JLGA 3O1BA 4BE0A 4HCBA 1T6CA 5AZIB 3LPUA 3V1OA 2Q1NA 4BR4A 2HF3A 1Q9XA 3K2PA 3CCMN 3F5TA 1YF5L 1YI2N 5AQTA 4B3OA 4H5NA 4WQ5A 4FK0A 3HSCA 2D4WA 1I94K 4H5VA 2E2PA 4DHYA 3R6MA 3RRHA 4O5BA 4CGDA 3TARA 2OCEA 3VTHA 1TUYA 4NB4A 2EHGA 3C6HA 4LF4K 4FM0A 2HHTA 1SQKA 1KSPA 2VQFK 2RPIA 3MK6A 2G8IA 3AVAA 3AVCA 3UKRB 1G15A 2ZQBA 3ULDA 3ITHA 1W9HA 4FLXA 1XHXA 3THXB 2IVNA 2UUBK 3ZSWA 4IDKA 1HRHA 1U4BA 3O08A 1KVBA 3LP0A 3CJ1A 2YKNA 4CF1A 3BF1A 2GEMA 3OYGA 4CI6A 5I3UA 3OYNA 3SV4A 3SJJA 4DR5K 3P38A 1KAZA 1T7PA 4LFCK 3QERA 1H1VA 4ZHRA 4CF2A 4OLAA 1IBMK 1U04A 2E6MA 4JNEA 3NBPA 2X78A 3AO1A 2P9PA 3MN6A 4B1WB 4K8XA 3VQPA 2HVIA 4YOYA 2ATQA 1XNRK 3OYDA 2XY5A 4BQLA 3IUCA 2YV0X 2OZMA 5FRNA 3WEEB 2I7NA 4C1NI 4DFKA 3N4QA 3DMJA 3M8RA 3BUZB 4GMJB 3CC7N 4W5TA 1BI4B 3TAEA 5KPRA 4JK8A 3E01A 1BA1A 4KV8A 4NCBA 5C12A 3PY8A 3P39A 2B6AA 3KLEA 3VA3A 3SLCA 3BZKA 4ELUA 1YVUA 3LP1A 3FZKA 4DLGA 2F8TA 2QWNA 1EP4A 1HR0K 3V6DA 3THVA 4B3SK 2W6KA 3MEDA 1HNWK 1KCFA 4FJ9A 4AQYK 4Z0UA 4B9LA 1LWCA 1WN7A 4ISFA 1IO2A 4RCHA 4M3TA 1TL3A 4NLCA 3J80O 4WQ4C 4FLUA 1RT5A 4BR9A 2YNHA 4FOEA 5D3GA 3ZYYX 1T03A 1NNEA 3U6FA 1NK5A 2UXDK 5BPNA 2FLOA 2HHQA 3F73A 4IFEA 2O4GA 1Z05A 3AVBA 4IG0A 2HHWA 4XH1A 2XHBA 2HHSA 1GLJO 4HUEA 4NXNK 4BRQA 4CJ5A 3O9UA 5I42A 1F21A 4JLHA 3DYAA 4AM7A 5IWAK 3NF9A 2PZSA 4FJIA 1Q18A 3T1YK 3ID6A 3CCVN 1YIJN 1NGEA 3QFPA 2DPNA 2OANA 5AQKA 1RT2A 1NMDA 3AO5A 4H5WA 3ZT4A 4C8MA 3OW2M 5C24A 4OPKA 4X64K 4DFMA 1J9AA 1ZBIA 4DR3K 3CC4N 1KXPA 1RDWX 4M3XA 4W5NA 3MWTA 4L8RB 1HLUA 3THWA 3H46O 3O4QA 4WF9L 2KFNA 4I9QA 3VA0A 2YI1A 3QESA 1NJWA 4FWLA 3OTOK 4ILGB 3NDKA 3O9QA 4DV6K 4HTUA 3RR7A 4JK7A 1MWMA 2ASMA 1VQ9N 3HSTB 2P9IA 1HPMA 4CEBA 2KQ2A 3M1FA 2QK9A 5AQOA 1RNHA 1T44A 4IWVA 3WUHA 3DXMA 3TTFA 3WXIA 2KZZA 4CGJA 2P5OA 4A61A 3MMVA 4DR1K 4OO1J 4DFPA 1RDBA 4N47A 3KLGA 1TV6A 1MDUB 2VG6A 1CLQA 5BR9A 2B4JA 3QB0A 3CCEN 5KGWA 4CEZA 3C0BA 1U2VB 4CIFA 3RRGA 4JI5K 2O8FB 2P9NA 4FL9A 3LZIA 1M90O 4JKDA 1D5AA 4MDBA 2WONA 3QEVA 3GL1A 5JICA 4JI6K 3LWLA 4CGHA 4BE2A 3KWGA 2RKIA 3DLGA 1LWFA 4FOIA 2PYJA 4ILHA 5LJVA 5TKYA 4M3ZA 1XQSC 2RF2A 3C7NB 3VN5A 1U49A 2OA8A 5E26A 3VQDA 1NOZA 3EZWA 2Q36A 3EE9A 1RDDA 4RW4A 4E1JA 3TI0A 4CGIA 2PY5A 5AZJB 3SQ1A 1NU0A 3ZX3A 2V51B 4Y1DA 3TTCA 3K5LA 4QS7A 3VMFB 1TK5A 3H3NO 4FLVA 1DLOA 1HQUA 3ATUA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4DKW A;  2WC9 A;  2WBN A; 
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 3TSQ A;  3PO4 A;  2ZGY A;  3A0I X;  1NGB A;  4N5S A;  4H03 B;  2LSN A;  3ENB A;  3OS2 A;  3U3Y A;  1N6Q A;  4AHS A;  3LWM A;  1RDC A;  4EZ6 A;  4GNI A;  1Q9Y A;  4CJ7 A;  2NZT A;  4H0X B;  3SMS A;  4CZL A;  2V52 B;  1N8R O;  3QBX A;  2ZWH A;  4DQR A;  3M8P A;  4KB1 A;  4B08 A;  3AV9 A;  1RBS A;  2WOM A;  3HVT A;  3SMP A;  3OYK A;  2D0C A;  4PKG A;  1Y97 A;  4PL7 A;  3L2Q A;  3VEZ A;  4PL8 A;  3SCX A;  2NRH A;  4FZY A;  3EO3 A;  3NVK A;  4YDU A;  5AQY A;  4FO0 A;  4BC2 A;  4FJ7 A;  2IS3 A;  3SPY A;  3KVG A;  4K42 A;  3BEX A;  3CQ8 A;  3A5M C;  4E7I A;  1K9M O;  5J2N A;  4O8U A;  4DUZ K;  4HCC A;  3V9X A;  3VQ4 A;  2WBN A;  2HNZ A;  5ADX H;  4KHW A;  3OYL A;  3SZ2 A;  1SL2 A;  5AQQ A;  3VQA A;  4KHS A;  5E41 A;  3CJ7 A;  3IDH A;  5M1N A;  1WAJ A;  3H1Q A;  4CZE A;  5TKW A;  3SBG A;  1RTJ A;  4WFB L;  4DF8 A;  5FPN A;  3O4N A;  1A5X A;  1VSI A;  1HMV A;  4IZ9 A;  1J54 A;  3KKS A;  3OBY A;  3D2F A;  3M3Z A;  3KK1 A;  1HNV A;  3EN9 A;  1ESV A;  4ID1 A;  5KI6 A;  4YOU A;  1XWL A;  1B92 A;  2PFU A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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