The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
49
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sequence length |
177
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structure length |
177
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Chain Sequence |
b'VVPFENLQIEEGIITDAEVARFDNIRQGLDFGYGPDPLAFVRWHYDKRKNRIYAIDELVDHKVSLKRTADFVRKNKYESARIIADSSEPRSIDALKLEHGINRIEGAKKGPDSVEHGERWLDELDAIVIDPLRTPNIAREFENIDYQTDKNGDPIPRLEDKDNHTIDATRYAFERDM'
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Structural Basis for the Nuclease Activity of a Bacteriophage Large Terminase.
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
TERMINASE LARGE SUBUNIT
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| source organism |
Bacillus phage spp1
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| molecule tags |
Viral protein
|
| total genus |
49
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| structure length |
177
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| sequence length |
177
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2009-03-10 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF17288 | Terminase_3C | Terminase RNAseH like domain |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Nucleotidyltransferase; domain 5 | Nucleotidyltransferase; domain 5 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 4DKW A; 2WC9 A; 2WBN A; #chains in the Genus database with same CATH topology 3QEI A; 3HPO A; 3N4P A; 3G71 N; 1UA1 A; 2YJF A; 3SUQ A; 3V9W A; 3ZX3 A; 4H8K A; 5BPL A; 5BPN A; 3KK3 A; 1A5V A; 3K57 A; 1R0A A; 1UWB A; 1RDB A; 2WFB A; 4FK4 A; 3WQT A; 1XHZ A; 4LC9 B; 3T1A A; 4BR9 A; 4JNE A; 1OH6 A; 1GLF O; 3W3D A; 4OLA A; 2BUP A; 4B9M A; 2HF3 A; 1C1A A; 4I2Q A; 3CJ7 A; 4JN4 A; 1D9D A; 2P1J A; 2EWS A; 4FOE A; 4A2A A; 2O8C A; 5BRE A; 1BA1 A; 4M3X A; 1S6Q A; 4CHY A; 3DAW A; 4C1N K; 5ADX H; 2HB5 A; 2QK9 A; 1A5X A; 4HHT A; 4O8K A; 3SV3 A; 3WUH A; 3HM8 A; 1RDW X; 5AZI B; 1QSS A; 1ZXO A; 3F2K A; 3BF1 A; 5JMV A; 3I8B A; 3AGK A; 3DOK A; 4A57 A; 4JLH A; 4CGD A; 5F2R A; 3VGK A; 1A5W A; 1TAQ A; 4CED A; 3ZET A; 4B3T K; 4JD2 A; 3LZI A; 3TAF A; 3BY5 A; 3SLC A; 1VQ5 N; 2HHT A; 3O9Q A; 3AVK A; 3CF5 L; 3E9O A; 4NB4 A; 3ZCM A; 4CD3 A; 1S1W A; 5CHI A; 3P31 A; 4CZH A; 3OYH A; 4OKE A; 5AZJ B; 1J5E K; 3A8Y A; 4FOI A; 4DSL A; 4H5W A; 3CFP A; 4DFM A; 1LW0 A; 3QDK A; 1TL1 A; 4ILH A; 1LWC A; 1JLE A; 3EE9 A; 2ZWH A; 1Q82 O; 2QKK A; 4M45 A; 3J80 O; 3K2P A; 3KWG A; 1C0M A; 3CD6 N; 3CQ8 A; 1P8Z A; 5E41 A; 3CPE A; 2PBD A; 3SJJ A; 4K0K K; 4U67 L; 2E2O A; 3AAP A; 3RSE A; 1QZ5 A; 4FW1 A; 2FBT A; 5C0Y A; 2FLO A; 5FRM A; 3RTV A; 4V19 S; 3UIQ A; 1X9J A; 1NLV A; 3SAG A; 1SQK A; 4NYN A; 4H5V A; 1N36 K; 4BDZ A; 3C6H A; 4B9V A; 3J7Z O; 2HHX A; 5FLX O; 1S22 A; 4YNQ A; 2P9S B; 3MN6 A; 4BRC A; 4F3T A; 3ID8 A; 3CJ1 A; 3WXK A; 2X6N A; 3V9Z A; 1WLJ A; 4GV3 A; 4IKF A; 4MLE A; 3SQ4 A; 5CYM A; 5KRS A; 1T3V A; 3VTH A; 1HR0 K; 2JWL A; 1QSL A; 4AQY K; 1Y97 A; 4CEB A; 1DTQ A; 4B1Y B; 4AHC A; 3QEP A; 4O5F A; 3RMB A; 5GAG P; 4DQS A; 4CEO A; 4RW8 A; 4PHT X; 4NCG A; 5AQS A; 4CFA A; 1RT1 A; 3T19 A; 1J5O A; 4NO7 A; 5KRT A; 1NOY A; 1NGD A; 2RPI A; 3CJA A; 4BRM A; 4CEQ A; 3VN5 A; 3CME N; 2ZM6 K; 3WXI A; 4ZTJ A; 3CJ9 A; 2QA4 N; 1DT9 A; 4FJK A; 4BDY A; 4M3T A; 3L4I A; 5KGW A; 2P5O A; 4CGH A; 3KD5 E; 4M3U A; 4BRK A; 3RRH A; 2QW9 A; 1HPM A; 3CM5 A; 3TSU A; 3OHR A; 3RMC A; 2KFN A; 3ZEU B; 5HRP A; 3CC2 N; 4AHV A; 4BRQ A; 4DR2 K; 3VA0 A; 1X9W A; 1N34 K; 3NF8 A; 3O5B A; 2PFU A; 4DCH A; 4JKE A; 3U8X A; 3CPW M; 3EKU A; 3DI6 A; 4CZL A; 4B3S K; 4Q0B A; 4H03 B; 2NZT A; 4CZE A; 2CH5 A; 2HBJ A; 3SQ1 A; 3CCQ N; 5TKY A; 4DR4 K; 3KK7 A; 2HBK A; 3FZF A; 3M8S A; 2O8C B; 1OH7 A; 3D7E O; 3MCA B; 4QS9 A; 1XC9 A; 1NGC A; 3V81 A; 5M1N A; 1RTJ A; 3ENH A; 1GOC A; 4OLB A; 3KTQ A; 3PX0 A; 4FJ5 A; 5AQF A; 1HKC A; 3S3N A; 3ZSO A; 3OYD A; 3KLE A; 1HUX A; 3BF3 A; 3D2E B; 4CJ7 A; 3E9P A; 3NHG A; 4K43 A; 3O6W A; 2O8D A; 1C6V A; 1X9M A; 2A42 A; 3OJU A; 4JI0 K; 3HJF A; 1GLL O; 2GWK A; 2HNZ A; 3CCS N; 3KHY A; 4QOZ B; 3IAY A; 4ISG A; 4KHS A; 1N8R O; 4LSN A; 1VSF A; 5F0X A; 3D0P A; 3GOI A; 4AIL C; 1ZBH A; 1L3V A; 5AQT A; 3HT3 A; 5AQN A; 2OPS A; 2QXL A; 4H0V B; 3KLI A; 3KZB A; 3RSE B; 4BDP A; 3NMU A; 3AA4 A; 4RW4 A; 4X65 K; 3V9U A; 2JWK A; 5BRD A; 2D0C A; 4JKD A; 1SKW A; 4KB1 A; 4L3Q A; 2OA8 A; 4IZ9 A; 5HRS A; 4IFY A; 2ZGZ A; 4DTO A; 3VTI A; 3CCR N; 3R3L A; 1NMN A; 1BI4 A; 5D3G A; 3KKS A; 1EX4 A; 2RF2 A; 1LAV A; 1XI1 A; 2WC9 A; 4H0Y B; 2QWR A; 3R9P A; 2D5R A; 3MXI A; 1BIZ A; 4BRE A; 3TAB A; 3CMA N; 1D4X A; 1IV0 A; 3DLL L; 3G4S N; 3I8D A; 4RW9 A; 5KTQ A; 4EP4 A; 3QNO A; 2D0A A; 3KK1 A; 4DHY A; 3LAK A; 4LY7 A; 3WNG A; 4Z0U A; 2IOC A; 2YI1 A; 2P9N B; 3QIN A; 4FJM A; 4YOW A; 1HNW K; 4FM1 A; 2RE2 A; 3NDK A; 2Y1J A; 4FWR A; 2OYQ A; 3VEO A; 5ELZ A; 3GE1 A; 2GX9 A; 4BC5 A; 1ATN A; 4FO0 A; 3OYE A; 2A40 A; 4CJT A; 1O13 A; 5AQO A; 2IS3 A; 3V1R A; 4N5S A; 1DLO A; 3OW2 M; 4DFP A; 1NK0 A; 3QEX A; 3HOS A; 1RT7 A; 4JV5 K; 2VWK A; 3VGL A; 4CJ5 A; 1QHA A; 2V52 B; 4BRL A; 3QER A; 4B1X B; 4FVM A; 3I55 N; 1RTD A; 1WSE A; 1RTI A; 4NCB A; 4LF4 K; 3FLC O; 2HHS A; 1WN7 A; 3JS6 A; 1BQM A; 4H4O A; 4CES A; 2QWP A; 3SUP A; 2OTJ N; 2O8F B; 4A61 A; 5KPT A; 2DY4 A; 2QWN A; 4CJQ A; 1CXQ A; 1U48 A; 4MDB A; 4CJF A; 3HP6 A; 1N6Q A; 1VQ9 N; 3K5N A; 4CEA A; 3RMA A; 3T3F A; 3HXM A; 4KTQ A; 4FL9 A; 1W2B M; 4ISE A; 1S9E A; 4XH1 A; 1RT2 A; 1WUA A; 3CQY A; 3V4I A; 3CFR A; 5AQW A; 4CJE A; 4EHU A; 4C8L A; 3DLG A; 1JKH A; 3NGY A; 3PX4 A; 1VSE A; 3ZSV A; 4I2P A; 4YOR A; 1IKV A; 4GVE A; 3AA5 X; 4M41 A; 1SZ2 A; 4DLE A; 1Q7Y O; 2UXC K; 1HNZ K; 4CIE A; 3VQ5 A; 4FYD A; 1ZC6 A; 3SYZ A; 2Z1I A; 5FRO A; 3JAM O; 3U9D A; 3V1O A; 2OZM A; 4GY2 B; 3EY1 A; 3K58 A; 4F4K A; 4DS4 A; 4HUF A; 4U7B A; 3OYK A; 3VOV A; 5LY3 A; 4FSV A; 3CCE N; 2VWB A; 3TAM A; 5LJV A; 3RR8 A; 4BR7 A; 5A2Q O; 1GOB A; 1Q8I A; 4XH4 A; 1KFS A; 5HOO A; 1W7A A; 2O8E A; 3ENO A; 1IKW A; 3WNE A; 3CG7 A; 4CD1 A; 3OYI A; 2Q0U A; 4A5A A; 3LP0 A; 2E8A A; 4O55 A; 3HP9 A; 3ULE A; 4CEC A; 1NJY A; 1ZBU A; 1QZ6 A; 2V51 B; 3ISN C; 1BI4 B; 1EKE A; 4LH5 A; 2OTL N; 4IG0 A; 4M3R A; 3FZH A; 4GV6 A; 4H0P A; 4IXC A; 4RTF D; 1TL3 A; 3C7N B; 4OX9 K; 2Q97 A; 4Z4C A; 4DUY K; 3ENB A; 3LP2 A; 3O9U A; 1GLB G; 3KWI A; 4CIG A; 3H3N O; 2KZM A; 3MWP A; 4FWL A; 3B6O A; 4IOC L; 3O4N A; 4JKH A; 4DMN A; 5DM7 L; 2AA4 A; 5CY4 A; 2Z1G A; 4E3S A; 4YOY A; 3QET A; 1XC3 A; 2XY6 A; 2WUS A; 4WF9 L; 1FKP A; 1ATR A; 1LV5 A; 3QIP A; 3THV A; 1RDC A; 3V1Q A; 3G0Z A; 2ASP A; 5LL6 Z; 3SMP A; 4CEE A; 4MDA A; 3BDP A; 2PY5 A; 4JRQ A; 1XQS C; 2A1R A; 3IKM A; 1GLD G; 3HO1 A; 4GKK K; 2W6L A; 3LM9 A; 1IG8 A; 1R59 O; 4JK9 A; 4CJL A; 3C6T A; 1HNI A; 1KAZ A; 4MO5 A; 2YNI A; 5KQD A; 3HVT A; 2JLE A; 2FBX A; 4AHR A; 4CJ3 A; 3GG4 A; 1IJJ A; 1WAF A; 3LWL A; 1E3M A; 1NKB A; 3CHW A; 3CCJ N; 5I3U A; 2ATQ A; 4CK3 A; 1JLQ A; 4B1U B; 3TAN A; 3DLR A; 2P9U A; 3ZT4 A; 4RWT A; 3QEW A; 1YVU A; 2VGN A; 3THX B; 1MWK A; 4CFD A; 4JRP A; 4J2B A; 3LPU A; 1WBB A; 5GAH P; 3M8Q A; 3K5M A; 4YOX A; 1HRH A; 1QVG M; 1HYS A; 1C1C A; 1NGA A; 4WQ5 A; 2G8K A; 4YHH K; 1JLA A; 4ICL A; 2F7T A; 3KK2 A; 1LWE A; 2I7P A; 5FRN A; 1NMD A; 1ASW A; 3RWU A; 5J2Q A; 3SQ0 A; 3HBT A; 4PKH A; 3OYC A; 5KGX A; 2E88 A; 1Z26 A; 3PV8 A; 3PLA A; 4BR0 A; 4DSJ A; 4K25 A; 1YUW A; 2A6A A; 3E66 A; 3OYN A; 1U47 A; 1WAJ A; 1T44 A; 4WQ5 C; 1SUQ A; 1RDU A; 4EIA A; 2HMI A; 4CER A; 1YJN N; 3TSP A; 3C0B A; 3VEW A; 4BWJ A; 4BRN A; 3H08 A; 4HTL A; 3HTV A; 4N41 A; 1HQE A; 2BDP A; 2I7N A; 4OPJ A; 5FPN A; 1IO2 A; 1NJZ A; 3AGR A; 4MO4 A; 3RRG A; 1BG3 A; 4FJG A; 4RW6 A; 4E1J A; 4OVL A; 4BC3 A; 3GBT A; 1YJW N; 1NK9 A; 5M1P A; 2YHW A; 3ULE B; 3OVN A; 4DQP A; 2HHQ A; 1RNH A; 3C6A A; 2OAN A; 1EWQ A; 1OH5 A; 2WBN A; 3V9X A; 4IJA A; 4PQU A; 4CK1 A; 3CJC A; 5FDL A; 1JL1 A; 4BVP A; 4FJ8 A; 1RBV A; 1IKY A; 1NGJ A; 4YOV A; 3VQD A; 4H5R A; 4DG1 A; 5J2M A; 4BRO A; 2HVH A; 1WBD A; 3TAR A; 4KHN A; 1BIU A; 4I7F A; 4CVN E; 4BVO A; 4CZK A; 4H0X B; 2UUC K; 3VET A; 4C8O A; 3A5L C; 1HX1 A; 5DK5 A; 3VEX A; 1S6P A; 4JEP A; 4GNI A; 1VQ8 N; 2RHK A; 2Q31 A; 2F96 A; 4GMJ B; 1VSM A; 3ASM A; 4IEI A; 5M1F A; 4KFB A; 4F3O A; 5BN8 A; 3O4Q A; 2D1K A; 3NBP A; 1U4B A; 3AO1 A; 2V7Y A; 1ATS A; 1TKT A; 1WB9 A; 3I0S A; 3WNF A; 5FPE A; 3VQC A; 3NVK A; 4MQ3 A; 4FJ7 A; 4KI6 A; 1V4S A; 3VF4 A; 1L3T A; 2V7Z A; 4DR3 K; 1TKZ A; 3W0L A; 3NAE A; 5SZT A; 3D2F A; 3CI5 A; 4CHQ A; 2E20 A; 3MN7 A; 1HQU A; 4JI4 K; 2A5X A; 3P38 A; 3T1H K; 1FXX A; 2E2N A; 4ID1 A; 4C8M A; 4BRF A; 2HOE A; 4DTR A; 5J1E A; 4CHP A; 3AO4 A; 4CK2 A; 1WOQ A; 2VYP A; 2HHW A; 5C2D A; 3SNN A; 1TYQ A; 3K0S A; 3AO5 A; 2P9L A; 5JS1 A; 4WFB L; 2O8B A; 3QIO A; 3CM6 A; 5BRH A; 4JKF A; 4K8X A; 1OVY A; 1KXP A; 2P9U B; 2RN2 A; 3O8M A; 2RKI A; 1ITG A; 2XO7 A; 1LCU A; 3JSM A; 2Z1H A; 4HCC A; 3VEZ A; 3F9M A; 4A62 A; 1BGX T; 1XUP O; 2XY5 A; 3LL3 A; 3AA2 A; 4KTZ A; 1QE1 A; 1T6C A; 1FJG K; 5C42 A; 1VQ6 N; 3QES A; 4JK8 A; 5AR0 A; 1YIT N; 3EE8 A; 2E4L A; 4W5O A; 3TAP A; 5AQR A; 1D9F A; 1L5U A; 4IO9 L; 4CGF A; 3A0I X; 4AHU A; 5AFU A; 3IFR A; 2VQF K; 4DV6 K; 2FBY A; 3NF7 A; 1XMQ K; 1C0F A; 1ASV A; 4E1M A; 3BGR A; 5KPR A; 2KLA A; 1BHL A; 1XWL A; 2IDO A; 4WQ4 A; 4WE1 A; 4CF0 A; 3H1Q A; 2FXU A; 1QHT A; 1KC8 O; 2UXB K; 3MED A; 5BN9 A; 4RG8 A; 5AQM A; 4AF1 A; 5AQP A; 1RT4 A; 3CCV N; 4WCE L; 3EN9 A; 1X3N A; 3EKS A; 2ZJP L; 3WXM B; 2KFZ A; 1CZB A; 3T69 A; 5AJ3 K; 4W5T A; 5GIP A; 3DLE A; 2NUB A; 1Q9X A; 4BQZ A; 2HST A; 4B9S A; 1BDG A; 3SAF A; 3J8A A; 2F8T A; 3LP1 A; 5AQQ A; 1BQN A; 4FJL A; 5C25 A; 2WOM A; 1TK5 A; 3NGI A; 2VWJ A; 1VQO N; 4DB3 A; 1EXQ A; 2CGK A; 3M8R A; 2F9T A; 4B1V A; 4M3W A; 2KW4 A; 4DV5 K; 4X62 K; 2ZE2 A; 1LOT B; 3E9L A; 4YFU A; 1BUP A; 1YAG A; 1V4T A; 1X3M A; 3ALY A; 4CEZ A; 3PIO L; 5LMU K; 3VF6 A; 4MLH A; 1KFD A; 3EZ5 A; 1NOZ A; 3R1X A; 1OKJ A; 3AA3 A; 1KTQ A; 3ZT2 A; 5KQ8 A; 3DRP A; 5LJW A; 3S3O A; 5AQH A; 4CJU A; 4QS7 A; 4FJI A; 1CLQ A; 3ZET B; 4JD2 B; 2P5G A; 4OGC A; 5CR4 A; 4BG8 A; 3TR8 A; 3ZT3 A; 2UUA K; 3H6E A; 3AAQ A; 1NM1 A; 1S1V A; 3D2F B; 3TAG A; 4FZY A; 4ID5 A; 4QAG A; 4BGA A; 4B8A B; 3TSQ A; 4B1Z A; 3AVL A; 4FLY A; 2UXD K; 1RIL A; 3NH0 A; 3L2V A; 2D0B A; 2OPQ A; 2FF3 B; 3CIP A; 1WSG A; 4FWM A; 1VAZ A; 4DR5 K; 4CF8 A; 4E7L A; 3CJB A; 2QWO A; 4BRH A; 3TTD A; 3SMS A; 1U6Z A; 2P9L B; 2O8B B; 1W9H A; 2G8H A; 4B8C A; 3C94 A; 3WEE A; 3DRS A; 2OPP A; 2P9K A; 2LSN A; 3OYM A; 4ZHR A; 4FWO A; 5JIC A; 3H3O B; 1QQO A; 3O3H A; 4JKC A; 2UU9 K; 3THW A; 3I0R A; 4DR6 K; 1X9S A; 2H3G X; 4CBW A; 3KLF A; 5CZ2 A; 4BE2 A; 2OCE A; 4FXD A; 3MMV A; 2E6L A; 4PY5 A; 3THY A; 1B92 A; 1NGB A; 3LM2 A; 4BRG A; 3TAQ A; 1HJR A; 3CQX A; 4DV2 K; 3JXU A; 2QEX N; 3U4L A; 4BAC A; 2IVN A; 3AV9 A; 3LDN A; 4KRF A; 2X78 A; 4FPB A; 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