2WC9A

Crystal structure of the g2p (large terminase) nuclease domain from the bacteriophage spp1 with bound mn
Total Genus 49
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
49
sequence length
177
structure length
177
Chain Sequence
b'VVPFENLQIEEGIITDAEVARFDNIRQGLDFGYGPDPLAFVRWHYDKRKNRIYAIDELVDHKVSLKRTADFVRKNKYESARIIADSSEPRSIDALKLEHGINRIEGAKKGPDSVEHGERWLDELDAIVIDPLRTPNIAREFENIDYQTDKNGDPIPRLEDKDNHTIDATRYAFERDM'
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

publication title Structural Basis for the Nuclease Activity of a Bacteriophage Large Terminase.
pubmed doi rcsb
molecule keywords TERMINASE LARGE SUBUNIT
source organism Bacillus phage spp1
molecule tags Viral protein
total genus 49
structure length 177
sequence length 177
ec nomenclature
pdb deposition date 2009-03-10

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF17288 Terminase_3C Terminase RNAseH like domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.280 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 2wc9A00
4DKWA 2WC9A 2WBNA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3QEIA 3HPOA 3N4PA 3G71N 1UA1A 2YJFA 3SUQA 3V9WA 3ZX3A 4H8KA 5BPLA 5BPNA 3KK3A 1A5VA 3K57A 1R0AA 1UWBA 1RDBA 2WFBA 4FK4A 3WQTA 1XHZA 4LC9B 3T1AA 4BR9A 4JNEA 1OH6A 1GLFO 3W3DA 4OLAA 2BUPA 4B9MA 2HF3A 1C1AA 4I2QA 3CJ7A 4JN4A 1D9DA 2P1JA 2EWSA 4FOEA 4A2AA 2O8CA 5BREA 1BA1A 4M3XA 1S6QA 4CHYA 3DAWA 4C1NK 5ADXH 2HB5A 2QK9A 1A5XA 4HHTA 4O8KA 3SV3A 3WUHA 3HM8A 1RDWX 5AZIB 1QSSA 1ZXOA 3F2KA 3BF1A 5JMVA 3I8BA 3AGKA 3DOKA 4A57A 4JLHA 4CGDA 5F2RA 3VGKA 1A5WA 1TAQA 4CEDA 3ZETA 4B3TK 4JD2A 3LZIA 3TAFA 3BY5A 3SLCA 1VQ5N 2HHTA 3O9QA 3AVKA 3CF5L 3E9OA 4NB4A 3ZCMA 4CD3A 1S1WA 5CHIA 3P31A 4CZHA 3OYHA 4OKEA 5AZJB 1J5EK 3A8YA 4FOIA 4DSLA 4H5WA 3CFPA 4DFMA 1LW0A 3QDKA 1TL1A 4ILHA 1LWCA 1JLEA 3EE9A 2ZWHA 1Q82O 2QKKA 4M45A 3J80O 3K2PA 3KWGA 1C0MA 3CD6N 3CQ8A 1P8ZA 5E41A 3CPEA 2PBDA 3SJJA 4K0KK 4U67L 2E2OA 3AAPA 3RSEA 1QZ5A 4FW1A 2FBTA 5C0YA 2FLOA 5FRMA 3RTVA 4V19S 3UIQA 1X9JA 1NLVA 3SAGA 1SQKA 4NYNA 4H5VA 1N36K 4BDZA 3C6HA 4B9VA 3J7ZO 2HHXA 5FLXO 1S22A 4YNQA 2P9SB 3MN6A 4BRCA 4F3TA 3ID8A 3CJ1A 3WXKA 2X6NA 3V9ZA 1WLJA 4GV3A 4IKFA 4MLEA 3SQ4A 5CYMA 5KRSA 1T3VA 3VTHA 1HR0K 2JWLA 1QSLA 4AQYK 1Y97A 4CEBA 1DTQA 4B1YB 4AHCA 3QEPA 4O5FA 3RMBA 5GAGP 4DQSA 4CEOA 4RW8A 4PHTX 4NCGA 5AQSA 4CFAA 1RT1A 3T19A 1J5OA 4NO7A 5KRTA 1NOYA 1NGDA 2RPIA 3CJAA 4BRMA 4CEQA 3VN5A 3CMEN 2ZM6K 3WXIA 4ZTJA 3CJ9A 2QA4N 1DT9A 4FJKA 4BDYA 4M3TA 3L4IA 5KGWA 2P5OA 4CGHA 3KD5E 4M3UA 4BRKA 3RRHA 2QW9A 1HPMA 3CM5A 3TSUA 3OHRA 3RMCA 2KFNA 3ZEUB 5HRPA 3CC2N 4AHVA 4BRQA 4DR2K 3VA0A 1X9WA 1N34K 3NF8A 3O5BA 2PFUA 4DCHA 4JKEA 3U8XA 3CPWM 3EKUA 3DI6A 4CZLA 4B3SK 4Q0BA 4H03B 2NZTA 4CZEA 2CH5A 2HBJA 3SQ1A 3CCQN 5TKYA 4DR4K 3KK7A 2HBKA 3FZFA 3M8SA 2O8CB 1OH7A 3D7EO 3MCAB 4QS9A 1XC9A 1NGCA 3V81A 5M1NA 1RTJA 3ENHA 1GOCA 4OLBA 3KTQA 3PX0A 4FJ5A 5AQFA 1HKCA 3S3NA 3ZSOA 3OYDA 3KLEA 1HUXA 3BF3A 3D2EB 4CJ7A 3E9PA 3NHGA 4K43A 3O6WA 2O8DA 1C6VA 1X9MA 2A42A 3OJUA 4JI0K 3HJFA 1GLLO 2GWKA 2HNZA 3CCSN 3KHYA 4QOZB 3IAYA 4ISGA 4KHSA 1N8RO 4LSNA 1VSFA 5F0XA 3D0PA 3GOIA 4AILC 1ZBHA 1L3VA 5AQTA 3HT3A 5AQNA 2OPSA 2QXLA 4H0VB 3KLIA 3KZBA 3RSEB 4BDPA 3NMUA 3AA4A 4RW4A 4X65K 3V9UA 2JWKA 5BRDA 2D0CA 4JKDA 1SKWA 4KB1A 4L3QA 2OA8A 4IZ9A 5HRSA 4IFYA 2ZGZA 4DTOA 3VTIA 3CCRN 3R3LA 1NMNA 1BI4A 5D3GA 3KKSA 1EX4A 2RF2A 1LAVA 1XI1A 2WC9A 4H0YB 2QWRA 3R9PA 2D5RA 3MXIA 1BIZA 4BREA 3TABA 3CMAN 1D4XA 1IV0A 3DLLL 3G4SN 3I8DA 4RW9A 5KTQA 4EP4A 3QNOA 2D0AA 3KK1A 4DHYA 3LAKA 4LY7A 3WNGA 4Z0UA 2IOCA 2YI1A 2P9NB 3QINA 4FJMA 4YOWA 1HNWK 4FM1A 2RE2A 3NDKA 2Y1JA 4FWRA 2OYQA 3VEOA 5ELZA 3GE1A 2GX9A 4BC5A 1ATNA 4FO0A 3OYEA 2A40A 4CJTA 1O13A 5AQOA 2IS3A 3V1RA 4N5SA 1DLOA 3OW2M 4DFPA 1NK0A 3QEXA 3HOSA 1RT7A 4JV5K 2VWKA 3VGLA 4CJ5A 1QHAA 2V52B 4BRLA 3QERA 4B1XB 4FVMA 3I55N 1RTDA 1WSEA 1RTIA 4NCBA 4LF4K 3FLCO 2HHSA 1WN7A 3JS6A 1BQMA 4H4OA 4CESA 2QWPA 3SUPA 2OTJN 2O8FB 4A61A 5KPTA 2DY4A 2QWNA 4CJQA 1CXQA 1U48A 4MDBA 4CJFA 3HP6A 1N6QA 1VQ9N 3K5NA 4CEAA 3RMAA 3T3FA 3HXMA 4KTQA 4FL9A 1W2BM 4ISEA 1S9EA 4XH1A 1RT2A 1WUAA 3CQYA 3V4IA 3CFRA 5AQWA 4CJEA 4EHUA 4C8LA 3DLGA 1JKHA 3NGYA 3PX4A 1VSEA 3ZSVA 4I2PA 4YORA 1IKVA 4GVEA 3AA5X 4M41A 1SZ2A 4DLEA 1Q7YO 2UXCK 1HNZK 4CIEA 3VQ5A 4FYDA 1ZC6A 3SYZA 2Z1IA 5FROA 3JAMO 3U9DA 3V1OA 2OZMA 4GY2B 3EY1A 3K58A 4F4KA 4DS4A 4HUFA 4U7BA 3OYKA 3VOVA 5LY3A 4FSVA 3CCEN 2VWBA 3TAMA 5LJVA 3RR8A 4BR7A 5A2QO 1GOBA 1Q8IA 4XH4A 1KFSA 5HOOA 1W7AA 2O8EA 3ENOA 1IKWA 3WNEA 3CG7A 4CD1A 3OYIA 2Q0UA 4A5AA 3LP0A 2E8AA 4O55A 3HP9A 3ULEA 4CECA 1NJYA 1ZBUA 1QZ6A 2V51B 3ISNC 1BI4B 1EKEA 4LH5A 2OTLN 4IG0A 4M3RA 3FZHA 4GV6A 4H0PA 4IXCA 4RTFD 1TL3A 3C7NB 4OX9K 2Q97A 4Z4CA 4DUYK 3ENBA 3LP2A 3O9UA 1GLBG 3KWIA 4CIGA 3H3NO 2KZMA 3MWPA 4FWLA 3B6OA 4IOCL 3O4NA 4JKHA 4DMNA 5DM7L 2AA4A 5CY4A 2Z1GA 4E3SA 4YOYA 3QETA 1XC3A 2XY6A 2WUSA 4WF9L 1FKPA 1ATRA 1LV5A 3QIPA 3THVA 1RDCA 3V1QA 3G0ZA 2ASPA 5LL6Z 3SMPA 4CEEA 4MDAA 3BDPA 2PY5A 4JRQA 1XQSC 2A1RA 3IKMA 1GLDG 3HO1A 4GKKK 2W6LA 3LM9A 1IG8A 1R59O 4JK9A 4CJLA 3C6TA 1HNIA 1KAZA 4MO5A 2YNIA 5KQDA 3HVTA 2JLEA 2FBXA 4AHRA 4CJ3A 3GG4A 1IJJA 1WAFA 3LWLA 1E3MA 1NKBA 3CHWA 3CCJN 5I3UA 2ATQA 4CK3A 1JLQA 4B1UB 3TANA 3DLRA 2P9UA 3ZT4A 4RWTA 3QEWA 1YVUA 2VGNA 3THXB 1MWKA 4CFDA 4JRPA 4J2BA 3LPUA 1WBBA 5GAHP 3M8QA 3K5MA 4YOXA 1HRHA 1QVGM 1HYSA 1C1CA 1NGAA 4WQ5A 2G8KA 4YHHK 1JLAA 4ICLA 2F7TA 3KK2A 1LWEA 2I7PA 5FRNA 1NMDA 1ASWA 3RWUA 5J2QA 3SQ0A 3HBTA 4PKHA 3OYCA 5KGXA 2E88A 1Z26A 3PV8A 3PLAA 4BR0A 4DSJA 4K25A 1YUWA 2A6AA 3E66A 3OYNA 1U47A 1WAJA 1T44A 4WQ5C 1SUQA 1RDUA 4EIAA 2HMIA 4CERA 1YJNN 3TSPA 3C0BA 3VEWA 4BWJA 4BRNA 3H08A 4HTLA 3HTVA 4N41A 1HQEA 2BDPA 2I7NA 4OPJA 5FPNA 1IO2A 1NJZA 3AGRA 4MO4A 3RRGA 1BG3A 4FJGA 4RW6A 4E1JA 4OVLA 4BC3A 3GBTA 1YJWN 1NK9A 5M1PA 2YHWA 3ULEB 3OVNA 4DQPA 2HHQA 1RNHA 3C6AA 2OANA 1EWQA 1OH5A 2WBNA 3V9XA 4IJAA 4PQUA 4CK1A 3CJCA 5FDLA 1JL1A 4BVPA 4FJ8A 1RBVA 1IKYA 1NGJA 4YOVA 3VQDA 4H5RA 4DG1A 5J2MA 4BROA 2HVHA 1WBDA 3TARA 4KHNA 1BIUA 4I7FA 4CVNE 4BVOA 4CZKA 4H0XB 2UUCK 3VETA 4C8OA 3A5LC 1HX1A 5DK5A 3VEXA 1S6PA 4JEPA 4GNIA 1VQ8N 2RHKA 2Q31A 2F96A 4GMJB 1VSMA 3ASMA 4IEIA 5M1FA 4KFBA 4F3OA 5BN8A 3O4QA 2D1KA 3NBPA 1U4BA 3AO1A 2V7YA 1ATSA 1TKTA 1WB9A 3I0SA 3WNFA 5FPEA 3VQCA 3NVKA 4MQ3A 4FJ7A 4KI6A 1V4SA 3VF4A 1L3TA 2V7ZA 4DR3K 1TKZA 3W0LA 3NAEA 5SZTA 3D2FA 3CI5A 4CHQA 2E20A 3MN7A 1HQUA 4JI4K 2A5XA 3P38A 3T1HK 1FXXA 2E2NA 4ID1A 4C8MA 4BRFA 2HOEA 4DTRA 5J1EA 4CHPA 3AO4A 4CK2A 1WOQA 2VYPA 2HHWA 5C2DA 3SNNA 1TYQA 3K0SA 3AO5A 2P9LA 5JS1A 4WFBL 2O8BA 3QIOA 3CM6A 5BRHA 4JKFA 4K8XA 1OVYA 1KXPA 2P9UB 2RN2A 3O8MA 2RKIA 1ITGA 2XO7A 1LCUA 3JSMA 2Z1HA 4HCCA 3VEZA 3F9MA 4A62A 1BGXT 1XUPO 2XY5A 3LL3A 3AA2A 4KTZA 1QE1A 1T6CA 1FJGK 5C42A 1VQ6N 3QESA 4JK8A 5AR0A 1YITN 3EE8A 2E4LA 4W5OA 3TAPA 5AQRA 1D9FA 1L5UA 4IO9L 4CGFA 3A0IX 4AHUA 5AFUA 3IFRA 2VQFK 4DV6K 2FBYA 3NF7A 1XMQK 1C0FA 1ASVA 4E1MA 3BGRA 5KPRA 2KLAA 1BHLA 1XWLA 2IDOA 4WQ4A 4WE1A 4CF0A 3H1QA 2FXUA 1QHTA 1KC8O 2UXBK 3MEDA 5BN9A 4RG8A 5AQMA 4AF1A 5AQPA 1RT4A 3CCVN 4WCEL 3EN9A 1X3NA 3EKSA 2ZJPL 3WXMB 2KFZA 1CZBA 3T69A 5AJ3K 4W5TA 5GIPA 3DLEA 2NUBA 1Q9XA 4BQZA 2HSTA 4B9SA 1BDGA 3SAFA 3J8AA 2F8TA 3LP1A 5AQQA 1BQNA 4FJLA 5C25A 2WOMA 1TK5A 3NGIA 2VWJA 1VQON 4DB3A 1EXQA 2CGKA 3M8RA 2F9TA 4B1VA 4M3WA 2KW4A 4DV5K 4X62K 2ZE2A 1LOTB 3E9LA 4YFUA 1BUPA 1YAGA 1V4TA 1X3MA 3ALYA 4CEZA 3PIOL 5LMUK 3VF6A 4MLHA 1KFDA 3EZ5A 1NOZA 3R1XA 1OKJA 3AA3A 1KTQA 3ZT2A 5KQ8A 3DRPA 5LJWA 3S3OA 5AQHA 4CJUA 4QS7A 4FJIA 1CLQA 3ZETB 4JD2B 2P5GA 4OGCA 5CR4A 4BG8A 3TR8A 3ZT3A 2UUAK 3H6EA 3AAQA 1NM1A 1S1VA 3D2FB 3TAGA 4FZYA 4ID5A 4QAGA 4BGAA 4B8AB 3TSQA 4B1ZA 3AVLA 4FLYA 2UXDK 1RILA 3NH0A 3L2VA 2D0BA 2OPQA 2FF3B 3CIPA 1WSGA 4FWMA 1VAZA 4DR5K 4CF8A 4E7LA 3CJBA 2QWOA 4BRHA 3TTDA 3SMSA 1U6ZA 2P9LB 2O8BB 1W9HA 2G8HA 4B8CA 3C94A 3WEEA 3DRSA 2OPPA 2P9KA 2LSNA 3OYMA 4ZHRA 4FWOA 5JICA 3H3OB 1QQOA 3O3HA 4JKCA 2UU9K 3THWA 3I0RA 4DR6K 1X9SA 2H3GX 4CBWA 3KLFA 5CZ2A 4BE2A 2OCEA 4FXDA 3MMVA 2E6LA 4PY5A 3THYA 1B92A 1NGBA 3LM2A 4BRGA 3TAQA 1HJRA 3CQXA 4DV2K 3JXUA 2QEXN 3U4LA 4BACA 2IVNA 3AV9A 3LDNA 4KRFA 2X78A 4FPBA 1U49A 3NF9A 5FPDA 4A5BA 3DRRA 4H4MA 3O08A 3KLGA 4DQ8A 3AVGA 1L3UA 1JLCA 4PKGA 4CFBA 3ZT0A 3WXJA 4F8RA 1NK4A 4LFBK 2QM1A 1SL1A 2G8VA 4IOXA 4DWIA 5GIOA 3SJHA 3G25A 1CZAN 1VQNN 4CF2A 2KZZA 3AARA 1HNVA 3OYGA 2NLXA 5HLFA 3MAQA 4ISFA 4YOTA 2YKMA 4I9QA 2JGUA 1VQKN 1SL0A 1J54A 3OYJA 3MWTA 4FJXA 4JK7A 3T7ZA 3NGZA 4OPHA 4Z4HA 5AQYA 3A5OC 1T8EA 3LDQA 4I6MA 1DGKN 5EXWA 3DYAA 1BOTO 4AHTA 4O8UA 4BQLA 4DR7K 2DTUA 4JKGA 3UKRA 3IS9A 1U04A 3GL1A 3VENA 2YNFA 1JCFA 1KCFA 4NLCA 3DXMA 4BGBA 2NRHA 3L3UA 2E2PA 2OPRA 2PYLA 1BCOA 1QQCA 4JI2K 2IVOA 3WNHA 4ELTA 4KV8A 4CJPA 1ILYA 3M8PA 3FZMA 1TKXA 4RW7A 1H1VA 5GADP 1SV5A 2DFHA 4ILJA 3PO5A 4J2EA 1C0UA 1HNXK 1G15A 1D5AA 2HW3A 2O8DB 4K42A 4DFJA 1GLCG 1K8AO 3VQEA 2P9PA 3F73A 3G10A 3U9ZA 2CGLA 5I9EB 3AVMA 1Q81O 1P90A 4N76A 4B1WB 1DEJA 4KO0A 4ELVA 1VHXA 2PZSA 4B3RK 1KRPA 3UKUA 3O3GA 3OBWA 4E7IA 4DKWA 3HPGA 1TUUA 4B9NA 1Q9YA 2VCPA 3ZT1A 4JKAA 1CXUA 3OBYA 3KVGA 2E5LK 1WSIA 4KAZA 1S5JA 1M90O 3HVRA 3VQQA 4KH6A 2DPNA 2BGGA 4LFAK 4LF5K 3SPZA 3VQ9A 1OH8A 3MN9A 3HK2A 1VRUA 4PL8A 1VSLA 3K59A 5CZ1A 1HYVA 4J2DA 4FWKA 4LF6K 3VQ8A 4CZGA 3HM9A 4E7JA 4CZJA 3QB0A 3B6PA 3HSCA 5HROA 2UYTA 3O4WA 4DTXA 5H1SQ 4HUEA 3P5JA 1NK8A 2KHOA 1OVQA 2F9WA 1K73O 4H0OA 1KVBA 3PIPL 4QCLA 1TUYA 4FPAA 2FSNA 5AQKA 4DTMA 4CHNA 2B4JA 5HBMA 5C12A 5EVZA 3ZSWA 2IAJA 3VMFB 3OTOK 2ZQBA 3ZX0A 3ID6A 3ITHA 4OPAA 5SWMA 3S9HA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4DKW A;  2WC9 A;  2WBN A; 
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 3QEI A;  3HPO A;  3N4P A;  3G71 N;  1UA1 A;  2YJF A;  3SUQ A;  3V9W A;  3ZX3 A;  4H8K A;  5BPL A;  5BPN A;  3KK3 A;  1A5V A;  3K57 A;  1R0A A;  1UWB A;  1RDB A;  2WFB A;  4FK4 A;  3WQT A;  1XHZ A;  4LC9 B;  3T1A A;  4BR9 A;  4JNE A;  1OH6 A;  1GLF O;  3W3D A;  4OLA A;  2BUP A;  4B9M A;  2HF3 A;  1C1A A;  4I2Q A;  3CJ7 A;  4JN4 A;  1D9D A;  2P1J A;  2EWS A;  4FOE A;  4A2A A;  2O8C A;  5BRE A;  1BA1 A;  4M3X A;  1S6Q A;  4CHY A;  3DAW A;  4C1N K;  5ADX H;  2HB5 A;  2QK9 A;  1A5X A;  4HHT A;  4O8K A;  3SV3 A;  3WUH A;  3HM8 A;  1RDW X;  5AZI B;  1QSS A;  1ZXO A;  3F2K A;  3BF1 A;  5JMV A;  3I8B A;  3AGK A;  3DOK A;  4A57 A;  4JLH A;  4CGD A;  5F2R A;  3VGK A;  1A5W A;  1TAQ A;  4CED A;  3ZET A;  4B3T K;  4JD2 A;  3LZI A;  3TAF A;  3BY5 A;  3SLC A;  1VQ5 N;  2HHT A;  3O9Q A;  3AVK A;  3CF5 L;  3E9O A;  4NB4 A;  3ZCM A;  4CD3 A;  1S1W A;  5CHI A;  3P31 A;  4CZH A;  3OYH A;  4OKE A;  5AZJ B;  1J5E K;  3A8Y A;  4FOI A;  4DSL A;  4H5W A;  3CFP A;  4DFM A;  1LW0 A;  3QDK A;  1TL1 A;  4ILH A;  1LWC A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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