The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
52
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sequence length |
154
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structure length |
153
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Chain Sequence |
LQDVPYWMLQNRSEYITQGVDSSHIVDGKKTEEIEKIATKRATIRVAQNIVHKLKEAYLSTNRIKQKITNEMFIQMTQPIYDSLMNVDRLGIYINPNNEEVFALVRARGFDKDALSEGLHKMSLDNQAVSILVAKVEEIFKDSVNYGDVKVPI
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Structures of the Tumor Necrosis Factor Alpha Inducing Protein Tipalpha: A Novel Virulence Factor from Helicobacter Pylori.
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
TNF-ALPHA INDUCER PROTEIN
|
| molecule tags |
Immune system
|
| source organism |
Helicobacter pylori
|
| total genus |
52
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| structure length |
153
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| sequence length |
154
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| chains with identical sequence |
B
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2009-03-13 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | Globin-like | Globin-like |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 3VNC A; 2WCQ A; 3GUQ A; 2WCR A; 3GIO A; #chains in the Genus database with same CATH topology 1CG5 B; 1Y85 B; 1UVK A; 1NQP B; 1VXB A; 3S66 A; 3PI1 A; 1EBT A; 2UUM B; 1CH2 A; 2H8D B; 4UZV A; 5D5R A; 5ILE A; 3S48 C; 3ONZ A; 1H97 A; 1HV4 B; 3MJU A; 3EOK B; 4MPM A; 5CN8 A; 5JDO F; 1Y5J A; 4H0B A; 3PI2 A; 4O1T A; 4TWU A; 5MBA A; 4HHB A; 5KER A; 1MNK A; 3GDJ A; 1YFF B; 1D8U A; 3HYU A; 2HBS B; 5CN6 A; 4HSW A; 3BOM A; 4HH0 A; 2D5X B; 3PI8 B; 4U8U A; 1KR7 A; 2WCR A; 1F63 A; 3O2C B; 1EBC A; 1COL A; 1HCO B; 2H35 A; 1HBI A; 1O1J A; 2GTL D; 3QM9 A; 1ECA A; 5CN9 A; 1B8D A; 1OUT B; 2ZSX A; 1QI8 A; 2ZS0 C; 4MQJ A; 1SDL B; 4FC3 A; 3NMM A; 1YEU B; 1Y8K A; 4L7Y B; 2QU0 B; 4Z8K B; 1LH2 A; 1PHN A; 1RPS B; 3ECL A; 3D7O A; 1O1L B; 2AUR A; 1TES A; 1HAC B; 3MBA A; 1IWH A; 1X46 A; 1DLY A; 4GXE B; 4B02 A; 3LQ9 A; 1YMA A; 5KDQ A; 4F6F A; 1JWN A; 3AQ8 A; 4F0U B; 3BJ2 A; 3MJP A; 1O1P A; 2DN1 A; 1Y4B A; 3PI3 A; 3TM9 A; 1FSL A; 1A0U B; 5CN7 A; 3DUT B; 1Y5F B; 1MOH A; 1LA6 A; 1YVT B; 5CMV A; 3UBC A; 1CLS B; 1TOX A; 1LIA B; 4F6I A; 3WR1 B; 1GZX B; 4PQ6 A; 1FN3 B; 3P5Q B; 4H0M B; 1XZU B; 2XKG A; 3SZK B; 1DO4 A; 3BJ3 B; 2QSP A; 3BA2 A; 1HGB A; 4HRR B; 4F4O B; 1A6K A; 2UUL D; 4U8U D; 5CNE A; 3G4W A; 3VRF B; 3L0F B; 1LFL B; 4O4T A; 2MGI A; 5IKS A; 2AV3 A; 1BZR A; 3GQG A; 3VAU A; 3WFW A; 3D17 B; 4N8T A; 4ZIZ A; 3HEO A; 4DC7 A; 3PI9 B; 2IN4 A; 1LHT A; 1HBH B; 1G0B B; 1GBV A; 1BAB B; 1N9I A; 1JBO B; 1CG5 A; 4A8W A; 1Y85 A; 2VJH B; 2V1I A; 2DN3 A; 3WTG A; 1YE0 A; 2MYB A; 2UUM A; 4G51 B; 4PQC A; 3MWN A; 4TMA B; 4XS0 B; 1ASH A; 2NSS A; 1XZ5 A; 4TWV A; 4ILZ A; 1G0A B; 1OR4 A; 3A59 A; 3M3A A; 1BVD A; 5JDO D; 1DO3 A; 1A6M A; 1HLM A; 2MGM A; 5EUI A; 3V57 A; 1HDS A; 3AT5 B; 3HF4 B; 2QMB B; 4NXC A; 2C0K A; 1A3O B; 1SI4 B; 3G4V A; 5C6Y A; 2LH3 A; 1Y7D A; 4PNJ A; 3HXN B; 1JP9 A; 1Y0D B; 2MBW A; 1J41 A; 2VLX A; 2R80 B; 1BZ1 A; 2HBS A; 1LH1 A; 3WCU A; 3ZJJ A; 4L1E B; 1UIW B; 1BZZ B; 2GKM A; 1C40 A; 1ABY B; 3O2C A; 1VXH A; 4L2M A; 1WAC A; 4N7P B; 1HCO A; 1MLU A; 2R4Z A; 3NG6 A; 1J7Y B; 1THB A; 2G0V A; 1OUT A; 2MGL A; 1YOI A; 1Y8I A; 1SDL A; 1QSH A; 5JGG B; 1GJN A; 1YEU A; 3A2G A; 1QSI A; 3DHT B; 2OHA A; 4L7Y A; 2ZT0 A; 3QJD B; 4Z8K A; 110M A; 3MVC A; 1MWD A; 1QGW C; 4O2G A; 1BUW A; 4A8Y A; 4GXE A; 2GRF A; 2DN2 A; 3A5G A; 3OGB A; 4HRT A; 3QJB A; 1VWT A; 3G4U A; 1GCV B; 5F0B A; 1MOC A; 1LFZ B; 3DUT A; 1IDR A; 2EVP A; 1FAW B; 1X3K A; 1X9F A; 4WJG A; 1MNH A; 1CLS A; 4WJG 1; 1K1K A; 1SPE A; 1Y7G B; 1ALL B; 3UHI A; 1HBG A; 1HDB B; 1JDO A; 3GUQ A; 2G11 A; 1COH B; 2RI4 A; 3G46 A; 1NZ5 A; 3P5Q A; 4H0M A; 3S65 B; 3HHB B; 3FH9 B; 3UHZ A; 1Y0T A; 2JL9 A; 1Y46 A; 2GRZ A; 3WCV A; 1O1O B; 3AQ5 A; 3KVS A; 1JEB B; 3VRF A; 1YHE B; 1LFL A; 1I7Y B; 1MDN A; 1UX8 A; 2D60 B; 1S5X B; 1MLM A; 1UVJ A; 2YRS A; 1W92 A; 2VRY A; 1YHU A; 1J3Y A; 3V58 B; 4NI1 A; 3MYN A; 4XDI A; 1JZM A; 3A0G B; 3PI9 A; 2MGA A; 1HBH A; 4PQB A; 3QZX A; 2VJH A; 3LHB A; 3SDH A; 2GTL C; 1MYG A; 3R5I B; 3AT6 A; 4G51 A; 1YEN A; 4NI0 B; 4XS0 A; 1GDK A; 1MBA A; 2D2N A; 1QXD B; 2V1G A; 2OH9 A; 2ZT3 A; 3CY5 B; 1XZV A; 4KN3 A; 2QFK A; 4KMV A; 1RQ4 B; 1HRM A; 2MGH A; 2QMB A; 2VML B; 5AQD A; 1A3O A; 5B85 A; 4N7O A; 3HXN A; 3ZJQ A; 4HBI A; 3PI4 A; 2AUQ A; 1MBD A; 1X9F D; 4FWZ A; 1SDK A; 1Y0C A; 1M9P B; 1RQA A; 3BRP A; 1ABY A; 3UHQ A; 1YZI A; 4N7P A; 2D2M A; 1J7Y A; 3BCQ B; 3HEN A; 1O1N B; 3WCV D; 104M A; 3QM8 A; 2HCO B; 4MXK A; 2FRJ X; 4ZVA A; 1S69 A; 4M4B A; 1NAZ A; 3S66 B; 1BZ0 B; 1WMU B; 1YCA A; 2MGF A; 3ONZ B; 3DHT A; 1DXC A; 2AV0 A; 1YHU D; 3MJU B; 1GLI A; 3VNC A; 3DBJ A; 7HBI A; 2Z6N A; 4U8U C; 109M A; 4HHB B; 2W31 A; 5KER B; 1HI1 A; 3GDJ B; 1JZL A; 5FVB M; 5CNB A; 3HYU B; 2IG3 A; 1YVQ A; 2MYD A; 1YHR B; 2Z85 A; 3H58 A; 1YIH B; 1LFZ A; 2WCQ A; 2ZFO A; 1MLN A; 1XF6 C; 1FAW A; 3QJC B; 1ALL A; 2H35 B; 1O1J B; 1TU9 A; 3IC0 B; 2VEB A; 5CND A; 3OK5 A; 1NS6 A; 3VRG A; 3LB3 A; 2HBE A; 1B8D B; 5JDO C; 1U7S A; 1QI8 B; 2XKI A; 4FC3 B; 2W6W A; 1DDT A; 1DTI A; 1JZK A; 5EU2 A; 3ASE A; 3D7O B; 1Y8W B; 1XCH A; 1SPG A; 1CII A; 1C7C B; 1Q1F A; 1L2K A; 5AZR A; 1DUK A; 4LMS B; 5ILM A; 4MXL A; 1CH4 A; 1Y45 B; 5KDQ B; 3OZV A; 1J52 A; 1QXE A; 1EYX A; 3BJ2 B; 3EDB A; 1XZ7 A; 3MJP B; 2R4W A; 3R5I A; 4MQI A; 1CBM A; 4B4Y A; 4LMX B; 3UHY A; 6HBW B; 3MOU A; 2WY4 A; 3FEW X; 1LJW B; 1OJ6 A; 1LA6 B; 3DHR A; 2FAM A; 3CY5 A; 1BIN A; 3GKT A; 4H2L A; 1RQ4 A; 3UHB A; 4MQH A; 2VML A; 4MBA A; 4XXK A; 1ITH A; 2DXM A; 2MYA A; 3WCT B; 1UX9 A; 1AJG A; 3FS4 A; 2QSP B; 1HGB B; 2ZFO D; 3H57 A; 2MGJ A; 1Y4F B; 1UVM A; 1JL7 A; 102M A; 1Y4P B; 1LFV B; 3OO4 A; 5C6E A; 3AG0 A; 5HY8 B; 1LH7 A; 1K0Y A; 1DLW A; 2QLS A; 4N8T B; 4ZIZ B; 1A6N A; 3AQ6 A; 1MYH A; 2CMM A; 3ZJR A; 2HZ2 A; 1AJH A; 1HBA A; 1GBV B; 1Y7Z B; 5AB8 A; 2HCO A; 1B33 A; 1UC3 A; 2DN3 B; 3UHH A; 3WTG B; 2VJR A; 1YE0 B; 1BZ0 A; 1WMU A; 1URV A; 1XY0 A; 1RQ3 A; 1HHS A; 2JLG A; 1XZ5 B; 2O5L X; 3WCU C; 1DM1 A; 3A59 B; 2EF2 A; 3PT7 A; 4FH7 A; 5EUI B; 3V57 B; 1HDS B; 1IRC A; 1O1I B; 2MYC A; 1O1M A; 1Y7D B; 1OR6 A; 1YGD B; 2VYZ A; 1A4F B; 1HGA B; 1XZ2 B; 1NS9 B; 1J41 B; 1YHR A; 1BZ1 B; 2GNV A; 1YIH A; 3WCU B; 2ZSN A; 1MYT A; 1F65 A; 1Y22 A; 3ED9 A; 2ZSR A; 2GNW A; 4BS9 A; 1MYI A; 3KUO A; 1C40 B; 3QJC A; 4XXI A; 1F0L A; 5M3S A; 1FCS A; 3NG6 B; 3IC0 A; 3QM7 A; 1THB B; 3W4U B; 1JP6 A; 2MGC A; 1Y8I B; 111M A; 1YMC A; 1QSH B; 1NZ2 A; 1QSI B; 2R4Y A; 107M A; 1Y83 B; 2HBG A; 1Y8W A; 3E55 A; 1ECO A; 1X9F C; 1C7C A; 5JDO E; 1MNI A; 1UVI A; 1BUW B; 3S1J A; 106M A; 1Y45 A; 2R50 A; 5HLX A; 2DN2 B; 3GKV A; 4HRT B; 4F0T A; 2LH1 A; 3GOU B; 1VWT B; 3QJB B; 1RVW A; 1UFJ A; 3WCV C; 4DWU A; 1V5H A; 1ON7 A; 6HBW A; 2AA1 A; 4PO5 A; 4BJU A; 2ZST A; 1LJW A; 1N9H A; 1X9F B; 2HBD A; 1K1K B; 2VYY A; 3UH5 A; 1DO1 A; 1YHU C; 3ZOL A; 2NSR A; 2VHB A; 5CHQ A; 2RI4 B; 4ETV A; 1NIH B; 3WCT A; 4F6J A; 1Y0T B; 1Y46 B; 3NFE A; 2OIF A; 3WCV B; 3KVS B; 4FWX A; 5AZQ A; 1MOA A; 2C7J B; 1Y4F A; 1G09 A; 1HAB B; 1RH1 A; 1Y4P A; 4NZI A; 1LFV A; 2D2N C; 2YRS B; 5HY8 A; 1YHU B; 1J3Y B; 1BBB B; 4NI1 B; 1VXF A; 2UUN B; 2EB8 A; 1V4U A; 3ARL A; 1Y7Z A; 3OO5 A; 1VRE A; 1YEV A; 5E29 A; 2G14 A; 3AT6 B; 2PGH A; 1YEN B; 1MWC A; 2SPM A; 1WVP A; 2D2N B; 5EYS A; 4RMP A; 1XZV B; 3WI8 A; 1DXD A; 2HHE B; 3ZTA A; 1O16 A; 1C7B B; 4BJA A; 1O1I A; 3PMC A; 1A6G A; 2D2M C; 1XQ5 A; 1YEO A; 3ARK A; 4F68 A; 1YGD A; 2W6V B; 105M A; 1Z8U B; 4N7O B; 1A4F A; 1HGA A; 4ROL A; 1XZ2 A; 3K3U A; 1F5O A; 1NS9 A; 1MLS A; 1YGF A; 3D4X B; 1DTM A; 3EU1 B; 1SDK B; 2O58 X; 3U3E A; 1J7S A; 1V75 B; 1Y0C B; 1RQA B; 4GZG A; 1XXT A; 2EVK A; 3GQP B; 3BRP B; 4YU3 B; 2VLY A; 4QAU A; 1S5Y A; 4ETT A; 1YZI B; 3WCT D; 4F6B A; 2ZLU A; 2D2M B; 2ZFB A; 1CH1 A; 3W4U A; 1Y09 B; 108M A; 1MTI A; 2ZSQ A; 4M4B B; 1R1Y A; 1NEJ B; 3SDN A; 112M A; 1Y83 A; 1GLI B; 2PEG B; 3DBJ B; 4ZVB A; 2Z6N B; 1YG5 A; 2ZFO C; 2HBC B; 2ZLW A; 1CH5 A; 3WCP A; 2QSS A; 103M A; 1MBI A; 1C7D A; 3ZJO A; 1G9V B; 1Y01 B; 1YVQ B; 3GOU A; 3PMD A; 2XKH A; 1GBU A; 1N9X A; 2G0R A; 2ZFO B; 1CG8 A; 2O5Q X; 3UGZ A; 5CNC A; 1HHO A; 1MTK A; 1GH0 A; 1A0Z B; 1Y4R A; 1CQX A; 1NS6 B; 3VRG B; 2HBE B; 1NIH A; 2XYK A; 2GRH A; 3UHS A; 5ILR A; 1SGK A; 3WCU D; 1HA7 A; 4AE0 A; 3M38 A; 5B84 A; 2EKU A; 2ZSY A; 2C7J A; 1HAB A; 5HU6 B; 1MLK A; 1YE2 B; 1SPG B; 1NPF A; 4GY3 B; 5EET A; 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2O5T X; 1H1X A; 3G53 A; 3LQD A; 1A0Z A; 4HSX A; 2HHB B; 3D1A A; 3ECZ A; 4Q70 A; 2OLP A; 1KFR A; 3A5B A; 3HEP A; 1Y5K A; 5CNG A; 2R1H A; 5HU6 A; 1BVC A; 1YE2 A; 2BV8 A; 1BZ6 A; 1S56 A; 1UMO A; 3CIU A; 2D2M D; 4GY3 A; 1LFQ A; 1HHT P; 3IA3 B; 1YDZ A; 2O5S X; 2Z6T A; 2ZLX A; 1J7W A; 1XDT T; 3WCW A; 3GKV B; 3V2V A; 1J3Z B; 1Y0A A; 2D6C A; 4F0T B; 3WCT C; 3GIO A; 4MQC A; 2BNL A; 4LM6 B; 4N6S A; 1RVW B; 2O5B X; 2C7L A; 1Y31 B; 1PMB A; 2ZSZ A; 2YSK A; 1LUE A; 1ON7 B; 2AA1 B; 4PO5 B; 2FAL A; 1VXA A; 2HBD B; 1UVL A; 2V8A B; 3GQR B; 2BK9 A; 1DKE A; 1HDA A; 1GVH A; 2HZ3 A; 1S61 A; 4OF9 A; 2LH2 A; 2V1H A; 1U7R A; 1IT3 A; 3NFE B; 2RAO A; 4KMW A; 1HBR A; 1Y7C A; 2FRK X; 1G09 B; 1DXU A; 3MKB A; 3OVU C; 1RTX A; 2D5Z B; 5F2A A; 3K9Z A; 3VRE A; 1Y2Z A; 1NWN A; 3D1K A; 3HC9 A; 1V4U B; 4HH1 A; 3OO5 B; 1I3D A; 1Y4Q A; 1HLB A; 1YEV B; 5E29 B; 1ABW A; 4FH6 A; 2KSC A; 2PGH B; 5CNF A; 5JOM A; 1HGC A; 4G1V A; 2NRL A; 1VXC A; 4RMP B; 1DXT B; 1S6A A; 3DR9 A; 2VJT B; 2V1E A; 4X0L A; 3MN0 A; 2W6X A; 3WCW D; 3B75 A; 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