2WEAA

Acid proteinase (penicillopepsin) (e.c.3.4.23.20) complex with phosphonate inhibitor: methyl[cyclo-7[(2r)-((n-valyl) amino)-2-(hydroxyl-(1s)-1-methyoxycarbonyl-2-phenylethoxy) phosphinyloxy-ethyl]-1-naphthaleneacetamide], sodium salt
Total Genus 88
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
88
sequence length
323
structure length
323
Chain Sequence
AASGVATNTPTANDEEYITPVTIGGTTLNLNFDTGSADLWVFSTELPASQQSGHSVYNPSATGKELSGYTWSISYGDGSSASGNVFTDSVTVGGVTAHGQAVQAAQQISAQFQQDTNNDGLLGLAFSSINTVQPQSQTTFFDTVKSSLAQPLFAVALKHQQPGVYDFGFIDSSKYTGSLTYTGVDNSQGFWSFNVDSYTAGSQSGDGFSGIADTGTTLLLLDDSVVSQYYSQVSGAQQDSNAGGYVFDCSTNLPDFSVSISGYTATVPGSLINYGPSGDGSTCLGGIQSNSGIGFSIFGDIFLKSQYVVFDSDGPQLGFAPQA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase
molecule keywords PENICILLOPEPSIN
publication title Macrocyclic Inhibitors of Penicillopepsin. II. X-Ray Crystallographic Analyses of Penicillopepsin Complexed with a P3-P1 Macrocyclic Peptidyl Inhibitor and with its Two Acyclic Analogues
pubmed rcsb
total genus 88
structure length 323
sequence length 323
ec nomenclature ec 3.4.23.20: Penicillopepsin.
pdb deposition date 1998-02-03

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 2weaA02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 2weaA01
1YM2A 2IS0A 5OZ2A 4ZEAA 3SAAA 5P7GA 3HAWA 2RMPA 3OQKA 4JPCA 2NPHA 1GVVA 2PWCA 2AOJA 2WF3A 3OXXA 5P69A 3EKTA 1MT9A 1GVTA 5P1CA 4KE0A 5P5GA 3ZKQA 4J0YA 5P2EA 2V11C 3R4BA 5P3TA 3UDRA 5DQ1A 5HU1A 5P3NA 2H6TA 4RVJA 3EL4A 1DW6C 1K1TA 3SKFA 5IVRA 2QMFA 3KFNA 1M4HA 5P7JA 1E82E 5I3XA 2FMBA 3S53A 5OZLA 3O9EA 2QU3A 5B18A 4ZE6A 4LC7A 4H3IA 4Y3PA 2R43A 4GJ8A 1CPIA 2FS4A 3DJKA 4Z22A 5P3IA 4Z4XA 4Y5PA 3TTPA 1BDQA 4BELA 2F3FA 1OD1A 1PPLE 4FRKA 5P5VA 5OZRA 3LPIA 2AVOA 3NLSA 1W6IA 5P7MA 5P3MA 4CPUA 1QDMA 1MT7A 2FNTA 1HTRB 5DR1A 1KJHA 5BS4A 5P7KA 1BILA 4Y3SA 1D4LA 1TZSA 1W6HA 1T7JA 1FQXA 5P0SA 3OQDA 5P1XA 1OEWA 4R8YA 5P8JA 4L6BA 4CPQA 3LIQA 5P26A 4H3GA 2G94A 2QI7A 1A94A 4Y38A 5OZWA 4Y3GA 4J0PA 3VCMA 4I10A 4Y3EA 2G1OA 5P6YA 4B70A 4FRJA 5P6XA 5P6LA 1C6YA 4F74A 4HA5A 5P43A 5P80A 3UCBA 5P6GA 1KJGA 2HS2A 5HDXA 4EJLA 5P6AA 4B1DA 4HVPA 2ZHUA 9HVPA 1HRNA 3ZKXA 4LXKA 1FG6C 4Y9WA 5P33A 5P1NA 3K5GA 5P4XA 1W5YA 4FGXA 4PZXA 2VIEA 3OU4A 4I0GA 4OBDA 5P2NA 1EC0A 5P7IA 3INFA 2QD6A 2NTRA 4ER1E 5P86A 5P3VA 3ZKSA 3BXRA 5P3WA 4Y35A 4QGIA 3D1XA 5P2JA 3RSXA 2ZJKA 1D4YA 2HS1A 2HPEA 3EM4A 5P3OA 1HVKA 4J1CA 4A6CA 4F73A 1KJ4A 5EZZA 4I0JA 4Q1YA 1IZDA 2P3CA 5OZYA 4NPUA 5P7NA 4EXGA 3K5CA 3IXJA 5P5EA 1YTJA 5P8MA 2OHKA 5P10A 2VJ9A 5AH6A 5P2VA 3OADB 1LF2A 1OEXA 5P4MA 4K8SA 4RRSA 4Y5GA 5P4FA 2CEMA 1HPVA 1EPQE 1B6PA 3HLOA 5HTZA 5P84A 2WKZA 1SIVA 5OZDA 1PSAA 2G24A 5P6VA 4I0DA 1HHPA 3L5CA 5TOLA 3H5BA 3CKRA 4Y3AA 4CP7A 3L38A 3SM1A 1HVRA 2BB9A 4KUPA 5OZEA 1IBQA 1E80E 3RU1A 5PEPA 2A1EA 5P0XA 2I0AA 3C9XA 4FS4A 3T6IA 2R38A 4Y4ZA 3OUDB 3SKGA 1EBZA 2AOGA 2ZE1A 4OC6B 1KZKA 3EKYA 5COOA 4CPSA 4AA8A 3RVIA 1LF4A 2P3BA 5P4KA 5P7RA 1HXBA 4Y3RA 3O9LA 5P6MA 2MIPA 5P0FA 1GVWA 2NXDA 3SA5A 4M8XA 2QHYA 1ZSFA 5KR0A 3OUCA 5P0VA 4YOAA 5P8OA 3LZSA 2QP8A 4U8WA 3I25A 2PC0A 2ZJIA 4B1EA 4OBJA 1UPJA 5P0CA 4R91A 2FGVA 4Y41A 2IKUA 4YD7A 3CICA 5OZ3A 5P4HA 3O9BA 5P3QA 2O4NA 2PQZA 3IXKA 5P8RA 5P7AA 4LXMA 2B7FA 3EKQA 3BGCA 3RTMA 2ER0E 5P2BA 3OAGA 4J17A 3AUPA 5P2XA 4DJPA 3O9DA 4Y3WA 1IIQA 1BDRA 3IN4A 5P46A 5AHBA 1B6MA 2Q64A 2AOHA 3PWWA 3FV3A 4Y47A 1SGUA 5HVPA 1LS5A 3WZ8A 1D4IA 2APRA 2OHUA 5P1KA 4FM7A 3ZMGA 5P4QA 4H3FA 3VF5A 5P2GA 3R0WA 4I0EA 5OZPA 5P22A 1ER8E 5P4WA 5P12A 5P3LA 3QBHA 4FCOA 5OZNA 5OYSA 4FSEA 3OU3A 5P8BA 3FNTA 5P19A 5P8SA 3KA2A 2V12C 5KQZA 5P83A 3O9IA 4IVTA 5P08A 2AVQA 3GI4A 5P4TA 1XE6A 4Y43A 2VA6A 1RV7A 2PYNA 4Y3LA 1MTRA 4J55A 4YCKA 3NXEA 1CZIE 3JW2A 4YBIA 3UFLA 3MSJA 3VSXA 2QMPA 3VEUA 2G1RA 5OZXA 4FE6A 2XFIA 3BUFA 2P83A 1A30A 1ZPKA 4QJ6A 5HDUA 3S54A 1A8GA 4I8WA 4Y5BA 1ZBGA 3Q3TA 5P0PA 5DGWA 4XX4A 3IAWA 5P5QA 5P5OA 4J0ZA 3URLA 5OYVA 4JP9A 3GGXA 5P87A 4FRIA 2R3TA 4GYEA 3OU4B 4M8YA 4OBKA 1A8KA 4Y3JA 4HZTA 5P1MA 3LNKA 5OZ0A 3PWRA 5COPA 1GVUA 2WF2A 3GGUA 1Z8CA 3PLDA 1MERA 4FRSA 4YHQA 5P1BA 1T3RA 1KJ7A 3EL9A 5P4LA 3QVIA 4Y4JA 5P40A 3S8IA 5P0AA 1RQ9A 3TPPA 5P8PA 1FKNA 1K6TA 5P3UA 4JECA 2RENA 4J54A 3EL5A 4EPJA 1IVQA 1XS7D 3PBDA 5P4YA 3IVIA 5P42A 3NYGA 5P36A 1WKRA 3U7SA 3NWXA 1DPJA 2ZJHA 2ZHSA 3VLBA 4NKKA 4BFBA 1JLDA 5OYZA 5P2LA 2NR6A 5DR8A 3EKWA 4EJDA 3TOGA 5P8CA 3LINA 4YDFA 3EL1A 4HLAA 2WEBA 5I70A 3FNUA 3A2OA 4J1IA 2QU2A 4Y3ZA 2ZGAA 5P1GA 4PEPA 3LHGA 2QNPA 4EXHA 4DJQA 2EWYA 2F80A 4J0TA 1IZHA 3T3CA 2UPJA 2FXDA 1EC3A 3PEPA 5P31A 2O4LA 4YE3A 5P1ZA 2V13A 5P8FA 3T7XA 2CEJA 1KJFA 5P4RA 1EPPE 4Y3FA 5P2TA 5P4NA 2JJIA 2P3BB 4YD3A 2FXEA 4ZSRA 5P85A 5P01A 1HSGA 5HE4A 1EPME 1AXAA 3O9LB 5P16A 4Y39A 4QJAA 5P49A 1LYAA 3BC4A 4Y48A 3G72A 3OXCA 3IXOA 1HXWA 3DUYA 3EKVA 3UDQA 4MC6A 1E5OE 2OHQA 1BV7A 5P02A 5P1TA 1QBSA 2B7ZA 1MSMA 1BIMA 1B5FA 3QPJA 5OYWA 1N49A 5KOQA 5P2RA 4QJ2A 4DQCA 4GJ5A 2QK5A 1K6CA 2QI5A 3NU6A 5HE5A 2QHZA 5P7DA 1AJXA 2AOIA 3OAGB 1TCXA 3MXDA 4CPTA 5P8VA 3PVKA 5P1JA 4Q5MA 2R3WA 4ER4E 2HB3A 5P3HA 1HVJA 2I1AA 1META 5P8GA 5P74A 5P0YA 5OYRA 2Q3KA 4Y3HA 2AZ8A 2R9BA 4GB2A 5P7UA 5P27A 2QD8A 4U7VA 4B0QA 2VIJA 5P8IA 2JJJA 5P2ZA 3S45A 4TVHA 3PB5A 1HEFE 5P14A 1T7IA 3QIHA 2WEAA 3Q4BA 5DQCA 2VA7A 4QLHA 3O9AA 5P6HA 4NJSA 1HVSA 5HCTA 5OZHA 4APRE 1J71A 5P5HA 3FX5A 5P5YA 2F8GA 2J9KA 5P3XA 5P18A 3PSGA 4YD6A 1MIQA 5P4PA 3KFRA 5P8DA 5OYXA 5P37A 4Y3MA 1D4HA 5P6WA 2HPFA 5P72A 5APRE 4B77A 3K5FA 4TVGA 5E5KA 3OQ7A 1G2KA 1FQ8A 2IL2A 5P04A 4YD4A 1D4KA 1FB7A 5OZMA 3QAAA 5P71A 2PK5A 3CIBA 1EC2A 2ZHRA 4LL3A 3WSJA 4RVXA 4DJXA 2AODA 4A6BA 5ER2E 1HVHA 3VYEA 2P4JA 5P68A 5P07A 3MSKA 3QVCA 4L7GA 2RKGA 2VS2A 1LYBA 3KDDA 4LXAA 5P82A 2B42A 3NWQA 2I0DA 4CPXA 3S43A 5P5AA 5P50A 5P0JA 2UXZA 1EPOE 1U8GA 1XN2A 5P2YA 1YG9A 5P7VA 1FQ4A 5DR7A 3HBOA 4Y5EA 7UPJA 4FM8A 4DI2A 3VV7A 3L5DA 2OHMA 3SQFA 4YBFA 3VF3A 5P3AA 3SA3A 1HIIA 4MC9A 3Q5HA 3NDXA 5P5CA 4DJRA 4Y51A 5P1OA 3L5FA 2ZJJA 5P11A 5OYQA 3DM6A 5P3ZA 5J25A 4EP3A 3LPJA 5P06A 2Q11A 5KOSA 4D85A 3TOHA 1QRPE 2VKMA 3VV8A 3CYXA 3TNEA 2QZKA 3S56A 2BBBA 1APWE 5SY2A 1AZ5A 4XXSA 4COEA 1PPKE 1M0BA 3ZL7A 3IVHA 3PCZA 5P3FA 3U6AA 2Q5KA 2I4QA 2BPVA 3D91A 5P5TA 4UPJA 1NPVA 5P4ZA 3ECGA 3SA6A 3OUAA 4YOBA 5P0NA 2WF1A 2B8LA 3KFPA 5OYUA 5P4OA 4Y4DA 5P2SA 3LPKA 4EYRA 3EKXA 4Y45A 4AUCA 4NJTA 1MVPA 1LYAB 4FIVA 3PWMA 4LHHA 2G21A 5P4DA 5P3EA 1LF3A 1B6JA 2AZCA 1SGZA 2FDDA 5KQXA 1YX9A 2G22A 5P0OA 3PMUA 2V10C 3KYRA 4CMSA 3ZKGA 1B5FB 2NNKA 3NDUA 3VFBA 1FFIC 2VIZA 3R2FA 4RCFA 5DGUA 4CPRA 5P0DA 2NMZA 4HDBA 1ODXA 5P0HA 3HVGA 3S7MA 1HVIA 5JG1A 2QI3A 5JFUA 3PM4A 2PH6A 1HPSA 2BKSA 3B80A 3OU1A 4ZSMA 5P5IA 4Y5AA 5KQFA 5P5RA 3OGPA 2UY0A 2O4KA 5IVTA 5P8HA 4DQFA 4Y57A 3QN8A 5P59A 4HDPA 1D4JA 4Y4BA 5P57A 2IDWA 1ZJ7A 2BPZA 5OZVA 1ZPAA 5IE1A 5P79A 3URJA 3PRSA 1FG8C 5P3YA 5P64A 3PCWA 4OBFA 3LIVA 1HTFA 3H0BA 3NXNA 3VV6A 4K4RA 1FGCC 5P0BA 4GIDA 3PLLA 1OHRA 1G0VA 3OUBA 5P58A 3R0YA 3IGBA 5OZJA 5AH7A 2P3AA 5P0IA 5P67A 4DPFA 3K1WA 4TRYA 2IENA 5P3KA 5P4EA 1HTGA 5OZIA 2OF0A 1C6XA 3KF0A 3JVYA 4OD9A 1EBKC 2R5QA 2ZHVA 2J9JA 2VJ6A 5P8UA 4LP9A 5P4UA 3TKGA 3EC0A 2ER6E 2FNSA 8HVPA 4B1CA 5OZ8A 4OBGA 3UQWA 5P28A 5IVQA 4GMIA 4Y5MA 2V00A 5OZBA 4D89A 3QI1A 3EMYA 2HIZA 2R8NA 1T6EX 1LYBB 5P00A 5P77A 3UQUA 3APRE 5SZ9A 1HVLA 5C9BA 4I8ZA 3S43B 4ZLSA 1SBGA 4MC1A 3PBZA 4Q1WA 4DH6A 5HE7A 5P3SA 5ER1E 5P6EA 3GGVA 5BRYA 3PI0A 5SXNA 4FL8A 4Y4XA 3S85A 5P6RA 3HW1A 1SIPA 4LAPA 2PMAA 4WY1A 2B8VA 5P0QA 3NUJA 4ACUA 3UFNA 1ODWA 1ZLFA 4A4QA 5P48A 3OXVA 5P1SA 5P60A 1E81E 1FMBA 2OHPA 5P0ZA 5OZAA 5P3DA 3K4VC 1AM5A 1UH8A 3DK1A 2F3EA 3PHVA 1SH9A 1ENTE 3OOZA 5P8TA 3WZ6A 4J0VA 5P6JA 5P55A 4N00A 1PSNA 4XKXA 1XDHA 5HDVA 2ASIA 3OQAA 3APPA 1YTIA 5DQ4A 3NU9A 3UHLA 2OHNA 1AIDA 3PI5A 4R92A 4B78A 1XE5A 1Q9PA 4Y3TA 1EPRE 1FQ5A 1GNOA 2IGYA 1YTGA 4K4QA 5HDZA 3GI6A 2AIDA 1DMPA 4DQHA 1W5VA 4Y4EA 5P5SA 5P6SA 2FLEA 3QBFA 2ANLA 5C9DA 4DPIA 3SLZA 5AHAA 3ZPUA 3URIA 1MUIA 4FSLA 3PSUA 2JYSA 6UPJA 3UPJA 5P2WA 3VLAA 1DIFA 2ER9E 2I4WA 5DR3A 3KMYA 2QI0A 1SDTA 2R5PA 2ZJLA 3ZKIA 1K2CA 1FMUA 4FLGA 5IS4A 1UH7A 5P5ZA 3EL0A 1EPLE 1BWAA 4Y4GA 2QNNA 3IN3A 5ENKA 5DPZA 5HCOA 5P2KA 5P1FA 5P41A 4JPEA 4DQBA 4J1FA 3LIZA 3HDKA 1IVPA 2NXMA 5P7TA 2QZXA 2RKFA 3QRSA 5P5JA 3INHA 4GJCA 4Y4WA 2BPXA 3OOTA 1DP5A 3OU1B 4RCEA 5AH9A 1T6GA 4ACXA 1T7KA 2V16C 4CPWA 1FQ6A 2ZHTA 1FEJC 5P5MA 3UDKA 3LITA 3LZUA 1NPWA 2HC0A 5OZSA 1D4SA 4DJUA 1W5XA 4E43A 4I1CA 4Y58A 3BUGA 5P3RA 4ZSQA 4PHVA 5P0RA 5P1HA 5P29A 2CENA 3UDJA 2PH8A 3TOFA 4NPTA 4GJ9A 2FIVA 2WL0A 3I6OA 2P3DA 3LZYA 5P89A 5P7PA 3MSLA 3T7PA 3CYWA 5P70A 1FF0C 3WB4A 4RROA 3PSYA 1FIVA 4Y4UA 2PSUA 3OTSA 3WZ7A 1HSHA 2AOFA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1YM2 A;  2IS0 A;  5OZ2 A;  4ZEA A;  3SAA A;  5P7G A;  3HAW A;  2RMP A;  3OQK A;  4JPC A;  2NPH A;  1GVV A;  2PWC A;  2AOJ A;  2WF3 A;  3OXX A;  5P69 A;  3EKT A;  1MT9 A;  1GVT A;  5P1C A;  4KE0 A;  5P5G A;  3ZKQ A;  4J0Y A;  5P2E A;  2V11 C;  3R4B A;  5P3T A;  3UDR A;  5DQ1 A;  5HU1 A;  5P3N A;  2H6T A;  4RVJ A;  3EL4 A;  1DW6 C;  1K1T A;  3SKF A;  5IVR A;  2QMF A;  3KFN A;  1M4H A;  5P7J A;  1E82 E;  5I3X A;  2FMB A;  3S53 A;  5OZL A;  3O9E A;  2QU3 A;  5B18 A;  4ZE6 A;  4LC7 A;  4H3I A;  4Y3P A;  2R43 A;  4GJ8 A;  1CPI A;  2FS4 A;  3DJK A;  4Z22 A;  5P3I A;  4Z4X A;  4Y5P A;  3TTP A;  1BDQ A;  4BEL A;  2F3F A;  1OD1 A;  1PPL E;  4FRK A;  5P5V A;  5OZR A;  3LPI A;  2AVO A;  3NLS A;  1W6I A;  5P7M A;  5P3M A;  4CPU A;  1QDM A;  1MT7 A;  2FNT A;  1HTR B;  5DR1 A;  1KJH A;  5BS4 A;  5P7K A;  1BIL A;  4Y3S A;  1D4L A;  1TZS A;  1W6H A;  1T7J A;  1FQX A;  5P0S A;  3OQD A;  5P1X A;  1OEW A;  4R8Y A;  5P8J A;  4L6B A;  4CPQ A;  3LIQ A;  5P26 A;  4H3G A;  2G94 A;  2QI7 A;  1A94 A;  4Y38 A;  5OZW A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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