2WEZA

Human bace-1 in complex with 1-ethyl-n-((1s,2r)-2-hydroxy-3-(((3-(methyloxy)phenyl)methyl)amino)-1-(phenylmethyl)propyl)-4-(2-oxo-1- pyrrolidinyl)-1h-indole-6-carboxamide
Total Genus 103
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
103
sequence length
385
structure length
372
Chain Sequence
EMVDNLRGKSGQGYYVEMTVGSPPQTLNILVDTGSSNFAVGAAPHPFLHRYYQRQLSSTYRDLRKGVYVPYTQGKWEGELGTDLVSIPHGPQVTVRANIAAITESDKFFIQGSNWEGILGLAYAEIARPDDSLEPFFDSLVKQTHVPNLFSLQLCSVGGSMIIGGIDHSLYTGSLWYTPIRREWYYEVIIVRVEINGQDLKMDCKEYNYDKSIVDSGTTNLRLPKKVFEAAVKSIKAASSTEKFPDGFWLGEQLVCWQAGTTPWNIFPVISLYLMGEVTQQSFRITILPQQYLRPVEDVATSQDDCYKFAISQSSTGTVMGAVIMEGFYVVFDRARKRIGFAVSACHVHDEFRTAAVEGPFVTLDMEDCGYN
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase
molecule keywords BETA-SECRETASE 1
publication title Second Generation of Bace-1 Inhibitors. Part 1: The Need for Improved Pharmacokinetics.
pubmed doi rcsb
source organism Homo sapiens
total genus 103
structure length 372
sequence length 385
ec nomenclature ec 3.4.23.46: Memapsin 2.
pdb deposition date 2009-04-02

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 2wezA01
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 2wezA02
5P28A 1HTFA 3DV1A 4CPQA 1MVPA 2ZJIA 1FMBA 3UQXA 2F3FA 4Y3YA 3UDNA 5EZXA 1Q9PA 5KQZA 3EL5A 3IN3A 3NLSA 2Q15A 4Y4JA 3OHFA 4K8SA 4QJ2A 1TSQA 3L5BA 2NNPA 5P31A 4D85A 4LXMA 5P7WA 4Z2ZA 3I2LA 1EPNE 2I4VA 4Y5CA 5P3VA 3AUPA 5OZ3A 2RSPA 2XFKA 4H3GA 5DR7A 2P83A 4KE1A 3BGCA 1GNMA 3TH9A 5ER2E 4Q1YA 3JVWA 4DJQA 1ZTZA 5P7KA 1SDUA 3VV8A 1IVQA 2I4DA 4CKUA 2I4UA 3PWMA 4CPXA 3RSXA 5P6UA 5P0AA 4DJPA 2IQGA 5AH6A 1HVCA 4DQFA 5OZ9A 1NPVA 5I3VA 4EXGA 4PEPA 1ZBGA 4PYVA 5P5WA 3OU4B 3CKRA 3LZYA 1BBSA 3CMSA 2BPXA 4XKXA 3T3CA 2OHQA 3GI4A 5P6PA 3TPLA 3QPJA 3NDUA 4OD9B 1K1TA 3NXNA 5P7RA 3BXRA 5P4CA 3ST5A 4LBTA 5HDVA 3VUCA 1N49A 1ZSFA 4TRZA 2HB2A 3KT5A 2PYMA 5P1TA 3O9DA 5P7PA 3PWWA 4YCTA 2P3AA 3NDTA 4RCDA 4DQCA 1AJVA 1AAQA 4ER4E 3Q70A 3PMYA 1CZIE 1IZIA 2AVQA 5P7LA 3PMUA 5P15A 5P4MA 5DR1A 2H6TA 1BVGA 2JXRA 4EQJA 5SZ9A 5HDXA 1KJGA 4Y3AA 3D1XA 1FLHA 4Y5LA 1SP5A 5P8BA 1KJ4A 1T6GA 3VF5A 3L5DA 4Y37A 4APRE 5SXNA 5P6IA 4Q1WA 5P45A 2AOCA 4I0DA 3RSVA 3GI6A 3VEUA 5P13A 1SMRA 4Y54A 4LXKA 4ZSRA 4DJVA 1ME6A 4ZSQA 5OZRA 5AHAA 3PJ6A 3K4VC 5P5OA 5DQCA 4OC6B 5OYYA 5P7CA 1DMPA 3BC4A 4I8WA 2AOEA 5DR4A 5KR2A 1MEUA 3ZKSA 2G22A 1KZKA 1GNNA 3PSUA 3N4LA 1K1UA 3SPKA 4B70A 5OZ5A 1MT7A 3OXCA 5P2HA 4DH6A 1SDVA 1E81E 4DJRA 1EBKC 1UH7A 2B60A 1FMXA 5P5GA 5P4RA 2ZJHA 4Y3NA 5P0PA 5P1DA 4Y3PA 5P09A 5P8PA 1VIKA 1HIHA 1AXAA 1ENTE 5P2KA 3UDYA 4ACXA 5P0NA 4B1CA 4FS4A 3ZPSA 1T7IA 5P7VA 4TRYA 1MSNA 5OZ8A 3D3TA 2QMPA 5P2RA 5P20A 5P63A 3K5FA 2ANLA 2QD8A 1FQXA 2AOFA 3WB5A 2Q3KA 5OYVA 5P19A 5HE5A 1G6LA 2RENA 5P3OA 5P39A 5P5KA 5P3CA 1IBQA 4Y3DA 1ODXA 5P8CA 1SGUA 3QI1A 5P4NA 5P2BA 5P2LA 4HE9A 4YD5A 2ZGAA 3ZKIA 2HAHA 3HDKA 1HIVA 3UQWA 3R2FA 5P0MA 5P26A 5P1WA 5P4WA 3I7EA 5P0XA 3R0WA 4RROA 4MC2A 3CIDA 2VA7A 2WEAA 3PWRA 1ZPKA 4DI2A 3DJKA 2PSUA 4DFGA 2HPFA 3EM4A 1FQ4A 1XE5A 3EXOA 5HDZA 4I0JA 5FIVA 4GMIA 2HC0A 2F80A 4PZWA 1C6XA 1HIIA 2XYEA 3S8IA 2VNNA 3QVIA 3TNEA 1F34A 2WKZA 5P3KA 4RCEA 5BWYA 3KYRA 2VJ9A 5P3QA 5OZIA 5OZGA 4FRJA 4I0GA 4GIDA 5P0SA 2Z4OA 5P43A 1T3RA 2XFIA 4J0TA 6FIVA 5P6LA 1MT9A 4I8ZA 2QZWA 5P3EA 5P1SA 1PSAA 1LYAB 4Y4GA 2O4KA 5P64A 3QRSA 4FLGA 2ZYEA 2QMFA 5P4GA 3RVIA 3UFNA 4F73A 3OQKA 5P83A 5P11A 4D89A 3UQPA 3LIXA 3DK1A 4HA5A 1BV9A 1IDBA 2HS1A 3TL9A 1APUE 3PM4A 2O4NA 1HTEA 4ZEAA 4TRWA 5P17A 3EL1A 3OU3A 3KM4A 4YD3A 1F7AA 5OZAA 5P08A 2PSGA 2OHTA 5P2CA 5P1FA 4EP2A 2QAKA 2J9KA 1FIVA 5P3HA 2CEJA 2VNMA 3BUGA 3NU6A 3D1YA 5P3PA 1UH8A 4AA9A 5OZFA 2NNKA 1A30A 2ASIA 2NR6A 5P44A 3VLBA 5P7NA 4JPCA 5P87A 5P4PA 5P1BA 1BDQA 2A4FA 4PHVA 5OZ0A 3UDPA 5P2GA 2HPEA 5P47A 1SDTA 2G1YA 2AQUA 5CLMA 5P3NA 3OTSA 4YBIA 3OOZA 5OZ2A 5P6AA 5P2UA 1EC1A 2NXMA 4RRSA 1HOSA 3BUFA 2FS4A 5P1OA 3EMYA 3I6OA 3OADA 3LNKA 1IIQA 4YDGA 2IEOA 1K6VA 1ODYA 3MXDA 4ACUA 5I3WA 1OEWA 4OBGA 3QAAA 1E5OE 4TVGA 1BVEA 1PROA 3FNTA 4K4RA 5P0JA 1TZSA 3PSGA 3LIZA 1RQ9A 2AZ9A 3U6AA 5AH8A 5P40A 5P1QA 3MSKA 4YCKA 3INDA 4QJ8A 5P02A 4EP3A 4Y5KA 1PPLE 4GYEA 3INEA 4EHCA 1GVUA 4A6CA 5DGWA 1BILA 2FDPA 3UFLA 4FSEA 3N3IA 3BUHA 4M8YA 4Y5GA 5P06A 1HTGA 4Y3WA 2QZXA 5CONA 3LINA 3VF7A 2Q54A 5P54A 5OZVA 1FFIC 3QRMA 5P7TA 3S43A 4B77A 1SMEA 3WZ8A 4DUSA 1FB7A 3PEPA 5P16A 5OYWA 5P23A 5P8OA 2I0AA 5P1AA 5HVPA 2ZHVA 5IVQA 4I0IA 5P2XA 5OZMA 1AIDA 1NPAA 4BELA 4QLHA 2QD7A 3KF0A 2APRA 2JJJA 4Y3XA 4RZ1A 5DR3A 3EKTA 5P59A 4CPSA 5P6HA 4GJ8A 2XYFA 3SA8A 3PVKA 3QROA 3OHHA 5P8RA 4FL8A 5P6QA 2R5QA 4Y3SA 4OBZA 1Z1RA 5P3BA 4EJ8A 3UPJA 3O9FA 3G70A 3QRVA 2O4PA 4Y4BA 2UXZA 1YM4A 5P6KA 1ER8E 5OZPA 1WKRA 3UF3A 5P7AA 4Y9WA 1XN3A 2VIYA 3IXOA 5P1KA 4J17A 1BXQA 3NWQA 1IVPA 5P8JA 5P70A 2V0ZC 2G1RA 5P88A 5P0UA 3SAAA 3M9FA 1A8KA 5P6TA 5P8DA 5P7OA 2V16C 4Y3TA 3NSHA 1SIPA 3NU5A 4Y4TA 4Y3HA 3JW2A 4H1EA 5P4TA 4Y47A 5P22A 1FEJC 3D1ZA 5P0VA 1IZDA 4J1FA 5P0CA 4GJBA 5HE4A 2A1EA 4ZLSA 4YA8A 3NUJA 3QN8A 5P1UA 3GW5A 4MC1A 5DGUA 2P3CA 3IVHA 5P7YA 2V13A 3BHEA 3NU3A 2AIDA 4E43A 1K6PA 4Y57A 3EM6A 4CPWA 2HS2A 5P2MA 3MSLA 3LPJA 6APRE 3OXVA 3LZVA 4QJ6A 3PCWA 2AZCA 5P4AA 5DQ4A 5P6ZA 3KMYA 5P1HA 1D4YA 2CENA 5OZ1A 3IA9A 5OYSA 3QP0A 3SA6A 2WEZA 2VIEA 5P24A 4LHHA 3QBHA 2R3WA 3Q4BA 1FFFC 1D4LA 1D4IA 3K5DA 3K5GA 3KFNA 4NPUA 3RU1A 1YTHA 4Y4WA 2HB3A 1EAGA 1W5XA 1U8GA 5P0WA 3CYXA 3LPKA 2XFJA 2BQVA 4I0HA 4J1KA 1W5YA 2OF0A 2VIJA 5IVRA 3ER3E 5P67A 5P2YA 4Q1XA 5P53A 3ZOVA 3ZPTA 4CMSA 2NXDA 5P68A 2EWYA 3ZKXA 4AUCA 5I3YA 4NKKA 3KA2A 1GVXA 5P0KA 5P0HA 1YM2A 4GJAA 1DW6C 2V12C 2PYNA 4J0VA 3OGQA 5P0IA 1EPQE 1YTGA 2QCIA 3D91A 5P7FA 2VJ7A 2FIVA 5P5AA 4K4PA 5P74A 1LYBA 1APWE 3UHLA 3OU4A 1B6JA 5OZDA 1K2CA 3VG1A 1HVLA 1EPME 2WF1A 1ZAPA 5P6DA 3INFA 5P34A 3G72A 4OD9A 5P71A 2G94A 5P8MA 4I10A 1W5VA 4J55A 5P6BA 3SACA 4FRKA 5P2WA 2FGVA 3URJA 5IVTA 5COOA 2QNPA 5P6MA 4HDPA 5P01A 4OBKA 4TVHA 3TPPA 3IXJA 4Y3JA 5P03A 1W6IA 5P0OA 2VIZA 3SLZA 5P77A 5P86A 1LEEA 5DR8A 3OQFA 5P5IA 3I8WA 2I1AA 4JPEA 5P89A 5P7EA 4DPIA 5P1MA 5AGZA 3MWSA 2IGXA 3SA9A 3IAWA 3TTPA 1LS5A 1HRNA 2V11C 4L1AB 4DJWA 1A94A 3H0BA 1KJ7A 3UDMA 5OZ4A 1GVTA 1QRPE 3HD8A 2F3EA 2QMDA 5P56A 4NJSA 3T7XA 4U8WA 4J1HA 5P5JA 1ZPAA 2FDDA 5UPJA 3EC0A 4YD6A 2RKGA 3VYDA 1DP5A 1JLDA 2I4XA 4J0YA 4B1EA 4YOBA 5OZ7A 4YD7A 4AA8A 1T7KA 3SM2A 5P5BA 1DIFA 5P4DA 3PSYA 5P4FA 4U7VA 3FKTA 4M8XA 2IKOA 2FLEA 4Y4AA 3UDJA 4EXHA 2QHCA 2WEDA 1HEGE 3BRAA 1M4HA 3KT2A 2R8NA 4FGXA 4J54A 2PWCA 3DCKA 2JJIA 1MT8A 4I12A 4Y3FA 5P4EA 2P4JA 1EEDP 5JG1A 3Q3TA 4R8YA 3U71A 2FNTA 2V10C 4J5JA 3KN0A 5OZJA 5P55A 2F3KA 3CYWA 3BVAA 2OHRA 3OUDB 2WL0A 5P0ZA 1HPXA 3L5CA 4R92A 1B5FB 5P1IA 5P8EA 1UPJA 1MRXA 1XE6A 2AVSA 2BJUA 2CEMA 4L7HA 3OXWA 2P3BB 3QVCA 5P0YA 2AOJA 1PSNA 5P2JA 4Y5MA 4DVFA 5COPA 5P69A 1MSMA 4FM6A 5P0QA 5P8IA 3OU1A 3EL4A 5ISJA 2PK6A 5P2ZA 1C70A 2O4LA 5OZNA 1SH9A 5KR1A 3R4BA 4GJ9A 2ZJLA 5P84A 1MUIA 1QDMA 4GJ7A 5P8FA 5KOSA 1QBUA 5SY2A 2IL2A 4R5NA 3FSMA 5P4KA 4KUPA 4ZSPA 2QZKA 2O4SA 5P8NA 4ZPGA 3OQAA 5P65A 3ZKGA 5P0LA 5P4UA 4D8CA 4Y36A 3GI5A 1YX9A 1B6KA 3C9XA 5P7GA 4MC6A 4U7QA 1IDAA 7UPJA 3OAGA 2PC0A 3VSWA 5P4IA 5P3TA 3LIYA 5P14A 4EJLA 2P3DA 1HSHA 4HVPA 3OK9A 4DQEA 1K6CA 1YTIA 3LZSA 3VCMA 3HLOA 5P33A 2G20A 5P5VA 5P6RA 4KE0A 4DQBA 5JODA 3KFPA 2B42A 3A2OA 3TKWA 2F8GA 5P1RA 3S56A 5P8AA 1BIMA 3URIA 4H3FA 5P4HA 1AM5A 7HVPA 5P0EA 4RYGA 3SA5A 3T6IA 5P5ZA 3PI0A 3O99A 5P5QA 2UY0A 5P10A 3K4VA 4N00A 2WJOA 5P3IA 2R38A 1FMUA 4FCOA 4Y6MA 3UDQA 5HCTA 2RKFA 1FKNA 4X7IA 4RLDA 4DPFA 1TQFA 5P3UA 5P1GA 5C9FA 4Y58A 2PK5A 4QJAA 4H3IA 3EKYA 4J1CA 4Y35A 4DQGA 1B6PA 5T4SA 2NMZA 1XS7D 4XX4A 1SGZA 4GJDA 1EPOE 5HDUA 2Z54A 3OY4A 3PCZA 2PQZA 2WF4A 3TPRA 3OADB 4Y5NA 3ZMGA 5OZXA 1M0BA 5P5DA 4B72A 4OBHA 1HEFE 2HIZA 5OYUA 4GJ6A 4OBJA 1HVHA 1YG9A 3O9LB 5DQ2A 5P7BA 1EC0A 1NSOA 2QI0A 4XXSA 3B80A 5P3ZA 5P73A 4BEKA 2JYSA 3S85A 1G35A 5P85A 1BXOA 1OHRA 3PGIA 1NH0A 3VFAA 4AMTA 1HXWA 5P0TA 2AVVA 3PI5A 4F75A 1MRWA 3S7LA 2PH6A 5P5PA 3UTLA 5P1PA 5P0BA 3O9BA 3T7PA 2BKSA 3UQUA 3KFRA 4APEA 4R93A 5P5YA 5P00A 5P6YA 4HLAA 5HU0A 2R3TA 3L59A 1Z1HA 2G24A 5P18A 2B8VA 5P07A 5P7ZA 4GZFA 1HHPA 1AJXA 1LYWA 3TOHA 3GGXA 5P7XA 5P5FA 3EM3A 2QU3A 3CKPA 3SM1A 3VLAA 2J9JB 3ZKMA 4YCYA 2VKMA 3NU9A 5OZ6A 5P41A 3HZCA 5P6SA 5OZEA 5OZCA 2R9BA 3NDXA 1HSIA 5F01A 3PLLA 5OZLA 5BRYA 5P58A 2JE4A 5P32A 2I4QA 5DPZA 2ER7E 5P46A 4RRNA 4ZE6A 5P3JA 2IGYA 4J1IA 1B11A 4I0FA 5P3XA 4EJDA 5P79A 4OBZB 4I11A 3ZKQA 2WF0A 3WZ6A 1MPPA 1D4KA 5P5LA 1WBMA 1BAIA 2I4WA 1BDLA 3Q6YA 5P05A 3LHGA 2G1NA 3OGPA 2NTRA 1BWAA 4WY6A 4DV9A 4CP7A 5P8LA 3UQRA 1W50A 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5P28 A;  1HTF A;  3DV1 A;  4CPQ A;  1MVP A;  2ZJI A;  1FMB A;  3UQX A;  2F3F A;  4Y3Y A;  3UDN A;  5EZX A;  1Q9P A;  5KQZ A;  3EL5 A;  3IN3 A;  3NLS A;  2Q15 A;  4Y4J A;  3OHF A;  4K8S A;  4QJ2 A;  1TSQ A;  3L5B A;  2NNP A;  5P31 A;  4D85 A;  4LXM A;  5P7W A;  4Z2Z A;  3I2L A;  1EPN E;  2I4V A;  4Y5C A;  5P3V A;  3AUP A;  5OZ3 A;  2RSP A;  2XFK A;  4H3G A;  5DR7 A;  2P83 A;  4KE1 A;  3BGC A;  1GNM A;  3TH9 A;  5ER2 E;  4Q1Y A;  3JVW A;  4DJQ A;  1ZTZ A;  5P7K A;  1SDU A;  3VV8 A;  1IVQ A;  2I4D A;  4CKU A;  2I4U A;  3PWM A;  4CPX A;  3RSX A;  5P6U A;  5P0A A;  4DJP A;  2IQG A;  5AH6 A;  1HVC A;  4DQF A;  5OZ9 A;  1NPV A;  5I3V A;  4EXG A;  4PEP A;  1ZBG A;  4PYV A;  5P5W A;  3OU4 B;  3CKR A;  3LZY A;  1BBS A;  3CMS A;  2BPX A;  4XKX A;  3T3C A;  2OHQ A;  3GI4 A;  5P6P A;  3TPL A;  3QPJ A;  3NDU A;  4OD9 B;  1K1T A;  3NXN A;  5P7R A;  3BXR A;  5P4C A;  3ST5 A;  4LBT A;  5HDV A;  3VUC A;  1N49 A;  1ZSF A;  4TRZ A;  2HB2 A;  3KT5 A;  2PYM A;  5P1T A;  3O9D A;  5P7P A;  3PWW A;  4YCT A;  2P3A A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 4LAP A;  4ZSM A;  2I0D A;  5P2Q A;  1EBZ A;  3NYG A;  5P7H A;  2AOH A;  2WEB A;  2WF3 A;  2ZHU A;  4B00 A;  4XX3 A;  4YDF A;  5P1X A;  5P60 A;  1NPW A;  4LC7 A;  2AOD A;  5P7S A;  5P6W A;  1OD1 A;  3SAB A;  5ENM A;  5P7J A;  4Y41 A;  4OBF A;  2Q5K A;  3O9I A;  2QI3 A;  4X2L A;  5P1Y A;  3EKQ A;  2BPZ A;  1QBS A;  1FQ6 A;  4EJK A;  1ZJ7 A;  1G2K A;  2OHM A;  2VJ6 A;  5P35 A;  2RMP A;  3ER5 E;  5HU1 A;  4FAE A;  1LYB B;  5I3X A;  5P5T A;  5P7U A;  4BFD A;  2OHN A;  5P81 A;  2ZJK A;  5AHB A;  2P8H A;  2ZJM A;  4LXA A;  3G6Z A;  2G21 A;  1BV7 A;  4OBD A;  1E80 E;  1K2B A;  5HTZ A;  4RVI A;  5P48 A;  3QIH A;  1CPI A;  3NWX A;  1QS8 A;  2NPH A;  3ECG A;  1HBV A;  3LIQ A;  2OHK A;  3VF3 A;  2G1O A;  1QBR A;  4I0Z A;  4LL3 A;  5P5H A;  3GGU A;  5P6J A;  1T6E X;  2PWR A;  5TOL A;  5ER1 E;  4Y4U A;  4ZPE A;  2ZJJ A;  5P49 A;  5P8U A;  4ER2 E;  5P3R A;  3SQF A;  1WBK A;  2BPV A;  1T7J A;  2SAM A;  5P1V A;  5P4Z A;  1GVW A;  2QI1 A;  4PPH A;  1RNE A;  4Y3Q A;  3WB4 A;  3I25 A;  1C6Y A;  3MSJ A;  4D83 A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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