2WF0A

Human bace-1 in complex with 4-ethyl-n-((1s,2r)-2-hydroxy-1-(phenylmethyl)-3-(((3-(trifluoromethyl)phenyl)methyl)amino)propyl)-8-(2-oxo-1-pyrrolidinyl)-6-quinolinecarboxamide
Total Genus 102
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
102
sequence length
385
structure length
372
Chain Sequence
EMVDNLRGKSGQGYYVEMTVGSPPQTLNILVDTGSSNFAVGAAPHPFLHRYYQRQLSSTYRDLRKGVYVPYTQGKWEGELGTDLVSIPHGPQVTVRANIAAITESDKFFIQGSNWEGILGLAYAEIARPDDSLEPFFDSLVKQTHVPNLFSLQLCSVGGSMIIGGIDHSLYTGSLWYTPIRREWYYEVIIVRVEINGQDLKMDCKEYNYDKSIVDSGTTNLRLPKKVFEAAVKSIKAASSTEKFPDGFWLGEQLVCWQAGTTPWNIFPVISLYLMGEVTQQSFRITILPQQYLRPVEDVATSQDDCYKFAISQSSTGTVMGAVIMEGFYVVFDRARKRIGFAVSACHVHDEFRTAAVEGPFVTLDMEDCGYN
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase
molecule keywords BETA-SECRETASE 1
publication title Second Generation of Bace-1 Inhibitors. Part 1: The Need for Improved Pharmacokinetics.
pubmed doi rcsb
source organism Homo sapiens
total genus 102
structure length 372
sequence length 385
ec nomenclature ec 3.4.23.46: Memapsin 2.
pdb deposition date 2009-04-02

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 2wf0A01
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 2wf0A02
5P5NA 5P33A 3KMXA 4GJ7A 1A9MA 5P2GA 1LZQA 1LYBB 3DCKA 5OZEA 2OHMA 5OZAA 3O9CA 5P85A 5P2SA 3OUDA 4HE9A 4J0TA 3C9XA 3FIVA 5BWYA 2PSGA 3NDXA 5ENMA 2NNKA 5P5TA 1BBSA 3IVHA 2Q15A 3EM4A 1B6JA 3ZKMA 5KAOA 2NPHA 1CMSA 3HW1A 3Q4BA 3PSYA 3SQFA 5P3YA 3SA8A 2QHYA 5P5DA 4K4RA 4E43A 2QI3A 3OXWA 3VF7A 5OZKA 3NU3A 1RNEA 2OHNA 5P0IA 3UHLA 1B6KA 4YD3A 5P4WA 1N49A 1ER8E 2VS2A 4Y9WA 1PPME 1B6PA 2QZXA 2VKMA 4ZE6A 4NJSA 4Z50A 5P55A 2FNSA 5P7HA 5OZ8A 5P4IA 3SA7A 3L5CA 1EC1A 3OUCA 5P1LA 4FE6A 4Y6MA 5P66A 4J0VA 4GB2A 3NXNA 3K4VC 1TZSA 2NXMA 5KQXA 3K5FA 2QI0A 2VA5A 1BIMA 2P3AA 1HWRA 4RVIA 1UH7A 4GJ5A 2QNPA 5P5SA 2ZE1A 2B7ZA 3EC0A 4CPXA 5P3TA 3VYFA 3UQXA 4QJ6A 5P83A 2BPYA 3BGCA 1AXAA 4GJBA 4CPQA 3KMYA 5P8HA 4J0YA 1TW7A 1LV1A 5P2WA 5P7LA 1EPME 4FL8A 1LYWB 1KJFA 5ENKA 3ZKXA 5HU0A 3OOZA 1NSOA 3S54A 3QIHA 5IVQA 2AVMA 5P6FA 5P6MA 4Q5MA 1HSIA 1XS7D 4APEA 4TRYA 2ER6E 2G1SA 3LIQA 3PSUA 1BDQA 3OU1A 4GMIA 2J9KA 4Q1XA 5P7SA 3CKPA 1LF3A 5P5YA 2AOCA 4ZSMA 5P4XA 4OBJA 3OXVA 2QMFA 4GJCA 3SAAA 2J9JB 1HSGA 1TCXA 3ZPSA 3VLBA 4DJYA 2QD6A 3QI1A 5P4ZA 3DUYA 1FB7A 4J1EA 4Y5GA 1FEJC 3LZUA 2I4UA 3SM1A 1K1UA 5P2IA 1EPOE 3AUPA 3JVYA 5P51A 4MC2A 1BWBA 4Y4BA 5DR3A 5I70A 3TKGA 1APVE 2ZDZA 5P00A 5P0RA 1FQ8A 3OAGB 4MC9A 5AHBA 5P4RA 5OZZA 2Q11A 1LF2A 3CICA 5P12A 3R0YA 1QBTA 5HU1A 3B80A 1OEWA 5EZZA 4LHHA 4J1FA 4Y3XA 2JYSA 3R0WA 2G69A 3RVIA 2IEOA 5P4TA 4DFGA 1FMXA 4Y5MA 2QHZA 2R8NA 5P35A 3KDBA 3SPKA 2G21A 5ISKA 3BGBA 5P1HA 2AZCA 2R43A 1GVVA 4LXMA 1SBGA 5OZ2A 4Y43A 4S1GA 2RENA 5P3LA 3PWRA 4APRE 3ZOVA 4Y3LA 3T6IA 1F7AA 1BWAA 5P52A 3HD8A 1MRXA 2WF4A 3S7MA 1KZKA 1A94A 3PI0A 1T6EX 1HVIA 5OZYA 1XE5A 3T7XA 5P2CA 5P53A 1W51A 4B0QA 3PWMA 2QZKA 5OZLA 1AAQA 3URLA 3R4BA 3U71A 2FLEA 5AH6A 5UPJA 5KR1A 5P02A 5P77A 5P65A 1RPIA 3URJA 5OZ9A 5P1NA 3O9LA 4RCDA 3LIXA 4FAEA 3FKTA 5P71A 2P3DA 1VIJA 2NMZA 2NNPA 4OC6A 3PLDA 3MSLA 3DV1A 3UDJA 3TPLA 1HPOA 4I0DA 5P4QA 3A2OA 1HTFA 4OD9B 4RRSA 5I3YA 4Y35A 2QZLA 3IN4A 2NXLA 3T3CA 2WEDA 5P8EA 3NDTA 4GJ9A 2WHHA 4Y5LA 3ZKSA 2G1YA 1AIDA 5P70A 4Y3JA 3PB5A 4RZ1A 1LEEA 2IL2A 4ACUA 4OBHA 5P72A 5P0EA 5P43A 5P3XA 2G1OA 4F74A 4NKKA 4CPSA 3VV6A 1E82E 5P1UA 2Q54A 2R3WA 4CMSA 2F3EA 1NPWA 4Y3SA 5P0ZA 4PPHA 2QNQA 5C9FA 4B1DA 5P58A 4NPTA 5P3UA 5HE5A 4H3JA 3GW5A 1D4SA 1FFIC 3MXDA 2QMDA 5P3QA 3KDDA 4HEGA 3PVKA 2R5QA 5P4GA 3QAAA 3QROA 1D4YA 1UH8A 3BVAA 5P4CA 3ZPTA 5P0GA 3PMYA 1C6XA 5T4SA 3INEA 1MTRA 2HB4A 5P4UA 3S8IA 5P63A 2QMPA 5EZXA 5P8VA 2XYEA 2IDWA 1T3RA 2V10C 1AM5A 3LPKA 5P4SA 5P8LA 3EXOA 1TSQA 4ER4E 5P01A 5P3ZA 2Z54A 4KB9A 4R93A 4I12A 5P7KA 5OZXA 5P6WA 2R9BA 3L5BA 1HVHA 2PYMA 5P7BA 2PK6A 1META 3VF3A 4L7JA 3QBHA 3IA9A 4HVPA 2FGVA 3NU9A 3OQAA 5DQ2A 2Z4OA 5OZSA 5P1JA 3S7LA 4GYEA 4B1EA 4EWOA 2A4FA 4YD6A 4Y4ZA 5CLMA 1G6LA 5P20A 3EKVA 5P7GA 4EHCA 4I0HA 2MIPA 3TNEA 4Y4UA 5P30A 5P8IA 4KE1A 3O9BA 4EJ8A 3WZ8A 1YM2A 1C6ZA 2IQGA 1D4KA 4Y36A 4EJDA 1W50A 5HDZA 2VA6A 4Y5EA 4DPIA 5P6IA 5OZUA 5P57A 5P1AA 5P3MA 5P5IA 4XKXA 4ACXA 3ST5A 3PWWA 1DP5A 1EBKC 4J1HA 5P5EA 3EKTA 4Z2ZA 3VFBA 1PPLE 3VYDA 4EJLA 1HXWA 3UQRA 1FF0C 2AZ9A 3TOFA 1MT7A 3BUGA 3QRSA 2PYNA 2WKZA 4XX3A 4L1AB 5P0AA 3IN3A 5P7NA 1W6IA 4Y3YA 4BFBA 2WEZA 2HB2A 3ZKQA 5OZ5A 1BDLA 2F8GA 1CZIE 2H6TA 3EKPA 3ZKIA 3OHFA 3KFSA 5P88A 5OZGA 2NTRA 3IXOA 2R38A 5DQ1A 3KF0A 2P3CA 3OOTA 5DR8A 5OZOA 4ZSPA 5P08A 3WZ6A 5P3WA 2QD7A 4I8ZA 2QI5A 4Y4TA 3KT5A 1B6LA 4A6CA 3HVPA 4GJDA 5DR1A 2FGUA 1AVFA 3TPRA 5P4FA 5DPZA 3TKWA 3D20A 3L59A 4K4QA 2ZJMA 1E5OE 5P3EA 2QHCA 5AH7A 3RSVA 2BJUA 3KA2A 2QI4A 4ER1E 3UF3A 1PSNA 4DJWA 3G72A 1BILA 1SDTA 4I10A 1OEXA 2P83A 2NR6A 5P3PA 5P4KA 2ZJKA 1B5FA 3LZVA 3ER5E 4PHVA 5P26A 3KT2A 1W5YA 2QAKA 2QP8A 1Z1RA 1LS5A 3VV7A 3L3AA 1XL2A 4I0GA 1HIHA 2QU3A 4Y3PA 1T6GA 3RTNA 3LITA 3MSKA 4L7GA 4Y5PA 4FCOA 5P7PA 5P0WA 3M9FA 5OZJA 3UDQA 3O9DA 1BVEA 1XE6A 2Q5KA 4RVXA 3O9IA 6FIVA 1ZTZA 2BPZA 4ZLSA 5P4AA 3OQ7A 5P6CA 3URIA 3BVBA 4NJTA 1GVTA 3CYXA 1TSUA 3O9FA 4NJVA 2Q63A 4Y3QA 3BC4A 3H5BA 5I3VA 3SA6A 3U7SA 2RMPA 4F75A 4YA8A 5E5KA 4AA8A 1MERA 5P07A 3SABA 2VIZA 4Y39A 1FLHA 5P7EA 4OBZA 4FM7A 1WBMA 1K1TA 5AHAA 3EKYA 2FXDA 3OADA 4YOBA 4RYCA 3SO9A 5P8FA 1XN2A 4ZEAA 5P1YA 3NWXA 1SDUA 4DJVA 3QVCA 4Y53A 1K6PA 2G26A 5FIVA 4U7QA 1NPVA 5J25A 3NU4A 5ER2E 2Q3KA 4RCEA 4TRWA 2Q64A 2FDDA 3D1XA 2QZWA 3DV5A 3L58A 5P6SA 2IENA 5OYYA 3N4LA 1TQFA 5OYQA 4HDFA 4B78A 3OU4A 5P5HA 5P38A 5P4PA 2VIEA 5P13A 4Y3ZA 1HOSA 5P0QA 5P8CA 2WF1A 2AODA 5P6ZA 2FXEA 2JJIA 5P4OA 3B7VA 2IS0A 5P7TA 3OK9A 1QBUA 2P3BB 1D4HA 1LYBA 3S45A 5IVRA 1SMRA 2RKGA 4QJAA 5P0NA 5P4JA 3NSHA 4GZFA 5P7WA 1TCWA 5P46A 5P3OA 3ZLQA 5P42A 1EC3A 5P8PA 3PI5A 4YHQA 3LPIA 1RL8A 1G35A 5P69A 4AA9A 5HDXA 2B8LA 3S85A 5P6JA 5P1EA 1HPXA 4CP7A 3O9GA 3PLLA 5P8BA 5P1PA 5OYSA 1XDHA 1IZEA 2WL0A 2G22A 4DJUA 5AHCA 2FMBA 5P19A 5P1GA 4FRKA 3O9EA 4D8CA 2F3KA 4I0JA 5P6AA 1MSMA 3OQKA 5HE7A 2B60A 1ZP8A 1B11A 4L7HA 5P8DA 4ZSRA 1GNMA 3VFAA 1PSOE 1XL5A 1MVPA 1W6HA 2AOGA 4B05A 3DOXA 5P2QA 5COKA 3PCZA 4I11A 4XXSA 1YTJA 6UPJA 4HDPA 4Y45A 5DGWA 3EL4A 3NYGA 1EBWA 4D83A 3G6ZA 2IKUA 5P75A 2BPWA 5P73A 3UCBA 1Z8CA 3ZL7A 3IAWA 1ME6A 4RLDA 1LYWA 5P7FA 1MSNA 4DH6A 1EPLE 5AH9A 3QRMA 1EPQE 2ZJNA 5KOQA 4JPEA 5P2JA 3KDCA 5AGZA 3EKQA 3VV8A 2B42A 2WEAA 1HVKA 2V13A 2BKTA 5P1OA 5APRE 3JW2A 4DQBA 4DJRA 5P0OA 5BS4A 3EM3A 4Y47A 2VIJA 2PSUA 4EP2A 1ZBGA 4WY1A 1VIKA 2J9JA 5P2DA 5P0CA 2I4WA 2F80A 5P3BA 2F3FA 1BVGA 2HM1A 5E5JA 5OZ3A 1PFZA 4Y4DA 1WBKA 2JE4A 3VG1A 2AQUA 3RSXA 3OAGA 2FDEA 3LZYA 4BFDA 2OHLA 3Q6YA 1OD1A 1ZLFA 2OHUA 1LYAB 5P84A 2I0DA 3OQDA 2OHKA 4I0FA 3UDKA 1JLDA 5OZHA 3PJ6A 3ZMGA 4DQGA 2PWCA 5P2EA 5P54A 5P2HA 3CYWA 5P7YA 5P23A 3O9HA 2ZHUA 4OBGA 1FFFC 5P17A 3RTMA 5P41A 2IRZA 3S43B 3LHGA 4EJKA 1APUE 4DI2A 4Y4GA 4RVJA 5OYXA 1SP5A 1FQ7A 5P09A 3INHA 5P3IA 3Q5HA 5KOSA 4XX4A 3L5EA 2V0ZC 5P4NA 2BB9A 3TPJA 4ER2E 4HA5A 3SKGA 5P0UA 3NWQA 2V00A 5P28A 2WF3A 2O40A 5I3XA 5P47A 3BUFA 2G27A 3I6OA 1HVSA 4TRZA 3PRSA 1BAIA 1HVLA 2HS2A 3CKRA 4Y4JA 4RGHA 2OHTA 4UPJA 2XYFA 4OD9A 1K2BA 5P5ZA 3GI4A 4B77A 3LZSA 4OBKA 5P11A 2QD8A 4I8WA 4R95A 4Y4AA 5P3HA 2ZJJA 5OYTA 4YBIA 5P5GA 3EL1A 1QRPE 3D1ZA 5P2ZA 5P87A 4HZTA 5P5CA 4Y3TA 5P2BA 5P16A 5P1VA 5P27A 2QCIA 4QJ9A 3MWSA 1QS8A 3OQFA 5P0YA 1HIVA 3OUBA 1NPAA 5KR8A 5ER1E 5P62A 5P6RA 3N3IA 5P7ZA 4LP9A 4Y3GA 5P1BA 5P2YA 4Y4EA 5P40A 3APRE 3JVWA 2G24A 3CIDA 3OTYA 1T7JA 2PQZA 3G70A 3HBOA 5P80A 2ZJLA 4Q1YA 1HHPA 2VIYA 2I4QA 1HTGA 2AOFA 3T11A 3TPPA 1YTHA 3QBFA 5P06A 4IVTA 3BXRA 3DCRA 3EM6A 4Y3HA 1HBVA 5IVTA 3AIDA 2XFIA 4PYVA 3UFNA 5P1KA 1G0VA 5OZCA 2I4DA 1KJHA 2O4LA 5P8UA 1E81E 5P15A 3NUJA 4J1KA 5BRYA 5P82A 4Y3DA 3UDMA 4Y51A 5P3JA 1RQ9A 1K2CA 1LF4A 4LL3A 1MEUA 1EPPE 5P4DA 3HZCA 1BXOA 4FRJA 5P3AA 2AVOA 2JXRA 4QGIA 1IZHA 5OYRA 5P1IA 4I1CA 2RKFA 2A1EA 3FNUA 3NR6A 2ZGAA 5P78A 1A30A 4FLGA 3DJKA 5P8TA 5P86A 1C6YA 4J0PA 1FG6C 4A4QA 4Y5BA 2UPJA 2P4JA 1MESA 3FNTA 3OY4A 1CPIA 5OYUA 5P6VA 2PWRA 5P2OA 3UDPA 5P5BA 3GGXA 4ZIPA 2FDPA 2UXZA 3I25A 1Q9PA 4Y38A 3D1YA 4FRIA 1YM4A 3K5CA 3U6AA 1ZPAA 5P8JA 3L38A 5P6GA 1HXBA 5P6BA 5P6DA 4CPWA 4H3FA 2HPFA 5P5PA 2SAMA 2OF0A 1RV7A 5P68A 3TOHA 2G1NA 3WB4A 2WJOA 4JP9A 2FIVA 5P10A 4CPRA 4WY6A 1FQ4A 2G1RA 5P6LA 5P76A 2XFKA 3LPJA 3NU6A 4YCTA 5P5LA 4FAFA 1G2KA 1ZJ7A 3GI6A 5P4HA 3QS1A 4DJXA 4R92A 5P18A 3R2FA 3DK1A 1DPJA 5P31A 5P3NA 5P1FA 2CEJA 1FMBA 5P0DA 1HRNA 3VYEA 4L1AA 5P8QA 4H3IA 3OUDB 5CONA 4LC7A 4PZXA 2WEBA 5P5QA 1FIVA 4CKUA 4DJQA 2OHRA 4QLHA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5P5N A;  5P33 A;  3KMX A;  4GJ7 A;  1A9M A;  5P2G A;  1LZQ A;  1LYB B;  3DCK A;  5OZE A;  2OHM A;  5OZA A;  3O9C A;  5P85 A;  5P2S A;  3OUD A;  4HE9 A;  4J0T A;  3C9X A;  3FIV A;  5BWY A;  2PSG A;  3NDX A;  5ENM A;  2NNK A;  5P5T A;  1BBS A;  3IVH A;  2Q15 A;  3EM4 A;  1B6J A;  3ZKM A;  5KAO A;  2NPH A;  1CMS A;  3HW1 A;  3Q4B A;  3PSY A;  3SQF A;  5P3Y A;  3SA8 A;  2QHY A;  5P5D A;  4K4R A;  4E43 A;  2QI3 A;  3OXW A;  3VF7 A;  5OZK A;  3NU3 A;  1RNE A;  2OHN A;  5P0I A;  3UHL A;  1B6K A;  4YD3 A;  5P4W A;  1N49 A;  1ER8 E;  2VS2 A;  4Y9W A;  1PPM E;  1B6P A;  2QZX A;  2VKM A;  4ZE6 A;  4NJS A;  4Z50 A;  5P55 A;  2FNS A;  5P7H A;  5OZ8 A;  5P4I A;  3SA7 A;  3L5C A;  1EC1 A;  3OUC A;  5P1L A;  4FE6 A;  4Y6M A;  5P66 A;  4J0V A;  4GB2 A;  3NXN A;  3K4V C;  1TZS A;  2NXM A;  5KQX A;  3K5F A;  2QI0 A;  2VA5 A;  1BIM A;  2P3A A;  1HWR A;  4RVI A;  1UH7 A;  4GJ5 A;  2QNP A;  5P5S A;  2ZE1 A;  2B7Z A;  3EC0 A;  4CPX A;  5P3T A;  3VYF A;  3UQX A;  4QJ6 A;  5P83 A;  2BPY A;  3BGC A;  1AXA A;  4GJB A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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