2WF1A

Human bace-1 in complex with 7-ethyl-n-((1s,2r)-2-hydroxy-3-(((3-(methyloxy)phenyl(methyl)amino)-1-(phenylmethyl)propyl)-1-methyl-3,4- dihydro-1h-(1,2,5)thiadiazepino(3,4,5-hi)indole-9-carboxamide 2,2- dioxide
Total Genus 100
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
100
sequence length
385
structure length
374
Chain Sequence
EMVDNLRGKSGQGYYVEMTVGSPPQTLNILVDTGSSNFAVGAAPHPFLHRYYQRQLSSTYRDLRKGVYVPYTQGKWEGELGTDLVSIPHGPQVTVRANIAAITESDKFFIQGSNWEGILGLAYAEIARPDDSLEPFFDSLVKQTHVPNLFSLQLCGASVGGSMIIGGIDHSLYTGSLWYTPIRREWYYEVIIVRVEINGQDLKMDCKEYNYDKSIVDSGTTNLRLPKKVFEAAVKSIKAASSTEKFPDGFWLGEQLVCWQAGTTPWNIFPVISLYLMGEVTQQSFRITILPQQYLRPVEDVATSQDDCYKFAISQSSTGTVMGAVIMEGFYVVFDRARKRIGFAVSACHVHDEFRTAAVEGPFVTLDMEDCGYN
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase
molecule keywords BETA-SECRETASE 1
publication title Second Generation of Bace-1 Inhibitors Part 2: Optimisation of the Non-Prime Side Substituent.
pubmed doi rcsb
source organism Homo sapiens
total genus 100
structure length 374
sequence length 385
ec nomenclature ec 3.4.23.46: Memapsin 2.
pdb deposition date 2009-04-02

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 2wf1A01
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 2wf1A02
3T11A 5P0TA 1XE6A 2JJIA 5KOSA 4EJLA 3URLA 1J71A 2AZCA 5P0IA 5P61A 5P20A 3VYEA 5P5NA 1HPVA 3RSVA 2FMBA 5HVPA 1LS5A 1LYBA 2QI0A 2Q55A 5C9BA 3KYRA 4YDGA 4FM8A 9HVPA 3NDUA 1DP5A 1K1UA 5P0AA 5P4GA 4NJSA 1DAZC 5ISJA 1W5YA 4EYRA 5P1GA 3PWWA 5P1TA 1XDHA 5P6TA 4LC7A 4CKUA 5P8FA 3Q70A 5P31A 5HCTA 3PI0A 3ER3E 3PBZA 3PCWA 5HU0A 1KZKA 2NMYA 4J1IA 2IKUA 3EL0A 3OUDA 2AOFA 3VYDA 3DK1A 3PBDA 5P3HA 1ZBGA 5P02A 4Z22A 2G24A 4AZYA 3OGPA 4HDBA 3T7XA 4Y5LA 3O9CA 1IDBA 2HPFA 2NXMA 5HDVA 1SIPA 2G69A 3ZPSA 3B7VA 1EC1A 4DQEA 3APPA 5P11A 4LP9A 1MPPA 4B72A 1LV1A 1GKTA 3VSXA 2FLEA 1TSQA 3INEA 3PM4A 1FQ7A 1T6GA 2Q54A 5P5VA 5OZNA 2AODA 5P1QA 1QS8A 5P40A 4QLHA 4XX3A 3KDDA 4GJ8A 1HEFE 4GZFA 3PVKA 5KOQA 1NH0A 5P73A 1FF0C 5OZ8A 5P26A 5P3BA 5SY3A 5P5EA 1WBKA 2PYNA 4EJDA 5KR1A 5OYXA 1K6PA 5OZMA 4OBKA 1HTRB 3OWNA 3SACA 5P2GA 5P3EA 1YM4A 2V16C 5P51A 1EC0A 2O4LA 4CPXA 5P0BA 5P2HA 3KT5A 2OHKA 4R8YA 5P2KA 4DFGA 5P4LA 3UDJA 4R93A 1GNMA 5P8SA 4MC9A 3S7LA 3PJ6A 2BPZA 1QRPE 2WEAA 3UDRA 2AZ8A 5P8UA 4FCOA 1LYAA 1TCWA 2Q64A 3EKYA 5P7JA 4Y5GA 5P89A 3D1YA 2WJOA 3RU1A 2AVMA 5P23A 5OZ4A 3OU4B 4J5JA 2BPYA 5P58A 2OF0A 5P7XA 3OU1A 1GVWA 3TPPA 5P0EA 5P0WA 4B78A 3QN8A 2G27A 5OZOA 4TVGA 1A30A 2BBBA 5P6PA 1YX9A 2ER0E 3TKGA 5P2FA 5P2ZA 4A6BA 4I0IA 1AM5A 5DR1A 4Q1WA 5OZAA 3KN0A 1SH9A 3RTHA 5P7RA 1HHPA 3GI4A 3PHVA 4FM6A 4KE1A 4RYGA 3O9AA 3SAAA 5P6MA 5P5QA 1HTGA 2QD8A 1PFZA 2I1AA 2V13A 4RZ1A 2Z4OA 3L5EA 3GI6A 5P6FA 4M8XA 5P7UA 3IAWA 3UDMA 4FRIA 5P6AA 2JXRA 1RV7A 1NSOA 3EL4A 2ZHUA 2OHRA 1HPOA 4Y3WA 4Y54A 3UTLA 5AH8A 1C6XA 5P22A 1XN3A 5P1BA 5P7PA 4RCFA 3U7SA 3LPKA 3T7QA 1FIVA 5P0HA 3CIDA 2FGVA 4Y44A 1W51A 4YD7A 4L7JA 5E5KA 5P82A 2A4FA 3I8WA 3Q4BA 4HDPA 1A94A 5P6YA 4FS4A 5P0PA 1XL5A 2QMPA 5P0NA 5P1JA 2AOJA 1T7KA 3LITA 2JE4A 1EBZA 5P6NA 5P7WA 2VIYA 5SY2A 4NJVA 1B11A 3PLDA 4Q1YA 3APRE 5P2TA 5P6WA 5AHBA 4F74A 4Y38A 5P8HA 3HVPA 5P16A 2QHCA 1FQ5A 1GVUA 3NU4A 2HB4A 1SBGA 5KQYA 1MVPA 1E80E 1FLHA 2BKSA 3EL5A 3K5CA 3TNEA 1EPRE 1BWAA 5DR4A 5BWYA 5OZUA 5OZ2A 4Q1NA 4ZSQA 5P6LA 3VV7A 5P5IA 4RRNA 5OZGA 1BXQA 5P49A 3UQXA 2B7FA 5P1RA 3L58A 3VFBA 5KAOA 3ZKGA 3LIZA 2BB9A 5AHCA 1IVQA 2JYSA 3S54A 3HLOA 4LAPA 1ODXA 5P78A 5P3FA 4AA8A 3TPJA 5P5XA 5P5BA 1SIVA 2OHMA 5P5HA 2QMFA 5P5ZA 1DW6C 3SA4A 3URJA 5P6UA 4OBJA 2WL0A 5P4DA 4BEKA 1HVLA 3KMXA 2R3TA 3NU5A 1C70A 3OQ7A 5AH6A 2WF2A 4DJUA 1CPIA 5OZHA 1RL8A 5P18A 3GW5A 4OD9A 1D4LA 5OZRA 5OZTA 1PSAA 5P2QA 2P8HA 2PYMA 5OZ3A 8HVPA 5P3WA 1B6LA 5SXNA 5P5CA 4Y47A 5P4JA 5P4CA 1SDVA 2OHQA 4FIVA 5P4HA 4TRWA 2XFIA 4A6CA 1EBYA 4OBZA 5P1MA 2VJ6A 4B1CA 3D3TA 1LF4A 4U8WA 5OYWA 4PHVA 4ZSRA 4IVTA 3NXNA 4ACXA 4DVFA 3L5CA 5P06A 4Y5PA 2O40A 2ZHRA 1G0VA 5OYUA 3OXCA 4B1DA 1A9MA 5P17A 5P8OA 5P6RA 2FXEA 4D88A 3OAGB 3NSHA 2WF1A 1G2KA 5TOLA 3KFPA 5P1PA 2SAMA 3O9FA 5P5WA 4NJUA 1LYWB 1EBKC 4H3JA 1Q9PA 5P2RA 2I4QA 4YCTA 5P56A 3HBOA 3PWMA 4GIDA 1IZHA 3CMSA 4NKKA 3S56A 5P68A 1QBUA 4YA8A 3U71A 2IKOA 2A1EA 2FDEA 3BUGA 5P0YA 3SABA 5P7VA 5P57A 4CP7A 5P74A 1ODWA 4D8CA 2QU2A 3KF0A 3KFSA 4Y4XA 5P2OA 1E82E 2VS2A 4F75A 5P33A 5P1FA 2PSGA 3S8IA 1D4KA 3WB4A 3H0BA 4Y43A 2ZHVA 2IDWA 4J0VA 5AH7A 5BRYA 5DPZA 1LEEA 4Y56A 5P2UA 5P88A 5P7DA 4OBHA 1QBSA 4R95A 1MT8A 5OZ5A 2R5QA 5P0LA 2BPVA 2ASIA 4Y4ZA 3UCBA 4APEA 5P5KA 2ZJJA 5P27A 5JG1A 3T3CA 4J54A 4N00A 2RSPA 4CPWA 2HB2A 2RKGA 1KJGA 2QI7A 1LZQA 5P4OA 1HWRA 5P3PA 1K6CA 4Y35A 3LNKA 5OYRA 1VIJA 5OYTA 2ZJNA 5P8PA 2R5PA 4PPHA 5P32A 5KQXA 1K2BA 5OZWA 3HZCA 2O4NA 4Y3AA 3R0YA 4APRE 4Y36A 4L1AB 5OZVA 2NNKA 3ZKSA 4Z2ZA 5P4QA 5P1AA 5ER1E 2QNPA 5P4FA 2G21A 3U6AA 3QVIA 4J1FA 4OC6A 2R3WA 2VJ7A 4DQBA 4ER1E 4X2LA 3O9LA 1FB7A 2WEDA 4Y48A 5I70A 5P48A 3ZKXA 2HS1A 3PLLA 1HVJA 5P2XA 5T4SA 3NWXA 5EZXA 4Y3NA 4RROA 4GJCA 2O4KA 3GI5A 4Z4XA 4Y3SA 1MEUA 2UY0A 3FV3A 2V11C 2VNNA 3PB5A 2VA5A 5APRE 5P4BA 2ER9E 3URIA 2HC0A 5IVQA 1SDTA 2QCIA 3ZKMA 2IEOA 1YT9A 5P0OA 2PQZA 1ZTZA 1LYWA 4R91A 3O9HA 2V10C 3WZ6A 5HDZA 1ZAPA 1M0BA 4CMSA 1HVRA 3VSWA 2R38A 1NPWA 2QI3A 5P80A 1HSIA 5P69A 1MT9A 5ENMA 2QNQA 2HIZA 4JP9A 1BAIA 2QP8A 4K4QA 4Y9WA 1A8GA 4DUSA 3O9DA 3FKTA 1HTEA 4DJQA 5P09A 3BGBA 3JW2A 5P3AA 1NPVA 5P3IA 2P3BA 2AIDA 2I4VA 3BXRA 1HXBA 4ZSMA 3S43A 4H3IA 5P79A 3IVHA 3FNTA 4PZWA 3SA7A 1UPJA 5DQCA 1EC2A 1G35A 2QU3A 2VA7A 5UPJA 5P4WA 5P81A 3T7PA 2NPHA 1KJFA 3GGXA 4FRSA 3QIHA 5P8CA 4QJ7A 5P4MA 4FE6A 1HEGE 1APWE 1F34A 4HDFA 1OHRA 1QDMA 2ZJLA 3OADA 4IVSA 1YTJA 1DIFA 1UH9A 3F9QA 1E81E 2NR6A 5P36A 5P37A 2AOIA 1HSGA 2F3FA 3UDPA 2Q11A 4Y3FA 5COOA 5P3RA 3VLAA 1AIDA 2AOHA 3SQFA 3LHGA 5HTZA 3BXSA 2AVOA 5P8BA 4HEGA 4Y58A 3ZKIA 3VYFA 4YBIA 2PH6A 3GGUA 3HW1A 3MWSA 1ZLFA 4I0FA 2BJUA 4Y39A 1OD1A 4HZTA 2FDDA 2ZGAA 3QBFA 4EP2A 5HU1A 4WY1A 1BILA 1EEDP 3OHHA 1E5OE 3DCRA 2J9JA 3MSLA 1JLDA 5OZLA 4MC1A 3OTYA 4EPJA 3R2FA 4HLAA 5P2LA 1TSUA 5DQ4A 5C9DA 2J9KA 2R43A 1G6LA 1ME6A 5P4IA 3KMYA 5I3WA 5P7ZA 5P87A 3TH9A 5P1YA 1HPXA 5P6IA 3ZKQA 1W5WA 3HVGA 3UDYA 5P6JA 4I8WA 4ER2E 5P86A 4K4PA 3SA6A 3O9EA 5P4UA 1B5FB 2ZJIA 5P4EA 1EPME 4FL8A 2BQVA 5COPA 2EWYA 5EZZA 3TOHA 1T7IA 5P0VA 3OQKA 3UFNA 2QMDA 5OZ1A 5P3SA 2P3DA 4Y6MA 5P47A 5P46A 4J1EA 3L5FA 2F80A 3HD8A 3WB5A 5P4SA 3CKPA 1MESA 1XN2A 4Y3ZA 2HS2A 3NLSA 1ZSFA 4YDFA 5P7EA 3QBHA 4Y4WA 2HPEA 2AOEA 5P4XA 5P3DA 1FEJC 4J0ZA 1EPQE 2PWRA 5ISKA 4J17A 2HAHA 1ZPKA 2QZLA 3D1XA 5OYSA 3SA9A 4OBDA 3CIBA 3LPJA 5P65A 3FSMA 4I0JA 2B8VA 5P7NA 3S7MA 4GB2A 3VCMA 5P0UA 3SLZA 5I3VA 1HVHA 4FLGA 5DR7A 2B7ZA 5P2MA 3GGVA 4FGXA 3DV5A 3SO9A 2FS4A 5I3XA 4CPTA 3OQFA 5OZPA 3H5BA 4GJBA 3DCKA 4JOOA 4H3GA 3MSJA 1ENTE 4K4RA 5OZ9A 4L6BA 2G26A 1PPME 5CONA 5P1HA 4DQFA 5OZSA 2I4UA 3O9BA 3RTNA 3I6OA 3PGIA 5P3UA 4LL3A 4J1HA 5P05A 5P0XA 1EC3A 1TZSA 4HVPA 4CPSA 1N49A 4EWOA 5P4YA 1EPLE 4Y4DA 2O4PA 3RTMA 3NUJA 3TTPA 3ST5A 3EC0A 1EBWA 5P6KA 3IXJA 1RQ9A 4LBTA 4QJ6A 2RMPA 5P4TA 5P72A 1W5VA 5AH9A 5P2DA 2IGYA 5P24A 3ZOVA 2P4JA 4J55A 3LZVA 3SKGA 4B0QA 4Y3EA 3OXXA 5P10A 5FIVA 3EM3A 4YCYA 5P3NA 4GMIA 1EPOE 5P35A 3BC4A 3OU4A 3LZYA 5P7CA 5P6OA 3D20A 4B77A 5P3MA 1GVVA 3PCZA 3VF7A 5P7OA 3C9XA 5DQ2A 5HCOA 5KR2A 3IXOA 3G72A 1SMRA 5P71A 5P2NA 4B1EA 3M9FA 4R5NA 5P08A 5P1KA 4Y5MA 5JFUA 3KM4A 2QI4A 1K1TA 1T7JA 4J1CA 2WEZA 5P0RA 2F3EA 5P2SA 3G6ZA 5P54A 5F01A 3LIQA 4KE0A 2VA6A 5F00A 5P4ZA 2IRZA 1W5XA 5P5UA 3WZ8A 4A4QA 4EXGA 4TRZA 4CPUA 3QVCA 4NPUA 5OZXA 4Y3HA 2ZYEA 2G1YA 4QGIA 1BXOA 5IS4A 1BVEA 3SPKA 5P25A 4GJ7A 3IVIA 5P45A 3TOFA 5P15A 1W6HA 4LXAA 5P7GA 2F8GA 2QI1A 3OXVA 4ZEAA 2I4XA 5P3LA 4PEPA 3OUCA 1BVGA 4B05A 1HIIA 5P3YA 2RKFA 2B60A 4HA5A 4Y57A 1BDQA 4RGHA 4XX4A 2F81A 3QPJA 1NPAA 2QMGA 1XL2A 3I2LA 5OYQA 2PC0A 3WSJA 3DV1A 5P0GA 5P7TA 5P2BA 4F73A 3FX5A 4DH6A 2R8NA 3EKQA 3LINA 5OZJA 4DJRA 1EAGA 4DPFA 3EKWA 3OHFA 1HTFA 5HDXA 3ZMGA 1MTBA 1IIQA 4YD6A 1BIMA 5P2WA 3BGCA 5P5PA 5OZ0A 3KT2A 5P19A 4AA9A 5KR8A 5P1EA 3Q6YA 4Y3RA 2PSUA 1W6IA 3A2OA 2I0DA 3SA3A 2OHLA 2OHPA 5P39A 2AVQA 1AJVA 3SM2A 4U7VA 4ER4E 1FMXA 3EL1A 4JECA 4YOBA 3L3AA 2OHTA 2QZXA 2VJ9A 4DJPA 4I0EA 3UDHA 3LZSA 4Y3YA 2QD7A 2WF3A 5OZCA 3B80A 2ER7E 2G1RA 5P6DA 3UQUA 5P8DA 2G1SA 2G94A 4Y3MA 3OUDB 3FIVA 4Y4BA 5ENKA 2IQGA 5P04A 4GJ6A 1Z1HA 1HBVA 4DJWA 5P5RA 4Y4GA 1GNOA 3S45A 2B8LA 1HXWA 5IVRA 4WY6A 4DQGA 5P01A 4Y4EA 3QRSA 5P2YA 4I0GA 5P62A 4MC6A 1B6MA 4DJOA 5P3KA 5P8NA 5OZQA 4GJAA 1D4IA 2ER6E 3UDKA 4NJTA 3QRVA 3NDXA 5P0ZA 3AIDA 4OBGA 3NUOA 5DR8A 1KJ4A 4FSEA 3NR6A 5P7FA 3PSUA 1XS7D 5P5DA 1HIVA 5P0JA 3GGAA 5P5TA 3KA2A 2ZJMA 4WTUA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3T11 A;  5P0T A;  1XE6 A;  2JJI A;  5KOS A;  4EJL A;  3URL A;  1J71 A;  2AZC A;  5P0I A;  5P61 A;  5P20 A;  3VYE A;  5P5N A;  1HPV A;  3RSV A;  2FMB A;  5HVP A;  1LS5 A;  1LYB A;  2QI0 A;  2Q55 A;  5C9B A;  3KYR A;  4YDG A;  4FM8 A;  9HVP A;  3NDU A;  1DP5 A;  1K1U A;  5P0A A;  5P4G A;  4NJS A;  1DAZ C;  5ISJ A;  1W5Y A;  4EYR A;  5P1G A;  3PWW A;  5P1T A;  1XDH A;  5P6T A;  4LC7 A;  4CKU A;  5P8F A;  3Q70 A;  5P31 A;  5HCT A;  3PI0 A;  3ER3 E;  3PBZ A;  3PCW A;  5HU0 A;  1KZK A;  2NMY A;  4J1I A;  2IKU A;  3EL0 A;  3OUD A;  2AOF A;  3VYD A;  3DK1 A;  3PBD A;  5P3H A;  1ZBG A;  5P02 A;  4Z22 A;  2G24 A;  4AZY A;  3OGP A;  4HDB A;  3T7X A;  4Y5L A;  3O9C A;  1IDB A;  2HPF A;  2NXM A;  5HDV A;  1SIP A;  2G69 A;  3ZPS A;  3B7V A;  1EC1 A;  4DQE A;  3APP A;  5P11 A;  4LP9 A;  1MPP A;  4B72 A;  1LV1 A;  1GKT A;  3VSX A;  2FLE A;  1TSQ A;  3INE A;  3PM4 A;  1FQ7 A;  1T6G A;  2Q54 A;  5P5V A;  5OZN A;  2AOD A;  5P1Q A;  1QS8 A;  5P40 A;  4QLH A;  4XX3 A;  3KDD A;  4GJ8 A;  1HEF E;  4GZF A;  3PVK A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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