2WF2A

Human bace-1 in complex with 8-ethyl-n-((1s,2r)-2-hydroxy-3-(((3-(methyloxy)phenyl)methyl)amino)-1-(phenylmethyl)propyl)-1-methyl-3,4,7, 8-tetrahydro-1h,6h-(1,2,5)thiadiazepino(5,4,3-de)quinoxaline-10- carboxamide 2,2-dioxide
Total Genus 104
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
104
sequence length
385
structure length
374
Chain Sequence
EMVDNLRGKSGQGYYVEMTVGSPPQTLNILVDTGSSNFAVGAAPHPFLHRYYQRQLSSTYRDLRKGVYVPYTQGKWEGELGTDLVSIPHGPQVTVRANIAAITESDKFFIQGSNWEGILGLAYAEIARPDDSLEPFFDSLVKQTHVPNLFSLQLCGASVGGSMIIGGIDHSLYTGSLWYTPIRREWYYEVIIVRVEINGQDLKMDCKEYNYDKSIVDSGTTNLRLPKKVFEAAVKSIKAASSTEKFPDGFWLGEQLVCWQAGTTPWNIFPVISLYLMGEVTQQSFRITILPQQYLRPVEDVATSQDDCYKFAISQSSTGTVMGAVIMEGFYVVFDRARKRIGFAVSACHVHDEFRTAAVEGPFVTLDMEDCGYN
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase
molecule keywords BETA-SECRETASE 1
publication title Second Generation of Bace-1 Inhibitors Part 2: Optimisation of the Non-Prime Side Substituent.
pubmed doi rcsb
source organism Homo sapiens
total genus 104
structure length 374
sequence length 385
ec nomenclature ec 3.4.23.46: Memapsin 2.
pdb deposition date 2009-04-02

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 2wf2A01
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 2wf2A02
3VFAA 2QNQA 4J54A 5P6PA 4Y35A 3ZKIA 4GJCA 5P7KA 1B6JA 5KOSA 2VIEA 2VIJA 4QJAA 1M4HA 5P8VA 3SA3A 1EPPE 4EQ0A 5AH7A 1FQ4A 4R5NA 5JG1A 4GJ7A 3U6AA 2WEBA 4RVJA 1M43A 1D4SA 3SA9A 5P4EA 4K8SA 1F34A 3QVIA 5P86A 3PBZA 3UCBA 1HXWA 4X7IA 4FSEA 3UF3A 5COOA 5P8KA 2HPFA 4QLHA 1ER8E 4ER1E 3FNSA 4RCFA 5P2LA 1LV1A 2OAHA 5P3VA 1SMEA 3IXJA 5P24A 4I10A 3INDA 3OTYA 1SP5A 4NJUA 5P70A 3PRSA 2NNKA 1ODWA 5P4YA 5P56A 5KAOA 5P0XA 5P4RA 5OYTA 4FSLA 3OGQA 3EL1A 5P83A 1OD1A 1HRNA 4LXKA 3SA7A 5P8UA 4Y4EA 4TRYA 5OZ2A 2P3AA 3KM4A 5P55A 3R4BA 4Y3EA 3OXXA 3KYRA 1KJGA 1EC3A 4QJ6A 1HVCA 5CONA 5ER1E 2QCIA 1G35A 3NU9A 1A9MA 1J71A 5P1SA 5F00A 5HD0A 1KJ4A 3GI6A 4Y5KA 3URLA 2PC0A 3OQ7A 5DQCA 5P2FA 5P3TA 5P49A 3OUDB 4NJVA 2O4PA 3LHGA 5P0MA 1RQ9A 2I4VA 5OYQA 1LYAB 1SDTA 3OTSA 4Y41A 5P1FA 1LYWA 3MWSA 1TCWA 5P0FA 3O9AA 3LINA 5P02A 1SMRA 4Y3MA 2AODA 5P8HA 1RL8A 2B8VA 3N3IA 4YCKA 5P73A 3ZPSA 5OZKA 4TRZA 4R95A 5ISJA 5P76A 4D89A 1K6VA 5P6TA 3HVPA 3CMSA 1EPLE 5SY3A 3Q5HA 7HVPA 1HVJA 4Y3GA 5P2GA 4TVHA 3PSUA 5P0KA 5P0BA 4Y56A 2R9BA 1MEUA 2WEZA 4J0TA 1MRWA 5IS4A 5P80A 5P88A 1W51A 2ER0E 5P23A 1GNOA 5P3FA 3TPJA 4Y3PA 4DUSA 4RCDA 4EXGA 4GJ6A 5OZEA 5CLMA 3NDUA 4I11A 3RSVA 1TQFA 5P7LA 4Y4TA 3SO9A 3SLZA 5UPJA 4J55A 2G24A 5BWYA 1RPIA 2QP8A 2HB2A 2WF1A 4H3FA 5P3GA 2PYMA 3B7VA 1ZPKA 5P4BA 2ZHSA 5P0DA 5DR0A 1MIQA 5P0IA 5DGWA 5P0SA 5P87A 3PMUA 4RLDA 3VFBA 3TPPA 4Y3FA 4LP9A 5P7TA 1SBGA 4B77A 5P6GA 3FNUA 4I8WA 5P0ZA 5P71A 1FQ5A 3DCKA 2QU3A 2R8NA 2HS2A 1AM5A 1GVVA 5HE4A 2JJJA 1BVEA 4CPTA 3VV7A 1HEFE 3LZVA 4RZ1A 1PSNA 2IRZA 4GIDA 1DPJA 5P65A 3OQAA 3SAAA 5OZ3A 5P34A 3PCZA 5P5MA 2QMPA 2QI6A 1D4KA 3L58A 4Z4XA 4DQFA 5OZ6A 5P2VA 1HTGA 2RMPA 5OZ4A 1XDHA 3GGAA 1SH9A 5P4DA 3OOTA 2NXDA 1NSOA 5P3JA 3D3TA 4M8XA 5P2AA 1QRPE 2Z54A 1BV9A 3VF7A 3Q70A 5P5HA 3UDNA 3U71A 5P5OA 2NNPA 3R2FA 2XFJA 4BELA 2XFKA 2AVSA 2ER7E 3OU3A 1PPLE 2EWYA 4Y43A 4PYVA 3K5CA 5P84A 4BFDA 5P6DA 1FMXA 3UDQA 5P7PA 4QJ2A 1Z1HA 5P1BA 5P7RA 1BXQA 5OZCA 1AXAA 5P7MA 9HVPA 5F01A 1IBQA 2VA7A 5P1PA 2AOCA 3OUDA 2V16C 2XYFA 3NR6A 3EKWA 4F74A 5HU1A 5DQ4A 4YHQA 5P6NA 1T7KA 3NSHA 4JOOA 5C9FA 5DPZA 2XYEA 5P1AA 5P1KA 5P1IA 1SIVA 4K4RA 4Y3QA 3NWQA 5DQ5A 5C9DA 5P30A 2OHLA 5OYXA 2WKZA 5P1ZA 2QNNA 1UH7A 3TKGA 4Q1WA 3OXCA 4Y57A 2I4XA 2R3WA 3BUHA 4RGHA 1FQ6A 5OZXA 2V0ZC 3UQXA 5KQXA 5P32A 5P6BA 3BC4A 2OF0A 5OZNA 5P3PA 4DV9A 5P8RA 3VLAA 5P0YA 1FQ8A 3ZOVA 2VJ9A 1KZKA 3JW2A 3SKGA 4EJDA 4IVSA 5P2NA 4B05A 3UDMA 2J9JB 3HD8A 5OZ7A 1IZDA 2FS4A 5P1MA 3EM6A 3BGBA 2IGYA 5HE5A 2ZJHA 3DV1A 5P5WA 4EWOA 1FMBA 3L3AA 5P08A 2PWRA 5P3DA 4GB2A 5P0GA 3T6IA 5KQYA 2VJ7A 3UQPA 1MTRA 5P2OA 3URJA 2IQGA 5P7OA 5P3RA 2OHQA 4UPJA 5KR0A 3T7PA 5P3ZA 1GVTA 3S85A 3PEPA 4AZYA 1NH0A 1EPRE 4Y38A 2FGVA 5P4AA 2OHTA 2QZXA 3QRSA 4ZSMA 1YTHA 5P8MA 4I0GA 4KB9A 2VS2A 3OUCA 1YM2A 1T6EX 5P26A 4J1HA 3OAGB 4HE9A 2Q54A 5P7YA 5TOLA 5FIVA 2ZGAA 1YTGA 3URIA 5P51A 1QBTA 4APEA 2UXZA 1TW7A 3EXOA 4B1DA 2I4QA 5P5RA 1E82E 3BUGA 1YTJA 1HVIA 3O9IA 4EYRA 4JPCA 1QBUA 2XFIA 1B6PA 1HIHA 4J0YA 1W6IA 2G20A 3JVYA 1NPWA 1MUIA 4Y3AA 3PVKA 4JP9A 5P3SA 5P19A 5P54A 2AVMA 5P7EA 3FKTA 5P6EA 2FDPA 2B7ZA 4Y4XA 3D1XA 2WF2A 4OBJA 2Q3KA 2G27A 1D4IA 3EL9A 1QS8A 3PWMA 5OZJA 3LIVA 4OBGA 1OHRA 5P27A 4K9HA 5P6JA 4Y3RA 5P4XA 5OYSA 4U7VA 5DR7A 1HVKA 4OBFA 1DW6C 1ZSRA 2VNNA 5P7SA 5HCOA 1META 5P4JA 3NU5A 3NLSA 2P3CA 4GMIA 4GJDA 5P5TA 5P4QA 5P3KA 2SAMA 2CEMA 2I0AA 3QBHA 5P6MA 2NMZA 4CPWA 4N00A 5HDXA 4LBTA 4EJ8A 4LHHA 1K6CA 1KJFA 2FDDA 2QK5A 2AVVA 5P5CA 3S45A 4OC6A 4CMSA 5P29A 1HPOA 5P01A 4APRE 2QMFA 2ZE1A 2WEAA 2ZHTA 1DIFA 1LEEA 5SY2A 3IAWA 1APUE 2OHNA 3NU3A 5BRYA 5P63A 5P0HA 3O9FA 2R5PA 1IVQA 1HPSA 5IE1A 5P7CA 3VF3A 1HWRA 2QD7A 3ZKGA 3OHFA 3I25A 4Y3NA 1A8GA 2J9KA 2G1SA 2G26A 3WZ7A 3Q4BA 5P72A 2B60A 4EJLA 1IVPA 3BUFA 2B42A 1AVFA 1AIDA 1FG6C 3IN4A 5P7ZA 1HOSA 3IA9A 3O99A 3ZPUA 5P7BA 3INEA 3TPLA 1KJHA 3SFCA 4Q1XA 3CIDA 5OYUA 1NPAA 5AH6A 2ZJNA 1GVXA 2ER6E 4HVPA 5P5LA 3HAUA 5P2ZA 2R43A 4CPSA 5P62A 2FNTA 5P0VA 1EPQE 5P1HA 3HAWA 3QRMA 4YD6A 3TL9A 2QAKA 5P0WA 3VV6A 5P0RA 4Z2ZA 1PSOE 4Y3TA 3GI0A 5P3CA 4WTUA 5P7XA 3S2OA 1W5YA 5P8DA 4EP2A 5P31A 1LZQA 3UDHA 2IKOA 5P2YA 3U7SA 5SXNA 1HIVA 4Y44A 3EKPA 3Q3TA 5COKA 2QI3A 5P57A 3RTHA 5P2XA 5P6QA 4RVXA 4Y58A 5OZ9A 4DPFA 5P42A 3T3CA 2BPVA 3LNKA 1E81E 3UDPA 1MVPA 4Y5NA 5OZOA 3NXNA 1FG8C 3APRE 4AA9A 1JLDA 5IVSA 1AAQA 1ODYA 4HDPA 1EPNE 2ZDZA 4DJOA 5OZ5A 3DCRA 1GKTA 5P1OA 4J0VA 5P35A 4Y5PA 5P1NA 4AMTA 2Z4OA 3WSJA 3ZL7A 4M8YA 3DK1A 1APWE 4FRJA 3K4VC 3DOXA 2QHCA 3SM2A 2P4JA 4Y5AA 3ER3E 4Y3JA 5P2MA 4R8YA 5OZ1A 2G1OA 3PI5A 1HTEA 3M9FA 3QN8A 4Y3DA 2NXLA 5P39A 3LIXA 3UQRA 4Y53A 4CKUA 2ZJKA 1Q9PA 5P53A 3S7LA 5P43A 5P8QA 4PHVA 4YE3A 2FMBA 4R91A 4B1CA 1T3RA 3KMXA 3PM4A 3K4VA 3EM4A 4COEA 3AUPA 3PHVA 1G0VA 3OHHA 1G2KA 1HTRB 2UPJA 1LF4A 3KF0A 4LXAA 2AQUA 5KR8A 3INHA 3L5EA 3PBDA 1MRXA 1IDBA 2JJIA 3UTLA 2AZ8A 5P52A 5P3QA 3I2LA 1K6PA 2PSVA 3DV5A 4R92A 3L59A 5P0JA 3SM1A 5P2BA 5P15A 2Q5KA 2V13A 4D83A 2OHKA 1K1UA 3HDKA 1UH8A 4YD7A 3ZLQA 3PB5A 3JVWA 1BVGA 4YD3A 5P4CA 3O9EA 5P8PA 3ER5E 5IVQA 2ZYEA 3SA6A 4Y5MA 5I70A 5P5GA 4LC7A 1ME6A 2HS1A 2G21A 1HEGE 3KFPA 4Y3XA 5OZPA 2AOGA 3IN3A 1EBYA 3PMYA 3FX5A 5P5XA 4E43A 2ER9E 2BKTA 3MSJA 2Q15A 5P8OA 1HHPA 4FIVA 6APRE 2VA6A 4FAFA 3ZKXA 1MT8A 1PFZA 4CPRA 2HB4A 5P6YA 5P3WA 2Q64A 1YG9A 3QIHA 5T4SA 4D8CA 4F73A 5AH8A 4EQJA 5P3NA 3GW5A 4A6BA 3SKFA 3O9GA 5OZIA 4L7JA 4HLAA 1FFFC 5HDUA 3INFA 5P5PA 4DFGA 4RRSA 5P4GA 2AZBA 4J0ZA 3H0BA 4Y3SA 3CKPA 4CP7A 4H3IA 1IZHA 3OU1B 1AJXA 4Y5CA 2FLEA 1B11A 3NXEA 5AHBA 3PWRA 5P0TA 3NU4A 1ODXA 3SABA 5P2EA 4B70A 5P36A 5P6ZA 5P59A 4ZSPA 3Q6YA 4YOBA 3PI0A 3QPJA 4Y47A 5P47A 5P4ZA 5DR1A 2VKMA 5BS4A 5DGUA 3O9CA 1DAZC 2G1YA 3T7XA 4DQHA 2ZJMA 5P6KA 5P1VA 4L7GA 4NJTA 5P3IA 3UDKA 4FAEA 3VYFA 4I0ZA 2ZJJA 2QZLA 3L5DA 3EKQA 3DJKA 2IS0A 4I12A 3OOZA 2VA5A 5COPA 2FXDA 3O9BA 5OZDA 5P25A 2HIZA 2O40A 3KFRA 2JE4A 3VLBA 5P5EA 1BILA 2HAHA 4Y54A 1F7AA 2G94A 1W50A 3VEUA 2I0DA 2OHUA 3T7QA 5P8NA 3GGXA 5P45A 7UPJA 3MXEA 4QGIA 5P4SA 4KE1A 3EM3A 4A6CA 5P5VA 1AZ5A 3EKXA 1ZAPA 4J1IA 5P0PA 2Q11A 4U8WA 3NUOA 3PJ6A 1LYAA 4EHCA 3OU4B 1QBRA 1BBSA 1TZSA 3FV3A 5P2UA 5OZGA 1RNEA 4CPXA 2I4WA 1ZP8A 5P0OA 2NR6A 3SA5A 2WF4A 1KJ7A 4ACUA 2IDWA 2RSPA 5OZWA 5KOQA 5DQ2A 4DQEA 4NPUA 5OYVA 5P2KA 3NUJA 4Q1YA 4FM6A 5P3BA 1RV7A 1HVLA 2QZKA 2PQZA 3KFSA 1LF3A 5P6SA 5P4WA 3R0WA 5P82A 4MC2A 4Y6MA 4GJAA 1FLHA 1T7IA 5P60A 5P41A 5P28A 2IENA 1TSUA 4Y4JA 1BDRA 3O9LB 4EP3A 3TOHA 3UQUA 4FLGA 4Y5EA 5P6HA 2ZHUA 3PLDA 5P38A 3TPRA 3NU6A 5SZ9A 2F8GA 3HVGA 5P4LA 4OD9B 4KE0A 5P48A 5P1EA 4FM7A 2AOJA 3VCMA 2VIZA 4DI2A 4I0JA 4Z50A 4Y3YA 2B7FA 4J1EA 3KMYA 2ZHRA 5OYYA 3K1WA 5P6OA 4DQCA 1PPKE 4OBZB 1QBSA 3S7MA 2NPHA 5P79A 1MT9A 4YBFA 3KT2A 3UDJA 4YA8A 1GVUA 4D88A 1FQXA 5P69A 1C6ZA 2AVOA 2PWCA 1BWBA 4OBHA 3D1YA 4RYGA 5P20A 4PZWA 5P1WA 2WJOA 1AJVA 5P8TA 2F3KA 3VG1A 2AZ9A 3WZ6A 3FSMA 3EL0A 3L38A 5P50A 4Y3HA 4DJUA 1EC2A 3NDTA 3OU1A 1C70A 2AOFA 3UPJA 2QI0A 3D1ZA 3HW1A 5P6CA 2FXEA 3UFLA 5OYRA 4B78A 5I3WA 5HE7A 3UFNA 3SQFA 5P75A 4DJQA 1FMUA 3VV8A 4GJ8A 1XS7D 1MSNA 5P8AA 5P1GA 5HDZA 2UY0A 4Y45A 4L7HA 1APVE 4ER2E 5P7VA 2NMYA 2BKSA 4J1CA 2F81A 5P00A 4Y5GA 3QBFA 3I7EA 4BEKA 4F75A 5OZZA 3PCWA 2F3FA 5P33A 4LXMA 4FE6A 3R1GB 2R5QA 1DMPA 3NYGA 5P40A 1SGUA 4KUPA 2O4KA 5ENKA 5P6RA 2PK5A 4NPTA 1BDQA 1YT9A 4XX3A 1W5WA 5P18A 5P12A 3LPKA 5OZUA 1N49A 1IDAA 1WKRA 2BJUA 2Q63A 3N4LA 2QI4A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3VFA A;  2QNQ A;  4J54 A;  5P6P A;  4Y35 A;  3ZKI A;  4GJC A;  5P7K A;  1B6J A;  5KOS A;  2VIE A;  2VIJ A;  4QJA A;  1M4H A;  5P8V A;  3SA3 A;  1EPP E;  4EQ0 A;  5AH7 A;  1FQ4 A;  4R5N A;  5JG1 A;  4GJ7 A;  3U6A A;  2WEB A;  4RVJ A;  1M43 A;  1D4S A;  3SA9 A;  5P4E A;  4K8S A;  1F34 A;  3QVI A;  5P86 A;  3PBZ A;  3UCB A;  1HXW A;  4X7I A;  4FSE A;  3UF3 A;  5COO A;  5P8K A;  2HPF A;  4QLH A;  1ER8 E;  4ER1 E;  3FNS A;  4RCF A;  5P2L A;  1LV1 A;  2OAH A;  5P3V A;  1SME A;  3IXJ A;  5P24 A;  4I10 A;  3IND A;  3OTY A;  1SP5 A;  4NJU A;  5P70 A;  3PRS A;  2NNK A;  1ODW A;  5P4Y A;  5P56 A;  5KAO A;  5P0X A;  5P4R A;  5OYT A;  4FSL A;  3OGQ A;  3EL1 A;  5P83 A;  1OD1 A;  1HRN A;  4LXK A;  3SA7 A;  5P8U A;  4Y4E A;  4TRY A;  5OZ2 A;  2P3A A;  3KM4 A;  5P55 A;  3R4B A;  4Y3E A;  3OXX A;  3KYR A;  1KJG A;  1EC3 A;  4QJ6 A;  1HVC A;  5CON A;  5ER1 E;  2QCI A;  1G35 A;  3NU9 A;  1A9M A;  1J71 A;  5P1S A;  5F00 A;  5HD0 A;  1KJ4 A;  3GI6 A;  4Y5K A;  3URL A;  2PC0 A;  3OQ7 A;  5DQC A;  5P2F A;  5P3T A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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