The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
37
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sequence length |
120
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structure length |
120
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Chain Sequence |
b'ASHMQRIAVTAEGPGLDGLVDPRFGRAAGFVVVDAATMAAEYVDNGASQTLSHGAGINAAQVLAKSGAGVLLTGYVGPKAFQALQAAGIKVGQDLEGLTVRQAVQRFLDGQVPMAAGPNK'
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
High Resolution Crystal Structure of the Apo Form of the Orange Protein (Apo-Orp) from Desulfovibrio Gigas
rcsb |
| molecule keywords |
PUTATIVE UNCHARACTERIZED PROTEIN ORP
|
| source organism |
Desulfovibrio gigas
|
| molecule tags |
Biosynthetic protein
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| total genus |
37
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| structure length |
120
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| sequence length |
120
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2009-04-03 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF02579 | Nitro_FeMo-Co | Dinitrogenase iron-molybdenum cofactor |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Nucleotidyltransferase; domain 5 | Nucleotidyltransferase; domain 5 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1RDU A; 2WFB A; 2KLA A; 1T3V A; 1EO1 A; 1P90 A; 2QTD A; 1O13 A; 2YX6 A; 2RE2 A; #chains in the Genus database with same CATH topology 4BRI A; 4B3O A; 1TYQ A; 2HHV A; 4O5B A; 3NF6 A; 4EHT A; 4YOU A; 3BF1 A; 1ZBS A; 3SCX A; 4J2D A; 2P9P B; 4CD1 A; 4O8K A; 2Z1J A; 4DV4 K; 2W40 A; 2PBD A; 5C2D A; 3CD6 N; 4JI7 K; 3GL1 A; 2F4V K; 2CH6 A; 2E20 A; 1RT6 A; 2YNI A; 2OPP A; 4CBX A; 4CEF A; 2FSJ A; 3C7N A; 1RTJ A; 1VRU A; 1UOC A; 4KKO A; 4CZE A; 4EZ9 A; 4JKH A; 2FXU A; 2HW3 A; 3AVG A; 3T3F A; 4CHN A; 1HJR A; 1BI4 A; 1JXE A; 1VQ8 N; 1RDW X; 2A40 A; 3E1Y A; 4DS5 A; 1S1X A; 3NF9 A; 3K0S A; 3O9T A; 4GKK K; 1IKW A; 2VWB A; 3HSC A; 4E7L A; 4RG8 A; 2G8V A; 1HNZ K; 3VQE A; 4O5F A; 4DV7 K; 4ELV A; 4CF8 A; 2GBZ A; 3T1Y K; 3PLA A; 4PHT X; 2O4I A; 4FJN A; 1R59 O; 2OAN A; 3CQ8 A; 4YOW A; 4RW9 A; 3AVJ A; 3SUO A; 1GLC G; 3AVM A; 2D0C A; 2QWQ A; 4CJ7 A; 4CHQ A; 3U6F A; 4BC3 A; 1IBK K; 3UE5 A; 2WUS A; 4FJK A; 1E3M A; 1RDB A; 2E1Y A; 4KHP K; 1H1V A; 1VQ7 N; 5DMR A; 3SQ1 A; 2W6L A; 2KTQ A; 3O4N A; 4JKG B; 4K0K K; 4LD0 A; 2X78 A; 4ZTJ A; 1JLA A; 1JLQ A; 2D0B A; 5C12 A; 3AO5 A; 4BQL A; 1Q9X A; 3O5B A; 5GAG P; 4BRD A; 4DTM A; 3HO1 A; 2O8E B; 4PKH A; 1KAY A; 3SPZ A; 3AA2 A; 2KQ2 A; 5M1P A; 4IFE A; 5J1E A; 2WOM A; 3TAM A; 5C10 A; 4FK0 A; 1K8K B; 1QTM A; 3J7Y P; 1SZ2 A; 3LPT A; 1HYZ A; 3J7Z O; 4OPK A; 4BR2 A; 4K41 A; 4DQR A; 5AZI B; 2OPQ A; 3SK3 A; 1XUP O; 4BR9 A; 2O8F B; 2P9S A; 5AQT A; 4LH5 A; 4AHS A; 2QWO A; 3TPQ A; 2HHW A; 3NVM A; 1CLQ A; 4AHR A; 1RGI A; 4OO1 J; 2VG7 A; 1T7P A; 2HB5 A; 5KPZ A; 3KD1 E; 1S1W A; 4DFJ A; 1IBL K; 3V9S A; 4FJ8 A; 1WUA A; 4DQ8 A; 2G8F A; 4CIE A; 3HVR A; 3H45 C; 3SJJ A; 3NHG A; 5J2P A; 1HLU A; 1C0G A; 3VQ8 A; 4PKG A; 4BRA A; 3M5R A; 3CIP A; 3HYF A; 4FJ7 A; 4NCB A; 2QWN A; 5CZ2 A; 3LAL A; 4FWK A; 4DV1 K; 3THY A; 3K59 A; 3ISN C; 4DU1 A; 4DTX A; 1V4S A; 1U2V B; 2IVP A; 4B3S K; 3EO3 A; 3QBW A; 1ZC6 A; 1MA9 B; 1Z25 A; 1VSH A; 5HRR A; 3GG4 A; 1KVB A; 1HKB A; 3EY1 A; 2D1K A; 4H4O A; 2HBM A; 4B9Q A; 4FWM A; 3U9D A; 3T69 A; 3VF6 A; 2KFZ A; 4LFC K; 3J8A A; 3D2F A; 4OLA A; 1T44 A; 1X3M A; 3LP0 A; 5LJW A; 2ZQB A; 4CE9 A; 4E1N A; 4UQG A; 1GLA G; 4CGH A; 4HTL A; 1VSJ A; 4CEC A; 4CHO A; 2G8U A; 2F9T A; 3A0I X; 1UAX A; 1EP4 A; 3SQ4 A; 3RRH A; 2HBK A; 3P4I A; 4XH4 A; 4CJE A; 4N5S A; 3A8Y A; 3QIP A; 1GLL O; 4H5T A; 2O8D A; 3S3N A; 2I5J A; 3K5L A; 3VQ4 A; 5F1X A; 4K8X A; 4CEE A; 4IDH A; 4LSL A; 4BVP A; 4FK4 A; 1XMO K; 1C0M A; 4CJS A; 1GOB A; 3WXI A; 3R1X A; 1JLE A; 1QHT A; 3BDP A; 2OZS A; 5AFU A; 2P9L B; 3KKS A; 3NGY A; 4FW1 A; 1NBW A; 1KFS A; 4FSV A; 1E4G T; 1W0H A; 5AR0 A; 1DLO A; 1TAU A; 4RWT A; 3H6E A; 1RT3 A; 3DLL L; 3AVB A; 2QI2 A; 3KLF A; 1Q86 O; 4L8R B; 2WON A; 3CC4 N; 1QSL A; 2KW4 A; 1UA0 A; 4F3T A; 1IG9 A; 4C23 A; 2QXL A; 2HST A; 4RW8 A; 3RVC A; 3M8P A; 1NOY A; 4AHU A; 5JVG L; 1NK4 A; 3C7N B; 2QTD A; 3TTC A; 3K9K A; 3ZT3 A; 1ASU A; 5AQV A; 3L4I A; 4O44 A; 5ADX H; 2KLA A; 4DR3 K; 1L3U A; 3SZ2 A; 4DTS A; 1MU2 A; 1S9E A; 2QA4 N; 4R5P A; 4CFB A; 4BY9 C; 4JD2 B; 4RCH A; 3ZET A; 5AZJ B; 3O4Q A; 4L3Q A; 3WNE A; 3O08 A; 3OYI A; 4Z4G A; 2HHQ A; 3NE6 A; 2UXB K; 4FO0 A; 1RT2 A; 5AQI A; 4M3R A; 4BVO A; 4EHU A; 1VAZ A; 1DT9 A; 4AHT A; 1HQE A; 1YJ9 N; 4CZJ A; 3CJC A; 2GUI A; 3MCA B; 3H3N O; 4CJP A; 3QNO A; 4PQU A; 4CF0 A; 3VQ6 A; 3CQY A; 1S6Q A; 3O80 A; 3S3O A; 1WSE A; 1OH7 A; 4FCY A; 1OKJ A; 4AF1 A; 1HR0 K; 3AY9 A; 5HLF A; 5HBM A; 3VQC A; 5LMU K; 1JLG A; 1WN7 A; 3JS6 A; 1J54 A; 3D7E O; 5EVZ A; 2VYP A; 3G0Z A; 3RTV A; 3V6D A; 1TUU A; 3M3Z A; 4BDP A; 5AQQ A; 3O9Q A; 4F9O A; 3T1H K; 2YKN A; 3L2W A; 3KVG A; 3P39 A; 3DXM A; 3VOV A; 1J5E K; 4IO8 A; 3LWM A; 4IOX A; 3B6O A; 3VQ9 A; 3Q7B A; 4KRE A; 1N34 K; 4GY2 B; 4NXN K; 4YY3 K; 3G6E N; 4O4G A; 4YOX A; 2UYT A; 3B8A X; 2OZM A; 3NAE A; 3V9Z A; 1X9J A; 4QS9 A; 3P5J A; 2I7N A; 2HHU A; 2P9U B; 3OYA A; 2WFB A; 4JS4 A; 3GDQ A; 3PSF A; 2DFF A; 5AQN A; 3VGK A; 4B3T K; 3UIQ A; 1QSY A; 2A41 A; 4H0P A; 5DK5 A; 3ID6 A; 1QZ5 A; 3D0P A; 3HT3 A; 3TAE A; 2Z1I A; 5JLH A; 4M3Z A; 5K14 A; 2OYQ A; 4ID1 A; 1LAV A; 1KLN A; 1BQM A; 3ENH A; 2Y1I A; 4LF7 K; 4BRF A; 5AQR A; 1VQ5 N; 4HCB A; 4ELU A; 1EX4 A; 3A5M C; 1NJZ A; 5EU7 A; 3THY B; 1IKV A; 1C0U A; 4ILH A; 4EP4 A; 1KXP A; 3QML A; 3QEI A; 3G71 N; 2A1R A; 1KC8 O; 3ZSV A; 3C6H A; 3EEQ A; 4DV6 K; 3SUP A; 3TTF A; 2V51 B; 2PZS A; 4CIF A; 3LM2 A; 3K5N A; 3PSI A; 4FL9 A; 3VES A; 1BIZ A; 3GE1 A; 1DTQ A; 4CJT A; 1QQC A; 2Z1H A; 1TK8 A; 3VQA A; 4FZX C; 3PIO L; 3KD5 E; 3OYM A; 2A1S A; 1Q82 O; 3DLK A; 4H0O A; 4CER A; 4JV5 K; 3KLG A; 1KD1 O; 5GIP A; 3ZSO A; 1CXQ A; 4DLE A; 3VF4 A; 4CFA A; 2H3G X; 3C94 A; 2O8D B; 4PUO A; 3SUQ A; 1WSG A; 1OH8 A; 3EE8 A; 1RT5 A; 2XRI A; 3FGU A; 2VQE K; 1RBT A; 4DSF A; 4CFC A; 5AQL A; 4OGC A; 1E4F T; 4E7H A; 1JXB A; 2NRX A; 1VQN N; 2D0O A; 2FF6 A; 4DSL A; 1REV A; 3UB5 A; 2RHK A; 3DOL A; 4A5B A; 4Y0W A; 4N76 A; 4CEA A; 2RE2 A; 1WOQ A; 4YDU A; 3ULE B; 2GWJ A; 2HF3 A; 2Q0R A; 1D9F A; 3NCI A; 3ZX0 A; 1BDG A; 2VWJ A; 3L4Q A; 3HPG A; 4EIA A; 1NGD A; 3NVK A; 5KRS A; 3LAM A; 2CGK A; 4BWJ A; 3P38 A; 3J81 O; 2IVO A; 1HYS A; 4YOR A; 2R7Y A; 3O9S A; 3NMU A; 1SAZ A; 1VSF A; 4B9N A; 5KPT A; 4ILG B; 3C65 A; 3TI0 A; 1IO2 A; 3H1V X; 3TSP A; 4RW6 A; 4FWS A; 4WYB A; 2I7P A; 4Y1C A; 1D8Y A; 4IG0 A; 1VSM A; 2HBL A; 3DRS A; 4GV9 A; 3WNH A; 3OYE A; 4CJR A; 3QBX A; 3J80 O; 3AGR A; 1BL3 A; 2JWK A; 4DTJ A; 2YHX A; 1LWE A; 4LSN A; 5J2M A; 3TAP A; 4BRL A; 4CVN E; 3HJF A; 2F96 A; 5KGX A; 3NH0 A; 4IJN A; 3OYG A; 4HVJ A; 3OS0 A; 5GAH P; 1C0T A; 3WXM B; 1YJN N; 2QKK A; 3CMA N; 2V7Y A; 1S22 A; 1QSS A; 5JMV A; 4DQI A; 2IS3 A; 4BR7 A; 1W2B M; 2P9K B; 4CZH A; 4CFD A; 4CZK A; 5T7B A; 3LPU A; 3A2F A; 3KTQ A; 2HVH A; 5TKW A; 3CCJ N; 4I9Q A; 1RBR A; 4CGJ A; 2BTF A; 1SQK A; 3BP8 A; 3LAN A; 2YNG A; 3CC7 N; 4MO5 A; 3FZK A; 3HP6 A; 1S6P A; 5M1O A; 2F9W A; 4CIG A; 2V7Z A; 1VSE A; 4M45 A; 4BRC A; 4JK8 A; 3VTH A; 4ISF A; 5KPR A; 3T19 A; 3VGL A; 5KQD A; 3TTD A; 3QEX A; 4Q5V A; 4DU3 A; 3L3V A; 1U47 A; 3C95 A; 5EY4 A; 1J6Z A; 5ADX A; 2RN2 A; 3S41 A; 3M8Q A; 4NYN A; 4CZI A; 3QFP A; 3QER A; 2OCE A; 4B9V A; 4J2B A; 4DQQ A; 3ENB A; 1KVA A; 1NK9 A; 4KH4 A; 3E66 A; 2YCH A; 4Z0U A; 2BE2 A; 3KKR A; 1Y64 A; 3MWT A; 4NLC A; 4EAH D; 3SNN A; 3FLC O; 1JL2 A; 3RR7 A; 4XEI A; 3UKR B; 3OTO K; 3ZEU A; 3OYH A; 2QWP A; 4CJ5 A; 2ZE2 A; 3CER A; 4E1J A; 4DF8 A; 3P83 D; 4B3R K; 1NKC A; 1RDU A; 1W7A A; 3SYZ A; 4Q0B A; 4HUE A; 1Z26 A; 2YX6 A; 1Q81 O; 4B08 A; 3LDO A; 4FJ5 A; 2ASO A; 3WNG A; 4W5R A; 4JHD B; 3VQ5 A; 3CCE N; 3SAH A; 3L3U A; 4RW7 A; 3F73 A; 4JI2 K; 1RBV A; 2UUB K; 1UA1 A; 1QVG M; 4JI1 K; 4DTP A; 5DM6 L; 1XNQ K; 1S72 N; 4OX9 K; 3CPW M; 3AGK A; 1MWK A; 3DLG A; 2OTL N; 1HNX K; 1BHL A; 3C6U A; 3DWL A; 4QS8 A; 5F2R A; 2KZZ A; 4IOC L; 4JKE A; 1WAJ A; 4H0V B; 5GAE P; 1WSF A; 4MLH A; 1CZ9 A; 5KRT A; 1D4X A; 3KJV A; 1I94 K; 1XHX A; 3HM8 A; 3U9Z A; 1NJI O; 4CJW A; 2FBY A; 2NRR A; 1RT4 A; 2O8B B; 4FYD A; 2FBV A; 4CK2 A; 5CE3 A; 1RDA A; 3WNF A; 1BUP A; 3R8E A; 4BGA A; 1NOZ A; 4YOT A; 2HHH K; 3R3L A; 4CHZ A; 1QS4 A; 2Q97 A; 1J5O A; 1S1T A; 2BUP A; 3FR0 A; 2X6S A; 3U4L A; 3HRG A; 4KFB A; 3BGR A; 1IKX A; 2ASM A; 2IIR A; 2Q36 A; 4H0X B; 3MEC A; 4FLY A; 3RRG A; 1Q8I A; 1HNV A; 4AH9 A; 1ZBF A; 5C0Y A; 4E89 A; 2NRV A; 2GV9 A; 1NGH A; 1NGA A; 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3D2E B; 2HHX A; 3LP2 A; 4FM1 A; 4FVU A; 4IBN A; 4N56 A; 2E2P A; 2Q0U A; 1JLB A; 3O9U A; 2G8W A; 1ZYQ A; 4E7J A; 5FRM A; 2VWK A; 4CEQ A; 4MDB A; 4CEZ A; 1TYQ B; 1XWL A; 3U3Y A; 1YJW N; 1NK5 A; 1U6Z A; 2NRW A; 2P5G A; 3J7A P; 2P51 A; 3AAR A; 3HVT A; 3CC2 N; 4O0I A; 1TL1 A; 3TWH A; 3TU5 A; 3L2Q A; 1N8R O; 4BRM A; 3IG1 A; 2YI1 A; 1OH5 A; 3ZSW A; 3VTI A; 1FW6 A; 3SPY A; 3V1R A; 3HZ6 A; 4WCE L; 1JCF A; 2GUP A; 3FFI A; 3CQX A; 3HP9 A; 1T6D A; 3O6W A; 5F0X A; 3PY8 A; 3KLE A; 4HWI A; 3SMS A; 4DFP A; 3QEV A; 5B8H A; 5SWM A; 3LP3 A; 4CJV A; 5DM7 L; 1J9A A; 3WXL A; 2W6K A; 2JGU A; 5JIC A; 1BI4 B; 1YTA A; 3CJB A; 4JKF A; 1VQO N; 1O13 A; 3HOT A; 1OVY A; 5EX5 A; 3UKU A; 4DHY A; 4NYF A; 3NBP A; 4E3S A; 1SKR A; 1JJ2 M; 4CF1 A; 3RR8 A; 3RSE A; 5GIN A; 1EWR A; 1SKS A; 3W3D A; 3K9J A; 3DM2 A; 4NXM K; 4KV8 A; 1TUY A; 4OGE A; 2EWS A; 2ZF5 O; 4YDU C; 4JK7 A; 2WBN A; 2OA8 A; 3V9W A; 3V9X A; 4CJF A; 3VQD A; 1S1U A; 4DV5 K; 2GX9 A; 2G8H A; 2ETJ A; 3VQ7 A; 5CR4 A; 3AVC A; 1SV5 A; 1XMQ K; 2IDO A; 1JCE A; 4DG1 A; 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