2WL0A

Hiv-1 protease inhibitors containing a tertiary alcohol in the transition-state mimic with improved cell-based antiviral activity
Total Genus 16
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
16
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWQRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADDTVLEEMSLPGRWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQIPIEICGHKAIGTVLVGPTPTNVIGRNLLTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase
molecule keywords PROTEASE
publication title HIV-1 Protease Inhibitors with a Transition-State Mimic Comprising a Tertiary Alcohol: Improved Antiviral Activity in Cells.
pubmed doi rcsb
source organism Human immunodeficiency virus type 1 (z2/cdc-z34 isolate)
total genus 16
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2009-06-19

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 2wl0A00
5DQ2A 2VIJA 5P4MA 2ZDZA 3MXEA 3D1YA 1C6YA 4Y3XA 4GJBA 3SQFA 4Y37A 5P8RA 5P5IA 2R5QA 5P8DA 1XN3A 1IDAA 4A6BA 4Y3ZA 1LYBA 2PK5A 1SDVA 2NXDA 3VYFA 4BEKA 4DJRA 1HIVA 5P5JA 5P8PA 4I0DA 5KAOA 2VIEA 4HZTA 1K1UA 3OQKA 5P4XA 8HVPA 2WL0A 4LP9A 4Y5BA 5P2AA 2AOIA 4OC6B 5P76A 2QI5A 4I1CA 5P6YA 2V00A 2FDPA 2NXLA 5APRE 5P8CA 2G21A 3VLBA 5P4FA 5P8AA 5P0VA 2R43A 1QBSA 4B1EA 5P84A 4YCYA 1BDQA 1A94A 2AOFA 5HE7A 5KR2A 4HVPA 2HB3A 5J25A 5OZ5A 5P26A 1U8GA 4Y5PA 5OYUA 1EEDP 3DV1A 1EPOE 3IXOA 4TVGA 4KUPA 3NDUA 4Y4WA 2AZ8A 3ECGA 5P3NA 3R0WA 1QBRA 1EAGA 5P8JA 3FSMA 2V16C 4OD9A 4ER1E 3EKYA 5P09A 5P2UA 2RSPA 4Y4TA 5DGUA 5P38A 4ER4E 4R91A 2P83A 4KE0A 5P64A 2FIVA 4Y36A 3OAGA 3URIA 3AUPA 4Y3FA 2UPJA 4Y3PA 5ENKA 3VCMA 4F74A 1MVPA 2IS0A 5OZSA 3MSKA 1FQ5A 3IVHA 1KJ4A 5P14A 5P4QA 3VV7A 6UPJA 1ME6A 1YT9A 4Y4ZA 4J0ZA 5P5CA 5DQCA 3OXCA 3KFNA 1GVWA 3BUFA 1HHPA 5OZ8A 2QI1A 3BVAA 4OBFA 5P5MA 3EKWA 1KJ7A 2QMPA 5P4KA 4HE9A 1RNEA 4B77A 1EC3A 5P81A 5DR7A 3SPKA 1AJXA 2VA6A 3GGVA 4EJDA 1E80E 3ZKIA 3OQAA 1B6MA 4GMIA 2XFKA 5P19A 3UDQA 4CKUA 3B7VA 3LNKA 3L5EA 1IZDA 5P0GA 2PYNA 5PEPA 2QNNA 2IEOA 1J71A 4GJ6A 4LBTA 3K4VA 4RZ1A 5P6ZA 1HTFA 4GB2A 5COKA 5IE1A 3D20A 3K5GA 3TL9A 4J54A 3N3IA 3VFBA 5P5PA 5P6EA 3K5DA 1HXBA 5OZUA 5OZ9A 5P4NA 4Y58A 1HPSA 3PBZA 4PEPA 5P3SA 5P3BA 5P62A 5P2NA 5P3OA 3PRSA 4F73A 4GJ8A 5P16A 3PM4A 5P77A 5P8NA 1ODXA 2AZCA 2JYSA 1EBWA 2B42A 3UCBA 1MTRA 5P7GA 5DR0A 2OHRA 1ZSFA 2A1EA 5OYQA 1NPVA 1XDHA 4J1CA 3EM3A 4DVFA 5P56A 3I7EA 5P4WA 2QHYA 5AH7A 4AA8A 3KDDA 3RTMA 2NMYA 1HVIA 5IVRA 4ZSMA 1ZSRA 2B7FA 4Y5EA 3OOZA 3VF7A 2AZBA 3DM6A 1FMXA 1MUIA 3JVYA 3UQWA 3HZCA 2PC0A 3UTLA 1XN2A 4FLGA 4Y5CA 4Q1NA 1EPQE 4DJPA 5IVQA 4H3FA 5HD0A 3INHA 5P29A 5P2CA 3CIBA 4Y3QA 5P0WA 5AHAA 4PHVA 2BPYA 3MXDA 1OEWA 1PFZA 1YX9A 4WTUA 3PI0A 4CP7A 3TPLA 5P7OA 1APTE 2G24A 5P0AA 3QVIA 3NXNA 2JJIA 3KT2A 1GNOA 3EL0A 2OHMA 3S54A 3S43B 5P5RA 1ZP8A 3VEUA 5P60A 2WJOA 2NTRA 2IL2A 3UDRA 4R8YA 3VYEA 4B1CA 4RCEA 4TRWA 2QU3A 4ZIPA 5P69A 5P8GA 1RV7A 5P7PA 2V0ZC 5P52A 2Q55A 5FIVA 3NU6A 1AM5A 4Y5MA 2PYMA 2HIZA 2VJ9A 1D4SA 2BKSA 5P17A 3R4BA 3SM2A 3R2FA 2QZLA 3QS1A 3VF3A 1GVXA 1W6HA 1BIMA 3HBOA 5P23A 2QNPA 1HVCA 4EP2A 5AH6A 1AAQA 5P3CA 3TPRA 3PB5A 4GIDA 3CKPA 4L7GA 3EKPA 5KQXA 1CPIA 3C9XA 2P3DA 3SA4A 1KJFA 1DMPA 2P3AA 5P1XA 3IN3A 5HCOA 1BVEA 1WBKA 3PMUA 3OQDA 1LF2A 3D1ZA 1VIJA 4YBIA 1DIFA 3TH9A 4GYEA 3NLSA 5P2GA 3VF5A 1FQXA 3PCWA 4FM8A 4WY1A 1BV9A 5P35A 5P45A 1FGCC 3LZYA 5P8EA 1XS7D 3GGAA 4Y5LA 1HVHA 3BHEA 1ODYA 3O9LA 3VV6A 1GKTA 3Q5HA 2WHHA 5P3ZA 3BXSA 3TTPA 3SM1A 5P1IA 3AIDA 4FRKA 3NU4A 5P5EA 1Q9PA 5OYTA 1HIHA 3UDPA 3GI4A 2NXMA 5JFUA 3BUHA 2ER9E 3HDKA 3T7PA 4QJ6A 1A8KA 3UQXA 2JXRA 2PSGA 5P36A 2PH6A 3PEPA 4B05A 5AGZA 5P6BA 5P20A 3QAAA 5P5UA 3GI0A 5P1RA 2WEDA 4Y43A 4Y3DA 1K6VA 4A6CA 2QNQA 5P54A 4L1AA 4KB9A 1FMBA 3O99A 1K6CA 3NUOA 4Y4GA 5AHCA 2QI3A 3DJKA 5T4SA 2G94A 3PSGA 4DJVA 5P5DA 1FQ7A 3OADB 2WECA 5P79A 1NSOA 5F00A 4M8XA 4J0TA 2A4FA 5P80A 2UY0A 3KT5A 2AOJA 5P6MA 1ENTE 1FQ6A 4YD6A 4FSEA 4IVTA 1M4HA 1F7AA 5P7BA 3RSVA 5HTZA 2VNNA 4Y3MA 5ISJA 4F75A 4JPCA 3ZKXA 2FDEA 4J0VA 5P4IA 1D4YA 4RRSA 1XL5A 4DQCA 1IDBA 3KFPA 5EZZA 1EBKC 2V10C 3DCRA 4X7IA 2JJJA 3VV8A 5P4SA 3VSXA 1HVKA 2I0AA 3OU4B 5P0FA 4H1EA 4AZYA 5P3RA 5OZ0A 1BILA 2VKMA 1T7KA 5P5HA 5P6GA 1MIQA 3QRSA 2QAKA 2WF1A 4QGIA 2QI6A 4AUCA 1AZ5A 1W5XA 5P63A 2AVVA 3UQRA 1HBVA 5P70A 5P50A 4NPUA 1HEGE 3NWQA 4OD9B 5P2QA 5SY3A 1FEJC 5P2BA 3PWWA 2VIZA 3TKWA 1TSUA 4FM6A 3L5DA 4EJLA 2WEZA 5KQFA 5P5FA 4RROA 5P4YA 5P3GA 4I0HA 5P42A 1OEXA 2RKGA 3M9FA 3LIQA 2AOHA 1SH9A 3ZKSA 3SACA 5OZ3A 3EL5A 1XL2A 5P5VA 3IVIA 2O4PA 1HXWA 3SA5A 5P7QA 2WF0A 2XYEA 3CYWA 2ZJNA 4A4QA 2HC0A 2PH8A 3S8IA 5P8QA 3MSJA 4EXGA 1PSAA 4Z22A 2F81A 3LZSA 5P5WA 1FIVA 3EMYA 4H3GA 5HU1A 3G6ZA 4CPWA 1B6PA 5OZDA 5P3AA 5P4AA 2ZJHA 3OUAA 2WEBA 1UH8A 2Q15A 3EL4A 2QHCA 1WBMA 2AOEA 1PSNA 5P40A 2RKFA 5P2IA 4APRE 4CMSA 1D4JA 3S53A 5P1FA 1G0VA 5P1QA 3TPJA 3ZKQA 4I8ZA 2B7ZA 5DQ1A 3INEA 4I12A 5P8KA 5B18A 2FDDA 3HD8A 3JVWA 3ZMGA 2R38A 1QS8A 4NKKA 4D8CA 4Y3TA 3UQPA 1NH0A 4FRJA 5BS4A 3NDXA 1EC2A 1FF0C 5P2YA 1D4HA 5P7MA 3DV5A 4DJXA 4EJ8A 1HTRB 4DPFA 2PWCA 3FNSA 3ER5E 4DJOA 5F01A 4B00A 5P3WA 5IVTA 2G1SA 1LF3A 5OZ7A 3RTNA 5P5LA 5P65A 3PMYA 1B5FB 2F3KA 3UDNA 1HSHA 2NMZA 3S56A 5DQ5A 4HDFA 5OZGA 4LAPA 5P53A 1T7JA 2ZYEA 1MSMA 2HB4A 3KFSA 3D91A 2P8HA 5P0XA 3UFLA 4YHQA 2HPEA 1T6EX 1BWBA 3CMSA 4RVJA 3CKRA 3K5FA 1C70A 5P7NA 3BXRA 1T7IA 3Q4BA 5P7DA 2BPWA 3OUDA 5E5KA 3APPA 1NPWA 4Y48A 5P6KA 3OQ7A 2FNSA 4DQFA 4DJWA 1QDMA 2QI7A 4Q5MA 3OXVA 3QVCA 1D4LA 5OZMA 5P7XA 5P88A 5HU0A 1CZIE 2FMBA 5ISKA 5P3DA 5DR8A 4FE6A 1HIIA 2VNMA 3R1GB 2AVMA 1K6PA 2VS2A 4Y3JA 1TCWA 5COPA 4OBJA 4MC6A 3IN4A 5P6VA 3OXWA 3HAWA 4HDBA 1SIPA 1APVE 5P3UA 5KOSA 2PSUA 4Y56A 2CEMA 5HDZA 1HVLA 2ZHVA 2QZKA 3IXJA 3KDBA 5P0NA 3GGXA 5P7KA 1ZTZA 2AZ9A 5OZOA 5CLMA 5P6NA 1B6KA 2APRA 5P5BA 3LPKA 4Y54A 3TOFA 1G2KA 5P2SA 4R92A 2QP8A 5P85A 1MERA 2G1YA 4TVHA 2WEAA 4OBDA 5P37A 1IZHA 1W50A 3K4VC 5P57A 3VYDA 3INDA 1HVJA 1VIKA 3OU1B 3OWNA 3UPJA 3O9HA 4J0PA 5P1NA 5HCTA 2OHUA 5P5SA 4KE1A 5P6IA 3LIXA 5P4DA 1BV7A 3PWRA 5P5TA 3SA7A 5P72A 4J1EA 1B6JA 4OC6A 1TW7A 5CONA 4Y4XA 1T6GA 5P7EA 4Y53A 1UH9A 3D3TA 2O40A 4K4QA 1ZJ7A 5P82A 2CEJA 4LC7A 3OU3A 4DJQA 3VSWA 1GVUA 3I25A 4D88A 1LYAB 1SBGA 3S85A 2HPFA 1HOSA 1HEFE 2ASIA 3O9LB 5P1LA 5P5OA 4Y41A 3O9CA 1K1TA 2VJ6A 4NJUA 1D4IA 1OD1A 4J17A 5P75A 4CPSA 3S2OA 2NPHA 3EXOA 5OZKA 3OHFA 5P7VA 5P43A 3G72A 3SA6A 5P2XA 3SO9A 2Q11A 4J5JA 3PI5A 3F9QA 4L6BA 5P24A 3CICA 5P3HA 1YM2A 1HTGA 2H6TA 4YA8A 5P02A 3EBZA 3WZ6A 1FG6C 4J1FA 1E82E 3BC4A 5P1OA 1FQ4A 2FXDA 5I3VA 5HDVA 3KM4A 3QPJA 1SGUA 3PCZA 4L1AB 3OUCA 4RVIA 5P4GA 4N00A 3QBHA 4UPJA 3IA9A 5P22A 3PLDA 5P2HA 3SA9A 3FNUA 3Q3TA 1EPPE 5P3PA 2FGVA 1ZPAA 4HDPA 5P3FA 4QLHA 1Z1RA 2OHSA 5P3KA 4ZPGA 5AH9A 2G1RA 5I3XA 4PPHA 2J9JB 4RYGA 2B8VA 5P3IA 3T7QA 5P1BA 4FL8A 1OHRA 2HM1A 3EM4A 1META 2AIDA 5P7RA 3PSUA 2G69A 4JOOA 3EM6A 5OZZA 3O9EA 5OZVA 3IXKA 4YCKA 1LEEA 2I1AA 5UPJA 5P10A 5OYWA 5OZXA 5P5AA 4Y35A 1APWE 5P12A 3T11A 5P48A 3OGQA 2F80A 4YD3A 3MSLA 4I0ZA 1E81E 4OBZB 3KF0A 4EYRA 5P34A 4X2LA 1FG8C 3OTSA 4S1GA 1B11A 5P4JA 3BGCA 5P0IA 5P4LA 3KN0A 3RSXA 1FB7A 5OYSA 3OTYA 4B1DA 1DW6C 3EKQA 4K4PA 2FNTA 5P1EA 2IQGA 1EBYA 2ZHUA 5P0KA 5SY2A 5P3VA 4M8YA 1YTJA 4ACUA 5P00A 2O4NA 1BAIA 2QU2A 5P0DA 5P6LA 5P0OA 1CMSA 4GZFA 5P0HA 3RTHA 5P06A 2IRZA 2BB9A 5TOLA 5P5NA 5OZQA 5P7LA 4I11A 2FXEA 3ZPUA 1MSNA 3SAAA 5OZ6A 5P51A 3QRMA 5HE5A 1UH7A 4EQJA 5P6XA 4HA5A 5OZJA 3GI5A 3QIHA 5P0PA 1SDTA 1LF4A 3PJ6A 2R5PA 1DPJA 4Y3NA 1UPJA 3FV3A 6FIVA 3OQFA 3U6AA 4Y3GA 5P08A 4D85A 3QI1A 4COEA 3PBDA 5P8BA 5P1VA 1FFIC 4I0FA 3U7SA 5OYVA 3SKFA 5P0ZA 2BQVA 1LYBB 5KR8A 4Y57A 4ZPEA 4ER2E 4TRZA 1YTGA 1Z8CA 5I3WA 3TOGA 5P4CA 2HS2A 5P7TA 3HVPA 5OZPA 2MIPA 1F34A 5P6QA 4DH6A 4EPJA 4MC9A 5P6DA 3KFRA 3APRE 1G35A 3L5CA 5P1MA 1D4KA 2J9KA 3O9BA 5P49A 1EPLE 3FNTA 5P0LA 1TCXA 5OZ1A 5OZAA 4EXHA 3WSJA 2NNPA 3QN8A 3S43A 2HAHA 1YM4A 3O9IA 5OZ2A 5P6TA 5JFPA 1JLDA 3UF3A 3OHHA 5IS4A 1LYWA 2BPZA 4L7HA 4ZSPA 5P2DA 4MC1A 3SFCA 1SP5A 1AXAA 2B8LA 5AHBA 3ZKMA 5P0JA 2ZJJA 2O4KA 5P3LA 3FKTA 5OZLA 3UHLA 2HB2A 4J0YA 4Y4JA 4RCDA 5P1UA 2QMFA 1Z1HA 4Y4AA 5OZNA 5OZFA 2G1OA 3LINA 1AIDA 2G27A 5P2EA 4BFDA 1ODWA 5C9FA 3NU3A 5P61A 2G20A 3ER3E 4JP9A 5OYXA 5P0YA 3CYXA 3ZPTA 4DJUA 4DI2A 3EKXA 3S45A 5KR0A 2OHQA 5P5YA 3OAGB 1HTEA 2AOCA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5DQ2 A;  2VIJ A;  5P4M A;  2ZDZ A;  3MXE A;  3D1Y A;  1C6Y A;  4Y3X A;  4GJB A;  3SQF A;  4Y37 A;  5P8R A;  5P5I A;  2R5Q A;  5P8D A;  1XN3 A;  1IDA A;  4A6B A;  4Y3Z A;  1LYB A;  2PK5 A;  1SDV A;  2NXD A;  3VYF A;  4BEK A;  4DJR A;  1HIV A;  5P5J A;  5P8P A;  4I0D A;  5KAO A;  2VIE A;  4HZT A;  1K1U A;  3OQK A;  5P4X A;  8HVP A;  2WL0 A;  4LP9 A;  4Y5B A;  5P2A A;  2AOI A;  4OC6 B;  5P76 A;  2QI5 A;  4I1C A;  5P6Y A;  2V00 A;  2FDP A;  2NXL A;  5APR E;  5P8C A;  2G21 A;  3VLB A;  5P4F A;  5P8A A;  5P0V A;  2R43 A;  1QBS A;  4B1E A;  5P84 A;  4YCY A;  1BDQ A;  1A94 A;  2AOF A;  5HE7 A;  5KR2 A;  4HVP A;  2HB3 A;  5J25 A;  5OZ5 A;  5P26 A;  1U8G A;  4Y5P A;  5OYU A;  1EED P;  3DV1 A;  1EPO E;  3IXO A;  4TVG A;  4KUP A;  3NDU A;  4Y4W A;  2AZ8 A;  3ECG A;  5P3N A;  3R0W A;  1QBR A;  1EAG A;  5P8J A;  3FSM A;  2V16 C;  4OD9 A;  4ER1 E;  3EKY A;  5P09 A;  5P2U A;  2RSP A;  4Y4T A;  5DGU A;  5P38 A;  4ER4 E;  4R91 A;  2P83 A;  4KE0 A;  5P64 A;  2FIV A;  4Y36 A;  3OAG A;  3URI A;  3AUP A;  4Y3F A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 4GJ9 A;  3GGU A;  3N4L A;  5P7W A;  3PGI A;  4YCT A;  5OZY A;  3B80 A;  3PHV A;  4Y4U A;  4CPX A;  2ZJM A;  2JE4 A;  5DR3 A;  3O9F A;  5P3T A;  3OU1 A;  5P1D A;  3NR6 A;  2PQZ A;  4JEC A;  5P73 A;  5P8L A;  5P55 A;  1SDU A;  5P07 A;  4RCF A;  5P3J A;  4EP3 A;  5P7Y A;  3QRO A;  5OZT A;  1KJG A;  2QD7 A;  3QP0 A;  3FX5 A;  4DQH A;  1HVR A;  3L59 A;  4FAF A;  5P6P A;  4LXA A;  4QJ7 A;  5P2T A;  4I0I A;  5P46 A;  4D89 A;  1LS5 A;  3D1X A;  5P18 A;  3EKT A;  4Y4D A;  4ZEA A;  4I8W A;  4Y39 A;  4BFB A;  3UQU A;  5KR1 A;  4FS4 A;  3NSH A;  1SIV A;  4QJ9 A;  2IGY A;  1LYA A;  4CPR A;  5P58 A;  2RMP A;  1FFF C;  5P44 A;  1A9M A;  3LIT A;  5JG1 A;  3DK1 A;  5DR4 A;  3EL9 A;  3K1W A;  2QZW A;  5P6O A;  5BWY A;  1ZBG A;  5P74 A;  1DP5 A;  4U8W A;  5P89 A;  2AVS A;  5P0T A;  2AQU A;  4PZX A;  5P4E A;  5P1A A;  1EC1 A;  1C6Z A;  2QD8 A;  5P32 A;  2V12 C;  5P03 A;  1N49 A;  3UDH A;  2WF3 A;  5P5G A;  5P6C A;  5C9D A;  1QBT A;  1XE5 A;  4HLA A;  5P2Z A;  3OOT A;  5AH8 A;  2ZJI A;  2ZJL A;  4YOA A;  3SA8 A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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