2WP2A

Structure of brdt bromodomain bd1 bound to a diacetylated histone h4 peptide.
Total Genus 37
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
37
sequence length
119
structure length
114
Chain Sequence
YINTLTNQLQFLQRVVLKALWKHGFSWPFQQPVDAVKLKLPDYYTIIKTPMDLNTIKKRLENKYYEKASECIEDFNTMFSNCYLYNKTGDDIVVMAQALEKLFMQKLSQMPQEE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Transcription/peptide
molecule keywords BROMODOMAIN TESTIS-SPECIFIC PROTEIN
publication title Cooperative Binding of Two Acetylation Marks on a Histone Tail by a Single Bromodomain.
pubmed doi rcsb
source organism Mus musculus
total genus 37
structure length 114
sequence length 119
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2009-08-02

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00439 Bromodomain Bromodomain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.920.10 Mainly Alpha Up-down Bundle Histone Acetyltransferase; Chain A Bromodomain-like 2wp2A01
1WUGA 4CUSA 3O34A 2WP2A 5DYCA 4YBTA 5I40A 5A5OA 5FE2A 3HMEA 5D0CA 3P1CA 4ALHA 4A9MA 3ZYUA 4LZRA 3LQJA 4BW3A 1JSPB 4QUUA 5FE9A 4O78A 2R0YA 3MB4A 5CQ8A 4LR6A 4NXJA 3O36A 5CFWA 4CURA 5CUDA 4Z6IA 2NXBA 5DLXA 4NYVA 2OO1A 5A5QA 4MEOA 4WIVA 5LJ2A 2YDWA 4NUCA 2RNWA 5CRMA 5H1UA 5KTWA 4NRBA 5EPBA 5EWDA 4NQNA 5CUBA 1ZS5A 5CGPA 4HXMA 2R0SA 3P5OA 4ALGA 4N4HA 4N3WA 4CFKA 3IU5A 5AMEA 5H85A 3Q2FA 3MB3A 4TQNA 3P1EA 4CUTA 3D7CA 3U5KA 5EI4A 4BW2A 5DW2A 2RO1A 3UV4A 5A5NA 5I7YA 5I88A 1E6IA 4N4IA 3O37A 3G0JA 4UIYA 3Q2EA 2YEMA 2OUOA 5EWCA 5FDZA 5HLSA 4AKNA 2E7NA 5J0DA 5EWVA 3UVXA 4QSXA 2E7OA 4QEWA 4O7CA 4ZC9A 5C87A 5EWWA 4O76A 2F6JA 3IU6A 4MENA 5CQTA 5TCMA 5H1VA 2E3KA 5EU1A 5LKXA 3AQAA 2YELA 3O35A 5HQ5A 5CQ7A 5E74A 2I8NA 5E9MA 4XUAA 3JVJA 4QSVA 4NR5A 2DVSA 3G0LA 3LQHA 5EK9A 5I1QA 4XYAA 4QNSA 4O70A 5E73A 5DKHA 5DFCA 5LJ0A 5ENFA 4XUBA 5EPRA 3UVWA 5KTUA 5CQ5A 2DVQA 5ACYA 5HM0A 3AADA 4A9KA 4QSRA 3S91A 2OSSA 5DLZA 4CUUA 5BT4A 4YH3A 5ETDA 4QSTA 5HCLA 5D3LA 5BT5A 4F3IA 4HBVA 4A9FA 5EV9A 5ETBA 5F25A 4O77A 4UITA 4YYGA 4TU6A 5E9IA 4CL9A 4TU4A 5EISA 5DFDA 5I89A 5ENGA 3QZTA 2F6NA 4YBMA 5DX4A 5EP7A 4A9EA 3TLPA 4YYDA 1WUMA 2H60A 5LVQA 4XY8A 4LRGA 4QUTA 4QBMA 5HRWA 4O75A 4PCEA 5D3SA 5FFYA 4YATA 4YYNA 5I7XA 5FBXA 4J1PA 3DWYA 3UV5A 5II2A 5A83A 5LJ1A 5DBMA 5I86A 1JM4B 5EICA 4FLPA 2RNXA 4TT4A 5CRZA 4YADA 4LZ2A 5L8UA 3LJWA 4LYSA 5F1HA 3GG3A 4YBSA 3LXJA 5HENA 3HMFA 4Z6HA 3K2JA 4HBXA 5D3NA 4HXOA 2R0VA 4BW4A 5LVRA 4O7EA 4TZ8A 4XY9A 4TZ2A 3U5LA 5BT3A 5HFQA 2G4AA 2N9GA 5DW1A 2MJVB 2YQDA 2L84A 2L5EA 5CU8A 4RVRA 4UIXA 5FE6A 4UYEA 4PTBA 4NR8A 2L85A 4O7BA 4NUEA 4NQMA 5E3DA 5FE3A 3UVDA 5D26A 4UYHA 4MR6A 1F68A 4LYWA 4UIVA 5CUAA 3JVLA 4LDFA 4N4FA 2D82A 5EGUA 3U5OA 4C66A 5A5RA 3S92A 3U5NA 4QC1A 5AD2A 4O72A 5K29A 4TYLA 3P1DA 5E9VA 5COIA 5EM3A 5E7DA 5KO4A 4NRAA 5D3PA 5FG6A 4HXSA 5CP5A 4IR6A 5D3HA 2YYNA 4YC9A 5C85A 5II1A 5E9KA 4DONA 5A5PA 5CZGA 5I29A 3MULA 5CQAA 4ZW1A 4BHWA 4MR3A 4OUFA 5D24A 5DFBA 3O33A 4HBYA 4MEQA 5D25A 5ENJA 5FE5A 4UIUA 5FE1A 4IR4A 5KTXA 2FSAA 3HMHA 5IIDA 5LKUA 4UYFB 5L96A 5I80A 4KCXA 4C67A 5D7XA 5L8TA 4QR3A 4QYDA 4O7AA 2RNYA 4O7FA 3UVYA 5F2PA 5HQ7A 3JVKA 5DKDA 4A9JA 4BW1A 5JI8A 4NR9A 5HEMA 3FKMX 4CLBA 5FE8A 4QSUA 4UYDA 5F1LA 4CFLA 4Y03A 4O74A 4MEPA 5CQ4A 5ENCA 5EA1A 1EQFA 4QB3A 5F5ZA 4OGJA 5FFWA 5C8GA 4J3IA 4HXNA 5LKTA 5EVAA 4QR4A 5EWHA 4HXPA 4IR3A 4QSSA 4QR5A 4YY4A 3QZSA 5CQ6A 5A85A 5AMFA 3U5PA 2I7KA 5E3GA 5FG5A 5CTLA 3U5MA 4PCIA 5IBNA 5ENEA 1X0JA 4Z1QA 2RS9B 5G4SA 4LC2A 4TS8A 5HRVA 5DYAA 4PKLA 4O71A 5LUUA 2RI7A 5JWMA 5F60A 4KV4A 2D9EA 5L99A 5IG6A 5FE4A 3JVMA 5I83A 4YAXA 5FB1A 4YYKA 4ZQLA 5HJCA 4QSWA 5CPEA 4CUQA 2WP1A 4UIZA 4TT6A 5ENHA 4IR5A 5ENBA 4NR4A 5F62A 4HXLA 5C89A 5DY7A 5FFVA 2DWWA 5L97A 4Q0OA 4MR4A 5EQ1A 4Z93A 4IOQA 4YABA 5FG4A 4GPJA 5C4QA 5F36A 4Z1SA 4YYHA 4NYXA 2YEKA 4YK0A 4IOOA 4NRCA 5IGNA 4A9HA 4KV1A 3SVFA 4A9LA 3QZVA 5KHMA 5HFRA 4A9OA 5AD3A 4A9NA 2KTBB 3MUKA 4HXKA 4BJXA 4QZSA 4YYJA 2RFJA 5DKCA 4E96A 5D3TA 4PY6A 4LYIA 5G4RA 4N4GA 3RCWA 5CY9A 4X2IA 5HQ6A 4NUDA 5HELA 5LKZA 2GRCA 3UV2A 5A5SA 2YW5A 5E9YA 4UYGA 4QY4A 2DATA 3DAIA 4QSQA 5TB6A 5FH7A 5F3AA 4J0SA 4NR7A 5A82A 4HBWA 4MR5A 5FE7A 4NR6A 4QC3A 1N72A 3UW9A 4YYMA 3MXFA 3U5JA 5D3JA 4A9IA 5A81A 5F63A 5EPSA 5ENIA 4WHUA 5HRXA 4WHWA 5C7NA 5KU3A 3SVHA 4NYWA 5D3RA 2DVRA 4TTEA 4YYIA 2R10A 4OGIA 5H1TA 4NS5A 4CUPA 4Q0NA 4QSPA 3ONIA 5L98A 3NXBA 5IGKA 3MQMA 5A7CA 5CUCA 5CS8A 3LQIA 5IGMA 4HXRA 4TT2A 3P1FA 4LZSA 5FH8A 5CUEA 5CQ3A 4UIWA 5DYUA 4YH4A 3SVGA 5E9LA 2DVVA 2LSPB 5E0RA 5FE0A 4J0RA 4IORA 5IGLA 4YY6A 4UYFA 5CUGA 5F61A 4QYLA 4QEUA 5FB0A 3I3JA 2DKWA 5FH6A 4PS5A 5DYXA 4QEVA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1WUGA 4CUSA 3O34A 2WP2A 5DYCA 4YBTA 5I40A 5A5OA 5FE2A 3HMEA 5D0CA 3P1CA 4ALHA 4A9MA 3ZYUA 4LZRA 3LQJA 4BW3A 1JSPB 4QUUA 5FE9A 4O78A 2R0YA 3MB4A 5CQ8A 4LR6A 4NXJA 3O36A 5CFWA 4CURA 5CUDA 4Z6IA 2NXBA 5DLXA 4NYVA 2OO1A 5A5QA 4MEOA 4WIVA 5LJ2A 2YDWA 4NUCA 2RNWA 5CRMA 5H1UA 5KTWA 4NRBA 5EPBA 5EWDA 4NQNA 5CUBA 1ZS5A 5CGPA 4HXMA 2R0SA 3P5OA 4ALGA 4N4HA 4N3WA 4CFKA 3IU5A 5AMEA 5H85A 3Q2FA 3MB3A 4TQNA 3ERRA 3P1EA 4CUTA 3D7CA 3U5KA 5EI4A 4BW2A 5DW2A 2RO1A 3UV4A 5A5NA 5I7YA 5I88A 1E6IA 4N4IA 3O37A 3G0JA 4UIYA 3Q2EA 2YEMA 2OUOA 5EWCA 5FDZA 5HLSA 4AKNA 2E7NA 5J0DA 5EWVA 3UVXA 4QSXA 2E7OA 4QEWA 4O7CA 4ZC9A 5C87A 5EWWA 4O76A 2F6JA 3IU6A 4MENA 5CQTA 5TCMA 5H1VA 2E3KA 5EU1A 5LKXA 3AQAA 2YELA 3O35A 5HQ5A 5CQ7A 5E74A 2I8NA 2EJNA 5E9MA 4XUAA 3JVJA 4QSVA 4NR5A 2DVSA 3G0LA 3LQHA 5EK9A 5I1QA 4XYAA 4QNSA 4O70A 5E73A 5DKHA 5DFCA 5LJ0A 5ENFA 4XUBA 5EPRA 3UVWA 5KTUA 1ZKRA 5CQ5A 2DVQA 5ACYA 5HM0A 3AADA 4A9KA 4QSRA 3S91A 2OSSA 5DLZA 4CUUA 5BT4A 4YH3A 5ETDA 4QSTA 5HCLA 5D3LA 5BT5A 4F3IA 4HBVA 4A9FA 5EV9A 5ETBA 5F25A 4O77A 4UITA 4YYGA 4TU6A 5E9IA 4CL9A 1PUOA 4TU4A 5EISA 5DFDA 5I89A 5ENGA 3QZTA 2F6NA 4YBMA 5DX4A 5EP7A 4A9EA 3TLPA 4YYDA 1WUMA 2H60A 5LVQA 4XY8A 4LRGA 4QUTA 4QBMA 5HRWA 4O75A 4PCEA 5D3SA 3D1BA 5FFYA 4YATA 4YYNA 5I7XA 5FBXA 4J1PA 3DWYA 3UV5A 5II2A 5A83A 5LJ1A 5DBMA 5I86A 1JM4B 5EICA 4FLPA 2RNXA 4TT4A 5CRZA 4YADA 4LZ2A 5L8UA 3LJWA 4LYSA 5F1HA 3GG3A 4YBSA 3LXJA 5HENA 3HMFA 4Z6HA 3K2JA 4AKHA 4HBXA 5D3NA 4HXOA 2R0VA 4BW4A 5LVRA 4O7EA 4TZ8A 4XY9A 4TZ2A 3U5LA 5BT3A 5HFQA 2G4AA 2N9GA 5DW1A 2MJVB 2YQDA 2L84A 2L5EA 5CU8A 4RVRA 4UIXA 5FE6A 4UYEA 4PTBA 4NR8A 2L85A 4O7BA 4NUEA 4NQMA 5E3DA 5FE3A 3UVDA 5D26A 4UYHA 4MR6A 1F68A 4LYWA 4UIVA 5CUAA 3JVLA 4LDFA 4N4FA 2D82A 5EGUA 3U5OA 4C66A 5A5RA 3S92A 3U5NA 4QC1A 5AD2A 4O72A 5K29A 4TYLA 3P1DA 5E9VA 5COIA 5EM3A 5E7DA 5KO4A 4NRAA 5D3PA 5FG6A 4HXSA 5CP5A 4IR6A 5D3HA 2YYNA 4YC9A 3D1DA 5C85A 5II1A 5E9KA 4DONA 5A5PA 5CZGA 3VKGA 5I29A 3MULA 5CQAA 4ZW1A 4BHWA 4MR3A 4OUFA 5D24A 5DFBA 3O33A 4HBYA 4MEQA 5D25A 5ENJA 5FE5A 4UIUA 5FE1A 4IR4A 5KTXA 2FSAA 3HMHA 5IIDA 5LKUA 4UYFB 5L96A 5I80A 4KCXA 4C67A 5D7XA 5L8TA 4QR3A 4QYDA 4O7AA 2RNYA 4O7FA 3UVYA 5F2PA 5HQ7A 3JVKA 5DKDA 4A9JA 4BW1A 5JI8A 3VKHA 4NR9A 5HEMA 3FKMX 4CLBA 5FE8A 4QSUA 4UYDA 5F1LA 4CFLA 4Y03A 4O74A 4MEPA 5CQ4A 5ENCA 5EA1A 1EQFA 4QB3A 5F5ZA 4OGJA 5FFWA 5C8GA 4J3IA 4HXNA 5LKTA 5EVAA 4QR4A 5EWHA 4HXPA 4IR3A 4QSSA 4QR5A 4YY4A 3QZSA 5CQ6A 5A85A 5AMFA 3U5PA 2I7KA 5E3GA 5FG5A 5CTLA 3U5MA 4PCIA 5IBNA 5ENEA 1X0JA 4Z1QA 2RS9B 5G4SA 4LC2A 4TS8A 5HRVA 5DYAA 4PKLA 4O71A 5LUUA 4AI6A 2RI7A 5JWMA 5F60A 4KV4A 2D9EA 5L99A 5IG6A 5FE4A 3JVMA 5I83A 4YAXA 4AKIA 5FB1A 4YYKA 4ZQLA 5HJCA 4QSWA 5CPEA 4AKGA 4CUQA 2WP1A 4UIZA 4TT6A 5ENHA 4IR5A 5ENBA 4NR4A 5F62A 4HXLA 5C89A 5DY7A 5FFVA 2DWWA 5L97A 4Q0OA 4MR4A 5EQ1A 4Z93A 4IOQA 4YABA 5FG4A 4GPJA 5C4QA 5F36A 4Z1SA 4YYHA 4NYXA 2YEKA 4YK0A 4IOOA 4NRCA 5IGNA 4A9HA 4KV1A 3SVFA 4A9LA 3QZVA 5KHMA 5HFRA 4A9OA 5AD3A 4A9NA 2KTBB 3MUKA 4HXKA 4BJXA 4QZSA 4YYJA 2RFJA 5DKCA 4E96A 5D3TA 4PY6A 4LYIA 5G4RA 4N4GA 3RCWA 5CY9A 4X2IA 5HQ6A 4NUDA 5HELA 5LKZA 2GRCA 3UV2A 5A5SA 2YW5A 5E9YA 4UYGA 4QY4A 2DATA 3DAIA 4QSQA 5TB6A 5FH7A 5F3AA 4J0SA 4NR7A 5A82A 4HBWA 4MR5A 5FE7A 4NR6A 4QC3A 1N72A 3UW9A 4YYMA 3MXFA 3U5JA 5D3JA 4A9IA 5A81A 5F63A 5EPSA 5ENIA 4WHUA 5HRXA 4WHWA 5C7NA 5KU3A 3SVHA 4NYWA 5D3RA 2DVRA 4TTEA 4YYIA 2R10A 4OGIA 5H1TA 4NS5A 4CUPA 4Q0NA 4QSPA 3ONIA 5L98A 3NXBA 5IGKA 3MQMA 5A7CA 5CUCA 5CS8A 3LQIA 5IGMA 4HXRA 4TT2A 3P1FA 4LZSA 5FH8A 5CUEA 5CQ3A 4UIWA 5DYUA 4YH4A 3SVGA 5E9LA 2DVVA 2LSPB 5E0RA 5FE0A 4J0RA 4IORA 5IGLA 4YY6A 4UYFA 5CUGA 5F61A 4QYLA 4QEUA 5FB0A 3I3JA 2DKWA 5FH6A 4PS5A 5DYXA 4QEVA
chains in the Genus database with same CATH topology
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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1WUG A;  4CUS A;  3O34 A;  2WP2 A;  5DYC A;  4YBT A;  5I40 A;  5A5O A;  5FE2 A;  3HME A;  5D0C A;  3P1C A;  4ALH A;  4A9M A;  3ZYU A;  4LZR A;  3LQJ A;  4BW3 A;  1JSP B;  4QUU A;  5FE9 A;  4O78 A;  2R0Y A;  3MB4 A;  5CQ8 A;  4LR6 A;  4NXJ A;  3O36 A;  5CFW A;  4CUR A;  5CUD A;  4Z6I A;  2NXB A;  5DLX A;  4NYV A;  2OO1 A;  5A5Q A;  4MEO A;  4WIV A;  5LJ2 A;  2YDW A;  4NUC A;  2RNW A;  5CRM A;  5H1U A;  5KTW A;  4NRB A;  5EPB A;  5EWD A;  4NQN A;  5CUB A;  1ZS5 A;  5CGP A;  4HXM A;  2R0S A;  3P5O A;  4ALG A;  4N4H A;  4N3W A;  4CFK A;  3IU5 A;  5AME A;  5H85 A;  3Q2F A;  3MB3 A;  4TQN A;  3P1E A;  4CUT A;  3D7C A;  3U5K A;  5EI4 A;  4BW2 A;  5DW2 A;  2RO1 A;  3UV4 A;  5A5N A;  5I7Y A;  5I88 A;  1E6I A;  4N4I A;  3O37 A;  3G0J A;  4UIY A;  3Q2E A;  2YEM A;  2OUO A;  5EWC A;  5FDZ A;  5HLS A;  4AKN A;  2E7N A;  5J0D A;  5EWV A;  3UVX A;  4QSX A;  2E7O A;  4QEW A;  4O7C A;  4ZC9 A;  5C87 A;  5EWW A;  4O76 A;  2F6J A;  3IU6 A;  4MEN A;  5CQT A;  5TCM A;  5H1V A;  2E3K A;  5EU1 A;  5LKX A;  3AQA A; 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