2X0YA

Screening-based discovery of drug-like o-glcnacase inhibitor scaffolds
Total Genus 233
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
233
sequence length
584
structure length
584
Chain Sequence
VLVPNLNPTPENLEVVGDGFKITSSINLVGEEEADENAVNALREFLTANNIEINSENDPNSTTLIIGEVDDDIPELDEALNGTTAENLKEEGYALVSNDGKIAIEGKDGDGTFYGVQTFKQLVKESNIPEVNITDYPTVSARGIVEGFYGTPWTHQDRLDQIKFYGENKLNTYIYAPKDDPYHREKWREPYPESEMQRMQELINASAENKVDFVFGISPGIDIRFDGDAGEEDFNHLITKAESLYDMGVRSFAIYWDDIQDKSAAKHAQVLNRFNEEFVKAKGDVKPLITVPTEYDTGAMVSNGQPRAYTRIFAETVDPSIEVMWTGPGVVTNEIPLSDAQLISGIYNRNMAVWWNYPVTDYFKGKLALGPMHGLDKGLNQYVDFFTVNPMEHAELSKISIHTAADYSWNMDNYDYDKAWNRAIDMLYGDLAEDMKVFANHSTRMDNKTWAKSGREDAPELRAKMDELWNKLSSKEDASALIEELYGEFARMEEACNNLKANLPEVALEECSRQLDELITLAQGDKASLDMIVAQLNEDTEAYESAKEIAQNKLNTALSSFAVISEKVAQSFIQEALSFDLTLI
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Screening-Based Discovery of Drug-Like O-Glcnacase Inhibitor Scaffolds
pubmed doi rcsb
molecule keywords O-GLCNACASE NAGJ
molecule tags Hydrolase
total genus 233
structure length 584
sequence length 584
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.2.1.169: Protein O-GlcNAcase.
pdb deposition date 2009-12-18

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF02838 Glyco_hydro_20b Glycosyl hydrolase family 20, domain 2
A PF07555 NAGidase beta-N-acetylglucosaminidase
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.58.460 Mainly Alpha Up-down Bundle Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 Hyaluronidase post-catalytic domain-like 2x0yA03
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 2x0yA02
3.30.379.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Chitobiase; domain 2 Chitobiase/beta-hexosaminidase domain 2-like 2x0yA01
4QCFA 2OSYA 2AAAA 3I3BA 2GUYA 3B8SA 4PMUA 4YHGA 2W5FA 2J74A 2V3FA 5E70A 4UFHA 3OB8A 1VAHA 5E9AA 1JZ4A 2WPGA 4D72A 1G94A 1B3XA 2W63A 3WUBA 4UTFA 1CLVA 1EDTA 2X09A 3AZTA 5DFAA 4CN4A 3VGGA 4AD0A 4HA3A 4BF7A 1VRXA 3VIHA 3AS2A 4HZ8A 3DYMA 2AOSA 2G3JA 3AIBA 3WEMA 3EDFA 2BVTA 3OBAA 1CXKA 3L4XA 5GNYA 1H1NA 1TG7A 1BSIA 5EB8A 1WZKA 3AHYA 3U7BA 3N1AA 4J3SA 2EO7A 3OLDA 2WWCA 4CD5A 1E0VA 4P7OA 3BAXA 4HA4A 4PMXA 3WSUA 4TOQA 2J7EA 3ARUA 5FL0A 2VZSA 1HJWA 2WLYA 2XUCA 4AZGA 3K8MA 4D6IA 4EANA 1ITXA 2X0HA 5EBAA 1C91A 1MFUA 1GOKA 1Q6EA 4J3WA 3OG2A 3WD1A 1D7FA 2G3IA 2O92A 3B9DA 2V3DA 1NOFA 1G5AA 1E0WA 1JZ3A 4UOJA 3CHDA 1RPKA 1V08A 3ARWA 4ML4A 1TUXA 2E9MA 5HBFA 3AFBA 6A3HA 1CXLA 1TMQA 1JNDA 4JZ5A 1UYQA 4W87A 3WNLA 2IXVA 2MANA 3RPMA 2CBVA 2OYKA 5A6BA 1AQ0A 1QHOA 1EGZA 2VR5A 3GXMA 4PMVA 5BXRA 4AIEA 1UH2A 1W32A 2XWEA 1B3YA 5FOOA 4PMYA 3ZT5A 2W4XA 1HJQA 4D6EA 1H4PA 1QNRA 1QI5A 2PC8A 4W7VA 4HMEA 5FIPA 5AC5A 3KL3A 3AZRA 1G9HA 3VIJA 2XM2A 2GDUA 3NDYA 3W6MA 4AC1X 1RP8A 4M1RA 5ABHA 3PZQA 1KFWA 2CBJA 4P8WA 5AYIA 4MNKA 1J0JA 1ZBVA 3A4WA 1J0YA 4J3TA 3CGTA 3T08A 1C92A 2WHMA 4MB4A 3SURA 1ZL1A 1UOKA 1KXVA 3EMZA 3FW6A 3BCFA 4ACZB 2WHKA 2Y8VA 4WLCA 2WNWA 1JGIA 1UG6A 3N04A 3AS3A 1U2YA 3NSXA 2VZVA 3L4VA 1QNQA 4LX4A 3FHQA 3IJ8A 4C90A 4GXPA 1B31A 2J75A 3WNMA 2PWGA 2ZIDA 2W92A 3VVGA 4JL1A 4DUXA 1CGXA 3LPOA 4OOZA 3UG4A 1WZLA 4GI6A 2WMKA 4U33A 1GNXA 1B9ZA 1LWJA 2E3ZA 2EQDA 1JF5A 3L2MA 3VX0A 4LQ1A 4CUCA 1A3HA 2CERA 3M7SA 4IISA 2ZXBA 3DECA 1JYVA 3ZIZA 4W85A 1GVYA 2J7CA 4GO9A 3ZT6A 2WKGA 4AD5A 3MUZ1 3WL0A 4CCDA 3LPGA 5E0CA 4D6JA 5C71A 1PJ9A 2BVYA 1XYZA 3HJEA 1ESWA 4PBGA 4H04A 4AEFA 3POCA 2Y8KA 1KBBA 5DF0A 3VDAA 2J79A 2VC9A 1KXTA 3B9AA 3AISA 2CEQA 5A6BD 4AY1A 1CXFA 3MV01 3AMDA 3II1A 1V6VA 2UY5A 1E4IA 3CTTA 1NWRA 1JZ8A 3AHXA 3ARSA 3UETA 1CXHA 4FK9A 3ZJ7A 4MNLA 2FH6A 4JFSA 3MS8A 3W28A 1AVAA 4D6GA 4UQAA 4NSBA 2CBIA 5DEZA 3WNPA 1E4NA 2VRQA 1PPIA 3RJXA 2UY2A 1JDCA 3VNYA 2XIBA 3CHEA 4V28A 2CKRA 1Q6GA 3W0KA 3WDQA 3GDBA 5BYWA 1BGAA 4WKAA 3WUEA 4HA1A 3TP4A 5EFFA 2E0PA 5CGMA 1W2VA 1PX4A 1UWUA 4PCTA 1FA2A 5HPCA 4HTYA 5A6SA 1P6WA 3VD5A 4Z2HA 1ZBCA 1E15A 1GHSA 4CD7A 2EPLX 2WHLA 4TX6A 5JUVA 1H2JA 5F7UA 3AXXA 1ISZA 1XCWA 3VMOA 4GINA 1TA3A 1GJUA 4E4PA 3VINA 3N9KA 3VGDA 4OIFA 1QI4A 4YN5A 2CYGA 1YHTA 1V3JA 3WQ4A 2EPMX 4QP0A 5IDIA 4W88A 4MADA 1Z32X 2J7HA 1UWQA 5IXEA 4CU8A 4KWUA 1CDGA 3MMWA 4W86A 4W8LA 1UZ1A 3DHPA 1GOQA 2NT1A 1G01A 5EMYA 4ACZA 1HT6A 4UNIA 2FHBA 4HU8A 2E4TA 3ARQA 3QOMA 1DWAM 2BS9A 2ZUNA 5I3DA 1TZ7A 4F9JA 3EYPA 1VBUA 1UKSA 1UUQA 5GNXA 1F4AA 3W4RA 3N15A 4QFUA 3WFLA 4RL3A 2ZOXA 3A6OA 4M8UA 2DSVA 2WMGA 1LL7A 3AXIA 1B0IA 4HPHA 2CXGA 2ZICA 2NSXA 1VFOA 3N13A 1QNPA 4MB1A 2BY0A 4PSRA 2YA1A 2JE8A 1W3JA 1LJYA 3UG3A 4AZBA 3DYOA 3QHOA 1MXGA 1RD6A 3MU7A 2X8RA 2IXUA 1W1VA 2XG9A 1UWRA 1CGTA 3EMCA 3WFZA 2O9OA 1B1YA 1ISVA 4PYSA 3SCQA 3O6AA 1R8LA 4HZ7A 4NRSA 1IZJA 3KEHA 3AYSA 2PB1A 3PZNA 4URIA 4PMZA 4UQCA 4JCMA 3KWXA 3SUWA 5KZ6A 1EDGA 3WN6A 5A2BA 1V6WA 1CNVA 2D2OA 5D9NA 2D24A 2D0GA 2XTKA 3TTYA 1D3CA 1OM0A 3EBVA 2UWFA 2QLYA 1GPFA 1ECEA 4PUEA 3PZTA 2C8NA 5HDRA 3ARTA 1N82A 3T0BA 4AD4A 1V03A 1VEPA 1EHNA 1GZJA 1AQMA 3THDA 4C91A 1E5JA 4CCEA 2V38A 3SCNA 3VIOA 1ZS2A 3WH9A 3RDKA 4D6DA 4XB3A 1GCYA 1UR0A 3A4AA 3D5HA 2D0FA 3MUIA 3ZM8A 3KL5A 3PHAA 3CLWA 4IPLA 3ZQ9A 1FOBA 4Q7NA 2ZWZA 2DEPA 1VJZA 3O2LA 1HJXA 4PMOA 3VILA 4CN6A 1HF6A 4OJYA 1UKOA 4V27A 1H09A 1K9FA 3GTNA 4WF7A 2UY4A 3RJYA 3VIGA 1MQRA 2A3CA 3UR7A 5BRPA 4WSKA 3W29A 1E6QM 4D71A 4U2YA 4PSPA 3U7VA 1CZ1A 1CLXA 4DWSA 1JYWA 4C7FA 3CBWA 1BVZA 1M03A 4PUDA 1BYDA 4U31A 2CKSA 4M29A 1UKQA 2VQTA 4IPNB 1JXKA 3G6LA 4AZ7A 3UESA 4ZFMA 3T2OA 3RIKA 1H3GA 2A3BA 5I6SA 3M07A 1EH9A 1HVQA 1NM9A 2ZXDA 2PWDA 3I3EA 3MMUA 3PZMA 1KQYA 1WB0A 1BQCA 2VRKA 2J8FA 2WMHA 2JALA 2BY3A 4W8BA 4CGTA 5E6ZA 3E1F1 1NOUA 4LYQA 3WD2A 3WBEA 4N42A 3W6LA 4BS0A 2F2HA 3WUFA 4W5ZA 3VTRA 4P7NA 2YBTA 3IJ9A 2EJ1A 1DWGM 2WVSA 3WDIA 2ZUWA 4M80A 3WDHA 1SMDA 3M46A 4ATWA 4JFVA 1QBBA 2J7GA 3ECQA 3DC0A 5LA1A 7CGTA 3NSMA 5JBDA 1H11A 1GUVA 5GQBA 3GNPA 1E6ZA 3CUHA 4PTMA 4B3LA 4UOQA 1CPUA 2DH3A 1JD9A 2YBUA 4U5IA 2WYSA 5CXPA 3SCVA 2D20A 5ABGA 1UR9A 3WIJA 1LF1A 1V3LA 3NJ3A 5C70A 4LPCA 3WH5A 1CGWA 4PMRA 1R85A 1UA3A 4HOXA 1JZ7A 3EDEA 5A8NA 5A1AA 2DPEA 2XIIA 2J78A 2D23A 2J8GA 1V6YA 3GH7A 1HKIA 4HPGA 2VT0A 2VQUA 1GOOA 2WMJA 4DM1A 1WE5A 4JIEA 2PWEA 3QHMA 4MAZA 4AZ6A 1BTCA 1JNEA 1E6PA 3KZSA 1JYNA 4OBRA 4C7GA 3QOKA 1XSKA 3SCWA 3VIKA 3VUPA 3NDZA 1C90A 1XGZA 4XUYA 1C93A 3ARYA 1BYBA 2CIPA 4P8VA 2ZX8A 4JKKA 4M24A 5CPTA 4MJ2A 1M7XA 4QLKA 2YDSA 1JG9A 3OGSA 4D6FA 2G8ZA 4N0RA 3ARZA 4MB3A 2DT1A 2JFEX 1VFUA 4AYSA 5JIPA 2VX6A 4AW7A 1JZ6A 3WQ5A 1NWUA 1B3VA 4F66A 2O9TA 4A4AA 5I24A 3M6DA 2XWDA 4CVWA 5I78A 1QOXA 1OT1A 2CESA 3UCQA 2J25A 3SCPA 5A8PA 5TD4A 4CVUA 3GBDA 1EO7A 3TTOA 3GH4A 2YIHA 2FH8A 4U3CA 1SR0A 3VDHA 2PF0A 4KGJA 3VMNA 3VNZA 3NUKA 1QBAA 3LPPA 1RH9A 3AMGA 3WDJA 1E6RA 1HKMA 3EDJA 1EOMA 3TONA 2ZX7A 4WSJA 2J77A 3VIFA 1QNOA 3HU7A 2WKLA 1ZB5A 3UERA 1K9EA 1WO2A 4S3KA 5EFDA 2WC3A 1E55A 4KRUA 2BNJA 4ATDA 2G3NA 3T09A 1R7AA 4JKMA 1IT0A 1X1NA 2Q8XA 1TA3B 1H0GA 1XYFA 2WCGA 1E3XA 5AC4A 2VCAA 3L4UA 2CHOA 1GOWA 4E8DA 2QMKA 7TAAA 2XVKA 3FY1A 3OIHA 1BGGA 3FAWA 3UR8A 1J0HA 2W67A 1K6AA 3F5KA 4WJXA 4Z2KA 2WLZA 1E3ZA 1V3MA 2GSJA 1I1XA 1ZJAA 2X2YA 3WD0A 3PZIA 2ZUUA 2EEXA 5GPRA 3WF0A 7A3HA 3OLIA 1Q6CA 2WCSA 2WCAA 3VD7A 1JDDA 4GZEA 5D9OA 3WMCA 5CLWA 3CHFA 3W26A 1CGVA 3WELA 1EO5A 1AMYA 3T2PA 1E1FA 1VEOA 1ZBKA 2F8QA 3GXDA 2WMFA 3ZO9A 5IFTA 3WQ6A 1WCGA 3AICA 4HP5A 1MW3A 2WZHA 3WBAA 1PX3A 2J47A 3IAQA 2Z1SA 1KQZA 3VGBA 4E2OA 3AIVA 1PIFA 1XD0A 3WF4A 2CCRA 1UA7A 3WEZA 1U30A 3JUGA 1W9PA 1BPLB 4BQ3A 2J62A 4W5UA 2E8ZA 3F5JA 3MANA 1XH0A 5LYRA 3W38A 3WMBA 4AZCB 1UH3A 3MO4A 2O9RA 4D1IA 1JXJA 2JEPA 3WEOA 4JL2A 1G0CA 1M04A 3VGFA 3NYDA 1UH4A 1W1TA 2GVYA 4OBSA 3T0DA 1EOKA 2XSAA 5DT7A 4B3KA 4D1JA 3W53A 1V3KA 1CGYA 1UR1A 1E9LA 2J7DA 5M3WA 2QF8A 2V3EA 2DSWA 2DSUA 3CUJA 1GONA 3PTQA 1W1PA 1IV8A 3N17A 1E0XA 1QI3A 2QHAA 1XSJA 1DHKA 1JD7A 1TR1A 4HZ6A 4L4OA 3CZGA 3AZSA 4GI9A 2ZUTA 5CSUA 5I23A 1R87A 1OIFA 1KXHA 1E6SM 4JCLA 2WXDM 3CZEA 1EXPA 3WNKA 4UFIA 1NH6A 3FNDA 3AIRA 2PWHA 2BY2A 3ZJ8A 1BLIA 1UQZA 4CU6A 1I75A 2WZEA 3PZGA 1CENA 1XCXA 1M53A 4TVUA 3VM5A 5FKYA 1UWSA 3WQ8A 3VMPA 4PRWA 3ZMRA 2BFGA 2WBKA 1E1EA 3BAIA 1XD1A 1JAEA 1KGUA 2ESCA 2JIEA 2BHYA 4JFTA 4JHZA 4A3YA 1D2KA 1GW1A 1OT2A 3SCTA 3GNOA 2E9LA 2WVVB 1QI2A 4LYPA 3W27A 1JFXA 5I5RA 3OZPA 1B3WA 5DMYA 4FF5A 3BXWA 1UKTA 4XZWA 1HJSA 1LWHA 5A95A 4UOZA 1TE1A 3DYPA 2VVSA 1H49A 1DWFM 4DWSB 1CIUA 4UQEA 4UQDA 5FCZA 1KBKA 3AQUA 1CYGA 2XGBA 3TA9A 5CPQA 2YA0A 4DUWA 4LGXA 4CN1A 2VX5A 1XH2A 1KB3A 1WDQA 2ZXAA 4PCSA 2VMFA 2NW0A 3IJ7A 2AMGA 4AMCA 1G1YA 3W37A 1OBAA 1ODZA 2F61A 2OWWA 5A2CA 2D0HA 5M17A 2YL5A 1QW8A 3FAXA 4ZXOA 4AXNA 1HKKA 1J0ZA 2YDRA 2WHJA 4JAWA 2VO5A 1UD3A 2W61A 3VOCA 3BAYA 2A3AA 1K9TA 2DQXA 4NI3A 2GJXB 3WF2A 1OD8A 4DWSC 1VBRA 2C7FA 1MVYA 3CUIA 3PZOA 4MNMA 1B30A 3SUSA 3GNRA 4AZCA 2CITA 4Z2LA 1V0MA 1V3HA 1PEZA 2WVTA 1CTNA 3RCNA 5I0DA 2D1ZA 3AHTA 6CGTA 3AIEA 2GJPA 1OCQA 1DWJM 3ARXA 3AHVA 3OLEA 5DT5A 4QLJA 4OUEA 4Z2GA 2EXOA 4EE9A 1XC6A 3T2QA 4RE2A 3AJ7A 4J3UA 3MSDA 3K4DA 5AY7A 4KMQA 5E09A 1E73M 1NOWA 4M56A 5GNZA 1GQJA 3K4AA 4WKFA 2YOCA 5CSYA 1Q6DA 1EDQA 3GBEA 2XPKA 2XFRA 2WBGA 3CUGA 1V0LA 3VDBA 3L4TA 3NCOA 1C7SA 4OOUA 1HX0A 1XRVA 1Y7VA 2FHFA 1V3IA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
 4QCF A;  2OSY A;  2AAA A;  3I3B A;  2GUY A;  3B8S A;  4PMU A;  4YHG A;  2W5F A;  2J74 A;  2V3F A;  5E70 A;  4UFH A;  3OB8 A;  1VAH A;  5E9A A;  1JZ4 A;  2WPG A;  4D72 A;  1G94 A;  1B3X A;  2W63 A;  3WUB A;  4UTF A;  1CLV A;  1EDT A;  2X09 A;  3AZT A;  5DFA A;  4CN4 A;  3VGG A;  4AD0 A;  4HA3 A;  4BF7 A;  1VRX A;  3VIH A;  3AS2 A;  4HZ8 A;  3DYM A;  2AOS A;  2G3J A;  3AIB A;  3WEM A;  3EDF A;  2BVT A;  3OBA A;  1CXK A;  3L4X A;  5GNY A;  1H1N A;  1TG7 A;  1BSI A;  5EB8 A;  1WZK A;  3AHY A;  3U7B A;  3N1A A;  4J3S A;  2EO7 A;  3OLD A;  2WWC A;  4CD5 A;  1E0V A;  4P7O A;  3BAX A;  4HA4 A;  4PMX A;  3WSU A;  4TOQ A;  2J7E A;  3ARU A;  5FL0 A;  2VZS A;  1HJW A;  2WLY A;  2XUC A;  4AZG A;  3K8M A;  4D6I A;  4EAN A;  1ITX A;  2X0H A;  5EBA A;  1C91 A;  1MFU A;  1GOK A;  1Q6E A;  4J3W A;  3OG2 A;  3WD1 A;  1D7F A;  2G3I A;  2O92 A;  3B9D A;  2V3D A;  1NOF A;  1G5A A;  1E0W A;  1JZ3 A;  4UOJ A;  3CHD A;  1RPK A;  1V08 A;  3ARW A;  4ML4 A;  1TUX A;  2E9M A;  5HBF A;  3AFB A;  6A3H A;  1CXL A;  1TMQ A; 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