2X6SA

Human foamy virus integrase - catalytic core. magnesium-bound structure.
Total Genus 62
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
62
sequence length
188
structure length
188
Chain Sequence
PQKPFDKFFMDYIGPLPPSQGYLYVLVVVDGMTGFTWLYPTKAPSTSATVKSLNVLTSIAIPRVIHSDQGAAFTSSTFAEWAKERGIHLEFSTPYHPQSGSKVERKNSDMKRLLTKLLVGRPTKWYDLLPVVQLAMNNTYSPVLKYTPHQLLFGIDSNTPFANQDTLDLTREEELSLLQEIRTSLYHP
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Structural Studies of the Catalytic Core of the Primate Foamy Virus (Pfv-1) Integrase
pubmed doi rcsb
molecule keywords INTEGRASE
molecule tags Viral protein
source organism Human spumaretrovirus
total genus 62
structure length 188
sequence length 188
chains with identical sequence B, C, D, E, F
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2010-02-19

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 2x6sA00
2W42A 1QE1A 4ICLA 3O4NA 1VSLA 1RT6A 3CFPA 1QSSA 1VRUA 4DU4A 3M8QA 3V4IA 2ATQA 2HMIA 1EKEA 4JLHA 1N5YA 4CF0A 4B9UA 1RDDA 1VSEA 5DMRA 3U3GA 4KTQA 3CQ8A 4FLWA 3ZSOA 3V1RA 3OYFA 1UA0A 4O55A 1T7PA 4ID5A 4CGGA 3OYNA 3HPOA 1U49A 3QERA 1VK0A 5KI6A 1X9MA 1S1TA 1A5WA 3V6DA 3MECA 2ITGA 3K5NA 4CECA 4R5PA 3V9UA 4ZTJA 4KHWA 4EP4A 5C42A 4OLAA 2D0CA 1VSIA 1QSYA 3V81A 2OA8A 1HYSA 4B9SA 2QXFA 4C8NA 1WSJA 4E0DA 4H4OA 3K5LA 4CGFA 3KK1A 2YNFA 4E3SA 2F8SA 1JLAA 4DTUA 4KHNA 4M3UA 4DU1A 3L3UA 4FLVA 4DFKA 4Z4HA 3AVNA 1SKSA 4FJLA 4FK0A 2HHSA 3T1AA 3VQ5A 4W5RA 5C24A 3M8PA 4DSEA 4FCYA 3L2VA 3AO3A 3TAFA 4J2DA 3OYCA 3HXMA 4ELTA 4K8ZA 4B9LA 2OYQA 4KTZA 1NJYA 1YVUA 2DFHA 4AHTA 3NHGA 3NDKA 3TAGA 4CJEA 4FXDA 1O1WA 2E6MA 5CZ1A 4DSIA 4KI4A 2I5JA 1RCHA 4B9MA 4E7KA 1JLCA 4N47A 4BE0A 1F21A 5HRRA 3RRHA 2Z1JA 4IFVA 4E19A 2BDPA 3HK2A 1DLOA 2D0BA 3AA3A 4CCHA 3LPTA 3TR8A 1RT5A 3AO5A 1ZBUA 4CJWA 2DFFA 2HNYA 1NJZA 1BISA 1RBTA 3DLBA 3AVBA 3HJFA 2VG6A 3PX6A 3OYBA 1W9HA 1SL0A 4CK2A 3OYMA 3HT3A 2FBXA 4CHOA 5CZ2A 2XO7A 2B6AA 4B8CA 5HBMA 1RTHA 4Z4IA 3L2WA 5K14A 5I42A 1I3AA 1GOAA 1LAVA 1MU2A 1IKXA 1KCFA 5HLFA 1ZBHA 5C25A 4HUEA 4BDZA 2P5GA 2ZD1A 3HPHA 3JYTA 4PUOA 1U45A 1FKOA 4FM0A 3VQPA 3HL8A 4DTXA 4I2QA 3KLFA 4TSXA 4CFCA 4QOZB 3LANA 2ZQBA 2F96A 3K59A 5T7BA 3ZCMA 1QSLA 1VSKA 4CIGA 3NH1A 4E7IA 3SPZA 3TAQA 2RN2A 3SNNA 4HCBA 4Z4GA 4KHUA 2HHUA 3PX4A 4Z4EA 1WSIA 3ZSWA 5FRNA 5HRNA 4KAZA 4O0IA 4GW6A 1Q9YA 3ISNC 2AJQA 2XRIA 3NF9A 3PO4A 2KQ2A 3KKSA 4OKKA 1LWFA 3QIPA 1JXEA 2FC0A 4O4GA 1BGXT 4Y1DA 3WNEA 4CHPA 3AO2A 3OS0A 4N76A 1ASVA 3NH0A 4FM1A 3SJJA 2QKBA 4ELUA 3KLIA 1VSHA 3NF8A 3RWUA 4E89A 5D3GA 4OGEA 1TL1A 4DTMA 3RMAA 3KIOA 4CF9A 4J2AA 2VWKA 1U4BA 3O3FA 2R7YA 1SL2A 3HP9A 3EYZA 2X78A 4PY5A 1TKZA 2PZSA 1CLQA 1BIUA 3HPGA 1XC9A 1HNVA 4JS5A 1C6VA 1LV5A 2HHQA 4CEOA 1T03A 2KZMA 1BCOA 3NBPA 3G10A 4HCCA 1RT1A 1UWBA 3SZ2A 4CEFA 2Y1IA 1RTDA 1NOYA 2YNGA 3ZT4A 4KO0A 3L2QA 3TARA 1BL3A 3L2RA 5J2NA 1GOBA 2IDOA 4EZ6A 4LSNA 4DSFA 2HHXA 2WONA 1WSGA 2FBVA 3CM5A 3AVHA 3CFOA 3ZT0A 4E1NA 3BGRA 3HVRA 4DS5A 3BDPA 2HNZA 1VSDA 1Z26A 3VQDA 3DLGA 3HYFA 4CEAA 4CHNA 4DWIA 4BE2A 4RW7A 4M42A 1RDCA 3V9XA 3E01A 1YT3A 4XIUA 2IC3A 4PA1A 2Z1HA 3KJVA 5I3UA 2O4IA 1U04A 4OGCA 3O4QA 4KHQA 3VA3A 4MFBA 4CHZA 3V9SA 1XHXA 1S6QA 4JS4A 4NCBA 2E4LA 4RW4A 2IS3A 4QCLA 2Z1GA 4ID1A 2YKMA 4C8MA 2Y1JA 3PX0A 2YNIA 3DRRA 3MEEA 4CIEA 5FRMA 4IBNA 4BDYA 2GUIA 4F2SA 2E6LA 4FLZA 3P83D 1FXXA 1KVCA 4DQRA 5KGWA 4CJUA 4JRQA 3HVTA 4E7HA 4UQGA 4I7FA 3NFAA 3DLHA 1NK0A 1TGOA 4CJPA 2XHBA 2G8WA 3OJSA 3AVKA 3ZSVA 2X6SA 3A2FA 3SCXA 3NF6A 4OJRA 2XY7A 4F3OA 4J2EA 2EHGA 3KD5E 1K6YA 4H8KA 3DMJA 4IDKA 4DLGA 4CGIA 3VQQA 4DS4A 4N56A 2VWJA 1SKWA 4FJ7A 3MAQA 2HHVA 3JSMA 3RMCA 1ZBIA 1W0HA 3TAEA 3QIOA 4Q0BA 2G8VA 1KVBA 1RT3A 4RW8A 3ZSXA 1S6PA 3L3VA 4O44A 3RRGA 4CEDA 3AV9A 5DK5A 3V1QA 5CY4A 3KD1E 4L8RB 3DI6A 4OPKA 3FFIA 5E41A 1J5OA 3ZSYA 3DRSA 2X6NA 4FZXC 3AVCA 3NCIA 3S3NA 4B8AB 4FJGA 4DFPA 3CM6A 4FZYA 2OPSA 3F73A 1LW0A 1D5AA 3U6FA 3SUQA 1TK8A 4CJ3A 4KRFA 3B6OA 1C1BA 3H08A 4CK1A 2HHTA 4CJFA 1TKXA 1BQMA 4CJ5A 5KRSA 3QETA 4HUFA 1RT2A 1SKRA 4CHQA 2IAJA 5KTQA 4CFBA 2GBZA 4DF8A 1J53A 1JLFA 3SUOA 1JL2A 3LP2A 1DTQA 3ALYA 2G8HA 3K5OA 3S9HA 3ZT2A 1VSJA 3CFRA 1B92A 5HROA 2G8IA 3LPUA 1NKBA 4FJHA 1B9FA 1UAXA 1HQEA 4AH9A 1YTUA 1EP4A 4F3TA 1S9EA 2X74A 3NAEA 3RR7A 1RT7A 1ZBFA 3ITHA 4RW9A 3V1OA 3S3MA 3KK2A 2KFZA 2OPPA 1C1AA 1NOZA 1X9SA 4M3WA 4BDPA 1WNSA 1REVA 4AHVA 2XY8A 1XI1A 4FYDA 4C8LA 4DFMA 4KPYA 1CZ9A 3QEVA 2PYJA 4NCAA 3UIQA 3KLGA 2O4GA 4LD0A 1HQUA 1BI4B 4CERA 2XY6A 5J1EA 1IH7A 4CE9A 3RTVA 4DF4A 5SWMA 1NJWA 5JS1A 2KTQA 1ASWA 1TK0A 3QINA 1KFDA 3QESA 3VQAA 1JLEA 4KHSA 3AVLA 2G8KA 3AVMA 3ZT3A 1QS4A 3G0ZA 1XWLA 1KRPA 1KSPA 2B5JA 1CZBA 1G15A 2BANA 3S3OA 1DTTA 1RT4A 3EY1A 2XY5A 4FJXA 1NKEA 4LSLA 3IS9A 3SQ1A 1NK4A 1N6QA 3OVNA 2VG7A 4FLYA 1U48A 1TL3A 1RDAA 4DTOA 3P1GA 1LAWA 1B9DA 3C6UA 1D9DA 1S5JA 1BIZA 1IKYA 2FBTA 5FDLA 3VQEA 3L2UA 4DSLA 4FK4A 3OYLA 2YV0X 4DMNA 4DTNA 2YNHA 4B9NA 3QEPA 4FZZA 1S1UA 2EX3A 2ZE2A 3WNHA 4CJ4A 4B9VA 2P51A 4B08A 4CEQA 3TAPA 1KLMA 3AO1A 2OZSA 1J9AA 1HNIA 3D0PA 1BQNA 1C1CA 1HMVA 2OPRA 3LZJA 2VG5A 3RR8A 3KK3A 4FJKA 1WAJA 3SQ2A 1EX4A 3C94A 3D45A 4FW2A 1BHLA 4O5BA 1NKCA 4CF2A 3OJUA 3PV8A 4BE1A 1C0TA 1J54A 1S1XA 4EZ9A 1L3SA 1NJXA 1UA1A 1T8EA 5FROA 4FJNA 4M3ZA 3V9ZA 4Z4CA 4CJKA 1BI4A 1ITGA 1KTQA 3LZIA 4N5SA 1CXQA 1L3VA 4FJ9A 1NK7A 4DU3A 4ZHRA 3IAYA 4CEBA 4GVMA 4LH5A 4CF1A 1RBRA 2BE2A 5CYMA 4M3YA 5J2PA 3NH2A 3AA4A 3TWHA 1KLNA 5KRTA 4KB1A 4DQQA 2DY4A 4F2RA 2HVIA 1Y97A 4DTRA 3MEGA 5SZTA 3LP3A 3PO5A 1JXBA 3LP0A 1T05A 2RKIA 2LSNA 3MEDA 3VQ4A 3DLKA 4CGJA 4YNQA 4FLXA 3HO1A 2D5RA 1RTJA 4KB0A 1S1VA 3LALA 2OPQA 3DRPA 4KV8A 4DTSA 3DLRA 3SQ4A 3VQ7A 4KHYA 4CJTA 2QKKA 4DSKA 4OPJA 3C95A 3HSTB 5J2MA 1CXUA 1JLGA 4Y1CA 4PWDA 1Q9XA 3VQCA 5KGXA 3NF7A 3QO9A 4C8OA 3AVIA 1Z25A 3MXIA 1RTIA 3NE6A 4DQSA 4F4KA 3IRXA 3P5JA 3QLHA 3TAMA 1FK9A 2KW4A 1EETA 4IFYA 1IKVA 4KTWA 2OZMA 3ZT1A 4F8RA 1WSFA 2DFEA 3C6TA 4CIFA 1IO2A 1RBUA 2ETJA 3AVAA 4E7LA 1HRHA 1RNHA 4RW6A 4WE1A 1Q8IA 5HRPA 1X1PA 2P1JA 2A1RA 3M8SA 1IKWA 4AHCA 4W5TA 4ZTFA 2BGGA 2HW3A 3MXJA 1S9GA 4OKEA 3OYJA 3LDSA 1L3TA 2Q3SA 2YHBA 1QQCA 3OYKA 3RMBA 2QK9A 1SL1A 4E1MA 1HPZA 1S1WA 3AVGA 3LAMA 4W5OA 4ELVA 4AILC 1WN7A 3WNFA 4CJVA 1NK8A 3VQBA 1TKTA 4DG1A 1YTAA 3DYAA 3AVJA 4C8KA 2G8UA 1C0MA 4HVJA 2IGIA 3TI0A 4LY7A 2IOCA 3QEIA 3NGIA 4B3OA 3V9WA 4FW1A 3I8DA 3EZ5A 1IG9A 3VQ8A 3M8RA 5CYQA 1C0UA 3QNNA 3MXMA 3KLHA 1JLBA 3ULDA 3OYDA 1LW2A 1QHTA 1L5UA 2D0AA 2B4JA 1A5VA 2YKNA 4I9LA 1GOCA 4CESA 3KTQA 4I9QA 3I0RA 4PQUA 4FJJA 4DLEA 3QEWA 1A5XA 1UOCA 4HHTA 2WOMA 4K8XA 3ZSQA 3K57A 3PUFA 3PY8A 1HJRA 4AHRA 3HP6A 1LWEA 1LWCA 3SUPA 3WNGA 4CEZA 4FJMA 3OY9A 4IG0A 3VQ9A 3SV4A 3L8BA 2F8TA 4NYFA 3I0SA 3F9KA 4IKFA 3QEXA 1RDBA 3VA0A 5EU7A 3AVFA 2RPIA 5J2QA 4KI6A 1TKDA 5JS2A 4KKOA 3DOLA 3OS1A 3OS2A 3KLEA 1U47A 2HVHA 3NGZA 1KFSA 4EP5A 1SUQA 3OYGA 4KFBA 4BACA 3NGYA 3THVA 3LP1A 4LH4A 3K5MA 4N41A 1RILA 1EXQA 4M45A 4H4MA 4RG8A 4FLUA 2PYLA 3DM2A 4W5QA 2Z1IA 3O3GA 5HP1A 4FJIA 1WAFA 1JKHA 2FBYA 2GV9A 1L3UA 1JL1A 4G1QA 4OKJA 3SUNA 3OYHA 4DSJA 3SQ0A 4FM2A 3T19A 4Q5VA 4E7JA 1WLJA 4W5NA 1VSFA 3IG1A 1XHZA 1X9WA 1TAQA 4HUGA 4M41A 2KFNA 2DTUA 3O3HA 3DOKA 1SV5A 1WSHA 3TANA 1TVRA 3ZSZA 1KVAA 4BWMA 3AA2A 3OYIA 1RBSA 3HM9A 3U3YA 4B9TA 4FK2A 4CFDA 4DQIA 1I39A 2JGUA 3OYEA 1ZYQA 3LAKA 1VRTA 2HHWA 4AHUA 4QAGA 4MQ3A 1TV6A 1HYZA 4GMJB 4CJSA 4DTJA 1NK6A 3TABA 4FJ5A 2A1SA 1RBVA 1FKPA 3AA5X 1R0AA 5HRSA 3QNOA 3OYAA 3K58A 4J2BA 4FVMA 3VN5A 4CGDA 3T3FA 1TK5A 3ZSRA 4M3XA 2HB5A 3B6PA 2NUBA 3LWMA 4CJLA 3RMDA 4O0JA 1VSMA 4CHYA 4OVLA 4IG3A 1JLQA 4Z4FA 4AHSA 2JLEA 4KREA 4BWJA 4DFJA 3KKRA 1NK9A 4CF8A 1TAUA 2YHAA 4M3RA 4CGHA 4CFAA 1NK5A 4YFUA 4NCGA 4CJQA 4FJ8A 1WSEA 3VQ6A 4DTPA 3K2PA 3SPYA 4CK3A 4CJRA 2PY5A 3CYMA 4HTUA 3CG7A 3SV3A 3SI6A 3LWLA 1ZBLA 2G8FA 4OLBA 2HNDA 4NYNA 3DLEA 1ASUA 1D8YA 4JRPA 1D9FA 4I2PA 2P5OA 3SYZA 1QTMA 1BCMA 4FLTA 2KZZA 4CEEA 4M3TA 1HYVA 4Z0UA 3AO4A 4DQPA 3ASMA 2RF2A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3KWGA 2P9SB 1RT6A 4LFBK 5AQZA 4CI6A 4MO4A 1VRUA 1EKEA 1N5YA 2ASOA 1VSEA 5DMRA 3DXKB 1YITN 5M1FA 5TKWA 4KTQA 3CQ8A 3V1RA 1EWRA 3OYNA 4L3QA 3P4IA 1U49A 3QERA 5BPNA 1S1TA 4ZTJA 4DR2K 3V9UA 4CECA 2YI1A 1YJWN 1HYSA 4MLHA 4BRPA 4F9OA 5BRDA 4E0DA 3K5LA 2F8SA 3KK1A 4E3SA 2CGKA 3MWTA 4M3UA 4BGAA 4DU1A 3AVNA 3ZEUB 3SLCA 5AZJA 3HXMA 5HOOA 2OYQA 2YCHA 4K0KK 3IDHA 3NDKA 3TAGA 4CJEA 4FXDA 4DSIA 4R79A 3UB5A 3LM9A 3WXLA 5F0XA 4E7KA 4BE0A 4FOIA 4BR5A 1K73O 2OTJN 4E19A 2BDPA 2QWOA 4MLEA 2D0BA 3AA3A 5KPTA 1NJZA 3TR8A 4CCHA 2HNYA 4DUYK 1BISA 3NMUA 3HJFA 5LJWA 2VWBA 2CH6A 1SL0A 4CK2A 5HBMA 1RTHA 5K14A 1X3MA 4GVEA 5GAEP 2P9IA 2E5LK 1ZBHA 4YOTA 4PUOA 3JYTA 4DV2K 2UXBK 4DTXA 4JKCA 4I2QA 3VF6A 3LL3A 3M3ZA 4TSXA 4CFCA 1KD1O 1O13A 5T7BA 1ZBSA 3ZCMA 1QSLA 4CIGA 4E7IA 2Q97A 3SNNA 2RN2A 4QS8A 2Q0UA 4Z4EA 4CBUA 3LM2A 5FRNA 5HRNA 1VHXA 4BG8A 2AJQA 3NF9A 2KQ2A 5ELZA 4JKHA 3KKSA 4YHHK 4N76A 1E3MA 1ASVA 4BRCA 3KLIA 1VSHA 3PSFA 3KZBA 4B1ZA 1XMOK 4OGEA 3KIOA 4J2AA 2VWKA 2NRHA 4BRIA 4JHDB 5AR0A 4O8KA 1RDUA 1BIUA 1NGDA 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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