2X6SA

Human foamy virus integrase - catalytic core. magnesium-bound structure.
Total Genus 62
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
62
sequence length
188
structure length
188
Chain Sequence
b'PQKPFDKFFMDYIGPLPPSQGYLYVLVVVDGMTGFTWLYPTKAPSTSATVKSLNVLTSIAIPRVIHSDQGAAFTSSTFAEWAKERGIHLEFSTPYHPQSGSKVERKNSDMKRLLTKLLVGRPTKWYDLLPVVQLAMNNTYSPVLKYTPHQLLFGIDSNTPFANQDTLDLTREEELSLLQEIRTSLYHP'
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Structural Studies of the Catalytic Core of the Primate Foamy Virus (Pfv-1) Integrase
pubmed doi rcsb
molecule keywords INTEGRASE
source organism Human spumaretrovirus
molecule tags Viral protein
total genus 62
structure length 188
sequence length 188
chains with identical sequence B, C, D, E, F
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2010-02-19

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 2x6sA00
1KVCA 2XY7A 2KZMA 4FJXA 1RT3A 3ZSRA 1JL1A 3RR7A 5KTQA 3VA3A 4DSIA 2P1JA 3JYTA 4MFBA 1D8YA 3I0RA 1C1AA 2HHWA 1CXQA 5HRNA 2YHAA 4CJ3A 2OPSA 4CIGA 3TAEA 1ZBHA 2D0CA 1RDCA 1I3AA 3DLRA 3AVKA 4DFMA 3OS0A 4O55A 4HCCA 4FXDA 2Y1IA 4CF9A 3ZT0A 3KJVA 1NK7A 3WNFA 3QO9A 4DSLA 4AH9A 1RDDA 1RDAA 1WAJA 4CF0A 4CECA 1DTTA 4RG8A 4RW9A 2OZMA 4PQUA 2GUIA 4KAZA 2O4IA 3S9HA 2QXFA 3S3OA 3V9WA 3IS9A 2HVHA 1SV5A 3HM9A 3DM2A 2XY8A 4CESA 3QEIA 2JLEA 1XHXA 4OGEA 4M3RA 3T19A 3HPGA 3HP9A 3HVTA 4CJPA 1B9DA 1VSJA 4EZ9A 4C8LA 4B8AB 4ZHRA 4KV8A 1C0UA 1REVA 1U04A 4DQQA 4HUGA 4DTOA 3SPZA 4FJKA 3IRXA 3WNEA 3HT3A 4M3ZA 4B9VA 1WSJA 4Z4FA 1X9WA 3V81A 4NCBA 3LPTA 4DQRA 2I5JA 2FBYA 1L5UA 5HRSA 1S9EA 3QNOA 1SKWA 4DTSA 3RMDA 2F8TA 4CHYA 1U47A 4RW8A 4DU4A 2HNZA 4E3SA 2ATQA 3V6DA 3KKSA 1HPZA 4CGFA 3MAQA 3ZT4A 1TK8A 1RTHA 2Q3SA 3KK1A 1WN7A 1YVUA 5J2PA 1VK0A 4FM1A 3NBPA 1DLOA 5CZ1A 1RT2A 2ITGA 2EHGA 4EZ6A 2ZE2A 4W5QA 4M3TA 4OKJA 4HUFA 4FLUA 1JLCA 4J2AA 1B92A 3G10A 4CGIA 4NCAA 1C0TA 4CE9A 3T3FA 3NGYA 1Z25A 4Z4CA 3L8BA 4KB0A 4KFBA 4GW6A 4CHOA 2OA8A 1RCHA 2B6AA 2XHBA 4FW1A 1GOAA 4M3YA 1NJXA 1RTJA 3DMJA 1S9GA 3OYMA 1YTUA 3WNGA 5FRNA 3A2FA 1BCOA 3K2PA 3RMAA 1UWBA 4OLAA 1X1PA 3H08A 4CK2A 4ELTA 4KI4A 4OVLA 4B8CA 3D0PA 2G8VA 4JRQA 1VSFA 2JGUA 3G0ZA 4DLEA 1QSSA 4FZXC 1Q8IA 1UA0A 3SQ4A 2EX3A 3L2RA 4CF1A 3LZIA 4DU3A 2XY5A 1W9HA 2YNHA 3M8PA 1GOCA 2FBVA 3D45A 2PZSA 2ZD1A 1CZ9A 2YKMA 3KLGA 3AO4A 5KRSA 2G8UA 4JS5A 4FJ7A 2QKBA 3DRRA 1EXQA 3HPOA 1JL2A 4FZYA 2IDOA 1Q9YA 4E7IA 4FJGA 2IAJA 3SV4A 2HB5A 4N5SA 2ETJA 4J2EA 3VQAA 2E6MA 4BDZA 3VQBA 3TAGA 2FBTA 4F2SA 1NKBA 3V1RA 3AVBA 3ZCMA 4CJFA 4BWJA 3CQ8A 3DI6A 3MEGA 3DYAA 3AO5A 1SUQA 4DTJA 3DLHA 2OZSA 3ASMA 4KI6A 4W5OA 2G8FA 1QE1A 4CK1A 1MU2A 3AVCA 3F73A 2O4GA 1BQMA 3QETA 4M3WA 3PO5A 3K5NA 1F21A 3I0SA 1QTMA 1ITGA 2HNYA 3ZSZA 2R7YA 3HK2A 3V4IA 3TI0A 2D0BA 1T7PA 1JLGA 1RT7A 2OPRA 1LWCA 3VQ5A 4CJUA 4CJKA 1NKEA 4CEBA 1G15A 4DTRA 3OYJA 1TK0A 4DTXA 3AVHA 4AHVA 1TKXA 3TR8A 4OPJA 4Q0BA 4DS4A 2Z1GA 3KKRA 2LSNA 3QIOA 1FKPA 4E7KA 2KZZA 2BDPA 4OJRA 4RW4A 3ZSVA 3ZSXA 1TL3A 4CIFA 2BANA 5J1EA 2OPPA 4E1MA 3AA5X 3VN5A 3OJSA 4FCYA 1L3UA 4FLTA 1C1CA 3QNNA 4B9UA 1QQCA 1WSFA 4DSFA 4CHPA 1SKSA 3K58A 3AVLA 3ZT2A 4CEEA 1S6PA 1VSEA 4CIEA 4HUEA 1SL1A 1HNIA 1QSYA 4CJ5A 4CCHA 3QESA 4FJMA 3RMCA 1YTAA 4Z4GA 4DSJA 4W5RA 1U48A 4KTZA 3V1QA 3AO1A 1A5XA 1XHZA 2RN2A 1ASUA 3AVAA 3NF9A 1K6YA 4QCLA 3PUFA 4B9TA 2P5GA 4AHUA 1JLEA 3SQ2A 3VQEA 1D9FA 2RF2A 2P51A 1CLQA 4FJLA 4M45A 1R0AA 4KRFA 4CHZA 3NFAA 4PWDA 1KTQA 4K8ZA 3AVGA 5DMRA 2BE2A 3CFOA 3SQ0A 2F96A 4CGHA 2B5JA 5SZTA 4YNQA 4KREA 4CGGA 3L2QA 5HLFA 4ZTJA 3O4QA 3MEEA 1Q9XA 3DLBA 3TAPA 3ITHA 4Z0UA 2PYLA 4E0DA 2RPIA 4F3TA 4O5BA 4N47A 3OYCA 1BI4A 2HW3A 4CJLA 4CEZA 3QEXA 4BE0A 3MXMA 2IGIA 4KHQA 4Z4IA 2YV0X 3TABA 3SUPA 1D9DA 3SV3A 1HYZA 4J2BA 4CF8A 4I7FA 3QLHA 4E19A 3ZT3A 3M8QA 3MECA 2HVIA 1IKXA 3SQ1A 3PV8A 1EKEA 3LWLA 3AA2A 5FDLA 3V9UA 1LWFA 3AVFA 3LALA 4ID5A 4UQGA 3NF8A 2D5RA 4FLZA 4O44A 4KTWA 2F8SA 5FROA 4DG1A 3PY8A 3DRSA 3SUOA 1WAFA 3AVNA 5J2NA 1TK5A 4FK2A 1WSGA 4AHCA 1JXEA 4IBNA 4DWIA 1ZBFA 1C1BA 3TAMA 1KLMA 2VG5A 4BACA 2Z1IA 4C8MA 3NH2A 1U49A 4QAGA 2KTQA 4RW7A 3LAKA 4XIUA 1KVBA 4OKKA 4YFUA 1ZBIA 4AHSA 3AVIA 2VG7A 2A1RA 3NE6A 2E6LA 1LAWA 3AO2A 1S1XA 1JLBA 3C95A 3QIPA 3RWUA 3TARA 5J2MA 2B4JA 4LSNA 1U45A 4LH5A 2NUBA 3OJUA 3CFRA 1NKCA 4KHWA 1W0HA 3C6TA 3K5MA 4BDYA 1L3TA 4KHSA 3LPUA 4CEFA 4NYNA 4CGJA 1RT4A 5HROA 4N56A 5I42A 4CFDA 3SUNA 3VQDA 2KFNA 3OYHA 1BGXT 3I8DA 4Z4HA 4DMNA 1IO2A 1N5YA 1T03A 3VQ7A 1N6QA 4N76A 4CEOA 1S5JA 4O0JA 4DLGA 1EX4A 1FK9A 4H4OA 5C42A 3L2UA 3KD1E 1QHTA 4KB1A 4PUOA 3OYNA 4I9QA 1VSLA 5T7BA 3O3GA 1KSPA 4PY5A 4LH4A 1T05A 3LP3A 4J2DA 4KTQA 3TAQA 1HNVA 1UOCA 3LZJA 3KIOA 3FFIA 3VQ6A 3JSMA 3IAYA 1EP4A 4BWMA 1IKVA 1S1WA 4I2QA 3P5JA 1KVAA 3HL8A 4CHNA 3O3HA 3EYZA 1UA1A 1HRHA 1RBRA 1RT1A 1WSHA 4CGDA 1HYVA 2FBXA 3C94A 2XO7A 3M8SA 1SL0A 1L3VA 3RRGA 4DFJA 1VSIA 3MXJA 3NH0A 3RR8A 3BDPA 3LP0A 1LWEA 5KRTA 3QEVA 3MEDA 4E7LA 4HVJA 4DQPA 4FM0A 1J9AA 3PX6A 1JKHA 4KKOA 4DSKA 4CFAA 3UIQA 3L2VA 5HRRA 3NGZA 5HRPA 3NAEA 4DTNA 5C24A 4FJNA 2HNDA 4DTMA 4H8KA 2A1SA 3KLEA 3B6OA 4L8RB 3DOKA 3RTVA 4FJ8A 4EP5A 4Z4EA 2YHBA 1S1VA 1NK6A 2HHTA 4R5PA 4CEQA 4AILC 1VSKA 1TAUA 4W5NA 1UAXA 4DF4A 1NJYA 3HVRA 4DTUA 1YT3A 3SI6A 3VA0A 4CFCA 4LSLA 1RNHA 1WSEA 3O4NA 2Z1HA 1BIUA 5HBMA 3SZ2A 4NYFA 3SJJA 4CHQA 3KLFA 1KFDA 1TGOA 1WSIA 3PO4A 1S1TA 3VQ8A 4B9NA 4ICLA 1S1UA 4GMJB 1Y97A 2DFEA 4FLYA 3LP1A 4CEAA 3RMBA 4B08A 3KK3A 1TVRA 2FC0A 4CFBA 4E7HA 1JLQA 3AA4A 4G1QA 1KCFA 4PA1A 2HHVA 3OYAA 3ISNC 5E41A 3HPHA 5CZ2A 3ZT1A 1BCMA 5KGWA 2WONA 3ULDA 3S3MA 1U4BA 4I2PA 3OYKA 4N41A 2YNGA 3P1GA 4FM2A 1RDBA 3AA3A 3RRHA 3SUQA 1LW0A 4BE2A 5CY4A 1DTQA 4KHUA 2HMIA 1XI1A 3L3UA 3SNNA 5C25A 1ASWA 3CFPA 1X9MA 2P5OA 2D0AA 3OYGA 2PY5A 3VQCA 1QS4A 3K5LA 3LAMA 1KLNA 2YNIA 3DLKA 2DTUA 1RBTA 5EU7A 1RT6A 3OYFA 2HHXA 2DFFA 3HP6A 1HMVA 2VWKA 4FZZA 1IH7A 3OYDA 4FVMA 2WOMA 4Y1DA 3CM6A 3KTQA 3K5OA 4IKFA 2RKIA 3V9SA 1HQUA 5JS2A 1ZBUA 4DTPA 5I3UA 1BL3A 4K8XA 4OKEA 3V9ZA 4W5TA 3OVNA 2DFHA 3P83D 4IDKA 3BGRA 3ZSQA 4AHTA 2IS3A 2PYJA 1VSMA 3KLHA 3S3NA 2XRIA 4ELVA 3NF7A 3MXIA 1BISA 4B9SA 4M3UA 4Y1CA 3ZSWA 4QOZB 1RBUA 1VRUA 4F4KA 1C6VA 2OPQA 3HYFA 3V1OA 3VQ4A 3K57A 3V9XA 3SCXA 1NJWA 3OYBA 1RTDA 2E4LA 3LWMA 1A5WA 4M3XA 4AHRA 2X6NA 1O1WA 1D5AA 1B9FA 3T1AA 3SYZA 1HJRA 3EY1A 1L3SA 2IC3A 1LV5A 4B9LA 1NOZA 4CJ4A 3L2WA 4DFPA 3LP2A 4E7JA 2YNFA 4FLVA 4CJQA 1BHLA 4IG3A 1IKWA 1LW2A 4CJSA 1LAVA 1TL1A 5KGXA 4DS5A 1SKRA 2BGGA 3OYLA 1C0MA 4F2RA 1TV6A 5JS1A 4FK4A 2HHQA 4RW6A 3ZSYA 2OYQA 3HSTB 4DQIA 4FJIA 3HJFA 1JLAA 4FJ5A 1BI4B 1FKOA 3L3VA 4TSXA 3THVA 3DOLA 4F3OA 3DLGA 4KHYA 3E01A 1RILA 3AVMA 4LY7A 5J2QA 5D3GA 1WLJA 1JLFA 3OYEA 1VRTA 4IG0A 1RTIA 3O3FA 4C8OA 3AO3A 5SWMA 4E89A 1BQNA 1TAQA 1NK9A 1EETA 4MQ3A 2IOCA 3NCIA 4O4GA 4F8RA 5CYQA 2X6SA 1I39A 3C6UA 1S6QA 4DU1A 1FXXA 4HHTA 4HTUA 3OYIA 1NK4A 1NJZA 4FJJA 3M8RA 3SPYA 2G8KA 4KHNA 2X78A 1TKDA 1RT5A 2XY6A 4CK3A 2W42A 2ZQBA 4IFVA 3VQQA 2HHSA 4OGCA 2Y1JA 4DFKA 2G8WA 3DLEA 3NH1A 1X9SA 3VQPA 3ALYA 3HXMA 4JRPA 4FLXA 4FK0A 1RBVA 4IFYA 4M41A 4EP4A 3PX0A 3HO1A 3LDSA 1SL2A 4BDPA 2AJQA 4I9LA 1GOBA 1KFSA 4Q5VA 2X74A 2QK9A 4FLWA 1VSHA 1CZBA 2KFZA 3PX4A 4M42A 1ZYQA 4FW2A 4DQSA 2QKKA 5CYMA 4WE1A 4CJWA 4H4MA 4O0IA 2YKNA 1XC9A 1VSDA 3WNHA 4CEDA 4DF8A 4HCBA 4FJ9A 4FYDA 3CG7A 4OLBA 1NK8A 1J54A 3KD5E 5K14A 4CJRA 3U3YA 2VG6A 3ZSOA 1KRPA 1TKTA 3KK2A 2KQ2A 4NCGA 4CF2A 1IG9A 2GBZA 4KO0A 3TAFA 4LD0A 5KI6A 2VWJA 4ELUA 1ASVA 2HHUA 3QINA 4KPYA 3CYMA 1ZBLA 4B9MA 1WNSA 4JS4A 1NOYA 4E1NA 3NHGA 2DY4A 3OY9A 3B6PA 3KLIA 2KW4A 2Z1JA 3TWHA 1NK5A 4OPKA 1QSLA 1J53A 1Z26A 3QERA 4DSEA 1RBSA 3AV9A 3DRPA 4BE1A 2G8IA 3QEWA 3NF6A 1NK0A 1T8EA 4CERA 4CJEA 4CJVA 1HYSA 1XWLA 1A5VA 3TANA 4GVMA 2GV9A 1JXBA 1IKYA 3K59A 5HP1A 3CM5A 3U6FA 4C8NA 3NDKA 3VQ9A 3EZ5A 4B3OA 4ZTFA 4C8KA 3OS2A 3LANA 3F9KA 1HQEA 4ID1A 1TKZA 3NGIA 1BIZA 1CXUA 3U3GA 3IG1A 3OS1A 4JLHA 5FRMA 4FJHA 5DK5A 1J5OA 4CJTA 2G8HA 3AVJA 3QEPA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1KVCA 1RT3A 4I6MA 1GLAG 3ZSRA 3CI5A 3ID8A 1D8YA 1HLUA 2YHAA 3TAEA 1I3AA 4EHTA 4DFMA 4O55A 4CF9A 1E4GT 3ZT0A 4BQZA 3GOIA 3WNFA 3AY9A 3WQUA 4DV0K 4EIAA 2Q1NA 2OZMA 1U6ZA 4BRNA 3S9HA 2KHOA 4MDAA 3DM2A 3QEIA 4H5RA 2JLEA 4OGEA 2OANA 4CJPA 3HPGA 1VSJA 5AQWA 3QICA 4HUGA 3LM9A 1SZ2A 1L5UA 3FGUA 2F8TA 1U47A 4DU4A 2HNZA 3KKSA 5DM6L 4CGFA 1IBMK 4YORA 1TK8A 3NBPA 5CZ1A 3G25A 3UB5A 4W5QA 3MN6A 4HUFA 1YITN 1B92A 4NCAA 3T3FA 4CBXA 1H1VA 4KFBA 1QQNA 2XHBA 1GOAA 5GIPA 3D2EA 4LFCK 1YTUA 3HTVA 5FRNA 3K2PA 1BO5O 2UUBK 2QWPA 4WFAL 4CK2A 1HNXK 1QSSA 2NRZA 1UA0A 3SQ4A 4A5BA 3CIPA 4BG8A 1ZXOA 3LZIA 2O8CB 2FBVA 4YHHK 1CZ9A 4JYAK 2G8UA 4FJ7A 2QKBA 3WXIA 5BREA 2IDOA 4FJGA 3SV4A 4J2EA 1Z6RA 4B9QA 3FZFA 2GUPA 1NKBA 2DPNA 1NWKA 4CJFA 1HKCA 3L4QA 3MEGA 3ASMA 4XH5A 4CK1A 2UXDK 1JCEA 2QW9A 4M3WA 3PO5A 3K5NA 3I0SA 4PKHA 3HK2A 1BA1A 2D0BA 1JLGA 3WXMB 1LWCA 3QBWA 1G15A 4AHVA 4Q0BA 1TKXA 2Z1GA 3KKRA 3QIOA 3PLAA 4M7YA 4RW4A 3ZSVA 5J1EA 4B1ZA 4FCYA 2H3GX 4FLTA 1DGKN 2O8DA 1SKSA 3AVLA 1VSEA 4CIEA 3GG4A 4CJ5A 4CCHA 3RMCA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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