2X78A

Human foamy virus integrase - catalytic core.
Total Genus 53
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
53
sequence length
187
structure length
171
Chain Sequence
QKPFDKFFIDYIGPLPPSQGYLYVLVVVDGMTGFTWLYPTKAPSTSATVKSLNVLTSIAIPRVIHSDQGAAFTSSTFAEWAKERGIHLEFSTSKVERKNSDIKRLLTKLLVGRPTKWYDLLPVVQLALNNTYSPVLKYTPHQLLFGIDTLDLTREEELSLLQEIRTSLYHP
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Structural Studies of the Catalytic Core of the Primate Foamy Virus (Pfv-1) Integrase
pubmed doi rcsb
molecule keywords INTEGRASE
molecule tags Viral protein
source organism Human spumaretrovirus
total genus 53
structure length 171
sequence length 187
chains with identical sequence B, C
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2010-02-24

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 2x78A00
1QHTA 2YNHA 4CEBA 4OPKA 2E6MA 2FBTA 1BGXT 2XHBA 1RDAA 1SUQA 4DLGA 4FJ5A 1HYSA 1ZBFA 2F96A 5CY4A 3AO2A 4DQPA 3AVAA 1C0UA 5C25A 1Y97A 1UA1A 1SKRA 1C1AA 3ZSVA 2QKKA 3MEGA 3QEPA 1S1WA 3SQ1A 1TK0A 3TAFA 5T7BA 3KK3A 3AA5X 3LP2A 1NJYA 3FFIA 3S3NA 1LWCA 3HJFA 3CM5A 3RWUA 3T3FA 1JXBA 2HHVA 4DTXA 4DTPA 1IKXA 1VSHA 3T1AA 2KTQA 3RTVA 3EYZA 5DK5A 4CGHA 2R7YA 3SV3A 4I9QA 4PUOA 5JS1A 3C94A 3ZSZA 3SI6A 3OYCA 2QXFA 4LH4A 3HM9A 3SPYA 1RT2A 4G1QA 2HHXA 3IS9A 3QIPA 3V1RA 3CYMA 4BDZA 4FM0A 3S9HA 3D45A 1N6QA 1RTJA 1BHLA 3U3GA 1TKXA 2P5OA 4Z4EA 1S9EA 3KLHA 1KLNA 1IKYA 1VK0A 4PY5A 4DLEA 5I42A 3QEIA 3CQ8A 3LPUA 4FVMA 3CFRA 1FXXA 4Q0BA 3TAGA 5CZ2A 4CEEA 3OYKA 4Z4CA 1YTAA 4C8OA 5HBMA 3ZSXA 2YV0X 1T03A 1L5UA 4DS4A 3NF8A 4BDPA 2HB5A 1D9DA 3RR8A 4HUFA 3OYMA 1RBVA 4KB0A 1KTQA 3KKRA 1NK9A 1WSHA 4KTQA 4Z4FA 1RBUA 1WAFA 4CEFA 4DS5A 4I2PA 3VQBA 3OS2A 2JLEA 3V4IA 3OVNA 2OZSA 4F4KA 3AVMA 2E4LA 3THVA 1L3SA 3MXIA 4IKFA 4CFBA 1NK5A 4JS5A 2D0AA 3VQ5A 3TAMA 3K5MA 3AA2A 1HYVA 4E7KA 3AVIA 4F8RA 4OGCA 2LSNA 3OYAA 3SQ4A 1W9HA 4OPJA 1I39A 4YFUA 3NHGA 4E7LA 3QEVA 3V81A 4FXDA 1S1UA 2XY6A 2HHTA 2Z1JA 3HXMA 1U49A 2YKNA 4CE9A 1Q9YA 4FLXA 4DSEA 4KFBA 4OVLA 1LAWA 4RW7A 3ZT2A 2HHSA 2Y1JA 3AVHA 2QKBA 3AO5A 1JLEA 2Z1HA 3VQ7A 2NUBA 2RPIA 2IS3A 4B08A 4CK1A 3RMDA 4Z0UA 3OYFA 4N47A 4B9TA 3VQCA 4CGJA 2D0CA 1FK9A 1WSFA 3QESA 4M3TA 4Y1CA 1SKWA 3MEEA 1IH7A 1ZBUA 5FDLA 4CJRA 3OYGA 3L2VA 5HP1A 1JLCA 1CXUA 4FK0A 1IKVA 2HVIA 4FZXC 1SL1A 3KLFA 5HROA 3H08A 5SZTA 3QEXA 3LAMA 4KI4A 4RW8A 3HL8A 1BIZA 1TVRA 2D0BA 3PUFA 4IFYA 5CYMA 3PV8A 1BIUA 1D8YA 1RDDA 3TANA 4KPYA 2B4JA 3OYIA 1TKDA 4OKJA 4FK4A 4FJNA 4E1NA 4KHNA 3IAYA 3RRHA 4FM2A 3AO1A 2P5GA 2WONA 4YNQA 4KHQA 3JSMA 3EY1A 2YHAA 4GW6A 2RKIA 4DU4A 2FBYA 5I3UA 1RBRA 3NFAA 3LANA 2F8TA 4PQUA 4OLBA 3WNHA 2GUIA 4N41A 4B9MA 3G0ZA 1VSLA 3DI6A 4DSKA 5J2PA 4DSLA 3HYFA 3OJSA 4B9SA 3C6UA 5FRNA 3VQEA 4E89A 3UIQA 4FJ9A 1O1WA 2HHUA 4CF8A 4EZ6A 1S1VA 4FLYA 1Q8IA 1N5YA 1QSYA 2X6SA 2OPQA 4FW1A 4ID5A 3M8RA 4M41A 1B9FA 2ATQA 4KTZA 2EX3A 3ALYA 3DYAA 5KGXA 3HPOA 3SCXA 2XY5A 4CHZA 1XC9A 4AHCA 1RTDA 1JL2A 5FROA 1ZBIA 4ELUA 1KVBA 1U4BA 4M3YA 3NF9A 3L3UA 3V9SA 3AA4A 5KTQA 1RDCA 4AILC 2IAJA 3O4NA 4C8NA 3P1GA 5CZ1A 4CECA 1FKPA 1L3UA 2W42A 1S1TA 4E0DA 4FLWA 1QQCA 3MECA 1BQMA 4CGDA 3SPZA 3V1OA 3DLHA 1RBTA 1X1PA 3O3HA 3VQPA 3G10A 4CHYA 4DQRA 1VSJA 3NH2A 4CGFA 4NYNA 1S6QA 2IDOA 3NAEA 4E1MA 4E7JA 1J53A 4CIGA 3DOKA 3LAKA 4H8KA 3LZJA 3NH1A 1LWFA 1IG9A 1BCMA 4I7FA 2G8UA 1NK7A 4B9NA 4ID1A 4KTWA 2Y1IA 5HRRA 3ZSOA 3AO4A 4CF0A 1RCHA 1S1XA 3TI0A 1RT6A 3LWMA 2XY8A 4M3ZA 3NCIA 1NKEA 2YNGA 3AVFA 4AHSA 2O4IA 1IKWA 4EP5A 2P1JA 4CF2A 1TK5A 4LSNA 4J2BA 4QOZB 3AVKA 2DFFA 1ASUA 4FK2A 5JS2A 2I5JA 3F73A 1C0TA 3VQDA 3SZ2A 3CFOA 3DLEA 3SQ0A 4ZTFA 1U45A 3VQ9A 1TK8A 4BE2A 4FJMA 1GOBA 1BI4B 1RTHA 1KLMA 4O44A 4LSLA 2YKMA 4CHPA 4RW9A 4EP4A 1D9FA 1HNIA 3QETA 2KFZA 4KKOA 3PO4A 4DQQA 1UAXA 1KCFA 1A5VA 1QE1A 2YNFA 4UQGA 3OYBA 1J5OA 1Q9XA 1JLQA 5HRNA 3QO9A 3NBPA 4DQSA 3HO1A 1W0HA 3QLHA 3EZ5A 3KD1E 1C0MA 5J2QA 1VSDA 1G15A 1C1CA 4CEZA 1TAQA 3JYTA 1REVA 1XHXA 3B6OA 4K8ZA 2HNYA 4H4MA 1UWBA 4B8AB 1MU2A 3NGZA 3ULDA 4IG0A 4KREA 1RT1A 4E7IA 3A2FA 3NH0A 4J2AA 3M8PA 4KHWA 4LH5A 1WSIA 4KO0A 4DTUA 1TGOA 2FBVA 3NE6A 1YTUA 1ITGA 1WN7A 1QTMA 3AVBA 4ICLA 4HCBA 1WLJA 1CLQA 2HNDA 2ETJA 1EXQA 1FKOA 1S9GA 3O3GA 1YT3A 4H4OA 3ZSWA 3K59A 1C6VA 2QK9A 2G8VA 4CEQA 3AVCA 3AO3A 4W5TA 4J2DA 3V9WA 3TARA 3VQ8A 1BQNA 1WSEA 2XRIA 3AV9A 1TL3A 1QS4A 3P83D 3DLKA 4DSFA 4IFVA 1J9AA 1XWLA 2DFHA 4DFKA 4N76A 3TWHA 2YNIA 3OYNA 3DLGA 3KTQA 1EKEA 3HVRA 3ITHA 3LP0A 3VQ4A 3SUQA 1QSLA 4NCAA 3TAPA 4E19A 1WSGA 1KFDA 4CESA 3OYLA 4ZHRA 1X9SA 3KJVA 4FLZA 1BCOA 2WOMA 3HPHA 1ASVA 4EZ9A 3RRGA 4NYFA 4KI6A 4AHTA 4CJEA 3KLGA 1L3VA 1LWEA 4FJJA 1WAJA 2F8SA 2G8KA 4BE1A 4CJ4A 1KVAA 4CJQA 4CFDA 1Z26A 1TAUA 2E6LA 4HTUA 3KD5E 4M3XA 1WSJA 3ZT4A 4KV8A 3DRSA 4B3OA 3NF6A 3AVLA 4FCYA 3ISNC 4DFMA 1U48A 4FJ8A 2KQ2A 1VRTA 1JL1A 4DF8A 3V9XA 4DSIA 4KAZA 3U6FA 4FJGA 2GV9A 5FRMA 3M8SA 4M45A 4AHUA 5J1EA 2JGUA 4FLVA 1EX4A 4GVMA 1RTIA 3I8DA 2VWJA 3SNNA 2KZZA 3QIOA 1EETA 3LP1A 3O3FA 4BWMA 3OYEA 3OYJA 1HRHA 3LDSA 4DQIA 3S3OA 1TKZA 1HQEA 3QERA 2XY7A 4OLAA 4DTRA 1WNSA 1VRUA 4CJVA 1B9DA 2ZQBA 1RT3A 3L2RA 4PA1A 3CG7A 1JXEA 3MEDA 3RR7A 3KK2A 3C6TA 4FJHA 1NOZA 1BI4A 3K2PA 5EU7A 3QINA 4CJWA 1U47A 4KHYA 1Z25A 1EP4A 4JRQA 5HRSA 5J2MA 3K57A 4M3RA 1DLOA 1SKSA 4CF1A 4Y1DA 4C8LA 4RG8A 5DMRA 5KRSA 4E3SA 2G8IA 4FW2A 4O0IA 3PX6A 4L8RB 2G8WA 2FC0A 1HPZA 1RILA 4ELTA 1KFSA 4B8CA 3AA3A 4DSJA 4O55A 3OS1A 1LW2A 3KLIA 4CK3A 4CJTA 4CIFA 2EHGA 3TAEA 3DMJA 3PX4A 5J2NA 2HMIA 3CFPA 1NOYA 3F9KA 1GOAA 2OPPA 3KLEA 2Z1GA 4DMNA 4F3OA 2DFEA 4BDYA 1NJXA 1LW0A 3PY8A 4W5QA 1LAVA 3ZCMA 3KIOA 4DG1A 1UA0A 3HPGA 4FYDA 3HVTA 3LWLA 3LP3A 4ELVA 1VSIA 1TV6A 1A5XA 4OGEA 1VSMA 4FLUA 3LZIA 3NGYA 3I0RA 4DU3A 3SQ2A 5KRTA 3VQQA 1RT5A 2AJQA 4E7HA 1F21A 1JLGA 2B6AA 4JRPA 3QEWA 4CEOA 1J54A 3M8QA 3D0PA 1SV5A 4Q5VA 2XO7A 4CJKA 4F2RA 4CCHA 1JLFA 1T05A 4RW6A 4DWIA 4CJPA 4MQ3A 2PY5A 3DOLA 3ZSRA 2IGIA 2ZD1A 3ZT3A 1XI1A 4KHUA 4PWDA 1ZBLA 1U04A 4OKKA 3OYDA 2P51A 4F2SA 5HRPA 3ZT0A 3KK1A 1D5AA 4CJ3A 4QCLA 2HHQA 3AVJA 3BGRA 4B9LA 1IO2A 4MFBA 4W5RA 2OA8A 1RBSA 1A5WA 4CJSA 4FLTA 1JKHA 2A1SA 2RF2A 1L3TA 1T7PA 4FJXA 2A1RA 1CZ9A 2VG7A 5KGWA 1NKBA 4B9VA 1ASWA 2BE2A 4CF9A 3K5LA 4NCGA 4CIEA 3VN5A 2Q3SA 1BL3A 3OJUA 2G8FA 1RT4A 3VA3A 4F3TA 1DTQA 3ASMA 4I2QA 1VSFA 4Z4GA 3DLRA 2PYLA 4FZZA 2IC3A 1R0AA 4NCBA 1BISA 1RT7A 2ZE2A 5C42A 3BDPA 4CERA 4CGIA 1KSPA 4FJKA 1HYZA 3DRRA 4DU1A 4HUEA 2O4GA 4C8KA 2X6NA 2Z1IA 4KHSA 4M3UA 2HHWA 3ZSYA 3SJJA 1C1BA 3HP9A 1NK8A 1S5JA 2OPSA 4TSXA 4R5PA 4DF4A 4BACA 5CYQA 1NK4A 1NK0A 4C8MA 1KRPA 2OZMA 3LPTA 5KI6A 4M42A 1HJRA 4DTMA 4CHQA 4FZYA 3NF7A 5K14A 4CJFA 4BWJA 3L8BA 4DTOA 1NJWA 3TR8A 4DTJA 3LALA 2RN2A 2YHBA 4HVJA 2G8HA 4B9UA 4HCCA 2DY4A 2B5JA 1TKTA 4CFCA 3SUPA 4FJLA 4Z4HA 1RDBA 1HNVA 2GBZA 3HSTB 3HT3A 2BDPA 4W5OA 5C24A 3HP6A 3SV4A 3SUOA 1ZYQA 3DLBA 4GMJB 3K5NA 3L3VA 4DTNA 3AVNA 3E01A 4CFAA 4KB1A 2OPRA 3OS0A 3C95A 4OJRA 1JLAA 3NDKA 4HHTA 4M3WA 3ZSQA 2PYJA 3QNOA 3MAQA 3SUNA 1X9WA 4FJ7A 3SYZA 1YVUA 1RNHA 3ZT1A 2KFNA 1S6PA 3I0SA 4LD0A 3KKSA 3HK2A 4WE1A 3TAQA 4O5BA 4CJUA 1UOCA 3IG1A 4CEAA 4N5SA 4IDKA 3PX0A 3TABA 2KZMA 2HVHA 3V9ZA 4QAGA 1SL0A 4XIUA 4O4GA 3WNEA 1I3AA 1DTTA 3P5JA 1T8EA 3V1QA 2VG6A 2ITGA 4IG3A 3QNNA 3RMAA 4K8XA 2BGGA 3K58A 3RMCA 4CGGA 1HQUA 3VQ6A 4OKEA 3OYHA 4FJIA 5HLFA 2BANA 4CJLA 3S3MA 3V9UA 1VSEA 3T19A 4AH9A 1NJZA 2PZSA 2HNZA 4CHOA 3WNGA 1QSSA 1XHZA 2X78A 3K5OA 3VQAA 4JS4A 4DFJA 1CXQA 5D3GA 2KW4A 3O4QA 1ZBHA 2X74A 3DRPA 4CHNA 4KRFA 3L2QA 3U3YA 4ZTJA 4CEDA 1K6YA 4W5NA 4CK2A 2FBXA 3PO5A 3OY9A 3RMBA 3AVGA 1X9MA 4DTSA 2OYQA 3IRXA 2VWKA 2VG5A 1NK6A 4HUGA 1HMVA 4LY7A 5SWMA 4FM1A 3DM2A 1TL1A 4N56A 3V6DA 3VA0A 1B92A 4JLHA 1SL2A 4Z4IA 3WNFA 1GOCA 3L2WA 4J2EA 1JLBA 4DFPA 1CZBA 3MXMA 4CJ5A 3B6PA 2HW3A 1LV5A 4IBNA 2D5RA 4I9LA 3NGIA 3MXJA 1NKCA 3L2UA 2DTUA 4BE0A 1KVCA 4RW4A 4AHRA 4O0JA 2IOCA 1VSKA 4AHVA 5E41A 3CM6A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1QHTA 4WQ5C 4OPKA 2RE2A 2XHBA 1SUQA 1RDUA 1HYSA 1ZBFA 1T44A 4DQPA 5JLFA 1Y97A 4XH4A 3ZSVA 2QKKA 5JMVA 4K0KK 1TK0A 5T7BA 4BR9A 3AA5X 3LP2A 1BA0A 1IV0A 4JV5K 3HJFA 4I6MB 3D6RA 3H1VX 3RWUA 2A3ZA 4DTPA 3CMAN 1VQON 3OYCA 3HM9A 3IS9A 3MCPA 4JI5K 1RTJA 3KLHA 4PY5A 3CC7N 4CD1A 1CZAN 3QEIA 2A41A 3LPUA 3ATVA 4FVMA 3L6QA 3KHYA 5CZ2A 3OYKA 1TUUA 1ZBSA 2CGJA 5HBMA 3ZSXA 2YV0X 4DS4A 4FOIA 4HUFA 3OYMA 2IVOA 2QA4N 1VQ6N 4KTQA 4Z4FA 1WAFA 3VQBA 3D2FB 3QBWA 2VGMA 4PHTX 2OZSA 2E4LA 5H1SQ 4FSVA 1NK5A 3BF1A 5AQPA 4CZKA 3FE1A 1GLJO 3GL1A 3VEYA 1W9HA 2GX9A 3SAHA 5AQXA 1I39A 4O8KA 3CPEA 3HXMA 1QQOA 2YKNA 4OPAA 4FLXA 4OVLA 4ILGB 3AVHA 3DWLA 3P31A 3VQ7A 2NUBA 2IS3A 4B08A 4CK1A 4N47A 1NG9A 4CGJA 2D0CA 4Y1CA 1SKWA 3TSUA 4CJRA 1JLCA 1CXUA 2Q2RA 4FK0A 1IKVA 2HVIA 4DKWA 4KHPK 3KLFA 5SZTA 3B8AX 3QEXA 1Q82O 1T6DA 3HL8A 4IFYA 4FO0A 3PUFA 4KREA 1R59O 4KPYA 1RDDA 4OKJA 4CZMA 3O4WA 2P5GA 5AQIA 3JSMA 4PQUA 3SAGA 5AZJA 4DSKA 2NRTA 3VQEA 1O1WA 2YJEA 4DUZK 1S1VA 4FLYA 1Q8IA 4H5VA 3L0QA 4FW1A 4ID5A 4M41A 1B9FA 4KTZA 4KB0A 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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