2X78A

Human foamy virus integrase - catalytic core.
Total Genus 53
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
53
sequence length
187
structure length
171
Chain Sequence
b'QKPFDKFFIDYIGPLPPSQGYLYVLVVVDGMTGFTWLYPTKAPSTSATVKSLNVLTSIAIPRVIHSDQGAAFTSSTFAEWAKERGIHLEFSTSKVERKNSDIKRLLTKLLVGRPTKWYDLLPVVQLALNNTYSPVLKYTPHQLLFGIDTLDLTREEELSLLQEIRTSLYHP'
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Structural Studies of the Catalytic Core of the Primate Foamy Virus (Pfv-1) Integrase
pubmed doi rcsb
molecule keywords INTEGRASE
source organism Human spumaretrovirus
molecule tags Viral protein
total genus 53
structure length 171
sequence length 187
chains with identical sequence B, C
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2010-02-24

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 2x78A00
2KW4A 1K6YA 1YVUA 1VSIA 3AVJA 3OS1A 4LSNA 1S1TA 4W5TA 1RBVA 4Z4CA 3PX0A 4O0IA 4PY5A 4DTSA 5EU7A 3OYIA 3UIQA 2O4IA 4CGGA 4FLXA 4G1QA 1GOAA 1B9DA 2OPPA 4M3YA 4CEQA 2XHBA 2HNYA 4B3OA 1KLNA 2VWJA 3HK2A 4AH9A 2FBYA 1TKZA 3G10A 3TAPA 3RTVA 4YFUA 1HJRA 1S5JA 3SPYA 1WSGA 3QEXA 2YKMA 1J54A 1TK5A 1ASVA 1VSEA 3D45A 3LDSA 4KHUA 4FXDA 1JXEA 3G0ZA 4B9UA 2YV0X 4OVLA 3SZ2A 2XO7A 3L3UA 3ZSOA 1QS4A 1HNIA 2Y1JA 4NCGA 2BANA 3TAEA 3RMCA 2IAJA 5HROA 3ZSVA 1S9GA 4ID1A 4CCHA 4OKJA 4KHNA 4FLTA 4BWMA 4GVMA 3TAGA 5I3UA 2ATQA 3NAEA 3AA2A 2OZMA 1HQUA 3BDPA 2R7YA 1F21A 4Y1DA 4FLYA 4CIFA 3TARA 3L2UA 4ELVA 2G8VA 3LPTA 3ITHA 2X6SA 4CHYA 2WONA 1C0UA 3RMBA 1RT5A 2HB5A 3HPGA 4BWJA 4OLBA 2F8SA 1VK0A 3M8QA 3V1QA 3U3YA 3S3OA 4DQIA 3RRHA 4FJXA 3VQDA 3PUFA 3WNFA 3QNNA 1W0HA 1NK9A 1HYSA 1HNVA 2PYJA 1IO2A 3SQ2A 4FZYA 3NH0A 4B9TA 4DMNA 2GBZA 1WSHA 5J2PA 3DM2A 5JS1A 4OKEA 3KLGA 1JLQA 3MECA 2HNDA 1RDAA 1T8EA 2P5OA 4I2QA 3S3MA 4GW6A 1HPZA 3CM5A 4PA1A 1C1BA 1S1XA 4CEBA 4CK1A 1KVBA 1RNHA 3OYMA 4DTPA 3SQ4A 4PWDA 4KB1A 3EY1A 4H4OA 4FK0A 4GMJB 3VA3A 4DG1A 5KRSA 1Z26A 4FJKA 1KFDA 1C0MA 2FBVA 2IDOA 2IGIA 4DQRA 1TKDA 4ZHRA 4M3RA 1DTQA 1RT1A 4Q0BA 1VRUA 3OJUA 3THVA 1W9HA 2P51A 1EKEA 3QEPA 1S1VA 4F2SA 2B5JA 1UA1A 1LWCA 2D0CA 4CHZA 2XY7A 3AVAA 2D0AA 3NGYA 1EETA 4CJFA 5C42A 4ICLA 4FJLA 3OYGA 2X78A 1QQCA 4CIEA 1NOZA 3OYNA 2AJQA 1TVRA 4FZZA 3SNNA 2I5JA 3VQEA 1EXQA 1BIZA 1NK6A 1SL2A 3NF8A 5HLFA 3VQAA 1JL2A 5HRPA 2G8HA 1REVA 2HHTA 1WAJA 4CF1A 1VSMA 3VQ4A 3IAYA 3LP2A 5I42A 4KAZA 1RT7A 3ZSWA 1RT3A 3DLRA 4EP4A 3QESA 1J5OA 1RBUA 4XIUA 3AVGA 1ZYQA 4QOZB 1RCHA 4L8RB 4CF2A 1D8YA 4RW8A 1L3UA 3JSMA 1X9SA 1SL0A 4KHQA 1GOBA 3H08A 3NBPA 1BGXT 2YHBA 3OYBA 4BACA 3CFOA 4KKOA 3AVLA 3DRPA 4I2PA 5CY4A 4B9MA 1SV5A 4CHNA 3HM9A 4E1NA 4FK4A 4CEDA 4IFVA 4FM0A 1QSSA 1LW0A 3OYJA 3NH1A 4CJSA 4QCLA 4DS4A 3SV3A 3HJFA 3M8PA 2Q3SA 1LAVA 1EX4A 3V9XA 4KI4A 2RPIA 4E7IA 4CECA 4M3UA 4Z4EA 3K5MA 3AVMA 1JXBA 1TL1A 4NYNA 1XC9A 1TK8A 1TAQA 1ZBIA 4E7LA 2G8KA 1HQEA 3VN5A 4J2AA 3MXMA 4KO0A 2Z1HA 4DFPA 2IC3A 4BE2A 4CIGA 4DU4A 4RG8A 4FW2A 3DYAA 4KB0A 3NF9A 4J2BA 3HT3A 4C8OA 1IG9A 2DFFA 5FDLA 4CGHA 3V81A 3ZCMA 5HRRA 1RT4A 3AO3A 1HMVA 3DLHA 3ZSQA 2KZMA 3SYZA 2BE2A 4DSFA 4BE1A 4JLHA 4Q5VA 2F8TA 1SKRA 4IBNA 2RKIA 4FJNA 1X9WA 3VQ5A 2OPSA 3FFIA 3IG1A 1KLMA 3ZSRA 4HUEA 4CJLA 4CFDA 3EYZA 4CHQA 1L3SA 5CZ1A 3NFAA 4E7HA 3I8DA 4M3TA 5T7BA 3MEDA 1BIUA 3ZT1A 1FXXA 4DTOA 4F8RA 4KTQA 4N76A 2OPRA 3RR8A 1WN7A 3VQ9A 4DF4A 3AA5X 3C95A 2EX3A 2PZSA 2KFZA 3DLBA 4KV8A 2OZSA 4E0DA 1SL1A 1TL3A 3AA3A 2HVHA 4R5PA 3ZT0A 3CQ8A 2B6AA 1S1UA 5C25A 1TKXA 4FVMA 4QAGA 4UQGA 3V9WA 4C8LA 4YNQA 2P1JA 1I3AA 1X1PA 5K14A 3OYCA 4DTJA 4DSJA 4CFCA 3D0PA 4O0JA 4DTXA 3V4IA 2A1RA 5CZ2A 3LPUA 3SQ0A 3P5JA 1UWBA 1NK0A 4DQPA 4CERA 4ELTA 5D3GA 3KIOA 4O44A 3K57A 3RR7A 1WSEA 3WNHA 4FJHA 3OVNA 2BGGA 3CYMA 4KFBA 3P1GA 2NUBA 3EZ5A 4AHTA 4CFBA 3KJVA 1R0AA 4I9LA 1DLOA 3AVNA 1YT3A 4CGFA 2G8WA 1IKVA 4DWIA 1BI4A 4DTRA 3AVKA 3OS0A 4CJWA 3VQ8A 1T05A 1S9EA 2HHXA 4OPKA 4FJ5A 3B6OA 3MEGA 4DFMA 4I9QA 1XHXA 3ZT2A 4W5RA 4HVJA 1RDBA 1LAWA 1UA0A 1JLGA 4MQ3A 4K8ZA 4CESA 3DLKA 3O4NA 3HPOA 4IG3A 3ZT4A 1L5UA 4FJ7A 3HSTB 4CJVA 3K5OA 4CJKA 3L2VA 5J2QA 1VSHA 4PUOA 4FJMA 4DQSA 2QKKA 3TR8A 3KKSA 1NJYA 4HCBA 2Z1GA 1BI4B 1HYZA 3RRGA 1BL3A 2E4LA 4MFBA 4JRPA 3DRSA 4F2RA 4CFAA 3AVIA 4CGDA 3K59A 3ZT3A 4KHWA 5FRNA 1LWEA 2WOMA 1XHZA 1EP4A 1ZBLA 4DSIA 2LSNA 1WLJA 2FC0A 4KHSA 3TAFA 4Z4FA 1KTQA 3NGIA 4HUFA 3SUPA 1JLFA 1TK0A 3LALA 1BCOA 4OGCA 4AILC 2XY5A 3PO4A 2VG5A 1TAUA 3NCIA 1GOCA 3QIOA 1BQNA 4FJJA 2KFNA 1QE1A 3HP9A 3SV4A 3KD1E 3MAQA 4I7FA 1I39A 1JLCA 1RT6A 3ZSXA 3AO1A 4CGIA 3SI6A 4W5NA 4LD0A 3HO1A 4DLEA 1BISA 2BDPA 4FLZA 2IOCA 4FLWA 4KI6A 4DQQA 4B9LA 1VSFA 3SQ1A 4ELUA 1KCFA 4KTZA 1KSPA 2E6MA 3QIPA 3DOKA 3RMDA 4LH5A 4CK2A 3S3NA 5HRNA 5HBMA 4FLVA 2G8FA 4FJ8A 4E89A 3OYKA 1KVCA 4CJRA 3C6TA 3SUOA 2O4GA 3L2WA 4E3SA 3MXJA 4Z4GA 1O1WA 1SKSA 2A1SA 1RDDA 5KGWA 2DY4A 1RILA 4NYFA 3K5LA 1QSYA 1IKYA 1RTJA 2JGUA 3PX4A 1TGOA 4AHRA 2YNIA 3L8BA 3PV8A 2Y1IA 1FKPA 3OYFA 4IFYA 2XY6A 1ZBHA 3NDKA 4DU3A 1BCMA 4CJTA 1B92A 4EP5A 1NK4A 1NJWA 1CXUA 4AHVA 3HP6A 4B9NA 3K58A 3QNOA 1N5YA 4OLAA 4FJIA 3NF6A 4RW4A 3BGRA 1JLBA 1RBSA 1XWLA 3HXMA 4M3ZA 3TAMA 1CLQA 3QERA 4B9SA 4BDPA 3U6FA 3PO5A 3LAKA 1JL1A 3KLHA 3TI0A 3AO5A 4LH4A 1T7PA 1MU2A 3KKRA 1TV6A 4IDKA 5KI6A 3NH2A 4LSLA 3KK1A 3JYTA 3RMAA 3B6PA 1G15A 4CJPA 4O55A 5J2MA 4CEAA 1S1WA 3QETA 1VSLA 2P5GA 3DOLA 1L3VA 3S9HA 4EZ6A 4BDYA 3OYDA 1NJZA 3AVHA 3C6UA 2RN2A 3CG7A 1C1CA 4H8KA 1A5VA 4CEEA 1NK5A 1SUQA 1KRPA 2HW3A 1UOCA 3I0RA 3DMJA 3U3GA 1RTHA 4KHYA 1QSLA 1IKWA 4FW1A 5CYMA 5JS2A 4CJEA 1WSFA 3AVCA 1SKWA 3KK2A 4AHUA 4NCAA 1JKHA 3HVRA 4FCYA 4FZXC 1YTUA 4CF9A 4PQUA 1C6VA 2YNHA 1NKEA 4W5QA 3O4QA 4N5SA 4FM2A 3OY9A 4JS5A 3KLIA 3T3FA 5KRTA 1RTDA 1VRTA 4CJUA 1U4BA 2HVIA 4F3TA 1U48A 2XY8A 1WSJA 4B9VA 3T19A 3QEIA 3LP3A 1KVAA 1VSDA 2KQ2A 4W5OA 3V6DA 2HHUA 2X74A 1NOYA 2ETJA 3KD5E 3QEWA 4KREA 1C0TA 3C94A 5J2NA 3KK3A 3SJJA 1Q9YA 1CZBA 5C24A 5HRSA 3VQ7A 4K8XA 5E41A 3ALYA 3DI6A 4FYDA 3DRRA 2ZE2A 2OPQA 3LWLA 1XI1A 3AA4A 2DFHA 3K2PA 4N47A 2ITGA 1Q9XA 1RDCA 3CFPA 3LWMA 3M8RA 3MXIA 4C8KA 1J9AA 4O4GA 2HHSA 1RT2A 2GUIA 4CJ3A 4IG0A 4HUGA 3VA0A 2B4JA 3LZIA 2PY5A 1CZ9A 2YHAA 4CJ4A 3OS2A 4LY7A 3HYFA 4DTMA 2QXFA 2E6LA 4KTWA 3NHGA 1WSIA 1J53A 1ITGA 4WE1A 4M45A 4DU1A 3SPZA 2D0BA 4ZTFA 4AHSA 2X6NA 4CEZA 4DTUA 2DFEA 4M3XA 3QLHA 1N6QA 3OYHA 3PY8A 1IKXA 3IRXA 2HHWA 4RW9A 4E7KA 1UAXA 2FBTA 4M3WA 5FROA 4CF0A 4F4KA 2YNGA 5J1EA 3LZJA 1NKBA 4DFKA 4CJ5A 1L3TA 4FJ9A 4NCBA 4CJQA 3L2RA 2HHQA 1ASWA 3WNGA 4OGEA 3M8SA 1QTMA 3QEVA 3VQCA 3VQ6A 4Z0UA 4KRFA 4AHCA 3TANA 3SUNA 1VSJA 4IKFA 2KTQA 4E7JA 1D5AA 1FKOA 4M41A 4KPYA 4Z4IA 4E1MA 1A5XA 3VQPA 4CEFA 1RBTA 3T1AA 5SZTA 3OJSA 2RF2A 2Z1IA 3DLEA 3QO9A 4HTUA 4FK2A 1Q8IA 2VG6A 4Y1CA 1U47A 2OA8A 4C8NA 3V1OA 1U04A 3NE6A 3CFRA 4FM1A 1S6QA 2F96A 1RTIA 1WNSA 3LAMA 3ZSZA 4J2EA 1QHTA 1Z25A 4TSXA 3O3GA 3V9ZA 4N41A 1CXQA 2EHGA 4JS4A 3L3VA 4B8CA 2HMIA 3OYAA 4F3OA 1U45A 3QINA 4BE0A 1VSKA 5KGXA 2W42A 4C8MA 4EZ9A 1Y97A 3RWUA 1ZBUA 4DLGA 4DF8A 3OYLA 4B8AB 4OKKA 2IS3A 4DSEA 3TABA 3SUQA 1T03A 3AVBA 1KFSA 1ASUA 4DS5A 1A5WA 4O5BA 4DSLA 4B08A 4DFJA 1B9FA 2PYLA 2OYQA 3AVFA 2HNZA 3CM6A 3HPHA 3ULDA 4J2DA 2FBXA 4H4MA 5FRMA 1WAFA 2D5RA 1NK8A 3HVTA 3DLGA 4N56A 5KTQA 3L2QA 3K5NA 2VG7A 1IH7A 1DTTA 1RBRA 2YKNA 3F9KA 2YNFA 1TKTA 1ZBFA 3MEEA 2ZQBA 3KLFA 3V9UA 3V9SA 3LP0A 3TAQA 3OYEA 4E19A 4OPJA 3E01A 4OJRA 3V1RA 5HP1A 3KLEA 4BDZA 4DTNA 4RW7A 3HL8A 3IS9A 2G8IA 4ID5A 3I0SA 1LV5A 3KTQA 1U49A 1LW2A 1HRHA 2QKBA 5DMRA 3ISNC 4CHPA 1LWFA 4CHOA 3AO4A 5SWMA 3WNEA 3PX6A 4CEOA 5DK5A 3P83D 1NKCA 2DTUA 2G8UA 2Z1JA 3LANA 4CE9A 3NGZA 1D9DA 3ZSYA 2KZZA 1BHLA 3ASMA 1JLAA 1S6PA 4Z4HA 3F73A 3AV9A 3A2FA 5CYQA 1X9MA 2QK9A 3O3FA 1BQMA 3LP1A 2ZD1A 3VQBA 4CF8A 3SCXA 3TWHA 1HYVA 3NF7A 4RW6A 1JLEA 1YTAA 4JRQA 3AO2A 4ZTJA 4M42A 1FK9A 1NJXA 2GV9A 4FLUA 4HHTA 1NK7A 1C1AA 4DSKA 4FJGA 2JLEA 3VQQA 2XRIA 4CK3A 1D9FA 4CGJA 4HCCA 2HHVA 3O3HA 2VWKA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1K6YA 4Z4CA 4BC5A 1X9JA 5EU7A 4JHDB 2QWPA 3OYIA 3NMUA 4FLXA 4G1QA 4NXNK 4B9QA 4R79A 4RWTA 4LFBK 2HNYA 3K0SA 3HK2A 4JV5K 4X64K 4FPAA 5DM7L 1HJRA 5A2QO 4KHUA 1ASVA 1VSEA 5AQOA 3LDSA 4FXDA 2W6KA 2OTJN 3CCMN 1QS4A 2EWSA 3TAEA 3RMCA 5HROA 4OKJA 4BWMA 3CJBA 1XNQK 4NLCA 2R7YA 3ATUA 3WEEA 3DJCA 3HRGA 4Y0WA 4JI5K 3HPGA 3KHYA 2F8SA 3CJ1A 3V1QA 4DQIA 3S3OA 3U3YA 5I9EB 1HYSA 2PYJA 4JK7A 3SQ2A 1EWQA 5J2PA 3MECA 5AQFA 1DT9A 2HNDA 3HOSA 2E2PA 3WEEB 4CK1A 2NRXA 1K8AO 2FBVA 2IGIA 3G25A 4WF9L 4M3RA 4BRDA 3OJUA 1EKEA 4F2SA 2YI1A 2B5JA 1VQ4N 3FZHA 1EETA 4DV3K 5C42A 3WT0A 4FJLA 4JK8A 4CIEA 3OYNA 4H0YB 2P9NA 3BY5A 1NK6A 1SL2A 3NF8A 3QMLA 5HLFA 1REVA 4CF1A 3VENA 3TTCA 5I42A 2GELA 3T69A 3GG4A 1J5OA 3QESA 1KAXA 1RCHA 3AGRA 4L8RB 3NBPA 5EXWA 4KKOA 3WQUA 2ZGZA 1XQSC 2P9NB 1K9MO 4FK4A 4CEDA 4FM0A 2D0PA 3SV3A 2O8CA 3HJFA 3GBTA 1EX4A 4Z4EA 2GUPA 1JXBA 1TL1A 4OPAA 2VQEK 2Q97A 5JVGL 4J2AA 3CJ9A 3CJ7A 4CIGA 4FW2A 3DYAA 2RE2A 4J8FA 2BTFA 5M1QA 1IG9A 2A3ZA 4FVUA 4IEEA 2O8CB 3AO3A 3ZSQA 3SYZA 4DSFA 4JLHA 2HF4A 2F8TA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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