2X78A

Human foamy virus integrase - catalytic core.
Total Genus 53
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
53
sequence length
187
structure length
171
Chain Sequence
QKPFDKFFIDYIGPLPPSQGYLYVLVVVDGMTGFTWLYPTKAPSTSATVKSLNVLTSIAIPRVIHSDQGAAFTSSTFAEWAKERGIHLEFSTSKVERKNSDIKRLLTKLLVGRPTKWYDLLPVVQLALNNTYSPVLKYTPHQLLFGIDTLDLTREEELSLLQEIRTSLYHP
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Structural Studies of the Catalytic Core of the Primate Foamy Virus (Pfv-1) Integrase
pubmed doi rcsb
molecule keywords INTEGRASE
molecule tags Viral protein
source organism Human spumaretrovirus
total genus 53
structure length 171
sequence length 187
chains with identical sequence B, C
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2010-02-24

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 2x78A00
1LWEA 3HSTB 4BE2A 2WOMA 3RWUA 4XIUA 4NCGA 4NYNA 4ELTA 4LD0A 4Z4IA 1UOCA 3AVJA 2OPSA 2P5GA 3LP1A 3L2RA 4W5QA 5T7BA 4FLVA 4DTNA 3PX6A 3HYFA 3LAMA 1IKYA 1ZBIA 2DY4A 1U48A 4IFVA 3AA3A 1WAJA 2P51A 2HHTA 2D0BA 4AHVA 4HTUA 2YNIA 4CHPA 5HLFA 3SUNA 3MXIA 1BL3A 3EZ5A 3HT3A 4FW2A 4M3XA 1KLMA 3AO4A 3DOLA 1JLGA 4Z4FA 3OYCA 1TKZA 1S9GA 4DTSA 2HNDA 1X9WA 2R7YA 4E7LA 3CYMA 4KB0A 2VG5A 1BI4A 3LDSA 3LP3A 1J9AA 1CZBA 2IC3A 4CFCA 3ZSVA 2Z1IA 3TAPA 5C24A 1HNIA 3M8PA 1TK5A 4FZXC 3MAQA 5HP1A 4KHYA 3DLKA 3KLEA 3RRGA 1XWLA 3DOKA 4CF1A 1C0TA 1U47A 2HNYA 4B9NA 2QKBA 2YNGA 4BWJA 4KTWA 1KVBA 1Z25A 4CF0A 1VSHA 2ETJA 4B9TA 4Z4CA 3MECA 4RW9A 3ZT2A 3OS2A 4KV8A 1S9EA 5KGXA 1HYVA 5KTQA 3KLHA 3HVTA 4O44A 5J2NA 3QEPA 1SKRA 2OYQA 4EP4A 1RT5A 2XRIA 3DMJA 1XC9A 1NJZA 3NGYA 3HL8A 1NOZA 4AHUA 1LW2A 2KZMA 4IFYA 1TK8A 2D0AA 1BCMA 4OJRA 4IG0A 4CE9A 4GW6A 2PY5A 3LZIA 1JLBA 1LAVA 1D5AA 3L2UA 3VQ7A 2BGGA 3VQEA 1ASWA 2X78A 3LAKA 2XY6A 1NK0A 4OPKA 3QEIA 1NOYA 2YHBA 4CGFA 1C0UA 1TL1A 3D0PA 4FJ8A 3CM6A 4F2SA 1U4BA 5HBMA 4F3TA 4FCYA 4DU1A 4YNQA 2QKKA 2GUIA 3TAMA 1QSLA 1BCOA 4CHZA 4FK2A 3RMBA 3B6OA 5I42A 1VRUA 4HUGA 1YTAA 3AA5X 4H4MA 4FJIA 1VSLA 1HMVA 4ZHRA 4JLHA 3H08A 3SPZA 1S1XA 1WSJA 4DTMA 4F8RA 4N47A 3L8BA 3PO4A 3LZJA 2YKMA 3DLGA 1L3UA 2E4LA 4CJRA 1RBUA 1BISA 2EX3A 1WAFA 3IRXA 3SUOA 5CYQA 3ZSOA 4BDZA 4BE0A 4OLBA 4PWDA 5HRRA 3OYHA 4FLYA 3SI6A 3NH0A 4LH5A 4CK2A 2HVIA 4MQ3A 4K8ZA 4CEEA 1FKPA 3A2FA 1RBRA 1RBSA 1HQEA 2GV9A 3T3FA 4FJJA 3V1RA 4CJ4A 1RTJA 1ITGA 2LSNA 3VQ8A 3ZSXA 3VQAA 1JKHA 4CHYA 4O0JA 3DRSA 4CGHA 2P5OA 1K6YA 3K5LA 1RBVA 3V9WA 1Z26A 4KO0A 1WSGA 3SQ2A 1RDBA 3B6PA 4OVLA 1TAQA 3OS1A 4YFUA 2PZSA 3C6TA 4B9SA 3AVKA 2Y1IA 4DSEA 3LP2A 1NK5A 2G8UA 4DSIA 2E6MA 3V81A 1JLFA 3VQ5A 4DWIA 1HYZA 1WSFA 3I8DA 5J2QA 3M8QA 3HXMA 1IG9A 4IKFA 1VSJA 4FZZA 4EP5A 3HJFA 4FLTA 3ZSRA 3S9HA 3AVFA 1QTMA 4CJKA 3D45A 5FDLA 2IS3A 4EZ9A 5I3UA 2X74A 4B8AB 3KKRA 2G8IA 3QNOA 2HHXA 3QEWA 1NK6A 4OKKA 4FYDA 4FJGA 3OYIA 2EHGA 3NCIA 1FKOA 4FLZA 4ID1A 4NYFA 3OS0A 3V9XA 4DU4A 4CFDA 1C1AA 3EY1A 1IH7A 4N56A 2QK9A 4KHWA 3SQ4A 4PQUA 5KGWA 1KVCA 1VSDA 1L5UA 4ZTFA 1HJRA 4DSFA 3I0SA 1LAWA 5SWMA 3KKSA 4O55A 2RF2A 2XY7A 2DFEA 1N6QA 1SL1A 3LWLA 3AVAA 3QNNA 3LP0A 1WN7A 3L2QA 3HP6A 4ELVA 4H8KA 4E1MA 2HHQA 4O5BA 1CZ9A 3ULDA 1VSEA 3AV9A 5FROA 4JS4A 1QHTA 2OZMA 5HROA 3KJVA 4H4OA 1RDCA 2IOCA 1TK0A 3VQ6A 1WNSA 5JS1A 3AVMA 4BE1A 2XO7A 4Y1CA 2ZQBA 3QLHA 4KREA 2Z1JA 1EX4A 2XY8A 3SYZA 3LANA 1R0AA 2G8HA 4PY5A 5HRNA 3PV8A 5CYMA 1T7PA 2YV0X 3QEVA 3HO1A 5J2PA 4Z4GA 3WNFA 4CJLA 5C42A 4DTOA 1XHZA 4LSLA 5CZ2A 3JYTA 1U45A 4OKJA 3SQ0A 3HPHA 4B8CA 4CHQA 5J2MA 2OPQA 1FK9A 4J2EA 4TSXA 1TKTA 4FJXA 2KFNA 1TGOA 4N41A 3RMCA 4CJEA 3KK1A 2BANA 3OYMA 1KVAA 4CF2A 3SQ1A 4KFBA 3LPUA 4K8XA 2VG7A 1HQUA 4DFKA 3SUQA 3VN5A 3WNGA 1WSIA 1B9FA 1ASUA 1HNVA 4LH4A 2JGUA 3QEXA 1L3VA 4E0DA 4I9QA 4CGDA 2PYJA 3MEGA 1GOCA 4DTJA 1SKWA 3VQPA 4ID5A 4ICLA 1CXUA 3V1OA 4DMNA 1XI1A 4DLEA 2HVHA 4EZ6A 4CECA 4HCCA 1EXQA 3P83D 3F9KA 4FJKA 4CJTA 1F21A 2D5RA 1QQCA 4IG3A 3SCXA 1QS4A 3VQ4A 4FLWA 4ZTJA 1NJWA 3CFOA 1SL0A 1LV5A 4DQRA 5KRSA 3U3GA 4J2BA 4FLXA 4CEOA 2FBXA 1IO2A 1T03A 5CZ1A 3HPGA 2HMIA 3C94A 4C8LA 2A1SA 4FZYA 1BQNA 4BWMA 3DLRA 3AO5A 4I2QA 1NJYA 1NKEA 3AO2A 3V9SA 4KRFA 1TL3A 3ALYA 1REVA 4F4KA 4QCLA 1HYSA 1T8EA 1WLJA 1DTQA 4FW1A 2OPPA 3TAGA 4AHRA 1ZBLA 1LWCA 3DLHA 4LSNA 3O3HA 1BI4B 4M3YA 4O4GA 3CG7A 2DFFA 4PA1A 3VA3A 4B08A 2ATQA 4HCBA 3ITHA 1YTUA 4CF8A 3KTQA 3KLFA 3ZT1A 2B6AA 3HPOA 1NKCA 4CK3A 3WNHA 3DLBA 1ZBHA 4L8RB 2RN2A 4CEFA 1Q9YA 3CFRA 4W5RA 3AA2A 3O3FA 4OLAA 4DSLA 2KQ2A 5HRPA 4CFAA 4CJQA 3C6UA 4I2PA 3U3YA 1ZYQA 4J2AA 1RT1A 4E7HA 2X6SA 3IS9A 4PUOA 3AVNA 5DK5A 4DFJA 1VSKA 4KPYA 1NK7A 2XY5A 4FJ5A 3EYZA 1J5OA 1TVRA 3TABA 1X9MA 3K5NA 2B5JA 4QAGA 3VQQA 2XHBA 4DSKA 4CJ3A 3V4IA 1RNHA 3NFAA 4E1NA 3OYKA 4DTPA 1Q8IA 3O4QA 3AVGA 2VG6A 4KKOA 5JS2A 1YT3A 3AVCA 2IAJA 3DYAA 3TR8A 3PY8A 4C8KA 4Y1DA 2ITGA 4E19A 4HUEA 3OYJA 3TAQA 3V9UA 3M8SA 3SNNA 5FRNA 2HHUA 4M3WA 3TAEA 4DSJA 1BIZA 4DS5A 4DLGA 3S3OA 1KRPA 2JLEA 3AVHA 3NF9A 3ISNC 1GOAA 2AJQA 2FBTA 3QINA 3SUPA 1VRTA 1BIUA 3SJJA 4KHUA 1RT4A 1S1TA 1NK8A 4J2DA 3OYEA 1A5XA 3ZT0A 2OA8A 3FFIA 4CJSA 3K59A 3TANA 4FJ7A 3ZSZA 3L2VA 1X9SA 4CHOA 1L3SA 2G8VA 4FJNA 3HVRA 4DQSA 2D0CA 4E3SA 1D9FA 4C8OA 4Q5VA 3NF6A 2IGIA 3ZSWA 1C6VA 3O4NA 3TARA 4CEQA 4NCAA 1D8YA 1Y97A 1TKXA 4R5PA 1S6PA 1HRHA 1I39A 2HB5A 1KSPA 4KI4A 1IKWA 1J54A 1RT7A 4CJ5A 2YNHA 3QERA 1QSSA 2F8SA 3RTVA 3LPTA 2FC0A 1EETA 1FXXA 3ZT4A 1S6QA 3K57A 3AA4A 3MEEA 1KTQA 4CERA 3LALA 4IBNA 3HP9A 1RT3A 4BDYA 1A5VA 3L2WA 4FM0A 4F3OA 4CHNA 3MXMA 5FRMA 4OGCA 3SV3A 1BGXT 3QESA 4CGJA 4Z0UA 4CGIA 1HPZA 3KLIA 4FLUA 1RBTA 2QXFA 1TV6A 2G8KA 1KCFA 4WE1A 4FK0A 2BE2A 3P1GA 1RDDA 3T1AA 4FVMA 4M3ZA 1BQMA 2PYLA 3T19A 3RR8A 1TAUA 3RMAA 1UA1A 3OYAA 1LW0A 1RT2A 3RR7A 1VSIA 2WONA 4BDPA 4DS4A 3DLEA 4GVMA 3K5OA 3P5JA 2G8FA 4ELUA 4Z4EA 3KD1E 1WSEA 1JLEA 3VA0A 4C8NA 1NKBA 4CJFA 3KK2A 4CF9A 3C95A 1VK0A 3QIPA 4CESA 5E41A 2Z1GA 3G10A 5J1EA 4B9MA 4CJVA 1C1BA 4KB1A 3V9ZA 4FXDA 1UA0A 4CEBA 2F8TA 3K2PA 4I7FA 3L3UA 4CIFA 1J53A 3NH2A 4B9LA 3ASMA 4B9UA 2YHAA 1G15A 1ASVA 1W0HA 1ZBUA 3PUFA 3QO9A 3F73A 3KIOA 3CQ8A 3VQBA 4M45A 2W42A 2E6LA 4CIGA 1C1CA 1X1PA 3AVIA 4AHTA 3E01A 4RW7A 3THVA 1RTDA 4KTZA 3ZT3A 4CFBA 1JL1A 3NE6A 3U6FA 4O0IA 3OYGA 3BGRA 3OVNA 4CK1A 3DRRA 1SUQA 4HHTA 5HRSA 4UQGA 3AO1A 4RG8A 2KW4A 3NGIA 3RMDA 1JLQA 3ZSYA 1U49A 2VWKA 1RDAA 3QIOA 4FJ9A 1QSYA 3IG1A 3JSMA 3TWHA 4CEDA 4W5TA 1LWFA 2Q3SA 2ZD1A 3V6DA 3VQDA 2KZZA 3NGZA 4AILC 4M3TA 2KFZA 3KD5E 1S5JA 4QOZB 3L3VA 3MXJA 4DF4A 2B4JA 1EKEA 4CEZA 3HM9A 3CFPA 2HHSA 1VSFA 4AH9A 4NCBA 3O3GA 1Q9XA 4RW6A 3WNEA 5DMRA 3I0RA 2RPIA 5K14A 4B9VA 1B92A 4DQQA 1L3TA 3NH1A 3M8RA 4CGGA 1KFSA 4IDKA 4LY7A 1GOBA 1JXBA 2RKIA 3OYNA 3TAFA 1T05A 1UWBA 2F96A 3NF8A 2HHWA 4DF8A 3SV4A 3OY9A 3KK3A 3PO5A 3LWMA 1XHXA 3OJSA 2ZE2A 1JLAA 1YVUA 2HNZA 3CM5A 4G1QA 4E7JA 4FK4A 3OYDA 5EU7A 4AHSA 1JXEA 2BDPA 3AO3A 4DG1A 4E7IA 4W5NA 3V1QA 2DTUA 2KTQA 3K5MA 1D9DA 4W5OA 4FJHA 2Y1JA 4E89A 4CEAA 4M3UA 4B3OA 4JRQA 3K58A 1RTIA 4KHQA 4KAZA 1CXQA 2A1RA 1QE1A 4JS5A 1KLNA 1ZBFA 5KRTA 4M41A 3VQCA 4GMJB 4CJPA 3RRHA 4CJUA 1S1VA 1CLQA 4JRPA 4HUFA 1C0MA 1DLOA 3BDPA 4DQPA 1MU2A 3SPYA 1A5WA 1KFDA 1IKXA 3AVLA 1NK9A 2YKNA 1RT6A 1N5YA 3MEDA 3KLGA 4CCHA 4DQIA 4KI6A 4M42A 1S1UA 2IDOA 1RCHA 4DTXA 4DU3A 4RW8A 3UIQA 3ZCMA 1I3AA 3OJUA 1WSHA 4KTQA 3DI6A 3NF7A 4CJWA 2VWJA 5CY4A 4RW4A 4KHSA 1DTTA 1NJXA 1SKSA 1TKDA 1VSMA 4C8MA 3OYFA 1W9HA 1JLCA 3AVBA 4DFMA 3DM2A 3SZ2A 1O1WA 1IKVA 4AHCA 4I9LA 4M3RA 4MFBA 3ZSQA 5C25A 2OZSA 3PX0A 2YNFA 4DTRA 3DRPA 2GBZA 4Q0BA 2Z1HA 5SZTA 4N76A 3G0ZA 4OKEA 4CIEA 2NUBA 1B9DA 2FBYA 4BACA 2X6NA 5D3GA 4KHNA 3OYBA 4OPJA 2P1JA 1RTHA 1EP4A 3NBPA 2I5JA 3NAEA 2DFHA 5KI6A 4E7KA 1U04A 2OPRA 4F2RA 4FJMA 2FBVA 4FM1A 3TI0A 4FJLA 2HHVA 4DFPA 4HVJA 2O4GA 4N5SA 2G8WA 2HW3A 1SL2A 3PX4A 1UAXA 4FM2A 1S1WA 3NDKA 3QETA 1SV5A 3HK2A 3VQ9A 4DTUA 2O4IA 1NK4A 1BHLA 3NHGA 3S3NA 4Z4HA 3S3MA 4OGEA 1RILA 1JL2A 3OYLA 3IAYA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3HSTB 3CD6N 4NYNA 2DPNA 5AQZA 4LD0A 2P9LB 4DR1K 3CJ7A 3H1QA 3LP1A 3LAMA 1BA0A 4CZIA 4AHVA 4HTUA 3JAMO 1VQNN 1BL3A 3HT3A 3CJCA 4FSVA 4LC9B 1KLMA 1TKZA 4B3RK 3PIOL 1X9WA 3CYMA 4B1WB 1BI4A 3LDSA 4J8FA 5M1KA 1GLFO 3L4QA 1QHAA 5C24A 3M8PA 4FZXC 4JK9A 3I8BA 3MAQA 2ZM6K 3DLKA 1RFQA 3EO3A 3E1YA 1ATRA 2HNYA 4B9NA 2QKBA 4KTWA 1KVBA 1Z25A 4CF0A 4B9TA 3ZT2A 5J2NA 4O44A 3QEPA 1Q7YO 2XRIA 3DMJA 3H1VX 1NJZA 3HL8A 3IUCA 4JN4A 1NOZA 1KXPA 1TYQB 4B3TK 4IFYA 1H1VA 2IVNA 4IG0A 5AZIB 2PY5A 3C6AA 2X78A 3VGLA 3LAKA 1NK0A 1NGCA 1Z6RA 5ADXA 2YHBA 4FJ8A 1RGIA 4F2SA 4K25A 5LJVA 4M7XA 5BPMA 1M1KO 3J7YP 3RMBA 3B6OA 4FK2A 3AA5X 4M63C 1HMVA 1S1XA 1WSJA 5BREA 4N47A 4H0PA 2Q36A 4YDUC 5AQVA 4CZKA 3W0LA 1DKGD 3SI6A 4LH5A 1E4FT 5EY4A 3A2FA 4BC2A 3T3FA 2ASOA 4CJ4A 2H3GX 4JKBA 3VQAA 2ZJRL 4CHYA 2P9SB 1K6YA 3VETA 1ZBSA 2W6KA 3W3DA 3P31A 2QEXN 3B6PA 1JJ2M 4B9SA 1W97L 1K8KA 1NK5A 2QWOA 2G8UA 2E6MA 3SBGA 5AQHA 3WQUA 5J2QA 5A2QO 3CCVN 2D0PA 3HXMA 3CCMN 1IG9A 3CC7N 4EP5A 1N36K 3AVFA 4CJKA 2IS3A 4B1ZA 4IEEA 3NCIA 1FKOA 4NYFA 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 1VQ8 N;  3OYD A;  3JXU A;  2HOE A;  3AO3 A;  4E7I A;  2KTQ A;  4IJN A;  3K5M A;  1D9D A;  4W5O A;  4B3O A;  2Y1J A;  4E89 A;  3VES A;  3K58 A;  4CW7 B;  1DEJ A;  1QE1 A;  3ZYY X;  2QWM A;  2O8D A;  1KAZ A;  3CIP A;  3RRH A;  4CJU A;  2V51 B;  3QML A;  4HUF A;  1DLO A;  1MU2 A;  4A5B A;  1A5W A;  3AVL A;  2YKN A;  1RT6 A;  4EHU A;  3MED A;  4DQI A;  3EE9 A;  2NLX A;  2F9W A;  1X9J A;  4KTQ A;  3DI6 A;  1U2V B;  3NF7 A;  5F0X A;  5CY4 A;  2VWJ A;  3D2F A;  4EAH D;  4LF5 K;  1SKS A;  1TKD A;  5BR8 K;  5GAG P;  4DFM A;  5GIP A;  3L0Q A;  3ZSQ A;  4MFB A;  5C25 A;  3EKU A;  2YJF A;  2YNF A;  1JCF A;  2VGM A;  3KWG A;  4OPH A;  1E3M A;  4CIE A;  2NUB A;  2FBY A;  4BAC A;  5D3G A;  2QWR A;  4KHN A;  1VAZ A;  1EP4 A;  5AQS A;  2DFH A;  2OPR A;  5LL6 Z;  4HVJ A;  4B1X B;  2HW3 A;  2QA4 N;  1SL2 A;  3PX4 A;  4IZ9 A;  3G71 N;  3NHG A;  1RIL A;  3OYL A;  5AQP A; 
#chains in the Genus database with same CATH homology
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