2XD2A

The crystal structure of malx from streptococcus pneumoniae
Total Genus 118
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
118
sequence length
379
structure length
379
Chain Sequence
KELTVYVDEGYKSYIEEVAKAYEKEAGVKVTLKTGDALGGLDKLSLDNQNGNVPDVMMAPYDRVGSLGSDGQLSEVKLSDGAKTDDTTKSLVTAANGKVYGAPAVIESLVMYYNKDLVKDAPKTFADLENLAKDSKYAFAGEDGKTTAFLADWTNFYYTYGLLAGNGAYVFGQNGKDAKDIGLANDGSIVGINYAKSWYEKWPKGMQDTEGAGNLIQTQFQEGKTAAIIDGPWKAQAFKDAKVNYGVATIPTLPNGKEYAAFGGGKAWVIPQAVKNLEASQKFVDFLVATEQQKVLYDKTNEIPANTEARSYAEGKNDELTTAVIKQFKNTQPLPNISQMSAVWDPAKNMLFDAVSGQKDAKTAANDAVTLIKETLKQK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title The Molecular Basis of Glycogen Breakdown and Transport in Streptococcus Pneumoniae.
pubmed doi rcsb
molecule keywords MALTOSE/MALTODEXTRIN-BINDING PROTEIN
source organism Streptococcus pneumoniae
molecule tags Sugar binding protein
total genus 118
structure length 379
sequence length 379
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2010-04-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF13416 SBP_bac_8 Bacterial extracellular solute-binding protein
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 2xd2A01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 2xd2A02
3S9EA 4EQ9A 3JZJA 1MQGA 3IOWA 3OSRA 4F3SA 1BLFA 5B7DA 4O3CA 4GOTA 1B0LA 3GBAA 4ONYA 2XXXA 3PMVA 2OK2A 4IO3A 2XHDA 3G3JA 1VFEA 2PYYA 2UVJA 1EZOA 4PFTA 2ZYKA 1QJMA 5AA4B 2V3UA 1TWYA 4GD5A 3QUJA 4MH5A 1B05A 4YKIA 3V8XB 3PUWE 1SW5A 4XKNA 3G3IA 4OMBA 2O6AA 3K00A 4QSEA 2V84A 3LBSA 1D9YA 3B7DA 2XXVA 1SI1A 3A3UA 4Q0CA 4YKPA 3I3VA 4G8HA 4PFWA 3F11A 1M5EA 1GV8A 3FXRA 1AIVA 1QKAA 5I2NA 4F3PA 1URDA 2REGA 3RT8A 1URGA 4KD5A 1LSTA 5I2KB 5LOMA 3RQTA 3UORA 4YMAA 4G8NA 2WKYA 2B3FA 1A54A 3HO7A 2OCUA 3U8QA 2DWJA 4ZEIA 1CE2A 4DDDA 3RPWA 5AA2A 3GLBA 1H76A 1LAFE 1JQFA 2F7AA 2O1LA 3DP4A 5F1QA 2DWIA 3QYTA 1QUJA 4RXLA 4X48A 5BUUA 1IXCA 3IR1A 3T66A 4YKKA 4YB6A 1R9LA 2GFEA 1B0HA 3V5AA 2QS1A 3C31A 1LGBC 2Q88A 4TLLB 4Q30B 2R9JA 1ZTYA 4U23A 1UTHA 4GWOA 4GL0A 4KHZE 3FJ7A 3FASA 4DE8A 1MXZA 2UVIA 2VGQA 1P99A 4XXUA 3U72A 4GVOA 3IX1A 1MS7A 3KJTA 4LQ5A 3TUSA 5EYFA 2I0CA 5ICQA 3G3HA 3OENA 3MP8A 1M5DA 4KYSA 3WAFA 5ELVA 4GRKA 2Q2AA 1VFDA 1JW1A 1Q35A 4ZEKA 4N6PA 3FJGA 4UACA 2O7IA 2F6PA 4H5GA 1KWHA 1LAXA 3M8UA 4FIMA 2Z8DA 3WAEA 3ILUB 3DP8A 4U2RA 1O64A 1O63A 4QF9A 1SW1A 3CG3A 2H25A 1XT8A 3R6UA 2F8DA 3DLNA 5CBSA 3RNNA 3PPNA 3UK4A 1RYOA 3FV1A 2D5WA 3Q26A 1XHYA 3FJMA 4EXLA 5FTIA 2ALUA 3N6UA 2DE2A 1TT1A 2PMSA 4F19A 3OOAA 2QMWA 3Q27A 1SI0A 1MM6A 2XXPA 2XXHA 1S50A 3RGYA 1B3GA 2YPNA 4R9FA 2H5YA 2XXTA 3H03A 3T22A 4NF5B 3H6VA 4NF4B 1MXXA 1B9JA 2HQ0A 3BFTA 4JSDA 3S4UA 5DVFA 5TU0A 1MPCA 4NE4A 1B51A 3TQWA 5I56A 3PGFA 4I8CA 2ONRA 3QK6A 4DXUA 3C35A 2H98A 1PB7A 1GR2A 3HHFA 4THIA 1H3DA 4G68C 2V25A 3IOTA 3KN3A 1QUIA 3VDFA 4BDMA 3PUYE 3RN8A 1Y3QA 3FVGA 1LAGE 1NKXA 4GXAA 4NWCA 2I3VA 3EHUA 4YB5A 1N7WA 3TEPA 4R6YA 5ITOA 2I4CA 2XX7A 4WXJA 4P0IA 5DVIA 1MQHA 3OO8A 1OQHA 4XKPA 1EU8A 1B3FA 5DT6A 3ZKLA 1O7TA 2XXYA 4IGRA 4H8IA 4QFNA 2QL3A 2ZNSA 1NH8A 2HZLA 1ZJLA 3ODBA 3MZ1A 4OERA 3B6QA 3K02A 4FATA 1B6HA 3SEVA 1OQGA 3E3KA 1N7XA 5DEXA 2UYFA 1WVJA 5H8HB 5KDTB 1N76A 3U93A 3OXNA 1USYH 1BP5A 5H8NB 2E0SA 3UA8A 1IZ1A 4LZ8A 1SVXB 5A5XB 2P0SA 3RUMA 3CFLA 3KBRA 3FVKA 1JEUA 3BBRA 4XKQA 2DP8A 2FNCA 2I3WA 4I9DA 4ZEFA 4F31B 4OVJA 3RTWB 1OLCA 3DM0A 3SEYA 1PEBA 1LCFA 1LAHE 3TAJA 3K6XA 3KEIA 3O29A 1T0KA 3VXCA 2V3TA 4X1BA 4EQBA 4E0XA 4FECA 4U4XA 3EN3A 5IKBA 1US4A 4GXSB 2G29A 2R6GE 4F29A 2F35A 1XVYA 4LA9A 3DP6A 2Y84A 4XTCQ 3IORA 3T9VA 5M2VA 1MY1A 4IO6A 3OEKA 4K3FA 5I59B 3GZGA 3TTRA 4HW8A 4QRZA 2OWTA 4FAJA 1NMUA 4BDQA 4OEVA 3EHTA 2Z22A 1N0TA 3B6TA 2VHAA 1XC1A 2OZZA 3RY3A 5I57A 2AL4A 2XXWA 3VXBA 1LLSA 1JVXA 4POWA 2ESNA 4RJZA 1JW5A 4RPNA 1P1NA 3LSFB 3H4ZA 4MLQA 5AE4A 1LBCA 4LVQA 1ELJA 1AOVA 2O51A 4P11A 3TYHA 1DSNA 3PUZE 4TQUQ 3FVOA 3Q28A 5H8QA 4H65A 3R26A 3MAMA 2Q9TA 1MG1A 1Y1MA 1EZPA 1Y3PA 3PMXA 5TP9A 4Q8RA 3TTLA 1B5IA 4IO5A 2D3IA 4GQOA 1I6AA 1R9QA 1B52A 4GIZA 1HSLA 3SEXA 5K2YA 3O97A 5BWJA 3CRBA 3KJ7A 1IUDA 4ZZEA 3TCFA 4N07A 1N04A 4RK2A 4Z7EA 3HHGA 1TXFA 2OWSA 4U22A 1PB8A 3VV5A 2FYIA 5AA3A 4C1TA 4OYVA 1LFIA 3MW0A 4G68A 2AIXA 2A5TB 4NF8A 4ZECA 3SERA 4C1UA 1P1WA 2HAVA 1NH7A 4HTGA 3MPLA 2H99A 1BTJA 1Y9UA 1DMBA 4DIGA 4X1DA 4ZEDA 1B4ZA 1VR5A 3K6WA 4R6HA 3MJNA 3KG2A 3N26A 3SKPA 1S7YA 3R7XA 4F1YA 4YZZA 1JW4A 4U21A 1B32A 5IAIA 1A7LA 2QSXA 3K6UA 3VVFA 2YLNA 3M3LA 1IXGA 3H3GA 1PBQA 2PBWA 5AA4A 1MY2A 4FORA 3LSLA 3MVWA 2ZMBA 4H0WA 3PPPA 1N3XA 2Y7IA 3FVNA 4IGTA 3C34A 3IOUA 1M5FA 2DOJA 4AB5A 2R71A 4Z0IA 3D4CA 3AXFA 2DXYA 2BJJX 3MZBA 2CMOA 1N3WA 4RYAA 2DWHA 1D9VA 1B5JA 2I0BA 1PB9A 4F1UA 2X7QA 2ZNUA 4OFJA 1JEVA 3M3FA 3LR1A 4G77A 5CI5A 3N94A 3PD8A 5I2KA 3UN6A 1A40A 3QIMA 1LCTA 4E0WA 1FTKA 1I69A 3L6GA 3O6IA 2QRYA 1FCKA 3CR9A 4KCDA 3MBPA 2QJEA 4BLAA 3VFJA 3A09A 4KYDA 2H9BA 2RKMA 1US5A 4F1VA 1TFDA 4FE8A 3FD3A 3G3KA 5KCJB 1QKBA 3KGCA 1MDP1 5H8FB 4H67A 3OELA 1ANFA 1FQAA 1Z7NE 3H6WA 3EQ1A 2I58A 4LONB 2XX8A 1D4NA 3C33A 5CMKA 1OVTA 1UTBB 3KN8A 2VD2A 3PU5A 1MPBA 4ECFA 2V3QA 3T9UA 1NFTA 3KOSA 1DPPA 1QULA 5H8SA 2XD3A 4JSOA 1DTZA 2Y7WA 4RA1A 2YJPA 2GHBA 3BFUA 1B1HA 3MVZA 2DE3A 1F9BA 1Q1KA 2DVCA 1PDAA 2P2AA 3V83A 1UIVA 4IY6A 4UA8A 1MDQA 3TFLA 1SBPA 4GF8A 3H6UA 3ECRA 4KFQA 5K2XA 3CFZA 2F34A 4R72A 1OIBA 4LZ7A 3TTMA 3K1NA 4OFOA 2I48A 1IIWA 3TKDA 3C36A 1GGGA 3T9XB 5DTBA 4R9GA 5FHNA 2GRVA 2THIA 5J1DA 4ZZAA 1B2HA 1AH5A 2NUVA 1B7HA 4ZE9A 3QXMA 3CFXA 4H8JA 1POTA 4BDNA 4IY5A 3CG1A 4QFKA 3VVEA 3QUFA 1B3LA 3TCHA 2NOOA 4EF2A 3RTFB 2F6GA 3MP6A 4MF3A 1VE4A 2DE4A 2I49A 2XXRA 4L17A 1NL5A 2F36A 2Q2CA 3SEUA 3IB0A 3KZGA 5TPAB 4LZ5A 4X9TA 1URSA 3FV2A 3MP1A 4F3GA 1WODA 2DWAA 4O3AA 5HPQA 4G4PA 5JTYB 4YMBA 3ZS6A 4H6DA 1ATGA 5AA2D 4KCCA 1FTJA 3W9WA 3KSJA 2Y7RA 5FHMA 1YCJA 3UP9A 3QAXA 5AA1A 2A5SA 1JETA 3FZVA 1IEJA 4QSDA 3HV1A 1D3KA 4WEPA 2B65A 4NF5A 1PBPA 4NF4A 2XX9A 2F97A 2LAOA 1R6ZA 1B7UA 3O2AA 1M5BA 3P7IA 3L6HA 3PPQA 2X26A 4IO4A 1MQDA 3IB1A 1UQWA 4OXVA 3G3GA 1GVCA 3HN0A 3LSWA 4OETA 4NEDA 5HBCA 1FTMA 3ZSFA 1B58A 1FTLA 1MM7A 4MLVA 1OVBA 2UXAA 1WDNA 3BKIB 4LUBA 3VVDA 1MQJA 2Z8FA 3FXUA 1Y20A 4GLIA 2REJA 3IJXB 5CC2A 5I58B 1NNFA 4YU0A 4P0GA 4ELRA 2RC9A 2DVZA 4WEDA 1R1NA 2G93A 2UVGA 4F39A 3SEWA 2GHAA 5H8HA 2ZYNA 4H1XA 5KDTA 1POY1 3S9MC 1UIUA 1MXYA 5H8NA 4XIGQ 3C9HA 5A5XA 2OBGA 3OEMA 1MXWA 4HCWA 4OZ9A 4MBPA 2ANJA 2F78A 4QFLA 3N6TA 3MWBA 4YICA 3Q25A 4IO2A 2V93A 4DZ1A 3V89B 1A99A 1XVXA 2DSFA 2OJTA 3TCGA 3VLVA 5ITPA 4HCYA 3RLFE 2FA7A 4NF6B 1USYE 5F7VA 3B6WA 3S9NC 3K6VA 1L5TA 5DYHA 1Z7ME 2O84X 3CVGA 4FEDA 4LP2B 2HXWA 2I6EA 4G2ZA 5FTHA 2XXIA 3K0VA 3W15C 4ZE8A 3OO7A 4WKMA 2O7UA 3K1MA 3QSLA 3K01A 5L8DA 2QS3A 4PFUA 5I59A 3IL1B 4GFRA 5FHOA 4PQJA 4ZDMA 4R6KA 2RCBA 1SQYA 2HCAA 3H06B 4BDLA 2W7YA 3ZKKA 3TDJA 1A8FA 3HCQA 5CMBA 3IO6A 3LC8A 3MPKA 4KPTA 1QUKA 1LB8A 1OMPA 4M1VA 4R74A 4ELOA 4Q5TA 1NNTA 4NF8B 1MQIA 3S2VA 2XXUA 1FQFA 2P1SA 2RINA 1FW0A 1DOTA 1JVYA 1BKAA 2PVUA 1I6BA 1P1QA 2F5XA 2QS2A 3DELB 5L9MA 3OD7A 3OO6A 4TLMB 3K2DA 1JNFA 3KOTA 2D21A 2VOZA 4ZEBA 3FATA 3KFMA 3MVXA 5I2NB 1SD3A 4G8MA 2CZLA 4GL8A 2ABHA 3S9LC 3FIRA 3E13X 1FTOA 2ZYOA 1A55A 3H6TA 3OMBA 1B46A 4R2BA 4PE5B 4POXA 3U92A 1SYIA 3EHSA 5ICTA 3N5LA 2PX1A 4F2QA 2GH9A 3ILTB 2A5TA 3OSQA 1B40A 1SW4A 5ISUA 5AA2B 2O1MA 1EZ9A 4ESWA 3U1OA 2XXQA 4DCYA 1RYXA 3JV9A 4RPOA 2RC8A 3HPIA 3PUXE 2AL5A 3K4UA 3PMWA 3MVYA 3H7MA 3HSTA 1ZMGA 3W9VA 2Z23A 3E4RA 1QW0A 2H4IA 4RK9A 3MZ9A 3MC2A 3IJOB 1MRPA 3A3CA 3CI8A 2NWJA 1ZKBA 3PUVE 4JBZA 4F18A 3T9HB 4I62A 4ISUA 4TOZA 4YKJA 2O68A 1NNKA 1SYHA 1UTHB 4QFOA 5L9SA 5CRYA 4U1ZA 4AB6A 4JB7A 4YB7A 4PETA 2XD2A 3TMGA 2PT1A 3M3KA 3SDFA 4U1OA 3LUYA 1TFAA 1FQEA 1MY0A 4OESA 1N84A 2PT2A 3RT6B 3C4MA 4OQOA 2VP1A 4IB2A 5CBRA 4DXBA 3TZAA 1YAEA 1MY3A 5CMCA 2QMXA 3FUZA 3TTKA 5KCJA 4HS7A 1AL3A 3D4GA 3GXAA 5EHMA 5H8FA 4U4SA 1MH3A 2HAUA 3O9PA 1S9TA 4R2FA 3CSBA 3SESA 3KSXA 2IEEA 1UTBA 4ND9A 1LBBA 5KZTA 3CSGA 1B7ZA 4DXCA 1FQCA 3PD9A 4ELQA 2ZXTA 1B4HA 2Y7PA 1YTVA 1MXUA 3O66A 4ZS9A 4M4GA 1I6QA 3IB2A 2HFBA 3EPEA 4EF1A 3IK6B 1RKMA 4KI0E 3MUQA 3T93B 3I6VA 4JWOA 1BIYA 4PFYA 3TQLA 5I56B 2Q8JA 1SDXA 2ZNTA 2RC7A 4JDFA 2NVUB 4DCXA 2AYSA 1HSEA 1IITA 3Q29A 3E9XA 4EDPA 4LQ2A 1H43A 3TODA 1P1UA 4I1DA 3VE1B 4AQ4A 2M8CA 1MH4A 1LB9A 5CMMA 4RY1A 3T96B 2ONKE 1YPNA 2DXRA 4QSCA 4XKRA 1FQBA 4H5FA 3USDA 3EF7A 4KQPA 4F22A 3MQ9A 4ELPA 4QFPA 1Y3NA 1XS5A 1Y4TA 4N13A 4FEBA 1QVSA 5B70A 4NMYA 4F2OA 2IA4A 3O28A 4PP0A 5HM4B 5TPAA 3IAZA 1LFHA 1AMFA 3G3FA 3PPRA 2ZYMA 1Y4CA 3G7WA 1MXVA 5DEXB 1IXIA 5I84A 4R73A 3O6HA 5JTYA 1B3HA 3ONMA 3PV0E 1EH3A 5DVJA 3UGWA 5CM6A 2RF1A 4KYEA 2KLFA 3LSXA 4ESXA 4OEUA 2UVHA 4IO7A 3K1PA 1B1XA 1DPEA 1LFGA 4LATA 4BDRA 1ZIUA 3THIA 2Y7KA 3FGSA 1ZU0A 2O69A 4OHNA 3VLUA 4RNSA 1FQDA 2X7PA 3OO9A 4EUOA 2Z8EA 1SW2A 4FJPA 1XOCA 2HEUA 1Y1ZA 3U94A 2HZKA 2RCAA 4O3BA 4EXKA 3TTNA 4F3BA 4QHQA 2E1SA 3TPAA 3SETA 5EHSA 5JK4A 3KN7A 1B3EA 1OLAA 3GBBA 5JEIA 2DQVA 3O6GA 4JWYA 4OWDA 2QPQA 4R75A 3TELA 1ZBMA 1P1OA 5I57B 4YAHX 2F7BA 1J1NA 2UYEA 5I58A 3VLWA 2I4BA 1VSOA 4OTEA 3I5OA 3IOVA 5L9OA 1II5A 1MPDA 4JWXA 2VD3A 4OENA 1A8EA 3JYRA 1ZLQA 3UIFA 1GTKA 3CIJA 2Q89A 4C0RA 1CB6A 1PC3A 2QS4A 4NTLA 1M5CA 3PPOA 5H8QB 4BDOA 1DTGA 2B3BA 1MY4A 2NXOA 4DLDA 1B5HA 3IO4A 1H45A 2DYXA 2F7CA 5TP9B 2DS9A 4NF6A 4JXIA 1IQ7A 2ONSA 4KR5A 1H44A 4NWDA 3FXQA 1HSJA 1NNPA 4OFLA 4MFIA 2OLBA 3C32A 4EQ7A 1IXHA 4G68B
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4H46A 1VDWA 1IMAA 3S9EA 4EQ9A 2DDKA 3JZJA 3BIGA 1MQGA 3IOWA 4AS4A 2PCRA 3OSRA 4O8MA 4F3SA 1BLFA 1JP4A 1K9YA 5B7DA 4O3CA 4GOTA 1B0LA 3CHGA 3GBAA 4ONYA 2XXXA 3PMVA 4HE1A 2OK2A 4IO3A 2XHDA 3G3JA 1VFEA 2PYYA 2UVJA 2V4CA 1EZOA 4PFTA 2ZYKA 1QJMA 5AA4B 2V3UA 1TWYA 4GD5A 3QUJA 4MH5A 1B05A 4YKIA 1EYKA 1LBXA 3V8XB 3PUWE 1SW5A 4XKNA 3G3IA 4OMBA 1IMDA 2O6AA 3K00A 4QSEA 2V84A 3QMFA 3LBSA 1D9YA 3B7DA 2XXVA 1SI1A 3A3UA 4Q0CA 4YKPA 3I3VA 4G8HA 4PFWA 3F11A 1M5EA 1GV8A 3FXRA 1AIVA 1QKAA 1FPIA 4JVIA 5I2NA 2CZIA 1URDA 4GWXA 4F3PA 2REGA 3RT8A 1URGA 4KD5A 1LSTA 5I2KB 5LOMA 3RQTA 3UORA 4YMAA 5J16A 4G8NA 4P1LA 2F3DA 2WKYA 2B3FA 1A54A 3HO7A 2OCUA 1NI9A 3U8QA 2XXKA 1G0HA 2WYKA 2DWJA 2VPOA 4ZEIA 1CE2A 4DDDA 3RPWA 5AA2A 3GLBA 1H76A 1LAFE 4JVDA 1JQFA 2F7AA 2O1LA 3DP4A 5F1QA 3T1BA 2DWIA 5IZ3B 3QYTA 1QUJA 4RXLA 4X48A 5BUUA 1IXCA 3IR1A 3T66A 4YKKA 4YB6A 1R9LA 2GFEA 2JJKA 1NV5A 4OVPA 1B0HA 3V5AA 2QS1A 3C31A 3T0JA 1LGBC 2Q88A 4TLLB 4Q30B 2R9JA 1ZTYA 4U23A 1UTHA 4GWOA 4GL0A 4KHZE 4XFEA 5IGAA 5IZ1A 3FJ7A 3FASA 4DE8A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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