2XD3A

The crystal structure of malx from streptococcus pneumoniae in complex with maltopentaose.
Total Genus 132
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
132
sequence length
375
structure length
375
Chain Sequence
ELTVYVDEGYKSYIEEVAKAYEKEAGVKVTLKTGDALGGLDKLSLDNQNGNVPDVMMAPYDRVGSLGSDGQLSEVKLSDGAKTDDTTKSLVTAANGKVYGAPAVIESLVMYYNKDLVKDAPKTFADLENLAKDSKYAFAGEDGKTTAFLADWTNFYYTYGLLAGNGAYVFGQNGKDAKDIGLANDGSIVGINYAKSWYEKWPKGMQDTEGAGNLIQTQFQEGKTAAIIDGPWKAQAFKDAKVNYGVATIPTLPNGKEYAAFGGGKAWVIPQAVKNLEASQKFVDFLVATEQQKVLYDKTNEIPANTEARSYAEGKNDELTTAVIKQFKNTQPLPNISQMSAVWDPAKNMLFDAVSGQKDAKTAANDAVTLIKETL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title The Molecular Basis of Glycogen Breakdown and Transport in Streptococcus Pneumoniae.
pubmed doi rcsb
molecule keywords MALTOSE/MALTODEXTRIN-BINDING PROTEIN
molecule tags Sugar binding protein
source organism Streptococcus pneumoniae
total genus 132
structure length 375
sequence length 375
ec nomenclature
pdb deposition date 2010-04-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF13416 SBP_bac_8 Bacterial extracellular solute-binding protein
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 2xd3A01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 2xd3A02
5AA2B 1RKMA 3LSFB 3PD9A 1VFEA 3EHUA 4RXLA 2YJPA 3IB2A 2RF1A 1POTA 5F1QA 4OFJA 2XXPA 3R26A 1YAEA 2I49A 2I48A 1B5JA 2Y7IA 3IOWA 2HCAA 4YICA 3PMWA 4U2RA 2RKMA 3IJXB 1OIBA 1S7YA 2GRVA 3TAJA 3ZKLA 3C4MA 3RGYA 1MY2A 2Q88A 4KYSA 3KG2A 4ZS9A 3E3KA 2HAVA 4KFQA 5TU0A 4TLMB 5HPQA 1GVCA 3Q27A 2XXIA 4OWDA 3FIRA 3LC8A 4FECA 1H44A 2O51A 2Y7PA 3OMBA 5BUUA 3TKDA 3WAFA 1A40A 1Y4TA 4N07A 1ZTYA 1URSA 2X7QA 4QFOA 3IOVA 4R2BA 4C0RA 2O69A 2Q2CA 3BFUA 2A5SA 1Y9UA 1ATGA 2OWTA 2F6PA 3U94A 2Z8EA 3TCGA 4Q5TA 5KCJA 1XT8A 1N76A 4JWYA 3IB0A 2VD3A 4F18A 3RN8A 2HEUA 4OETA 1PBQA 4DE8A 1NNKA 1FTMA 3SEXA 1H76A 3V8XB 1D4NA 1PEBA 4LATA 3FVKA 4H5FA 1VFDA 2Z8FA 4LQ5A 5FHOA 3VLUA 1Y1MA 3BKIB 1LAFE 1O7TA 1UIUA 5CBSA 2XXWA 3KFMA 2FYIA 2DVCA 3KN3A 2Q89A 1FQBA 1R6ZA 5I56B 1B7UA 3G3JA 3FXRA 2DP8A 2Y7WA 1Q1KA 2QRYA 2ZYNA 4M4GA 1AH5A 3VDFA 3OSQA 1LBCA 2NUVA 1ZU0A 3DP4A 4WEDA 1B51A 2NOOA 3FVGA 5CRYA 3CFXA 5CM6A 4IO6A 4F22A 2QS1A 3G3IA 3HPIA 1B1XA 4R2FA 3QUJA 5EHSA 4F3SA 3K1PA 1JVXA 3CG3A 4ZE9A 5JTYA 5AA3A 2P1SA 4H0WA 4JWOA 3UIFA 1S50A 3O28A 1P1QA 3W9VA 4OEUA 5B7DA 1B5IA 4I9DA 3B6TA 3O2AA 3K4UA 4EDPA 3TZAA 4GL0A 1B7HA 2I3VA 1FTLA 5IAIA 5DT6A 1LAGE 1M5DA 3O29A 2XXHA 1QVSA 3GBBA 2NWJA 4ELRA 2F6GA 1RYXA 3E9XA 3T93B 1ZMGA 4DCYA 1US4A 3A09A 2F34A 5H8NA 3PPPA 1FTOA 1XOCA 2B65A 3G7WA 3VVEA 3O6GA 3JV9A 3T96B 1O64A 3U1OA 4JSDA 2ZYKA 2DE2A 1WVJA 1YCJA 1DTZA 5AA1A 4DXCA 3R7XA 4PQJA 3MJNA 1HSJA 2F7AA 3SEVA 4OEVA 4YB7A 5AA2D 1BKAA 5DVJA 4QFKA 3PGFA 2I0BA 2B3FA 4RJZA 1I6BA 4MLQA 3LUYA 1XVYA 1IUDA 3T9HB 1A7LA 4GOTA 3TDJA 2DQVA 1ANFA 3DLNA 1A55A 4FJPA 3IB1A 2YPNA 5KDTA 3AXFA 3KSJA 4NE4A 2BJJX 4KCDA 5I2NB 3K00A 1MPCA 2QMWA 4YAHX 3V5AA 3OO7A 4ESWA 2Q8JA 2F78A 3EHTA 4TQUQ 5CMBA 3GZGA 3I6VA 1MXXA 4F29A 2Y84A 1B40A 4XIGQ 3RLFE 2UVIA 1MXUA 1IQ7A 3TTRA 1N7WA 1UTBA 4LQ2A 3IK6B 1VR5A 4BDLA 4AB6A 5CMCA 1JW1A 5I57B 3TTNA 3TQLA 3OENA 1T0KA 1SW4A 3ZS6A 4FEBA 3FVNA 4MFIA 4C1TA 4GF8A 4KR5A 5ELVA 1MH4A 4HCYA 4GXAA 5CBRA 2ONSA 3SKPA 5ICTA 4HW8A 1PC3A 1ZIUA 5H8FB 5L9SA 1LB9A 2Z8DA 1PBPA 2AYSA 3U8QA 2O84X 4KYEA 1LFHA 1MQIA 2DXRA 3T22A 1LB8A 3MAMA 3FD3A 1OVBA 1VE4A 3MVYA 4FORA 1D9YA 4HS7A 1B58A 1B3HA 2H25A 2RCBA 1EZ9A 4QF9A 3TTKA 1IXHA 5TPAB 2OCUA 4H8IA 3EQ1A 1LFIA 4WKMA 1USYE 4PP0A 3ILUB 3IOUA 2ZNSA 1FTJA 2O7UA 4RK2A 3GXAA 4Z0IA 1Q35A 3ONMA 4ELQA 1WODA 2ESNA 1SW5A 2UVJA 4X9TA 3B7DA 2RC8A 2V84A 4N13A 1ZBMA 3CSBA 3IO6A 3K01A 1OLAA 4YKKA 5FTHA 3QUFA 3ECRA 2ZNUA 4GRKA 4FEDA 1PDAA 4ELOA 4OESA 5M2VA 3OEKA 3PUZE 1B4HA 2Z23A 2W7YA 2VP1A 3MC2A 3TQWA 3PUWE 4ZZEA 5EYFA 1AMFA 3LR1A 4R73A 3IJOB 4GFRA 2ZMBA 5IKBA 4RY1A 4H6DA 5FHMA 3N6TA 4DLDA 4IO3A 4F2OA 1YPNA 3ZSFA 3CVGA 1OQHA 3LSWA 1XHYA 2HZKA 2V25A 4TLLB 1MY4A 2DS9A 1QUJA 1IXGA 4QRZA 1MY1A 4OENA 1MDP1 1SQYA 3MZ9A 1B1HA 1MPDA 3HHGA 3FV2A 2O68A 1KWHA 3SERA 3CSGA 3USDA 4HCWA 2XXVA 4NWDA 5CMMA 4ZE8A 2X26A 4E0WA 1R9QA 3TYHA 1LBBA 1CE2A 3OEMA 3VV5A 1LCFA 5H8HA 5KCJB 3S9EA 3C31A 3KBRA 4X1DA 4O3AA 2HQ0A 4LUBA 2UYFA 3KOTA 4U23A 3FJ7A 2DOJA 2UVGA 5H8QA 1FW0A 5I84A 3CFZA 3IOTA 1B9JA 3MVXA 5I58A 4EQ7A 1MRPA 4KD5A 3H03A 3C36A 5BWJA 4DCXA 3PPOA 3L6GA 3IAZA 1FQEA 1ZLQA 1P99A 4EXLA 2DYXA 1I6QA 4G8MA 2HZLA 1EH3A 3G3FA 2CMOA 3VXCA 3UP9A 2X7PA 5I2KA 5CI5A 3WAEA 4QFPA 2I3WA 1SVXB 1BLFA 4RNSA 1USYH 2GHAA 3FATA 4MH5A 3H3GA 1MQHA 1N0TA 2XXQA 1DOTA 4BDRA 2D21A 2F35A 2NXOA 2V3UA 3FUZA 4DDDA 2H9BA 4YKIA 1MQDA 4NWCA 3QSLA 2OK2A 2ALUA 3M3LA 5FHNA 1QUIA 5EHMA 3MPKA 1MS7A 1N3WA 2XXXA 1AIVA 5JTYB 1FQCA 4BDQA 1MY0A 1J1NA 2F7CA 3N6UA 4EF2A 1CB6A 4H8JA 4JDFA 2QPQA 1AL3A 5AA4A 3FASA 4UACA 4NF5A 4BDMA 3QK6A 4ZEKA 1DSNA 3MUQA 3O97A 4U4XA 3C34A 2H99A 3HO7A 4G77A 3K6WA 5ITOA 1P1WA 4DZ1A 1B3FA 4OXVA 4YMBA 2FA7A 1QKBA 5H8NB 1SYHA 4LZ7A 5DEXA 3UN6A 5ITPA 3K6XA 4NTLA 2V3TA 1A8EA 3GLBA 2ANJA 1QW0A 4MBPA 4F1VA 1QJMA 3CI8A 4N6PA 4PE5B 1A54A 3KZGA 5J1DA 2OWSA 3VVFA 2E1SA 4F2QA 1IXIA 3QXMA 4QSEA 1H43A 3CR9A 2F5XA 1SI0A 5L8DA 5L9OA 3HSTA 4FATA 5KDTB 1M5EA 3FGSA 1OVTA 2XX9A 4OERA 2UVHA 4R6HA 4E0XA 4OMBA 2DSFA 2Z22A 4GVOA 2OBGA 5DVFA 1SW2A 2IA4A 1MXVA 2O7IA 1UTHA 1UTBB 3H6WA 5H8SA 4Z7EA 4U1ZA 3IO4A 4Q8RA 2A5TA 4JB7A 1HSEA 1TFDA 2HXWA 3PMVA 2R71A 2XD3A 4ZEDA 2P2AA 4RPOA 2ONKE 2ONRA 4H1XA 1IEJA 2GFEA 3ODBA 5ISUA 4GIZA 1BIYA 3S9MC 1B3EA 3K1NA 1Y20A 1EZOA 4JSOA 2E0SA 1I69A 1JVYA 4RA1A 4THIA 1B7ZA 3FXUA 3JZJA 2ZNTA 1R1NA 3PPRA 4ECFA 3PUXE 1IIWA 1NH8A 3MP8A 1F9BA 1UIVA 2RINA 4IO5A 3U72A 4ZECA 4F3BA 3H06B 5JEIA 4P0GA 4H5GA 3THIA 3K6VA 1AOVA 5A5XA 3M3KA 3EPEA 4G68C 2DWIA 2Q2AA 2XD2A 4TOZA 3C35A 1MY3A 1LAXA 4LP2B 3FV1A 3P7IA 3OD7A 3KJ7A 5DTBA 1DPPA 2I58A 4PFTA 3V89B 4YMAA 1NNPA 3TCHA 3JYRA 3TMGA 3O9PA 2YLNA 2IEEA 2REGA 1Z7NE 4G68A 1M5CA 4EF1A 2H98A 1GGGA 3KJTA 1LLSA 1FCKA 3CFLA 1PB7A 1GTKA 2XXUA 2VGQA 4ISUA 1SYIA 4MLVA 1B2HA 2DXYA 2DWHA 2AIXA 1A99A 1MDQA 2DVZA 5I59A 3Q26A 4PETA 1Y3NA 3LBSA 3O66A 1ZKBA 1XC1A 2I0CA 3I3VA 4P0IA 4QSCA 3MPLA 1A8FA 2QS3A 4M1VA 4NMYA 5K2XA 1P1NA 1JW4A 3RPWA 3MWBA 3TTLA 1FQFA 2I6EA 3C32A 3SDFA 5L9MA 1GV8A 2KLFA 1ELJA 1Y4CA 4OZ9A 1JETA 2QL3A 3MW0A 4LA9A 3SEYA 3E13X 1DPEA 1B05A 2Y7KA 5HM4B 4BLAA 4ESXA 4OYVA 3MVZA 1URDA 1GR2A 1FQAA 2V3QA 1R9LA 4FIMA 4U4SA 4NF6A 2D5WA 2OLBA 4KI0E 2ABHA 2WKYA 1SDXA 4JBZA 3S9LC 2RC7A 2AL4A 3PD8A 3SETA 2AL5A 5H8HB 2O1LA 4GL8A 1N3XA 4ELPA 2M8CA 4GWOA 4PFUA 5LOMA 1Y3PA 3OO9A 4G2ZA 4U1OA 4ZEFA 4QHQA 2XX8A 3S9NC 2XXYA 4I8CA 4KPTA 4OHNA 3W9WA 1B5HA 4RYAA 4ZEIA 4EXKA 4HTGA 3RTFB 1B3LA 1B6HA 3FVOA 1B0HA 5H8QB 4F3PA 4NF4B 1US5A 4UA8A 1FTKA 4IY5A 3TPAA 2RC9A 3B6QA 3PU5A 1PB8A 5I58B 2LAOA 3L6HA 4NF8A 4YB6A 3VFJA 2XHDA 3MVWA 4R75A 3T66A 1L5TA 3U92A 3VLWA 4ZZAA 3DP8A 3QIMA 5I2KB 1MH3A 2DWJA 1LSTA 4NF4A 3W15C 3I5OA 5DYHA 3PUYE 3UK4A 5JK4A 2QSXA 1JEUA 1II5A 4ONYA 4KCCA 2QJEA 1MQGA 3C33A 5AA2A 1P1UA 1Z7ME 5F7VA 4U21A 3C9HA 1MPBA 2Q9TA 4EQ9A 1LFGA 1TWYA 2PT1A 1NKXA 2XX7A 4ND9A 2ZXTA 1M5FA 3UORA 3DM0A 5B70A 4DXBA 1YTVA 2VOZA 4BDNA 3CG1A 5AA4B 3Q25A 4P11A 4FAJA 3HV1A 2CZLA 1JW5A 1IZ1A 3PV0E 4NF5B 3IL1B 5AE4A 1B46A 3CRBA 1JNFA 3T9XB 4OQOA 4OTEA 4IO4A 1QUKA 3LSXA 4X48A 4G4PA 3GBAA 2OJTA 1SD3A 3SESA 1NL5A 2UXAA 3OO8A 1MG1A 1NNTA 1SBPA 2FNCA 1P1OA 3B6WA 5DEXB 3PUVE 4GLIA 3TUSA 2Y7RA 4POWA 3S2VA 4K3FA 4RPNA 4I1DA 3RQTA 4YKPA 2DE4A 1NNFA 3OXNA 2O6AA 1TT1A 3K2DA 1OLCA 3ILTB 3FXQA 2VHAA 3MQ9A 3KN7A 1EU8A 1BP5A 3TODA 3PMXA 4R6YA 4GQOA 4F31B 4IO7A 3G3GA 3KGCA 4QFNA 2G93A 2VD2A 3H6VA 4R74A 4LONB 2R6GE 3A3UA 4LZ5A 1NH7A 1MM6A 1MXWA 1XS5A 3FJMA 2XXTA 3HCQA 3E4RA 3O6HA 3SEUA 2PBWA 3OOAA 3M8UA 2ZYMA 3RT8A 3K6UA 3RNNA 1Y3QA 4YB5A 1QKAA 2H5YA 4L17A 2G29A 3MZ1A 4H67A 3CIJA 5I56A 4C1UA 4IB2A 1UTHB 4R9GA 3QAXA 3S4UA 2A5TB 1D3KA 3TELA 1IXCA 4Q0CA 3EN3A 2PX1A 3OO6A 3RTWB 3SEWA 4XKRA 2THIA 4WEPA 3DP6A 3O6IA 1NFTA 3R6UA 3N26A 1LGBC 2D3IA 1OMPA 2QMXA 1B0LA 3VXBA 4IO2A 4XKNA 3QYTA 1UQWA 3KOSA 4XKPA 3H6TA 1D9VA 4PFYA 3MP1A 2PT2A 1NMUA 1VSOA 1B3GA 4OFOA 4PFWA 2I4CA 4IY6A 3HHFA 4AQ4A 4MF3A 4IGRA 3H4ZA 1O63A 3IR1A 4NEDA 4XKQA 3H6UA 2PYYA 4GXSB 5A5XB 4EUOA 2F7BA 4F39A 1FQDA 3T9VA 3MBPA 4OFLA 1JEVA 2F8DA 2H4IA 1MM7A 1H45A 5ICQA 4LVQA 2NVUB 4G8NA 4G68B 4BDOA 4F3GA 3DELB 4LZ8A 3VVDA 3N5LA 1RYOA 3Q28A 3H7MA 3OSRA 3IX1A 1Y1ZA 3D4GA 1MXYA 1MQJA 2XXRA 4Q30B 1DTGA 2GH9A 4XXUA 4O3BA 3U93A 3MZBA 3RT6B 1BTJA 5I59B 4RK9A 3G3KA 5CMKA 2PMSA 4OVJA 2DE3A 4R9FA 4I62A 1POY1 1XVXA 4H65A 4YKJA 2OZZA 3TEPA 5I2NA 1IITA 2O1MA 4DIGA 3K0VA 2REJA 1N7XA 1S9TA 3K1MA 3KSXA 2HFBA 1N04A 2QS2A 1SW1A 1H3DA 4KQPA 1EZPA 3KN8A 1TFAA 5K2YA 3M3FA 2B3BA 1PB9A 5FTIA 4GD5A 1N84A 4F19A 2PVUA 4KYDA 1QULA 1MXZA 2DWAA 1M5BA 3BFTA 3F11A 4AB5A 4QFLA 4F1UA 3MP6A 1ZJLA 4R72A 4IGTA 5I57A 2ZYOA 3Q29A 2V93A 1LAHE 4DXUA 3EHSA 2RCAA 3G3HA 4XTCQ 4NF6B 4YU0A 4JWXA 4U22A 5HBCA 5DVIA 5H8FA 2HAUA 1OQGA 3FJGA 5KZTA 3LSLA 3RY3A 4KHZE 4O3CA 2QS4A 3TFLA 3PPQA 3FZVA 1B4ZA 3PPNA 4YZZA 3TCFA 3VLVA 2UYEA 3N94A 2R9JA 3T9UA 5CC2A 3BBRA 5TPAA 1HSLA 1SI1A 3D4CA 3HN0A 4POXA 3VE1B 4F1YA 3TTMA 4QSDA 5TP9B 2F97A 3K02A 1TXFA 4R6KA 3KEIA 4JXIA 4NF8B 2F36A 3UA8A 1B32A 4ZDMA 3ZKKA 4EQBA 1WDNA 4ZEBA 4X1BA 3RUMA 1I6AA 4FE8A 3V83A 2P0SA 3EF7A 1JQFA 1LCTA 1URGA 3IORA 4G8HA 2I4BA 3A3CA 1DMBA 3OELA 4WXJA 2GHBA 5TP9A 3UGWA 1B52A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4HE1A 3KC1A 5AA2B 1RKMA 3LSFB 3PD9A 1VFEA 3EHUA 4RXLA 2YJPA 3IB2A 2RF1A 1POTA 5F1QA 4OFJA 2XXPA 3R26A 1YAEA 2I49A 2I48A 1B5JA 2Y7IA 3IOWA 2HCAA 4YICA 3PMWA 4U2RA 2RKMA 4MNPA 3IJXB 1OIBA 1S7YA 2GRVA 3TAJA 3ZKLA 3C4MA 3RGYA 1EYKA 1MY2A 2Q88A 4KYSA 3KG2A 4ZS9A 3E3KA 2HAVA 4KFQA 4N17A 4TLMB 5TU0A 4UABA 5HPQA 1GVCA 5F24A 3Q27A 2XXIA 4OWDA 3FIRA 1SPIA 3LC8A 4FECA 1H44A 2O51A 2Y7PA 3OMBA 5BUUA 3TKDA 3WAFA 1A40A 1Y4TA 1FTAA 4N07A 1ZTYA 1URSA 2X7QA 4QFOA 3IOVA 4R2BA 4C0RA 3MYUA 2O69A 2Q2CA 3BFUA 2A5SA 1Y9UA 1ATGA 2OWTA 2F6PA 3U94A 2R8TA 2Z8EA 3TCGA 4Q5TA 5KCJA 1XT8A 1N76A 4JWYA 3IB0A 2VD3A 4F18A 2CZHA 3RN8A 2HEUA 4OETA 3IFCA 1PBQA 4DE8A 4GX4A 1QGXA 1NNKA 2F3BA 1FTMA 3SEXA 1H76A 3V8XB 4PAKA 3ISPA 1D4NA 1PEBA 4LATA 3FVKA 4H5FA 1VFDA 2Z8FA 4LQ5A 1IMCA 5FHOA 3VLUA 1Y1MA 3BKIB 1LAFE 1O7TA 1UIUA 5CBSA 4GX3A 2XXWA 3KFMA 2FYIA 2DVCA 3KN3A 2Q89A 1FQBA 1R6ZA 5I56B 4DI3D 1B7UA 3G3JA 3FXRA 5LDZA 2DP8A 2Y7WA 4O7MA 1IMBA 1Q1KA 2QRYA 2ZYNA 4M4GA 4PFRA 1AH5A 3OSQA 3VDFA 1LBCA 2NUVA 1ZU0A 3DP4A 4WEDA 1FPLA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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