2XFIA

Human bace-1 in complex with n-((1s,2r)-3-(((1s)-2-(cyclohexylamino)- 1-methyl-2-oxoethyl)amino)-2-hydroxy-1-(phenylmethyl)propyl)-3-((methylsulfonyl)(phenyl)amino)benzamide
Total Genus 101
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
101
sequence length
385
structure length
372
Chain Sequence
EMVDNLRGKSGQGYYVEMTVGSPPQTLNILVDTGSSNFAVGAAPHPFLHRYYQRQLSSTYRDLRKGVYVPYTQGKWEGELGTDLVSIPHGPQVTVRANIAAITESDKFFIQGSNWEGILGLAYAEIARPDDSLEPFFDSLVKQTHVPNLFSLQLCSVGGSMIIGGIDHSLYTGSLWYTPIRREWYYEVIIVRVEINGQDLKMDCKEYNYDKSIVDSGTTNLRLPKKVFEAAVKSIKAASSTEKFPDGFWLGEQLVCWQAGTTPWNIFPVISLYLMGEVTQQSFRITILPQQYLRPVEDVATSQDDCYKFAISQSSTGTVMGAVIMEGFYVVFDRARKRIGFAVSACHVHDEFRTAAVEGPFVTLDMEDCGYN
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase
molecule keywords BETA-SECRETASE 1
publication title Bace-1 Inhibitors Using Novel Edge-to-Face Interaction with Arg-296
pubmed doi rcsb
source organism Homo sapiens
total genus 101
structure length 372
sequence length 385
ec nomenclature ec 3.4.23.46: Memapsin 2.
pdb deposition date 2010-05-24

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 2xfiA01
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 2xfiA02
5P6HA 3NU5A 2HM1A 5OZ2A 2F3KA 1MUIA 1MVPA 4EJDA 3PSGA 1IZHA 1SMRA 4RYCA 2BPWA 2F3EA 3EKPA 3HVPA 5SXNA 1D4YA 1C6YA 5P0MA 4GJCA 2QCIA 3OQKA 4RYGA 3QVIA 3PSYA 4R8YA 4GIDA 4APEA 4H3FA 4DJXA 1ZSFA 4YBFA 2R5QA 5HDXA 5OZJA 5OZQA 5P70A 3OXWA 4Q1WA 5SZ9A 4J54A 4L7JA 4Q1XA 1BV9A 2ZHVA 3LIVA 3SA5A 4HEGA 4Y3ZA 4Y5NA 3KN0A 4DJPA 5P7XA 2F80A 5HCTA 4FIVA 2BKTA 4Y3HA 4RLDA 3LZUA 2Q64A 4MC6A 5P1SA 3HAWA 2V13A 5P8IA 4ACUA 3QRSA 1M4HA 2QHZA 4DPIA 3L59A 1B5FA 5P4FA 2FNSA 5P2WA 1G6LA 1G2KA 3INHA 3ZKSA 3HZCA 5AH9A 2BPYA 4CP7A 2XFIA 1PSNA 5OZAA 1WKRA 5P24A 5P8HA 2O4PA 5P3SA 4LXMA 3OU1B 3QBHA 1EC3A 2G94A 2A1EA 1TCWA 2WKZA 5P47A 5P57A 4CMSA 4Y3NA 5P4CA 2UY0A 4GB2A 5T4SA 4A6BA 5P01A 1MSMA 5P5CA 4BEKA 3VEUA 1E82E 2ER6E 1MPPA 2QMFA 2ZJIA 2FIVA 5DR8A 5P06A 5P3MA 1YTJA 4CPSA 4CPXA 3NUOA 1PSOE 5I3XA 5P33A 3QRMA 3VFBA 3Q70A 2RMPA 3UDRA 4EYRA 2OHLA 4NPUA 5SY2A 4Y3JA 5P0LA 4OD9B 3ZL7A 3T11A 4I0ZA 5HTZA 4D8CA 1SDTA 5P6PA 3PLDA 5P39A 1F7AA 4CPUA 4QJ9A 5P7ZA 5P5PA 3EL9A 4DH6A 4JPEA 3JVYA 5P8MA 4YBIA 3I7EA 2IDWA 1M0BA 4B05A 2ZJHA 4L1AB 3ZKIA 4Y38A 3PM4A 2CEJA 5P34A 5P69A 1NPAA 2I4DA 4FL8A 4Y5BA 1JLDA 5IVQA 1D4JA 4Y3PA 2OHQA 1DP5A 1PFZA 3D20A 1RNEA 4DJOA 5P2GA 1K1TA 5AGZA 3OUAA 5P5NA 5P8NA 5P3UA 5P49A 2G69A 5P2JA 4Y5PA 4L6BA 5P3IA 4IVTA 3OY4A 3PWRA 5P4JA 1A30A 3SA7A 3S54A 1APTE 2B7ZA 3WSJA 5P1RA 3UDHA 3GI6A 5P7IA 5P78A 4APRE 3O9LA 2WEBA 5OZCA 5P7MA 3DUYA 2ANLA 2H6SA 1ENTE 5HE4A 5P6FA 4YD7A 4OBDA 3UFNA 5I3WA 4F73A 1FQ7A 2V16C 4Y4UA 5P7YA 3OWNA 5P29A 2ER0E 1KJ7A 3IN3A 3TKGA 5COPA 2VIJA 5CLMA 3D3TA 3ECGA 5P4DA 2NTRA 1BWAA 3VV7A 2AOGA 2HS1A 3QAAA 1LZQA 2ZGAA 3AUPA 5P71A 6FIVA 1EAGA 3UDQA 2WEDA 4EXHA 3IA9A 4LXAA 5DR7A 5P1KA 3DCKA 2ASIA 2F8GA 5P41A 4IVSA 5P4WA 4F76A 3NU4A 4HA5A 5P08A 2PSUA 3ZKNA 3S43A 1XS7D 1N49A 3UDJA 4OC6A 1MT7A 4Y3AA 4Z50A 1KJHA 4Y36A 3TPLA 3NU3A 3UQUA 1XL2A 4CPWA 3HLOA 3LITA 5P4RA 1SGZA 3TOGA 3IVIA 3LHGA 1PROA 2JJIA 2VA7A 5P5KA 3U7SA 3R2FA 2V00A 3RTHA 3NDUA 5P6RA 2JJJA 4QGIA 3QPJA 5P4IA 3BXRA 4EJKA 1ZJ7A 1BILA 5OZTA 4Y9WA 1LEEA 1HBVA 1EC2A 1OD1A 2MIPA 3PJ6A 5P16A 4BELA 5HD0A 5OZ0A 5OYQA 4RCEA 3GI4A 4Y3TA 1HWRA 1MT8A 3BGCA 1HVJA 5P2RA 5P35A 1A9MA 4YOAA 3VFAA 1QBUA 4CPRA 1MEUA 1C70A 3PLLA 4ZEAA 3RTMA 5P4QA 1ZPAA 4NPTA 3OOZA 2WF2A 5I3YA 1D4HA 4ZPEA 2VJ6A 5OZ7A 4PPHA 4GJAA 5P0GA 4RZ1A 5P6ZA 3VYDA 4Y50A 5IS4A 3HD8A 5P75A 4YCKA 3TL9A 2PWCA 2OHRA 5P52A 3D1YA 2P4JA 5P3HA 5P73A 3MSLA 5OYUA 2PMAA 5ENKA 3PBDA 2IKUA 1DIFA 5P0RA 1HXBA 2AQUA 5HDVA 5UPJA 5P5EA 3OQFA 4I12A 5COOA 1RQ9A 4COEA 2AVQA 5P8FA 3WZ6A 4AMTA 2QU2A 1BDQA 5P8TA 3L38A 1W51A 1W6IA 2VIYA 4NJVA 5OZPA 4U7VA 5P51A 3K5DA 5P72A 1TQFA 2J9JA 2NPHA 4GYEA 3QP0A 5P6JA 4ZIPA 4Y4DA 5P59A 4Q1NA 2VJ9A 1ODYA 4ZPFA 2HS2A 5P4TA 5P00A 2R8NA 4Y56A 3G6ZA 5COKA 5P3BA 5ER2E 2JXRA 5ISJA 5P5VA 3K5GA 3RSXA 3OU3A 5I70A 3SAAA 5P2YA 4TVGA 4LAPA 5OYYA 4OBHA 5P0TA 3L3AA 1MERA 1EPQE 1IVPA 5P63A 4DV9A 2IQGA 5ENMA 3TLHA 5KOQA 3EKYA 5DGUA 2WF4A 3EC0A 4Q1YA 5P5UA 1HHPA 4M8YA 3VG1A 2FXDA 5P84A 3L5DA 3MSJA 5P64A 1IVQA 3C9XA 4DQBA 5P1XA 4Y51A 2I4XA 4B1EA 1D4SA 4LHHA 2NR6A 3UDKA 1LYAA 3S8IA 3PWWA 4DQHA 1G0VA 4S1GA 3KDDA 1EPLE 4PZXA 5P22A 5I3VA 3O9FA 4Y3XA 2VIEA 5P82A 5P7GA 5P23A 3VF7A 2PK5A 5DPZA 1XN2A 4Y4AA 5OZ8A 1WBKA 4L7GA 5AHBA 2QK5A 2Q3KA 1W5XA 5ISKA 1FG6C 5C9FA 2AOFA 4M8XA 3FSMA 3KT2A 4Y4WA 5P25A 5P3KA 3PCZA 4ZSMA 3GW5A 4FSEA 4LL3A 1B6JA 4Y4ZA 1T6EX 1DPJA 5P0YA 5OYVA 1LYBA 4FGXA 1VIKA 1D4IA 1ZPKA 3JW2A 5OZUA 1ZBGA 4DQEA 4LC7A 2VS2A 1BXOA 5P5YA 2P3CA 5P31A 5OZDA 5P2MA 2AVOA 1MTRA 5P7OA 1BBSA 3KMYA 5OZ4A 3NXNA 2WF3A 1HTFA 4EQ0A 3HW1A 1E5OE 5P4GA 3SA6A 2ZJMA 5P8LA 1APUE 1TZSA 3O99A 1MESA 1B6MA 1ODXA 3HVGA 3FX5A 5P6CA 3H5BA 3OXVA 3AIDA 5P7EA 4DI2A 5OZZA 4ZSRA 1B5FB 3HAUA 4B1CA 4ZE6A 4Y3RA 5IVTA 5P54A 3L58A 4Y4BA 3Q3TA 3LZYA 1HRNA 4FLGA 4FM8A 1PPKE 4K4QA 3PI0A 5P4EA 3SABA 5P8AA 5P4MA 5P8GA 2XFJA 1AM5A 3NDXA 3OGQA 1SH9A 3OOTA 5P3JA 9HVPA 5P1TA 3SM1A 4F75A 2ZHSA 3URJA 4YOBA 2QMGA 5P44A 5P3TA 2OHKA 5OZEA 3G70A 2APRA 4YCTA 1AIDA 5OZKA 4Y3FA 5P4AA 1EBKC 1TSQA 3PEPA 3QN8A 3OTYA 2NMZA 4HDFA 1LF4A 2B8VA 3LIXA 3VLBA 2XYFA 4TRWA 3TPPA 3UQXA 4Z2ZA 1SDUA 5DR3A 2FS4A 2OHPA 5P6QA 5J25A 4D88A 2B42A 5P1JA 2B8LA 2Q55A 3IGBA 5P85A 5P0JA 3PB5A 4DQGA 4F74A 5P0CA 5C9BA 3SPKA 3CMSA 4EP3A 5B18A 3EMYA 5P1CA 3WZ7A 3ZKXA 5P7AA 4FE6A 4FRSA 4Y54A 5OYZA 4RCFA 4FS4A 4I0DA 5P3WA 3L5CA 5P6NA 2R38A 4R95A 1BDLA 4TRYA 5P1IA 4BFDA 1BXQA 1C6ZA 1HPSA 3PHVA 3L5BA 3VF3A 5P0DA 2P3DA 5EZZA 3WB4A 4A4QA 3LIZA 2G21A 1HTGA 4H3IA 3FV3A 5P6XA 3O9HA 1K6CA 4KUPA 2BPVA 5P68A 3NYGA 1XL5A 2G1SA 2VIZA 3L5FA 3OU4A 2QZXA 2ZJNA 5P6KA 4E43A 4DJRA 3T3CA 1K1UA 5P3OA 3PRSA 3M9FA 3CKRA 4TRZA 1HSHA 5P7RA 5KQXA 3O9LB 5HDZA 5P3PA 1HTRB 4J55A 4WTUA 3U71A 3VCMA 3UDPA 5P36A 3HDKA 4RVJA 1K6TA 5P5JA 1AJVA 2AZ8A 2EWYA 2OHNA 1GVVA 5P1MA 2CENA 3OGPA 5E5JA 3INDA 1FF0C 3B7VA 2AIDA 2G27A 3SA4A 2HPEA 1EPOE 4EQJA 2VNNA 1OEXA 5P7VA 3GGVA 4I1CA 4FM6A 4MC9A 2NMYA 2RSPA 3TOHA 4DVFA 4XKXA 3BVBA 1FKNA 5P0WA 3ZKMA 3UHLA 1Z1HA 2AOIA 4AZYA 3KFSA 2VNMA 1Z8CA 2O4NA 3ZOVA 5P86A 5P5XA 5P0IA 2Q15A 1MIQA 2NNPA 4DJVA 3VUCA 3D1XA 2Z54A 4J0ZA 2J9KA 3OTSA 4KB9A 3S43B 4Y5MA 3ZKQA 3OHFA 3KDBA 3UCBA 5P5GA 2R3WA 3BRAA 6APRE 3QS1A 1HEFE 4QJ6A 2FDEA 4D89A 3BUFA 1DAZC 2HIZA 3IXKA 8HVPA 5DR1A 5P61A 2NXDA 3TPJA 5P83A 3OUDA 5HU1A 2V12C 1F34A 4LBTA 5P40A 2ZHTA 4H3JA 3SA9A 2ZJKA 2HAHA 2OHUA 2RKFA 3B80A 5JFUA 5P7UA 2FLEA 3LINA 3OAGA 3K4VC 2I4WA 4X7IA 1WBMA 5HVPA 2WF1A 5DR0A 2ZHUA 2QZWA 4N00A 4EXGA 5P2UA 3LIYA 2QNPA 4I0HA 4L1AA 2P83A 4Y5CA 5HE5A 1APVE 3QIHA 4OBFA 3I2LA 5P3GA 2G26A 4PZWA 3TOFA 1SIPA 1YTGA 3OXXA 1E81E 4I0IA 1FGCC 4I0EA 5OZ5A 2QD7A 3QROA 3UQRA 1EBZA 1A8GA 2HC0A 3SA3A 4DUSA 5P1PA 4H3GA 3OADB 3QI1A 4Y3EA 3H0BA 2IS0A 1PPME 1BWBA 1Q9PA 2QZLA 5P1FA 5EZXA 5P3CA 3TNEA 4NJSA 2BBBA 2PK6A 3TH9A 2H6TA 3R0YA 3NR6A 1SIVA 6UPJA 3VLAA 1YX9A 3NXEA 1EPPE 4K8SA 4EWOA 1W6HA 1SGUA 2ER9E 3I8WA 4Y39A 3KA2A 5P53A 1LS5A 5P7WA 1HVLA 4ER2E 5P11A 3ZLQA 3R0WA 3VF5A 2WL0A 3T7XA 5OZOA 4DQCA 5P1WA 4D83A 2UPJA 2Q54A 2PYMA 4GMIA 5P3LA 4QJ7A 3CIBA 3ZPUA 5P1NA 5P5RA 2IEOA 5P03A 4RCDA 3FNTA 5P4ZA 5P2NA 1K2CA 4Y57A 5OZIA 3HBOA 5P13A 3DOXA 2J9JB 3S85A 3EKQA 2BKSA 1IDAA 5P18A 1EBYA 5E5KA 5P88A 1HIIA 1UH8A 4RGHA 1NPVA 3EM3A 4GZFA 5P60A 1KJGA 4B1DA 1ER8E 4LP9A 2QMDA 1J71A 1CPIA 3ZKGA 5KR8A 2V0ZC 3PWMA 2G1NA 2OAHA 3ZMGA 4DPFA 5KR1A 3BHEA 3EM6A 3F9QA 5HU0A 3IAWA 1GVUA 5KQZA 4L7HA 3IXJA 5P0OA 3APRE 5P6BA 2I0DA 3QRVA 3UTLA 3IN4A 5P6UA 3FNUA 4QLHA 4EJ8A 2IRZA 2I0AA 3RVIA 1RV7A 5P7SA 3EL1A 2B60A 4R93A 4ZSQA 2FDDA 5P0EA 2JYSA 2RKGA 1LYAB 1QBRA 5P1BA 5P76A 3T7PA 3BVAA 3GGXA 4Y5AA 5P3NA 3PVKA 1EBWA 1HSGA 3LPKA 4Y3DA 1W5VA 1LV1A 3VV6A 3VSXA 3O9BA 5IVRA 2AZBA 3S45A 1E80E 3LIQA 5P5SA 3EBZA 5P4KA 3FIVA 1BAIA 4XX4A 5P30A 3NDWA 3UFLA 1DW6C 5P8DA 2QI3A 1AAQA 4Y58A 3DJKA 3EXOA 2QMPA 1IDBA 3NWQA 5P0VA 4JOOA 4J1EA 1Z1RA 5KQYA 5P15A 2P3BB 4R91A 1MRXA 3VV8A 4DJYA 2ER7E 3PI5A 2FGUA 4OBKA 4ZPGA 5P81A 1RL8A 4NKKA 5P5BA 4ZLSA 1SDVA 5P7LA 3SKFA 4NJTA 5P0PA 2PYNA 1PSAA 1MSNA 5P48A 2AOJA 2F3FA 4HDPA 5P0NA 1HVHA 4FAEA 4NJUA 5P20A 3A2OA 4J1CA 3GI0A 5P1ZA 3PSUA 1ZTZA 5P3XA 5P7KA 5P6DA 3Q6YA 2NNKA 3S2OA 5P5TA 4RROA 2OHSA 2QZKA 1IZDA 2R9BA 5P62A 4J1FA 7HVPA 5P5QA 5P8QA 5P0HA 1BIMA 2QI7A 3UDNA 3Q5HA 3NUJA 5P0FA 1GVXA 3EL5A 2BB9A 3INEA 1HOSA 3LNKA 2NXMA 4Y4JA 5P58A 2QD6A 1U8GA 5P1OA 4FM7A 3R4BA 2QI1A 4Y3GA 3BGBA 4YCYA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5P6H A;  3NU5 A;  2HM1 A;  5OZ2 A;  2F3K A;  1MUI A;  1MVP A;  4EJD A;  3PSG A;  1IZH A;  1SMR A;  4RYC A;  2BPW A;  2F3E A;  3EKP A;  3HVP A;  5SXN A;  1D4Y A;  1C6Y A;  5P0M A;  4GJC A;  2QCI A;  3OQK A;  4RYG A;  3QVI A;  3PSY A;  4R8Y A;  4GID A;  4APE A;  4H3F A;  4DJX A;  1ZSF A;  4YBF A;  2R5Q A;  5HDX A;  5OZJ A;  5OZQ A;  5P70 A;  3OXW A;  4Q1W A;  5SZ9 A;  4J54 A;  4L7J A;  4Q1X A;  1BV9 A;  2ZHV A;  3LIV A;  3SA5 A;  4HEG A;  4Y3Z A;  4Y5N A;  3KN0 A;  4DJP A;  5P7X A;  2F80 A;  5HCT A;  4FIV A;  2BKT A;  4Y3H A;  4RLD A;  3LZU A;  2Q64 A;  4MC6 A;  5P1S A;  3HAW A;  2V13 A;  5P8I A;  4ACU A;  3QRS A;  1M4H A;  2QHZ A;  4DPI A;  3L59 A;  1B5F A;  5P4F A;  2FNS A;  5P2W A;  1G6L A;  1G2K A;  3INH A;  3ZKS A;  3HZC A;  5AH9 A;  2BPY A;  4CP7 A;  2XFI A;  1PSN A;  5OZA A;  1WKR A;  5P24 A;  5P8H A;  2O4P A;  5P3S A;  4LXM A;  3OU1 B;  3QBH A;  1EC3 A;  2G94 A;  2A1E A;  1TCW A;  2WKZ A;  5P47 A;  5P57 A;  4CMS A;  4Y3N A;  5P4C A;  2UY0 A;  4GB2 A;  5T4S A;  4A6B A;  5P01 A;  1MSM A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 3EM4 A;  1A8K A;  1YG9 A;  1T7I A;  1EC0 A;  4J0V A;  2CEM A;  3MWS A;  5JG1 A;  3T7Q A;  1GVT A;  5P2L A;  4J0P A;  5P8B A;  3NU6 A;  5AH7 A;  1FB7 A;  2P8H A;  4DJU A;  5P0X A;  3KFN A;  5P2B A;  2O40 A;  1FFF C;  5P4B A;  4RRN A;  1GNO A;  5P2O A;  4LXK A;  1HPO A;  2OHM A;  3CID A;  3DV5 A;  4FRI A;  4RRS A;  1LYB B;  5P32 A;  3LPJ A;  4OBJ A;  3SM2 A;  5P3Q A;  1HVS A;  5P46 A;  4PHV A;  3OXC A;  4TVH A;  5C9D A;  3VYF A;  5P87 A;  3UQW A;  1FQ6 A;  1HVI A;  4GJ8 A;  2BQV A;  1AJX A;  2FXE A;  2ZHR A;  5OZF A;  5P1U A;  3I25 A;  4CPQ A;  3RU1 A;  1BDR A;  5P38 A;  5P42 A;  5HCO A;  4FAF A;  5P8P A;  5P1Y A;  5DQ2 A;  2R43 A;  3PCW A;  4AA9 A;  2WHH A;  2BJU A;  5IVS A;  3RSV A;  5OZB A;  2QU3 A;  1FG8 C;  1HTE A;  5PEP A;  2AOH A;  3N3I A;  3OHH A;  2HB2 A;  4R92 A;  5P8J A;  5P37 A;  5P7T A;  2R5P A;  5P1G A;  1HIH A;  1OHR A;  4Y43 A;  5P09 A;  4YA8 A;  2NXL A;  1TCX A;  4QJ2 A;  5P10 A;  1UH7 A;  1LYW B;  5P12 A;  5P3A A;  5P4N A;  2V11 C;  5P5I A;  3D1Z A;  1A94 A;  1FFI C;  5P4H A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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